------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 20 sequences from file U_DNA_GLYCOSYLASE PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 20 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename U_DNA_GLYCOSYLASE.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: UNG1_HUMAN 304 UNG_BACSU 225 UNG_EBV 255 UNG_ECOLI 228 UNG_FOWP1 218 UNG_HAEIN 219 UNG_HCMVA 250 UNG_HSV11 334 UNG_HSV23 294 UNG_HSV2H 255 UNG_HSVEB 312 UNG_HSVSA 252 UNG_PSEDE 217 UNG_SFVKA 218 UNG_STRPN 217 UNG_VACCC 218 UNG_VACCV 218 UNG_VARV 218 UNG_VZVD 305 UNG_YEAST 359 Pratt run started at Thu Feb 6 21:32:28 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 20.8503 20( 20) V-x(3)-G-x-D-P-Y 2: 20.3503 35( 20) V-x(2,3)-G-x-D-P-Y 3: 16.6802 20( 20) G-x-D-P-Y 4: 15.6802 20( 20) V-x(0,1)-V-x(1,2)-G-x(2)-P 5: 15.1802 32( 20) V-x(0,1)-V-x(1,3)-G-x(2)-P 6: 14.6802 23( 20) V-x(0,2)-L-L-x(1,3)-N 7: 12.5102 21( 20) G-x-D-P 8: 12.5102 20( 20) F-x(3)-N-x(2)-L 9: 12.5102 20( 20) F-x(5)-F-x(3)-N 10: 12.5102 22( 20) G-V-x(3)-N 11: 12.5102 20( 20) D-P-Y 12: 12.0102 42( 20) L-x(0,1)-N-x(4)-V 13: 12.0102 31( 20) L-L-x(3,4)-T 14: 12.0102 28( 20) L-L-x(0,1)-L 15: 12.0102 28( 20) I-x(0,1)-G-x(2)-P 16: 11.5102 24( 20) V-L-x(2,4)-N 17: 11.5102 24( 20) V-x(0,1)-L-x(2,3)-N 18: 11.5102 45( 20) V-x(2,3)-G-x(2,3)-P 19: 11.5102 20( 20) I-x-G-x(3,5)-Y 20: 11.5102 35( 20) V-x(0,2)-I-x-G Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 33.7796 20( 20) V-[CV]-[IV]-x-G-x-D-P-Y-x(3)-[AGNQS]-x-[AGNST]-x-[GLP] B 2: 27.5218 20( 20) G-V-[FIL]-[ALP]-x-N-x(2)-[FL]-[ST]-[CV] C 3: 26.8103 35( 20) V-x(2,3)-G-x-D-P-Y-x(3)-[AGNQS]-x-[AGNST]-x-[GLP] D 4: 23.1403 20( 20) G-x-D-P-Y-x(3)-[AGNQS]-x-[AGNST]-x-[GLP] E 5: 22.6403 35( 20) V-x(2,3)-G-x(2)-P-Y-x(3)-[AGNQS]-x-[AGNST]-x-[GLP] F 6: 18.9702 20( 20) D-P-Y-x(3)-[AGNQS]-x-[AGNST]-x-[GLP] G 7: 18.8699 20( 20) V-x(0,1)-V-x(1,2)-G-x-[DH]-P H 8: 18.3699 32( 20) V-x(0,1)-V-x(1,3)-G-x-[DH]-P I 9: 17.6743 20( 20) F-x(2)-[CDNST]-x(2)-F-x(3)-N-x(2)-[FL] J 10: 15.1998 25( 20) I-x(0,1)-G-x-[DH]-P K 11: 14.6802 23( 20) V-x(0,2)-L-L-x(1,3)-N L 12: 14.6190 39( 20) L-x(0,1)-N-x(3)-[AGT]-V M 13: 14.1083 35( 20) V-x(0,2)-I-x-G-x-[DHR] N 14: 12.5102 21( 20) G-x-D-P O 15: 12.5102 20( 20) F-x(3)-N-x(2)-L P 16: 12.0102 31( 20) L-L-x(3,4)-T Q 17: 12.0102 28( 20) L-L-x(0,1)-L R 18: 11.5102 24( 20) V-L-x(2,4)-N S 19: 11.5102 24( 20) V-x(0,1)-L-x(2,3)-N T 20: 11.5102 45( 20) V-x(2,3)-G-x(2,3)-P Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 33.7796 20( 20) V-[CV]-[IV]-x-G-x-D-P-Y-x(3)-[AGNQS]-x-[AGNST]-x-[GLP] Occurences: 20(20) UNG1_HUMAN : 139- 155: ikdvk VVIlGqDPYhgpNqAhG lcfsv UNG_BACSU : 59- 75: yddvk VVIlGqDPYhgpGqAqG lsfsv UNG_EBV : 85- 101: psdik VVIlGqDPYhggQaNgL afsva UNG_ECOLI : 57- 73: lgdvk VVIlGqDPYhgpGqAhG lafsv UNG_FOWP1 : 62- 78: lkdkr VCIvGiDPYptdAtGvP fespd UNG_HAEIN : 55- 71: fedvk VVIlGqDPYhgpNqAhG lafsv UNG_HCMVA : 85- 101: peqvr VVIvGqDPYcdgSaSgL afgtl UNG_HSV11 : 172- 188: pdevr VVIiGqDPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV23 : 133- 149: pddvr VVIiGqDPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV2H : 93- 109: pddvr VVIiGqDPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSVEB : 149- 165: pekvr VVIvGqDPYhapGqAhG lafsv UNG_HSVSA : 81- 97: prdik VVIlGqDPYhggQgTgL afsvs UNG_PSEDE : 45- 61: ldkvr VVIlGqDPYhgdGqAhG lcfsv UNG_SFVKA : 62- 78: lkdkr VCVcGiDPYprdAtGvP feshn UNG_STRPN : 56- 72: leevk VVIlGqDPYhgpGqAqG lsfsv UNG_VACCC : 62- 78: lrnkr VCVcGiDPYpkdGtGvP fespn UNG_VACCV : 62- 78: lrnkr VCVcGiDPYpkdGtGvP fespn UNG_VARV : 62- 78: lrnkr VCVcGiDPYpkdGtGvP fespn UNG_VZVD : 142- 158: pqsir VVIiGqDPYptaGhAhG lafsv UNG_YEAST : 156- 172: fnkvk VVIiGqDPYhnfNqAhG lafsv B 2: 27.5218 20( 20) G-V-[FIL]-[ALP]-x-N-x(2)-[FL]-[ST]-[CV] Occurences: 20(20) UNG1_HUMAN : 199- 209: gwakq GVLLlNavLTV rahqa UNG_BACSU : 118- 128: swakq GVLLlNtvLTV rrgqa UNG_EBV : 144- 154: awasq GVLLlNtiLTV qkgkp UNG_ECOLI : 117- 127: swarq GVLLlNtvLTV ragqa UNG_FOWP1 : 115- 125: flfve GVLAwNyyLSC regea UNG_HAEIN : 115- 125: kwaeq GVLLlNtvLTV ergma UNG_HCMVA : 144- 154: awarr GVLLlNtvFTV vhgqp UNG_HSV11 : 232- 242: kward GVLLlNttLTV krgaa UNG_HSV23 : 193- 203: kward GVLLlNttLTV krgaa UNG_HSV2H : 153- 163: kward GVLLlNttLTV krgaa UNG_HSVEB : 209- 219: rwaeq GVLLiNttLTV argkp UNG_HSVSA : 140- 150: swatq GVLLlNtvLTV ekgka UNG_PSEDE : 104- 114: swarq GVLLlNsvLTV rarer UNG_SFVKA : 115- 125: lnnve GVFPwNyyLSC kiget UNG_STRPN : 113- 123: awaeq GVLLlNacLTV pagqa UNG_VACCC : 115- 125: lniid GVIPwNyyLSC klget UNG_VACCV : 115- 125: lniid GVIPwNyyLSC klget UNG_VARV : 115- 125: lniid GVIPwNyyLSC klget UNG_VZVD : 202- 212: swarq GVLLlNttLTV rrgtp UNG_YEAST : 217- 227: hwasq GVLLlNtsLTV rahna C 3: 26.8103 35( 20) V-x(2,3)-G-x-D-P-Y-x(3)-[AGNQS]-x-[AGNST]-x-[GLP] Occurences: 35(20) UNG1_HUMAN : 139- 155: ikdvk VvilGqDPYhgpNqAhG lcfsv UNG1_HUMAN : 140- 155: kdvkv Vil-GqDPYhgpNqAhG lcfsv UNG_BACSU : 59- 75: yddvk VvilGqDPYhgpGqAqG lsfsv UNG_BACSU : 60- 75: ddvkv Vil-GqDPYhgpGqAqG lsfsv UNG_EBV : 85- 101: psdik VvilGqDPYhggQaNgL afsva UNG_EBV : 86- 101: sdikv Vil-GqDPYhggQaNgL afsva UNG_ECOLI : 57- 73: lgdvk VvilGqDPYhgpGqAhG lafsv UNG_ECOLI : 58- 73: gdvkv Vil-GqDPYhgpGqAhG lafsv UNG_FOWP1 : 62- 78: lkdkr VcivGiDPYptdAtGvP fespd UNG_HAEIN : 55- 71: fedvk VvilGqDPYhgpNqAhG lafsv UNG_HAEIN : 56- 71: edvkv Vil-GqDPYhgpNqAhG lafsv UNG_HCMVA : 85- 101: peqvr VvivGqDPYcdgSaSgL afgtl UNG_HCMVA : 86- 101: eqvrv Viv-GqDPYcdgSaSgL afgtl UNG_HSV11 : 172- 188: pdevr VviiGqDPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV11 : 173- 188: devrv Vii-GqDPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV23 : 133- 149: pddvr VviiGqDPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV23 : 134- 149: ddvrv Vii-GqDPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV2H : 93- 109: pddvr VviiGqDPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV2H : 94- 109: ddvrv Vii-GqDPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSVEB : 149- 165: pekvr VvivGqDPYhapGqAhG lafsv UNG_HSVEB : 150- 165: ekvrv Viv-GqDPYhapGqAhG lafsv UNG_HSVSA : 81- 97: prdik VvilGqDPYhggQgTgL afsvs UNG_HSVSA : 82- 97: rdikv Vil-GqDPYhggQgTgL afsvs UNG_PSEDE : 45- 61: ldkvr VvilGqDPYhgdGqAhG lcfsv UNG_PSEDE : 46- 61: dkvrv Vil-GqDPYhgdGqAhG lcfsv UNG_SFVKA : 62- 78: lkdkr VcvcGiDPYprdAtGvP feshn UNG_STRPN : 56- 72: leevk VvilGqDPYhgpGqAqG lsfsv UNG_STRPN : 57- 72: eevkv Vil-GqDPYhgpGqAqG lsfsv UNG_VACCC : 62- 78: lrnkr VcvcGiDPYpkdGtGvP fespn UNG_VACCV : 62- 78: lrnkr VcvcGiDPYpkdGtGvP fespn UNG_VARV : 62- 78: lrnkr VcvcGiDPYpkdGtGvP fespn UNG_VZVD : 142- 158: pqsir VviiGqDPYptaGhAhG lafsv UNG_VZVD : 143- 158: qsirv Vii-GqDPYptaGhAhG lafsv UNG_YEAST : 156- 172: fnkvk VviiGqDPYhnfNqAhG lafsv UNG_YEAST : 157- 172: nkvkv Vii-GqDPYhnfNqAhG lafsv D 4: 23.1403 20( 20) G-x-D-P-Y-x(3)-[AGNQS]-x-[AGNST]-x-[GLP] Occurences: 20(20) UNG1_HUMAN : 143- 155: kvvil GqDPYhgpNqAhG lcfsv UNG_BACSU : 63- 75: kvvil GqDPYhgpGqAqG lsfsv UNG_EBV : 89- 101: kvvil GqDPYhggQaNgL afsva UNG_ECOLI : 61- 73: kvvil GqDPYhgpGqAhG lafsv UNG_FOWP1 : 66- 78: rvciv GiDPYptdAtGvP fespd UNG_HAEIN : 59- 71: kvvil GqDPYhgpNqAhG