------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 18 sequences from file SBP_BACTERIAL_3 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 18 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename SBP_BACTERIAL_3.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: AABA_BACNO 253 ARGT_ECOLI 146 ARGT_SALTY 260 ARTI_ECOLI 244 ARTI_HAEIN 239 ARTJ_ECOLI 243 GLNH_BACST 262 GLNH_ECOLI 248 HISJ_ECOLI 18 HISJ_SALTY 260 HISP_NEIGO 268 NOCT_AGRT5 283 OCCT_AGRT6 276 PEB1_CAMJE 259 PHEC_PSEAE 268 YCKB_BACSU 283 YCKK_BACSU 268 YHDW_ECOLI 305 Pratt run started at Thu Feb 6 21:11:39 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 10.5102 34( 18) G-x(1,3)-D-x(3,5)-A 2: 7.8401 36( 18) A-x(1,2)-F 3: 7.8401 75( 18) D-x(3,4)-A 4: 7.8401 67( 18) D-x(2,3)-A 5: 7.8401 44( 18) T-x(1,2)-T 6: 7.8401 53( 18) T-x(4,5)-A 7: 7.8401 71( 18) G-x(1,2)-D 8: 7.8401 60( 18) G-x(0,1)-D 9: 7.8401 60( 18) A-x(3,4)-I 10: 7.3401 50( 18) T-x(3,5)-F 11: 7.3401 60( 18) D-x(0,2)-T 12: 7.3401 54( 18) T-x(0,2)-D 13: 7.3401 75( 18) G-x(0,2)-T 14: 7.3401 38( 18) R-x(1,3)-D 15: 7.3401 59( 18) I-x(2,4)-G 16: 7.3401 56( 18) I-x(1,3)-G 17: 7.3401 55( 18) I-x(3,5)-T 18: 7.3401 81( 18) A-x(0,2)-I Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 11.3670 32( 18) G-x(1,2)-D-[AGILPV]-[ADSTV] B 2: 10.5102 34( 18) G-x(1,3)-D-x(3,5)-A C 3: 9.4590 37( 18) G-x(0,1)-D-x(3)-[ADGSTV] D 4: 9.0786 47( 18) D-x(3,4)-A-x(2)-[ADEGNQST] E 5: 7.8401 36( 18) A-x(1,2)-F F 6: 7.8401 67( 18) D-x(2,3)-A G 7: 7.8401 44( 18) T-x(1,2)-T H 8: 7.8401 53( 18) T-x(4,5)-A I 9: 7.8401 60( 18) A-x(3,4)-I J 10: 7.3401 50( 18) T-x(3,5)-F K 11: 7.3401 60( 18) D-x(0,2)-T L 12: 7.3401 54( 18) T-x(0,2)-D M 13: 7.3401 75( 18) G-x(0,2)-T N 14: 7.3401 38( 18) R-x(1,3)-D O 15: 7.3401 59( 18) I-x(2,4)-G P 16: 7.3401 56( 18) I-x(1,3)-G Q 17: 7.3401 55( 18) I-x(3,5)-T R 18: 7.3401 81( 18) A-x(0,2)-I Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 11.3670 32( 18) G-x(1,2)-D-[AGILPV]-[ADSTV] Occurences: 32(18) AABA_BACNO : 86- 91: talen GkaDLA matis AABA_BACNO : 176- 181: kaviq GeaDVA vgdda ARGT_ECOLI : 50- 54: kgdfv Gf-DID lgnem ARGT_SALTY : 50- 54: kgefi Gf-DID lgnem ARGT_SALTY : 156- 160: nwrtk Gv-DVV ayanq ARGT_SALTY : 175- 180: sdlta GrlDAA lqdev ARTI_ECOLI : 45- 49: nnqiv Gf-DVD laqal ARTI_ECOLI : 86- 91: veavm GgmDIT perek ARTI_ECOLI : 87- 91: eavmg Gm-DIT perek ARTI_ECOLI : 167- 172: ldlen GriDGV fgdta ARTI_HAEIN : 44- 48: kgeii Gf-DVD vtnai ARTJ_ECOLI : 45- 49: nneiv Gf-DID lakal ARTJ_ECOLI : 87- 91: davis Gm-DIT persk ARTJ_ECOLI : 166- 171: idlkn GriDGV fgdta GLNH_BACST : 84- 88: tgkve Gf-DID iakgl GLNH_ECOLI : 48- 52: gdkyv Gf-DVD lwaai HISJ_ECOLI : 9- 13: qniri Gt-DPT yapfe HISJ_SALTY : 31- 35: qkiri Gt-DPT yapfe HISJ_SALTY : 50- 54: qgelv Gf-DID lakel HISJ_SALTY : 175- 180: sdlta GriDAA fqdev HISP_NEIGO : 25- 29: acggq Gk-DAA apaan HISP_NEIGO : 61- 65: kgnve Gf-DVD lmnam HISP_NEIGO : 95- 100: palnn GdaDIV msgvt NOCT_AGRT5 : 53- 57: ggkli Gf-DID lgndl NOCT_AGRT5 : 199- 204: mdlka GriDAS lasvs NOCT_AGRT5 : 276- 280: sqqwf Gy-DAS pkq OCCT_AGRT6 : 194- 199: ldlts GrlDAV lanat PEB1_CAMJE : 100- 105: plldn GsvDAV iatft PHEC_PSEAE : 61- 65: eggya Gf-DVD maqrl YCKB_BACSU : 102- 107: tavns GqvDAA andid YCKK_BACSU : 263- 267: skkwf Ge-DVS k YHDW_ECOLI : 23- 27: dgkfs Gi-DVD icrgv B 2: 10.5102 34( 18) G-x(1,3)-D-x(3,5)-A Occurences: 34(18) AABA_BACNO : 86- 93: talen Gka-Dlam--A tisvt ARGT_ECOLI : 31- 37: etvri Gt--Dtty--A pfssk ARGT_SALTY : 31- 37: qtvri Gt--Dtty--A pfssk ARGT_SALTY : 156- 163: nwrtk Gv--Dvvay-A nqdli ARGT_SALTY : 220- 230: dgtgv GlrkDdtelkA afdka ARTI_ECOLI : 45- 51: nnqiv Gf--Dvdl--A qalck ARTI_ECOLI : 45- 53: nnqiv GfdvDlaq--A lckei ARTI_ECOLI : 45- 53: nnqiv Gf--DvdlaqA lckei ARTI_HAEIN : 44- 52: kgeii GfdvDvtn--A icqei ARTI_HAEIN : 44- 52: kgeii Gf--DvdvtnA icqei ARTJ_ECOLI : 45- 51: nneiv Gf--Didl--A kalck ARTJ_ECOLI : 45- 53: nneiv GfdiDlak--A lckqm ARTJ_ECOLI : 45- 53: nneiv Gf--DidlakA lckqm GLNH_BACST : 84- 90: tgkve Gf--Didi--A kglak GLNH_BACST : 84- 94: tgkve GfdiDiakglA kkilg GLNH_ECOLI : 48- 56: gdkyv GfdvDlwa--A iakel GLNH_ECOLI : 48- 55: gdkyv Gf--Dvdlw-A aiake GLNH_ECOLI : 48- 56: gdkyv Gf--DvdlwaA iakel GLNH_ECOLI : 48- 58: gdkyv GfdvDlwaaiA kelkl GLNH_ECOLI : 141- 148: vksgt Gsv-Dyak--A niktk HISJ_ECOLI : 9- 15: qniri Gt--Dpty--A pfe HISJ_SALTY : 31- 37: qkiri Gt--Dpty--A pfesk HISJ_SALTY : 50- 56: qgelv Gf--Didl--A kelck HISP_NEIGO : 23- 32: lsacg GqgkDaaap-A anpgk HISP_NEIGO : 23- 33: lsacg GqgkDaaapaA npgkv HISP_NEIGO : 25- 32: acggq Gk--Daaap-A anpgk HISP_NEIGO : 25- 33: acggq Gk--DaaapaA npgkv HISP_NEIGO : 61- 69: kgnve GfdvDlmn--A makag HISP_NEIGO : 61- 69: kgnve Gf--DvdlmnA makag HISP_NEIGO : 61- 71: kgnve GfdvDlmnamA kagnf HISP_NEIGO : 164- 171: vskll Gn--Dnpki-A rfenv HISP_NEIGO : 249- 256: kvres Gey-Dkiy--A kyfak NOCT_AGRT5 : 87- 94: pslta Gry-Daim--A amgiq NOCT_AGRT5 : 87- 95: pslta Gry-Daima-A mgiqp NOCT_AGRT5 : 199- 206: mdlka Gri-Dasl--A svsfl OCCT_AGRT6 : 47- 55: ggkld GfeiDlan--A lcekm OCCT_AGRT6 : 80- 88: mpslt GkkyDaim--A amsvt OCCT_AGRT6 : 80- 89: mpslt GkkyDaima-A msvtp OCCT_AGRT6 : 194- 201: ldlts Grl-Davl--A natvl OCCT_AGRT6 : 194- 203: ldlts Grl-DavlanA tvlaa PEB1_CAMJE : 43- 52: gqliv GvknDvphy-A lldqa PEB1_CAMJE : 63- 73: tgeik GfevDvakllA ksilg PEB1_CAMJE : 94- 104: naktr GpllDngsvdA viatf PEB1_CAMJE : 100- 107: plldn Gsv-Davi--A tftit PHEC_PSEAE : 61- 67: eggya Gf--Dvdm--A qrlae PHEC_PSEAE : 61- 71: eggya GfdvDmaqrlA eslga PHEC_PSEAE : 187- 196: qqivd Gka-DlmmtdA iearl