------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 29 sequences from file RRNA_A_DIMETH PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 29 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename RRNA_A_DIMETH.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: CARB_STRTH 299 DIM1_YEAST 318 ERM1_ENTFA 245 ERM1_STAAU 243 ERM2_ENTFA 245 ERM2_STAAU 244 ERM3_STAAU 244 ERM4_STAAU 244 ERMA_ARTS3 340 ERMA_CORDI 253 ERMB_ECOLI 245 ERMD_BACLI 287 ERME_SACER 370 ERMF_BACFR 266 ERMG_BACSH 244 ERMG_LACRE 244 ERMJ_BACAN 287 ERMK_BACLI 287 ERMM_STAEP 244 ERMS_STRFR 319 ERMU_BACFR 266 ERM_BACSU 244 ERM_STRPN 245 ERM_STRSA 245 KSGA_BACSU 292 KSGA_ECOLI 273 KSGA_HAEIN 287 KSGA_MYCCA 266 MYRB_MICGR 311 Pratt run started at Thu Feb 6 21:11:19 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 11.5102 34( 29) P-x-P-x(1,3)-V 2: 8.3401 61( 29) V-L 3: 8.3401 41( 29) R-x(5)-N 4: 8.3401 57( 29) D-x(2)-L 5: 8.3401 55( 29) E-x-D 6: 8.3401 39( 29) V-E 7: 8.3401 50( 29) V-x(3)-I 8: 8.3401 55( 29) E-x-G 9: 8.3401 45( 29) E-x(3)-K 10: 8.3401 54( 29) V-x(5)-D 11: 8.3401 79( 29) G-x(5)-L 12: 8.3401 83( 29) G-x-G 13: 8.3401 48( 29) N-F 14: 7.8401 102( 29) S-x(2,3)-L 15: 7.8401 86( 29) E-x(1,2)-L 16: 7.8401 103( 29) S-x(4,5)-L 17: 7.8401 112( 29) S-x(3,4)-L 18: 7.8401 90( 29) N-x(1,2)-L 19: 7.8401 100( 29) I-x(2,3)-L 20: 7.8401 81( 29) T-x(1,2)-I Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 20.9998 29( 29) E-[AILV]-G-[APST]-[EG]-x(4)-[PST]-x(2)-[ILMV] B 2: 18.4079 29( 29) G-x-G-x-[AGIL]-x-[FILV]-[ST]-x(2)-[ILMV] C 3: 16.6642 30( 29) P-x-P-x(1,3)-V-x-[AGSTV]-x(4)-[IL] D 4: 10.9467 43( 29) G-x(5)-L-[ATV] E 5: 10.7481 44( 29) E-x-D-x(2)-[FILM] F 6: 9.7807 41( 29) V-x(2)-[ADEGNQS]-I G 7: 8.3401 61( 29) V-L H 8: 8.3401 41( 29) R-x(5)-N I 9: 8.3401 57( 29) D-x(2)-L J 10: 8.3401 39( 29) V-E K 11: 8.3401 45( 29) E-x(3)-K L 12: 8.3401 54( 29) V-x(5)-D M 13: 8.3401 48( 29) N-F N 14: 7.8401 102( 29) S-x(2,3)-L O 15: 7.8401 86( 29) E-x(1,2)-L P 16: 7.8401 103( 29) S-x(4,5)-L Q 17: 7.8401 112( 29) S-x(3,4)-L R 18: 7.8401 90( 29) N-x(1,2)-L S 19: 7.8401 100( 29) I-x(2,3)-L T 20: 7.8401 81( 29) T-x(1,2)-I Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 20.9998 29( 29) E-[AILV]-G-[APST]-[EG]-x(4)-[PST]-x(2)-[ILMV] Occurences: 29(29) CARB_STRTH : 80- 92: gevvl EVGAGngaiTreL arlcr DIM1_YEAST : 62- 74: sdvvl EVGPGtgnlTvrI leqak ERM1_ENTFA : 35- 47: tdtvy EIGTGkghlTtkL akisk ERM1_STAAU : 36- 48: qdnvi EIGSGkghfTkeL vkmsr ERM2_ENTFA : 