------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 28 sequences from file THYMIDYLATE_SYNTHASE PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 28 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename THYMIDYLATE_SYNTHASE.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: DRT1_ARATH 519 DRT2_ARATH 518 DRTS_DAUCA 528 DRTS_LEIAM 520 DRTS_LEIMA 520 DRTS_PLACH 583 DRTS_PLAFK 608 DRTS_TOXGO 610 TYSA_BACSU 279 TYSB_BACSU 264 TYSY_BPPHT 279 TYSY_BPT4 286 TYSY_CANAL 314 TYSY_CRYNE 317 TYSY_ECOLI 264 TYSY_HAEIN 283 TYSY_HSVAT 290 TYSY_HSVSA 294 TYSY_HUMAN 312 TYSY_LACCA 316 TYSY_LACLA 279 TYSY_MOUSE 307 TYSY_MYCTU 450 TYSY_PNECA 297 TYSY_RAT 307 TYSY_STAAU 318 TYSY_VZVD 301 TYSY_YEAST 304 Pratt run started at Thu Feb 6 21:26:51 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 12.0102 36( 28) S-x-D-x(1,2)-L 2: 12.0102 33( 28) R-S-x(3,4)-L 3: 12.0102 31( 28) R-x(2)-D-x(1,2)-L 4: 12.0102 29( 28) P-x(1,2)-R-R 5: 12.0102 28( 28) G-x(3)-G-x(3,4)-R 6: 12.0102 29( 28) P-x(1,2)-T-T 7: 11.5102 38( 28) D-x(3,4)-G-x(1,2)-F 8: 11.5102 43( 28) L-x(0,1)-G-x(2,3)-N 9: 11.5102 35( 28) W-x(3,4)-G-x(0,1)-T 10: 11.0102 36( 28) W-x(2,4)-G-x(0,1)-T 11: 11.0102 50( 28) L-x(0,2)-G-x(1,2)-F 12: 11.0102 31( 28) G-x(1,2)-F-x(0,2)-N 13: 11.0102 52( 28) D-x(2,3)-L-x(2,4)-P 14: 11.0102 33( 28) Q-x(1,2)-S-x(1,3)-D 15: 11.0102 35( 28) G-x(2,4)-Y-x(1,2)-Q 16: 11.0102 32( 28) D-x(1,3)-G-x(3,4)-N 17: 11.0102 50( 28) L-x(0,2)-G-x(2,3)-N 18: 10.5102 49( 28) D-x(1,3)-G-x(1,3)-P 19: 10.5102 65( 28) S-x(1,3)-D-x(1,3)-L 20: 10.5102 36( 28) I-x(0,2)-A-x(0,2)-Y Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 18.2990 28( 28) Q-x(1,2)-S-x(1,3)-D-[ILMV]-x(2)-[AGIL]-x(3)-[GNS] B 2: 16.2786 28( 28) R-x-[ACGNTV]-D-x(1,2)-L-[GSV] C 3: 14.7038 28( 28) P-x(1,2)-T-T-x-[HKR] D 4: 14.2237 33( 28) S-x-D-x(1,2)-L-[ADGV] E 5: 12.1594 45( 28) S-x(1,3)-D-x(1,3)-L-[AGILPV] F 6: 12.0102 33( 28) R-S-x(3,4)-L G 7: 12.0102 29( 28) P-x(1,2)-R-R H 8: 12.0102 28( 28) G-x(3)-G-x(3,4)-R I 9: 11.5102 38( 28) D-x(3,4)-G-x(1,2)-F J 10: 11.5102 43( 28) L-x(0,1)-G-x(2,3)-N K 11: 11.5102 35( 28) W-x(3,4)-G-x(0,1)-T L 12: 11.0102 36( 28) W-x(2,4)-G-x(0,1)-T M 13: 11.0102 50( 28) L-x(0,2)-G-x(1,2)-F N 14: 11.0102 31( 28) G-x(1,2)-F-x(0,2)-N O 15: 11.0102 52( 28) D-x(2,3)-L-x(2,4)-P P 16: 11.0102 35( 28) G-x(2,4)-Y-x(1,2)-Q Q 17: 11.0102 32( 28) D-x(1,3)-G-x(3,4)-N R 18: 11.0102 50( 28) L-x(0,2)-G-x(2,3)-N S 19: 10.5102 49( 28) D-x(1,3)-G-x(1,3)-P T 20: 10.5102 65( 28) S-x(1,3)-D-x(1,3)-L Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 18.2990 28( 28) Q-x(1,2)-S-x(1,3)-D-[ILMV]-x(2)-[AGIL]-x(3)-[GNS] Occurences: 28(28) DRT1_ARATH : 420- 432: scqmy Qr-Sa--DMglGvpfN iasys DRT2_ARATH : 419- 431: scqmy Qr-Sa--DMglGvpfN iasys DRTS_DAUCA : 428- 440: scqmy Qr-Sa--DMglGvpfN iaaya DRTS_LEIAM : 421- 433: scmly Qr-Sc--DMglGvpfN iasya DRTS_LEIMA : 421- 433: scmly Qr-Sc--DMglGvpfN iasya DRTS_PLACH : 484- 496: scimy Qr-Sc--DLglGvpfN iasys DRTS_PLAFK : 509- 521: scimy Qr-Sc--DLglGvpfN iasys DRTS_TOXGO : 509- 521: scimy Qr-Sc--DVglGvpfN iasys TYSA_BACSU : 77- 90: llwiw QlkSn--DVndLnmmG vhiwd TYSB_BACSU : 165- 177: scqly Qr-Sa--DVflGvpfN iasya TYSY_BPPHT : 77- 90: llwiw QlkSn--DVteLnkmG vhiwd TYSY_BPT4 : 175- 187: dlqwy Qr-Sv--DVflGlpfN iasya TYSY_CANAL : 211- 223: sclly Qr-Sc--DMglGvpfN iasya TYSY_CRYNE : 215- 227: sclmy Qr-Sc--DLglGvpfN iasya TYSY_ECOLI : 165- 177: scqly Qr-Sc--DVflGlpfN iasya TYSY_HAEIN : 179- 191: hltsy Qr-Sc--DVplGlnfN qiqvf TYSY_HSVAT : 191- 203: scqly Qr-Sa--DMglGvpfN iasys TYSY_HSVSA : 195- 207: scqly Qr-Sa--DMglGvpfN iasys TYSY_HUMAN : 213- 225: scqly Qr-Sg--DMglGvpfN iasya TYSY_LACCA : 217- 229: slqly Qr-Sa--DIflGvpfN iasya TYSY_LACLA : 177- 189: datli Qr-Sn--DMlvAhhiN amqyv TYSY_MOUSE : 208- 220: scqly Qr-Sg--DMglGvpfN iasya TYSY_MYCTU : 325- 339: pagiv Qv-SyhgDLtaIsarS ewape TYSY_PNECA : 198- 210: scqly Qr-Sc--DMglGvpfN iasya TYSY_RAT : 208- 220: scqly Qr-Sg--DMglGvpfN iasya TYSY_STAAU : 220- 232: ncqly Qr-Sa--DIflGvpfN iasya TYSY_VZVD : 202- 214: scqvy Qr-Sg--DMglGvpfN iagya TYSY_YEAST : 205- 217: sclly Qr-Sc--DMglGvpfN iasya B 2: 16.2786 28( 28) R-x-[ACGNTV]-D-x(1,2)-L-[GSV] Occurences: 28(28) DRT1_ARATH : 421- 428: cqmyq RsADmgLG vpfni DRT2_ARATH : 420- 427: cqmyq RsADmgLG vpfni DRTS_DAUCA : 429- 436: cqmyq RsADmgLG vpfni DRTS_LEIAM : 422- 429: cmlyq RsCDmgLG vpfni DRTS_LEIMA : 422- 429: cmlyq RsCDmgLG vpfni DRTS_PLACH : 485- 492: cimyq RsCDlgLG vpfni DRTS_PLAFK : 510- 517: cimyq RsCDlgLG vpfni DRTS_TOXGO : 510- 517: cimyq RsCDvgLG vpfni TYSA_BACSU : 181- 188: levra RsNDmaLG npfnv TYSB_BACSU : 166- 173: cqlyq RsADvfLG vpfni TYSY_BPPHT : 181- 188: levra RsNDmaLG npfnv TYSY_BPT4 : 176- 183: lqwyq RsVDvfLG lpfni TYSY_CANAL : 212- 219: cllyq RsCDmgLG vpfni TYSY_CRYNE : 216- 223: clmyq RsCDlgLG vpfni TYSY_ECOLI : 166- 173: cqlyq RsCDvfLG lpfni TYSY_HAEIN : 180- 187: ltsyq RsCDvpLG lnfnq TYSY_HSVAT : 192- 199: cqlyq RsADmgLG