lafsv UNG_HCMVA : 89- 101: rvviv GqDPYcdgSaSgL afgtl UNG_HSV11 : 176- 188: rvvii GqDPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV23 : 137- 149: rvvii GqDPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV2H : 97- 109: rvvii GqDPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSVEB : 153- 165: rvviv GqDPYhapGqAhG lafsv UNG_HSVSA : 85- 97: kvvil GqDPYhggQgTgL afsvs UNG_PSEDE : 49- 61: rvvil GqDPYhgdGqAhG lcfsv UNG_SFVKA : 66- 78: rvcvc GiDPYprdAtGvP feshn UNG_STRPN : 60- 72: kvvil GqDPYhgpGqAqG lsfsv UNG_VACCC : 66- 78: rvcvc GiDPYpkdGtGvP fespn UNG_VACCV : 66- 78: rvcvc GiDPYpkdGtGvP fespn UNG_VARV : 66- 78: rvcvc GiDPYpkdGtGvP fespn UNG_VZVD : 146- 158: rvvii GqDPYptaGhAhG lafsv UNG_YEAST : 160- 172: kvvii GqDPYhnfNqAhG lafsv E 5: 22.6403 35( 20) V-x(2,3)-G-x(2)-P-Y-x(3)-[AGNQS]-x-[AGNST]-x-[GLP] Occurences: 35(20) UNG1_HUMAN : 139- 155: ikdvk VvilGqdPYhgpNqAhG lcfsv UNG1_HUMAN : 140- 155: kdvkv Vil-GqdPYhgpNqAhG lcfsv UNG_BACSU : 59- 75: yddvk VvilGqdPYhgpGqAqG lsfsv UNG_BACSU : 60- 75: ddvkv Vil-GqdPYhgpGqAqG lsfsv UNG_EBV : 85- 101: psdik VvilGqdPYhggQaNgL afsva UNG_EBV : 86- 101: sdikv Vil-GqdPYhggQaNgL afsva UNG_ECOLI : 57- 73: lgdvk VvilGqdPYhgpGqAhG lafsv UNG_ECOLI : 58- 73: gdvkv Vil-GqdPYhgpGqAhG lafsv UNG_FOWP1 : 62- 78: lkdkr VcivGidPYptdAtGvP fespd UNG_HAEIN : 55- 71: fedvk VvilGqdPYhgpNqAhG lafsv UNG_HAEIN : 56- 71: edvkv Vil-GqdPYhgpNqAhG lafsv UNG_HCMVA : 85- 101: peqvr VvivGqdPYcdgSaSgL afgtl UNG_HCMVA : 86- 101: eqvrv Viv-GqdPYcdgSaSgL afgtl UNG_HSV11 : 172- 188: pdevr VviiGqdPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV11 : 173- 188: devrv Vii-GqdPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV23 : 133- 149: pddvr VviiGqdPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV23 : 134- 149: ddvrv Vii-GqdPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV2H : 93- 109: pddvr VviiGqdPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV2H : 94- 109: ddvrv Vii-GqdPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSVEB : 149- 165: pekvr VvivGqdPYhapGqAhG lafsv UNG_HSVEB : 150- 165: ekvrv Viv-GqdPYhapGqAhG lafsv UNG_HSVSA : 81- 97: prdik VvilGqdPYhggQgTgL afsvs UNG_HSVSA : 82- 97: rdikv Vil-GqdPYhggQgTgL afsvs UNG_PSEDE : 45- 61: ldkvr VvilGqdPYhgdGqAhG lcfsv UNG_PSEDE : 46- 61: dkvrv Vil-GqdPYhgdGqAhG lcfsv UNG_SFVKA : 62- 78: lkdkr VcvcGidPYprdAtGvP feshn UNG_STRPN : 56- 72: leevk VvilGqdPYhgpGqAqG lsfsv UNG_STRPN : 57- 72: eevkv Vil-GqdPYhgpGqAqG lsfsv UNG_VACCC : 62- 78: lrnkr VcvcGidPYpkdGtGvP fespn UNG_VACCV : 62- 78: lrnkr VcvcGidPYpkdGtGvP fespn UNG_VARV : 62- 78: lrnkr VcvcGidPYpkdGtGvP fespn UNG_VZVD : 142- 158: pqsir VviiGqdPYptaGhAhG lafsv UNG_VZVD : 143- 158: qsirv Vii-GqdPYptaGhAhG lafsv UNG_YEAST : 156- 172: fnkvk VviiGqdPYhnfNqAhG lafsv UNG_YEAST : 157- 172: nkvkv Vii-GqdPYhnfNqAhG lafsv F 6: 18.9702 20( 20) D-P-Y-x(3)-[AGNQS]-x-[AGNST]-x-[GLP] Occurences: 20(20) UNG1_HUMAN : 145- 155: vilgq DPYhgpNqAhG lcfsv UNG_BACSU : 65- 75: vilgq DPYhgpGqAqG lsfsv UNG_EBV : 91- 101: vilgq DPYhggQaNgL afsva UNG_ECOLI : 63- 73: vilgq DPYhgpGqAhG lafsv UNG_FOWP1 : 68- 78: civgi DPYptdAtGvP fespd UNG_HAEIN : 61- 71: vilgq DPYhgpNqAhG lafsv UNG_HCMVA : 91- 101: vivgq DPYcdgSaSgL afgtl UNG_HSV11 : 178- 188: viigq DPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV23 : 139- 149: viigq DPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSV2H : 99- 109: viigq DPYhhpGqAhG lafsv UNG_HSVEB : 155- 165: vivgq DPYhapGqAhG lafsv UNG_HSVSA : 87- 97: vilgq DPYhggQgTgL afsvs UNG_PSEDE : 51- 61: vilgq DPYhgdGqAhG lcfsv UNG_SFVKA : 68- 78: cvcgi DPYprdAtGvP feshn UNG_STRPN : 62- 72: vilgq DPYhgpGqAqG lsfsv UNG_VACCC : 68- 78: cvcgi DPYpkdGtGvP fespn UNG_VACCV : 68- 78: cvcgi DPYpkdGtGvP fespn UNG_VARV : 68- 78: cvcgi DPYpkdGtGvP fespn UNG_VZVD : 148- 158: viigq DPYptaGhAhG lafsv UNG_YEAST : 162- 172: viigq DPYhnfNqAhG lafsv G 7: 18.8699 20( 20) V-x(0,1)-V-x(1,2)-G-x-[DH]-P Occurences: 20(20) UNG1_HUMAN : 139- 146: ikdvk V-VilGqDP yhgpn UNG_BACSU : 59- 66: yddvk V-VilGqDP yhgpg UNG_EBV : 85- 92: psdik V-VilGqDP yhggq UNG_ECOLI : 57- 64: lgdvk V-VilGqDP yhgpg UNG_FOWP1 : 176- 182: nsptt V-Vv-GyHP aarnr UNG_HAEIN : 55- 62: fedvk V-VilGqDP yhgpn UNG_HCMVA : 85- 92: peqvr V-VivGqDP ycdgs UNG_HSV11 : 172- 179: pdevr V-ViiGqDP yhhpg UNG_HSV23 : 133- 140: pddvr V-ViiGqDP yhhpg UNG_HSV2H : 93- 100: pddvr V-ViiGqDP yhhpg UNG_HSVEB : 149- 156: pekvr V-VivGqDP yhapg UNG_HSVSA : 81- 88: prdik V-VilGqDP yhggq UNG_PSEDE : 45- 52: ldkvr V-VilGqDP yhgdg UNG_SFVKA : 62- 69: lkdkr VcVc-GiDP yprda UNG_STRPN : 56- 63: leevk V-VilGqDP yhgpg UNG_VACCC : 62- 69: lrnkr VcVc-GiDP ypkdg UNG_VACCV : 62- 69: lrnkr VcVc-GiDP ypkdg UNG_VARV : 62- 69: lrnkr VcVc-GiDP ypkdg UNG_VZVD : 142- 149: pqsir V-ViiGqDP yptag UNG_YEAST : 156- 163: fnkvk V-ViiGqDP yhnfn H 8: 18.3699 32( 20) V-x(0,1)-V-x(1,3)-G-x-[DH]-P Occurences: 32(20) UNG1_HUMAN : 137- 146: cdikd VkVvilGqDP yhgpn UNG1_HUMAN : 139- 146: ikdvk V-Vil-GqDP yhgpn UNG_BACSU : 57- 66: tsydd VkVvilGqDP yhgpg UNG_BACSU : 59- 66: yddvk V-Vil-GqDP yhgpg UNG_EBV : 85- 92: psdik V-Vil-GqDP yhggq UNG_ECOLI : 55- 64: telgd VkVvilGqDP yhgpg UNG_ECOLI : 57- 64: lgdvk V-Vil-GqDP yhgpg UNG_FOWP1 : 176- 182: nsptt V-Vv--GyHP aarnr UNG_HAEIN : 53- 62: tafed VkVvilGqDP yhgpn UNG_HAEIN : 55- 62: fedvk V-Vil-GqDP yhgpn UNG_HCMVA : 83- 92: cppeq VrVvivGqDP ycdgs UNG_HCMVA : 85- 92: peqvr V-Viv-GqDP ycdgs UNG_HSV11 : 170- 179: ctpde VrVviiGqDP yhhpg UNG_HSV11 : 172- 179: pdevr V-Vii-GqDP yhhpg UNG_HSV23 : 131- 140: ctpdd VrVviiGqDP yhhpg UNG_HSV23 : 133- 140: pddvr V-Vii-GqDP yhhpg UNG_HSV2H : 91- 100: ctpdd VrVviiGqDP yhhpg UNG_HSV2H : 93- 100: pddvr V-Vii-GqDP yhhpg UNG_HSVEB : 147- 156: sppek VrVvivGqDP yhapg UNG_HSVEB : 149- 156: pekvr V-Viv-GqDP yhapg UNG_HSVSA : 81- 88: prdik V-Vil-GqDP yhggq UNG_PSEDE : 43- 52: tpldk VrVvilGqDP yhgdg UNG_PSEDE : 45- 52: ldkvr V-Vil-GqDP yhgdg UNG_SFVKA : 62- 69: lkdkr VcVc--GiDP yprda UNG_STRPN : 54- 63: tllee VkVvilGqDP yhgpg UNG_STRPN : 56- 63: leevk V-Vil-GqDP yhgpg UNG_VACCC : 62- 69: lrnkr VcVc--GiDP ypkdg UNG_VACCV : 62- 69: lrnkr VcVc--GiDP ypkdg UNG_VARV : 62- 69: lrnkr VcVc--GiDP ypkdg UNG_VZVD : 142- 149: pqsir V-Vii-GqDP yptag UNG_YEAST : 154- 163: tpfnk VkVviiGqDP yhnfn UNG_YEAST : 156- 163: fnkvk V-Vii-GqDP yhnfn I 9: 17.6743 20( 20) F-x(2)-[CDNST]-x(2)-F-x(3)-N-x(2)-[FL] Occurences: 20(20) UNG1_HUMAN : 278- 291: svyrg FfgCrhFsktNelL qksgk UNG_BACSU : 197- 210: sarng FfgSrpFsraNayL ekmge UNG_EBV : 230- 243: saqqk FlgNnhFvlaNnfL rekgl UNG_ECOLI : 196- 209: sahrg FfgCnhFvlaNqwL eqrge UNG_FOWP1 : 189- 202: arnrq FdtDetFeivNtlL elkne UNG_HAEIN : 194- 207: sahrg FfgCrhFsktNsyL eshgi UNG_HCMVA : 223- 236: nttra FvgNdhFilaNayL dthyr UNG_HSV11 : 309- 322: lskvp FgtCqhFlvaNryL etrsi UNG_HSV23 : 270- 283: lskvp FgtCqhFlaaNryL etrdi UNG_HSV2H : 230- 243: lskvp FgtCqhFlaaNryL etrdi UNG_HSVEB : 286- 299: lsrvn FrdCphFleaNayL tktgr UNG_HSVSA : 226- 239: gtwpk FigCdhFnqaNkyL eehkk UNG_PSEDE : 183- 196: sahsg FlgCrhFsqaNafL eskgf UNG_SFVKA : 189- 202: arekq FekDkgFeivNvlL eindk UNG_STRPN : 192- 205: svyrg FwgSkpFskaNtfL ketgq UNG_VACCC : 189- 202: ardrq