------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 38 sequences from file PROTAMINE_P1 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 38 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename PROTAMINE_P1.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: HSP1_ALOSE 51 HSP1_ANTST 63 HSP1_ANTSW 61 HSP1_BOVIN 50 HSP1_CAEFU 60 HSP1_CAVPO 47 HSP1_DASRO 62 HSP1_DASVI 60 HSP1_DIDMA 57 HSP1_DROAU 63 HSP1_GORGO 50 HSP1_HORSE 49 HSP1_HUMAN 50 HSP1_HYLLA 50 HSP1_MACAG 60 HSP1_MACEU 61 HSP1_MACGI 60 HSP1_MACRG 61 HSP1_MACRU 59 HSP1_MOUSE 50 HSP1_MURLO 62 HSP1_NOTTY 60 HSP1_ORCOR 46 HSP1_ORNAN 60 HSP1_PANPA 49 HSP1_PANTR 50 HSP1_PIG 49 HSP1_PONPY 50 HSP1_PSECU 68 HSP1_RABIT 49 HSP1_RAT 50 HSP1_SAGIM 49 HSP1_SARHA 61 HSP1_SHEEP 50 HSP1_TACAC 68 HSP1_TRIVU 61 HSP_CHICK 61 HSP_COTJA 56 Pratt run started at Thu Feb 6 20:51:27 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 24.0203 129( 38) R-R-R-x-R-x(2,4)-R-R 2: 24.0203 160( 38) R-x(3)-R-R-x-R-x(2,4)-R-R 3: 24.0203 116( 38) R-x(5)-R-R-R-x-R-x(3,5)-R 4: 23.5203 157( 38) R-x(2)-R-x(2)-R-R-x(2,4)-R-x(3,4)-R 5: 23.5203 193( 38) R-x(2)-R-R-x(1,2)-R-x(2,4)-R-R 6: 23.5203 135( 38) R-x(4,5)-S-x(0,2)-R-x(2)-R-x-R-x(4)-R 7: 23.5203 92( 38) R-x-R-x(4,5)-S-x(0,2)-R-x(4)-R-x(5)-R 8: 20.8503 127( 38) R-x(2)-R-x-R-R-R 9: 20.3503 164( 38) R-x(2)-R-R-x(3,4)-R-R 10: 20.3503 213( 38) R-x(5)-R-R-x(3,4)-R-R 11: 20.3503 187( 38) R-R-R-x-R-x(0,1)-R 12: 20.3503 207( 38) R-x(3)-R-R-R-x(0,1)-R 13: 20.3503 191( 38) R-x(3)-R-R-x-R-x(3,4)-R 14: 19.8503 209( 38) R-x(3)-R-R-x(4)-R-x(0,2)-R 15: 19.8503 263( 38) R-x(2)-R-x(3)-R-x(0,1)-R-x(4,5)-R 16: 19.8503 248( 38) R-x(2)-R-R-x(1,2)-R-x(0,1)-R 17: 19.8503 258( 38) R-R-x-R-x(0,1)-R-x(0,1)-R 18: 19.8503 142( 38) S-R-x(1,2)-R-x(0,1)-R-x-R 19: 19.8503 102( 38) S-x(5)-R-x(0,1)-R-x(2,3)-R-x(3)-R 20: 19.8503 70( 38) R-x(4,5)-S-x-S-x(2,3)-R-x(2)-R Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 30.4588 66( 38) S-R-x(4)-R-x(0,1)-R-x(2,3)-R-[RS]-[RS]-x-R B 2: 26.6912 73( 38) R-x-R-x(4,5)-S-x(0,2)-R-x(4)-R-[QR]-x(4)-R C 3: 26.6616 83( 