------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 21 sequences from file PTS_EIIB_CYS PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 21 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename PTS_EIIB_CYS.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: PTAA_ECOLI 648 PTAA_KLEPN 651 PTBA_BACSU 609 PTBA_ECOLI 625 PTBA_ERWCH 631 PTDA_ECOLI 485 PTGA_BACST 324 PTGA_BACSU 699 PTGA_STRPN 108 PTGB_ECOLI 477 PTGB_SALTY 477 PTIB_ECOLI 161 PTOA_ECOLI 530 PTSA_LACLA 40 PTSA_PEDPE 651 PTSA_STRMU 664 PTSB_BACSU 460 PTSB_KLEPN 456 PTSB_SALTY 456 PTSB_VIBAL 479 SACX_BACSU 459 Pratt run started at Thu Feb 6 20:56:24 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 25.0203 21( 21) C-x-T-R-L-R-x(4)-D 2: 20.8503 21( 21) T-R-L-R-x(4)-D 3: 16.6802 22( 21) R-L-R-x(4)-D 4: 12.5102 25( 21) L-R-x(4)-D 5: 12.0102 24( 21) R-x(0,1)-L-x(5)-D 6: 11.5102 36( 21) R-L-x(3,5)-D 7: 11.5102 47( 21) A-x(1,3)-I-x(4)-G 8: 11.5102 56( 21) A-x(0,2)-I-x(4)-G 9: 11.5102 62( 21) A-x(2,3)-L-x(2,3)-G 10: 11.0102 55( 21) L-x(3,4)-G-x(0,2)-V 11: 11.0102 68( 21) G-x(3,5)-I-x(1,2)-G 12: 11.0102 72( 21) A-x(1,2)-G-x(3,5)-I 13: 11.0102 80( 21) A-x(1,3)-G-x(3,4)-I 14: 11.0102 54( 21) I-x(0,2)-L-x(2,3)-G 15: 11.0102 43( 21) I-x(4,5)-G-x(2,4)-N 16: 11.0102 65( 21) A-x(1,2)-I-x(0,2)-L 17: 11.0102 54( 21) A-x(2,4)-I-x(4,5)-G 18: 10.5102 50( 21) G-x(0,2)-V-x(0,2)-I 19: 10.5102 105( 21) L-x(0,2)-L-x(1,3)-G 20: 10.5102 64( 21) A-x(0,2)-T-x(1,3)-L Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 29.6714 21( 21) C-x-T-R-L-R-[FILV]-x-[ILMV]-x-D B 2: 25.5014 21( 21) T-R-L-R-[FILV]-x-[ILMV]-x-D C 3: 21.3313 21( 21) R-L-R-[FILV]-x-[ILMV]-x-D D 4: 17.1613 21( 21) L-R-[FILV]-x-[ILMV]-x-D E 5: 17.1613 21( 21) R-L-x-[FILV]-x-[ILMV]-x-D F 6: 14.9048 23( 21) L-R-x(2)-[ILMV]-x-D G 7: 13.4017 40( 21) A-x(2,3)-L-x(2,3)-G-x(2)-[GNSTV] H 8: 12.5102 25( 21) L-R-x(4)-D I 9: 12.1613 65( 21) L-x(0,2)-L-x(1,3)-G-x(2)-[ADEGNS] J 10: 12.0102 24( 21) R-x(0,1)-L-x(5)-D K 11: 11.5102 36( 21) R-L-x(3,5)-D L 12: 11.5102 47( 21) A-x(1,3)-I-x(4)-G M 13: 11.5102 56( 21) A-x(0,2)-I-x(4)-G N 14: 11.0102 55( 21) L-x(3,4)-G-x(0,2)-V O 15: 11.0102 68( 21) G-x(3,5)-I-x(1,2)-G P 16: 11.0102 72( 21) A-x(1,2)-G-x(3,5)-I Q 17: 11.0102 80( 21) A-x(1,3)-G-x(3,4)-I R 18: 11.0102 54( 21) I-x(0,2)-L-x(2,3)-G S 19: 11.0102 43( 21) I-x(4,5)-G-x(2,4)-N T 