vpfni TYSY_HSVSA : 196- 203: cqlyq RsADmgLG vpfni TYSY_HUMAN : 214- 221: cqlyq RsGDmgLG vpfni TYSY_LACCA : 218- 225: lqlyq RsADifLG vpfni TYSY_LACLA : 178- 184: atliq RsNDm-LV ahhin TYSY_MOUSE : 209- 216: cqlyq RsGDmgLG vpfni TYSY_MYCTU : 406- 412: gaaai RiTDy-LS rdlti TYSY_PNECA : 199- 206: cqlyq RsCDmgLG vpfni TYSY_RAT : 209- 216: cqlyq RsGDmgLG vpfni TYSY_STAAU : 221- 228: cqlyq RsADifLG vpfni TYSY_VZVD : 203- 210: cqvyq RsGDmgLG vpfni TYSY_YEAST : 206- 213: cllyq RsCDmgLG vpfni C 3: 14.7038 28( 28) P-x(1,2)-T-T-x-[HKR] Occurences: 28(28) DRT1_ARATH : 278- 284: lrrsf PllTTkR vfwrg DRT2_ARATH : 277- 283: lrrnf PllTTkR vfwrg DRTS_DAUCA : 286- 292: lrksf PllTTkK vfwrg DRTS_LEIAM : 277- 283: rdnrl PllTTkR vfwrg DRTS_LEIMA : 277- 283: rdnrl PllTTkR vfwrg DRTS_PLACH : 342- 348: lseyf PllTTkK lfvrg DRTS_PLAFK : 367- 373: lsqyf PllTTkK lflrg DRTS_TOXGO : 366- 372: ldqaf PllTTkR vfwkg TYSA_BACSU : 56- 62: dnsev PilTTkK vawkt TYSB_BACSU : 43- 49: lregf PmlTTkK lhfks TYSY_BPPHT : 56- 62: dnsev PilTTkK vawkt TYSY_BPT4 : 43- 49: ltkgf PavTTkK lawka TYSY_CANAL : 52- 58: sndtf PllTTkK vfskg TYSY_CRYNE : 64- 70: adntl PllTTkR vflrg TYSY_ECOLI : 43- 49: lqdgf PlvTTkR chlrs TYSY_HAEIN : 45- 51: annqf PliTTrK sywka TYSY_HSVAT : 49- 55: lekdf PllTTkR vfwrg TYSY_HSVSA : 53- 59: lenef PllTTkR vfwrg TYSY_HUMAN : 71- 77: lrdef PllTTkR vfwkg TYSY_LACCA : 45- 51: lskgf PllTTkK vpfgl TYSY_LACLA : 55- 60: qkgef Pi-TTlR pipik TYSY_MOUSE : 66- 72: lrdef PllTTkR vfwkg TYSY_MYCTU : 277- 283: vdlps PgsTTaH atiht TYSY_PNECA : 50- 56: rnktf PllTTkR vfirg TYSY_RAT : 66- 72: lrdef PllTTkR vfwkg TYSY_STAAU : 48- 54: ltkgf PllTTkK vsfkl TYSY_VZVD : 60- 66: lrnef PllTTkR vfwra TYSY_YEAST : 54- 60: rddtf PllTTkK vftrg D 4: 14.2237 33( 28) S-x-D-x(1,2)-L-[ADGV] Occurences: 33(28) DRT1_ARATH : 111- 117: vvtcs SvDsaLD llrap DRT1_ARATH : 422- 428: qmyqr SaDmgLG vpfni DRT2_ARATH : 108- 114: vvtcs SiDsaLD llaap DRT2_ARATH : 421- 427: qmyqr SaDmgLG vpfni DRTS_DAUCA : 430- 436: qmyqr SaDmgLG vpfni DRTS_LEIAM : 423- 429: mlyqr ScDmgLG vpfni DRTS_LEIMA : 423- 429: mlyqr ScDmgLG vpfni DRTS_PLACH : 486- 492: imyqr ScDlgLG vpfni DRTS_PLAFK : 511- 517: imyqr ScDlgLG vpfni DRTS_TOXGO : 511- 517: imyqr ScDvgLG vpfni TYSA_BACSU : 182- 188: evrar SnDmaLG npfnv TYSB_BACSU : 167- 173: qlyqr SaDvfLG vpfni TYSY_BPPHT : 182- 188: evrar SnDmaLG npfnv TYSY_BPT4 : 177- 183: qwyqr SvDvfLG lpfni TYSY_CANAL : 213- 219: llyqr ScDmgLG vpfni TYSY_CRYNE : 217- 223: lmyqr ScDlgLG vpfni TYSY_ECOLI : 167- 173: qlyqr ScDvfLG lpfni TYSY_HAEIN : 181- 187: tsyqr ScDvpLG lnfnq TYSY_HSVAT : 193- 199: qlyqr SaDmgLG vpfni TYSY_HSVSA : 197- 203: qlyqr SaDmgLG vpfni TYSY_HUMAN : 113- 118: wdang SrDf-LD slgfs TYSY_HUMAN : 215- 221: qlyqr SgDmgLG vpfni TYSY_LACCA : 219- 225: qlyqr SaDifLG vpfni TYSY_LACLA : 179- 184: tliqr SnDm-LV ahhin TYSY_MOUSE : 108- 113: wdang SrDf-LD slgfs TYSY_MOUSE : 210- 216: qlyqr SgDmgLG vpfni TYSY_MYCTU : 352- 357: ihdld SlDa-LA aadpa TYSY_PNECA : 200- 206: qlyqr ScDmgLG vpfni TYSY_RAT : 108- 113: wdang SrDf-LD slgfs TYSY_RAT : 210- 216: qlyqr SgDmgLG vpfni TYSY_STAAU : 222- 228: qlyqr SaDifLG vpfni TYSY_VZVD : 204- 210: qvyqr SgDmgLG vpfni TYSY_YEAST : 207- 213: llyqr ScDmgLG vpfni E 5: 12.1594 45( 28) S-x(1,3)-D-x(1,3)-L-[AGILPV] Occurences: 45(28) DRT1_ARATH : 422- 428: qmyqr Sa--Dmg-LG vpfni DRT2_ARATH : 111- 117: cssid Sal-Dl--LA appfs DRT2_ARATH : 421- 427: qmyqr Sa--Dmg-LG vpfni DRT2_ARATH : 495- 504: kkdid SfvaDdfeLI gydph DRTS_DAUCA : 430- 436: qmyqr Sa--Dmg-LG vpfni DRTS_LEIAM : 270- 277: aqmrf Slr-Dnr-LP llttk DRTS_LEIAM : 423- 429: mlyqr Sc--Dmg-LG vpfni DRTS_LEIMA : 270- 277: aqmrf Slr-Dnr-LP llttk DRTS_LEIMA : 423- 429: mlyqr Sc--Dmg-LG vpfni DRTS_PLACH : 486- 492: imyqr Sc--Dlg-LG vpfni DRTS_PLAFK : 511- 517: imyqr Sc--Dlg-LG vpfni DRTS_TOXGO : 511- 517: imyqr Sc--Dvg-LG vpfni TYSA_BACSU : 182- 188: evrar Sn--Dma-LG npfnv TYSB_BACSU : 167- 173: qlyqr Sa--Dvf-LG vpfni TYSY_BPPHT : 182- 188: evrar Sn--Dma-LG npfnv TYSY_BPT4 : 177- 183: qwyqr Sv--Dvf-LG lpfni TYSY_CANAL : 47- 54: lrfdl Sn--DtfpLL ttkkv TYSY_CANAL : 213- 219: llyqr Sc--Dmg-LG vpfni TYSY_CRYNE : 57- 64: psfrf Sla-Dnt-LP llttk TYSY_CRYNE : 217- 223: lmyqr Sc--Dlg-LG vpfni TYSY_ECOLI : 167- 173: qlyqr Sc--Dvf-LG lpfni TYSY_HAEIN : 181- 187: tsyqr Sc--Dvp-LG lnfnq TYSY_HSVAT : 43- 51: mqsry SlekDfp-LL ttkrv TYSY_HSVAT : 72- 79: wfirg St--DskeLA asgvh TYSY_HSVAT : 93- 99: angsr Syl-Dk--LG lfdre TYSY_HSVAT : 193- 199: qlyqr Sa--Dmg-LG vpfni TYSY_HSVSA : 97- 103: angsr Sfl-Dk--LG fydrd TYSY_HSVSA : 197- 203: qlyqr Sa--Dmg-LG vpfni TYSY_HUMAN : 65- 73: mqary Slr-DefpLL ttkrv TYSY_HUMAN : 215- 221: qlyqr Sg--Dmg-LG vpfni TYSY_LACCA : 219- 225: qlyqr Sa--Dif-LG vpfni TYSY_LACLA : 179- 184: tliqr Sn--Dm--LV ahhin TYSY_MOUSE : 60- 68: mqary Slr-DefpLL ttkrv TYSY_MOUSE : 210- 216: qlyqr Sg--Dmg-LG vpfni TYSY_MYCTU : 352- 357: ihdld Sl--Da--LA aadpa TYSY_PNECA : 149- 156: qkirt