35- 47: tdtvy EIGTGkghlTtkL akisk ERM2_STAAU : 36- 48: hdnif EIGSGkghfTleL vkrcn ERM3_STAAU : 36- 48: hdnif EIGSGkghfTleL vqrcn ERM4_STAAU : 36- 48: hdnif EIGSGkghfTleL vqrcn ERMA_ARTS3 : 63- 75: dglvv EAGPGegllTreL arrag ERMA_CORDI : 38- 50: sgpii EIGPGsgalThpM ahlgr ERMB_ECOLI : 35- 47: tdtvy EIGTGkghlTtkL akisk ERMD_BACLI : 50- 62: ddtvl ELGAGkgalTtvL sqkag ERME_SACER : 67- 79: dlpvl EAGPGegllTreL adrar ERMF_BACFR : 163- 175: lklvy EVGPEsflpPptV ksall ERMG_BACSH : 36- 48: kdnif EIGAGkghfTaeL vkrcn ERMG_LACRE : 36- 48: ndnii EIGSGkghfSfeL akrcn ERMJ_BACAN : 50- 62: ddtvl ELGAGkgalTtvL sqkag ERMK_BACLI : 50- 62: ddtvl ELGAGkgalTtmL sqkag ERMM_STAEP : 36- 48: hdnif EIGSGkghfTleL vqrcn ERMS_STRFR : 91- 103: gglll EVGAGrgvlTeaL apycg ERMU_BACFR : 163- 175: lklvy EVGPEsflpPptV ksall ERM_BACSU : 36- 48: hdnif EIGSGkghfTleL vqrcn ERM_STRPN : 35- 47: tdtvy EIGTGkghlTtkL akisk ERM_STRSA : 35- 47: tdtvy EIGTGkghlTtkL akisk KSGA_BACSU : 54- 66: ktgvi EIGPGigalTeqL akrak KSGA_ECOLI : 43- 55: gqamv EIGPGlaalTepV gerld KSGA_HAEIN : 43- 55: nqflv EIGPGlgalTepV gelvd KSGA_MYCCA : 35- 47: dqlii EIGPGxgalTkeL vkrfd MYRB_MICGR : 52- 64: ahpvl ELGAGdgaiTraL vaanl B 2: 18.4079 29( 29) G-x-G-x-[AGIL]-x-[FILV]-[ST]-x(2)-[ILMV] Occurences: 29(29) CARB_STRTH : 82- 92: vvlev GaGnGaITreL arlcr DIM1_YEAST : 64- 74: vvlev GpGtGnLTvrI leqak ERM1_ENTFA : 37- 47: tvyei GtGkGhLTtkL akisk ERM1_STAAU : 38- 48: nviei GsGkGhFTkeL vkmsr ERM2_ENTFA : 37- 47: tvyei GtGkGhLTtkL akisk ERM2_STAAU : 38- 48: nifei GsGkGhFTleL vkrcn ERM3_STAAU : 38- 48: nifei GsGkGhFTleL vqrcn ERM4_STAAU : 38- 48: nifei GsGkGhFTleL vqrcn ERMA_ARTS3 : 65- 75: lvvea GpGeGlLTreL arrag ERMA_CORDI : 40- 50: piiei GpGsGaLThpM ahlgr ERMB_ECOLI : 37- 47: tvyei GtGkGhLTtkL akisk ERMD_BACLI : 52- 62: tvlel GaGkGaLTtvL sqkag ERME_SACER : 69- 79: pvlea GpGeGlLTreL adrar ERMF_BACFR : 41- 51: tvldi GaGkGfLTvhL lkian ERMG_BACSH : 38- 48: nifei GaGkGhFTaeL vkrcn ERMG_LACRE : 38- 48: niiei GsGkGhFSfeL akrcn ERMJ_BACAN : 52- 62: tvlel GaGkGaLTtvL sqkag ERMK_BACLI : 52- 62: tvlel GaGkGaLTtmL sqkag ERMM_STAEP : 38- 48: nifei GsGkGhFTleL vqrcn ERMS_STRFR : 93- 103: lllev GaGrGvLTeaL apycg ERMU_BACFR : 41- 51: tvldi GaGkGfLTvhL lkian ERM_BACSU : 38- 48: nifei GsGkGhFTleL vqrcn ERM_STRPN : 37- 47: tvyei GtGkGhLTtkL akisk ERM_STRSA : 37- 47: tvyei GtGkGhLTtkL akisk KSGA_BACSU : 56- 66: gviei GpGiGaLTeqL akrak KSGA_ECOLI : 45- 55: amvei GpGlAaLTepV gerld KSGA_HAEIN : 45- 55: flvei GpGlGaLTepV gelvd