YCKB_BACSU : 91- 98: efkem Gi--Dgmlt-A vnsgq YCKK_BACSU : 235- 244: frkgs GevvDqvnk-A lkemk YHDW_ECOLI : 23- 33: dgkfs GidvDicrgvA aavfg YHDW_ECOLI : 118- 126: vciqa Gt--DtelnvA dyfka C 3: 9.4590 37( 18) G-x(0,1)-D-x(3)-[ADGSTV] Occurences: 37(18) AABA_BACNO : 77- 82: fvanf G-DtltA lengk ARGT_ECOLI : 31- 37: etvri GtDttyA pfssk ARGT_ECOLI : 50- 56: kgdfv GfDidlG nemck ARGT_SALTY : 31- 37: qtvri GtDttyA pfssk ARGT_SALTY : 50- 56: kgefi GfDidlG nemck ARGT_SALTY : 214- 219: dkkyf G-DgtgV glrkd ARTI_ECOLI : 45- 51: nnqiv GfDvdlA qalck ARTI_ECOLI : 174- 179: idgvf G-DtavV hewlk ARTI_ECOLI : 193- 198: klvvv G-DkvtD kdyfg ARTI_HAEIN : 44- 50: kgeii GfDvdvT naicq ARTJ_ECOLI : 45- 51: nneiv GfDidlA kalck ARTJ_ECOLI : 173- 178: idgvf G-DtavV newlk GLNH_BACST : 84- 90: tgkve GfDidiA kglak GLNH_BACST : 212- 217: lkagq G-DaltT dnall GLNH_ECOLI : 43- 48: fefkq G-DkyvG fdvdl GLNH_ECOLI : 199- 204: qfkav G-DsleA qqygi GLNH_ECOLI : 214- 220: iafpk GsDelrD kvnga HISJ_ECOLI : 9- 15: qniri GtDptyA pfe HISJ_SALTY : 31- 37: qkiri GtDptyA pfesk HISJ_SALTY : 50- 56: qgelv GfDidlA kelck HISJ_SALTY : 164- 170: ivsyq GqDniyS dltag HISJ_SALTY : 197- 203: lkqpv GkDykfG gpavk HISP_NEIGO : 95- 100: palnn G-DadiV msgvt HISP_NEIGO : 155- 160: vtght G-DfsvS kllgn HISP_NEIGO : 187- 193: eleng GlDsvvS dsavi HISP_NEIGO : 230- 235: iavrk G-DeatV kmlnd NOCT_AGRT5 : 53- 59: ggkli GfDidlG ndlck OCCT_AGRT6 : 117- 122: gfavm G-DsklA empgl PEB1_CAMJE : 171- 177: aakki GiDvkfS efpdy PHEC_PSEAE : 61- 67: eggya GfDvdmA qrlae YCKB_BACSU : 62- 68: hdtds GsDkltG yevev YCKB_BACSU : 91- 97: efkem GiDgmlT avnsg YCKK_BACSU : 35- 40: dnakd G-DlwaS ikkkg YHDW_ECOLI : 38- 43: aaavf G-DdtkV kytpl YHDW_ECOLI : 198- 204: pvvrr GdDewfS ivrwt YHDW_ECOLI : 246- 251: llgke G-DygkD lkldn YHDW_ECOLI : 249- 255: kegdy GkDlklD nkway D 4: 9.0786 47( 18) D-x(3,4)-A-x(2)-[ADEGNQST] Occurences: 47(18) AABA_BACNO : 78- 85: vanfg Dtlt-AleN gkadl AABA_BACNO : 89- 96: engka Dlam-AtiS vtpar ARGT_ECOLI : 33- 40: vrigt Dtty-ApfS skdak ARGT_ECOLI : 107- 114: eiafs Dkly-AadS rliaa ARGT_ECOLI : 113- 121: klyaa DsrliAakG spiqp ARGT_SALTY : 33- 40: vrigt Dtty-ApfS skdak ARGT_SALTY : 107- 114: eiafs Dkly-AadS rliaa ARGT_SALTY : 113- 121: klyaa DsrliAakG spvqp ARGT_SALTY : 158- 166: rtkgv DvvayAnqD liysd ARGT_SALTY : 183- 190: daalq Deva-AseG flkqp ARGT_SALTY : 225- 233: glrkd DtelkAafD kalte ARTI_ECOLI : 155- 163: ttvpy DsyqnAklD lengr ARTI_HAEIN : 48- 55: igfdv Dvtn-AicQ eiqat ARTJ_ECOLI : 154- 162: ktvsy DsyqnAfiD lkngr GLNH_BACST : 144- 152: evdfs DvyfmAgqS llvkk GLNH_ECOLI : 50- 58: kyvgf DvdlwAaiA kelkl GLNH_ECOLI : 85- 92: qtknv Dlal-AgiT itder GLNH_ECOLI : 130- 138: svkdl DgkvvAvkS gtgsv GLNH_ECOLI : 220- 228: sdelr DkvngAlkT lreng HISJ_ECOLI : 11- 18: irigt Dpty-ApfE HISJ_SALTY : 33- 40: irigt Dpty-ApfE sknaq HISJ_SALTY : 107- 114: eiaft Dkly-AadS rlvva HISJ_SALTY : 183- 190: daafq Deva-AseG flkqp HISP_NEIGO : 86- 94: khqpw DslfpAlnN gdadi HISP_NEIGO : 166- 174: kllgn DnpkiArfE nvpli NOCT_AGRT5 : 90- 97: tagry Daim-AamG iqpar NOCT_AGRT5 : 202- 209: kagri Dasl-AsvS flkpl NOCT_AGRT5 : 247- 255: girke DadlkAlfD kaida NOCT_AGRT5 : 255- 263: lkalf DkaidAaiA dgtvq NOCT_AGRT5 : 259- 266: fdkai Daai-AdgT vqkls OCCT_AGRT6 : 51- 58: dgfei Dlan-AlcE kmkak OCCT_AGRT6 : 84- 91: tgkky Daim-AamS vtpkr OCCT_AGRT6 : 138- 146: ldsqa DaakkAiaD issfl OCCT_AGRT6 : 197- 204: tsgrl Davl-AnaT vlaaa OCCT_AGRT6 : 241- 249: glrke DtalkAdfD aaika OCCT_AGRT6 : 247- 254: talka Dfda-AikA asedg OCCT_AGRT6 : 249- 257: lkadf DaaikAasE dgtik PEB1_CAMJE : 47- 55: vgvkn DvphyAllD qatge PEB1_CAMJE : 103- 110: dngsv Davi-AtfT itper PEB1_CAMJE : 145- 152: yksla Dmkg-AniG vaqaa PHEC_PSEAE : 95- 103: rdfad DrfdiAmsG isinl PHEC_PSEAE : 195- 202: dlmmt Daie-ArlQ srlhp YCKB_BACSU : 93- 101: kemgi DgmltAvnS gqvda YCKK_BACSU : 95- 102: ketqw Dsmf-AglN skrfd YCKK_BACSU : 239- 247: sgevv DqvnkAlkE mkedg YHDW_ECOLI : 145- 153: tfdrs DesakAleS grcdt YHDW_ECOLI : 227- 234: nsqnv Deka-AnpA tpdma E 5: 7.8401 36( 18) A-x(1,2)-F Occurences: 36(18) AABA_BACNO : 19- 22: siacg AslF caadv AABA_BACNO : 74- 76: keefv An-F gdtlt ARGT_ECOLI : 37- 39: tdtty Ap-F sskda ARGT_ECOLI : 71- 74: kctwv AsdF dalip ARGT_SALTY : 37- 39: tdtty Ap-F sskda ARGT_SALTY : 71- 74: kctwv AsdF dalip ARGT_SALTY : 230- 232: dtelk Aa-F dkalt ARTI_ECOLI : 11- 13: iaali Ag-F slsat ARTI_ECOLI : 109- 111: yydns Al-F vgqqg ARTI_HAEIN : 77- 80: ipnlk AkrF daais ARTJ_ECOLI : 11- 13: laall As-F tfgas GLNH_BACST : 201- 204: efeny AeaF talka GLNH_ECOLI : 100- 103: derkk AidF sdgyy HISJ_ECOLI : 15- 17: tdpty Ap-F e HISJ_SALTY : 19- 21: fssat Aa-F aaipq HISJ_SALTY : 37- 39: tdpty Ap-F eskna HISJ_SALTY : 179- 181: agrid Aa-F qdeva HISP_NEIGO : 45- 47: rvasn Ae-F apfes HISP_NEIGO : 48- 50: snaef Ap-F eslds HISP_NEIGO : 73- 76: namak AgnF kiefk HISP_NEIGO : 171- 173: dnpki Ar-F envpl HISP_NEIGO : 256- 259: ydkiy AkyF akegg NOCT_AGRT5 : 252- 254: dadlk Al-F dkaid OCCT_AGRT6 : 164- 167: qgstt AstF ldkyf OCCT_AGRT6 : 246- 248: dtalk Ad-F daaik PEB1_CAMJE : 11- 13: sllkl Av-F algac PEB1_CAMJE : 107- 109: vdavi At-F titpe PHEC_PSEAE : 60- 62: eeggy Ag-F dvdma PHEC_PSEAE : 114- 116: erqrq Ah-F sipyl PHEC_PSEAE : 135- 137: lcsee Ar-F qtleq YCKB_BACSU : 13- 15: svsqw Af-F lilaa YCKB_BACSU : 209- 211: qtlal Aa-F pdlni YCKK_BACSU : 7- 9: kkall Al-F mvvsi YHDW_ECOLI : 34- 37: crgva AavF gddtk YHDW_ECOLI : 35- 37: rgvaa Av-F gddtk YHDW_ECOLI : 126- 129: telnv AdyF kannm F 6: 7.8401 67( 18) D-x(2,3)-A Occurences: 67(18) AABA_BACNO : 78- 82: vanfg DtltA lengk