------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 18 sequences from file P_TREFOIL PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 18 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename P_TREFOIL.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: ITF_HUMAN 80 ITF_RAT 81 LYAG_HUMAN 952 MUA1_XENLA 400 MUC1_XENLA 662 PS2_HUMAN 84 PS2_MOUSE 87 SP_HUMAN 130 SP_MOUSE 128 SP_PIG 127 SP_RAT 129 SUIS_HUMAN 1827 SUIS_RABIT 1827 XP1_XENLA 78 XP2_XENLA 439 XP4_XENLA 224 ZP3A_PIG 536 ZPX_RABIT 540 Pratt run started at Thu Feb 6 20:57:02 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 12.5102 28( 18) C-x(3)-G-C 2: 12.5102 33( 18) C-x(4)-C-C 3: 12.0102 28( 18) T-x(3,4)-C-x(3)-G 4: 12.0102 27( 18) T-x(2,3)-C-x(3)-G 5: 12.0102 27( 18) C-G-x(4,5)-T 6: 11.5102 31( 18) C-x(0,1)-F-x(0,1)-P 7: 11.5102 25( 18) G-x(1,2)-P-x(2,3)-T 8: 11.0102 24( 18) P-x(2,4)-T-x(2,3)-C 9: 11.0102 31( 18) G-x(4,5)-T-x(1,3)-C 10: 11.0102 31( 18) G-x(3,4)-T-x(2,4)-C 11: 11.0102 46( 18) R-x(2,4)-C-x(4,5)-I 12: 8.3401 91( 18) P-x(2)-T 13: 8.3401 60( 18) C-F 14: 8.3401 35( 18) P-x(4)-P 15: 8.3401 33( 18) C-C 16: 8.3401 35( 18) G-C 17: 8.3401 55( 18) G-x(4)-T 18: 8.3401 56( 18) R-x(2)-C 19: 7.8401 122( 18) A-x(1,2)-E 20: 7.8401 67( 18) F-x(0,1)-P Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 20.6871 27( 18) C-x(3)-[GN]-C-C-[FHWY]-x-[DPS] B 2: 19.7187 24( 18) R-x-[CDNS]-C-x(2)-[PS]-x(2)-[DNPQST]-[ADGNPS]-x(2)-[CGP] C 3: 16.9935 25( 18) C-x(3)-G-C-x-[FHWY]-x-[DPST] D 4: 15.9083 22( 18) P-x(2,4)-T-x(2,3)-C-x(3)-[CGNS]-[CPT] E 5: 15.8250 22( 18) T-x(2,3)-C-x(3)-G-x(4)-[ADPST]-x(3)-[DGNQS] F 6: 14.9108 23( 18) G-C-x-[FWY]-x-[DGPST]-x(3)-[DGNQS] G 7: 14.1878 27( 18) C-G-x(4,5)-T-x(2)-[DEQR] H 8: 13.6676 27( 18) G-x(3,4)-T-x(2,4)-C-x(3)-[GNT] I 9: 12.8370 31( 18) C-C-[FHWY]-x-[DNPS] J 10: 12.0102 28( 18) T-x(3,4)-C-x(3)-G K 11: 11.5102 31( 18) C-x(0,1)-F-x(0,1)-P L 12: 11.5102 25( 18) G-x(1,2)-P-x(2,3)-T M 13: 11.0102 31( 18) G-x(4,5)-T-x(1,3)-C N 14: 11.0102 46( 18) R-x(2,4)-C-x(4,5)-I O 15: 10.5704 32( 18) G-x-[ANPS]-x(2)-T P 16: 8.3401 91( 18) P-x(2)-T Q 17: 8.3401 60( 18) C-F R 18: 8.3401 35( 18) P-x(4)-P S 19: 7.8401 27( 18) T-x(2,3)-C T 20: 7.8401 122( 18) A-x(1,2)-E Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 20.6871 27( 18) C-x(3)-[GN]-C-C-[FHWY]-x-[DPS] Occurences: 27(18) ITF_HUMAN : 52- 61: vtpke CnnrGCCFdS ripgv ITF_RAT : 53- 62: vtseq CnnrGCCFdS sipnv LYAG_HUMAN : 103- 112: itqeq CearGCCYiP akqgl MUA1_XENLA : 43- 52: vtead CravGCCFdS silnt MUA1_XENLA : 94- 103: itekq CilrGCCFdS sisgv MUC1_XENLA : 182- 191: itkkq CkkkNCCFdP