------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 25 sequences from file TRP_SYNTHASE_ALPHA PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 25 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename TRP_SYNTHASE_ALPHA.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: TRPA_ANTSP 263 TRPA_BACST 269 TRPA_BACSU 267 TRPA_BRELA 281 TRPA_BUCAP 271 TRPA_CAUCR 275 TRPA_CYACA 242 TRPA_ECOLI 268 TRPA_HAEIN 268 TRPA_HALVO 277 TRPA_KLEAE 269 TRPA_LACCA 266 TRPA_LACLA 253 TRPA_MAIZE 346 TRPA_METTH 265 TRPA_METVO 284 TRPA_PSEAE 268 TRPA_PSEPU 269 TRPA_PSESY 269 TRPA_SALTY 268 TRPA_THETH 271 TRPA_VIBPA 268 TRP_COPCI 682 TRP_NEUCR 708 TRP_YEAST 707 Pratt run started at Thu Feb 6 21:29:53 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 12.5102 25( 25) Y-x(5)-G-x-T 2: 12.0102 35( 25) D-G-x(1,2)-I 3: 12.0102 27( 25) G-x(0,1)-F-G 4: 12.0102 41( 25) G-x(4)-D-x(0,1)-P 5: 12.0102 29( 25) G-x(3,4)-D-x(4)-G 6: 12.0102 30( 25) E-x(0,1)-G-x(4)-D 7: 11.5102 45( 25) A-D-x(1,3)-I 8: 11.5102 49( 25) G-x(1,2)-G-x(0,1)-I 9: 11.5102 60( 25) A-x(0,1)-G-x(1,2)-I 10: 11.5102 28( 25) G-x(0,1)-T-x(0,1)-G 11: 11.5102 28( 25) G-x(4)-D-x(1,3)-D 12: 11.5102 50( 25) A-x(3,5)-E-x-G 13: 11.5102 38( 25) D-G-x(1,3)-I 14: 11.0102 40( 25) I-x(1,3)-A-x(3,4)-L 15: 11.0102 41( 25) G-x(2,3)-G-x(1,3)-A 16: 11.0102 40( 25) S-x(1,3)-G-x(2,3)-G 17: 11.0102 41( 25) S-x(0,2)-G-x(2,3)-G 18: 11.0102 55( 25) P-x(1,3)-A-x(0,1)-G 19: 11.0102 46( 25) A-x(0,2)-D-x(2,3)-I 20: 11.0102 41( 25) Y-x(1,3)-V-x(3,4)-G Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 40.8650 25( 25) E-x(0,1)-G-[FILMV]-[APV]-x-[PST]-D-[ALP]-x-[AGIL]-[DE]-[EG]-x(2)-[ILPV]-x(2)-[AES]-x(3)-[AEGS]-[FL] B 2: 23.4125 28( 25) G-[FILV]-[ILPV]-x(2)-D-x(0,1)-P-x(2)-[DEH]-[ADGNST]-x(2)-[ILV] C 3: 22.3676 26( 25) G-x(3,4)-D-[AGIPV]-[ILMV]-x(2)-G-x(3)-[AEGQST]-x-[ADPS]-x(3)-[AGSV] D 4: 20.3294 34( 25) A-x(3,5)-E-x-G-x-[ADPT]-x-[ASTV]-x-[APTV]-x(2)-[ADET] E 5: 18.8698 25( 25) Y-x(2)-[AS]-x(2)-G-x-T-[GS] F 6: 15.9384 31( 25) D-G-x(1,3)-I-x(2)-[ADGS]-x(3)-[ADES] G 7: 15.5823 32( 25) D-G-x(1,2)-I-x(2)-[ACDGST]-x(3)-[ADEQS] H 8: 14.6787 27( 25) G-x(0,1)-F-G-[GIV] I 9: 14.1390 41( 25) A-x(0,1)-G-x(1,2)-I-x(2)-[ADS] J 10: 13.8376 26( 25) G-[FIMV]-x(3)-D-x(1,3)-D K 11: 13.7661 36( 25) A-D-x(1,3)-I-[AEGQ] L 12: 11.5102 49( 25) G-x(1,2)-G-x(0,1)-I M 13: 11.5102 28( 25) G-x(0,1)-T-x(0,1)-G N 14: 11.0102 40( 25) I-x(1,3)-A-x(3,4)-L O 15: 11.0102 41( 25) G-x(2,3)-G-x(1,3)-A P 16: 11.0102 40( 25) S-x(1,3)-G-x(2,3)-G Q 17: 11.0102 41( 25) S-x(0,2)-G-x(2,3)-G R 18: 11.0102 55( 25) P-x(1,3)-A-x(0,1)-G S 