20: 11.0102 65( 21) A-x(1,2)-I-x(0,2)-L Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 29.6714 21( 21) C-x-T-R-L-R-[FILV]-x-[ILMV]-x-D Occurences: 21(21) PTAA_ECOLI : 412- 422: kaida CiTRLRLtVaD sarvn PTAA_KLEPN : 412- 422: kaida CiTRLRLtVgD sakvn PTBA_BACSU : 26- 36: qrvih CmTRLRFnLhD nakad PTBA_ECOLI : 24- 34: vslmh CaTRLRFkLkD eskaq PTBA_ERWCH : 26- 36: isvih CaTRLRFkLrD ntnan PTDA_ECOLI : 28- 38: savth CmTRLRFvIkD dalid PTGA_BACST : 100- 110: ehlda CiTRLRVsVhD igrvd PTGA_BACSU : 461- 471: khlda CiTRLRVtVnD qkkvd PTGA_STRPN : 28- 38: vdvda CmTRLRVtVkD adkvg PTGB_ECOLI : 421- 431: tnlda CiTRLRVsVaD vskvd PTGB_SALTY : 421- 431: tnlda CiTRLRVsVaD vakvd PTIB_ECOLI : 92- 102: ssinn CaTRLRIaLhD msqtl PTOA_ECOLI : 471- 481: vsldn CiTRLRLsVkD mslvn PTSA_LACLA : 25- 35: qgarh CaTRLRLvLkD tgvid PTSA_PEDPE : 25- 35: qaaah CaTRLRLvIkD eskid PTSA_STRMU : 25- 35: vaaah CaTRLRLvLkD dskvd PTSB_BACSU : 26- 36: isaah CaTRLRLvMkD eskid PTSB_KLEPN : 26- 36: asaah CaTRLRLvLvD dalad PTSB_SALTY : 26- 36: asaah CaTRLRLvLvD dslad PTSB_VIBAL : 26- 36: talah CaTRLRLaVaD eqkid SACX_BACSU : 25- 35: isish CtTRLRFdVkD etkid B 2: 25.5014 21( 21) T-R-L-R-[FILV]-x-[ILMV]-x-D Occurences: 21(21) PTAA_ECOLI : 414- 422: idaci TRLRLtVaD sarvn PTAA_KLEPN : 414- 422: idaci TRLRLtVgD sakvn PTBA_BACSU : 28- 36: vihcm TRLRFnLhD nakad PTBA_ECOLI : 26- 34: lmhca TRLRFkLkD eskaq PTBA_ERWCH : 28- 36: vihca TRLRFkLrD ntnan PTDA_ECOLI : 30- 38: vthcm TRLRFvIkD dalid PTGA_BACST : 102- 110: ldaci TRLRVsVhD igrvd PTGA_BACSU : 463- 471: ldaci TRLRVtVnD qkkvd PTGA_STRPN : 30- 38: vdacm TRLRVtVkD adkvg PTGB_ECOLI : 423- 431: ldaci TRLRVsVaD vskvd PTGB_SALTY : 423- 431: ldaci TRLRVsVaD vakvd PTIB_ECOLI : 94- 102: innca TRLRIaLhD msqtl PTOA_ECOLI : 473- 481: ldnci TRLRLsVkD mslvn PTSA_LACLA : 27- 35: arhca TRLRLvLkD tgvid PTSA_PEDPE : 27- 35: aahca TRLRLvIkD eskid PTSA_STRMU : 27- 35: aahca TRLRLvLkD dskvd PTSB_BACSU : 28- 36: aahca TRLRLvMkD eskid PTSB_KLEPN : 28- 36: aahca TRLRLvLvD dalad PTSB_SALTY : 28- 36: aahca TRLRLvLvD dslad PTSB_VIBAL : 28- 36: lahca TRLRLaVaD eqkid SACX_BACSU : 27- 35: ishct TRLRFdVkD etkid C 3: 21.3313 21( 21) R-L-R-[FILV]-x-[ILMV]-x-D Occurences: 21(21) PTAA_ECOLI : 415- 422: dacit RLRLtVaD sarvn PTAA_KLEPN : 415- 422: dacit RLRLtVgD sakvn PTBA_BACSU : 29- 36: ihcmt RLRFnLhD nakad PTBA_ECOLI : 27- 34: mhcat RLRFkLkD eskaq PTBA_ERWCH : 29- 36: ihcat RLRFkLrD ntnan PTDA_ECOLI : 31- 38: thcmt RLRFvIkD dalid PTGA_BACST : 103- 110: dacit RLRVsVhD igrvd PTGA_BACSU : 464- 471: dacit RLRVtVnD qkkvd PTGA_STRPN : 31- 38: dacmt RLRVtVkD adkvg PTGB_ECOLI : 424- 431: dacit RLRVsVaD vskvd PTGB_SALTY : 424- 431: dacit RLRVsVaD vakvd PTIB_ECOLI : 95- 102: nncat RLRIaLhD msqtl PTOA_ECOLI : 474- 481: dncit RLRLsVkD mslvn PTSA_LACLA : 28- 35: rhcat RLRLvLkD tgvid PTSA_PEDPE : 28- 35: ahcat RLRLvIkD eskid PTSA_STRMU : 28- 35: ahcat RLRLvLkD dskvd PTSB_BACSU : 29- 36: ahcat RLRLvMkD eskid PTSB_KLEPN : 29- 36: ahcat RLRLvLvD dalad PTSB_SALTY : 29- 36: ahcat RLRLvLvD dslad PTSB_VIBAL : 29- 36: ahcat RLRLaVaD eqkid SACX_BACSU : 28- 35: shctt RLRFdVkD etkid D 4: 17.1613 21( 21) L-R-[FILV]-x-[ILMV]-x-D Occurences: 21(21) PTAA_ECOLI : 416- 422: acitr LRLtVaD sarvn PTAA_KLEPN : 416- 422: acitr LRLtVgD sakvn PTBA_BACSU : 30- 36: hcmtr LRFnLhD nakad PTBA_ECOLI : 28- 34: hcatr LRFkLkD eskaq PTBA_ERWCH : 30- 36: hcatr LRFkLrD ntnan PTDA_ECOLI : 32- 38: hcmtr LRFvIkD dalid PTGA_BACST : 104- 110: acitr LRVsVhD igrvd PTGA_BACSU : 465- 471: acitr LRVtVnD qkkvd PTGA_STRPN : 32- 38: acmtr LRVtVkD adkvg PTGB_ECOLI : 425- 431: acitr LRVsVaD vskvd PTGB_SALTY : 425- 431: acitr LRVsVaD vakvd PTIB_ECOLI : 96- 102: ncatr LRIaLhD msqtl PTOA_ECOLI : 475- 481: ncitr LRLsVkD mslvn PTSA_LACLA : 29- 35: hcatr LRLvLkD tgvid PTSA_PEDPE : 29- 35: hcatr LRLvIkD eskid PTSA_STRMU : 29- 35: hcatr LRLvLkD dskvd PTSB_BACSU : 30- 36: hcatr LRLvMkD eskid PTSB_KLEPN : 30- 36: hcatr LRLvLvD dalad PTSB_SALTY : 30- 36: hcatr LRLvLvD dslad PTSB_VIBAL : 30- 36: hcatr LRLaVaD eqkid SACX_BACSU : 29- 35: hcttr LRFdVkD etkid E 5: 17.1613 21( 21) R-L-x-[FILV]-x-[ILMV]-x-D Occurences: 21(21) PTAA_ECOLI : 415- 422: dacit RLrLtVaD sarvn PTAA_KLEPN : 415- 422: dacit RLrLtVgD sakvn PTBA_BACSU : 29- 36: ihcmt RLrFnLhD nakad PTBA_ECOLI : 27- 34: mhcat RLrFkLkD eskaq PTBA_ERWCH : 29- 36: ihcat RLrFkLrD ntnan PTDA_ECOLI : 31- 38: thcmt RLrFvIkD dalid PTGA_BACST : 103- 110: dacit RLrVsVhD igrvd PTGA_BACSU : 464- 471: dacit RLrVtVnD qkkvd PTGA_STRPN : 31- 38: dacmt RLrVtVkD adkvg PTGB_ECOLI : 424- 431: dacit RLrVsVaD vskvd PTGB_SALTY : 424- 431: dacit RLrVsVaD vakvd PTIB_ECOLI : 95- 102: nncat RLrIaLhD msqtl PTOA_ECOLI : 474- 481: dncit RLrLsVkD mslvn PTSA_LACLA : 