kghgg MUC1_XENLA : 327- 336: itesq CrtkGCCFdS sipqt MUC1_XENLA : 374- 383: itadq CrqkNCCFdS sisgt MUC1_XENLA : 546- 555: itesq CrskGCCFdS sipqt MUC1_XENLA : 593- 602: itadq CrqrNCCFdS sisgt PS2_HUMAN : 51- 60: vtpsq CankGCCFdD tvrgv PS2_MOUSE : 54- 63: vtaqq CterGCCFdD svrgf SP_HUMAN : 53- 62: itsdq CfdnGCCFdS svtgv SP_MOUSE : 51- 60: itseq CfdlGCCFdS svagv SP_PIG : 50- 59: itsdq CftsGCCFdS qvpgv SP_PIG : 99- 108: isped CarrNCCFsD tipev SP_RAT : 52- 61: itsdq CfnlGCCFdS svagv SUIS_HUMAN : 88- 97: ptegi CaqrGCCWrP wndsl SUIS_RABIT : 88- 97: ptqai CaqrNCCWrP wnnsd XP1_XENLA : 52- 61: itpqe CtkqGCCFdS tiqda XP2_XENLA : 371- 380: itegq CkakGCCFdS sivgv XP4_XENLA : 47- 56: ispde CvkkGCCFdD sdpds XP4_XENLA : 96- 105: itsqd CdkkGCCFnD tipnv XP4_XENLA : 146- 155: vspde CiknGCCFnS dvggv XP4_XENLA : 195- 204: itmdq CykkGCCYdS sesds ZP3A_PIG : 165- 174: itqge CkqlGCCYnS eevps ZPX_RABIT : 168- 177: isqed CeelGCCHsS eevna B 2: 19.7187 24( 18) R-x-[CDNS]-C-x(2)-[PS]-x(2)-[DNPQST]-[ADGNPS]-x(2)-[CGP] Occurences: 24(18) ITF_HUMAN : 39- 52: vpakd RvDCgyPhvTPkeC nnrgc ITF_RAT : 40- 53: vpanv RvDCgyPtvTSeqC nnrgc LYAG_HUMAN : 106- 119: eqcea RgCCyiPakQGlqG aqmgq MUA1_XENLA : 360- 373: vdpsv RtDCgyPgiTDkeC rekgc MUC1_XENLA : 628- 641: gpptk RrDCgyPgiSSsvC inrgc PS2_HUMAN : 38- 51: vapre RqNCgfPgvTPsqC ankgc PS2_MOUSE : 41- 54: mapre RiNCgfPgvTAqqC tergc SP_HUMAN : 40- 53: lsphn RtNCgfPgiTSdqC fdngc SP_HUMAN : 89- 102: mevsd RrNCgyPgiSPeeC asrkc SP_MOUSE : 38- 51: ltphn RkNCgfPgiTSeqC fdlgc SP_MOUSE : 87- 100: mevsa RkNCgyPgiSPedC asrnc SP_PIG : 37- 50: qdpkn RvNCgfPgiTSdqC ftsgc SP_PIG : 86- 99: mevsa RkNCgyPgiSPedC arrnc SP_RAT : 39- 52: mtpsn RkNCgfPgiTSdqC fnlgc SP_RAT : 88- 101: mevsa ReNCgyPgiSPedC asrhc SUIS_HUMAN : 91- 104: gicaq RgCCwrPwnDSliP wcffv SUIS_RABIT : 91- 104: aicaq RnCCwrPwnNSdiP wcffv XP1_XENLA : 39- 52: verla RvNCgySgiTPqeC tkqgc XP2_XENLA : 405- 418: fspgd ReDCgySsiTPmeC mkrgc XP4_XENLA : 34- 47: vkpks RdNCgpPgiSPdeC vkkgc XP4_XENLA : 83- 96: aepka RvNCgyPgiTSqdC dkkgc XP4_XENLA : 133- 146: vepkk RvNCgpPgvSPdeC ikngc ZP3A_PIG : 283- 296: sifrl RvSCiySvsSSalP vniqv ZPX_RABIT : 286- 299: sifrl RvSCsySisSSalP vdmhv C 3: 16.9935 25( 18) C-x(3)-G-C-x-[FHWY]-x-[DPST] Occurences: 25(18) ITF_HUMAN : 52- 61: vtpke CnnrGCcFdS ripgv ITF_RAT : 53- 62: vtseq CnnrGCcFdS sipnv LYAG_HUMAN : 103- 112: itqeq CearGCcYiP akqgl MUA1_XENLA : 43- 52: vtead CravGCcFdS silnt MUA1_XENLA : 94- 103: itekq CilrGCcFdS sisgv MUA1_XENLA : 322- 331: itqad CegkGCiFdS tipet MUC1_XENLA : 327- 336: itesq CrtkGCcFdS sipqt MUC1_XENLA : 546- 555: itesq CrskGCcFdS