FekDrsFeiiNvlL eldnk UNG_VACCV : 189- 202: ardrq FekDrsFeiiNvlL eldnk UNG_VARV : 189- 202: ardrq FekDrsFeiiNvlL eldnk UNG_VZVD : 279- 292: lsrvp FrnCrhFvqaNeyF trkge UNG_YEAST : 310- 323: sasrg FfgTnhFkmiNdwL yntrg J 10: 15.1998 25( 20) I-x(0,1)-G-x-[DH]-P Occurences: 25(20) UNG1_HUMAN : 141- 146: dvkvv IlGqDP yhgpn UNG_BACSU : 61- 66: dvkvv IlGqDP yhgpg UNG_EBV : 87- 92: dikvv IlGqDP yhggq UNG_ECOLI : 59- 64: dvkvv IlGqDP yhgpg UNG_FOWP1 : 64- 69: dkrvc IvGiDP yptda UNG_HAEIN : 57- 62: dvkvv IlGqDP yhgpn UNG_HCMVA : 87- 92: qvrvv IvGqDP ycdgs UNG_HSV11 : 174- 179: evrvv IiGqDP yhhpg UNG_HSV11 : 175- 179: vrvvi I-GqDP yhhpg UNG_HSV23 : 135- 140: dvrvv IiGqDP yhhpg UNG_HSV23 : 136- 140: vrvvi I-GqDP yhhpg UNG_HSV2H : 95- 100: dvrvv IiGqDP yhhpg UNG_HSV2H : 96- 100: vrvvi I-GqDP yhhpg UNG_HSVEB : 151- 156: kvrvv IvGqDP yhapg UNG_HSVSA : 83- 88: dikvv IlGqDP yhggq UNG_PSEDE : 47- 52: kvrvv IlGqDP yhgdg UNG_SFVKA : 178- 182: pvttv I-GyHP aarek UNG_STRPN : 58- 63: evkvv IlGqDP yhgpg UNG_VACCC : 177- 182: spvtt IvGyHP aardr UNG_VACCV : 177- 182: spvtt IvGyHP aardr UNG_VARV : 177- 182: spvtt IvGyHP aardr UNG_VZVD : 144- 149: sirvv IiGqDP yptag UNG_VZVD : 145- 149: irvvi I-GqDP yptag UNG_YEAST : 158- 163: kvkvv IiGqDP yhnfn UNG_YEAST : 159- 163: vkvvi I-GqDP yhnfn K 11: 14.6802 23( 20) V-x(0,2)-L-L-x(1,3)-N Occurences: 23(20) UNG1_HUMAN : 200- 204: wakqg V--LLl--N avltv UNG_BACSU : 119- 123: wakqg V--LLl--N tvltv UNG_EBV : 145- 149: wasqg V--LLl--N tiltv UNG_ECOLI : 118- 122: warqg V--LLl--N tvltv UNG_FOWP1 : 198- 206: etfei VntLLelkN eprin UNG_HAEIN : 116- 120: waeqg V--LLl--N tvltv UNG_HCMVA : 145- 149: warrg V--LLl--N tvftv UNG_HSV11 : 233- 237: wardg V--LLl--N ttltv UNG_HSV23 : 194- 198: wardg V--LLl--N ttltv UNG_HSV2H : 154- 158: wardg V--LLl--N ttltv UNG_HSVEB : 112- 117: mqqpy Vr-LLl--N eyklr UNG_HSVEB : 210- 214: waeqg V--LLi--N ttltv UNG_HSVSA : 141- 145: watqg V--LLl--N tvltv UNG_PSEDE : 105- 109: warqg V--LLl--N svltv UNG_SFVKA : 198- 205: kgfei VnvLLei-N dkpsi UNG_SFVKA : 200- 205: feivn V--LLei-N dkpsi UNG_STRPN : 114- 118: waeqg V--LLl--N acltv UNG_VACCC : 200- 206: feiin V--LLeldN kvpin UNG_VACCV : 200- 206: feiin V--LLeldN kapin UNG_VARV : 200- 206: feiin V--LLeldN kapin UNG_VZVD : 203- 207: warqg V--LLl--N ttltv UNG_YEAST : 218- 222: wasqg V--LLl--N tsltv UNG_YEAST : 263- 269: dgksl Vf-LLwg-N naikl UNG_YEAST : 263- 270: dgksl Vf-LLwgnN aiklv L 12: 14.6190 39( 20) L-x(0,1)-N-x(3)-[AGT]-V Occurences: 39(20) UNG1_HUMAN : 202- 209: kqgvl LlNavlTV rahqa UNG1_HUMAN : 203- 209: qgvll L-NavlTV rahqa UNG_BACSU : 121- 128: kqgvl LlNtvlTV rrgqa UNG_BACSU : 122- 128: qgvll L-NtvlTV rrgqa UNG_EBV : 147- 154: sqgvl LlNtilTV qkgkp UNG_EBV : 148- 154: qgvll L-NtilTV qkgkp UNG_ECOLI : 20- 26: qqpyf L-NtlqTV aserq UNG_ECOLI : 120- 127: rqgvl LlNtvlTV ragqa UNG_ECOLI : 121- 127: qgvll L-NtvlTV ragqa UNG_FOWP1 : 170- 176: nfrsi L-NsptTV vvgyh UNG_HAEIN : 118- 125: eqgvl LlNtvlTV ergma UNG_HAEIN : 119- 125: qgvll L-NtvlTV ergma UNG_HCMVA : 147- 154: rrgvl LlNtvfTV vhgqp UNG_HCMVA : 148- 154: rgvll L-NtvfTV vhgqp UNG_HSV11 : 203- 210: pppps LrNvlaAV kncyp UNG_HSV11 : 235- 242: rdgvl LlNttlTV krgaa UNG_HSV11 : 236- 242: dgvll L-NttlTV krgaa UNG_HSV23 : 164- 171: pvpps LrNvlaAV kncyp UNG_HSV23 : 196- 203: rdgvl LlNttlTV krgaa UNG_HSV23 : 197- 203: dgvll L-NttlTV krgaa UNG_HSV2H : 124- 131: pvpps LrNvlaAV kncyp UNG_HSV2H : 156- 163: rdgvl LlNttlTV krgaa UNG_HSV2H : 157- 163: dgvll L-NttlTV krgaa UNG_HSVEB : 180- 187: pvpps LrNiysAV qksyp UNG_HSVEB : 212- 219: eqgvl LiNttlTV argkp