Spy-Drr-LI lsawn TYSY_PNECA : 200- 206: qlyqr Sc--Dmg-LG vpfni TYSY_RAT : 60- 68: mqary Slr-DefpLL ttkrv TYSY_RAT : 210- 216: qlyqr Sg--Dmg-LG vpfni TYSY_STAAU : 222- 228: qlyqr Sa--Dif-LG vpfni TYSY_STAAU : 276- 282: ihtql Sr--Dsy-LP pqlki TYSY_VZVD : 83- 90: wfirg St--DskeLA akdih TYSY_VZVD : 204- 210: qvyqr Sg--Dmg-LG vpfni TYSY_YEAST : 47- 56: pqlrf SlrdDtfpLL ttkkv TYSY_YEAST : 207- 213: llyqr Sc--Dmg-LG vpfni F 6: 12.0102 33( 28) R-S-x(3,4)-L Occurences: 33(28) DRT1_ARATH : 275- 280: kfnlr RSfpl-L ttkrv DRT1_ARATH : 421- 427: cqmyq RSadmgL gvpfn DRT2_ARATH : 420- 426: cqmyq RSadmgL gvpfn DRTS_DAUCA : 429- 435: cqmyq RSadmgL gvpfn DRTS_LEIAM : 422- 428: cmlyq RScdmgL gvpfn DRTS_LEIAM : 466- 472: dahvy RShidaL kaqle DRTS_LEIMA : 422- 428: cmlyq RScdmgL gvpfn DRTS_PLACH : 485- 491: cimyq RScdlgL gvpfn DRTS_PLAFK : 510- 516: cimyq RScdlgL gvpfn DRTS_TOXGO : 510- 516: cimyq RScdvgL gvpfn TYSA_BACSU : 181- 187: levra RSndmaL gnpfn TYSB_BACSU : 166- 172: cqlyq RSadvfL gvpfn TYSY_BPPHT : 181- 187: levra RSndmaL gnpfn TYSY_BPT4 : 176- 182: lqwyq RSvdvfL glpfn TYSY_CANAL : 212- 218: cllyq RScdmgL gvpfn TYSY_CRYNE : 216- 222: clmyq RScdlgL gvpfn TYSY_ECOLI : 53- 59: krchl RSiiheL lwflq TYSY_ECOLI : 166- 172: cqlyq RScdvfL glpfn TYSY_HAEIN : 180- 186: ltsyq RScdvpL glnfn TYSY_HSVAT : 92- 98: dangs RSyldkL glfdr TYSY_HSVAT : 192- 198: cqlyq RSadmgL gvpfn TYSY_HSVSA : 96- 102: dangs RSfldkL gfydr TYSY_HSVSA : 196- 202: cqlyq RSadmgL gvpfn TYSY_HUMAN : 214- 220: cqlyq RSgdmgL gvpfn TYSY_LACCA : 218- 224: lqlyq RSadifL gvpfn TYSY_LACLA : 178- 183: atliq RSndm-L vahhi TYSY_MOUSE : 209- 215: cqlyq RSgdmgL gvpfn TYSY_MYCTU : 378- 383: wtwtd RSags-L rarmf TYSY_PNECA : 199- 205: cqlyq RScdmgL gvpfn TYSY_RAT : 209- 215: cqlyq RSgdmgL gvpfn TYSY_STAAU : 221- 227: cqlyq RSadifL gvpfn TYSY_VZVD : 203- 209: cqvyq RSgdmgL gvpfn TYSY_YEAST : 206- 212: cllyq RScdmgL gvpfn G 7: 12.0102 29( 28) P-x(1,2)-R-R Occurences: 29(28) DRT1_ARATH : 378- 382: kiknn PddRR iimsa DRT2_ARATH : 377- 381: kiknn PddRR iimsa DRTS_DAUCA : 386- 390: kiknn PddRR iiqsa DRTS_LEIAM : 377- 381: tikan PndRR llfta DRTS_LEIMA : 377- 381: tiktn PndRR llvta DRTS_PLACH : 442- 446: liknd PtcRR iilca DRTS_PLAFK : 467- 471: liknd PtsRR illca DRTS_TOXGO : 466- 470: mlrtn PtdRR mlmta TYSA_BACSU : 138- 142: qlknn PssRR hitml TYSB_BACSU : 123- 127: diktn PnsRR livsa TYSY_BPPHT : 138- 142: qlknn PssRR hitml TYSY_BPT4 : 133- 137: rikkl PndRR qivsa TYSY_CANAL : 152- 156: klktn PydRR iimsa TYSY_CRYNE : 164- 168: tiknn PtdRR iilsa TYSY_ECOLI : 123- 127: qlknd PdsRR iivsa TYSY_HAEIN : 96- 99: awlan Ph-RR gvddm TYSY_HSVAT : 149- 153: tihtn PtdRR mlmca TYSY_HSVSA : 153- 157: tiktn PtdRR mlmca TYSY_HUMAN : 171- 175: tiktn PddRR iimca TYSY_LACCA : 175- 179: qikth PysRR livsa TYSY_LACLA : 129- 133: glakn PwnRR niinl TYSY_MOUSE : 166- 170: tiktn PddRR iimca TYSY_MYCTU : 142- 146: glgtf PvsRR pcalh TYSY_MYCTU : 176- 180: lrcas PgwRR ttvtg TYSY_PNECA : 150- 154: kirts PydRR lilsa TYSY_RAT : 166- 170: tiktn PddRR iimca TYSY_STAAU : 178- 182: qiktn PnsRR hivsa TYSY_VZVD : 160- 164: tiktn PesRR miiss TYSY_YEAST : 154- 158: klktn PydRR iimsa H 8: 12.0102 28( 28) G-x(3)-G-x(3,4)-R Occurences: 28(28) DRT1_ARATH : 338- 346: eegdl GpvyGfqw-R hfgak DRT2_ARATH : 337- 345: eegdl GpvyGfqw-R hfgak DRTS_DAUCA : 346- 354: eegdl GpiyGfqw-R hfgar DRTS_LEIAM : 337- 345: temdl GpvyGfqw-R hfgae DRTS_LEIMA : 337- 345: kemdl GpvyGfqw-R hfgad DRTS_PLACH : 402- 410: evndl GpiyGfqw-R hfgae DRTS_PLAFK : 427- 435: evndl GpiyGfqw-R hfgae DRTS_TOXGO : 426- 434: evgdi GpgyGfqw-R hfgaa TYSA_BACSU : 109- 117: ighay GfqlGkkn-R slnge TYSB_BACSU : 91- 99: engel GpvyGsqw-R swrga TYSY_BPPHT : 109- 117: ighay GfqlGkkn-R slnge TYSY_BPT4 : 106- 114: hsgel GpiyGkqw-R dfggv TYSY_CANAL : 112- 120: regdl GpvyGfqw-R hfgae TYSY_CRYNE : 124- 132: regdl GpvyGfqw-R hfgae TYSY_ECOLI : 91- 99: engdl GpvyGkqw-R awptp TYSY_HAEIN : 105- 113: gvddm GrvyGvqg-R awrkp TYSY_HSVAT : 109- 117: eegdl GpvyGfqw-R hfgae TYSY_HSVSA : 113- 121: degdl GpvyGfqw-R hfgae TYSY_HUMAN : 131- 139: eegdl GpvyGfqw-R hfgae TYSY_LACCA : 143- 151: kygdl GlvyGsqw-R awhts TYSY_LACLA : 98- 107: ywgew GigdGtigqR ygatv TYSY_MOUSE : 126- 134: qegdl GpvyGfqw-R hfgae TYSY_MYCTU : 42- 50: avqia GrivGqgh-R yhqlg TYSY_PNECA : 110- 118: qegdl GpiyGfqw-R hfgae TYSY_RAT : 126- 134: qegdl GpvyGfqw-R hfgad TYSY_STAAU : 146- 154: kygnl GnvyGkqw-R dwedk TYSY_VZVD : 120- 128: htgdl GpiyGfqw-R hfgae TYSY_YEAST : 114- 122: kvgdl GpvyGfqw-R hfgak I 9: 11.5102 38( 28) D-x(3,4)-G-x(1,2)-F Occurences: 38(28) DRT1_ARATH : 424- 431: yqrsa Dmgl-GvpF niasy DRT1_ARATH : 448- 454: lahvc Dlvp-Gd-F ihvlg DRT2_ARATH : 423- 430: yqrsa Dmgl-GvpF niasy DRT2_ARATH : 447- 453: lahvc Dlvp-Gd-F ihvig DRTS_DAUCA : 432- 439: yqrsa Dmgl-GvpF niaay DRTS_DAUCA : 456- 462: iahvc Dlvp-Gd-F vhsig DRTS_LEIAM : 425- 432: yqrsc Dmgl-GvpF niasy DRTS_LEIMA : 425- 432: yqrsc Dmgl-GvpF niasy DRTS_PLACH : 488- 495: yqrsc Dlgl-GvpF niasy DRTS_PLAFK : 513- 520: yqrsc Dlgl-GvpF niasy DRTS_TOXGO : 424- 431: hrevg Digp-GygF qwrhf DRTS_TOXGO : 513- 520: yqrsc Dvgl-GvpF niasy TYSA_BACSU : 184- 191: rarsn Dmal-GnpF nvfqy TYSB_BACSU : 169- 176: yqrsa Dvfl-GvpF niasy TYSY_BPPHT : 184- 191: rarsn Dmal-GnpF nvfqy TYSY_BPT4 : 179- 186: yqrsv Dvfl-GlpF niasy TYSY_CANAL : 130- 138: eykdc DsdytGqgF dqlqd TYSY_CANAL : 215- 222: yqrsc Dmgl-GvpF niasy TYSY_CANAL : 239- 245: iahvv Dmdc-Ge-F ihtlg TYSY_CRYNE : 219- 226: yqrsc Dlgl-GvpF niasy TYSY_ECOLI : 169- 176: yqrsc Dvfl-GlpF niasy TYSY_ECOLI : 193- 199: maqqc Dlev-Gd-F vwtgg TYSY_HAEIN : 183- 190: yqrsc Dvpl-GlnF nqiqv TYSY_HSVAT : 195- 202: yqrsa Dmgl-GvpF niasy TYSY_HSVAT : 219- 225: iahvt Dlvp-Ge-F ihtlg TYSY_HSVSA : 199- 206: yqrsa Dmgl-GvpF niasy TYSY_HUMAN : 217- 224: yqrsg Dmgl-GvpF niasy TYSY_LACCA : 221- 228: yqrsa Difl-GvpF niasy TYSY_LACLA : 48- 54: sfvty Dlqk-Ge-F pittl TYSY_MOUSE : 212- 219: yqrsg Dmgl-GvpF niasy TYSY_MYCTU : 134- 141: glaig DfrglGt-F pvsrr TYSY_PNECA : 202- 209: yqrsc Dmgl-GvpF niasy TYSY_PNECA : 226- 232: iahvc Dldp-Gd-F ihvmg TYSY_RAT : 212- 219: yqrsg Dmgl-GvpF niasy TYSY_STAAU : 224- 231: yqrsa Difl-GvpF niasy TYSY_VZVD : 206- 213: yqrsg Dmgl-GvpF niagy TYSY_YEAST : 209- 216: yqrsc Dmgl-GvpF niasy TYSY_YEAST : 233- 239: iakvv Dmep-Ge-F ihtlg J 10: 11.5102 43( 28) L-x(0,1)-G-x(2,3)-N Occurences: 43(28) DRT1_ARATH : 84- 89: ikyrp LsGrl-N vvltr DRT1_ARATH : 427- 432: sadmg L-GvpfN iasys DRT2_ARATH : 81- 86: kkyrp LsGrl-N vvlsr DRT2_ARATH : 426- 431: sadmg L-GvpfN iasys DRTS_DAUCA : 86- 91: iqhrp LpGrl-N vvltr DRTS_DAUCA : 248- 253: eeyly L-GlveN iisng DRTS_DAUCA : 435- 440: sadmg L-GvpfN iaaya DRTS_LEIAM : 94- 99: vkfrp LkGrl-N vvlss DRTS_LEIAM : 297- 302: ellwf LrGet-N aqlla DRTS_LEIAM : 428- 433: scdmg L-GvpfN iasya DRTS_LEIMA : 94- 99: vkfrp LkGrl-N ivlss DRTS_LEIMA : 428- 433: scdmg L-GvpfN iasya DRTS_PLACH : 491- 496: scdlg L-GvpfN iasys DRTS_PLAFK : 152- 157: edliv LlGkl-N yykcf DRTS_PLAFK : 153- 157: dlivl L-Gkl-N yykcf DRTS_PLAFK : 516- 521: scdlg L-GvpfN iasys DRTS_TOXGO : 516- 521: scdvg L-GvpfN iasys TYSA_BACSU : 112- 116: aygfq L-Gkk-N rslng TYSA_BACSU : 187- 192: sndma L-GnpfN vfqyn TYSB_BACSU : 63- 68: ellwf LkGdt-N vrylq TYSB_BACSU : 172- 177: sadvf L-GvpfN iasya TYSY_BPPHT : 112- 116: aygfq L-Gkk-N rslng TYSY_BPPHT : 187- 192: sndma L-GnpfN vfqyn TYSY_BPT4 : 63- 68: eliwf LsGst-N vndlr TYSY_BPT4 : 182- 187: svdvf L-GlpfN iasya TYSY_CANAL : 218- 223: scdmg L-GvpfN iasya TYSY_CRYNE : 222- 227: scdlg L-GvpfN iasya TYSY_ECOLI : 63- 68: ellwf LqGdt-N iaylh TYSY_ECOLI : 172- 177: scdvf L-GlpfN iasya TYSY_HAEIN : 186- 191: scdvp L-GlnfN qiqvf TYSY_HSVAT : 198- 203: sadmg L-GvpfN iasys TYSY_HSVSA : 202- 207: sadmg L-GvpfN iasys TYSY_HUMAN : 220- 225: sgdmg L-GvpfN iasya TYSY_LACCA : 65- 70: ellwf LhGdt-N irfll TYSY_LACCA : 224- 229: sadif L-GvpfN iasya TYSY_LACLA : 122- 128: iigkl LeGlakN pwnrr TYSY_MOUSE : 215- 220: sgdmg L-GvpfN iasya TYSY_MYCTU : 244- 248: nfgnp L-Gvi-N askve TYSY_PNECA : 205- 210: scdmg L-GvpfN iasya TYSY_RAT : 215- 220: sgdmg L-GvpfN iasya TYSY_STAAU : 227- 232: sadif L-GvpfN iasya TYSY_VZVD : 209- 214: sgdmg L-GvpfN iagya TYSY_YEAST : 212- 217: scdmg L-GvpfN iasya K 11: 11.5102 35( 28) W-x(3,4)-G-x(0,1)-T Occurences: 35(28) DRT1_ARATH : 296- 302: veell Wfis-GsT nakvl DRT2_ARATH : 295- 301: veell Wfis-GsT nakvl DRTS_DAUCA : 304- 310: veell Wfis-GsT nakil DRTS_LEIAM : 295- 301: ceell Wflr-GeT naqll DRTS_LEIMA : 295- 301: ceell Wflr-GeT saqll DRTS_PLACH : 360- 366: ieell Wfir-GeT ngntl DRTS_PLACH : 379- 384: knvri Wean-G-T refld DRTS_PLAFK : 385- 391: ieell Wfir-GeT ngntl DRTS_PLAFK : 404- 409: knvri Wean-G-T refld DRTS_TOXGO : 384- 390: leell Wfir-GdT nanhl TYSA_BACSU : 31- 36: dvrtk Wdsd-G-T pahtl TYSA_BACSU : 97- 103: hiwdq WkqedG-T ighay TYSB_BACSU : 61- 67: ahell Wflk-GdT nvryl TYSB_BACSU : 101- 108: sqwrs WrgadGeT idqis TYSY_BPPHT : 31- 36: dvrtk Wdsd-G-T pahtl TYSY_BPPHT : 97- 103: hiwdq WkqedG-T ighay TYSY_BPT4 : 61- 67: iaeli Wfls-GsT nvndl TYSY_CANAL : 70- 76: ihell Wfva-GsT dakil TYSY_CRYNE : 82- 88: iaell Wfvs-GcT dakml TYSY_ECOLI : 61- 67: ihell Wflq-GdT niayl TYSY_HAEIN : 115- 122: vqgra WrkpnGeT idqlr TYSY_HSVAT : 67- 73: veell Wfir-GsT dskel TYSY_HSVSA : 71- 77: veell Wfir-GsT dskel TYSY_HUMAN : 89- 95: leell Wfik-GsT nakel TYSY_LACCA : 63- 69: ksell Wflh-GdT nirfl TYSY_LACCA : 153- 160: sqwra WhtskGdT idqlg TYSY_LACLA : 97- 103: kywge WgigdG-T igqry TYSY_MOUSE : 84- 90: leell Wfik-GsT nakel TYSY_MYCTU : 306- 312: vgasw WlrerG-T pintl TYSY_PNECA : 68- 74: ieell Wfir-GeT dslkl TYSY_RAT : 84- 90: leell Wfik-GsT nakel TYSY_STAAU : 66- 72: atell Wfik-GdT niqyl TYSY_VZVD : 7- 14: gdlsc WtkvpGfT ltgel TYSY_VZVD : 78- 84: veell Wfir-GsT dskel TYSY_YEAST : 72- 78: ilell Wfla-GdT danll L 12: 11.0102 36( 28) W-x(2,4)-G-x(0,1)-T Occurences: 36(28) DRT1_ARATH : 296- 302: veell Wfis-GsT nakvl