sipqt PS2_HUMAN : 51- 60: vtpsq CankGCcFdD tvrgv PS2_MOUSE : 54- 63: vtaqq CterGCcFdD svrgf SP_HUMAN : 53- 62: itsdq CfdnGCcFdS svtgv SP_MOUSE : 51- 60: itseq CfdlGCcFdS svagv SP_PIG : 50- 59: itsdq CftsGCcFdS qvpgv SP_RAT : 52- 61: itsdq CfnlGCcFdS svagv SUIS_HUMAN : 88- 97: ptegi CaqrGCcWrP wndsl SUIS_HUMAN : 955- 964: ateqk CtqrGCvWrT gssls SUIS_RABIT : 955- 964: atqek CtqrGCiWdT ntvnp XP1_XENLA : 52- 61: itpqe CtkqGCcFdS tiqda XP2_XENLA : 371- 380: itegq CkakGCcFdS sivgv XP4_XENLA : 47- 56: ispde CvkkGCcFdD sdpds XP4_XENLA : 96- 105: itsqd CdkkGCcFnD tipnv XP4_XENLA : 146- 155: vspde CiknGCcFnS dvggv XP4_XENLA : 195- 204: itmdq CykkGCcYdS sesds ZP3A_PIG : 165- 174: itqge CkqlGCcYnS eevps ZPX_RABIT : 168- 177: isqed CeelGCcHsS eevna D 4: 15.9083 22( 18) P-x(2,4)-T-x(2,3)-C-x(3)-[CGNS]-[CPT] Occurences: 22(18) ITF_HUMAN : 45- 57: vdcgy Phv--TpkeCnnrGC cfdsr ITF_RAT : 46- 58: vdcgy Ptv--TseqCnnrGC cfdss LYAG_HUMAN : 94- 108: rfdca PdkaiTqeqCearGC cyipa MUA1_XENLA : 36- 48: vncgy Ptv--TeadCravGC cfdss MUA1_XENLA : 87- 99: idcgf Pri--TekqCilrGC cfdss MUA1_XENLA : 366- 378: tdcgy Pgi--TdkeCrekGC cydec MUC1_XENLA : 539- 551: adcgy Pgi--TesqCrskGC cfdss PS2_HUMAN : 44- 56: qncgf Pgv--TpsqCankGC cfddt PS2_MOUSE : 47- 59: incgf Pgv--TaqqCterGC cfdds SP_HUMAN : 46- 58: tncgf Pgi--TsdqCfdnGC cfdss SP_MOUSE : 44- 56: kncgf Pgi--TseqCfdlGC cfdss SP_PIG : 43- 55: vncgf Pgi--TsdqCftsGC cfdsq SP_RAT : 45- 57: kncgf Pgi--TsdqCfnlGC cfdss SUIS_HUMAN : 79- 93: rinci PeqfpTegiCaqrGC cwrpw SUIS_RABIT : 79- 93: rinci PeqspTqaiCaqrNC cwrpw XP1_XENLA : 49- 62: ysgit Pqec-TkqgCcfdST iqdap XP2_XENLA : 364- 376: tdcgy Pgi--TegqCkakGC cfdss XP4_XENLA : 89- 101: vncgy Pgi--TsqdCdkkGC cfndt XP4_XENLA : 188- 200: incgy Pdi--TmdqCykkGC cydss ZP3A_PIG : 157- 170: rlpca Pppi-TqgeCkqlGC cynse ZP3A_PIG : 158- 170: lpcap Ppi--TqgeCkqlGC cynse ZPX_RABIT : 453- 464: vsvcq Ptg--Tqs-CtvtCP idsrr E 5: 15.8250 22( 18) T-x(2,3)-C-x(3)-G-x(4)-[ADPST]-x(3)-[DGNQS] Occurences: 22(18) ITF_HUMAN : 48- 65: gyphv TpkeCnnrGccfdSripG vpwcf ITF_RAT : 49- 66: gyptv TseqCnnrGccfdSsipN vpwcf LYAG_HUMAN : 99- 116: pdkai TqeqCearGccyiPakqG lqgaq MUA1_XENLA : 39- 56: gyptv TeadCravGccfdSsilN tkwcf MUA1_XENLA : 90- 107: gfpri TekqCilrGccfdSsisG vkwcy MUC1_XENLA : 323- 340: gysgi TesqCrtkGccfdSsipQ tkwcf MUC1_XENLA : 542- 559: gypgi TesqCrskGccfdSsipQ tkwcf PS2_HUMAN : 47- 64: gfpgv TpsqCankGccfdDtvrG vpwcf PS2_MOUSE : 50- 67: gfpgv TaqqCterGccfdDsvrG fpwcf SP_HUMAN : 49- 66: gfpgi TsdqCfdnGccfdSsvtG vpwcf SP_MOUSE : 47- 64: gfpgi TseqCfdlGccfdSsvaG vpwcf SP_PIG : 46- 63: gfpgi