------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 19 sequences from file PTS_EIIA_2 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 19 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename PTS_EIIA_2.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: PTF1_RHOCA 827 PTF1_XANCP 837 PTFA_ECOLI 376 PTFA_HAEIN 499 PTFA_SALTY 376 PTMA_BACSU 610 PTMA_ECOLI 637 PTMA_ENTFA 145 PTMA_STACA 143 PTMA_STRMU 145 PTSN_BRAJA 90 PTSN_ECOLI 163 PTSN_HAEIN 164 PTSN_KLEPN 162 PTSN_PSEPU 89 PTVA_ECOLI 148 PTYA_ECOLI 147 YJFU_ECOLI 158 YJHL_ECOLI 143 Pratt run started at Thu Feb 6 20:56:23 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 11.5102 42( 19) G-x(1,3)-A-x-P 2: 11.0102 49( 19) G-x(1,3)-A-x(0,1)-P 3: 11.0102 38( 19) G-x(3,5)-A-x(0,1)-P 4: 8.3401 70( 19) L-L 5: 8.3401 118( 19) A-x(3)-A 6: 8.3401 48( 19) A-x-P 7: 8.3401 60( 19) G-x-A 8: 8.3401 64( 19) V-x(4)-A 9: 7.8401 72( 19) A-x(0,1)-P 10: 7.8401 163( 19) L-x(1,2)-A 11: 7.8401 166( 19) L-x(0,1)-A 12: 7.8401 122( 19) L-x(1,2)-L 13: 7.8401 114( 19) L-x(0,1)-L 14: 7.8401 172( 19) L-x(3,4)-A 15: 7.8401 157( 19) L-x(2,3)-A 16: 7.8401 106( 19) A-x(3,4)-E 17: 7.8401 120( 19) V-x(0,1)-A 18: 7.8401 115( 19) A-x(1,2)-V 19: 7.8401 121( 19) G-x(1,2)-A 20: 7.8401 123( 19) A-x(0,1)-I Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 19.8960 31( 19) G-x(1,3)-A-[ILMV]-P-[HK]-[ACG] B 2: 17.0014 31( 19) G-x(1,3)-A-x(0,1)-P-[HK]-[ACG] C 3: 16.7260 19( 19) A-[ILMV]-P-[HK]-[ACG] D 4: 11.0102 38( 19) G-x(3,5)-A-x(0,1)-P E 5: 11.0019 33( 19) G-[ILV]-A F 6: 10.5157 26( 19) A-x(0,1)-P-[EHK] G 7: 10.4870 59( 19) L-x(3,4)-A-x(3)-[ADE] H 8: 10.4618 45( 19) G-x(1,2)-A-x-[IPV] I 9: 10.0536 75( 19) L-x(1,2)-A-x(2)-[ADGV] J 10: 9.7636 77( 19) L-x(0,1)-A-x-[AGILP] K 11: 9.7636 63( 19) A-x(0,1)-I-[AGILP] L 12: 9.2609 80( 19) L-x(1,2)-L-x-[ADENQST] M 13: 9.2607 86( 19) L-x(2,3)-A-x(3)-[ADEGNST] N 14: 8.3401 70( 19) L-L O 15: 8.3401 118( 19) A-x(3)-A P 16: 8.3401 64( 19) V-x(4)-A Q 17: 7.8401 114( 19) L-x(0,1)-L R 18: 7.8401 106( 19) A-x(3,4)-E S 19: 7.8401 120( 19) V-x(0,1)-A T 20: 7.8401 115( 19) A-x(1,2)-V Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 19.8960 31( 19) G-x(1,3)-A-[ILMV]-P-[HK]-[ACG] Occurences: 31(19) PTF1_RHOCA : 55- 63: antfl GngiAIPHG lpqdr PTF1_RHOCA : 57- 63: tflgn 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