DRT2_ARATH : 295- 301: veell Wfis-GsT nakvl DRTS_DAUCA : 304- 310: veell Wfis-GsT nakil DRTS_LEIAM : 295- 301: ceell Wflr-GeT naqll DRTS_LEIMA : 295- 301: ceell Wflr-GeT saqll DRTS_PLACH : 360- 366: ieell Wfir-GeT ngntl DRTS_PLACH : 379- 384: knvri Wean-G-T refld DRTS_PLAFK : 385- 391: ieell Wfir-GeT ngntl DRTS_PLAFK : 404- 409: knvri Wean-G-T refld DRTS_TOXGO : 384- 390: leell Wfir-GdT nanhl TYSA_BACSU : 31- 36: dvrtk Wdsd-G-T pahtl TYSA_BACSU : 97- 103: hiwdq WkqedG-T ighay TYSB_BACSU : 61- 67: ahell Wflk-GdT nvryl TYSB_BACSU : 101- 108: sqwrs WrgadGeT idqis TYSY_BPPHT : 31- 36: dvrtk Wdsd-G-T pahtl TYSY_BPPHT : 97- 103: hiwdq WkqedG-T ighay TYSY_BPT4 : 61- 67: iaeli Wfls-GsT nvndl TYSY_CANAL : 70- 76: ihell Wfva-GsT dakil TYSY_CRYNE : 82- 88: iaell Wfvs-GcT dakml TYSY_ECOLI : 61- 67: ihell Wflq-GdT niayl TYSY_ECOLI : 201- 206: vgdfv Wtg--GdT hlysn TYSY_HAEIN : 115- 122: vqgra WrkpnGeT idqlr TYSY_HSVAT : 67- 73: veell Wfir-GsT dskel TYSY_HSVSA : 71- 77: veell Wfir-GsT dskel TYSY_HUMAN : 89- 95: leell Wfik-GsT nakel TYSY_LACCA : 63- 69: ksell Wflh-GdT nirfl TYSY_LACCA : 153- 160: sqwra WhtskGdT idqlg TYSY_LACLA : 97- 103: kywge WgigdG-T igqry TYSY_MOUSE : 84- 90: leell Wfik-GsT nakel TYSY_MYCTU : 306- 312: vgasw WlrerG-T pintl TYSY_PNECA : 68- 74: ieell Wfir-GeT dslkl TYSY_RAT : 84- 90: leell Wfik-GsT nakel TYSY_STAAU : 66- 72: atell Wfik-GdT niqyl TYSY_VZVD : 7- 14: gdlsc WtkvpGfT ltgel TYSY_VZVD : 78- 84: veell Wfir-GsT dskel TYSY_YEAST : 72- 78: ilell Wfla-GdT danll M 13: 11.0102 50( 28) L-x(0,2)-G-x(1,2)-F Occurences: 50(28) DRT1_ARATH : 427- 431: sadmg L--GvpF niasy DRT1_ARATH : 449- 454: ahvcd LvpGd-F ihvlg DRT2_ARATH : 426- 430: sadmg L--GvpF niasy DRT2_ARATH : 448- 453: ahvcd LvpGd-F ihvig DRTS_DAUCA : 435- 439: sadmg L--GvpF niaay DRTS_DAUCA : 457- 462: ahvcd LvpGd-F vhsig DRTS_LEIAM : 428- 432: scdmg L--GvpF niasy DRTS_LEIMA : 428- 432: scdmg L--GvpF niasy DRTS_PLACH : 489- 495: qrscd LglGvpF niasy DRTS_PLACH : 491- 495: scdlg L--GvpF niasy DRTS_PLAFK : 514- 520: qrscd LglGvpF niasy DRTS_PLAFK : 516- 520: scdlg L--GvpF niasy DRTS_TOXGO : 516- 520: scdvg L--GvpF niasy TYSA_BACSU : 187- 191: sndma L--GnpF nvfqy TYSB_BACSU : 172- 176: sadvf L--GvpF niasy TYSB_BACSU : 194- 199: ahvtg LepGe-F ihtfg TYSY_BPPHT : 187- 191: sndma L--GnpF nvfqy TYSY_BPT4 : 182- 186: svdvf L--GlpF niasy TYSY_CANAL : 218- 222: scdmg L--GvpF niasy TYSY_CRYNE : 220- 226: qrscd LglGvpF niasy TYSY_CRYNE : 222- 226: scdlg L--GvpF niasy TYSY_ECOLI : 172- 176: scdvf L--GlpF niasy TYSY_ECOLI : 194- 199: aqqcd LevGd-F vwtgg TYSY_HAEIN : 186- 190: scdvp L--GlnF nqiqv TYSY_HSVAT : 18- 23: qvkhi LncGn-F khdrt TYSY_HSVAT : 98- 101: syldk L--Gl-F dreeg TYSY_HSVAT : 198- 202: sadmg L--GvpF niasy TYSY_HSVAT : 220- 225: ahvtd LvpGe-F ihtlg TYSY_HSVSA : 22- 27: qvqhi LnyGs-F kndrt TYSY_HSVSA : 202- 206: sadmg L--GvpF niasy TYSY_HSVSA : 224- 229: ahvtn LvpGe-F ihtig TYSY_HUMAN : 220- 224: sgdmg L--GvpF niasy TYSY_HUMAN : 242- 247: ahitg LkpGd-F ihtlg TYSY_LACCA : 14- 19: lakkv LdeGh-F kpdrt TYSY_LACCA : 224- 228: sadif L--GvpF niasy TYSY_LACCA : 246- 251: ahecg LevGe-F ihtfg TYSY_LACLA : 16- 21: niqni LdnGv-F senar TYSY_LACLA : 49- 54: fvtyd LqkGe-F pittl TYSY_MOUSE : 215- 219: sgdmg L--GvpF niasy TYSY_MOUSE : 237- 242: ahitg LqpGd-F vhtlg TYSY_MYCTU : 130- 135: lppsg LaiGd-F rglgt TYSY_MYCTU : 138- 141: gdfrg L--Gt-F pvsrr TYSY_PNECA : 205- 209: scdmg L--GvpF niasy TYSY_PNECA : 227- 232: ahvcd LdpGd-F ihvmg TYSY_RAT : 215- 219: sgdmg L--GvpF niasy TYSY_RAT : 237- 242: ahitg LqpGd-F vhtlg TYSY_STAAU : 227- 231: sadif L--GvpF niasy TYSY_STAAU : 249- 254: akecg LevGe-F ihtfg TYSY_VZVD : 209- 213: sgdmg L--GvpF niagy TYSY_YEAST : 212- 216: scdmg L--GvpF niasy N 14: 11.0102 31( 28) G-x(1,2)-F-x(0,2)-N Occurences: 31(28) DRT1_ARATH : 428- 432: admgl GvpF--N iasys DRT2_ARATH : 427- 431: admgl GvpF--N iasys DRTS_DAUCA : 436- 440: admgl GvpF--N iaaya DRTS_LEIAM : 429- 433: cdmgl GvpF--N iasya DRTS_LEIMA : 429- 433: cdmgl GvpF--N iasya DRTS_PLACH : 27- 31: sneka Gc-Fs-N ktfkg DRTS_PLACH : 492- 496: cdlgl GvpF--N iasys DRTS_PLAFK : 517- 521: cdlgl GvpF--N iasys DRTS_TOXGO : 71- 75: pspsv GkrF--N avvmg DRTS_TOXGO : 517- 521: cdvgl GvpF--N iasys TYSA_BACSU : 188- 192: ndmal GnpF--N vfqyn TYSB_BACSU : 173- 177: advfl GvpF--N iasya TYSY_BPPHT : 188- 192: ndmal GnpF--N vfqyn TYSY_BPT4 : 183- 187: vdvfl GlpF--N iasya TYSY_CANAL : 219- 223: cdmgl GvpF--N iasya TYSY_CRYNE : 223- 227: cdlgl GvpF--N iasya TYSY_ECOLI : 173- 177: cdvfl GlpF--N iasya TYSY_HAEIN : 187- 191: cdvpl GlnF--N qiqvf TYSY_HSVAT : 199- 203: admgl GvpF--N iasys TYSY_HSVSA : 25- 29: hilny Gs-Fk-N drtgt TYSY_HSVSA : 203- 207: admgl GvpF--N iasys TYSY_HUMAN : 221- 225: gdmgl GvpF--N iasya TYSY_LACCA : 225- 229: adifl GvpF--N iasya TYSY_LACLA : 19- 24: nildn Gv-FseN arpky TYSY_MOUSE : 216- 220: gdmgl GvpF--N iasya TYSY_MYCTU : 238- 242: ftdsd Gn-Fg-N plgvi TYSY_PNECA : 206- 