TsdqCftsGccfdSqvpG vpwcf SP_RAT : 48- 65: gfpgi TsdqCfnlGccfdSsvaG vpwcf SUIS_HUMAN : 84- 101: peqfp TegiCaqrGccwrPwndS lipwc SUIS_RABIT : 951- 968: dadia TqekCtqrGciwdTntvN prape XP1_XENLA : 48- 65: gysgi TpqeCtkqGccfdStiqD apwcf XP2_XENLA : 367- 384: gypgi TegqCkakGccfdSsivG vkwcf XP2_XENLA : 414- 431: gyssi TpmeCmkrGccfdAsitG vkwcf XP4_XENLA : 92- 109: gypgi TsqdCdkkGccfnDtipN vvwcy XP4_XENLA : 191- 208: gypdi TmdqCykkGccydSsesD siwcf ZP3A_PIG : 187- 203: ygntv Tsr-CtqdGhfsiAvsrN vtspp ZPX_RABIT : 190- 206: ygntv Tsh-CtqeGhfsiAvsrN vsspp F 6: 14.9108 23( 18) G-C-x-[FWY]-x-[DGPST]-x(3)-[DGNQS] Occurences: 23(18) ITF_HUMAN : 56- 65: ecnnr GCcFdSripG vpwcf ITF_RAT : 57- 66: qcnnr GCcFdSsipN vpwcf LYAG_HUMAN : 107- 116: qcear GCcYiPakqG lqgaq MUA1_XENLA : 47- 56: dcrav GCcFdSsilN tkwcf MUA1_XENLA : 98- 107: qcilr GCcFdSsisG vkwcy MUC1_XENLA : 331- 340: qcrtk GCcFdSsipQ tkwcf MUC1_XENLA : 550- 559: qcrsk GCcFdSsipQ tkwcf PS2_HUMAN : 55- 64: qcank GCcFdDtvrG vpwcf PS2_MOUSE : 58- 67: qcter GCcFdDsvrG fpwcf SP_HUMAN : 57- 66: qcfdn GCcFdSsvtG vpwcf SP_MOUSE : 55- 64: qcfdl GCcFdSsvaG vpwcf SP_PIG : 54- 63: qcfts GCcFdSqvpG vpwcf SP_RAT : 56- 65: qcfnl GCcFdSsvaG vpwcf SUIS_HUMAN : 92- 101: icaqr GCcWrPwndS lipwc SUIS_RABIT : 959- 968: kctqr GCiWdTntvN prape XP1_XENLA : 56- 65: ectkq GCcFdStiqD apwcf XP2_XENLA : 375- 384: qckak GCcFdSsivG vkwcf XP4_XENLA : 51- 60: ecvkk GCcFdDsdpD siwcy XP4_XENLA : 100- 109: dcdkk GCcFnDtipN vvwcy XP4_XENLA : 150- 159: ecikn GCcFnSdvgG vpwcf XP4_XENLA : 199- 208: qcykk GCcYdSsesD siwcf ZP3A_PIG : 388- 397: pmlvn GCpYtGdnyQ tklip ZPX_RABIT : 391- 400: pilvk GCpYtGdnyQ tqlip G 7: 14.1878 27( 18) C-G-x(4,5)-T-x(2)-[DEQR] Occurences: 27(18) ITF_HUMAN : 42- 51: kdrvd CGyphv-TpkE cnnrg ITF_RAT : 43- 52: nvrvd CGyptv-TseQ cnnrg LYAG_HUMAN : 647- 656: vgadv CGflgn-TseE lcvrw MUA1_XENLA : 33- 42: nmrvn CGyptv-TeaD cravg MUA1_XENLA : 84- 93: tkrid CGfpri-TekQ cilrg MUA1_XENLA : 312- 321: adrvd CGysgi-TqaD cegkg MUA1_XENLA : 363- 372: svrtd CGypgi-TdkE crekg MUC1_XENLA : 172- 181: skrem CGskgi-TkkQ ckkkn MUC1_XENLA : 317- 326: skred CGysgi-TesQ crtkg MUC1_XENLA : 364- 373: sqrvd CGfrgi-TadQ crqkn MUC1_XENLA : 536- 545: skrad CGypgi-TesQ crskg MUC1_XENLA : 583- 592: ssrvd CGfggi-TadQ crqrn PS2_HUMAN : 41- 50: rerqn CGfpgv-TpsQ cankg PS2_MOUSE : 44- 53: rerin CGfpgv-TaqQ cterg SP_HUMAN : 43- 52: hnrtn CGfpgi-TsdQ cfdng SP_MOUSE : 41- 50: hnrkn CGfpgi-TseQ cfdlg SP_PIG : 40- 49: knrvn CGfpgi-TsdQ cftsg SP_RAT : 42- 51: snrkn CGfpgi-TsdQ cfnlg SUIS_HUMAN : 635- 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