------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 26 sequences from file PROFILIN PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 26 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename PROFILIN.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: PRO1_ACACA 125 PRO1_BOVIN 139 PRO1_DICDI 126 PRO1_HUMAN 139 PRO1_MAIZE 131 PRO1_MOUSE 139 PRO1_PHYPO 124 PRO1_STRPU 141 PRO2_ACACA 125 PRO2_BOVIN 111 PRO2_DICDI 124 PRO2_HUMAN 139 PRO2_MAIZE 131 PRO2_PHYPO 124 PRO3_MAIZE 131 PROF_ANTCR 139 PROF_BETVE 133 PROF_CLYJA 139 PROF_DROME 126 PROF_PHLPR 131 PROF_SCHPO 127 PROF_TETPY 153 PROF_TOBAC 134 PROF_VACCV 133 PROF_VARV 133 PROF_YEAST 126 Pratt run started at Thu Feb 6 20:50:59 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 7.8401 87( 26) L-x(3,4)-G 2: 7.8401 57( 26) V-x(2,3)-K 3: 7.8401 50( 26) L-x(4,5)-G 4: 7.8401 65( 26) A-x(0,1)-V 5: 7.8401 82( 26) A-x(3,4)-G 6: 7.8401 54( 26) T-x(4,5)-G 7: 7.8401 58( 26) K-x(4,5)-I 8: 7.8401 74( 26) L-x(0,1)-G 9: 7.8401 44( 26) L-x(1,2)-A 10: 7.8401 53( 26) L-x(0,1)-A 11: 7.8401 93( 26) L-x(2,3)-G 12: 7.3401 54( 26) L-x(1,3)-D 13: 7.3401 71( 26) A-x(1,3)-L 14: 7.3401 91( 26) A-x(2,4)-A 15: 7.3401 57( 26) L-x(1,3)-A 16: 7.3401 40( 26) G-x(0,2)-N 17: 7.3401 97( 26) V-x(1,3)-G 18: 7.3401 92( 26) V-x(3,5)-G 19: 7.3401 115( 26) G-x(3,5)-V 20: 7.3401 102( 26) G-x(2,4)-V Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 10.0808 45( 26) V-x(2,3)-K-x(4)-[GILV] B 2: 8.5786 61( 26) V-x(3,5)-G-[ADEGNQST] C 3: 7.8401 87( 26) L-x(3,4)-G D 4: 7.8401 50( 26) L-x(4,5)-G E 5: 7.8401 65( 26) A-x(0,1)-V F 6: 7.8401 82( 26) A-x(3,4)-G G 7: 7.8401 54( 26) T-x(4,5)-G H 8: 7.8401 58( 26) K-x(4,5)-I I 9: 7.8401 74( 26) L-x(0,1)-G J 10: 7.8401 44( 26) L-x(1,2)-A K 11: 7.8401 53( 26) L-x(0,1)-A L 12: 7.8401 93( 26) L-x(2,3)-G M 13: 7.3401 54( 26) L-x(1,3)-D N 14: 7.3401 71( 26) A-x(1,3)-L O 15: 7.3401 91( 26) A-x(2,4)-A P 16: 7.3401 57( 26) L-x(1,3)-A Q 17: 7.3401 40( 26) G-x(0,2)-N R 18: 7.3401 97( 26) V-x(1,3)-G S 19: 7.3401 115( 26) G-x(3,5)-V T 20: 7.3401 102( 26) G-x(2,4)-V Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 10.0808 45( 26) V-x(2,3)-K-x(4)-[GILV] Occurences: 45(26) PRO1_ACACA : 86- 95: kgsag VitvKtsksI lvgvy PRO1_ACACA : 89- 98: agvit VktsKsilvG vynek PRO1_ACACA : 112- 120: gtaan Vve-KladyL igqgf PRO1_BOVIN : 22- 30: qdaai Vgy-KdspsV waavp PRO1_BOVIN : 34- 42: svwaa Vpg-KtfvnI tpaev PRO1_DICDI : 56- 64: knpae Vfa-KgaliG gvkym PRO1_HUMAN : 22- 30: qdaai Vgy-KdspsV waavp PRO1_HUMAN : 34- 42: svwaa Vpg-KtfvnI tpaev PRO1_HUMAN : 100- 109: aptfn VtvtKtdktL vllmg