------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 35 sequences from file TONB_DEPENDENT_REC_2 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 35 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 30 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename TONB_DEPENDENT_REC_2.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: BTUB_ECOLI 614 BTUB_SALTY 614 CEAB_ECOLI 510 CEAD_ECOLI 697 CEAM_ECOLI 271 CIRA_ECOLI 663 FATA_VIBAN 726 FCUA_YEREN 758 FECA_ECOLI 774 FEPA_ECOLI 745 FHUA_ECOLI 747 FHUE_ECOLI 729 FOXA_YEREN 710 FPTA_PSEAE 720 FYUA_YEREN 673 FYUA_YERPE 673 HEMR_YEREN 686 HXC1_HAEIN 744 HXC2_HAEIN 725 IRGA_VIBCH 652 IROA_NEIME 943 IUTA_ECOLI 732 PBUA_PSESP 826 PFEA_PSEAE 746 PUPA_PSEPU 819 PUPB_PSEPU 809 TB11_NEIME 911 TB12_NEIME 908 TBP1_HAEIN 912 TBP1_NEIGO 915 Y262_HAEIN 723 Y635_HAEIN 953 Y661_HAEIN 758 Y712_HAEIN 1084 YC17_HAEIN 913 Pratt run started at Thu Feb 6 21:27:37 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 11.5102 68( 35) S-x(1,2)-L-x(3,4)-G 2: 11.0102 82( 35) T-x(1,2)-L-x(0,2)-G 3: 11.0102 99( 35) S-x(0,2)-L-x(3,4)-G 4: 11.0102 114( 35) S-x(2,3)-L-x(0,2)-G 5: 11.0102 132( 35) S-x(2,4)-L-x(0,1)-G 6: 11.0102 107( 35) G-x(2,3)-L-x(1,3)-G 7: 11.0102 105( 35) G-x(2,4)-L-x(2,3)-G 8: 11.0102 81( 35) L-x(2,4)-A-x(0,1)-G 9: 11.0102 101( 35) G-x(1,2)-L-x(2,4)-S 10: 11.0102 102( 35) G-x(1,2)-L-x(0,2)-S 11: 11.0102 105( 35) L-x(2,4)-G-x(4,5)-S 12: 11.0102 84( 35) T-x(0,2)-L-x(3,4)-G 13: 11.0102 84( 35) G-x(1,3)-G-x(0,1)-N 14: 11.0102 104( 35) V-x(1,2)-G-x(3,5)-G 15: 11.0102 98( 35) G-x(1,3)-G-x(4,5)-S 16: 11.0102 78( 35) G-x(1,2)-A-x(0,2)-S 17: 11.0102 105( 35) L-x(1,2)-G-x(0,2)-G 18: 11.0102 102( 35) L-x(1,2)-G-x(0,2)-S 19: 11.0102 90( 35) L-x(2,4)-G-x(0,1)-S 20: 11.0102 83( 35) L-x(0,1)-L-x(2,4)-G Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 11.5102 68( 35) S-x(1,2)-L-x(3,4)-G B 2: 11.0102 82( 35) T-x(1,2)-L-x(0,2)-G C 3: 11.0102 99( 35) S-x(0,2)-L-x(3,4)-G D 4: 11.0102 114( 35) S-x(2,3)-L-x(0,2)-G E 5: 11.0102 132( 35) S-x(2,4)-L-x(0,1)-G F 6: 11.0102 107( 35) G-x(2,3)-L-x(1,3)-G G 7: 11.0102 105( 35) G-x(2,4)-L-x(2,3)-G H 8: 11.0102 81( 35) L-x(2,4)-A-x(0,1)-G I 9: 11.0102 101( 35) G-x(1,2)-L-x(2,4)-S J 10: 11.0102 102( 35) G-x(1,2)-L-x(0,2)-S K 11: 11.0102 105( 35) L-x(2,4)-G-x(4,5)-S L 12: 11.0102 84( 35) T-x(0,2)-L-x(3,4)-G M 13: 11.0102 84( 35) G-x(1,3)-G-x(0,1)-N N 14: 11.0102 104( 35) V-x(1,2)-G-x(3,5)-G O 15: 11.0102 98( 35) G-x(1,3)-G-x(4,5)-S P 16: 11.0102 78( 35) G-x(1,2)-A-x(0,2)-S Q 17: 11.0102 105( 35) L-x(1,2)-G-x(0,2)-G R 18: 11.0102 102( 35) L-x(1,2)-G-x(0,2)-S S 19: 11.0102 90( 35) L-x(2,4)-G-x(0,1)-S T 20: 11.0102 83( 35) L-x(0,1)-L-x(2,4)-G Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 11.5102 68( 35) S-x(1,2)-L-x(3,4)-G Occurences: 68(35) BTUB_ECOLI : 94- 102: rgtna ShvLvlidG vrlnl BTUB_ECOLI : 577- 583: aypvt Sh-Ltvr-G kianl BTUB_SALTY : 94- 102: rgtns ShvLvlidG vrlnl BTUB_SALTY : 577- 583: aypvt Sh-Ltvr-G kianl CEAB_ECOLI : 155- 161: tdipa Sq-Lpaa-G nnvpv CEAB_ECOLI : 469- 475: sltlg Sa-Liaf-G lsatv CEAD_ECOLI : 24- 31: mvvwp StgLisg-G dvkpg CEAD_ECOLI : 156- 162: tdipa Sq-Lpaa-G nnvpv CEAD_ECOLI : 366- 373: nntas SvqLamt-G tgvwt CEAD_ECOLI : 458- 465: epgat SvnLpvr-G qlins