210: cdmgl GvpF--N iasya TYSY_RAT : 216- 220: gdmgl GvpF--N iasya TYSY_STAAU : 228- 232: adifl GvpF--N iasya TYSY_VZVD : 210- 214: gdmgl GvpF--N iagya TYSY_YEAST : 213- 217: cdmgl GvpF--N iasya O 15: 11.0102 52( 28) D-x(2,3)-L-x(2,4)-P Occurences: 52(28) DRT1_ARATH : 37- 45: mgigk Dgk-LpwnlP tdlkf DRT1_ARATH : 392- 399: awnps Dlk-Lmal-P pchmf DRT1_ARATH : 392- 400: awnps Dlk-LmalpP chmfa DRT1_ARATH : 424- 430: yqrsa Dmg-Lgv--P fnias DRT1_ARATH : 501- 509: sfvas Dfd-LtgydP hkkie DRT2_ARATH : 34- 42: mgigk Dgk-LpwnlP tdlkf DRT2_ARATH : 391- 398: awnps Dlk-Lmal-P pchmf DRT2_ARATH : 391- 399: awnps Dlk-LmalpP chmfa DRT2_ARATH : 423- 429: yqrsa Dmg-Lgv--P fnias DRT2_ARATH : 499- 508: dsfva DdfeLigydP hkkid DRT2_ARATH : 500- 508: sfvad Dfe-LigydP hkkid DRTS_DAUCA : 39- 47: mgigk Dgk-LpwrlP sdmkf DRTS_DAUCA : 400- 407: awnps Dlr-Lmal-P pchmf DRTS_DAUCA : 400- 408: awnps Dlr-LmalpP chmfa DRTS_DAUCA : 432- 438: yqrsa Dmg-Lgv--P fniaa DRTS_DAUCA : 510- 518: sfeaa Dfk-LigydP hqkie DRTS_LEIAM : 425- 431: yqrsc Dmg-Lgv--P fnias DRTS_LEIMA : 425- 431: yqrsc Dmg-Lgv--P fnias DRTS_PLACH : 488- 494: yqrsc Dlg-Lgv--P fnias DRTS_PLAFK : 513- 519: yqrsc Dlg-Lgv--P fnias DRTS_TOXGO : 62- 68: faktg Dsg-Lps--P svgkr DRTS_TOXGO : 513- 519: yqrsc Dvg-Lgv--P fnias TYSA_BACSU : 184- 190: rarsn Dma-Lgn--P fnvfq TYSB_BACSU : 169- 175: yqrsa Dvf-Lgv--P fnias TYSY_BPPHT : 184- 190: rarsn Dma-Lgn--P fnvfq TYSY_BPT4 : 179- 185: yqrsv Dvf-Lgl--P fnias TYSY_CANAL : 215- 221: yqrsc Dmg-Lgv--P fnias TYSY_CRYNE : 178- 185: awnpk Dlp-Lmal-P pchmf TYSY_CRYNE : 178- 186: awnpk Dlp-LmalpP chmfc TYSY_CRYNE : 219- 225: yqrsc Dlg-Lgv--P fnias TYSY_ECOLI : 169- 175: yqrsc Dvf-Lgl--P fnias TYSY_HAEIN : 232- 239: lelmr Dvq-Lkre-P fplpk TYSY_HSVAT : 195- 201: yqrsa Dmg-Lgv--P fnias TYSY_HSVAT : 272- 280: dfkan Dii-LenynP ypsik TYSY_HSVSA : 199- 205: yqrsa Dmg-Lgv--P fnias TYSY_HSVSA : 275- 284: ddfka DdiiLenynP hpiik TYSY_HSVSA : 276- 284: dfkad Dii-LenynP hpiik TYSY_HUMAN : 185- 192: awnpr Dlp-Lmal-P pchal TYSY_HUMAN : 185- 193: awnpr Dlp-LmalpP chalc TYSY_HUMAN : 217- 223: yqrsg Dmg-Lgv--P fnias TYSY_LACCA : 221- 227: yqrsa Dif-Lgv--P fnias TYSY_LACCA : 298- 306: dfdmk DiklLnyd-P ypaik TYSY_LACCA : 298- 306: dfdmk Dik-LlnydP ypaik TYSY_LACLA : 260- 268: dikpe Dfe-LvdyeP vkpql TYSY_MOUSE : 11- 20: selqs DaqqLsaeaP rhgel TYSY_MOUSE : 180- 187: awnpk Dlp-Lmal-P pchal TYSY_MOUSE : 180- 188: awnpk Dlp-LmalpP chalc TYSY_MOUSE : 212- 218: yqrsg Dmg-Lgv--P fnias TYSY_MYCTU : 134- 142: glaig DfrgLgtf-P vsrrp TYSY_MYCTU : 167- 176: epaey DqaaLrcasP gwrrt TYSY_PNECA : 202- 208: yqrsc Dmg-Lgv--P fnias TYSY_RAT : 180- 187: awnpk Dlp-Lmal-P pchal TYSY_RAT : 180- 188: awnpk Dlp-LmalpP chalc TYSY_RAT : 212- 218: yqrsg Dmg-Lgv--P fnias TYSY_STAAU : 224- 230: yqrsa Dif-Lgv--P fnias TYSY_VZVD : 174- 181: swnpk Dip-Lmvl-P pchtl TYSY_VZVD : 174- 182: swnpk Dip-LmvlpP chtlc TYSY_VZVD : 206- 212: yqrsg Dmg-Lgv--P fniag TYSY_VZVD : 282- 291: ndfkw DdfqLdgynP hpplk TYSY_VZVD : 283- 291: dfkwd Dfq-LdgynP hpplk TYSY_YEAST : 209- 215: yqrsc Dmg-Lgv--P fnias P 16: 11.0102 35( 28) G-x(2,4)-Y-x(1,2)-Q Occurences: 35(28) DRT1_ARATH : 338- 344: eegdl Gpv--YgfQ wrhfg DRT2_ARATH : 337- 343: eegdl Gpv--YgfQ wrhfg DRTS_DAUCA : 346- 352: eegdl Gpi--YgfQ wrhfg DRTS_LEIAM : 337- 343: temdl Gpv--YgfQ wrhfg DRTS_LEIMA : 337- 343: kemdl Gpv--YgfQ wrhfg DRTS_PLACH : 402- 408: evndl Gpi--YgfQ wrhfg DRTS_PLAFK : 427- 433: evndl Gpi--YgfQ wrhfg DRTS_TOXGO : 426- 432: evgdi Gpg--YgfQ wrhfg TYSA_BACSU : 105- 111: edgti Gha--YgfQ lgkkn TYSB_BACSU : 91- 97: engel Gpv--YgsQ wrswr TYSY_BPPHT : 105- 111: edgti Gha--YgfQ lgkkn TYSY_BPT4 : 106- 112: hsgel Gpi--YgkQ wrdfg TYSY_CANAL : 112- 118: regdl Gpv--YgfQ wrhfg TYSY_CRYNE : 124- 130: regdl Gpv--YgfQ wrhfg TYSY_ECOLI : 91- 97: engdl Gpv--YgkQ wrawp TYSY_HAEIN : 105- 111: gvddm Grv--YgvQ grawr TYSY_HSVAT : 109- 115: eegdl Gpv--YgfQ wrhfg TYSY_HSVSA : 10- 17: teeqh Gehq-YlsQ vqhil TYSY_HSVSA : 113- 119: degdl Gpv--YgfQ wrhfg TYSY_HUMAN : 28- 35: prpph Gelq-YlgQ iqhil TYSY_HUMAN : 131- 137: eegdl Gpv--YgfQ wrhfg TYSY_LACCA : 143- 149: kygdl Glv--YgsQ wrawh TYSY_LACLA : 42- 50: skyvt GsfvtYdlQ kgefp TYSY_MOUSE : 23- 30: eaprh Gelq-YlrQ vehil TYSY_MOUSE : 126- 132: qegdl Gpv--YgfQ wrhfg TYSY_MYCTU : 46- 53: agriv GqghrYh-Q lgarp TYSY_MYCTU : 48- 53: rivgq Ghr--Yh-Q lgarp TYSY_PNECA : 110- 116: qegdl Gpi--YgfQ wrhfg TYSY_RAT : 23- 30: eapqh Gelq-YlrQ vehim TYSY_RAT : 126- 132: qegdl Gpv--YgfQ wrhfg TYSY_STAAU : 146- 152: kygnl Gnv--YgkQ wrdwe TYSY_STAAU : 161- 166: wedkn Gnh--Yd-Q lksvi TYSY_VZVD : 17- 24: gftlt Gelq-YlkQ vddil TYSY_VZVD : 120- 126: htgdl Gpi--YgfQ wrhfg TYSY_YEAST : 114- 120: kvgdl Gpv--YgfQ wrhfg Q 17: 11.0102 32( 28) D-x(1,3)-G-x(3,4)-N Occurences: 32(28) DRT1_ARATH : 424- 432: yqrsa DmglGvpf-N iasys DRT2_ARATH : 423- 431: yqrsa DmglGvpf-N iasys DRTS_DAUCA : 432- 440: yqrsa DmglGvpf-N iaaya DRTS_LEIAM : 324- 331: srefl