------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 18 sequences from file PTS_HPR_SER PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 18 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename PTS_HPR_SER.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: PTF1_RHOCA 827 PTF1_XANCP 837 PTFA_ECOLI 376 PTFA_HAEIN 499 PTFA_SALTY 376 PTHP_ALCEU 89 PTHP_BACST 88 PTHP_BACSU 88 PTHP_ECOLI 85 PTHP_ENTFA 88 PTHP_KLEPN 85 PTHP_MYCCA 89 PTHP_STAAU 87 PTHP_STACA 88 PTHP_STRMU 87 PTHP_STRSL 87 PTSH_HAEIN 85 PTSO_ECOLI 90 Pratt run started at Thu Feb 6 20:56:27 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 12.5102 19( 18) G-x-H-x-R 2: 12.0102 37( 18) G-x(2)-A-x(1,2)-A 3: 11.5102 56( 18) A-x(1,2)-A-x(2,3)-L 4: 11.5102 21( 18) H-x(1,2)-R-x(1,2)-A 5: 11.0102 74( 18) A-x(1,3)-L-x(3,4)-A 6: 10.5102 54( 18) A-x(3,5)-V-x(1,3)-A 7: 8.3401 32( 18) V-x-L 8: 8.3401 30( 18) G-x-D 9: 8.3401 54( 18) G-x(5)-A 10: 8.3401 65( 18) A-x-G 11: 8.3401 29( 18) L-x-Q 12: 8.3401 90( 18) A-x(5)-L 13: 8.3401 116( 18) A-x(5)-A 14: 8.3401 20( 18) H-x-R 15: 7.8401 127( 18) A-x(1,2)-L 16: 7.8401 47( 18) K-x(3,4)-L 17: 7.8401 127( 18) L-x(4,5)-A 18: 7.8401 136( 18) L-x(3,4)-A 19: 7.8401 69( 18) V-x(1,2)-L 20: 7.8401 118( 18) A-x(2,3)-L Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 24.4116 19( 18) G-[ILM]-H-[AT]-R-[AP]-[AGS] B 2: 21.2135 19( 18) G-[ILM]-H-x-R-[AP]-[AGS] C 3: 17.3526 19( 18) H-[AT]-R-[AP]-[AGS] D 4: 16.5454 19( 18) G-x-D-[AE]-x(2)-[AGL]-[ILMV] E 5: 15.3584 23( 18) A-x(1,2)-A-x(2,3)-L-x(4)-[ADGQST]-x(3)-[APST] F 6: 14.7552 27( 18) G-x-[DH]-[AE]-x(2)-A G 7: 13.3440 28( 18) A-x(3,5)-V-x(1,3)-A-x(3)-[ADGNSTV]-x(3)-[ADENQST] H 8: 13.1825 26( 18) A-[DEKR]-[APS]-x(3)-L I 9: 12.4109 35( 18) A-x(2)-[AGTV]-x(2)-A-x(3)-[ADSTV] J 10: 12.0102 37( 18) G-x(2)-A-x(1,2)-A K 11: 11.7106 38( 18) A-x(1,2)-L-x(3)-[ADQT]-[ADEGST] L 12: 11.5102 21( 18) H-x(1,2)-R-x(1,2)-A M 13: 11.0102 74( 18) A-x(1,3)-L-x(3,4)-A N 14: 10.9619 35( 18) A-x-G-x(2)-[AES] O 15: 10.4619 43( 18) L-x(4,5)-A-[AES] P 16: 10.4375 47( 18) A-x(2,3)-L-[ALV] Q 17: 9.2532 88( 18) L-x(3,4)-A-x(3)-[ADGNSTV] R 18: 9.2532 50( 18) V-x(1,2)-L-x-[ADGNSTV] S 19: 8.3401 32( 18) V-x-L T 20: 8.3401 29( 18) L-x-Q Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 24.4116 19( 18) G-[ILM]-H-[AT]-R-[AP]-[AGS] Occurences: 19(18) PTF1_RHOCA : 169- 175: vtgah GLHARPA ttlvd PTF1_XANCP : 173- 179: iayps GLHARPA trwae PTFA_ECOLI : 297- 303: vrneh GLHARPG tmlvn PTFA_HAEIN : 298- 304: irneh GLHARPS anlvn PTFA_HAEIN : 422- 428: ikneq GLHARPS ailvn PTFA_SALTY : 297- 303: vrneh GLHARPG tmlvn