------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 22 sequences from file SECY_1 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 22 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename SECY_1.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: SECY_BACLI 431 SECY_BACS5 431 SECY_BACST 99 SECY_BACSU 431 SECY_BREFL 440 SECY_CHLTR 457 SECY_CRYPH 420 SECY_CYACA 409 SECY_CYAPA 492 SECY_ECOLI 443 SECY_HAEIN 441 SECY_HALMA 487 SECY_LACLA 439 SECY_METVA 438 SECY_MICLU 436 SECY_MYCCA 482 SECY_PAVLU 419 SECY_PYRSA 412 SECY_STACA 430 SECY_STRCO 437 SECY_STRSC 437 SECY_SYNP7 439 Pratt run started at Thu Feb 6 21:11:46 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 12.5102 35( 22) G-x-S-x(2)-I 2: 12.0102 40( 22) S-x(0,1)-L-x-I 3: 12.0102 37( 22) T-x(2,3)-L-I 4: 12.0102 34( 22) T-x(1,2)-L-I 5: 12.0102 33( 22) A-x-I-x(4,5)-L 6: 12.0102 32( 22) L-x(1,2)-G-x(3)-L 7: 12.0102 44( 22) G-x(2)-P-x(0,1)-I 8: 12.0102 60( 22) G-x(0,1)-G-x(4)-I 9: 11.5102 51( 22) I-x(1,2)-V-x(2,3)-A 10: 11.5102 46( 22) I-x(1,2)-V-x(1,2)-A 11: 11.5102 46( 22) I-x(3,4)-V-x(1,2)-L 12: 11.5102 46( 22) L-I-x(0,2)-V 13: 11.5102 64( 22) L-x(1,2)-V-x(2,3)-L 14: 11.5102 51( 22) L-x(3)-G-x(1,3)-L 15: 11.5102 34( 22) L-L-x(1,3)-G 16: 11.5102 51( 22) L-x(1,2)-I-x(4,5)-A 17: 11.5102 53( 22) G-x(0,1)-G-x(1,2)-L 18: 11.5102 70( 22) G-x(3)-L-x(0,2)-I 19: 11.5102 85( 22) G-x(3,4)-L-x(1,2)-I 20: 11.5102 75( 22) G-x(2,3)-L-x(1,2)-I Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 16.4906 30( 22) S-x(0,1)-L-[AGIL]-I-x(4)-[AILV] B 2: 16.3936 38( 22) G-x(2)-P-x(0,1)-I-x-[APST]-[AGSV] C 3: 16.0058 37( 22) G-x(3)-L-x(0,2)-I-[FILV]-[AILV] D 4: 15.8136 26( 22) L-x(1,2)-I-x(4,5)-A-x(3)-[ILMV]-x(2)-[AGILV] E 5: 15.0491 49( 22) G-x(2,3)-L-x(1,2)-I-[ANSTV]-[AGILPV] F 6: 14.7509 30( 22) G-x-S-x-[GILV]-I G 7: 14.6830 49( 22) G-x(0,1)-G-x(2)-[ILP]-x-I H 8: 14.2666 27( 22) T-x(1,2)-L-I-[FILV] I 9: 14.2494 33( 22) S-x(0,1)-L-x-I-x(4)-[AILV] J 10: 14.1076 48( 22) G-x(3,4)-L-x(1,2)-I-[ALV] K 11: 13.9189 31( 22) T-x(2,3)-L-I-x(4)-[AGILV] L 12: 13.7666 34( 22) L-x(1,2)-V-x(2,3)-L-x(2)-[FILV] M 13: 13.5518 36( 22) L-x(2)-[FILMV]-G-x(1,3)-L N 14: 12.5102 35( 22) G-x-S-x(2)-I O 15: 12.0102 33( 22) A-x-I-x(4,5)-L P 16: 12.0102 32( 22) L-x(1,2)-G-x(3)-L Q 17: 11.5102 51( 22) I-x(1,2)-V-x(2,3)-A R 18: 11.5102 46( 22) I-x(1,2)-V-x(1,2)-A S 19: 11.5102 46( 22) I-x(3,4)-V-x(1,2)-L T 20: 11.5102 46( 22) L-I-x(0,2)-V Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 16.4906 30( 22) S-x(0,1)-L-[AGIL]-I-x(4)-[AILV] Occurences: 30(22) SECY_BACLI : 401- 409: qiggt S-LLIvigvA letmk SECY_BACS5 : 