------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 25 sequences from file TNFR_NGFR PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 25 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename TNFR_NGFR.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: 41BB_HUMAN 255 41BB_MOUSE 256 CD27_HUMAN 260 CD27_MOUSE 250 CD30_HUMAN 595 CD40_HUMAN 277 CD40_MOUSE 305 FASA_HUMAN 335 FASA_MOUSE 327 NGFR_CHICK 416 NGFR_HUMAN 427 NGFR_RAT 425 OX40_HUMAN 277 OX40_RAT 271 TNR1_HUMAN 455 TNR1_MOUSE 454 TNR1_RAT 461 TNR2_HUMAN 461 TNR2_MOUSE 474 TNRL_HUMAN 435 VA53_VACCC 103 VA53_VACCV 103 VC22_VARV 349 VT2_MYXVL 326 VT2_SFVKA 325 Pratt run started at Thu Feb 6 21:27:13 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 15.1802 38( 25) C-x(0,2)-C-x(2)-C-x(1,2)-G 2: 12.5102 60( 25) C-x(2)-C-x(2)-G 3: 11.5102 74( 25) C-x(2,3)-C-x(0,1)-P 4: 11.5102 51( 25) T-x(1,3)-C-x(2)-C 5: 11.5102 60( 25) C-x(0,1)-P-x(0,1)-G 6: 11.0102 48( 25) C-x(1,2)-P-x(1,3)-T 7: 11.0102 50( 25) D-x(1,3)-C-x(1,2)-C 8: 10.5102 54( 25) C-x(0,2)-P-x(1,3)-T 9: 8.3401 64( 25) T-x-T 10: 8.3401 75( 25) P-x-T 11: 8.3401 147( 25) C-x(2)-C 12: 8.3401 92( 25) T-x-C 13: 8.3401 64( 25) C-x(5)-T 14: 8.3401 75( 25) G-x(2)-L 15: 8.3401 109( 25) C-x(2)-G 16: 8.3401 62( 25) T-x(2)-S 17: 8.3401 53( 25) T-x(3)-C 18: 7.8401 117( 25) L-x(2,3)-V 19: 7.8401 101( 25) L-x(1,2)-V 20: 7.8401 87( 25) T-x(3,4)-L Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 15.1802 38( 25) C-x(0,2)-C-x(2)-C-x(1,2)-G B 2: 14.1244 42( 25) C-x(2)-C-[DENPQS]-x-G C 3: 12.9232 61( 25) C-x(2,3)-C-x(0,1)-P-x(4)-[ADGNSTV] D 4: 12.5102 60( 25) C-x(2)-C-x(2)-G E 5: 12.1120 52( 25) C-[ADEST]-x-C-x(3)-[ENQST] F 6: 11.5102 51( 25) T-x(1,3)-C-x(2)-C G 7: 11.5102 60( 25) C-x(0,1)-P-x(0,1)-G H 8: 11.0102 48( 25) C-x(1,2)-P-x(1,3)-T I 9: 11.0102 50( 25) D-x(1,3)-C-x(1,2)-C J 10: 10.9436 47( 25) C-[EPS]-x-G K 11: 10.5102 54( 25) C-x(0,2)-P-x(1,3)-T L 12: 9.9900 54( 25) T-x-C-x(4)-[ADGNPS] M 13: 9.7489 51( 25) L-x(1,2)-V-[AGILV] N 14: 8.3401 64( 25) T-x-T O 15: 8.3401 75( 25) P-x-T P 16: 8.3401 64( 25) C-x(5)-T Q 17: 8.3401 75( 25) G-x(2)-L R 18: 8.3401 62( 25) T-x(2)-S S 19: 8.3401 53( 25) T-x(3)-C T 20: 7.8401 117( 25) L-x(2,3)-V Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 15.1802 38( 25) C-x(0,2)-C-x(2)-C-x(1,2)-G Occurences: 38(25) 41BB_HUMAN : 62- 70: ggqrt CdiCrqCk-G vfrtr 41BB_MOUSE : 61- 69: ggqpn CniCrvCa-G yfrfk CD27_HUMAN : 39- 46: aqgkl C--CqmCepG tflvk CD27_HUMAN : 81- 90: htrph CesCrhCnsG llvrn CD27_MOUSE : 39- 46: tgggl C--CrmCepG tffvk CD27_MOUSE : 81- 90: htrph CesCrhCnsG flirn CD30_HUMAN : 44- 51: kavrr C--CyrCpmG lfptq CD40_HUMAN : 37- 44: linsq C--CslCqpG qklvs CD40_MOUSE : 37- 44: lhdgq C--CdlCqpG srlts FASA_HUMAN : 101- 110: hfssk CrrCrlCdeG hglev FASA_HUMAN : 143- 152: tvceh CdpCtkCehG iikec FASA_MOUSE : 55- 62: qggpf C--CqpCqpG kkkve FASA_MOUSE : 139- 148: pgceh CvrCasCehG tlepc NGFR_CHICK : 35- 42: ttsge C--CkaCnlG egvvq NGFR_CHICK : 75- 83: satep CkpCtqCv-G lhsms NGFR_CHICK : 114- 123: elsgs CkeCsiCevG fglmf NGFR_HUMAN : 43- 50: thsge C--CkaCnlG egvaq NGFR_HUMAN : 83- 91: satep CkpCteCv-G lqsms NGFR_HUMAN : 122- 131: ettgr CeaCrvCeaG sglvf NGFR_RAT : 44- 51: thsge C--CkaCnlG egvaq NGFR_RAT : 84- 92: satep CkpCteCl-G lqsms NGFR_RAT : 123- 132: eetgh CeaCsvCevG sglvf OX40_HUMAN : 42- 49: psndr C--CheCrpG ngmvs OX40_RAT : 37- 44: psghk C--CreCqpG hgmvs TNR1_HUMAN : 58- 65: qnnsi C--CtkChkG tylyn TNR1_HUMAN : 143- 152: enlfq CfnCslClnG tvhls TNR1_MOUSE : 58- 65: knnsi C--CtkChkG tylvs TNR1_MOUSE : 143- 152: ethfq CvdCspCfnG tvtip TNR1_RAT : 58- 65: knnsi C--CtkChkG tylvs TNR1_RAT : 143- 152: ethfq CvdCspCfnG tvtip TNR2_HUMAN : 53- 60: qtaqm C--CskCspG qhakv TNR2_MOUSE : 54- 61: rkaqm C--CakCppG qyvkh TNRL_HUMAN : 58- 65: pqhri C--CsrCppG tyvsa VA53_VACCC : 50- 57: krhnq C--CnrCppG efakv VA53_VACCV : 50- 57: krhnq C--CnrCppG efakv VC22_VARV : 43- 50: krhnl C--ClsCppG tyasr VT2_MYXVL : 39- 46: ekdgl C--CtsCppG syasr VT2_SFVKA : 39- 46: ekdgl C--CasChpG fyasr B 2: 14.1244 42( 25) C-x(2)-C-[DENPQS]-x-G Occurences: 42(25) 41BB_HUMAN : 28- 34: slqdp CsnCPaG tfcdn 41BB_MOUSE : 28- 34: avqns CdnCQpG tfcrk 41BB_MOUSE : 116- 122: ltkqg CktCSlG tfndq CD27_HUMAN : 40- 46: qgklc CqmCEpG tflvk CD27_HUMAN : 84- 90: phces CrhCNsG llvrn 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