PTHP_ALCEU : 13- 19: iinkl GLHARAS akltq PTHP_BACST : 13- 19: vvsds GIHARPA tilvq PTHP_BACSU : 13- 19: vtads GIHARPA tvlvq PTHP_ECOLI : 13- 19: itapn GLHTRPA aqfvk PTHP_ENTFA : 13- 19: ivaet GIHARPA tllvq PTHP_KLEPN : 13- 19: itapn GLHTRPA aqfvk PTHP_MYCCA : 13- 19: itdkv GLHARPA svlak PTHP_STAAU : 13- 19: iidet GIHARPA tmlvq PTHP_STACA : 13- 19: iidet GIHARPA tmlvq PTHP_STRMU : 13- 19: ivaet GIHARPA tllvq PTHP_STRSL : 13- 19: ivaet GIHARPA tllvq PTSH_HAEIN : 13- 19: iiasn GLHTRPA aqfvk PTSO_ECOLI : 14- 20: itnkl GMHARPA mklfe B 2: 21.2135 19( 18) G-[ILM]-H-x-R-[AP]-[AGS] Occurences: 19(18) PTF1_RHOCA : 169- 175: vtgah GLHaRPA ttlvd PTF1_XANCP : 173- 179: iayps GLHaRPA trwae PTFA_ECOLI : 297- 303: vrneh GLHaRPG tmlvn PTFA_HAEIN : 298- 304: irneh GLHaRPS anlvn PTFA_HAEIN : 422- 428: ikneq GLHaRPS ailvn PTFA_SALTY : 297- 303: vrneh GLHaRPG tmlvn PTHP_ALCEU : 13- 19: iinkl GLHaRAS akltq PTHP_BACST : 13- 19: vvsds GIHaRPA tilvq PTHP_BACSU : 13- 19: vtads GIHaRPA tvlvq PTHP_ECOLI : 13- 19: itapn GLHtRPA aqfvk PTHP_ENTFA : 13- 19: ivaet GIHaRPA tllvq PTHP_KLEPN : 13- 19: itapn GLHtRPA aqfvk PTHP_MYCCA : 13- 19: itdkv GLHaRPA svlak PTHP_STAAU : 13- 19: iidet GIHaRPA tmlvq PTHP_STACA : 13- 19: iidet GIHaRPA tmlvq PTHP_STRMU : 13- 19: ivaet GIHaRPA tllvq PTHP_STRSL : 13- 19: ivaet GIHaRPA tllvq PTSH_HAEIN : 13- 19: iiasn GLHtRPA aqfvk PTSO_ECOLI : 14- 20: itnkl GMHaRPA mklfe C 3: 17.3526 19( 18) H-[AT]-R-[AP]-[AGS] Occurences: 19(18) PTF1_RHOCA : 171- 175: gahgl HARPA ttlvd PTF1_XANCP : 175- 179: ypsgl HARPA trwae PTFA_ECOLI : 299- 303: nehgl HARPG tmlvn PTFA_HAEIN : 300- 304: nehgl HARPS anlvn PTFA_HAEIN : 424- 428: neqgl HARPS ailvn PTFA_SALTY : 299- 303: nehgl HARPG tmlvn PTHP_ALCEU : 15- 19: nklgl HARAS akltq PTHP_BACST : 15- 19: sdsgi HARPA tilvq PTHP_BACSU : 15- 19: adsgi HARPA tvlvq PTHP_ECOLI : 15- 19: apngl HTRPA aqfvk PTHP_ENTFA : 15- 19: aetgi HARPA tllvq PTHP_KLEPN : 15- 19: apngl HTRPA aqfvk PTHP_MYCCA : 15- 19: dkvgl HARPA svlak PTHP_STAAU : 15- 19: detgi HARPA tmlvq PTHP_STACA : 15- 19: detgi HARPA tmlvq PTHP_STRMU : 15- 19: aetgi HARPA tllvq PTHP_STRSL : 15- 19: aetgi HARPA tllvq PTSH_HAEIN : 15- 19: asngl HTRPA aqfvk PTSO_ECOLI : 16- 20: nklgm HARPA mklfe D 4: 16.5454 19( 18) G-x-D-[AE]-x(2)-[AGL]-[ILMV] Occurences: 19(18) PTF1_RHOCA : 223- 230: risae GaDAtaAL aaiaa PTF1_RHOCA : 577- 584: reapp GeDEqlAI yaaml PTF1_XANCP : 227- 234: tvsak GsDApaLL krlra PTFA_ECOLI : 354- 361: rftaq GaDAeqAL kaigd PTFA_HAEIN : 355- 362: rfvae GeDAkqAI eslgk PTFA_SALTY : 354- 361: rftaq GeDAeqAL kaigd PTHP_ALCEU : 67- 74: tletd GpDEqeAM