KSGA_MYCCA : 37- 47: liiei GpGxGaLTkeL vkrfd MYRB_MICGR : 54- 64: pvlel GaGdGaITraL vaanl C 3: 16.6642 30( 29) P-x-P-x(1,3)-V-x-[AGSTV]-x(4)-[IL] Occurences: 30(29) CARB_STRTH : 211- 222: rrwfr PvPa--VdSavlrL errpv DIM1_YEAST : 198- 209: knnfr PpPq--VeSsvvrL eiknp ERM1_ENTFA : 164- 175: aecfh PkPk--VnSvlikL trhtt ERM1_STAAU : 165- 176: plyfh PkPs--VdSvlivL erhqp ERM2_ENTFA : 164- 175: aecfh PkPk--VnSvlikL trhtt ERM2_STAAU : 165- 176: reyfh PkPk--VnSslirL srkks ERM3_STAAU : 165- 176: reyfh PkPr--VnSslirL nrkks ERM4_STAAU : 165- 176: reyfh PkPk--VnSslirL nrkks ERMA_ARTS3 : 194- 205: rtlft PvPr--VhSaimrL rrrpq ERMA_CORDI : 167- 178: rsafr PqPn--VdGgilvI rrvgd ERMB_ECOLI : 164- 175: aecfh PkPr--VnSvlikL trhtt ERMD_BACLI : 182- 193: kehfs PpPk--VdSamvrI trkkd ERME_SACER : 123- 136: taepp PePfafVgAipygI tsaiv ERMF_BACFR : 171- 182: pesfl PpPt--VkSallnI krkhl ERMG_BACSH : 165- 176: ryyfh PkPk--VdSalivL krkpa ERMG_LACRE : 165- 176: reyfh PkPr--VnSslivL krhps ERMJ_BACAN : 182- 193: kehfs PpPk--VdSamvrI trkkd ERMK_BACLI : 182- 193: kehfs PpPk--VdSamvrI trkkd ERMM_STAEP : 165- 176: reyfh PkPk--VnSslirL nrkks ERMS_STRFR : 224- 235: rrefr PvPr--VdSgilrI errer ERMU_BACFR : 171- 182: pesfl PpPt--VkSallnI krkhl ERM_BACSU : 165- 176: reyfh PkPk--VnSslirL nrkks ERM_STRPN : 164- 175: aecfh PkPk--VnSvlikL trhtt ERM_STRSA : 164- 175: aecfh PkPk--VnSvlikL trhtt KSGA_BACSU : 197- 208: ktvfv PqPn--VdSavirL ilrdg KSGA_ECOLI : 183- 194: psaft PpPk--VdSavvrL vphat KSGA_HAEIN : 188- 199: psafk PaPk--VdSavvrL iphke KSGA_MYCCA : 175- 186: kkmfy PiPk--VdSaiisL tfnni MYRB_MICGR : 106- 119: rydfg PyPhhvVsTvpfsI ttpll MYRB_MICGR : 180- 191: ktsfd PvPs--VdGgilvI errsa D 4: 10.9467 43( 29) G-x(5)-L-[ATV] Occurences: 43(29) CARB_STRTH : 86- 93: vgagn GaitreLA rlcrr DIM1_YEAST : 64- 71: vvlev GpgtgnLT vrile ERM1_ENTFA : 37- 44: tvyei GtgkghLT tklak ERM1_ENTFA : 41- 48: igtgk GhlttkLA kiskq ERM1_STAAU : 42- 49: igsgk GhftkeLV kmsrs ERM2_ENTFA : 37- 44: tvyei GtgkghLT tklak ERM2_ENTFA : 41- 48: igtgk GhlttkLA kiskq ERM2_STAAU : 42- 49: igsgk GhftleLV krcnf ERM3_STAAU : 42- 49: igsgk GhftleLV qrcnf ERM4_STAAU : 42- 49: igsgk GhftleLV qrcnf ERMA_ARTS3 : 65- 72: lvvea GpgeglLT relar ERMA_ARTS3 : 69- 76: agpge GlltreLA rragr ERMA_ARTS3 : 235- 242: fvgkg GslyrsLT rewpr ERMA_CORDI : 40- 47: piiei GpgsgaLT hpmah ERMA_CORDI : 100- 107: pcviv GnipfhLT tailr ERMB_ECOLI : 37- 44: tvyei GtgkghLT tklak ERMB_ECOLI : 41- 48: igtgk GhlttkLA kiskq ERMD_BACLI : 52- 59: tvlel