38) R-x(2)-[QRS]-x(2)-R-R-R-x-R-x(3,5)-R D 4: 25.7107 165( 38) R-x(2)-R-x(2)-[RS]-R-x(0,1)-R-x(4,5)-R-[QRS] E 5: 24.0203 129( 38) R-R-R-x-R-x(2,4)-R-R F 6: 24.0203 160( 38) R-x(3)-R-R-x-R-x(2,4)-R-R G 7: 23.5695 146( 38) R-x(2)-[RS]-x(2)-R-R-x(3,4)-R-R H 8: 23.5203 157( 38) R-x(2)-R-x(2)-R-R-x(2,4)-R-x(3,4)-R I 9: 23.5203 193( 38) R-x(2)-R-R-x(1,2)-R-x(2,4)-R-R J 10: 23.5203 135( 38) R-x(4,5)-S-x(0,2)-R-x(2)-R-x-R-x(4)-R K 11: 23.0695 150( 38) R-x(2)-[RS]-R-R-x(4)-R-x(0,2)-R L 12: 23.0211 68( 38) R-x(4,5)-S-x-S-x(2,3)-R-x(2)-R-[QR] M 13: 22.9915 138( 38) R-x(2)-R-R-x(3,4)-R-R-[QRS] N 14: 22.5697 143( 38) R-R-R-x-R-x(0,1)-R-x(2)-[NQRS] O 15: 20.8503 127( 38) R-x(2)-R-x-R-R-R P 16: 20.3503 207( 38) R-x(3)-R-R-R-x(0,1)-R Q 17: 20.3503 191( 38) R-x(3)-R-R-x-R-x(3,4)-R R 18: 19.8503 248( 38) R-x(2)-R-R-x(1,2)-R-x(0,1)-R S 19: 19.8503 258( 38) R-R-x-R-x(0,1)-R-x(0,1)-R T 20: 19.8503 142( 38) S-R-x(1,2)-R-x(0,1)-R-x-R Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 30.4588 66( 38) S-R-x(4)-R-x(0,1)-R-x(2,3)-R-[RS]-[RS]-x-R Occurences: 66(38) HSP1_ALOSE : 12- 28: rsrsl SRsrcyRqRprcRRRrR rscrr HSP1_ALOSE : 14- 29: rslsr SRcyrqRpRcr-RRRrR scrrp HSP1_ANTST : 11- 25: hsrsr SRsryrR-Rrr-RRRsR hhnrr HSP1_ANTST : 24- 38: rrrrr SRhhnrR-Rty-RRSrR hsrrr HSP1_ANTSW : 11- 26: hsrsr SRsryrRrRrr-RSRgR rrrty HSP1_ANTSW : 11- 26: hsrsr SRsryrR-RrrrRSRgR rrrty HSP1_BOVIN : 12- 27: lthsg SRcrrrRrRrc-RRRrR rfgrr HSP1_BOVIN : 12- 27: lthsg SRcrrrR-RrrcRRRrR rfgrr HSP1_BOVIN : 12- 28: lthsg SRcrrrRrRrcrRRRrR fgrrr HSP1_CAEFU : 10- 24: hsrsr SRsryrR-Rrr-RRRsR yrsrr HSP1_CAEFU : 10- 26: hsrsr SRsryrRrRrrrRSRyR srrrr HSP1_CAEFU : 12- 26: rsrsr SRyrrrR-Rrr-RSRyR srrrr HSP1_CAEFU : 23- 37: rrrrr SRyrsrR-Rry-RRSrR rrrrg HSP1_CAEFU : 23- 38: rrrrr SRyrsrRrRyr-RSRrR rrrgr HSP1_CAEFU : 23- 38: rrrrr SRyrsrR-RryrRSRrR rrrgr HSP1_CAEFU : 27- 41: rsryr SRrrryR-Rsr-RRRrR grrrg HSP1_CAVPO : 12- 27: rspsr SRcrrrRrRfy-RRRrR chrrr HSP1_CAVPO : 12- 27: rspsr SRcrrrR-RrfyRRRrR chrrr HSP1_DASRO : 11- 26: hsrsr SRsryrRrRrr-RSRhR nrrrt HSP1_DASRO : 11- 26: hsrsr SRsryrR-RrrrRSRhR