------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 14 sequences from file SBP_BACTERIAL_1 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 14 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename SBP_BACTERIAL_1.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: FBP_HAEIN 331 FBP_NEIGO 330 FBP_NEIME 330 MALE_ECOLI 396 MALE_ENTAE 396 MALE_KLEPN 10 MALE_PHOLU 73 MALE_SALTY 396 MALX_STRPN 423 MSME_STRMU 420 SFUA_SERMA 338 TBPA_ECOLI 323 TBPA_HAEIN 332 UGPB_ECOLI 438 Pratt run started at Thu Feb 6 21:11:39 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 11.0102 20( 14) L-x(0,1)-K-x(0,2)-A 2: 8.3401 57( 14) A-x(5)-K 3: 8.3401 42( 14) K-D 4: 8.3401 46( 14) L-K 5: 7.8401 40( 14) T-x(0,1)-K 6: 7.8401 37( 14) Q-x(3,4)-K 7: 7.8401 54( 14) A-x(0,1)-Q 8: 7.8401 67( 14) A-x(1,2)-S 9: 7.8401 69( 14) A-x(4,5)-T 10: 7.3401 54( 14) S-x(1,3)-K Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 11.0102 20( 14) L-x(0,1)-K-x(0,2)-A B 2: 10.9870 21( 14) A-x(2)-[EKR]-x(2)-K C 3: 10.2728 26( 14) L-K-x(2)-[ADEGQ] D 4: 8.3401 42( 14) K-D E 5: 7.8401 40( 14) T-x(0,1)-K F 6: 7.8401 37( 14) Q-x(3,4)-K G 7: 7.8401 54( 14) A-x(0,1)-Q H 8: 7.8401 67( 14) A-x(1,2)-S I 9: 7.8401 69( 14) A-x(4,5)-T J 10: 7.3401 54( 14) S-x(1,3)-K Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 11.0102 20( 14) L-x(0,1)-K-x(0,2)-A Occurences: 20(14) FBP_HAEIN : 255- 257: sgaav L-K--A sknqa FBP_NEIGO : 174- 178: vaivk L-KgeA aalkw FBP_NEIME : 174- 178: vaivk L-KgeA aalkw FBP_NEIME : 184- 186: aalkw L-K--A lkeyg MALE_ECOLI : 165- 167: aldke L-K--A kgksa MALE_ECOLI : 387- 390: tvdea L-Kd-A qtrit MALE_ENTAE : 161- 164: eeipa LdK--A lkakg MALE_ENTAE : 165- 167: aldka L-K--A kgksa MALE_ENTAE : 387- 390: tvdaa L-Kd-A qgrit MALE_KLEPN : 1- 4: L-Kd-A qsrit MALE_PHOLU : 7- 11: mtktn L-KmgA rtlal MALE_SALTY : 387- 390: tvdaa L-Kd-A qsrit MALX_STRPN : 158- 162: yynkd LvKd-A pktfa MSME_STRMU : 322- 325: aktkh L-Ke-A ekfvk MSME_STRMU : 365- 369: splqp LtKl-A fthkh SFUA_SERMA : 191- 193: atlaw L-K--A mktnf TBPA_ECOLI : 48- 52: dcnce L-KlvA ledgv TBPA_ECOLI : 292- 296: agfek LtKp-A ttlef TBPA_HAEIN : 210- 214: tygaf L-KgeA dlvls UGPB_ECOLI : 179- 181: dyaak L-K--A sgmkc B 2: 10.9870 21( 14) A-x(2)-[EKR]-x(2)-K Occurences: 21(14) FBP_HAEIN : 253- 259: sysga AvlKasK nqaea FBP_NEIGO : 179- 185: lkgea AalKwlK glkey FBP_NEIME : 179- 185: lkgea AalKwlK alkey FBP_NEIME : 186- 192: lkwlk AlkEygK pyakn MALE_ECOLI : 26- 32: sasal AkiEegK lviwi MALE_ECOLI : 160- 166: weeip AldKelK akgks MALE_ECOLI : 390- 396: ealkd AqtRitK MALE_ENTAE : 26- 32: sasal AkiEegK lviwi MALE_ENTAE : 160- 166: weeip AldKalK akgks MALE_ENTAE : 390- 396: aalkd AqgRitK MALE_KLEPN : 4- 10: lkd AqsRitK MALE_PHOLU : 30- 36: sasal AkiEegK lviwi MALE_SALTY : 26- 32: sapal AkiEegK lviwi MALE_SALTY : 160- 166: weeip