Dsr-Glte-N temdl DRTS_LEIAM : 425- 433: yqrsc DmglGvpf-N iasya DRTS_LEIMA : 324- 331: srefl Dsr-Glte-N kemdl DRTS_LEIMA : 350- 357: rhfga Dyk-Gfea-N ydgeg DRTS_LEIMA : 425- 433: yqrsc DmglGvpf-N iasya DRTS_PLACH : 488- 496: yqrsc DlglGvpf-N iasys DRTS_PLAFK : 513- 521: yqrsc DlglGvpf-N iasys DRTS_TOXGO : 513- 521: yqrsc DvglGvpf-N iasys TYSA_BACSU : 184- 192: rarsn DmalGnpf-N vfqyn TYSB_BACSU : 169- 177: yqrsa DvflGvpf-N iasya TYSY_BPPHT : 184- 192: rarsn DmalGnpf-N vfqyn TYSY_BPT4 : 179- 187: yqrsv DvflGlpf-N iasya TYSY_CANAL : 215- 223: yqrsc DmglGvpf-N iasya TYSY_CRYNE : 219- 227: yqrsc DlglGvpf-N iasya TYSY_ECOLI : 13- 19: mqkvl De--Gtqk-N drtgt TYSY_ECOLI : 169- 177: yqrsc DvflGlpf-N iasya TYSY_HAEIN : 183- 191: yqrsc DvplGlnf-N qiqvf TYSY_HSVAT : 195- 203: yqrsa DmglGvpf-N iasys TYSY_HSVSA : 199- 207: yqrsa DmglGvpf-N iasys TYSY_HUMAN : 217- 225: yqrsg DmglGvpf-N iasya TYSY_LACCA : 221- 229: yqrsa DiflGvpf-N iasya TYSY_LACLA : 17- 24: iqnil Dn--GvfseN arpky TYSY_MOUSE : 212- 220: yqrsg DmglGvpf-N iasya TYSY_MYCTU : 235- 242: lrvft Dsd-Gnfg-N plgvi TYSY_PNECA : 202- 210: yqrsc DmglGvpf-N iasya TYSY_RAT : 212- 220: yqrsg DmglGvpf-N iasya TYSY_STAAU : 224- 232: yqrsa DiflGvpf-N iasya TYSY_VZVD : 206- 214: yqrsg DmglGvpf-N iagya TYSY_YEAST : 209- 217: yqrsc DmglGvpf-N iasya R 18: 11.0102 50( 28) L-x(0,2)-G-x(2,3)-N Occurences: 50(28) DRT1_ARATH : 84- 89: ikyrp Ls-Grl-N vvltr DRT1_ARATH : 427- 432: sadmg L--GvpfN iasys DRT2_ARATH : 81- 86: kkyrp Ls-Grl-N vvlsr DRT2_ARATH : 426- 431: sadmg L--GvpfN iasys DRTS_DAUCA : 86- 91: iqhrp Lp-Grl-N vvltr DRTS_DAUCA : 246- 253: kheey LylGlveN iisng DRTS_DAUCA : 248- 253: eeyly L--GlveN iisng DRTS_DAUCA : 435- 440: sadmg L--GvpfN iaaya DRTS_LEIAM : 94- 99: vkfrp Lk-Grl-N vvlss DRTS_LEIAM : 297- 302: ellwf Lr-Get-N aqlla DRTS_LEIAM : 428- 433: scdmg L--GvpfN iasya DRTS_LEIMA : 94- 99: vkfrp Lk-Grl-N ivlss DRTS_LEIMA : 428- 433: scdmg L--GvpfN iasya DRTS_PLACH : 489- 496: qrscd LglGvpfN iasys DRTS_PLACH : 491- 496: scdlg L--GvpfN iasys DRTS_PLAFK : 152- 157: edliv Ll-Gkl-N yykcf DRTS_PLAFK : 153- 157: dlivl L--Gkl-N yykcf DRTS_PLAFK : 514- 521: qrscd LglGvpfN iasys DRTS_PLAFK : 516- 521: scdlg L--GvpfN iasys DRTS_TOXGO : 516- 521: scdvg L--GvpfN iasys TYSA_BACSU : 112- 116: aygfq L--Gkk-N rslng TYSA_BACSU : 187- 192: sndma L--GnpfN vfqyn TYSB_BACSU : 63- 68: ellwf Lk-Gdt-N vrylq TYSB_BACSU : 172- 177: sadvf L--GvpfN iasya TYSY_BPPHT : 112- 116: aygfq L--Gkk-N rslng TYSY_BPPHT : 187- 192: sndma L--GnpfN vfqyn TYSY_BPT4 : 63- 68: eliwf Ls-Gst-N vndlr TYSY_BPT4 : 182- 187: svdvf L--GlpfN iasya TYSY_CANAL : 218- 223: scdmg L--GvpfN iasya TYSY_CRYNE : 220- 227: qrscd LglGvpfN iasya TYSY_CRYNE : 222- 227: scdlg L--GvpfN iasya TYSY_ECOLI : 12- 19: lmqkv LdeGtqkN drtgt TYSY_ECOLI : 63- 68: ellwf Lq-Gdt-N iaylh TYSY_ECOLI : 172- 177: scdvf L--GlpfN iasya TYSY_HAEIN : 186- 191: scdvp L--GlnfN qiqvf TYSY_HSVAT : 198- 203: sadmg L--GvpfN iasys TYSY_HSVSA : 22- 29: qvqhi LnyGsfkN drtgt TYSY_HSVSA : 202- 207: sadmg L--GvpfN iasys TYSY_HUMAN : 220- 225: sgdmg L--GvpfN iasya TYSY_LACCA : 65- 70: ellwf Lh-Gdt-N irfll TYSY_LACCA : 224- 229: sadif L--GvpfN iasya TYSY_LACLA : 121- 128: niigk LleGlakN pwnrr TYSY_LACLA : 122- 128: iigkl Le-GlakN pwnrr TYSY_MOUSE : 215- 220: sgdmg L--GvpfN iasya TYSY_MYCTU : 244- 248: nfgnp L--Gvi-N askve TYSY_PNECA : 205- 210: scdmg L--GvpfN iasya TYSY_RAT : 215- 220: sgdmg L--GvpfN iasya TYSY_STAAU : 227- 232: sadif L--GvpfN iasya TYSY_VZVD : 209- 214: sgdmg L--GvpfN iagya TYSY_YEAST : 212- 217: scdmg L--GvpfN iasya S 19: 10.5102 49( 28) D-x(1,3)-G-x(1,3)-P Occurences: 49(28) DRT1_ARATH : 424- 430: yqrsa DmglGv--P fnias DRT1_ARATH : 424- 430: yqrsa Dm--GlgvP fnias DRT1_ARATH : 503- 509: vasdf Dlt-Gyd-P hkkie DRT2_ARATH : 423- 429: yqrsa DmglGv--P fnias DRT2_ARATH : 423- 429: yqrsa Dm--GlgvP fnias DRTS_DAUCA : 339- 347: siglt DreeGdlgP iygfq DRTS_DAUCA : 432- 438: yqrsa DmglGv--P fniaa DRTS_DAUCA : 432- 438: yqrsa Dm--GlgvP fniaa DRTS_LEIAM : 425- 431: yqrsc DmglGv--P fnias DRTS_LEIAM : 425- 431: yqrsc Dm--GlgvP fnias DRTS_LEIMA : 425- 431: yqrsc DmglGv--P fnias DRTS_LEIMA : 425- 431: yqrsc Dm--GlgvP fnias DRTS_PLACH : 488- 494: yqrsc DlglGv--P fnias DRTS_PLACH : 488- 494: yqrsc Dl--GlgvP fnias DRTS_PLAFK : 513- 519: yqrsc DlglGv--P fnias DRTS_PLAFK : 513- 519: yqrsc Dl--GlgvP fnias DRTS_TOXGO : 62- 66: faktg Ds--Gl--P spsvg DRTS_TOXGO : 62- 68: faktg Ds--GlpsP svgkr DRTS_TOXGO : 238- 242: sktfs Dn--Gv--P ydfvv DRTS_TOXGO : 513- 519: yqrsc DvglGv--P fnias DRTS_TOXGO : 513- 519: yqrsc Dv--GlgvP fnias TYSA_BACSU : 32- 37: vrtkw Dsd-Gt--P ahtls TYSA_BACSU : 184- 190: rarsn DmalGn--P fnvfq TYSB_BACSU : 85- 92: wnewa Den-GelgP vygsq TYSB_BACSU : 169- 175: yqrsa DvflGv--P fnias TYSY_BPPHT : 32- 37: vrtkw Dsd-Gt--P ahtls TYSY_BPPHT : 184- 190: rarsn DmalGn--P fnvfq TYSY_BPT4 : 37- 43: sklrw DltkGf--P avttk TYSY_BPT4 : 179- 185: yqrsv DvflGl--P fnias