------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 19 sequences from file PTS_HPR_HIS PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 19 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename PTS_HPR_HIS.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: PTF1_RHOCA 827 PTF1_XANCP 837 PTFA_ECOLI 376 PTFA_HAEIN 499 PTFA_SALTY 376 PTHP_ALCEU 89 PTHP_BACST 88 PTHP_BACSU 88 PTHP_ECOLI 85 PTHP_ENTFA 88 PTHP_KLEPN 85 PTHP_MYCCA 89 PTHP_STAAU 87 PTHP_STACA 88 PTHP_STRMU 87 PTHP_STRSA 19 PTHP_STRSL 87 PTSH_HAEIN 85 PTSO_ECOLI 90 Pratt run started at Thu Feb 6 20:56:26 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 12.5102 20( 19) G-x-H-x-R 2: 11.5102 22( 19) H-x(1,2)-R-x(1,2)-A 3: 11.0102 40( 19) I-x(4,5)-G-x(0,2)-A 4: 8.3401 21( 19) H-x-R 5: 8.3401 117( 19) A-x(5)-A 6: 7.8401 63( 19) R-x(1,2)-A 7: 7.8401 185( 19) A-x(1,2)-A 8: 7.8401 89( 19) I-x(0,1)-A 9: 7.8401 70( 19) T-x(2,3)-A 10: 7.8401 41( 19) E-x(0,1)-T 11: 7.8401 73( 19) E-x(4,5)-A 12: 7.8401 82( 19) E-x(3,4)-A 13: 7.8401 103( 19) A-x(1,2)-G 14: 7.8401 37( 19) H-x(2,3)-A 15: 7.8401 47( 19) I-x(1,2)-V 16: 7.8401 51( 19) A-x(1,2)-K 17: 7.3401 52( 19) T-x(0,2)-I 18: 7.3401 120( 19) V-x(0,2)-A 19: 7.3401 61( 19) I-x(0,2)-V Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 24.4116 20( 19) G-[ILM]-H-[AT]-R-[AP]-[AGS] B 2: 17.3526 20( 19) H-[AT]-R-[AP]-[AGS] C 3: 13.6599 28( 19) A-x(1,2)-G-x(2)-[AES]-x(2)-[AT] D 4: 12.4109 36( 19) A-x(2)-[AGTV]-x(2)-A-x(3)-[ADSTV] E 5: 11.5102 22( 19) H-x(1,2)-R-x(1,2)-A F 6: 11.0102 40( 19) I-x(4,5)-G-x(0,2)-A G 7: 9.9782 33( 19) I-x(0,2)-V-x(3)-[ADG] H 8: 9.5748 34( 19) T-x(0,2)-I-x-[ADNV] I 9: 9.4893 34( 19) I-x(1,2)-V-x(3)-[AGILPV] J 10: 9.4792 44( 19) T-x(2,3)-A-x-[AGNPST] K 11: 7.8401 63( 19) R-x(1,2)-A L 12: 7.8401 185( 19) A-x(1,2)-A M 13: 7.8401 89( 19) I-x(0,1)-A N 14: 7.8401 41( 19) E-x(0,1)-T O 15: 7.8401 73( 19) E-x(4,5)-A P 16: 7.8401 82( 19) E-x(3,4)-A Q 17: 7.8401 37( 19) H-x(2,3)-A R 18: 7.8401 51( 19) A-x(1,2)-K S 19: 7.3401 120( 19) V-x(0,2)-A Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 24.4116 20( 19) G-[ILM]-H-[AT]-R-[AP]-[AGS] Occurences: 20(19) PTF1_RHOCA : 169- 175: vtgah GLHARPA ttlvd PTF1_XANCP : 173- 179: iayps GLHARPA trwae PTFA_ECOLI : 297- 303: vrneh GLHARPG tmlvn PTFA_HAEIN : 298- 304: irneh GLHARPS anlvn PTFA_HAEIN : 422- 428: ikneq GLHARPS ailvn PTFA_SALTY : 297- 303: vrneh GLHARPG tmlvn PTHP_ALCEU : 13- 19: iinkl GLHARAS akltq PTHP_BACST : 13- 19: vvsds GIHARPA tilvq PTHP_BACSU : 13- 19: vtads GIHARPA tvlvq PTHP_ECOLI : 13- 19: itapn GLHTRPA aqfvk PTHP_ENTFA : 13- 19: ivaet GIHARPA tllvq PTHP_KLEPN : 13- 19: itapn GLHTRPA aqfvk PTHP_MYCCA : 13- 19: itdkv GLHARPA svlak PTHP_STAAU : 13- 19: iidet GIHARPA tmlvq PTHP_STACA : 13- 19: iidet GIHARPA tmlvq PTHP_STRMU : 13- 19: ivaet GIHARPA tllvq PTHP_STRSA : 12- 18: ivaet GIHARPA t PTHP_STRSL : 13- 19: ivaet GIHARPA tllvq PTSH_HAEIN : 13- 19: iiasn GLHTRPA aqfvk PTSO_ECOLI : 14- 20: itnkl GMHARPA mklfe B 2: 17.3526 20( 19) H-[AT]-R-[AP]-[AGS] Occurences: 20(19) PTF1_RHOCA : 171- 175: gahgl HARPA ttlvd PTF1_XANCP : 175- 179: ypsgl HARPA trwae PTFA_ECOLI : 299- 303: nehgl HARPG tmlvn PTFA_HAEIN : 300- 304: nehgl HARPS anlvn PTFA_HAEIN : 424- 428: neqgl HARPS ailvn PTFA_SALTY : 299- 303: nehgl HARPG tmlvn PTHP_ALCEU : 15- 19: nklgl HARAS akltq PTHP_BACST : 15- 19: sdsgi HARPA tilvq PTHP_BACSU : 15- 19: adsgi HARPA tvlvq PTHP_ECOLI : 15- 19: apngl HTRPA aqfvk PTHP_ENTFA : 15- 19: aetgi HARPA tllvq PTHP_KLEPN : 15- 19: apngl HTRPA aqfvk PTHP_MYCCA : 15- 19: dkvgl HARPA svlak PTHP_STAAU : 15- 19: detgi HARPA tmlvq PTHP_STACA : 15- 19: detgi HARPA tmlvq PTHP_STRMU : 15- 19: aetgi HARPA tllvq PTHP_STRSA : 14- 18: aetgi HARPA t PTHP_STRSL : 15- 19: aetgi HARPA tllvq PTSH_HAEIN : 15- 19: asngl HTRPA aqfvk PTSO_ECOLI : 16- 20: nklgm HARPA mklfe C 3: 13.6599 28( 19) A-x(1,2)-G-x(2)-[AES]-x(2)-[AT] Occurences: 28(19) PTF1_RHOCA : 167- 175: vvvtg Ah-GlhArpA ttlvd PTF1_RHOCA : 221- 229: alris Ae-GadAtaA laaia PTF1_RHOCA : 574- 583: fvnre AppGedEqlA iyaam PTF1_XANCP : 143- 152: aviva AltGdrApdT saapa PTF1_XANCP : 453- 462: lglat AqgGptShtA ilsrt PTFA_ECOLI : 352- 360: rlrft Aq-GadAeqA lkaig PTFA_HAEIN : 353- 361: rlrfv Ae-GedAkqA ieslg PTFA_HAEIN : 477- 485: rlrfv At-GeeAqqA idgig PTFA_SALTY : 352- 360: rlrft Aq-GedAeqA lkaig PTHP_ALCEU : 54- 62: gvmml Aa-GigStvT letdg PTHP_BACST : 65- 73: tikit Ae-GadAaeA maalt PTHP_BACSU : 10- 19: tfkvt AdsGihArpA tvlvq PTHP_BACSU : 65- 73: eitis As-GadEndA lnale PTHP_ECOLI : 26- 34: qfvke Ak-GftSeiT vtsng PTHP_ECOLI : 65- 73: vvtis Ae-GedEqkA vehlv PTHP_ENTFA : 10- 19: efhiv AetGihArpA tllvq PTHP_KLEPN : 26- 34: qfvke Ak-GftSeiT vtsng PTHP_KLEPN : 65- 73: vvtls Ae-GedEqkA vehlv PTHP_MYCCA : 65- 73: eitiq Ad-GndAdqA iqaik PTHP_STAAU : 65- 73: eitiy Ad-GsdEsdA iqais PTHP_STACA : 65- 73: eitiy Ad-GsdEadA iqait PTHP_STRMU : 10- 19: dfhiv AetGihArpA tllvq PTHP_STRMU : 65- 73: dvtit Ae-GadAddA iaain PTHP_STRSA : 9- 18: vfhiv AetGihArpA t PTHP_STRSL : 10- 19: dfhiv AetGihArpA tllvq PTHP_STRSL : 65- 73: dvtis Ae-GadAddA ivaia PTSH_HAEIN : 65- 73: iltis Ad-GedEqqA vehlv PTSO_ECOLI : 67- 75: qieve At-GpqEeeA laavi D 4: 12.4109 36( 19) A-x(2)-[AGTV]-x(2)-A-x(3)-[ADSTV] Occurences: 36(19) PTF1_RHOCA : 137- 147: aaviv ArlTgaAapvA apaet PTF1_RHOCA : 144- 154: ltgaa ApvAapAetpA dfaqg PTF1_RHOCA : 226- 236: aegad AtaAlaAiaaA feagl PTF1_RHOCA : 229- 239: adata AlaAiaAafeA glede PTF1_RHOCA : 529- 539: erykp AltVdgArveV vanis PTF1_XANCP : 143- 153: aviva AltGdrApdtS aapat PTF1_XANCP : 149- 159: ltgdr ApdTsaApatD laerf PTF1_XANCP : 274- 284: pqaqp AivGigAspgV aigiv PTF1_XANCP : 509- 519: eqdld AarThiAeqqA irere PTF1_XANCP : 526- 536: rerea AqrAlpAettD ghhid PTFA_ECOLI : 232- 242: dgeta AmlVsvAmndD qpiav PTFA_ECOLI : 357- 367: aqgad AeqAlkAigdA iaagl PTFA_HAEIN : 127- 137: taakl AkiTdvAefcA ilmge PTFA_HAEIN : 485- 495: eeaqq AidGigAvieS glge PTFA_SALTY : 30- 40: iaaal AqaGnvAggyV dgmla PTFA_SALTY : 357- 367: aqged AeqAlkAigdA iaagl PTHP_ALCEU : 20- 30: haras AklTqlAgnfV sqvkm PTHP_BACST : 65- 75: tikit AegAdaAeamA altdt PTHP_BACST : 70- 80: aegad AaeAmaAltdT lakeg PTHP_BACSU : 10- 20: tfkvt AdsGihArpaT vlvqt PTHP_BACSU : 59- 69: giakg AeiTisAsgaD endal PTHP_ECOLI : 20- 30: htrpa AqfVkeAkgfT seitv PTHP_ENTFA : 10- 20: efhiv AetGihArpaT llvqt PTHP_KLEPN : 20- 30: htrpa AqfVkeAkgfT seitv PTHP_MYCCA : 70- 80: adgnd AdqAiqAikqT midta PTHP_STAAU : 59- 69: gvgkd AeiTiyAdgsD esdai PTHP_STACA : 59- 69: gvgkd AeiTiyAdgsD eadai PTHP_STRMU : 10- 20: dfhiv AetGihArpaT llvqt PTHP_STRMU : 59- 69: gvgqg AdvTitAegaD addai PTHP_STRMU : 70- 80: aegad AddAiaAineT mtkeg PTHP_STRSA : 9- 19: vfhiv AetGihArpaT PTHP_STRSL : 10- 20: dfhiv AetGihArpaT llvqt PTHP_STRSL : 59- 69: gvgqg AdvTisAegaD addai PTHP_STRSL : 70- 80: aegad AddAivAiaeT mtkeg PTSH_HAEIN : 20- 30: htrpa AqfVkeAkafS seitv PTSO_ECOLI : 75- 85: pqeee AlaAviAlfnS gfded E 5: 11.5102 22( 19) H-x(1,2)-R-x(1,2)-A Occurences: 22(19) PTF1_RHOCA : 171- 175: gahgl Ha-Rp-A ttlvd PTF1_XANCP : 175- 179: ypsgl Ha-Rp-A trwae PTF1_XANCP : 290- 295: aigiv HrlRa-A qteva PTFA_ECOLI : 346- 352: gvkkg HrlRftA qgada PTFA_HAEIN : 300- 305: nehgl Ha-RpsA nlvne PTFA_HAEIN : 347- 353: gvtqg HrlRfvA egeda PTFA_HAEIN : 424- 429: neqgl Ha-RpsA ilvne PTFA_SALTY : 346- 352: gvkkg HrlRftA qgeda PTHP_ALCEU : 15- 20: nklgl Ha-RasA kltql PTHP_BACST : 15- 19: sdsgi Ha-Rp-A tilvq PTHP_BACSU : 15- 19: adsgi Ha-Rp-A tvlvq PTHP_ECOLI : 15- 19: apngl Ht-Rp-A aqfvk PTHP_ECOLI : 15- 20: apngl Ht-RpaA qfvke PTHP_ENTFA : 15- 19: aetgi Ha-Rp-A tllvq PTHP_KLEPN : 15- 19: apngl Ht-Rp-A aqfvk PTHP_KLEPN : 15- 20: apngl Ht-RpaA qfvke PTHP_MYCCA : 15- 19: dkvgl Ha-Rp-A svlak PTHP_STAAU : 15- 19: detgi Ha-Rp-A tmlvq PTHP_STACA : 15- 19: detgi Ha-Rp-A tmlvq PTHP_STRMU : 15- 19: aetgi Ha-Rp-A tllvq PTHP_STRSA : 14- 18: aetgi Ha-Rp-A t PTHP_STRSL : 15- 19: aetgi Ha-Rp-A tllvq PTSH_HAEIN : 15- 19: asngl Ht-Rp-A aqfvk PTSH_HAEIN : 15- 20: asngl Ht-RpaA qfvke PTSO_ECOLI : 16- 20: nklgm Ha-Rp-A mklfe F 6: 11.0102 40( 19) I-x(4,5)-G-x(0,2)-A Occurences: 40(19) PTF1_RHOCA : 135- 142: ldaav IvarltG--A aapva PTF1_RHOCA : 135- 143: ldaav IvarltGa-A apvaa PTF1_RHOCA : 135- 144: ldaav IvarltGaaA pvaap PTF1_RHOCA : 160- 167: dfaqg IdvvvtG--A hglha PTF1_RHOCA : 189- 195: gfaae Irirn-G--A kvang PTF1_RHOCA : 204- 211: ngksl IsllnlG--A 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