UNG_HSVSA : 143- 150: tqgvl LlNtvlTV ekgka UNG_HSVSA : 144- 150: qgvll L-NtvlTV ekgka UNG_PSEDE : 107- 114: rqgvl LlNsvlTV rarer UNG_PSEDE : 108- 114: qgvll L-NsvlTV rarer UNG_SFVKA : 110- 116: ykgyn L-NnveGV fpwny UNG_STRPN : 116- 123: eqgvl LlNaclTV pagqa UNG_STRPN : 117- 123: qgvll L-NaclTV pagqa UNG_VACCC : 110- 116: ykgyn L-NiidGV ipwny UNG_VACCV : 110- 116: ykgyn L-NiidGV ipwny UNG_VARV : 110- 116: ykgyn L-NiidGV ipwny UNG_VZVD : 205- 212: rqgvl LlNttlTV rrgtp UNG_VZVD : 206- 212: qgvll L-NttlTV rrgtp UNG_YEAST : 220- 227: sqgvl LlNtslTV rahna UNG_YEAST : 221- 227: qgvll L-NtslTV rahna M 13: 14.1083 35( 20) V-x(0,2)-I-x-G-x-[DHR] Occurences: 35(20) UNG1_HUMAN : 139- 145: ikdvk Vv-IlGqD pyhgp UNG1_HUMAN : 140- 145: kdvkv V--IlGqD pyhgp UNG_BACSU : 59- 65: yddvk Vv-IlGqD pyhgp UNG_BACSU : 60- 65: ddvkv V--IlGqD pyhgp UNG_EBV : 85- 91: psdik Vv-IlGqD pyhgg UNG_EBV : 86- 91: sdikv V--IlGqD pyhgg UNG_ECOLI : 57- 63: lgdvk Vv-IlGqD pyhgp UNG_ECOLI : 58- 63: gdvkv V--IlGqD pyhgp UNG_FOWP1 : 62- 68: lkdkr Vc-IvGiD pyptd UNG_HAEIN : 55- 61: fedvk Vv-IlGqD pyhgp UNG_HAEIN : 56- 61: edvkv V--IlGqD pyhgp UNG_HCMVA : 85- 91: peqvr Vv-IvGqD pycdg UNG_HCMVA : 86- 91: eqvrv V--IvGqD pycdg UNG_HSV11 : 172- 178: pdevr Vv-IiGqD pyhhp UNG_HSV11 : 173- 178: devrv V--IiGqD pyhhp UNG_HSV23 : 133- 139: pddvr Vv-IiGqD pyhhp UNG_HSV23 : 134- 139: ddvrv V--IiGqD pyhhp UNG_HSV2H : 93- 99: pddvr Vv-IiGqD pyhhp UNG_HSV2H : 94- 99: ddvrv V--IiGqD pyhhp UNG_HSVEB : 149- 155: pekvr Vv-IvGqD pyhap UNG_HSVEB : 150- 155: ekvrv V--IvGqD pyhap UNG_HSVSA : 81- 87: prdik Vv-IlGqD pyhgg UNG_HSVSA : 82- 87: rdikv V--IlGqD pyhgg UNG_PSEDE : 45- 51: ldkvr Vv-IlGqD pyhgd UNG_PSEDE : 46- 51: dkvrv V--IlGqD pyhgd UNG_SFVKA : 96- 103: yiaet VsnItGvR yykgy UNG_STRPN : 56- 62: leevk Vv-IlGqD pyhgp UNG_STRPN : 57- 62: eevkv V--IlGqD pyhgp UNG_VACCC : 174- 181: klesp VttIvGyH paard UNG_VACCV : 174- 181: klesp VttIvGyH paard UNG_VARV : 174- 181: klesp VttIvGyH paard UNG_VZVD : 142- 148: pqsir Vv-IiGqD pypta UNG_VZVD : 143- 148: qsirv V--IiGqD pypta UNG_YEAST : 156- 162: fnkvk Vv-IiGqD pyhnf UNG_YEAST : 157- 162: nkvkv V--IiGqD pyhnf N 14: 12.5102 21( 20) G-x-D-P Occurences: 21(20) UNG1_HUMAN : 143- 146: kvvil GqDP yhgpn UNG_BACSU : 63- 66: kvvil GqDP yhgpg UNG_EBV : 89- 92: kvvil GqDP yhggq UNG_ECOLI : 61- 64: kvvil GqDP yhgpg UNG_FOWP1 : 66- 69: rvciv GiDP yptda UNG_HAEIN : 59- 62: kvvil GqDP yhgpn UNG_HCMVA : 89- 92: rvviv GqDP ycdgs UNG_HSV11 : 176- 179: rvvii GqDP yhhpg UNG_HSV23 : 137- 140: rvvii GqDP yhhpg UNG_HSV2H : 97- 100: rvvii GqDP yhhpg UNG_HSVEB : 153- 156: rvviv GqDP yhapg UNG_HSVSA : 85- 88: kvvil GqDP yhggq UNG_PSEDE : 49- 52: rvvil GqDP yhgdg UNG_PSEDE : 200- 203: flesk GfDP idwrl UNG_SFVKA : 66- 69: rvcvc GiDP yprda UNG_STRPN : 60- 63: kvvil GqDP yhgpg UNG_VACCC : 66- 69: rvcvc GiDP ypkdg UNG_VACCV : 66- 69: rvcvc GiDP ypkdg UNG_VARV : 66- 69: rvcvc GiDP ypkdg UNG_VZVD : 146- 149: rvvii GqDP yptag UNG_YEAST : 160- 163: kvvii GqDP yhnfn O 15: 12.5102 20( 20) F-x(3)-N-x(2)-L Occurences: 20(20) UNG1_HUMAN : 284- 291: fgcrh FsktNelL qksgk UNG_BACSU : 203- 210: fgsrp FsraNayL ekmge UNG_EBV : 236- 243: lgnnh FvlaNnfL rekgl UNG_ECOLI : 202- 209: fgcnh FvlaNqwL eqrge UNG_FOWP1 : 195- 202: dtdet FeivNtlL elkne UNG_HAEIN : 200- 207: fgcrh FsktNsyL eshgi UNG_HCMVA : 229- 236: vgndh FilaNayL dthyr UNG_HSV11 : 315- 322: gtcqh FlvaNryL etrsi UNG_HSV23 : 276- 283: gtcqh FlaaNryL etrdi UNG_HSV2H : 236- 243: gtcqh FlaaNryL etrdi UNG_HSVEB : 292- 299: rdcph FleaNayL tktgr UNG_HSVSA : 232- 239: igcdh FnqaNkyL eehkk