AABA_BACNO : 89- 93: engka DlamA tisvt ARGT_ECOLI : 33- 37: vrigt DttyA pfssk ARGT_ECOLI : 73- 76: twvas Dfd-A lipsl ARGT_ECOLI : 107- 111: eiafs DklyA adsrl ARGT_SALTY : 33- 37: vrigt DttyA pfssk ARGT_SALTY : 73- 76: twvas Dfd-A lipsl ARGT_SALTY : 107- 111: eiafs DklyA adsrl ARGT_SALTY : 158- 161: rtkgv Dvv-A yanqd ARGT_SALTY : 171- 174: dliys Dlt-A grlda ARGT_SALTY : 183- 186: daalq Dev-A asegf ARGT_SALTY : 183- 187: daalq DevaA segfl ARGT_SALTY : 246- 249: qdgty Dkm-A kkyfd ARTI_ECOLI : 47- 51: qivgf DvdlA qalck ARTI_ECOLI : 49- 53: vgfdv DlaqA lckei ARTI_ECOLI : 106- 109: ttpyy Dns-A lfvgq ARTI_HAEIN : 48- 52: igfdv DvtnA icqei ARTI_HAEIN : 88- 92: aisai DitdA rakqv ARTI_HAEIN : 91- 94: aidit Dar-A kqvlf ARTI_HAEIN : 105- 108: sdayy Dss-A syval ARTI_HAEIN : 211- 214: hksnk Dla-A qlnkg ARTJ_ECOLI : 47- 51: eivgf DidlA kalck ARTJ_ECOLI : 49- 53: vgfdi DlakA lckqm ARTJ_ECOLI : 212- 215: iavrp Dnk-A llekl GLNH_BACST : 86- 90: kvegf DidiA kglak GLNH_ECOLI : 52- 55: vgfdv Dlw-A aiake GLNH_ECOLI : 52- 56: vgfdv DlwaA iakel GLNH_ECOLI : 85- 89: qtknv DlalA gitit GLNH_ECOLI : 144- 148: gtgsv DyakA niktk GLNH_ECOLI : 200- 204: fkavg DsleA qqygi HISJ_ECOLI : 11- 15: irigt DptyA pfe HISJ_SALTY : 33- 37: irigt DptyA pfesk HISJ_SALTY : 52- 56: elvgf DidlA kelck HISJ_SALTY : 107- 111: eiaft DklyA adsrl HISJ_SALTY : 171- 174: dniys Dlt-A grida HISJ_SALTY : 183- 186: daafq Dev-A asegf HISJ_SALTY : 183- 187: daafq DevaA segfl HISP_NEIGO : 27- 30: ggqgk Daa-A paanp HISP_NEIGO : 65- 69: egfdv DlmnA makag HISP_NEIGO : 252- 256: esgey DkiyA kyfak NOCT_AGRT5 : 90- 94: tagry DaimA amgiq NOCT_AGRT5 : 140- 143: enlpl Dni-A peqka NOCT_AGRT5 : 195- 198: dnvvm Dlk-A grida NOCT_AGRT5 : 202- 206: kagri DaslA svsfl NOCT_AGRT5 : 249- 252: rkeda Dlk-A lfdka NOCT_AGRT5 : 259- 263: fdkai DaaiA dgtvq OCCT_AGRT6 : 51- 55: dgfei DlanA lcekm OCCT_AGRT6 : 84- 88: tgkky DaimA amsvt OCCT_AGRT6 : 118- 122: favmg DsklA empgl OCCT_AGRT6 : 134- 137: etysl Dsq-A daakk OCCT_AGRT6 : 197- 201: tsgrl DavlA natvl OCCT_AGRT6 : 247- 250: talka Dfd-A aikaa OCCT_AGRT6 : 247- 251: talka DfdaA ikaas PEB1_CAMJE : 103- 107: dngsv DaviA tftit PEB1_CAMJE : 145- 149: yksla DmkgA nigva PEB1_CAMJE : 231- 234: ivtkk Ddp-A fakyv PEB1_CAMJE : 232- 236: vtkkd DpafA kyvdd PEB1_CAMJE : 251- 254: hknei Dal-A kkwgl PHEC_PSEAE : 63- 67: gyagf DvdmA qrlae PHEC_PSEAE : 186- 189: fqqiv Dgk-A dlmmt PHEC_PSEAE : 195- 199: dlmmt DaieA rlqsr YCKB_BACSU : 105- 108: nsgqv Daa-A ndidv YCKK_BACSU : 36- 39: nakdg Dlw-A sikkk YCKK_BACSU : 95- 99: ketqw DsmfA glnsk YCKK_BACSU : 107- 110: nskrf Dvv-A nqvgk YCKK_BACSU : 198- 201: dmtyn Dkl-A vlnyl YHDW_ECOLI : 127- 131: elnva DyfkA nnmky YHDW_ECOLI : 145- 148: tfdrs Des-A kales YHDW_ECOLI : 157- 160: esgrc Dtl-A sdqsq YHDW_ECOLI : 227- 230: nsqnv Dek-A anpat YHDW_ECOLI : 227- 231: nsqnv DekaA npatp YHDW_ECOLI : 255- 259: kdlkl DnkwA yniik G 7: 7.8401 44( 18) T-x(1,2)-T Occurences: 44(18) AABA_BACNO : 79- 81: anfgd Tl-T aleng ARGT_ECOLI : 32- 34: tvrig Td-T tyapf ARGT_ECOLI : 32- 35: tvrig TdtT yapfs ARGT_SALTY : 32- 34: tvrig Td-T tyapf ARGT_SALTY : 32- 35: tvrig TdtT yapfs ARTI_ECOLI : 61- 63: keida Tc-T fsnqa ARTI_ECOLI : 233- 236: vkkdg TyeT iynkw ARTI_HAEIN : 4- 7: mkk TllT aillg ARTJ_ECOLI : 63- 65: mqaec Tf-T nhafd ARTJ_ECOLI : 117- 120: iakkd TykT fadlk GLNH_BACST : 43- 45: dgaks Te-T sagtn GLNH_BACST : 49- 51: etsag Tn-T lekik GLNH_BACST : 110- 113: elkev TskT ripml GLNH_BACST : 129- 131: daiig Tm-T iteer GLNH_BACST : 131- 133: iigtm Ti-T eerkk GLNH_BACST : 172- 175: lkkgm TvlT akgst GLNH_BACST : 260- 262: ycksl Tn-T GLNH_ECOLI : 31- 33: klvva Td-T afvpf GLNH_ECOLI : 92- 94: alagi Ti-T derkk HISJ_ECOLI : 10- 13: nirig TdpT yapfe HISJ_SALTY : 32- 35: kirig TdpT yapfe HISJ_SALTY : 65- 68: ckrin TqcT fvenp HISJ_SALTY : 143- 146: vlqgt TqeT fgneh HISP_NEIGO : 105- 107: vmsgv Ti-T ddrkq HISP_NEIGO : 151- 154: kvgvv TghT gdfsv NOCT_AGRT5 : 32- 35: dyksi TiaT egsya NOCT_AGRT5 : 115- 118: rpyll TpmT fltta NOCT_AGRT5 : 118- 121: lltpm TflT tadsp NOCT_AGRT5 : 185- 188: svqis TydT idnvv OCCT_AGRT6 : 26- 29: qeksi TiaT eggya OCCT_AGRT6 : 163- 166: vqgst TasT fldky OCCT_AGRT6 : 260- 263: asedg TikT lslkw PEB1_CAMJE : 108- 110: davia Tf-T itper PEB1_CAMJE : 110- 112: viatf Ti-T perkr PHEC_PSEAE : 42- 44: gvlrv Tt-T gdykp PHEC_PSEAE : 126- 129: lrnsk TpiT lcsee YCKB_BACSU : 47- 50: kivva TsgT lypts YCKK_BACSU : 48- 51: kkgvl TvgT egtye YCKK_BACSU : 51- 54: vltvg TegT yepft YCKK_BACSU : 226- 229: gepqs TyfT frkgs YHDW_ECOLI : 46- 49: tkvky TplT akerf YHDW_ECOLI : 69- 72: llsrn TtwT ssrda YHDW_ECOLI : 70- 72: lsrnt Tw-T ssrda YHDW_ECOLI : 84- 87: mgmaf TgvT yydgi YHDW_ECOLI : 119- 121: ciqag Td-T elnva YHDW_ECOLI : 137- 140: nnmky TpvT fdrsd H 8: 7.8401 53( 18) T-x(4,5)-A Occurences: 53(18) AABA_BACNO : 6- 11: mpflk Tlfrg-A lcsia AABA_BACNO : 94- 100: dlama TisvtpA rqqif AABA_BACNO : 128- 133: ddsik Tiqdl-A nkkvs AABA_BACNO : 157- 163: iqkeg TgsvipA ksifl AABA_BACNO : 208- 214: vidrs TepesyA iavrk ARGT_ECOLI : 16- 22: lvgls TaassyA plpet ARGT_ECOLI : 32- 37: tvrig Tdtty-A pfssk ARGT_SALTY : 17- 22: iglga Taasy-A alpqt ARGT_SALTY : 17- 23: iglga TaasyaA lpqtv ARGT_SALTY : 32- 37: tvrig Tdtty-A pfssk ARGT_SALTY : 143- 148: vlqgs Tqeay-A ndnwr ARGT_SALTY : 173- 179: iysdl TagrldA alqde ARGT_SALTY : 226- 231: lrkdd Telka-A fdkal ARGT_SALTY : 244- 249: lrqdg Tydkm-A kkyfd ARTI_ECOLI : 63- 68: idatc Tfsnq-A fdsli ARTI_ECOLI : 204- 209: kdyfg Tglgi-A vrqgn ARTI_HAEIN : 7- 13: kktll TaillgA svaas ARTJ_ECOLI : 14- 19: llasf