------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 26 sequences from file PYRUVATE_KINASE PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 26 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename PYRUVATE_KINASE.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: KPY1_ECOLI 462 KPY1_FELCA 530 KPY1_HUMAN 530 KPY1_RABIT 530 KPY1_RAT 530 KPY1_SPICI 192 KPY1_TRYBB 499 KPY2_ECOLI 479 KPY2_HUMAN 530 KPY2_RAT 530 KPY2_TRYBB 499 KPYC_SOLTU 510 KPYK_BACST 587 KPYK_CANAL 77 KPYK_CHICK 529 KPYK_EMENI 526 KPYK_HAEIN 477 KPYK_LACDE 60 KPYK_LACLA 502 KPYK_LEIBR 91 KPYK_THEAC 16 KPYK_TRIRE 538 KPYK_YARLI 542 KPYK_YEAST 500 KPYR_HUMAN 574 KPYR_RAT 574 Pratt run started at Thu Feb 6 20:56:37 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 10.5102 64( 26) K-x(1,3)-I-x(2,4)-G 2: 8.3401 71( 26) K-x(2)-I 3: 8.3401 50( 26) T-K 4: 8.3401 44( 26) T-x(5)-L 5: 7.8401 164( 26) I-x(3,4)-G 6: 7.8401 110( 26) D-x(4,5)-I 7: 7.8401 173( 26) V-x(1,2)-L 8: 7.8401 125( 26) V-x(3,4)-K 9: 7.3401 276( 26) L-x(1,3)-G 10: 7.3401 188( 26) G-x(0,2)-L 11: 7.3401 204( 26) A-x(0,2)-G 12: 7.3401 85( 26) D-x(0,2)-T Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 14.4739 30( 26) T-K-[AGIV]-[GIPV]-x(4)-[AGILPV] B 2: 12.8388 30( 26) T-K-x-[GIPV]-x(4)-[GILP] C 3: 10.5102 64( 26) K-x(1,3)-I-x(2,4)-G D 4: 9.4893 100( 26) I-x(3,4)-G-[AGILPV] E 5: 8.9893 150( 26) A-x(0,2)-G-x(2)-[AGILPV] F 6: 8.3401 71( 26) K-x(2)-I G 7: 8.3401 44( 26) T-x(5)-L H 8: 7.8401 110( 26) D-x(4,5)-I I 9: 7.8401 173( 26) V-x(1,2)-L J 10: 7.8401 125( 26) V-x(3,4)-K K 11: 7.3401 276( 26) L-x(1,3)-G L 12: 7.3401 188( 26) G-x(0,2)-L M 13: 7.3401 85( 26) D-x(0,2)-T Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 14.4739 30( 26) T-K-[AGIV]-[GIPV]-x(4)-[AGILPV] Occurences: 30(26) KPY1_ECOLI : 4- 12: mkk TKIVctigP ktese KPY1_FELCA : 113- 121: avald TKGPeirtG likgs KPY1_HUMAN : 113- 121: avald TKGPeirtG likgs KPY1_RABIT : 113- 121: avald TKGPeirtG likgs KPY1_RAT : 113- 121: avald TKGPeirtG likgs KPY1_SPICI : 13- 21: ekmkr TKIIttigP sthsp KPY1_TRYBB : 85- 93: giald TKGPeirtG lfkdg KPY2_ECOLI : 7- 15: rrlrr TKIVttlgP atdrd KPY2_HUMAN : 113- 121: avald TKGPeirtG likgs KPY2_RAT : 113- 121: avald TKGPeirtG likgs KPY2_TRYBB : 85- 93: giald TKGPeirtG lfkdg KPYC_SOLTU : 22- 30: gripk 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113- 121: avald TKgPeirtG likgs KPY1_RAT : 113- 121: avald TKgPeirtG likgs KPY1_SPICI : 13- 21: ekmkr TKiIttigP sthsp KPY1_TRYBB : 85- 93: giald TKgPeirtG lfkdg KPY2_ECOLI : 7- 15: rrlrr TKiVttlgP atdrd KPY2_HUMAN : 113- 121: avald TKgPeirtG likgs KPY2_RAT : 113- 121: avald TKgPeirtG likgs KPY2_TRYBB : 85- 93: giald TKgPeirtG lfkdg KPYC_SOLTU : 22- 30: gripk TKiVctlgP ssrtv KPYC_SOLTU : 85- 93: avmld TKgPeirtG fltdg KPYK_BACST : 5- 13: mkrk TKiVctigP asesv KPYK_CANAL : 34- 42: dykni TKvIapgkI iyvdd KPYK_CHICK : 112- 120: aiald TKgPeirtG likgs KPYK_EMENI : 99- 107: aiald TKgPeirtG ntvgd KPYK_EMENI : 148- 156: dykni TKvIsagkL iyvdd KPYK_HAEIN : 7- 15: rrlrr TKiVctmgP stdrd KPYK_LACDE : 4- 12: mkk TKiVstlgP asddi KPYK_LACLA : 118- 126: kfrva TKqGlkstP elial KPYK_LEIBR : 83- 91: aiald TKgPeirtG KPYK_THEAC : 6- 14: avald TKaGiylpG an KPYK_TRIRE : 108- 116: aiald TKgPeirtG ntagd KPYK_YARLI : 96- 104: aiald TKgPeirtG vtkdd KPYK_YEAST : 85- 93: aiald TKgPeirtG tttnd KPYK_YEAST : 134- 142: 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