19: 11.0102 46( 25) A-x(0,2)-D-x(2,3)-I T 20: 11.0102 41( 25) Y-x(1,3)-V-x(3,4)-G Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 40.8650 25( 25) E-x(0,1)-G-[FILMV]-[APV]-x-[PST]-D-[ALP]-x-[AGIL]-[DE]-[EG]-x(2)-[ILPV]-x(2)-[AES]-x(3)-[AEGS]-[FL] Occurences: 25(25) TRPA_ANTSP : 47- 70: gadii ElGIPySDAlADGsvIqhSsliAL qggty TRPA_BACST : 41- 64: gadll ElGVPySDPlADGptIqrAaarAL agnmt TRPA_BACSU : 43- 66: gatal ElGVAySDPlADGpvIqrAskrAL dqgmn TRPA_BRELA : 50- 73: gadal ElGVPfSDPvADGptVaeShlrAL dggat TRPA_BUCAP : 49- 72: gadal ElGIPfSDPlADGpiIqkAslrAL ykknt TRPA_CAUCR : 51- 74: gadli ElGFPfSDPmAEGptIqrAaqrGL ksgmt TRPA_CYACA : 32- 55: gadvi EiGVPySDPlADGmiLqkAsqqAL kngfr TRPA_ECOLI : 49- 72: gadal ElGIPfSDPlADGptIqnAtlrAF aagvt TRPA_HAEIN : 49- 72: gadal ElGFPfSDPlLDGpvIqaAnnrAL taghs TRPA_HALVO : 119- 141: aevgi E-GFVvPDLpAEEagPlrEacdEF gldlv TRPA_KLEAE : 49- 72: gadal ElGIPfSDPlADGptIqgAalrAF aagvt TRPA_LACCA : 46- 69: gadiv ElGIPfSDPvADGpvIqaAdlrAF aanvr TRPA_LACLA : 47- 70: gssai EiGVPfSDPvADGpvIeqAglrAL arnvs TRPA_MAIZE : 134- 157: gadvi ElGVPcSDPyIDGpiIqaSvarAL asgtt TRPA_METTH : 45- 68: gadal EiGFPfSDPiADGtsVqeAdlrAL nsgmt TRPA_METVO : 55- 78: ycgvi ElGIPfSDPiADGstIqeAnvrSL sngyk TRPA_PSEAE : 49- 72: gadvi ElGMPfTDPmADGpaIqlAnirAL eggqt TRPA_PSEPU : 49- 72: gadvi ElGMPfTDPmADGvaIqlAtlrAL eagqt TRPA_PSESY : 49- 72: gadvi ElGMPfTDPmADGpaIqlAnirAL eakqn TRPA_SALTY : 49- 72: gadal ElGVPfSDPlADGptIqnAnlrAF aagvt TRPA_THETH : 47- 70: yadll EiGLPySDPlGDGpvIqrAselAL rkgms TRPA_VIBPA : 49- 72: gadal ElGIPfSDPlADGptIqgAnirAL dsgat TRP_COPCI : 46- 69: gadii ElGIPfSDPiADGpvIqeAntvAL kndid TRP_NEUCR : 49- 72: gadvi ElGVPfTDPiADGptIqtAntiAL qhgvt TRP_YEAST : 50- 73: gvdii ElGMPfSDPiADGptIqlSntvAL qngvt B 2: 23.4125 28( 25) G-[FILV]-[ILPV]-x(2)-D-x(0,1)-P-x(2)-[DEH]-[ADGNST]-x(2)-[ILV] Occurences: 28(25) TRPA_ANTSP : 122- 136: lmgak GLIvpDlPleETdeL ivicn TRPA_BACST : 43- 56: dllel GVPysD-PlaDGptI qraaa TRPA_BACST : 117- 131: engan GVLipDlPfeESgpL relge TRPA_BACSU : 119- 133: enhid GLLvpDlPleESnsL qeeck TRPA_BRELA : 52- 65: dalel GVPfsD-PvaDGptV aeshl TRPA_BUCAP : 51- 64: dalel GIPfsD-PlaDGpiI qkasl TRPA_CAUCR : 53- 66: dliel GFPfsD-PmaEGptI qraaq TRPA_CAUCR : 127- 141: kagvd GLIivDcPpeEAdpL sdale TRPA_CYACA : 34- 47: dviei GVPysD-PlaDGmiL qkasq TRPA_ECOLI : 51- 64: dalel GIPfsD-PlaDGptI qnatl TRPA_HAEIN : 51- 64: dalel GFPfsD-PllDGpvI qaann TRPA_HALVO : 120- 134: evgie GFVvpDlPaeEAgpL reacd TRPA_KLEAE : 51- 64: dalel GIPfsD-PlaDGptI qgaal TRPA_LACCA : 48- 61: divel GIPfsD-PvaDGpvI qaadl TRPA_LACLA : 49- 62: saiei GVPfsD-PvaDGpvI