UNG_PSEDE : 189- 196: lgcrh FsqaNafL eskgf UNG_SFVKA : 195- 202: ekdkg FeivNvlL eindk UNG_STRPN : 198- 205: wgskp FskaNtfL ketgq UNG_VACCC : 195- 202: ekdrs FeiiNvlL eldnk UNG_VACCV : 195- 202: ekdrs FeiiNvlL eldnk UNG_VARV : 195- 202: ekdrs FeiiNvlL eldnk UNG_VZVD : 108- 115: yakgi FleyNrlL nsgee UNG_YEAST : 316- 323: fgtnh FkmiNdwL yntrg P 16: 12.0102 31( 20) L-L-x(3,4)-T Occurences: 31(20) UNG1_HUMAN : 202- 208: kqgvl LLnavlT vrahq UNG_BACSU : 121- 127: kqgvl LLntvlT vrrgq UNG_EBV : 147- 153: sqgvl LLntilT vqkgk UNG_ECOLI : 120- 126: rqgvl LLntvlT vragq UNG_FOWP1 : 37- 42: etgpw LLeen-T spshe UNG_HAEIN : 118- 124: eqgvl LLntvlT vergm UNG_HCMVA : 147- 153: rrgvl LLntvfT vvhgq UNG_HSV11 : 234- 239: ardgv LLlnt-T ltvkr UNG_HSV11 : 235- 241: rdgvl LLnttlT vkrga UNG_HSV23 : 195- 200: ardgv LLlnt-T ltvkr UNG_HSV23 : 196- 202: rdgvl LLnttlT vkrga UNG_HSV2H : 155- 160: ardgv LLlnt-T ltvkr UNG_HSV2H : 156- 162: rdgvl LLnttlT vkrga UNG_HSVEB : 211- 216: aeqgv LLint-T ltvar UNG_HSVSA : 143- 149: tqgvl LLntvlT vekgk UNG_PSEDE : 107- 113: rqgvl LLnsvlT vrare UNG_SFVKA : 143- 149: krisk LLlqhiT kyvnv UNG_SFVKA : 144- 149: riskl LLqhi-T kyvnv UNG_STRPN : 116- 122: eqgvl LLnaclT vpagq UNG_VACCC : 37- 42: evasw LLrde-T spipd UNG_VACCC : 143- 149: dkisk LLlqhiT khvsv UNG_VACCC : 144- 149: kiskl LLqhi-T khvsv UNG_VACCV : 37- 42: evasw LLrde-T spipd UNG_VACCV : 143- 149: dkisk LLlqhiT khvsv UNG_VACCV : 144- 149: kiskl LLqhi-T khvsv UNG_VARV : 37- 42: evasw LLrde-T spipd UNG_VARV : 143- 149: dkisk LLlhhiT khvrf UNG_VARV : 144- 149: kiskl LLhhi-T khvrf UNG_VZVD : 204- 209: arqgv LLlnt-T ltvrr UNG_VZVD : 205- 211: rqgvl LLnttlT vrrgt UNG_YEAST : 220- 226: sqgvl LLntslT vrahn Q 17: 12.0102 28( 20) L-L-x(0,1)-L Occurences: 28(20) UNG1_HUMAN : 73- 76: nkaaa LLrL aarnv UNG1_HUMAN : 201- 203: akqgv LL-L navlt UNG_BACSU : 120- 122: akqgv LL-L ntvlt UNG_EBV : 28- 30: vkgen LL-L pdlwl UNG_EBV : 146- 148: asqgv LL-L ntilt UNG_ECOLI : 119- 121: arqgv LL-L ntvlt UNG_FOWP1 : 201- 204: eivnt LLeL knepr UNG_HAEIN : 117- 119: aeqgv LL-L ntvlt UNG_HCMVA : 146- 148: arrgv LL-L ntvft UNG_HSV11 : 234- 236: ardgv LL-L nttlt UNG_HSV23 : 195- 197: ardgv LL-L nttlt UNG_HSV2H : 155- 157: ardgv LL-L nttlt UNG_HSVEB : 114- 116: qpyvr LL-L neykl UNG_HSVSA : 24- 26: tsddc LL-L stdwv UNG_HSVSA : 44- 47: flkqk LLqL lncik UNG_HSVSA : 142- 144: atqgv LL-L ntvlt UNG_PSEDE : 106- 108: arqgv LL-L nsvlt UNG_SFVKA : 143- 145: krisk LL-L qhitk UNG_STRPN : 115- 117: aeqgv LL-L naclt UNG_VACCC : 143- 145: dkisk LL-L qhitk UNG_VACCC : 201- 204: eiinv LLeL dnkvp UNG_VACCV : 143- 145: dkisk LL-L qhitk UNG_VACCV : 201- 204: eiinv LLeL dnkap UNG_VARV : 143- 145: dkisk LL-L hhitk UNG_VARV : 201- 204: eiinv LLeL dnkap UNG_VZVD : 204- 206: arqgv LL-L nttlt UNG_YEAST : 94- 97: snlrt LLsL eleti UNG_YEAST : 219- 221: asqgv LL-L ntslt R 18: 11.5102 24( 20) V-L-x(2,4)-N Occurences: 24(20) UNG1_HUMAN : 200- 204: wakqg VLll--N avltv UNG_BACSU : 119- 123: wakqg VLll--N tvltv UNG_EBV : 145- 149: wasqg VLll--N tiltv UNG_EBV : 237- 241: gnnhf VLan--N flrek UNG_ECOLI : 118- 122: warqg VLll--N tvltv UNG_FOWP1 : 116- 120: lfveg VLaw--N yylsc UNG_HAEIN : 116- 120: waeqg VLll--N tvltv UNG_HCMVA : 145- 149: warrg VLll--N tvftv UNG_HSV11 : 206- 212: pslrn VLaavkN cypea UNG_HSV11 : 233- 237: wardg VLll--N ttltv UNG_HSV23 : 167- 173: pslrn VLaavkN cypda UNG_HSV23 : 194- 198: wardg VLll--N ttltv UNG_HSV2H : 127- 133: pslrn VLaavkN cypda UNG_HSV2H : 154- 158: wardg VLll--N ttltv UNG_HSVEB : 210- 214: waeqg VLli--N ttltv UNG_HSVSA : 141- 145: watqg VLll--N tvltv