------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 36 sequences from file TOPOISOMERASE_II PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 36 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 23 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename TOPOISOMERASE_II.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: GYRB_BACSU 638 GYRB_BORBU 302 GYRB_BUCAP 91 GYRB_ECOLI 803 GYRB_HAEIN 806 GYRB_HALSQ 639 GYRB_MYCHO 648 GYRB_MYCPN 650 GYRB_MYCTU 714 GYRB_NEIGO 781 GYRB_PROMI 182 GYRB_PSEPU 806 GYRB_RHOCA 134 GYRB_SPICI 640 GYRB_STAAU 640 GYRB_STRCO 686 PARE_ECOLI 630 PARE_HAEIN 632 PARE_SALTY 630 TOP2_ARATH 1473 TOP2_ASFB7 1192 TOP2_ASFM2 1191 TOP2_CAEEL 1198 TOP2_CRIFA 1239 TOP2_CRIGR 1526 TOP2_DROME 1447 TOP2_MOUSE 1528 TOP2_PLAFK 1398 TOP2_RAT 1526 TOP2_SCHPO 1431 TOP2_TRYBB 1221 TOP2_TRYCR 1232 TOP2_YEAST 1429 TOPA_HUMAN 1530 TOPB_HUMAN 1626 TOPL_BPT4 520 Pratt run started at Thu Feb 6 21:27:59 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 12.0102 72( 36) G-x(3,4)-G-x-G 2: 12.0102 94( 36) G-x(0,1)-L-x(2)-V 3: 11.5102 71( 36) G-x(1,3)-G-I 4: 11.5102 78( 36) D-x(0,2)-E-x-L 5: 11.5102 91( 36) N-x(0,2)-I-x(5)-G 6: 11.5102 78( 36) D-x(0,1)-S-x(4,5)-L 7: 11.5102 102( 36) D-x(3,4)-E-x(0,1)-L 8: 11.5102 115( 36) G-x(0,1)-L-x(2,3)-V 9: 11.5102 61( 36) G-x(4)-G-x(2,4)-L 10: 11.5102 73( 36) I-x(3,4)-D-x(1,2)-G 11: 11.5102 104( 36) L-x(1,2)-G-x(2,3)-A 12: 11.0102 87( 36) G-x(0,1)-R-x(0,2)-G 13: 11.0102 94( 36) D-x(0,1)-G-x(0,2)-I 14: 11.0102 82( 36) D-x(1,2)-G-x(0,2)-I 15: 11.0102 84( 36) I-x(2,4)-D-x(1,2)-G 16: 11.0102 119( 36) I-x(3,5)-G-x(0,1)-G 17: 11.0102 90( 36) V-x(0,2)-N-x(3,4)-E 18: 11.0102 93( 36) L-x(1,3)-V-x(3,4)-D 19: 11.0102 74( 36) G-x(0,1)-G-x(0,2)-L 20: 11.0102 134( 36) G-x(0,2)-L-x(2,3)-V Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 13.3376 51( 36) G-x(0,1)-G-x(0,2)-L-x(2)-[FIMV] B 2: 12.0102 72( 36) G-x(3,4)-G-x-G C 3: 12.0102 94( 36) G-x(0,1)-L-x(2)-V D 4: 11.5102 71( 36) G-x(1,3)-G-I E 5: 11.5102 78( 36) D-x(0,2)-E-x-L F 6: 11.5102 91( 36) N-x(0,2)-I-x(5)-G G 7: 11.5102 78( 36) D-x(0,1)-S-x(4,5)-L H 8: 11.5102 102( 36) D-x(3,4)-E-x(0,1)-L I 9: 11.5102 115( 36) G-x(0,1)-L-x(2,3)-V J 10: 11.5102 61( 36) G-x(4)-G-x(2,4)-L K 11: 11.5102 73( 36) I-x(3,4)-D-x(1,2)-G L 12: 11.5102 104( 36) L-x(1,2)-G-x(2,3)-A M 13: 11.0102 87( 36) G-x(0,1)-R-x(0,2)-G N 14: 11.0102 94( 36) D-x(0,1)-G-x(0,2)-I O 15: 11.0102 82( 36) D-x(1,2)-G-x(0,2)-I P 16: 11.0102 84( 36) I-x(2,4)-D-x(1,2)-G Q 17: 11.0102 119( 36) I-x(3,5)-G-x(0,1)-G R 18: 11.0102 90( 36) V-x(0,2)-N-x(3,4)-E S 19: 11.0102 93( 36) L-x(1,3)-V-x(3,4)-D T 20: 11.0102 134( 36) G-x(0,2)-L-x(2,3)-V Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 13.3376 51( 