eqagl TRPA_MAIZE : 136- 149: dviel GVPcsD-PyiDGpiI qasva TRPA_METTH : 47- 60: dalei GFPfsD-PiaDGtsV qeadl TRPA_METVO : 57- 70: gviel GIPfsD-PiaDGstI qeanv TRPA_PSEAE : 125- 139: evgvd GLIvvDlPpeHNedL chpaq TRPA_PSEPU : 125- 139: qagvd GLIivDlPpeHDaeL atpaq TRPA_PSESY : 125- 139: eagvd GLIvvDmPpeHNgeL cdpaq TRPA_SALTY : 51- 64: dalel GVPfsD-PlaDGptI qnanl TRPA_THETH : 49- 62: dllei GLPysD-PlgDGpvI qrase TRPA_THETH : 122- 136: qagat GVIlpDlPpdEDpgL vrlaq TRPA_VIBPA : 51- 64: dalel GIPfsD-PlaDGptI qgani TRP_COPCI : 48- 61: diiel GIPfsD-PiaDGpvI qeant TRP_NEUCR : 51- 64: dviel GVPftD-PiaDGptI qtant TRP_YEAST : 126- 140: kagan GFIivDlPpeEAlkV rnyin C 3: 22.3676 26( 25) G-x(3,4)-D-[AGIPV]-[ILMV]-x(2)-G-x(3)-[AEGQST]-x-[ADPS]-x(3)-[AGSV] Occurences: 26(25) TRPA_ANTSP : 49- 69: diiel GipysDALadGsviQhSsliA lqggt TRPA_BACST : 43- 63: dllel GvpysDPLadGptiQrAaarA lagnm TRPA_BACSU : 45- 65: talel GvaysDPLadGpviQrAskrA ldqgm TRPA_BRELA : 52- 72: dalel GvpfsDPVadGptvAeShlrA ldgga TRPA_BUCAP : 51- 71: dalel GipfsDPLadGpiiQkAslrA lykkn TRPA_CAUCR : 53- 73: dliel GfpfsDPMaeGptiQrAaqrG lksgm TRPA_CYACA : 34- 54: dviei GvpysDPLadGmilQkAsqqA lkngf TRPA_ECOLI : 51- 71: dalel GipfsDPLadGptiQnAtlrA faagv TRPA_HAEIN : 51- 71: dalel GfpfsDPLldGpviQaAnnrA ltagh TRPA_HALVO : 228- 248: dgiiv GsalvDIVaeGhenGdDaetV adrle TRPA_KLEAE : 51- 71: dalel GipfsDPLadGptiQgAalrA faagv TRPA_LACCA : 48- 68: divel GipfsDPVadGpviQaAdlrA faanv TRPA_LACLA : 49- 69: saiei GvpfsDPVadGpviEqAglrA larnv TRPA_MAIZE : 127- 146: lrlld Gcga-DVIelGvpcSdPyidG piiqa TRPA_METTH : 47- 67: dalei GfpfsDPIadGtsvQeAdlrA lnsgm TRPA_METVO : 57- 77: gviel GipfsDPIadGstiQeAnvrS lsngy TRPA_PSEAE : 42- 61: lkglp Gaga-DVIelGmpfTdPmadG paiql TRPA_PSEAE : 51- 71: dviel GmpftDPMadGpaiQlAnirA leggq TRPA_PSEPU : 51- 71: dviel GmpftDPMadGvaiQlAtlrA leagq TRPA_PSESY : 51- 71: dviel GmpftDPMadGpaiQlAnirA leakq TRPA_SALTY : 51- 71: dalel GvpfsDPLadGptiQnAnlrA faagv TRPA_THETH : 49- 69: dllei GlpysDPLgdGpviQrAselA lrkgm TRPA_VIBPA : 51- 71: dalel GipfsDPLadGptiQgAnirA ldsga TRP_COPCI : 48- 68: diiel GipfsDPIadGpviQeAntvA lkndi TRP_NEUCR : 51- 71: dviel GvpftDPIadGptiQtAntiA lqhgv TRP_YEAST : 52- 72: diiel GmpfsDPIadGptiQlSntvA lqngv D 4: 20.3294 34( 25) A-x(3,5)-E-x-G-x-[ADPT]-x-[ASTV]-x-[APTV]-x(2)-[ADET] Occurences: 34(25) TRPA_ANTSP : 43- 58: ldsqg Adii--ElGiPySdAlaD gsviq TRPA_BACST : 35- 52: lalee AgadllElGvPySdPlaD gptiq TRPA_BACST : 37- 52: leeag Adll--ElGvPySdPlaD gptiq TRPA_BACSU : 37- 54: kslqk AgatalElGvAySdPlaD gpviq TRPA_BACSU : 39- 54: lqkag Atal--ElGvAySdPlaD gpviq TRPA_BRELA : 46- 