nrrrt HSP1_DASRO : 23- 37: rrrrr SRhrnrR-Rty-RRSrR hsrrr HSP1_DASVI : 11- 26: rsrsr SRsryrRrRrr-RSRgR rrrty HSP1_DASVI : 11- 26: rsrsr SRsryrR-RrrrRSRgR rrrty HSP1_DIDMA : 11- 25: rsrsr SRsrygR-Rrr-RSRsR rrrsr HSP1_DIDMA : 11- 27: rsrsr SRsrygRrRrrsRSRrR rsrrr HSP1_DIDMA : 13- 27: rsrsr SRygrrR-Rrs-RSRrR rsrrr HSP1_DIDMA : 22- 38: rrrrr SRsrrrRsRrrrRRRgR rgrgy HSP1_DIDMA : 24- 38: rrrsr SRrrrsR-Rrr-RRRgR rgrgy HSP1_DROAU : 44- 60: rrrrg SRrgysRrRyqsRRRrR rry HSP1_GORGO : 10- 26: ccrsq SRsrcyRqRqtsRRRrR rscqt HSP1_HORSE : 12- 27: rsqsq SRcrrrRrRrc-RRRrR rsvrq HSP1_HORSE : 12- 27: rsqsq SRcrrrR-RrrcRRRrR rsvrq HSP1_HORSE : 12- 28: rsqsq SRcrrrRrRrcrRRRrR svrqr HSP1_HUMAN : 10- 26: ccrsq SRsryyRqRqrsRRRrR rscqt HSP1_HUMAN : 12- 27: rsqsr SRyyrqRqRsr-RRRrR scqtr HSP1_HYLLA : 10- 24: ccrsq SRsrcyR-Rgq-RSRrR rrrsc HSP1_MACAG : 10- 25: hsrsr SRsryrRrRrr-RSRyR srrrr HSP1_MACAG : 10- 25: hsrsr SRsryrR-RrrrRSRyR srrrr HSP1_MACAG : 22- 38: rrrrr SRyrsrRrRsrgRRRrR srrgr HSP1_MACAG : 26- 41: rsryr SRrrrsRgRrr-RRSrR grrrg HSP1_MACEU : 10- 25: hsrsr SRsryrRrRrr-RSRyR srrrr HSP1_MACEU : 10- 25: hsrsr SRsryrR-RrrrRSRyR srrrr HSP1_MACEU : 22- 38: rrrrr SRyrsrRrRsrgRRRrR srrgr HSP1_MACEU : 26- 41: rsryr SRrrrsRgRrr-RRSrR grrrr HSP1_MACGI : 10- 25: hsrsr SRsryrRrRrr-RSRyR srrrr HSP1_MACGI : 10- 25: hsrsr SRsryrR-RrrrRSRyR srrrr HSP1_MACGI : 22- 38: rrrrr SRyrsrRrRyrgRRRrR srrgr HSP1_MACGI : 26- 41: rsryr SRrrryRgRrr-RRSrR grrrr HSP1_MACRG : 10- 25: hsrsr SRsryrRrRrr-RSRyR srrrr HSP1_MACRG : 10- 25: hsrsr SRsryrR-RrrrRSRyR srrrr HSP1_MACRG : 22- 38: rrrrr SRyrsrRrRyrgRRRrR srrgr HSP1_MACRG : 26- 41: rsryr SRrrryRgRrr-RRSrR grrrr HSP1_MACRU : 10- 25: hsrsr SRsryrRrRrr-RSRyR sqrrr HSP1_MACRU : 10- 25: hsrsr SRsryrR-RrrrRSRyR sqrrr HSP1_MACRU : 22- 38: rrrrr SRyrsqRrRyrgRRRrR srrgr HSP1_MOUSE : 10- 26: ccrsk SRsrcrRrRrrcRRRrR rccrr HSP1_MOUSE : 12- 26: rsksr SRcrrrR-Rrc-RRRrR rccrr HSP1_MOUSE : 12- 27: rsksr SRcrrrRrRcr-RRRrR ccrrr HSP1_MOUSE : 12- 27: rsksr SRcrrrR-RrcrRRRrR ccrrr HSP1_MURLO : 23- 37: rrrrr SRhhnrR-Rty-RRSrR hsrrr HSP1_NOTTY : 