GagkgaLT tvlsq ERME_SACER : 69- 76: pvlea GpgeglLT relad ERME_SACER : 73- 80: agpge GlltreLA drarq ERMF_BACFR : 41- 48: tvldi GagkgfLT vhllk ERMG_BACSH : 42- 49: igagk GhftaeLV krcnf ERMG_LACRE : 42- 49: igsgk GhfsfeLA krcny ERMJ_BACAN : 52- 59: tvlel GagkgaLT tvlsq ERMK_BACLI : 52- 59: tvlel GagkgaLT tmlsq ERMM_STAEP : 42- 49: igsgk GhftleLV qrcnf ERMS_STRFR : 93- 100: lllev GagrgvLT ealap ERMS_STRFR : 97- 104: vgagr GvlteaLA pycgr ERMU_BACFR : 41- 48: tvldi GagkgfLT vhllk ERM_BACSU : 42- 49: igsgk GhftleLV qrcnf ERM_STRPN : 37- 44: tvyei GtgkghLT tklak ERM_STRPN : 41- 48: igtgk GhlttkLA kiskq ERM_STRSA : 37- 44: tvyei GtgkghLT tklak ERM_STRSA : 41- 48: igtgk GhlttkLA kiskq KSGA_BACSU : 56- 63: gviei GpgigaLT eqlak KSGA_BACSU : 60- 67: igpgi GalteqLA krakk KSGA_ECOLI : 45- 52: amvei GpglaaLT epvge KSGA_ECOLI : 56- 63: ltepv GerldqLT vield KSGA_HAEIN : 45- 52: flvei GpglgaLT epvge KSGA_HAEIN : 56- 63: ltepv GelvdhLT vveld KSGA_MYCCA : 37- 44: liiei GpgxgaLT kelvk KSGA_MYCCA : 41- 48: igpgx GaltkeLV krfdk MYRB_MICGR : 58- 65: lgagd GaitraLV aanlp E 5: 10.7481 44( 29) E-x-D-x(2)-[FILM] Occurences: 44(29) CARB_STRTH : 103- 108: rvvay EiDrhF adrlr DIM1_YEAST : 85- 90: nvvav EmDprM aaelt DIM1_YEAST : 222- 227: qvdyn EwDglL rivfv ERM1_ENTFA : 58- 63: qvtsi ElDshL fnlss ERM1_STAAU : 59- 64: svtai EiDggL cqvtk ERM1_STAAU : 149- 154: lllmv EmDikM lkkvp ERM2_ENTFA : 58- 63: qvtsi ElDshL fnlss ERM2_STAAU : 30- 35: nirln EhDniF eigsg ERM2_STAAU : 59- 64: fvtai EiDhkL cktte ERM2_STAAU : 149- 154: lllma EvDisI lsmvp ERM3_STAAU : 30- 35: nirln EhDniF eigsg ERM3_STAAU : 59- 64: fvtai EiDhkL cktte ERM3_STAAU : 149- 154: lflma EvDisI lsmvp ERM4_STAAU : 30- 35: nirln EhDniF eigsg ERM4_STAAU : 59- 64: fvtai EiDhkL cktte ERM4_STAAU : 149- 154: lllma EvDisI lsmvp ERMA_ARTS3 : 86- 91: rvrty ElDqrL arrls ERMA_CORDI : 61- 66: aitav EvDakL aakit ERMB_ECOLI : 58- 63: qvtsi ElDshL fnlss ERMD_BACLI : 73- 78: kvlav EnDskF vdilt ERME_SACER : 90- 95: qvtsy EiDprL akslr ERMF_BACFR : 62- 67: nvvai EnDtaL vehlr ERMG_BACSH : 30- 35: cisld EkDniF eigag ERMG_BACSH : 59- 64: fvtai EiDskL cevtr ERMG_BACSH : 149- 154: lllma EvDisI lakip ERMG_LACRE : 59- 64: yvtai EiDpkL critk ERMG_LACRE : 149- 154: lflmt EvDisI lskip ERMJ_BACAN : 73- 78: kvlav EnDskF vdilt ERMK_BACLI : 73- 78: kvlav EnDskF vailt ERMM_STAEP : 30- 35: nirln EhDniF eigsg ERMM_STAEP : 59- 64: fvtai EiDhkL cktte ERMM_STAEP : 149- 154: lflma EvDisI lsmvp ERMS_STRFR : 114- 119: rlvah EiDprL lpalr