dalla PTHP_BACST : 67- 74: kitae GaDAaeAM aaltd PTHP_BACSU : 67- 74: tisas GaDEndAL nalee PTHP_ECOLI : 67- 74: tisae GeDEqkAV ehlvk PTHP_ENTFA : 67- 74: titvd GaDEaeGM aaive PTHP_KLEPN : 67- 74: tlsae GeDEqkAV ehlvk PTHP_MYCCA : 67- 74: tiqad GnDAdqAI qaikq PTHP_STAAU : 67- 74: tiyad GsDEsdAI qaisd PTHP_STACA : 67- 74: tiyad GsDEadAI qaitd PTHP_STRMU : 67- 74: titae GaDAddAI aaine PTHP_STRSL : 67- 74: tisae GaDAddAI vaiae PTSH_HAEIN : 67- 74: tisad GeDEqqAV ehlva PTSO_ECOLI : 29- 36: felmq GfDAevLL rndeg E 5: 15.3584 23( 18) A-x(1,2)-A-x(2,3)-L-x(4)-[ADGQST]-x(3)-[APST] Occurences: 23(18) PTF1_RHOCA : 23- 37: kadai Aq-Avd-LltaaGkidP rygqs PTF1_RHOCA : 224- 239: isaeg Ad-AtaaLaaiaAafeA glede PTF1_XANCP : 28- 42: kddai Aq-Aaq-LlvaaGcvaP gydas PTFA_ECOLI : 169- 184: lltlq AlnAar-LkeagAvdaT fvtka PTFA_ECOLI : 266- 280: drllk Ad-Aat-LlallTsddA ptddv PTFA_ECOLI : 266- 281: drllk AdaAtl-LalltSddaP tddvl PTFA_ECOLI : 266- 281: drllk Ad-AatlLalltSddaP tddvl PTFA_ECOLI : 355- 370: ftaqg Ad-AeqaLkaigDaiaA glgeg PTFA_HAEIN : 368- 382: eslgk Ai-Ang-LgenvSavpP sepdt PTFA_HAEIN : 440- 456: vkkyn AsvAvqnLdrnsQlvsA kslmk PTFA_SALTY : 169- 184: lvtlq AlnAar-LkeagAvdaA fvakt PTFA_SALTY : 266- 280: drlls Ad-Aat-LlallTsddA ltddv PTHP_ALCEU : 16- 31: klglh Ar-AsakLtqlaGnfvS qvkms PTHP_BACST : 16- 31: dsgih ArpAti-LvqtaSkfnS eiqle PTHP_BACSU : 16- 31: dsgih ArpAtv-LvqtaSkydA dvnle PTHP_ECOLI : 42- 56: sngks As-Aks-LfklqTlglT qgtvv PTHP_ENTFA : 16- 31: etgih ArpAtl-LvqtaSkfnS dinle PTHP_KLEPN : 42- 56: sngks As-Aks-LfklqTlglT qgtvv PTHP_MYCCA : 16- 31: kvglh ArpAsv-LakeaSkfsS nitii PTHP_STAAU : 16- 31: etgih ArpAtm-LvqtaSkfdS diqle PTHP_STACA : 16- 31: etgih ArpAtm-LvqtaSkfdS diqle PTHP_STRMU : 16- 31: etgih ArpAtl-LvqtaSkfaS ditld PTHP_STRSL : 16- 31: etgih ArpAtl-LvqtaSkfaS ditld PTSH_HAEIN : 42- 56: sggks As-Aks-LfklqTlalT qgtil PTSO_ECOLI : 17- 32: klgmh ArpAmk-LfelmQgfdA evllr F 6: 14.7552 27( 18) G-x-[DH]-[AE]-x(2)-A Occurences: 27(18) PTF1_RHOCA : 169- 175: vtgah GlHArpA ttlvd PTF1_RHOCA : 223- 229: risae GaDAtaA laaia PTF1_RHOCA : 577- 583: reapp GeDEqlA iyaam PTF1_XANCP : 173- 179: iayps GlHArpA trwae PTFA_ECOLI : 354- 360: rftaq GaDAeqA lkaig PTFA_HAEIN : 355- 361: rfvae GeDAkqA ieslg PTFA_SALTY : 354- 360: rftaq GeDAeqA lkaig PTHP_ALCEU : 67- 73: tletd GpDEqeA mdall PTHP_BACST : 13- 19: vvsds GiHArpA tilvq PTHP_BACST : 67- 73: kitae GaDAaeA maalt PTHP_BACSU : 13- 19: vtads GiHArpA tvlvq PTHP_BACSU : 67- 73: tisas GaDEndA lnale PTHP_ECOLI : 67- 73: tisae GeDEqkA vehlv PTHP_ENTFA : 13- 19: ivaet GiHArpA tllvq PTHP_KLEPN : 67- 73: tlsae