61: aierg Adal--ElGvPfSdPvaD gptva TRPA_BUCAP : 45- 60: lieng Adal--ElGiPfSdPlaD gpiiq TRPA_CAUCR : 45- 62: kglpa AgadliElGfPfSdPmaE gptiq TRPA_CAUCR : 47- 62: lpaag Adli--ElGfPfSdPmaE gptiq TRPA_CYACA : 28- 43: landg Advi--EiGvPySdPlaD gmilq TRPA_ECOLI : 43- 60: dtlie AgadalElGiPfSdPlaD gptiq TRPA_ECOLI : 45- 60: lieag Adal--ElGiPfSdPlaD gptiq TRPA_HAEIN : 45- 60: lvdng Adal--ElGfPfSdPllD gpviq TRPA_HALVO : 39- 54: lergg Advi--ElGlPfSePiaE gptiq TRPA_KLEAE : 45- 60: liegg Adal--ElGiPfSdPlaD gptiq TRPA_LACCA : 42- 57: lakgg Adiv--ElGiPfSdPvaD gpviq TRPA_LACLA : 41- 58: qlleq AgssaiEiGvPfSdPvaD gpvie TRPA_MAIZE : 130- 145: ldgcg Advi--ElGvPcSdPyiD gpiiq TRPA_METTH : 39- 56: rtlvd AgadalEiGfPfSdPiaD gtsvq TRPA_METTH : 41- 56: lvdag Adal--EiGfPfSdPiaD gtsvq TRPA_METVO : 226- 242: sngeh Aekii-EnGaDgViVgsA fvdii TRPA_PSEAE : 43- 60: kglpg AgadviElGmPfTdPmaD gpaiq TRPA_PSEAE : 45- 60: lpgag Advi--ElGmPfTdPmaD gpaiq TRPA_PSEPU : 43- 60: kglpa AgadviElGmPfTdPmaD gvaiq TRPA_PSEPU : 45- 60: lpaag Advi--ElGmPfTdPmaD gvaiq TRPA_PSESY : 43- 60: kglpa AgadviElGmPfTdPmaD gpaiq TRPA_PSESY : 45- 60: lpaag Advi--ElGmPfTdPmaD gpaiq TRPA_SALTY : 43- 60: dtlid AgadalElGvPfSdPlaD gptiq TRPA_SALTY : 45- 60: lidag Adal--ElGvPfSdPlaD gptiq TRPA_THETH : 43- 58: evlpy Adll--EiGlPySdPlgD gpviq TRPA_VIBPA : 45- 60: lvesg Adal--ElGiPfSdPlaD gptiq TRP_COPCI : 42- 57: lqagg Adii--ElGiPfSdPiaD gpviq TRP_NEUCR : 45- 60: mekgg Advi--ElGvPfTdPiaD gptiq TRP_YEAST : 320- 337: pealh AclrelEkGfDeAvAdpT fwedf E 5: 18.8698 25( 25) Y-x(2)-[AS]-x(2)-G-x-T-[GS] Occurences: 25(25) TRPA_ANTSP : 172- 181: spgci YlvSstGvTG vrddi TRPA_BACST : 166- 175: aqgfl YcvSslGvTG mretl TRPA_BACSU : 168- 177: aegfv YcvSslGvTG vrnef TRPA_BRELA : 173- 182: skgyi YaiSrdGvTG teres TRPA_BUCAP : 175- 184: akgyi YllSrpGvTG iekkt TRPA_CAUCR : 177- 186: tsgfv YyvSvaGvTG vksad TRPA_CYACA : 155- 164: cddwi YlvSrtGvTG vdahf TRPA_ECOLI : 175- 184: grgyt YllSraGvTG aenra TRPA_HAEIN : 175- 184: segyt YlvSraGvTS aenqa TRPA_HALVO : 170- 179: vsgyv YvqArlGtTG aqssv TRPA_KLEAE : 175- 184: grgyt YllSraGvTG aenra TRPA_LACCA : 170- 179: asgfi YvvSsmGiTG erdef TRPA_LACLA : 170- 179: aegfi YavAinGvTG kenay TRPA_MAIZE : 255- 264: segfv YlvSvnGvTG pranv TRPA_METTH : 170- 179: ssgfh YlvSvmGvTG arsrv TRPA_METVO : 180- 189: stlfl YviStfGiTG argsf TRPA_PSEAE : 175- 184: ssgfv YyvSvaGvTG anaat TRPA_PSEPU : 175- 184: ssgfv YyvSvaGvTG agsat TRPA_PSESY : 175- 184: ssgfv YyvSvaGvTG agaat TRPA_SALTY : 175- 184: grgyt YllSrsGvTG aenrg TRPA_THETH : 172- 181: atgfs 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