ERMU_BACFR : 62- 67: nvvai EnDtaL vehlr ERM_BACSU : 30- 35: nirln EhDniF eigsg ERM_BACSU : 59- 64: fvtai EiDhkL cktte ERM_BACSU : 149- 154: lflma EvDisI lsmvp ERM_STRPN : 58- 63: qvtsi ElDshL fnlss ERM_STRSA : 58- 63: qvtsi ElDshL fnlss KSGA_BACSU : 77- 82: kvvaf EiDqrL lpilk KSGA_ECOLI : 66- 71: qltvi ElDrdL aarlq KSGA_HAEIN : 66- 71: hltvv ElDrdL aerlr KSGA_MYCCA : 58- 63: kvvvi EiDqdM veilk MYRB_MICGR : 234- 239: rlpgr EvDawL rrerv F 6: 9.7807 41( 29) V-x(2)-[ADEGNQS]-I Occurences: 41(29) CARB_STRTH : 100- 104: lcrrv VayEI drhfa CARB_STRTH : 141- 145: kvpfs VvgNI pfgnt DIM1_YEAST : 44- 48: lknpl VaqGI vdkaq DIM1_YEAST : 207- 211: vessv VrlEI knprp ERM1_ENTFA : 17- 21: ltsek VlnQI ikqln ERM1_STAAU : 148- 152: glllm VemDI kmlkk ERM2_ENTFA : 17- 21: ltnek VlnQI ikqln ERM2_STAAU : 115- 119: iirki VfdSI aneiy ERM2_STAAU : 150- 154: llmae VdiSI lsmvp ERM3_STAAU : 115- 119: iirki VfdSI adeiy ERM3_STAAU : 150- 154: flmae VdiSI lsmvp ERM4_STAAU : 115- 119: iirki VfdSI adeiy ERM4_STAAU : 150- 154: llmae VdiSI lsmvp ERMA_ARTS3 : 198- 202: tpvpr VhsAI mrlrr ERMA_CORDI : 171- 175: rpqpn VdgGI lvirr ERMB_ECOLI : 17- 21: ltsek VlnQI ikqln ERMD_BACLI : 111- 115: kekfv VvsNI pyait ERME_SACER : 191- 195: efvek VdsAI mrlrr ERME_SACER : 225- 229: lcftg VggNI qasll ERMF_BACFR : 100- 104: kfpfk VvsNI pygit ERMG_BACSH : 81- 85: pnyqi VndDI lkftf ERMG_BACSH : 150- 154: llmae VdiSI lakip ERMG_LACRE : 150- 154: flmte VdiSI lskip ERMJ_BACAN : 111- 115: kekfv VvsNI pyait ERMK_BACLI : 111- 115: kekfv VvsNI pyait ERMM_STAEP : 115- 119: iirki VfdSI adeiy ERMM_STAEP : 150- 154: flmae VdiSI lsmvp ERMS_STRFR : 111- 115: ycgrl VahEI dprll ERMS_STRFR : 228- 232: rpvpr VdsGI lrier ERMU_BACFR : 100- 104: kfpfk VvsNI pygit ERM_BACSU : 115- 119: iirki VfdSI adeiy ERM_BACSU : 150- 154: flmae VdiSI lsmvp ERM_STRPN : 17- 21: ltsek VlnQI ikqln ERM_STRSA : 17- 21: ltnek VlnQI ikqln KSGA_BACSU : 74- 78: rakkv VafEI dqrll KSGA_ECOLI : 25- 29: lndqf VidSI vsain KSGA_HAEIN : 25- 29: lhdts ViqGI vaaiy KSGA_MYCCA : 55- 59: rfdkv VviEI dqdmv KSGA_MYCCA : 179- 183: ypipk VdsAI isltf MYRB_MICGR : 115- 119: hvvst VpfSI ttpll MYRB_MICGR : 184- 188: dpvps VdgGI lvier G 7: 8.3401 61( 29) V-L Occurences: 61(29) CARB_STRTH : 78- 79: dpgev VL evgag CARB_STRTH : 219- 220: avdsa VL rlerr DIM1_YEAST : 60- 61: rpsdv VL evgpg DIM1_YEAST : 284- 285: ekidt VL ketdl ERM1_ENTFA : 17- 18: ltsek VL nqiik ERM1_ENTFA : 171- 172: pkvns 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