Tfgas-A aekin ARTJ_ECOLI : 14- 20: llasf TfgasaA ekinf ARTJ_ECOLI : 63- 68: mqaec Tftnh-A fdsli ARTJ_ECOLI : 117- 122: iakkd Tyktf-A dlkgk ARTJ_ECOLI : 203- 208: pqyfg Tglgi-A vrpdn GLNH_BACST : 12- 17: wkiwi Tlali-A llsit GLNH_BACST : 34- 40: sesst TnkedgA kstet GLNH_ECOLI : 81- 87: ipalq TknvdlA lagit GLNH_ECOLI : 94- 100: agiti TderkkA idfsd GLNH_ECOLI : 140- 146: avksg TgsvdyA kanik GLNH_ECOLI : 170- 175: ymelg Tnrad-A vlhdt HISJ_ECOLI : 10- 15: nirig Tdpty-A pfe HISJ_SALTY : 18- 23: afssa Taafa-A ipqki HISJ_SALTY : 32- 37: kirig Tdpty-A pfesk HISJ_SALTY : 106- 111: qeiaf Tdkly-A adsrl HISJ_SALTY : 106- 112: qeiaf TdklyaA dsrlv HISJ_SALTY : 173- 179: iysdl TagridA afqde HISJ_SALTY : 244- 249: mradg Tyekl-A kkyfd HISP_NEIGO : 220- 226: lpdft TehygiA vrkgd NOCT_AGRT5 : 14- 19: laavv Tgvll-A agptq NOCT_AGRT5 : 14- 20: laavv TgvllaA gptqa NOCT_AGRT5 : 35- 40: sitia Tegsy-A pynfk NOCT_AGRT5 : 85- 91: iipsl TagrydA imaam NOCT_AGRT5 : 118- 123: lltpm Tfltt-A dspll OCCT_AGRT6 : 5- 10: mklk Tilca-A lllva OCCT_AGRT6 : 29- 34: sitia Teggy-A pwnfs OCCT_AGRT6 : 79- 85: impsl TgkkydA imaam OCCT_AGRT6 : 192- 198: hnldl TsgrldA vlana OCCT_AGRT6 : 204- 209: vlana Tvlaa-A iekpe PEB1_CAMJE : 228- 234: sygiv TkkddpA fakyv PHEC_PSEAE : 54- 60: pfsyr TeeggyA gfdvd PHEC_PSEAE : 129- 135: sktpi TlcseeA rfqtl PHEC_PSEAE : 157- 162: vnpgg Tnekf-A ranlk PHEC_PSEAE : 194- 199: adlmm Tdaie-A rlqsr YCKB_BACSU : 161- 167: agaat TvymevA rkyga YCKB_BACSU : 205- 210: dyylq Tlala-A fpdln YCKK_BACSU : 195- 201: grvdm TyndklA vlnyl YHDW_ECOLI : 72- 77: rnttw Tssrd-A gmgma YHDW_ECOLI : 112- 117: eldga Tvciq-A gtdte YHDW_ECOLI : 121- 126: qagtd Telnv-A dyfka I 9: 7.8401 60( 18) A-x(3,4)-I Occurences: 60(18) AABA_BACNO : 11- 15: tlfrg Alcs-I acgas AABA_BACNO : 25- 30: slfca AdvyrI irnyp AABA_BACNO : 91- 95: gkadl Amat-I svtpa AABA_BACNO : 100- 104: isvtp Arqq-I fdftt AABA_BACNO : 169- 174: ksifl AvkavI qgead AABA_BACNO : 223- 228: rkgdq AlkkkI ddall ARGT_ECOLI : 112- 117: dklya AdsrlI aakgs ARGT_ECOLI : 119- 124: srlia AkgspI qptld ARGT_SALTY : 7- 12: kktvl AlsllI glgat ARGT_SALTY : 44- 49: fsskd AkgefI gfdid ARGT_SALTY : 112- 117: dklya AdsrlI aakgs ARGT_SALTY : 163- 168: dvvay AnqdlI ysdlt ARTI_ECOLI : 19- 23: slsat Aaet-I rfate ARTI_ECOLI : 39- 43: fesid Annq-I vgfdv ARTI_ECOLI : 53- 58: vdlaq AlckeI datct ARTI_ECOLI : 68- 73: tfsnq AfdslI pslkf ARTI_HAEIN : 38- 42: fettn Akge-I igfdv ARTI_HAEIN : 38- 43: fettn AkgeiI gfdvd ARTI_HAEIN : 52- 57: vdvtn AicqeI qatck ARTI_HAEIN : 82- 87: akrfd AaisaI ditda ARTI_HAEIN : 83- 87: krfda Aisa-I ditda ARTJ_ECOLI : 19- 23: tfgas Aaek-I nfgvs ARTJ_ECOLI : 39- 43: fesig Anne-I vgfdi ARTJ_ECOLI : 68- 73: tftnh AfdslI pslkf ARTJ_ECOLI : 223- 227: eklnn Alaa-I kadgt GLNH_BACST : 17- 21: tlali Alls-I talag GLNH_ECOLI : 87- 91: knvdl Alag-I titde GLNH_ECOLI : 89- 93: vdlal Agit-I tderk GLNH_ECOLI : 146- 150: gsvdy Akan-I ktkdl GLNH_ECOLI : 204- 209: gdsle AqqygI afpkg HISJ_ECOLI : 1- 6: AipqnI rigtd HISJ_SALTY : 19- 24: fssat AafaaI pqkir HISJ_SALTY : 20- 24: ssata Afaa-I pqkir HISJ_SALTY : 23- 28: taafa AipqkI rigtd HISJ_SALTY : 119- 124: srlvv AknsdI qptva HISJ_SALTY : 153- 157: gnehw Apkg-I eivsy HISP_NEIGO : 73- 78: namak AgnfkI efkhq NOCT_AGRT5 : 47- 52: ynfkd AggklI gfdid NOCT_AGRT5 : 76- 80: kfveq Awvg-I ipslt NOCT_AGRT5 : 76- 81: kfveq AwvgiI pslta NOCT_AGRT5 : 94- 98: ydaim Aamg-I qpare NOCT_AGRT5 : 101- 106: mgiqp ArekvI afsrp NOCT_AGRT5 : 257- 262: alfdk AidaaI adgtv OCCT_AGRT6 : 20- 25: agqaa AqeksI tiate OCCT_AGRT6 : 62- 66: cekmk Akcq-I vaqnw OCCT_AGRT6 : 139- 144: dsqad AakkaI adiss OCCT_AGRT6 : 140- 144: sqada Akka-I adiss OCCT_AGRT6 : 143- 147: daakk Aiad-I ssfln PEB1_CAMJE : 57- 61: alldq Atge-I kgfev PEB1_CAMJE : 107- 111: vdavi Atft-I tperk PEB1_CAMJE : 166- 170: kaige Aakk-I gidvk PEB1_CAMJE : 167- 172: aigea AkkigI dvkfs PHEC_PSEAE : 100- 104: drfdi Amsg-I sinle PHEC_PSEAE : 114- 118: erqrq Ahfs-I pylrn YCKB_BACSU : 13- 17: svsqw Affl-I laacs YCKB_BACSU : 106- 111: sgqvd AaandI dvtkd YCKB_BACSU : 107- 111: gqvda Aand-I dvtkd YCKB_BACSU : 172- 176: arkyg Akev-I ydnat YCKK_BACSU : 183- 187: egmaq Alqm-I qqgrv YHDW_ECOLI : 111- 115: keldg Atvc-I qagtd YHDW_ECOLI : 216- 221: famln AeemgI nsqnv YHDW_ECOLI : 259- 263: ldnkw Ayni-I kqvgn J 10: 7.3401 50( 18) T-x(3,5)-F Occurences: 50(18) AABA_BACNO : 108- 112: qifdf Ttpy--F rvnpf ARGT_ECOLI : 34- 39: rigtd Ttyap-F sskda ARGT_ECOLI : 35- 39: igtdt Tyap--F sskda ARGT_ECOLI : 68- 74: mqvkc TwvasdF dalip ARGT_SALTY : 34- 39: rigtd Ttyap-F sskda ARGT_SALTY : 35- 39: igtdt Tyap--F sskda ARGT_SALTY : 68- 74: mqvkc TwvasdF dalip ARGT_SALTY : 226- 232: lrkdd TelkaaF dkalt ARTI_ECOLI : 63- 69: idatc TfsnqaF dslip ARTI_ECOLI : 136- 141: svqng Tthqk-F imdkh ARTI_ECOLI : 137- 141: vqngt Thqk--F imdkh ARTI_ECOLI : 197- 202: vgdkv Tdkdy-F gtglg ARTI_ECOLI : 236- 242: dgtye TiynkwF qk ARTI_HAEIN : 192- 197: igekv Tnkky-F gnglg ARTJ_ECOLI : 30- 34: fgvsa Typp--F esiga ARTJ_ECOLI : 63- 69: mqaec TftnhaF dslip ARTJ_ECOLI : 65- 69: aectf Tnha--F dslip ARTJ_ECOLI : 117- 121: iakkd Tykt--F adlkg ARTJ_ECOLI : 196- 201: atekv Tdpqy-F gtglg GLNH_BACST : 79- 85: lknpe TgkvegF didia GLNH_ECOLI : 31- 35: klvva Tdta--F vpfef GLNH_ECOLI : 33- 38: vvatd Tafvp-F efkqg GLNH_ECOLI : 152- 158: kanik TkdlrqF pnidn GLNH_ECOLI : 180- 186: avlhd TpnilyF iktag GLNH_ECOLI : 189- 195: lyfik TagngqF kavgd HISJ_ECOLI : 13- 17: igtdp Tyap--F e HISJ_SALTY : 35- 39: igtdp Tyap--F eskna HISJ_SALTY : 65- 69: ckrin Tqct--F venpl HISJ_SALTY : 142- 147: gvlqg Ttqet-F gnehw HISJ_SALTY : 143- 147: vlqgt Tqet--F gnehw HISP_NEIGO : 151- 157: kvgvv TghtgdF svskl HISP_NEIGO : 214- 218: gmdfv Tlpd--F ttehy NOCT_AGRT5 : 115- 119: rpyll Tpmt--F lttad NOCT_AGRT5 : 168- 173: gvqag Tshea-F mkqmm NOCT_AGRT5 : 231- 235: fgprm Tggl--F gkgvg OCCT_AGRT6 : 162- 167: gvqgs Ttast-F ldkyf OCCT_AGRT6 : 163- 167: vqgst Tast--F ldkyf OCCT_AGRT6 : 166- 172: sttas TfldkyF kgsvd OCCT_AGRT6 : 242- 248: lrked TalkadF daaik OCCT_AGRT6 : 263- 269: dgtik TlslkwF kvdvt PEB1_CAMJE : 58- 64: lldqa TgeikgF evdva PHEC_PSEAE : 44- 50: lrvtt TgdykpF syrte PHEC_PSEAE : 157- 161: vnpgg Tnek--F aranl YCKB_BACSU : 205- 211: dyylq TlalaaF pdlni YCKB_BACSU : 258- 264: kdgsl TklskqF fnkad YCKK_BACSU : 54- 58: vgteg Tyep--F tyhdk YCKK_BACSU : 92- 98: vdfke TqwdsmF aglns YCKK_BACSU : 226- 230: gepqs Tyft--F rkgsg YHDW_ECOLI : 49- 54: kytpl Taker-F talqs YHDW_ECOLI : 137- 141: nnmky Tpvt--F drsde K 11: 7.3401 60( 18) D-x(0,2)-T Occurences: 60(18) AABA_BACNO : 78- 79: vanfg D--T ltale AABA_BACNO : 78- 81: vanfg DtlT aleng AABA_BACNO : 106- 108: rqqif Df-T tpyfr AABA_BACNO : 106- 109: rqqif DftT pyfrv AABA_BACNO : 205- 208: lkavi DrsT epesy AABA_BACNO : 238- 240: lqlkr Dg-T idalt AABA_BACNO : 242- 245: rdgti DalT kkwyp ARGT_ECOLI : 33- 34: vrigt D--T tyapf ARGT_ECOLI : 33- 35: vrigt Dt-T yapfs ARGT_SALTY : 33- 34: vrigt D--T tyapf ARGT_SALTY : 33- 35: vrigt Dt-T yapfs ARGT_SALTY : 171- 173: dliys Dl-T agrld ARGT_SALTY : 215- 217: kkyfg Dg-T gvglr ARGT_SALTY : 224- 226: vglrk Dd-T elkaa ARGT_SALTY : 225- 226: glrkd D--T elkaa ARGT_SALTY : 242- 244: telrq Dg-T ydkma ARTI_ECOLI : 59- 61: lckei Da-T ctfsn ARTI_ECOLI : 89- 91: vmggm Di-T perek ARTI_ECOLI : 175- 176: dgvfg D--T avvhe ARTI_ECOLI : 194- 197: lvvvg DkvT dkdyf ARTI_ECOLI : 231- 233: ekvkk Dg-T yetiy ARTI_HAEIN : 48- 50: igfdv Dv-T naicq ARTI_HAEIN : 88- 90: aisai Di-T darak ARTI_HAEIN : 170- 171: diifg D--T avlad ARTJ_ECOLI : 89- 91: visgm Di-T persk ARTJ_ECOLI : 116- 117: viakk D--T yktfa ARTJ_ECOLI : 174- 175: dgvfg D--T avvne ARTJ_ECOLI : 230- 232: aaika Dg-T yqkis GLNH_BACST : 213- 216: kagqg DalT tdnal GLNH_BACST : 236- 238: nyrvl De-T fskep GLNH_ECOLI : 32- 33: lvvat D--T afvpf GLNH_ECOLI : 179- 180: davlh D--T pnily HISJ_ECOLI : 11- 13: irigt Dp-T yapfe HISJ_SALTY : 33- 35: irigt Dp-T yapfe HISJ_SALTY : 171- 173: dniys Dl-T agrid HISJ_SALTY : 242- 244: aemra Dg-T yekla HISP_NEIGO : 211- 214: pakgm DfvT lpdft HISP_NEIGO : 217- 219: fvtlp Df-T tehyg HISP_NEIGO : 217- 220: fvtlp DftT ehygi HISP_NEIGO : 231- 234: avrkg DeaT vkmln NOCT_AGRT5 : 151- 154: qkael DkfT kifeg NOCT_AGRT5 : 187- 188: qisty D--T idnvv NOCT_AGRT5 : 264- 266: daaia Dg-T vqkls OCCT_AGRT6 : 190- 192: eehnl Dl-T sgrld OCCT_AGRT6 : 241- 242: glrke D--T alkad OCCT_AGRT6 : 258- 260: kaase Dg-T iktls OCCT_AGRT6 : 272- 274: kwfkv Dv-T pq PEB1_CAMJE : 55- 58: hyall DqaT geikg PHEC_PSEAE : 176- 179: ilvhp DnvT ifqqi YCKB_BACSU : 31- 32: eadsk D--T gweqi YCKB_BACSU : 58- 59: ptsyh D--T dsgsd YCKB_BACSU : 64- 67: tdsgs DklT gyeve YCKB_BACSU : 112- 114: aandi Dv-T kdree YCKB_BACSU : 178- 181: keviy DnaT neqyl YCKK_BACSU : 62- 65: pftyh DkdT dkltg YCKK_BACSU : 64- 65: tyhdk D--T dkltg YCKK_BACSU : 66- 69: hdkdt DklT gydve YCKK_BACSU : 126- 129: qydfs DkyT tsrav YCKK_BACSU : 193- 195: qqgrv Dm-T yndkl YCKK_BACSU : 251- 253: kemke Dg-T lskis YHDW_ECOLI : 39- 41: aavfg Dd-T kvkyt YHDW_ECOLI : 40- 41: avfgd D--T kvkyt YHDW_ECOLI : 109- 112: sakel DgaT vciqa YHDW_ECOLI : 120- 121: iqagt D--T elnva YHDW_ECOLI : 157- 158: esgrc D--T lasdq L 12: 7.3401 54( 18) T-x(0,2)-D Occurences: 54(18) AABA_BACNO : 121- 123: pfafi Tk-D dsikt AABA_BACNO : 121- 124: pfafi TkdD sikti AABA_BACNO : 128- 131: ddsik TiqD lankk AABA_BACNO : 240- 242: lkrdg Ti-D altkk ARGT_ECOLI : 32- 33: tvrig T--D ttyap ARGT_ECOLI : 96- 97: sslsv T--D krqqe ARGT_ECOLI : 127- 129: spiqp Tl-D slkgk ARGT_SALTY : 32- 33: tvrig T--D ttyap ARGT_SALTY : 96- 97: sslsi T--D krqqe ARGT_SALTY : 244- 246: lrqdg Ty-D kmakk ARTI_ECOLI : 119- 122: qqgky TsvD qlkgk ARTI_ECOLI : 197- 198: vgdkv T--D kdyfg ARTI_ECOLI : 197- 200: vgdkv TdkD yfgtg ARTI_HAEIN : 67- 69: kfkse Tf-D alipn ARTI_HAEIN : 90- 91: saidi T--D arakq ARTJ_ECOLI : 120- 123: kdtyk TfaD lkgkc ARTJ_ECOLI : 196- 197: atekv T--D pqyfg GLNH_BACST : 216- 218: qgdal Tt-D nallw GLNH_BACST : 217- 218: gdalt T--D nallw GLNH_ECOLI : 31- 32: klvva T--D tafvp GLNH_ECOLI : 92- 95: alagi TitD erkka GLNH_ECOLI : 94- 95: agiti T--D erkka GLNH_ECOLI : 152- 154: kanik Tk-D lrqfp HISJ_ECOLI : 10- 11: nirig T--D ptyap HISJ_SALTY : 32- 33: kirig T--D ptyap HISJ_SALTY : 106- 107: qeiaf T--D klyaa HISP_NEIGO : 105- 108: vmsgv TitD drkqs HISP_NEIGO : 107- 108: sgvti T--D drkqs HISP_NEIGO : 107- 109: sgvti Td-D rkqsm HISP_NEIGO : 154- 156: vvtgh Tg-D fsvsk HISP_NEIGO : 214- 217: gmdfv TlpD ftteh NOCT_AGRT5 : 121- 124: pmtfl TtaD spllk NOCT_AGRT5 : 122- 124: mtflt Ta-D spllk NOCT_AGRT5 : 185- 187: svqis Ty-D tidnv NOCT_AGRT5 : 188- 190: istyd Ti-D nvvmd NOCT_AGRT5 : 215- 216: flkpl T--D kpdnk OCCT_AGRT6 : 166- 169: sttas TflD kyfkg PEB1_CAMJE : 228- 231: sygiv TkkD dpafa PHEC_PSEAE : 43- 46: vlrvt TtgD ykpfs PHEC_PSEAE : 44- 46: lrvtt Tg-D ykpfs PHEC_PSEAE : 194- 195: adlmm T--D aiear YCKB_BACSU : 59- 60: tsyhd T--D sgsdk YCKB_BACSU : 114- 116: ndidv Tk-D reekf YCKB_BACSU : 146- 149: lsgik TlkD lkgkk YCKB_BACSU : 194- 195: vangr T--D vilnd YCKK_BACSU : 59- 62: tyepf TyhD kdtdk YCKK_BACSU : 65- 66: yhdkd T--D kltgy YCKK_BACSU : 69- 72: dtdkl TgyD vevit YCKK_BACSU : 92- 95: vdfke TqwD smfag YCKK_BACSU : 116- 117: nqvgk T--D renqy YCKK_BACSU : 137- 140: ravvv TkkD nndik YCKK_BACSU : 195- 198: grvdm TynD klavl YHDW_ECOLI : 87- 90: aftgv TyyD gigfl YHDW_ECOLI : 96- 98: gigfl Th-D kaglk YHDW_ECOLI : 119- 120: ciqag T--D telnv YHDW_ECOLI : 140- 142: kytpv Tf-D rsdes YHDW_ECOLI : 235- 237: aanpa Tp-D mahll M 13: 7.3401 75( 18) G-x(0,2)-T Occurences: 75(18) AABA_BACNO : 47- 50: ymdek GspT gfete AABA_BACNO : 51- 54: kgspt GfeT elirk AABA_BACNO : 77- 79: fvanf Gd-T ltale AABA_BACNO : 156- 157: eiqke G--T gsvip AABA_BACNO : 239- 240: qlkrd G--T idalt ARGT_ECOLI : 13- 16: lsllv GlsT aassy ARGT_ECOLI : 31- 32: etvri G--T dttya ARGT_ECOLI : 31- 34: etvri GtdT tyapf ARGT_ECOLI : 141- 143: vgvlq Gs-T qea ARGT_SALTY : 15- 17: lligl Ga-T aasya ARGT_SALTY : 31- 32: qtvri G--T dttya ARGT_SALTY : 31- 34: qtvri GtdT tyapf ARGT_SALTY : 141- 143: vgvlq Gs-T qeaya ARGT_SALTY : 214- 217: dkkyf GdgT gvglr ARGT_SALTY : 216- 217: kyfgd G--T gvglr ARGT_SALTY : 243- 244: elrqd G--T ydkma ARTI_ECOLI : 116- 119: fvgqq GkyT svdql ARTI_ECOLI : 135- 136: rsvqn G--T thqkf ARTI_ECOLI : 135- 137: rsvqn Gt-T hqkfi ARTI_ECOLI : 174- 176: idgvf Gd-T avvhe ARTI_ECOLI : 203- 204: dkdyf G--T glgia ARTI_ECOLI : 213- 215: iavrq Gn-T elqqk ARTI_ECOLI : 232- 233: kvkkd G--T yetiy ARTI_HAEIN : 115- 118: yvalk GkaT lesak ARTI_HAEIN : 130- 131: igvqn G--T tfqqy ARTI_HAEIN : 130- 132: igvqn Gt-T fqqyt ARTI_HAEIN : 169- 171: idiif Gd-T avlad ARTJ_ECOLI : 134- 135: igmen G--T thqky ARTJ_ECOLI : 134- 136: igmen Gt-T hqkyi ARTJ_ECOLI : 173- 175: idgvf Gd-T avvne ARTJ_ECOLI : 189- 192: tnpql GvaT ekvtd ARTJ_ECOLI : 202- 203: dpqyf G--T glgia ARTJ_ECOLI : 231- 232: aikad G--T yqkis GLNH_BACST : 48- 49: tetsa G--T ntlek GLNH_BACST : 48- 51: tetsa GtnT lekik GLNH_BACST : 128- 129: idaii G--T mtite GLNH_BACST : 128- 131: idaii GtmT iteer GLNH_BACST : 170- 172: kdlkk Gm-T vltak GLNH_BACST : 178- 180: vltak Gs-T saqni GLNH_ECOLI : 90- 92: dlala Gi-T itder GLNH_ECOLI : 139- 140: vavks G--T gsvdy GLNH_ECOLI : 169- 170: aymel G--T nrada GLNH_ECOLI : 233- 234: tlren G--T yneiy GLNH_ECOLI : 244- 245: ykkwf G--T epk HISJ_ECOLI : 9- 10: qniri G--T dptya HISJ_SALTY : 31- 32: qkiri G--T dptya HISJ_SALTY : 141- 142: vgvlq G--T tqetf HISJ_SALTY : 141- 143: vgvlq Gt-T qetfg HISJ_SALTY : 214- 217: deklf GvgT gmglr HISJ_SALTY : 216- 217: klfgv G--T gmglr HISJ_SALTY : 243- 244: emrad G--T yekla HISP_NEIGO : 103- 105: divms Gv-T itddr HISP_NEIGO : 148- 151: kmnkv GvvT ghtgd HISP_NEIGO : 152- 154: vgvvt Gh-T gdfsv NOCT_AGRT5 : 21- 23: vllaa Gp-T qakdy NOCT_AGRT5 : 167- 168: fgvqa G--T sheaf NOCT_AGRT5 : 265- 266: aaiad G--T vqkls OCCT_AGRT6 : 128- 130: empgl Ge-T yslds OCCT_AGRT6 : 153- 154: ssfln G--T tvgvq OCCT_AGRT6 : 153- 155: ssfln Gt-T vgvqg OCCT_AGRT6 : 160- 162: tvgvq Gs-T tastf OCCT_AGRT6 : 160- 163: tvgvq GstT astfl OCCT_AGRT6 : 259- 260: aased G--T iktls PEB1_CAMJE : 225- 228: epqsy GivT kkddp PHEC_PSEAE : 147- 149: qidqp Gv-T aivnp PHEC_PSEAE : 155- 157: aivnp Gg-T nekfa PHEC_PSEAE : 156- 157: ivnpg G--T nekfa YCKB_BACSU : 49- 50: vvats G--T lypts YCKB_BACSU : 94- 97: emgid GmlT avnsg YCKB_BACSU : 132- 133: ykysy G--T aivrk YCKB_BACSU : 143- 146: kddls GikT lkdlk YCKB_BACSU : 157- 160: gkkaa GaaT tvyme YCKB_BACSU : 192- 194: kdvan Gr-T dviln YCKB_BACSU : 255- 258: emskd GslT klskq YCKK_BACSU : 45- 48: sikkk GvlT vgteg YCKK_BACSU : 50- 51: gvltv G--T egtye YCKK_BACSU : 53- 54: tvgte G--T yepft YCKK_BACSU : 114- 116: vanqv Gk-T drenq YCKK_BACSU : 152- 154: eadvk Gk-T saqsl YCKK_BACSU : 252- 253: emked G--T lskis YHDW_ECOLI : 38- 41: aaavf GddT kvkyt YHDW_ECOLI : 85- 87: gmaft Gv-T yydgi YHDW_ECOLI : 93- 96: yydgi GflT hdkag YHDW_ECOLI : 110- 112: akeld Ga-T vciqa YHDW_ECOLI : 118- 119: vciqa G--T dteln YHDW_ECOLI : 118- 121: vciqa GtdT elnva N 14: 7.3401 38( 18) R-x(1,3)-D Occurences: 38(18) AABA_BACNO : 218- 221: yaiav Rkg-D qalkk ARGT_ECOLI : 29- 33: lpetv RigtD ttyap ARGT_SALTY : 29- 33: lpqtv RigtD ttyap ARGT_SALTY : 176- 178: dltag Rl--D aalqd ARGT_SALTY : 222- 224: tgvgl Rk--D dtelk ARGT_SALTY : 222- 225: tgvgl Rkd-D telka ARGT_SALTY : 240- 242: altel Rq--D gtydk ARTI_ECOLI : 168- 170: dleng Ri--D gvfgd ARTI_HAEIN : 79- 81: nlkak Rf--D aaisa ARTI_HAEIN : 163- 165: dlksg Ri--D iifgd ARTJ_ECOLI : 79- 82: pslkf Rky-D avisg ARTJ_ECOLI : 167- 169: dlkng Ri--D gvfgd ARTJ_ECOLI : 210- 212: lgiav Rp--D nkall GLNH_BACST : 233- 236: qdpny Rvl-D etfsk GLNH_ECOLI : 172- 174: elgtn Ra--D avlhd HISJ_ECOLI : 7- 11: ipqni RigtD ptyap HISJ_SALTY : 29- 33: ipqki RigtD ptyap HISJ_SALTY : 176- 178: dltag Ri--D aafqd HISJ_SALTY : 222- 225: tgmgl Rke-D nelre HISJ_SALTY : 240- 242: afaem Ra--D gtyek HISP_NEIGO : 228- 231: ygiav Rkg-D eatvk NOCT_AGRT5 : 88- 90: sltag Ry--D aimaa NOCT_AGRT5 : 200- 202: dlkag Ri--D aslas NOCT_AGRT5 : 244- 247: vgvgi Rke-D adlka OCCT_AGRT6 : 195- 197: dltsg Rl--D avlan OCCT_AGRT6 : 238- 241: vavgl Rke-D talka PEB1_CAMJE : 193- 195: aldak Rv--D afsvd PHEC_PSEAE : 29- 31: qaqes Rl--D riles PHEC_PSEAE : 90- 94: wpnlm RdfaD drfdi PHEC_PSEAE : 96- 98: dfadd Rf--D iamsg PHEC_PSEAE : 235- 238: deafk Ryv-D qwlhi YCKB_BACSU : 137- 139: gtaiv Rk--D dlsgi YCKB_BACSU : 137- 140: gtaiv Rkd-D lsgik YCKB_BACSU : 193- 195: dvang Rt--D vilnd YCKK_BACSU : 105- 107: glnsk Rf--D vvanq YCKK_BACSU : 191- 193: miqqg Rv--D mtynd YHDW_ECOLI : 143- 145: pvtfd Rs--D esaka YHDW_ECOLI : 155- 157: alesg Rc--D tlasd YHDW_ECOLI : 196- 199: lgpvv Rrg-D dewfs YHDW_ECOLI : 196- 200: lgpvv RrgdD ewfsi YHDW_ECOLI : 197- 199: gpvvr