279- 287: vifal S-LLIfpptV aglfg SECY_BACST : 70- 78: kiggt S-LLIvvgvA letmk SECY_BACSU : 401- 409: qiggt S-LLIvvgvA letmk SECY_BREFL : 189- 197: vgngm S-LLIfagiA trlpt SECY_CHLTR : 196- 204: igngi S-LIItlgiL asfps SECY_CRYPH : 175- 183: igngp S-LLIfiniI sglpk SECY_CRYPH : 391- 400: glggt SlLIIvgvqV dtskq SECY_CYACA : 379- 388: kglav SsLLIvvgvA idlik SECY_CYACA : 380- 388: glavs S-LLIvvgvA idlik SECY_CYAPA : 3- 12: ml SrLIIsifiI fetiy SECY_CYAPA : 216- 225: gltng SsLLIfiniI aripn SECY_CYAPA : 217- 225: ltngs S-LLIfiniI aripn SECY_ECOLI : 405- 413: yfggt S-LLIvvvvI mdfma SECY_HAEIN : 403- 411: yfggt S-LLIvvvvI mdfiv SECY_HALMA : 147- 155: tavan S-LGIgtagV qwlif SECY_LACLA : 404- 412: alggt S-LLIliqvA iqavk SECY_METVA : 203- 211: amsvg S-LGIafeyI lpils SECY_MICLU : 188- 196: vgngm S-LLIftsiA agfpa SECY_MYCCA : 429- 438: ltqlp SnLAIggtgL iicis SECY_PAVLU : 172- 181: gigng SsLLIlignL srfrf SECY_PAVLU : 173- 181: igngs S-LLIlignL srfrf SECY_PYRSA : 175- 183: igngp S-LLIfiniI aglpk SECY_PYRSA : 310- 318: syfya S-LIInpndV sqnlk SECY_PYRSA : 383- 391: glgat S-LLIlvgvA idtsr SECY_STACA : 400- 408: qvggt S-LLIvigvA ietmk SECY_STRCO : 408- 417: pfggt SiLIIvgvgL etvkq SECY_STRSC : 408- 417: pfggt SiLIIvgvgL etvkq SECY_SYNP7 : 190- 198: ignga S-LLIflniV atlpr SECY_SYNP7 : 409- 417: gfgat S-LLIlvgvA idtak B 2: 16.3936 38( 22) G-x(2)-P-x(0,1)-I-x-[APST]-[AGSV] Occurences: 38(22) SECY_BACLI : 73- 81: silam GimPyItAS iiiql SECY_BACLI : 270- 278: kvnpa GviPvIfAV afitt SECY_BACS5 : 73- 81: sifam GimPyItAS ivmql SECY_BACS5 : 346- 354: lkkqg GyiPgIrPG katqt SECY_BACST : 14- 22: lkkqg GyiPgIrPG kntqe SECY_BACSU : 73- 81: sifam GitPyItAS iiiql SECY_BACSU : 270- 278: kvnpa GviPvIfAV aflit SECY_BREFL : 78- 86: sifai GimPyItAS iivql SECY_BREFL : 269- 277: kvnqa GviPvIfAS sliym SECY_BREFL : 352- 360: mkkyg GfiPgIrPG rptae SECY_CHLTR : 78- 86: tvial GvvPyIsAS iivql SECY_CHLTR : 286- 294: kvnya GviPvIfAS sllmf SECY_CRYPH : 73- 81: gvfal GivPyInAS iivql SECY_CRYPH : 258- 266: klnqs GvmPiIfAS avlvl SECY_CYACA : 249- 257: rinqg GvmPiIlAS sllal SECY_CYAPA : 312- 320: qllpa GimPvIfAS tifdl SECY_ECOLI : 81- 89: sifal GimPyIsAS iiiql SECY_ECOLI : 273- 281: kvnma GviPaIfAS siilf SECY_HAEIN : 81- 89: silal GimPyIsAS iviql SECY_HALMA : 78- 85: simql GigP-IvTA sivlq SECY_LACLA : 74- 82: slfam GvsPyItAS iivql SECY_LACLA : 268- 276: rvnpa GviPvIfAG sitta SECY_METVA : 73- 80: tlitl GigP-IvTA giimq SECY_MICLU : 78- 86: svfal GimPyItAS iivql SECY_MYCCA : 98- 106: silal GvsPyItAS iivql SECY_MYCCA : 302- 310: klnna GviPvIfAS aiist SECY_PAVLU : 259- 267: rfgqa GvvPiIfSS sillf SECY_PYRSA : 73- 81: gifal GivPyInAS iviql SECY_PYRSA : 250- 258: rlnqg GvmPiIfAS ailvl SECY_STACA : 74- 82: sifam GimPyItAS ivmql SECY_STRCO : 78- 86: tffal GimPyItAS iilql SECY_STRCO : 275- 283: kvnqa GviPvIfAS sllyi SECY_STRCO : 352- 360: mkkyg GfiPgIrAG rptae SECY_STRSC : 78- 86: tifal GimPyItAS iilql SECY_STRSC : 275- 283: kvnqa GiiPvIfAS sllyi SECY_STRSC : 352- 360: mkkyg GfiPgIrAG rptae SECY_SYNP7 : 88- 96: gvfal GilPyInAS iilql SECY_SYNP7 : 276- 284: rlnqg GvmPiIfAS ailvl C 3: 16.0058 37( 22) G-x(3)-L-x(0,2)-I-[FILV]-[AILV] Occurences: 37(22) SECY_BACLI : 147- 156: tdpgv GtylLiaIVL tagta SECY_BACLI : 398- 406: ssaqi GgtsLl-IVI gvale SECY_BACLI : 399- 406: saqig GtslL--IVI gvale SECY_BACS5 : 399- 407: qaiqi GgtgLl-IVV gvald SECY_BACS5 : 400- 407: aiqig GtglL--IVV gvald SECY_BACST : 67- 75: psaki GgtsLl-IVV gvale SECY_BACST : 68- 75: sakig GtslL--IVV gvale SECY_BACSU : 398- 406: qsaqi GgtsLl-IVV gvale SECY_BACSU : 399- 406: saqig GtslL--IVV gvale SECY_BREFL : 187- 194: kgvgn GmslL--IFA giatr SECY_BREFL : 409- 416: atpfg GtaiL--ILV svalt SECY_CHLTR : 418- 425: syflg GtamL--IVV gvild SECY_CRYPH : 173- 180: kgign GpslL--IFI niisg SECY_CRYPH : 388- 396: vfkgl GgtsLl-IIV gvqvd SECY_CRYPH : 389- 396: fkglg GtslL--IIV gvqvd SECY_CYACA : 350- 359: nltlf GsgfLafIVL apnfl SECY_CYAPA : 215- 222: igltn GsslL--IFI niiar SECY_ECOLI : 402- 410: vpfyf GgtsLl-IVV vvimd SECY_ECOLI : 403- 410: pfyfg GtslL--IVV vvimd SECY_HAEIN : 400- 408: vkfyf GgtsLl-IVV vvimd SECY_HAEIN : 401- 408: kfyfg GtslL--IVV vvimd SECY_HALMA : 154- 161: gigta GvqwL--IFA qmfvg SECY_LACLA : 401- 409: kival GgtsLl-ILI qvaiq SECY_LACLA : 402- 409: ivalg GtslL--ILI qvaiq SECY_METVA : 108- 117: ralfq GlqkLfgIFL cflea SECY_MICLU : 377- 385: itfvv GalyLg-IVA mipli SECY_MYCCA : 407- 415: rlsvv GsvfLa-IIA llpyv SECY_PAVLU : 171- 178: rgign GsslL--ILI gnlsr SECY_PYRSA : 173- 180: kgign GpslL--IFI niiag SECY_PYRSA : 380- 388: tfkgl GatsLl-ILV gvaid SECY_STACA : 397- 405: qsiqv GgtsLl-IVI gvaie SECY_STACA : 398- 405: siqvg GtslL--IVI gvaie SECY_STRCO : 406- 413: nfpfg GtsiL--IIV gvgle SECY_STRSC : 406- 413: nfpfg GtsiL--IIV gvgle SECY_SYNP7 : 134- 143: ryvsl GwalLqsIVI avwvt SECY_SYNP7 : 188- 195: rgign GaslL--IFL nivat SECY_SYNP7 : 406- 414: tfqgf GatsLl-ILV gvaid D 4: 15.8136 26( 22) L-x(1,2)-I-x(4,5)-A-x(3)-[ILMV]-x(2)-[AGILV] Occurences: 26(22) SECY_BACLI : 402- 416: iggts Ll-Ivigv-AletMkqL esqlv SECY_BACS5 : 403- 417: iggtg Ll-Ivvgv-AldtMkqI eaqli SECY_BACST : 71- 85: iggts Ll-Ivvgv-AletMkqL esqlv SECY_BACSU : 23- 39: iiftl LmlIvfrigAfipVpyV naeal SECY_BACSU : 210- 225: gsndq Lf-IhivkvAllvIaiL