AldKelK vkgks MALE_SALTY : 390- 396: aalkd AqsRitK MALX_STRPN : 364- 370: deltt AviKqfK ntqpl MSME_STRMU : 317- 323: alsis AktKhlK eaekf SFUA_SERMA : 189- 195: ekatl AwlKamK tnfta TBPA_ECOLI : 178- 184: ddapq AwqKlaK ktvtv TBPA_HAEIN : 187- 193: dkiqs AwkEldK htvtv UGPB_ECOLI : 221- 227: fdgtd AvlEfnK peqvk C 3: 10.2728 26( 14) L-K-x(2)-[ADEGQ] Occurences: 26(14) FBP_HAEIN : 64- 68: qlagq LKeeG dktpa FBP_HAEIN : 187- 191: nwlkg LKenG klyak FBP_NEIGO : 174- 178: vaivk LKgeA aalkw FBP_NEIGO : 187- 191: kwlkg LKeyG kpyak FBP_NEIGO : 254- 258: ysgav LKssQ nkdea FBP_NEIME : 174- 178: vaivk LKgeA aalkw FBP_NEIME : 187- 191: kwlka LKeyG kpyak FBP_NEIME : 254- 258: ysgav LKssQ nkdea MALE_ECOLI : 165- 169: aldke LKakG ksalm MALE_ECOLI : 330- 334: lgava LKsyE eelak MALE_ECOLI : 387- 391: tvdea LKdaQ tritk MALE_ENTAE : 165- 169: aldka LKakG ksalm MALE_ENTAE : 387- 391: tvdaa LKdaQ gritk MALE_KLEPN : 1- 5: LKdaQ sritk MALE_PHOLU : 7- 11: mtktn LKmgA rtlal MALE_SALTY : 165- 169: aldke LKvkG ksaim MALE_SALTY : 330- 334: lgava LKsfQ eqlak MALE_SALTY : 387- 391: tvdaa LKdaQ sritk MALX_STRPN : 73- 77: gvkvt LKtgD alggl MSME_STRMU : 160- 164: fkelg LKvpE twdef MSME_STRMU : 322- 326: aktkh LKeaE kfvky SFUA_SERMA : 310- 314: pklvp LKdlD apkvd TBPA_ECOLI : 48- 52: dcnce LKlvA ledgv TBPA_HAEIN : 210- 214: tygaf LKgeA dlvls TBPA_HAEIN : 300- 304: phfda LKvqQ ktqts UGPB_ECOLI : 179- 183: dyaak LKasG mkcgy D 4: 8.3401 42( 14) K-D Occurences: 42(14) FBP_HAEIN : 115- 116: plapk KD wials 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skyaf MALX_STRPN : 217- 218: fgqng KD akdig MALX_STRPN : 220- 221: ngkda KD iglan MALX_STRPN : 280- 281: kaqaf KD akvny MALX_STRPN : 400- 401: avsgq KD aktaa MSME_STRMU : 32- 33: ngsqs KD dkvti MSME_STRMU : 56- 57: lkkii KD feren SFUA_SERMA : 53- 54: vdgft KD tgikv SFUA_SERMA : 311- 312: klvpl KD ldapk TBPA_ECOLI : 224- 225: ileek KD nyaaa TBPA_HAEIN : 233- 234: qlfek KD nyaat UGPB_ECOLI : 152- 153: vlyyn KD afkka UGPB_ECOLI : 252- 253: syvgr KD estek UGPB_ECOLI : 297- 298: ydada KD apqna UGPB_ECOLI : 316- 317: wvmqg KD ketyt E 5: 7.8401 40( 14) T-x(0,1)-K Occurences: 40(14) FBP_HAEIN : 132- 133: vvydh T-K lsekd FBP_HAEIN : 148- 150: vldya TpK wkgki FBP_NEIGO : 131- 133: vvvyd TrK lsekd FBP_NEIGO : 148- 150: vlnya TpK wknri FBP_NEIME : 131- 133: vvvyd TrK lsekd FBP_NEIME : 148- 150: vlnya TpK wknri MALE_ECOLI : 263- 265: wsnid TsK vnygv MALE_ECOLI : 275- 277: vtvlp TfK gqpsk MALE_ECOLI : 395- 396: aqtri T-K MALE_ENTAE : 275- 277: vtllp TfK gkpsk MALE_ENTAE : 395- 396: aqgri T-K MALE_KLEPN : 9- 10: aqsri T-K MALE_PHOLU : 3- 4: mm T-K tnlkm MALE_SALTY : 275- 277: vtllp TfK gkpsk MALE_SALTY : 395- 396: aqsri T-K MALX_STRPN : 72- 74: agvkv TlK tgdal MALX_STRPN : 128- 130: aktdd TtK slvta MALX_STRPN : 129- 130: ktddt T-K slvta MALX_STRPN : 416- 418: tlike TiK qkfge MSME_STRMU : 50- 52: kemda TlK kiikd MSME_STRMU : 114- 116: yfynm TgK aylnh MSME_STRMU : 153- 154: iyynk T-K fkelg MSME_STRMU : 319- 320: sisak T-K hlkea MSME_STRMU : 366- 367: plqpl T-K lafth MSME_STRMU : 371- 373: tklaf ThK hyvwl MSME_STRMU : 398- 399: tnylm T-K nakgl SFUA_SERMA : 52- 53: wvdgf T-K dtgik SFUA_SERMA : 279- 281: fikwi TgK qgqei TBPA_ECOLI : 190- 191: ktvtv T-K gwsea TBPA_ECOLI : 293- 294: gfekl T-K pattl TBPA_HAEIN : 79- 80: legkk T-K adivl TBPA_HAEIN : 115- 116: qldlp T-K wankt TBPA_HAEIN : 137- 138: fvydk T-K lqnpp TBPA_HAEIN : 331- 332: wqttl T-K UGPB_ECOLI : 60- 62: ykivp TyK gnyeq UGPB_ECOLI : 256- 258: rkdes TeK fyngd UGPB_ECOLI : 350- 351: gylpi T-K aaydl UGPB_ECOLI : 385- 386: pplpf T-K glrlg UGPB_ECOLI : 409- 411: lesvw TgK ktpqq UGPB_ECOLI : 436- 437: rfeks T-K s F 6: 7.8401 37( 14) Q-x(3,4)-K Occurences: 37(14) FBP_HAEIN : 2- 7: m QfkhfK latla FBP_HAEIN : 44- 49: akafe QetgiK vtlns FBP_HAEIN : 102- 107: seqti QqtaqK gvpla FBP_HAEIN : 103- 107: eqtiq Qtaq-K gvpla FBP_HAEIN : 261- 266: kaskn QaeaqK fvdfl FBP_NEIGO : 326- 330: trlle Qagm-K FBP_NEIME : 326- 330: trlle Qagm-K MALE_ECOLI : 391- 396: alkda QtritK MALE_ENTAE : 334- 339: avksf QekleK dpria MALE_ENTAE : 391- 396: alkda QgritK MALE_KLEPN : 5- 10: lkda QsritK MALE_PHOLU : 52- 56: yngla Qvge-K fekdt MALE_SALTY : 55- 60: gkkfe QdtgiK vtveh MALE_SALTY : 334- 339: alksf QeqlaK dpria MALE_SALTY : 391- 396: alkda QsritK MALX_STRPN : 113- 118: lgsdg QlsevK lsdga MALX_STRPN : 260- 265: nliqt QfqegK taaii MALX_STRPN : 399- 403: davsg Qkda-K taand MSME_STRMU : 30- 35: ksngs QskddK vtiey MSME_STRMU : 102- 106: qnmdf Qews-K agyfy MSME_STRMU : 220- 225: ylrfs QpnsiK tsdki MSME_STRMU : 247- 252: addgn QqknwK gasyn MSME_STRMU : 248- 252: ddgnq Qknw-K gasyn MSME_STRMU : 279- 284: gswpc QllnnK ipnfe MSME_STRMU : 363- 367: knspl Qplt-K lafth SFUA_SERMA : 272- 276: hqqqa Qafi-K witgk SFUA_SERMA : 322- 326: kvdaa Qlns-K kvvel SFUA_SERMA : 322- 327: kvdaa QlnskK vvelm TBPA_ECOLI : 177- 181: gddap Qawq-K lakkt TBPA_ECOLI : 180- 184: apqaw Qkla-K ktvtv TBPA_ECOLI : 180- 185: apqaw QklakK tvtvt TBPA_HAEIN : 46- 50: gpkvk Qdfe-K ahpqc TBPA_HAEIN : 140- 144: dktkl Qnpp-K slkel TBPA_HAEIN : 185- 189: padki Qsaw-K eldkh TBPA_HAEIN : 228- 232: splyh Qlfe-K kdnya TBPA_HAEIN : 228- 233: splyh QlfekK dnyaa TBPA_HAEIN : 327- 332: wistw QttltK UGPB_ECOLI : 314- 318: slwvm Qgkd-K etytg UGPB_ECOLI : 360- 365: dltre QgfyeK npgad UGPB_ECOLI : 375- 379: dtatr Qmln-K pplpf G 7: 7.8401 54( 14) A-x(0,1)-Q Occurences: 54(14) FBP_HAEIN : 61- 63: kseql AgQ lkeeg FBP_HAEIN : 105- 106: tiqqt A-Q kgvpl FBP_HAEIN : 200- 202: aknsv AlQ aveng FBP_HAEIN : 264- 265: knqae A-Q kfvdf FBP_HAEIN : 315- 316: vsatt A-Q dkeha FBP_NEIGO : 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