GeDEqkA vehlv PTHP_MYCCA : 13- 19: itdkv GlHArpA svlak PTHP_MYCCA : 67- 73: tiqad GnDAdqA iqaik PTHP_STAAU : 13- 19: iidet GiHArpA tmlvq PTHP_STAAU : 67- 73: tiyad GsDEsdA iqais PTHP_STACA : 13- 19: iidet GiHArpA tmlvq PTHP_STACA : 67- 73: tiyad GsDEadA iqait PTHP_STRMU : 13- 19: ivaet GiHArpA tllvq PTHP_STRMU : 67- 73: titae GaDAddA iaain PTHP_STRSL : 13- 19: ivaet GiHArpA tllvq PTHP_STRSL : 67- 73: tisae GaDAddA ivaia PTSH_HAEIN : 67- 73: tisad GeDEqqA vehlv PTSO_ECOLI : 14- 20: itnkl GmHArpA mklfe G 7: 13.3440 28( 18) A-x(3,5)-V-x(1,3)-A-x(3)-[ADGNSTV]-x(3)-[ADENQST] Occurences: 28(18) PTF1_RHOCA : 93- 108: apgdt Arlv--Vai-AaksDehlQ vlsnl PTF1_RHOCA : 142- 158: arltg Aaap--VaapAetpAdfaQ gidvv PTF1_RHOCA : 284- 300: sspgy Alap--VfrfArdeVvfdT daada PTF1_RHOCA : 535- 549: ltvdg Arve--Vv--AnisDvaeA iasve PTF1_RHOCA : 541- 557: rvevv Anisd-Vae-AiasVeagA egvgl PTF1_RHOCA : 547- 565: nisdv AeaiasVeagAegvGllrT eflfv PTF1_RHOCA : 549- 565: sdvae Aias--VeagAegvGllrT eflfv PTF1_XANCP : 30- 45: daiaq Aaqll-Va--AgcvApgyD asmrr PTF1_XANCP : 31- 45: aiaqa Aqll--Va--AgcvApgyD asmrr PTF1_XANCP : 385- 401: iasgl AalgnpVl--AgraAdlrD vgrrv PTF1_XANCP : 386- 401: asgla Algnp-Vl--AgraAdlrD vgrrv PTFA_ECOLI : 21- 36: gdkee Airq--Vaa-AlvqAgnvA egyvn PTFA_ECOLI : 231- 246: vdget Aaml--Vsv-AmndDqpiA vlkrl PTFA_HAEIN : 21- 36: idkqq Aiema-Vs--AlvqAgnvE ngylq PTFA_SALTY : 161- 177: tldvi Assl--VtlqAlnaArlkE agavd PTHP_ALCEU : 44- 62: grqvd AksimgVmmlAagiGstvT letdg PTHP_BACST : 19- 34: iharp Atil--Vqt-AskfNseiQ leyng PTHP_BACSU : 19- 34: iharp Atvl--Vqt-AskyDadvN leyng PTHP_ECOLI : 19- 34: lhtrp Aaqf--Vke-AkgfTseiT vtsng PTHP_ENTFA : 19- 34: iharp Atll--Vqt-AskfNsdiN leykg PTHP_KLEPN : 19- 34: lhtrp Aaqf--Vke-AkgfTseiT vtsng PTHP_MYCCA : 16- 31: kvglh Arpas-Vl--AkeaSkfsS nitii PTHP_STAAU : 19- 34: iharp Atml--Vqt-AskfDsdiQ leyng PTHP_STACA : 19- 34: iharp Atml--Vqt-AskfDsdiQ leyng PTHP_STRMU : 19- 34: iharp Atll--Vqt-AskfAsdiT ldykg PTHP_STRSL : 19- 34: iharp Atll--Vqt-AskfAsdiT ldykg PTSH_HAEIN : 19- 34: lhtrp Aaqf--Vke-AkafSseiT vtsgg PTSO_ECOLI : 75- 89: pqeee Alaa--Vi--AlfnSgfdE d H 8: 13.1825 26( 18) A-[DEKR]-[APS]-x(3)-L Occurences: 26(18) PTF1_RHOCA : 101- 107: vvaia AKSdehL qvlsn PTF1_RHOCA : 172- 178: ahglh ARPattL vdlak PTF1_RHOCA : 224- 230: isaeg ADAtaaL aaiaa PTF1_XANCP : 204- 210: dqaad AKSlvgL lqlgl PTFA_ECOLI : 266- 272: drllk ADAatlL allts PTFA_ECOLI : 300- 306: ehglh ARPgtmL vntik PTFA_ECOLI : 355- 361: ftaqg ADAeqaL kaigd PTFA_HAEIN : 101- 107: vigia ARSdehL sllrq PTFA_HAEIN : 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