10- 25: hsrsr SRsryrRrRrr-RSRyR sqrrr HSP1_NOTTY : 10- 25: hsrsr SRsryrR-RrrrRSRyR sqrrr HSP1_ORCOR : 11- 25: rspsq SRcrrpR-Rrc-RRRiR ccrrq HSP1_ORNAN : 41- 55: rrrgr SRrrkgR-Rsr-RSSrR srrrn HSP1_PANPA : 10- 25: ccrsq SRsrcyRqRrs-RRRkR qscqt HSP1_PANTR : 10- 26: ccrsq SRsrcyRqRqrsRRRkR qscqt HSP1_PIG : 12- 26: rshsr SRcrprR-Rrc-RRRrR rccpr HSP1_PIG : 12- 27: rshsr SRcrprRrRcr-RRRrR ccprr HSP1_PIG : 12- 27: rshsr SRcrprR-RrcrRRRrR ccprr HSP1_PONPY : 12- 27: rsqsq SRccrrRqRch-RRRrR ccqtr HSP1_PSECU : 10- 24: hsrsr SRsryrR-Rrr-RRRsR yrgrr HSP1_PSECU : 10- 26: hsrsr SRsryrRrRrrrRSRyR grrrr HSP1_PSECU : 12- 26: rsrsr SRyrrrR-Rrr-RSRyR grrrr HSP1_PSECU : 23- 37: rrrrr SRyrgrR-Rry-RRSrR rrrrg HSP1_PSECU : 23- 38: rrrrr SRyrgrRrRyr-RSRrR rrrgr HSP1_PSECU : 23- 38: rrrrr SRyrgrR-RryrRSRrR rrrgr HSP1_RABIT : 10- 26: ccrsq SRsrcrRrRrrcRRRrR rccqr HSP1_RABIT : 12- 26: rsqsr SRcrrrR-Rrc-RRRrR rccqr HSP1_RABIT : 12- 27: rsqsr SRcrrrRrRcr-RRRrR ccqrr HSP1_RABIT : 12- 27: rsqsr SRcrrrR-RrcrRRRrR ccqrr HSP1_RAT : 10- 26: ccrsk SRsrcrRrRrrcRRRrR rccrr HSP1_RAT : 12- 26: rsksr SRcrrrR-Rrc-RRRrR rccrr HSP1_RAT : 12- 27: rsksr SRcrrrRrRcr-RRRrR ccrrr HSP1_RAT : 12- 27: rsksr SRcrrrR-RrcrRRRrR ccrrr HSP1_SAGIM : 10- 26: ccrsq SRsrcyRqRrrgRRRrR rtcrr HSP1_SAGIM : 12- 26: rsqsr SRcyrqR-Rrg-RRRrR rtcrr HSP1_SAGIM : 12- 27: rsqsr SRcyrqRrRgr-RRRrR tcrrr HSP1_SAGIM : 12- 27: rsqsr SRcyrqR-RrgrRRRrR tcrrr HSP1_SARHA : 11- 26: rsrsr SRsryrRrRrr-RSRgR rrrty HSP1_SARHA : 11- 26: rsrsr SRsryrR-RrrrRSRgR rrrty HSP1_SHEEP : 12- 27: lthsr SRcrrrRrRrc-RRRrR rfgrr HSP1_SHEEP : 12- 27: lthsr SRcrrrR-RrrcRRRrR rfgrr HSP1_SHEEP : 12- 28: lthsr SRcrrrRrRrcrRRRrR fgrrr HSP1_TACAC : 47- 61: rgrgk SRrrrgR-Rsm-RSSrR rrrrr HSP1_TRIVU : 10- 24: hsrsr SRsryrR-Rrr-RRRsR yrsrr HSP1_TRIVU : 10- 26: hsrsr SRsryrRrRrrrRSRyR srrrr HSP1_TRIVU : 12- 26: rsrsr SRyrrrR-Rrr-RSRyR srrrr HSP1_TRIVU : 23- 37: rrrrr SRyrsrR-Rry-RRSrR rrrrg HSP1_TRIVU : 23- 38: rrrrr SRyrsrRrRyr-RSRrR rrrgr HSP1_TRIVU : 23- 38: rrrrr SRyrsrR-RryrRSRrR rrrgr HSP1_TRIVU : 27- 41: rsryr SRrrryR-Rsr-RRRrR