28- 35: rhcat RLrLvLkD tgvid PTSA_PEDPE : 28- 35: ahcat RLrLvIkD eskid PTSA_STRMU : 28- 35: ahcat RLrLvLkD dskvd PTSB_BACSU : 29- 36: ahcat RLrLvMkD eskid PTSB_KLEPN : 29- 36: ahcat RLrLvLvD dalad PTSB_SALTY : 29- 36: ahcat RLrLvLvD dslad PTSB_VIBAL : 29- 36: ahcat RLrLaVaD eqkid SACX_BACSU : 28- 35: shctt RLrFdVkD etkid F 6: 14.9048 23( 21) L-R-x(2)-[ILMV]-x-D Occurences: 23(21) PTAA_ECOLI : 416- 422: acitr LRltVaD sarvn PTAA_KLEPN : 416- 422: acitr LRltVgD sakvn PTBA_BACSU : 30- 36: hcmtr LRfnLhD nakad PTBA_ECOLI : 28- 34: hcatr LRfkLkD eskaq PTBA_ERWCH : 30- 36: hcatr LRfkLrD ntnan PTDA_ECOLI : 32- 38: hcmtr LRfvIkD dalid PTGA_BACST : 104- 110: acitr LRvsVhD igrvd PTGA_BACSU : 465- 471: acitr LRvtVnD qkkvd PTGA_STRPN : 32- 38: acmtr LRvtVkD adkvg PTGB_ECOLI : 425- 431: acitr LRvsVaD vskvd PTGB_SALTY : 425- 431: acitr LRvsVaD vakvd PTIB_ECOLI : 96- 102: ncatr LRiaLhD msqtl PTOA_ECOLI : 475- 481: ncitr LRlsVkD mslvn PTSA_LACLA : 29- 35: hcatr LRlvLkD tgvid PTSA_PEDPE : 29- 35: hcatr LRlvIkD eskid PTSA_STRMU : 29- 35: hcatr LRlvLkD dskvd PTSB_BACSU : 30- 36: hcatr LRlvMkD eskid PTSB_KLEPN : 30- 36: hcatr LRlvLvD dalad PTSB_KLEPN : 237- 243: mvekr LRrvIpD aldli PTSB_SALTY : 30- 36: hcatr LRlvLvD dslad PTSB_SALTY : 237- 243: ivekq LRraIpD aldli PTSB_VIBAL : 30- 36: hcatr LRlaVaD eqkid SACX_BACSU : 29- 35: hcttr LRfdVkD etkid G 7: 13.4017 40( 21) A-x(2,3)-L-x(2,3)-G-x(2)-[GNSTV] Occurences: 40(21) PTAA_ECOLI : 169- 178: ewivs Aga-Lgs-GifG finrl PTAA_KLEPN : 169- 178: ewivs Aga-Lgs-GifG finrl PTAA_KLEPN : 629- 639: sddys AlviLas-GkvV agqtp PTBA_BACSU : 285- 294: haglv Ami-Lla-GtfS liimt PTBA_BACSU : 324- 334: dyllp Amf-LanmGqaG asfav PTBA_BACSU : 380- 389: lkkpf Aaa-Lig-GaaG gafyg PTBA_BACSU : 527- 537: tsdqg Aei-LihiGldT vkleg PTBA_ECOLI : 198- 208: gqkad Alg-LdflGipV tllny PTBA_ERWCH : 548- 558: asrgg Aev-LihvGidT vrldg PTDA_ECOLI : 131- 141: mvkll Ami-LemsGvlT kgspt PTGA_BACST : 124- 134: lkalg AagvLev-GnnV qaifg PTGA_BACST : 125- 134: kalga Agv-Lev-GnnV qaifg PTGA_BACSU : 80- 89: favgv Aig-Lan-GdgV agiaa PTGA_STRPN : 53- 63: wkaeg Amg-LvmkGqgV qaiyg PTGB_ECOLI : 26- 36: svlpi AgilLgv-GsaN fswlp PTGB_ECOLI : 26- 36: svlpi Agi-LlgvGsaN fswlp PTGB_ECOLI : 109- 120: paeei AskhLadtGvlG giisg PTGB_SALTY : 26- 36: svlpi AgilLgv-GsaN fswlp 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