TYSY_CANAL : 20- 26: ckrii De--GehrP drtgt TYSY_CANAL : 215- 221: yqrsc DmglGv--P fnias TYSY_CANAL : 215- 221: yqrsc Dm--GlgvP fnias TYSY_CRYNE : 201- 207: slppa Dsp-Gsk-P klscl TYSY_CRYNE : 219- 225: yqrsc DlglGv--P fnias TYSY_CRYNE : 219- 225: yqrsc Dl--GlgvP fnias TYSY_ECOLI : 85- 92: wdewa Den-GdlgP vygkq TYSY_ECOLI : 169- 175: yqrsc DvflGl--P fnias TYSY_ECOLI : 253- 261: eiegy DphpGikaP vai TYSY_HAEIN : 153- 159: npgef Dl--GclrP cmhth TYSY_HSVAT : 102- 110: klglf DreeGdlgP vygfq TYSY_HSVAT : 195- 201: yqrsa DmglGv--P fnias TYSY_HSVAT : 195- 201: yqrsa Dm--GlgvP fnias TYSY_HSVSA : 106- 114: klgfy DrdeGdlgP vygfq TYSY_HSVSA : 108- 114: gfydr De--GdlgP vygfq TYSY_HSVSA : 199- 205: yqrsa DmglGv--P fnias TYSY_HSVSA : 199- 205: yqrsa Dm--GlgvP fnias TYSY_HUMAN : 217- 223: yqrsg DmglGv--P fnias TYSY_HUMAN : 217- 223: yqrsg Dm--GlgvP fnias TYSY_LACCA : 15- 21: akkvl De--GhfkP drtht TYSY_LACCA : 39- 45: hqmrf DlskGf--P llttk TYSY_LACCA : 221- 227: yqrsa DiflGv--P fnias TYSY_LACLA : 48- 55: sfvty DlqkGef-P ittlr TYSY_MOUSE : 212- 218: yqrsg DmglGv--P fnias TYSY_MOUSE : 212- 218: yqrsg Dm--GlgvP fnias TYSY_MYCTU : 72- 79: rpara DgfcGvr-P lrqww TYSY_MYCTU : 237- 243: vftds DgnfGn--P lgvin TYSY_PNECA : 202- 208: yqrsc DmglGv--P fnias TYSY_PNECA : 202- 208: yqrsc Dm--GlgvP fnias TYSY_RAT : 212- 218: yqrsg DmglGv--P fnias TYSY_RAT : 212- 218: yqrsg Dm--GlgvP fnias TYSY_STAAU : 42- 48: hqlrf DltkGf--P llttk TYSY_STAAU : 224- 230: yqrsa DiflGv--P fnias TYSY_VZVD : 206- 212: yqrsg DmglGv--P fniag TYSY_VZVD : 206- 212: yqrsg Dm--GlgvP fniag TYSY_YEAST : 22- 28: ckrii De--GefrP drtgt TYSY_YEAST : 107- 115: kmgfk DrkvGdlgP vygfq TYSY_YEAST : 209- 215: yqrsc DmglGv--P fnias TYSY_YEAST : 209- 215: yqrsc Dm--GlgvP fnias T 20: 10.5102 65( 28) S-x(1,3)-D-x(1,3)-L Occurences: 65(28) DRT1_ARATH : 110- 116: nvvtc Ssv-Dsa-L dllra DRT1_ARATH : 111- 116: vvtcs Sv--Dsa-L dllra DRT1_ARATH : 114- 119: cssvd Sal-Dl--L rappy DRT1_ARATH : 148- 154: alnrp Sc--DaihL teidt DRT1_ARATH : 422- 427: qmyqr Sa--Dmg-L gvpfn DRT2_ARATH : 107- 113: nvvtc Ssi-Dsa-L dllaa DRT2_ARATH : 108- 113: vvtcs Si--Dsa-L dllaa DRT2_ARATH : 111- 116: cssid Sal-Dl--L aappf DRT2_ARATH : 421- 426: qmyqr Sa--Dmg-L gvpfn DRT2_ARATH : 495- 503: kkdid SfvaDdfeL igydp DRTS_DAUCA : 430- 435: qmyqr Sa--Dmg-L gvpfn DRTS_LEIAM : 215- 220: qgrrk Sav-Dg--L efeic DRTS_LEIAM : 270- 276: aqmrf Slr-Dnr-L plltt DRTS_LEIAM : 423- 428: mlyqr Sc--Dmg-L gvpfn DRTS_LEIAM : 467- 472: ahvyr Shi-Da--L kaqle DRTS_LEIMA : 270- 276: aqmrf Slr-Dnr-L plltt DRTS_LEIMA : 423- 428: mlyqr Sc--Dmg-L gvpfn DRTS_PLACH : 92- 96: tdgip Sv--Dk--L qnivv DRTS_PLACH : 146- 150: viiin Sv--Dd--L fpilk DRTS_PLACH : 486- 491: imyqr Sc--Dlg-L gvpfn DRTS_PLAFK : 511- 516: imyqr Sc--Dlg-L gvpfn DRTS_TOXGO : 511- 516: imyqr Sc--Dvg-L gvpfn TYSA_BACSU : 80- 86: iwqlk Sn--DvndL nmmgv TYSA_BACSU : 182- 187: evrar Sn--Dma-L gnpfn TYSB_BACSU : 167- 172: qlyqr Sa--Dvf-L gvpfn TYSY_BPPHT : 80- 86: iwqlk Sn--DvteL nkmgv TYSY_BPPHT : 182- 187: evrar Sn--Dma-L gnpfn TYSY_BPT4 : 177- 182: qwyqr Sv--Dvf-L glpfn TYSY_CANAL : 47- 53: lrfdl Sn--DtfpL lttkk TYSY_CANAL : 75- 81: wfvag St--DakiL sekgv TYSY_CANAL : 213- 218: llyqr Sc--Dmg-L gvpfn TYSY_CRYNE : 57- 63: psfrf Sla-Dnt-L plltt TYSY_CRYNE : 85- 93: llwfv SgctDakmL ssqgv TYSY_CRYNE : 217- 222: lmyqr Sc--Dlg-L gvpfn TYSY_ECOLI : 167- 172: qlyqr Sc--Dvf-L glpfn TYSY_ECOLI : 210- 218: dthly SnhmDqthL qlsre TYSY_HAEIN : 167- 173: hthtf SlvgDt--L hltsy TYSY_HAEIN : 167- 175: hthtf SlvgDtlhL tsyqr TYSY_HAEIN : 181- 186: tsyqr Sc--Dvp-L glnfn TYSY_HSVAT : 43- 50: mqsry SlekDfp-L lttkr TYSY_HSVAT : 43- 51: mqsry SlekDfplL ttkrv TYSY_HSVAT : 72- 78: wfirg St--DskeL aasgv TYSY_HSVAT : 93- 98: angsr Syl-Dk--L glfdr TYSY_HSVAT : 93- 100: angsr Syl-DklgL fdree TYSY_HSVAT : 193- 198: qlyqr Sa--Dmg-L gvpfn TYSY_HSVSA : 76- 82: wfirg St--DskeL saagv TYSY_HSVSA : 97- 102: angsr Sfl-Dk--L gfydr TYSY_HSVSA : 197- 202: qlyqr Sa--Dmg-L gvpfn TYSY_HUMAN : 65- 72: mqary Slr-DefpL lttkr TYSY_HUMAN : 113- 117: wdang Sr--Df--L dslgf TYSY_HUMAN : 215- 220: qlyqr Sg--Dmg-L gvpfn TYSY_LACCA : 219- 224: qlyqr Sa--Dif-L gvpfn TYSY_LACLA : 179- 183: tliqr Sn--Dm--L vahhi TYSY_MOUSE : 60- 67: mqary Slr-DefpL lttkr TYSY_MOUSE : 108- 112: wdang Sr--Df--L dslgf TYSY_MOUSE : 210- 215: qlyqr Sg--Dmg-L gvpfn TYSY_MYCTU : 352- 356: ihdld Sl--Da--L aaadp TYSY_PNECA : 149- 155: qkirt Spy-Drr-L ilsaw TYSY_PNECA : 200- 205: qlyqr Sc--Dmg-L gvpfn TYSY_RAT : 60- 67: mqary Slr-DefpL lttkr TYSY_RAT : 108- 112: wdang Sr--Df--L dslgf TYSY_RAT : 210- 215: qlyqr Sg--Dmg-L gvpfn TYSY_STAAU : 222- 227: qlyqr Sa--Dif-L gvpfn TYSY_STAAU : 276- 281: ihtql Sr--Dsy-L ppqlk TYSY_VZVD : 83- 89: wfirg St--DskeL aakdi TYSY_VZVD : 204- 209: qvyqr Sg--Dmg-L gvpfn TYSY_YEAST : 47- 55: pqlrf SlrdDtfpL lttkk TYSY_YEAST : 207- 212: llyqr Sc--Dmg-L gvpfn Number of patterns evaluated by Pratt:1628 Total running time: 4 seconds