UNG_PSEDE : 105- 109: warqg VLll--N svltv UNG_SFVKA : 200- 205: feivn VLlei-N dkpsi UNG_STRPN : 114- 118: waeqg VLll--N acltv UNG_VACCC : 200- 206: feiin VLleldN kvpin UNG_VACCV : 200- 206: feiin VLleldN kapin UNG_VARV : 200- 206: feiin VLleldN kapin UNG_VZVD : 203- 207: warqg VLll--N ttltv UNG_YEAST : 218- 222: wasqg VLll--N tsltv S 19: 11.5102 24( 20) V-x(0,1)-L-x(2,3)-N Occurences: 24(20) UNG1_HUMAN : 200- 204: wakqg V-Lll-N avltv UNG_BACSU : 119- 123: wakqg V-Lll-N tvltv UNG_EBV : 145- 149: wasqg V-Lll-N tiltv UNG_EBV : 237- 241: gnnhf V-Lan-N flrek UNG_ECOLI : 118- 122: warqg V-Lll-N tvltv UNG_FOWP1 : 102- 107: srryn VrLfk-N ynflf UNG_FOWP1 : 116- 120: lfveg V-Law-N yylsc UNG_HAEIN : 116- 120: waeqg V-Lll-N tvltv UNG_HCMVA : 145- 149: warrg V-Lll-N tvftv UNG_HSV11 : 233- 237: wardg V-Lll-N ttltv UNG_HSV23 : 194- 198: wardg V-Lll-N ttltv UNG_HSV2H : 154- 158: wardg V-Lll-N ttltv UNG_HSVEB : 112- 117: mqqpy VrLll-N eyklr UNG_HSVEB : 210- 214: waeqg V-Lli-N ttltv UNG_HSVSA : 141- 145: watqg V-Lll-N tvltv UNG_PSEDE : 105- 109: warqg V-Lll-N svltv UNG_SFVKA : 200- 205: feivn VlLei-N dkpsi UNG_SFVKA : 200- 205: feivn V-LleiN dkpsi UNG_STRPN : 114- 118: waeqg V-Lll-N acltv UNG_VACCC : 200- 206: feiin VlLeldN kvpin UNG_VACCV : 200- 206: feiin VlLeldN kapin UNG_VARV : 200- 206: feiin VlLeldN kapin UNG_VZVD : 203- 207: warqg V-Lll-N ttltv UNG_YEAST : 218- 222: wasqg V-Lll-N tsltv UNG_YEAST : 263- 269: dgksl VfLlwgN naikl T 20: 11.5102 45( 20) V-x(2,3)-G-x(2,3)-P Occurences: 45(20) UNG1_HUMAN : 139- 146: ikdvk VvilGqd-P yhgpn UNG1_HUMAN : 140- 146: kdvkv Vil-Gqd-P yhgpn UNG_BACSU : 59- 66: yddvk VvilGqd-P yhgpg UNG_BACSU : 60- 66: ddvkv Vil-Gqd-P yhgpg UNG_BACSU : 80- 87: glsfs Vkp-GvkqP pslkn UNG_EBV : 85- 92: psdik VvilGqd-P yhggq UNG_EBV : 86- 92: sdikv Vil-Gqd-P yhggq UNG_EBV : 105- 112: glafs Vay-GfpvP pslrn UNG_ECOLI : 57- 64: lgdvk VvilGqd-P yhgpg UNG_ECOLI : 58- 64: gdvkv Vil-Gqd-P yhgpg UNG_ECOLI : 78- 85: glafs Vrp-GiaiP pslln UNG_FOWP1 : 62- 69: lkdkr VcivGid-P yptda UNG_FOWP1 : 176- 182: nsptt Vvv-Gyh-P aarnr UNG_HAEIN : 55- 62: fedvk VvilGqd-P yhgpn UNG_HAEIN : 56- 62: edvkv Vil-Gqd-P yhgpn UNG_HCMVA : 85- 92: peqvr VvivGqd-P ycdgs UNG_HCMVA : 86- 92: eqvrv Viv-Gqd-P ycdgs UNG_HSV11 : 172- 179: pdevr VviiGqd-P yhhpg UNG_HSV11 : 173- 179: devrv Vii-Gqd-P yhhpg UNG_HSV23 : 133- 140: pddvr VviiGqd-P yhhpg UNG_HSV23 : 134- 140: ddvrv Vii-Gqd-P yhhpg UNG_HSV2H : 93- 100: pddvr VviiGqd-P yhhpg UNG_HSV2H : 94- 100: ddvrv Vii-Gqd-P yhhpg UNG_HSVEB : 149- 156: pekvr VvivGqd-P yhapg UNG_HSVEB : 150- 156: ekvrv Viv-Gqd-P yhapg UNG_HSVEB : 170- 177: glafs Vrk-GvpvP pslrn UNG_HSVEB : 272- 280: rqhhl VltyGhpsP lsrvn UNG_HSVSA : 81- 88: prdik VvilGqd-P yhggq UNG_HSVSA : 82- 88: rdikv Vil-Gqd-P yhggq UNG_PSEDE : 45- 52: ldkvr VvilGqd-P yhgdg UNG_PSEDE : 46- 52: dkvrv Vil-Gqd-P yhgdg UNG_PSEDE : 66- 73: glcfs Vrp-GvrtP pslvn UNG_SFVKA : 62- 69: lkdkr VcvcGid-P yprda UNG_STRPN : 29- 37: qfmeq VysqGiiyP pkekv UNG_STRPN : 56- 63: leevk VvilGqd-P yhgpg UNG_STRPN : 57- 63: eevkv Vil-Gqd-P yhgpg UNG_VACCC : 62- 69: lrnkr VcvcGid-P ypkdg UNG_VACCV : 62- 69: lrnkr VcvcGid-P ypkdg UNG_VARV : 62- 69: lrnkr VcvcGid-P ypkdg UNG_VZVD : 142- 149: pqsir VviiGqd-P yptag UNG_VZVD : 143- 149: qsirv Vii-Gqd-P yptag UNG_VZVD : 163- 169: glafs Vkr-Git-P psslk UNG_VZVD : 163- 170: glafs Vkr-GitpP sslkn UNG_YEAST : 156- 163: fnkvk VviiGqd-P yhnfn UNG_YEAST : 157- 163: nkvkv Vii-Gqd-P yhnfn UNG_YEAST : 284- 291: lgsts Vgs-GskyP nimvm Number of patterns evaluated by Pratt:928 Total running time: 2 seconds