grrrr HSP_CHICK : 10- 24: rsrtr SRsprsR-Rrr-RRSgR rrspr HSP_COTJA : 10- 25: rtrtr SRsrrrR-RsrrRRSsR rrryg B 2: 26.6912 73( 38) R-x-R-x(4,5)-S-x(0,2)-R-x(4)-R-[QR]-x(4)-R Occurences: 73(38) HSP1_ALOSE : 2- 24: a RyRccrsrSlsRsrcyRQrprcR rrrrr HSP1_ANTST : 2- 23: a RyRrhsr-SrsRsryrRRrrrrR srhhn HSP1_ANTST : 29- 48: srhhn RrRtyrr-S--RrhsrRRrgrrR gysrr HSP1_ANTSW : 26- 46: rrsrg RrRrtyrrS--RrhsrRRrgrrR gysrr HSP1_ANTSW : 27- 46: rsrgr RrRtyrr-S--RrhsrRRrgrrR gysrr HSP1_BOVIN : 2- 24: a RyRcclthSgsRcrrrRRrrcrR rrrrf HSP1_CAEFU : 2- 22: a RyRhsrsrS--RsryrRRrrrrR sryrs HSP1_CAEFU : 2- 24: a RyRhsrsrSrsRyrrrRRrrrsR yrsrr HSP1_CAEFU : 19- 39: yrrrr RrRrsryrS--RrrryRRsrrrR rrgrr HSP1_CAEFU : 20- 39: rrrrr RrRsryr-S--RrrryRRsrrrR rrgrr HSP1_CAEFU : 28- 49: sryrs RrRryrr-SrrRrrrgRRrgysR rrysr HSP1_CAVPO : 2- 24: a RyRccrspSrsRcrrrRRrfyrR rrrch HSP1_DASRO : 28- 47: srhrn RrRtyrr-S--RrhsrRRrgrrR gysrr HSP1_DASVI : 6- 27: aryrr RsRsrsr-SryRrrrrRRsrgrR rrtyr HSP1_DASVI : 26- 46: rrsrg RrRrtyrrS--RrhsrRRrgrrR gysrr HSP1_DASVI : 27- 46: rsrgr RrRtyrr-S--RrhsrRRrgrrR gysrr HSP1_DIDMA : 2- 23: a RyRrrsr-SrsRsrygRRrrrsR srrrr HSP1_DIDMA : 4- 23: ary RrRsrsr-S--RsrygRRrrrsR srrrr HSP1_DIDMA : 4- 25: ary RrRsrsr-SrsRygrrRRrsrsR rrrsr HSP1_DIDMA : 6- 25: aryrr RsRsrsr-S--RygrrRRrsrsR rrrsr HSP1_DIDMA : 17- 36: rsryg RrRrrsr-S--RrrrsRRrrrrR grrgr HSP1_DIDMA : 17- 38: rsryg RrRrrsr-SrrRrsrrRRrrrgR rgrgy HSP1_DIDMA : 21- 41: grrrr RsRsrrrrS--RrrrrRRgrrgR gyhrr HSP1_DROAU : 26- 45: rrlrn RrRryrr-S--RrgrrRRrrgsR rgysr HSP1_DROAU : 26- 46: rrlrn RrRryrr-Sr-RgrrrRRrgsrR gysrr HSP1_DROAU : 37- 56: rsrrg RrRrrrg-S--RrgysRRryqsR rrrrr HSP1_DROAU : 37- 57: rsrrg RrRrrrg-Sr-RgysrRRyqsrR rrrrr HSP1_GORGO : 2- 22: a RyRccrsqS--RsrcyRQrqtsR rrrrr HSP1_GORGO : 2- 24: a RyRccrsqSrsRcyrqRQtsrrR rrrsc HSP1_HORSE : 2- 24: a RyRccrsqSqsRcrrrRRrrcrR rrrrs HSP1_HUMAN : 2- 22: a RyRccrsqS--RsryyRQrqrsR rrrrr HSP1_HUMAN : 2- 24: a RyRccrsqSrsRyyrqRQrsrrR rrrsc HSP1_HYLLA : 2- 22: a RyRccrsqS--RsrcyRRgqrsR rrrrr HSP1_MACAG 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