Rg--D dewfs YHDW_ECOLI : 197- 200: gpvvr Rgd-D ewfsi O 15: 7.3401 59( 18) I-x(2,4)-G Occurences: 59(18) AABA_BACNO : 15- 18: galcs Iac--G aslfc AABA_BACNO : 152- 156: qkike Iqke-G tgsvi AABA_BACNO : 215- 220: pesya IavrkG dqalk ARGT_ECOLI : 53- 56: fvgfd Idl--G nemck ARGT_ECOLI : 117- 121: adsrl Iaak-G spiqp ARGT_SALTY : 12- 15: alsll Igl--G ataas ARGT_SALTY : 53- 56: figfd Idl--G nemck ARGT_SALTY : 117- 121: adsrl Iaak-G spvqp ARTI_ECOLI : 169- 174: lengr IdgvfG dtavv ARTI_ECOLI : 208- 213: gtglg IavrqG ntelq ARTI_HAEIN : 9- 12: tllta Ill--G asvaa ARTI_HAEIN : 125- 130: esakn IgvqnG ttfqq ARTI_HAEIN : 164- 169: lksgr IdiifG dtavl ARTI_HAEIN : 166- 169: sgrid Iif--G dtavl ARTI_HAEIN : 184- 188: skepe Iqfi-G ekvtn ARTI_HAEIN : 223- 227: kglaa Ikan-G eyqki ARTJ_ECOLI : 23- 26: saaek Inf--G vsaty ARTJ_ECOLI : 129- 134: lkgkc IgmenG tthqk ARTJ_ECOLI : 161- 166: yqnaf IdlknG ridgv ARTJ_ECOLI : 168- 173: lkngr IdgvfG dtavv ARTJ_ECOLI : 227- 231: nalaa Ikad-G tyqki GLNH_BACST : 21- 26: ialls ItalaG csses GLNH_BACST : 55- 59: ntlek Ikkr-G klivg GLNH_BACST : 87- 92: vegfd IdiakG lakki GLNH_BACST : 89- 92: gfdid Iak--G lakki GLNH_BACST : 123- 128: lnnge IdaiiG tmtit GLNH_ECOLI : 101- 106: erkka IdfsdG yyksg GLNH_ECOLI : 187- 191: nilyf Ikta-G ngqfk GLNH_ECOLI : 209- 214: aqqyg IafpkG sdelr HISJ_ECOLI : 6- 9: aipqn Iri--G tdpty HISJ_SALTY : 28- 31: aipqk Iri--G tdpty HISJ_SALTY : 159- 164: pkgie IvsyqG qdniy HISP_NEIGO : 99- 103: ngdad Ivms-G vtitd HISP_NEIGO : 225- 230: tehyg IavrkG deatv NOCT_AGRT5 : 33- 37: yksit Iate-G syapy NOCT_AGRT5 : 56- 59: ligfd Idl--G ndlck NOCT_AGRT5 : 92- 97: gryda ImaamG iqpar NOCT_AGRT5 : 156- 159: dkftk Ife--G vkfgv NOCT_AGRT5 : 262- 265: aidaa Iad--G tvqkl OCCT_AGRT6 : 27- 31: eksit Iate-G gyapw OCCT_AGRT6 : 27- 32: eksit IategG yapwn OCCT_AGRT6 : 104- 109: vigfs IpyaaG ingfa PEB1_CAMJE : 34- 38: gkles Iksk-G qlivg PEB1_CAMJE : 203- 206: svdks Ill--G yvddk PHEC_PSEAE : 33- 37: srldr Iles-G vlrvt PHEC_PSEAE : 99- 103: ddrfd Iams-G isinl PHEC_PSEAE : 143- 147: qtleq Idqp-G vtaiv PHEC_PSEAE : 151- 155: pgvta Ivnp-G gtnek PHEC_PSEAE : 151- 156: pgvta IvnpgG tnekf PHEC_PSEAE : 184- 187: tifqq Ivd--G kadlm PHEC_PSEAE : 243- 248: dqwlh IaeqsG llrqr YCKB_BACSU : 37- 41: tgweq Ikdk-G kivva YCKK_BACSU : 41- 45: dlwas Ikkk-G vltvg YCKK_BACSU : 187- 190: qalqm Iqq--G rvdmt YCKK_BACSU : 216- 221: nknvk IafetG epqst YHDW_ECOLI : 5- 8: mqcg Isd--G lpgfs YHDW_ECOLI : 28- 31: gidvd Icr--G vaaav YHDW_ECOLI : 115- 118: gatvc Iqa--G tdtel YHDW_ECOLI : 262- 267: kwayn IikqvG nysei YHDW_ECOLI : 263- 267: wayni Ikqv-G nysei YHDW_ECOLI : 285- 288: esplk Ikr--G qnnlw P 16: 7.3401 56( 18) I-x(1,3)-G Occurences: 56(18) AABA_BACNO : 15- 18: galcs Iac-G aslfc AABA_BACNO : 152- 156: qkike IqkeG tgsvi AABA_BACNO : 174- 176: avkav Iq--G eadva ARGT_ECOLI : 53- 56: fvgfd Idl-G nemck ARGT_ECOLI : 117- 121: adsrl IaakG spiqp ARGT_SALTY : 12- 15: alsll Igl-G ataas ARGT_SALTY : 53- 56: figfd Idl-G nemck ARGT_SALTY : 117- 121: adsrl IaakG spvqp ARTI_ECOLI : 10- 12: liaal Ia--G fslsa ARTI_ECOLI : 43- 45: dannq Iv--G fdvdl ARTI_ECOLI : 169- 171: lengr Id--G vfgdt ARTI_HAEIN : 9- 12: tllta Ill-G asvaa ARTI_HAEIN : 42- 44: nakge Ii--G fdvdv ARTI_HAEIN : 166- 169: sgrid Iif-G dtavl ARTI_HAEIN : 167- 169: gridi If--G dtavl ARTI_HAEIN : 184- 188: skepe IqfiG ekvtn ARTI_HAEIN : 223- 227: kglaa IkanG eyqki ARTJ_ECOLI : 23- 26: saaek Inf-G vsaty ARTJ_ECOLI : 43- 45: ganne Iv--G fdidl ARTJ_ECOLI : 85- 87: kydav Is--G mditp ARTJ_ECOLI : 168- 170: lkngr Id--G vfgdt ARTJ_ECOLI : 227- 231: nalaa IkadG tyqki GLNH_BACST : 55- 59: ntlek IkkrG klivg GLNH_BACST : 62- 64: krgkl Iv--G vkydl GLNH_BACST : 89- 92: gfdid Iak-G lakki GLNH_BACST : 97- 99: glakk Il--G denki GLNH_BACST : 126- 128: geida Ii--G tmtit GLNH_ECOLI : 187- 191: nilyf IktaG ngqfk HISJ_ECOLI : 6- 9: aipqn Iri-G tdpty HISJ_SALTY : 28- 31: aipqk Iri-G tdpty HISP_NEIGO : 99- 103: ngdad IvmsG vtitd NOCT_AGRT5 : 33- 37: yksit IateG syapy NOCT_AGRT5 : 56- 59: ligfd Idl-G ndlck NOCT_AGRT5 : 156- 159: dkftk Ife-G vkfgv NOCT_AGRT5 : 262- 265: aidaa Iad-G tvqkl OCCT_AGRT6 : 27- 31: eksit IateG gyapw OCCT_AGRT6 : 110- 112: pyaag In--G favmg PEB1_CAMJE : 34- 38: gkles IkskG qlivg PEB1_CAMJE : 41- 43: skgql Iv--G vkndv PEB1_CAMJE : 61- 63: qatge Ik--G fevdv PEB1_CAMJE : 76- 78: llaks Il--G ddkki PEB1_CAMJE : 203- 206: svdks Ill-G yvddk PHEC_PSEAE : 33- 37: srldr IlesG vlrvt PHEC_PSEAE : 99- 103: ddrfd IamsG isinl PHEC_PSEAE : 143- 147: qtleq IdqpG vtaiv PHEC_PSEAE : 151- 155: pgvta IvnpG gtnek PHEC_PSEAE : 184- 187: tifqq Ivd-G kadlm YCKB_BACSU : 37- 41: tgweq IkdkG kivva YCKB_BACSU : 92- 94: fkemg Id--G mltav YCKK_BACSU : 41- 45: dlwas IkkkG vltvg YCKK_BACSU : 187- 190: qalqm Iqq-G rvdmt YHDW_ECOLI : 5- 8: mqcg Isd-G lpgfs YHDW_ECOLI : 28- 31: gidvd Icr-G vaaav YHDW_ECOLI : 115- 118: gatvc Iqa-G tdtel YHDW_ECOLI : 263- 267: wayni IkqvG nysei YHDW_ECOLI : 285- 288: esplk Ikr-G qnnlw Q 17: 7.3401 55( 18) I-x(3,5)-T Occurences: 55(18) AABA_BACNO : 104- 108: parqq Ifdf--T tpyfr AABA_BACNO : 104- 109: parqq Ifdft-T pyfrv AABA_BACNO : 152- 157: qkike Iqkeg-T gsvip AABA_BACNO : 204- 208: nlkav Idrs--T epesy AABA_BACNO : 241- 245: krdgt Idal--T kkwyp ARGT_ECOLI : 30- 34: petvr Igtd--T tyapf ARGT_ECOLI : 30- 35: petvr Igtdt-T yapfs ARGT_ECOLI : 90- 96: kstai IsslsvT dkrqq ARGT_SALTY : 12- 17: alsll Iglga-T aasya ARGT_SALTY : 30- 34: pqtvr Igtd--T tyapf ARGT_SALTY : 30- 35: pqtvr Igtdt-T yapfs ARGT_SALTY : 90- 96: kidai IsslsiT dkrqq ARGT_SALTY : 168- 173: anqdl Iysdl-T agrld ARTI_ECOLI : 23- 27: taaet Irfa--T easyp ARTI_ECOLI : 58- 63: alcke Idatc-T fsnqa ARTI_HAEIN : 84- 90: rfdaa IsaidiT darak ARTI_HAEIN : 125- 131: esakn IgvqngT tfqqy ARTI_HAEIN : 166- 171: sgrid Iifgd-T avlad ARTI_HAEIN : 167- 171: gridi Ifgd--T avlad ARTI_HAEIN : 187- 192: peiqf Igekv-T nkkyf ARTI_HAEIN : 232- 238: geyqk IydkwiT k ARTJ_ECOLI : 85- 91: kydav IsgmdiT persk ARTJ_ECOLI : 112- 117: nsavv Iakkd-T yktfa ARTJ_ECOLI : 129- 135: lkgkc IgmengT thqky ARTJ_ECOLI : 227- 232: nalaa Ikadg-T yqkis GLNH_BACST : 16- 22: itlal IallsiT alagc GLNH_BACST : 104- 110: gdenk IelkevT sktri GLNH_BACST : 123- 129: lnnge IdaiigT mtite GLNH_BACST : 126- 131: geida Iigtm-T iteer GLNH_BACST : 127- 131: eidai Igtm--T iteer GLNH_BACST : 127- 133: eidai IgtmtiT eerkk GLNH_BACST : 246- 252: kepyg IgsakeT knyck GLNH_ECOLI : 75- 81: mdfsg IipalqT knvdl GLNH_ECOLI : 76- 81: dfsgi Ipalq-T knvdl GLNH_ECOLI : 183- 189: hdtpn IlyfikT agngq HISJ_ECOLI : 6- 10: aipqn Irig--T dptya HISJ_ECOLI : 8- 13: pqnir Igtdp-T yapfe HISJ_SALTY : 28- 32: aipqk Irig--T dptya HISJ_SALTY : 30- 35: pqkir Igtdp-T yapfe HISJ_SALTY : 63- 68: elckr Intqc-T fvenp HISJ_SALTY : 168- 173: qgqdn Iysdl-T agrid HISP_NEIGO : 99- 105: ngdad IvmsgvT itddr NOCT_AGRT5 : 31- 35: kdyks Itia--T egsya NOCT_AGRT5 : 80- 85: qawvg Iipsl-T agryd NOCT_AGRT5 : 81- 85: awvgi Ipsl--T agryd NOCT_AGRT5 : 183- 188: mpsvq Istyd-T idnvv NOCT_AGRT5 : 262- 266: aidaa Iadg--T vqkls OCCT_AGRT6 : 25- 29: aqeks Itia--T eggya OCCT_AGRT6 : 74- 79: qnwdg Impsl-T gkkyd PEB1_CAMJE : 106- 110: svdav Iatf--T itper PEB1_CAMJE : 106- 112: svdav IatftiT perkr PHEC_PSEAE : 143- 149: qtleq IdqpgvT aivnp PHEC_PSEAE : 151- 157: pgvta IvnpggT nekfa YCKB_BACSU : 43- 47: kdkgk Ivva--T sgtly YCKB_BACSU : 92- 97: fkemg Idgml-T avnsg YCKB_BACSU : 176- 181: gakev Iydna-T neqyl YCKK_BACSU : 216- 220: nknvk Iafe--T gepqs YHDW_ECOLI : 92- 96: tyydg Igfl--T hdkag YHDW_ECOLI : 115- 119: gatvc Iqag--T dteln YHDW_ECOLI : 115- 121: gatvc IqagtdT elnva YHDW_ECOLI : 205- 209: dewfs Ivrw--T lfaml R 18: 7.3401 81( 18) A-x(0,2)-I Occurences: 81(18) AABA_BACNO : 93- 95: adlam At-I svtpa AABA_BACNO : 118- 120: rvnpf Af-I tkdds AABA_BACNO : 163- 166: gsvip AksI flavk AABA_BACNO : 172- 174: flavk Av-I qgead AABA_BACNO : 202- 204: qhnlk Av-I drste AABA_BACNO : 214- 215: epesy A--I avrkg ARGT_ECOLI : 76- 78: asdfd Al-I pslka ARGT_ECOLI : 88- 89: akkst A--I issls ARGT_ECOLI : 88- 90: akkst Ai-I sslsv ARGT_SALTY : 76- 78: asdfd Al-I pslka ARGT_SALTY : 83- 86: ipslk AkkI daiis ARGT_SALTY : 88- 89: akkid A--I issls ARGT_SALTY : 88- 90: akkid Ai-I sslsi ARTI_ECOLI : 7- 10: kkvli AalI agfsl ARTI_ECOLI : 8- 10: kvlia Al-I agfsl ARTI_ECOLI : 20- 23: lsata AetI rfate ARTI_HAEIN : 8- 9: ktllt A--I llgas ARTI_HAEIN : 52- 53: vdvtn A--I cqeiq ARTI_HAEIN : 70- 72: setfd Al-I pnlka ARTI_HAEIN : 82- 84: akrfd Aa-I saidi ARTI_HAEIN : 83- 84: krfda A--I saidi ARTI_HAEIN : 86- 87: daais A--I ditda ARTI_HAEIN : 86- 89: daais AidI tdara ARTI_HAEIN : 122- 125: atles AknI gvqng ARTI_HAEIN : 155- 156: aslqn A--I ldlks ARTI_HAEIN : 175- 178: dtavl AdmI skepe ARTI_HAEIN : 221- 223: lnkgl Aa-I kange ARTI_HAEIN : 222- 223: nkgla A--I kange ARTJ_ECOLI : 20- 23: fgasa AekI nfgvs ARTJ_ECOLI : 83- 85: frkyd Av-I sgmdi ARTJ_ECOLI : 109- 112: yyens AvvI akkdt ARTJ_ECOLI : 159- 161: dsyqn Af-I dlkng ARTJ_ECOLI : 225- 227: lnnal Aa-I kadgt ARTJ_ECOLI : 226- 227: nnala A--I kadgt GLNH_BACST : 14- 16: iwitl Al-I allsi GLNH_BACST : 94- 97: iakgl AkkI lgden GLNH_BACST : 125- 126: ngeid A--I igtmt GLNH_BACST : 125- 127: ngeid Ai-I gtmti GLNH_BACST : 182- 185: kgsts AqnI rkvap GLNH_ECOLI : 55- 57: dvdlw Aa-I akelk GLNH_ECOLI : 56- 57: vdlwa A--I akelk GLNH_ECOLI : 89- 91: vdlal Ag-I titde GLNH_ECOLI : 100- 101: derkk A--I dfsdg GLNH_ECOLI : 148- 150: vdyak An-I ktkdl HISJ_ECOLI : 1- 2: A--I pqnir HISJ_SALTY : 22- 24: ataaf Aa-I pqkir HISJ_SALTY : 23- 24: taafa A--I pqkir HISJ_SALTY : 76- 78: enpld Al-I pslka HISJ_SALTY : 83- 86: ipslk AkkI daims HISJ_SALTY : 88- 89: akkid A--I mssls HISJ_SALTY : 174- 177: ysdlt AgrI daafq HISP_NEIGO : 97- 99: lnngd Ad-I vmsgv HISP_NEIGO : 196- 198: vvsds Av-I anyvk NOCT_AGRT5 : 91- 92: agryd A--I maamg NOCT_AGRT5 : 95- 98: daima AmgI qpare NOCT_AGRT5 : 133- 134: lktqv A--I enlpl NOCT_AGRT5 : 198- 201: vmdlk AgrI dasla NOCT_AGRT5 : 257- 258: alfdk A--I daaia NOCT_AGRT5 : 260- 262: dkaid Aa-I adgtv NOCT_AGRT5 : 261- 262: kaida A--I adgtv OCCT_AGRT6 : 85- 86: gkkyd A--I maams OCCT_AGRT6 : 107- 110: fsipy AagI ngfav OCCT_AGRT6 : 108- 110: sipya Ag-I ngfav OCCT_AGRT6 : 143- 144: daakk A--I adiss OCCT_AGRT6 : 145- 147: akkai Ad-I ssfln OCCT_AGRT6 : 207- 210: natvl AaaI ekpem OCCT_AGRT6 : 208- 210: atvla Aa-I ekpem OCCT_AGRT6 : 209- 210: tvlaa A--I ekpem OCCT_AGRT6 : 250- 252: kadfd Aa-I kaase OCCT_AGRT6 : 251- 252: adfda A--I kaase PEB1_CAMJE : 73- 76: vakll AksI lgddk PEB1_CAMJE : 104- 106: ngsvd Av-I atfti PEB1_CAMJE : 129- 130: pyyqd A--I gllvl PEB1_CAMJE : 149- 151: admkg An-I gvaqa PEB1_CAMJE : 162- 163: attkk A--I geaak PEB1_CAMJE : 167- 170: aigea AkkI gidvk PHEC_PSEAE : 150- 151: qpgvt A--I vnpgg PHEC_PSEAE : 169- 171: anlkk Ar-I lvhpd PHEC_PSEAE : 196- 197: lmmtd A--I earlq YCKB_BACSU : 108- 111: qvdaa AndI dvtkd YCKB_BACSU : 134- 135: ysygt A--I vrkdd YCKK_BACSU : 39- 41: dgdlw As-I kkkgv YHDW_ECOLI : 168- 171: qsqly AlrI klsnp YHDW_ECOLI : 177- 180: klsnp AewI vlpev YHDW_ECOLI : 259- 262: ldnkw AynI ikqvg Number of patterns evaluated by Pratt:28 Total running time: 1 seconds