avivg SECY_BACSU : 402- 416: iggts Ll-Ivvgv-AletMkqL esqlv SECY_BREFL : 161- 176: fdliv Lv-ItmtagAvlvMwmG elite SECY_CHLTR : 60- 75: rglfq LadIfsgg-AfaqMtvI algvv SECY_CRYPH : 72- 87: igvfa Lg-IvpyinAsiiVqlA tnsip SECY_CYACA : 66- 81: lsvfa LgiIpyin-AtitIqiL ssafp SECY_CYACA : 66- 81: lsvfa Lg-IipyinAtitIqiL ssafp SECY_CYAPA : 113- 128: igfft Lg-IlpymnAsffLqvL tkilp SECY_ECOLI : 80- 95: asifa Lg-ImpyisAsiiIqlL tvvhp SECY_HAEIN : 80- 95: asila Lg-ImpyisAsivIqlL atvsp SECY_HALMA : 77- 92: gsimq Lg-IgpivtAsivLqlL ggadl SECY_LACLA : 378- 394: vgslf LglIsiipiAaqnVwgL pkiva SECY_LACLA : 405- 419: lggts Ll-Iliqv-AiqaVkqL egyll SECY_METVA : 72- 87: gtlit Lg-IgpivtAgiiMqlL vgsel SECY_METVA : 138- 154: vvnst LalIlvlqlAlgaIlvI yldei SECY_MICLU : 77- 92: vsvfa Lg-ImpyitAsiiVqlL rvvip SECY_MYCCA : 438- 452: iggtg Li-Icisv-AiqtVqqL kgrii SECY_PAVLU : 368- 384: illsa LilIpsilaAalgVhpL sisgi SECY_PYRSA : 72- 87: igifa Lg-IvpyinAsivIqlA ttsip SECY_STACA : 401- 415: vggts Ll-Ivigv-AietMksL eaqvn SECY_STRCO : 77- 92: itffa Lg-ImpyitAsiiLqlL tvvip SECY_STRSC : 77- 92: itifa Lg-ImpyitAsiiLqlL tvvip SECY_SYNP7 : 87- 102: lgvfa Lg-IlpyinAsiiLqlL taavp E 5: 15.0491 49( 22) G-x(2,3)-L-x(1,2)-I-[ANSTV]-[AGILPV] Occurences: 49(22) SECY_BACLI : 147- 154: tdpgv Gty-Ll-IAI vltag SECY_BACLI : 147- 156: tdpgv GtylLiaIVL tagta SECY_BACLI : 371- 380: rltfv GsifLavIAI lpvlf SECY_BACLI : 398- 406: ssaqi GgtsLl-IVI gvale SECY_BACLI : 399- 406: saqig Gts-Ll-IVI gvale SECY_BACS5 : 399- 407: qaiqi GgtgLl-IVV gvald SECY_BACS5 : 400- 407: aiqig Gtg-Ll-IVV gvald SECY_BACST : 40- 49: rltlv GsvfLavIAV lpvff SECY_BACST : 67- 75: psaki GgtsLl-IVV gvale SECY_BACST : 68- 75: sakig Gts-Ll-IVV gvale SECY_BACSU : 371- 380: rltfv GsifLavISI lpiff SECY_BACSU : 398- 406: qsaqi GgtsLl-IVV gvale SECY_BACSU : 399- 406: saqig Gts-Ll-IVV gvale SECY_BREFL : 378- 387: rllfv GslyLavIAV lpnim SECY_CHLTR : 194- 201: kgign Gis-Li-ITL gilas SECY_CRYPH : 68- 76: gfasi GvfaLg-IVP yinas SECY_CRYPH : 173- 182: kgign GpslLifINI isglp SECY_CRYPH : 361- 370: rltfl GalfLafIAI vpnii SECY_CRYPH : 388- 397: vfkgl GgtsLliIVG vqvdt SECY_CRYPH : 389- 397: fkglg GtslLi-IVG vqvdt SECY_CRYPH : 389- 397: fkglg Gts-LliIVG vqvdt SECY_CYACA : 350- 359: nltlf GsgfLafIVL apnfl SECY_CYAPA : 215- 224: igltn GsslLifINI iarip SECY_ECOLI : 144- 152: lpnmp GmqgLv-INP gfafy SECY_ECOLI : 299- 308: fgggt GwnwLttISL ylqpg SECY_ECOLI : 402- 410: vpfyf GgtsLl-IVV vvimd SECY_ECOLI : 403- 410: pfyfg Gts-Ll-IVV vvimd SECY_HAEIN : 400- 408: vkfyf GgtsLl-IVV vvimd SECY_HAEIN : 401- 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