36) G-x(0,1)-G-x(0,2)-L-x(2)-[FIMV] Occurences: 51(36) GYRB_BACSU : 115- 120: gykvs G-G--LhgV gasvv GYRB_BORBU : 115- 120: tykvs G-G--LhgV gisvv GYRB_BUCAP : 33- 39: gdtdd GsG--LhhM vfeiv GYRB_ECOLI : 32- 38: gdtdd GtG--LhhM vfevv GYRB_ECOLI : 112- 117: sykvs G-G--LhgV gvsvv GYRB_ECOLI : 277- 284: ipqrd G-GthLagF raamt GYRB_HAEIN : 37- 43: gdtdd GtG--LhhM vfevv GYRB_HAEIN : 117- 122: sykvs G-G--LhgV gvsvv GYRB_HAEIN : 281- 288: ipqrd G-GthLagF rgalt GYRB_HALSQ : 114- 119: syqvs G-G--LhgV gvtvv GYRB_HALSQ : 282- 289: intre G-GthLtgF ktalt GYRB_MYCHO : 117- 122: nykvs G-G--LhgV gasvv GYRB_MYCPN : 117- 122: sykvs G-G--LhgV gasvv 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GdtddGtG lhhmv GYRB_ECOLI : 112- 118: sykvs Gglh-GvG vsvvn GYRB_HAEIN : 32- 39: pgmyi GdtddGtG lhhmv GYRB_HAEIN : 117- 123: sykvs Gglh-GvG vsvvn GYRB_HALSQ : 114- 120: syqvs Gglh-GvG vtvvn GYRB_MYCHO : 117- 123: nykvs Gglh-GvG asvvn GYRB_MYCPN : 117- 123: sykvs Gglh-GvG asvvn GYRB_MYCTU : 157- 163: ayais Gglh-GvG vsvvn GYRB_NEIGO : 32- 39: pgmyi GdtqdGsG lhhmv GYRB_NEIGO : 117- 123: sykis Gglh-GvG vsvvn GYRB_NEIGO : 399- 405: itrrk Glmd-GlG lpgkl GYRB_PROMI : 28- 35: pgmyi GdtddGtG lhhmv GYRB_PROMI : 113- 119: sykvs Gglh-GvG vsvvn GYRB_PSEPU : 30- 37: pgmyi GdtddGsG lhhmv GYRB_PSEPU : 115- 121: sykvs Gglh-GvG vsvvn GYRB_RHOCA : 22- 28: piymv Gevr-GiG vevam GYRB_SPICI : 112- 118: tykis Gglh-GvG asvvn GYRB_STAAU : 107- 113: tvlha Ggkf-GgG gykvs GYRB_STAAU : 107- 114: tvlha GgkfgGgG ykvsg GYRB_STAAU : 108- 114: vlhag Gkfg-GgG ykvsg GYRB_STAAU : 119- 125: gykvs Gglh-GvG ssvvn GYRB_STRCO : 128- 134: tvlha Ggkf-GgG gyavs GYRB_STRCO : 128- 135: tvlha GgkfgGgG yavsg GYRB_STRCO : 129- 135: vlhag Gkfg-GgG yavsg GYRB_STRCO : 140- 146: gyavs Gglh-GvG vsvvn PARE_ECOLI : 109- 115: nyqfs Gglh-GvG isvvn PARE_HAEIN : 109- 115: nyefa Gglh-GvG isvvn PARE_SALTY : 109- 115: nyqfs Gglh-GvG isvvn TOP2_ARATH : 160- 166: vkktt Ggrn-GyG akltn TOP2_ARATH : 841- 848: tvlvn GaegiGtG wstfi TOP2_ASFB7 : 141- 147: kdcik Ggtn-GvG lklam TOP2_ASFM2 : 141- 147: kdcik Ggtn-GvG lklam TOP2_CAEEL : 191- 197: eiktv Ggrn-GyG aklcn TOP2_CAEEL : 873- 880: lilin GtegiGtG wstki TOP2_CRIFA : 822- 829: lllcn GavgiGfG fatni TOP2_CRIGR : 159- 165: ekkvt Ggrn-GyG aklcn TOP2_CRIGR : 851- 858: mvlin GaegiGtG wscki TOP2_DROME : 141- 147: ekkvt Ggrn-GyG aklcn TOP2_DROME : 832- 839: mvlvn GaegiGtG wstki TOP2_DROME : 1215- 1221: kvksm Ggga-GaG dvfpd TOP2_MOUSE : 159- 165: ekkvt Ggrn-GyG aklcn TOP2_MOUSE : 851- 858: mvlin GaegiGtG wscki TOP2_PLAFK : 143- 149: edrit Ggrn-GfG akltn TOP2_PLAFK : 877- 884: tilvn GcegiGtG yssfi TOP2_RAT : 158- 164: ekkvt Ggrn-GyG aklcn TOP2_RAT : 850- 857: mvlin GaegiGtG wscki TOP2_SCHPO : 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