CEAM_ECOLI : 12- 19: hapsp StnLpsy-G ngafs CIRA_ECOLI : 97- 105: rglds SytLilvdG krvns CIRA_ECOLI : 290- 296: wdygt Se-Lkyy-G ekven FATA_VIBAN : 352- 360: kiidd SgtLevslG svkle FCUA_YEREN : 278- 285: rttav StgLdyr-G drart FECA_ECOLI : 20- 26: ntirl Sl-Lpla-G lsfsa FECA_ECOLI : 173- 181: nngtg ShdLamnfG irgln FECA_ECOLI : 332- 339: vhtfn Sl-LqyydG eadmp FEPA_ECOLI : 7- 15: nkkih SlaLlvnlG iygva FEPA_ECOLI : 464- 472: vgnnw SpaLnisqG lgddf FHUA_ECOLI : 214- 221: tgfdf SdsLddd-G vysyr FHUA_ECOLI : 661- 668: fdgpl Sg-LtlgtG grytg FHUE_ECOLI : 212- 218: vadlq Sp-Lted-G kirar FOXA_YEREN : 409- 417: gstly SdyLlttpG intsy FOXA_YEREN : 576- 584: arsqi SdrLsviaG ytynr FPTA_PSEAE : 162- 170: eilrg SngLlhgtG npaat FPTA_PSEAE : 330- 336: yqead Sr-Lrya-G sfgai FPTA_PSEAE : 512- 520: rqtwn SepLspveG ktyet FYUA_YEREN : 414- 421: tqyhg Sm-LgnpfG dqgks FYUA_YERPE : 414- 421: tqyhg Sm-LgnpfG dqgks HEMR_YEREN : 149- 156: ivrgp SalLygs-G alggv HEMR_YEREN : 149- 156: ivrgp Sa-LlygsG alggv HEMR_YEREN : 351- 357: tdsfa Sh-Llty-G teayk HXC1_HAEIN : 334- 342: rpkea SsgLvgslG nqswi HXC1_HAEIN : 335- 342: pkeas Sg-LvgslG nqswi 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: 206- 214: rgltq SiaLagriG gaeal TBP1_NEIGO : 311- 317: syesr Sw-Lfrp-G frfen Y262_HAEIN : 129- 136: vikgp SssLwgs-G alggv Y262_HAEIN : 130- 136: ikgps Ss-Lwgs-G alggv Y635_HAEIN : 177- 183: qitrq St-Likl-G fqpne Y635_HAEIN : 199- 205: valdd St-Letk-G idlsy Y661_HAEIN : 267- 274: drkik Si-LpsspG ylerl Y712_HAEIN : 307- 313: qitrq St-Likl-G fqpne Y712_HAEIN : 329- 335: valdd St-Letk-G idlsy YC17_HAEIN : 353- 361: qsrsr ShlLkfeyG ddhqn YC17_HAEIN : 510- 517: llpqr SviLqps-G kqkfk YC17_HAEIN : 757- 764: glsrv Sm-LpkdyG rlelg B 2: 11.0102 82( 35) T-x(1,2)-L-x(0,2)-G Occurences: 82(35) BTUB_ECOLI : 187- 190: dktrv Tl-L--G dyaht BTUB_SALTY : 158- 163: rdnpg Te-LtaG wgsns CEAB_ECOLI : 103- 108: vsaar Tv-LenG lrggl CEAD_ECOLI : 25- 30: vvwps Tg-LisG gdvkp CEAD_ECOLI : 104- 109: vsaar Tv-LenG lrggl CEAM_ECOLI : 244- 247: igesl Tr-L--G amfsg CIRA_ECOLI : 99- 105: ldssy TliLvdG krvns FATA_VIBAN : 448- 454: fgvad TlsLanG kyqvt FATA_VIBAN : 511- 517: lygny TegLtnG ktags FCUA_YEREN : 87- 91: ndlip Ty-Ld-G qvang FCUA_YEREN : 290- 295: gdrar Ts-LdvG yqkqt FCUA_YEREN : 700- 705: klkpw Tr-LdlG vrytm FECA_ECOLI : 194- 199: lasrs Tv-LmdG ipvpf FECA_ECOLI : 278- 284: nnpke ThnLmvG gtadn FECA_ECOLI : 293- 299: dngfg TalLysG trgsd FECA_ECOLI : 394- 400: iqgfy TqtLrsG yleqg FECA_ECOLI : 572- 576: pekar TweL--G trydd FEPA_ECOLI : 104- 110: mgpen TliLidG kpvss FEPA_ECOLI : 202- 206: tnfsl TgpL--G defsf FEPA_ECOLI : 241- 246: agtya Tt-LpaG regvi FEPA_ECOLI : 384- 388: flvnq TltL--G tewnq FEPA_ECOLI : 713- 718: gnaqt TgdLa-G anyia FHUA_ECOLI : 406- 410: gdidh Tl-Lt-G vdfmr FHUE_ECOLI : 165- 170: vvrga Tg-LmtG tgnps FHUE_ECOLI : 257- 262: dlgdl Tt-LsaG yeyqr FOXA_YEREN : 108- 113: atryd TvaLr-G fhggd FOXA_YEREN : 122- 126: gdvnn Tf-Ld-G lrlls FPTA_PSEAE : 20- 25: arnrh Tp-LclG lllal FPTA_PSEAE : 67- 70: qppgv Tt-L--G kvplk FPTA_PSEAE : 191- 196: efaas Tt-LsaG rwdry FPTA_PSEAE : 239- 244: vadqg TrlLy-G vtefd FPTA_PSEAE : 239- 244: vadqg Tr-LlyG vtefd FPTA_PSEAE : 254- 259: dlspd Tl-LtvG aqyqh 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