PRO1_MAIZE : 82- 91: gepga VirgKkgsgG itvkk PRO1_MOUSE : 22- 30: qdaai Vgy-KdspsV waavp PRO1_MOUSE : 34- 42: svwaa Vpg-KtfvsI tpaev PRO1_PHYPO : 45- 54: egaki VngfKdsasV lsggi PRO1_PHYPO : 85- 94: kgagg VvlvKtgqsV lighy PRO1_PHYPO : 86- 94: gaggv Vlv-KtgqsV lighy PRO1_PHYPO : 111- 119: gqatt Vve-KladyL rengy PRO1_STRPU : 92- 100: edskl Vlg-KkkgeG sltlq PRO2_ACACA : 77- 85: addrs Vyg-KkgsaG vitvk PRO2_ACACA : 77- 86: addrs VygkKgsagV itvkt PRO2_ACACA : 86- 95: kgsag VitvKtskaI ligvy PRO2_ACACA : 89- 98: agvit VktsKailiG vynek PRO2_ACACA : 112- 120: gtaan Vve-KladyL igqgf PRO2_BOVIN : 84- 92: rvlvf Vmg-KegvhG gglnk PRO2_DICDI : 38- 47: sagfn VaegKaitaL fqkdg PRO2_DICDI : 61- 69: atgih Vag-KkymaI ksdtr PRO2_DICDI : 85- 94: lgagg VvcvKtltcI ivavy PRO2_DICDI : 86- 94: gaggv Vcv-KtltcI ivavy PRO2_HUMAN : 112- 120: ralvi Vmg-KegvhG gtlnk PRO2_MAIZE : 82- 91: gepga VirgKkgsgG itvkk PRO2_PHYPO : 111- 119: gnaal Vve-KladyL iengy PRO3_MAIZE : 82- 91: gepga VirgKkgsgG itvkk PROF_ANTCR : 90- 98: edgkl Vla-KkkgqG altlq PROF_BETVE : 84- 93: geaga VirgKkgsgG itikk PROF_CLYJA : 90- 98: edakl Vla-KkkgeG aitlq PROF_DROME : 77- 86: sgtdr VvraKlgrsG vhcmk PROF_DROME : 78- 86: gtdrv Vra-KlgrsG vhcmk PROF_DROME : 87- 96: lgrsg VhcmKttqaV ivsiy PROF_DROME : 113- 121: qqaas Vve-KlgdyL itcgy PROF_PHLPR : 82- 91: gepgr VirgKkgagG itikk PROF_SCHPO : 91- 99: egiic Vat-KlcilV shype PROF_TETPY : 96- 105: dadsq VwylKkdhgG aciai PROF_TOBAC : 85- 94: gepga VirgKkgsgG itikk PROF_TOBAC : 121- 129: gqcnm Vve-KirdyL vdqgy PROF_VACCV : 23- 31: edaai Vdy-KttknV laaip PROF_VARV : 23- 31: edaai Vdy-KttknV laaip PROF_YEAST : 90- 98: egvvc Vrt-KqtviI ahypp B 2: 8.5786 61( 26) V-x(3,5)-G-[ADEGNQST] Occurences: 61(26) PRO1_ACACA : 6- 13: swqty VdtnlvGT gavtq PRO1_ACACA : 37- 43: sagfa Vtpaq-GQ tlasa PRO1_BOVIN : 60- 67: rssff VngltlGG qkcsv PRO1_DICDI : 7- 14: swqqy VdeqltGA glsqg PRO1_DICDI : 56- 61: knpae Vfak--GA liggv PRO1_DICDI : 88- 94: gatgc Vlvrt-GQ aiivg PRO1_DICDI : 114- 119: saali Vekl--GD ylrdn PRO1_HUMAN : 60- 67: rssfy VngltlGG qkcsv PRO1_MAIZE : 26- 31: tsaai Vghd--GA twaqs PRO1_MAIZE : 74- 81: gtkym ViqgepGA virgk PRO1_MAIZE : 82- 89: gepga VirgkkGS ggitv PRO1_MAIZE : 94- 99: sggit Vkkt--GQ sliig PRO1_MAIZE : 118- 124: gqcnl Vverl-GD ylleq PRO1_MAIZE : 119- 124: qcnlv Verl--GD ylleq PRO1_MOUSE : 60- 67: rssff VngltlGG qkcsv PRO1_PHYPO : 6- 13: swqay VddqlvGT ghvig PRO1_PHYPO : 85- 92: kgagg VvlvktGQ svlig PRO1_PHYPO : 86- 92: gaggv Vlvkt-GQ svlig PRO1_STRPU : 92- 99: edskl VlgkkkGE gsltl PRO2_ACACA : 6- 13: swqty VdtnlvGT gavtq PRO2_ACACA : 37- 43: sagfa Vspan-GA alana PRO2_ACACA : 77- 83: addrs Vygkk-GS agvit PRO2_BOVIN : 2- 9: y VwaataGG vfqsi PRO2_DICDI : 7- 14: twqay VdnnllGA gfasa PRO2_HUMAN : 30- 37: cdaky VwaataGG vfqsi PRO2_MAIZE : 26- 31: aaaai Vghd--GA awaqs PRO2_MAIZE : 74- 81: ptkym ViqgepGA virgk PRO2_MAIZE : 82- 89: gepga VirgkkGS ggitv PRO2_MAIZE : 94- 99: sggit Vkkt--GQ alvvg PRO2_MAIZE : 118- 124: gqcnm Vverl-GD ylleq PRO2_MAIZE : 119- 124: qcnmv Verl--GD ylleq PRO2_PHYPO : 6- 13: swqty VdeqlvGT gqldg PRO2_PHYPO : 85- 92: kgatg VatvitGQ cilig PRO3_MAIZE : 26- 31: ssaai Vghd--GA vwaqs PRO3_MAIZE : 74- 81: ptkym ViqgepGA virgk PRO3_MAIZE : 82- 89: gepga VirgkkGS ggitv PRO3_MAIZE : 94- 99: sggit Vkkt--GQ alvig PRO3_MAIZE : 118- 124: gqcnm Vverl-GD ylveq PRO3_MAIZE : 119- 124: qcnmv Verl--GD ylveq PROF_ANTCR : 90- 97: edgkl VlakkkGQ galtl PROF_BETVE : 28- 33: lasai Vghd--GS vwaqs PROF_BETVE : 76- 83: gikym ViqgeaGA virgk PROF_BETVE : 84- 91: geaga VirgkkGS ggiti PROF_BETVE : 120- 126: gqcnm Vverl-GD ylidq PROF_BETVE : 121- 126: qcnmv Verl--GD ylidq PROF_CLYJA : 90- 97: edakl VlakkkGE gaitl PROF_DROME : 61- 66: ltsng Vtla--GQ ryiyl PROF_DROME : 113- 119: qqaas Vvekl-GD ylitc PROF_DROME : 114- 119: qaasv Vekl--GD ylitc PROF_PHLPR : 82- 89: gepgr VirgkkGA ggiti PROF_PHLPR : 118- 124: gqcnm Vverl-GD ylveq PROF_PHLPR : 119- 124: qcnmv Verl--GD ylveq PROF_SCHPO : 7- 14: swqay VdtsllGT gkidr PROF_SCHPO : 23- 28: draai Vsra--GD svwaa PROF_TETPY : 130- 136: kqqng Vaqnp-GQ vnkvv PROF_TOBAC : 77- 84: gakym ViqgepGA virgk PROF_TOBAC : 85- 92: gepga VirgkkGS ggiti PROF_VACCV : 128- 133: dhatr Vrat--GN PROF_VARV : 128- 133: dhatr Vrat--GN PROF_YEAST : 20- 27: kvdka ViysraGD avwat PROF_YEAST : 29- 35: ragda Vwats-GG lslqp C 3: 7.8401 87( 26) L-x(3,4)-G Occurences: 87(26) PRO1_ACACA : 10- 14: yvdtn Lvgt-G avtqa PRO1_ACACA : 22- 26: tqaai Lgld-G ntwat PRO1_ACACA : 120- 124: klady Ligq-G f PRO1_BOVIN : 10- 14: ayidn Lmad-G tcqda PRO1_BOVIN : 63- 67: ffvng Ltlg-G qkcsv PRO1_BOVIN : 77- 81: virds Llqd-G eftmd PRO1_BOVIN : 109- 114: mtakt LvllmG kegvh PRO1_BOVIN : 112- 117: ktlvl LmgkeG vhggm PRO1_DICDI : 11- 15: yvdeq Ltga-G lsqga PRO1_DICDI : 22- 27: sqgai LgandG gvwak PRO1_DICDI : 89- 93: atgcv Lvrt-G qaiiv PRO1_DICDI : 121- 125: klgdy Lrdn-G y PRO1_HUMAN : 10- 14: ayidn Lmad-G tcqda PRO1_HUMAN : 63- 67: fyvng Ltlg-G qkcsv PRO1_HUMAN : 77- 81: virds Llqd-G efsmd PRO1_HUMAN : 109- 114: ktdkt LvllmG kegvh PRO1_HUMAN : 112- 117: ktlvl LmgkeG vhggl PRO1_MAIZE : 60- 64: depgh Lapt-G lilgg PRO1_MAIZE : 65- 69: laptg Lilg-G tkymv PRO1_MAIZE : 126- 130: rlgdy Lleq-G m PRO1_MOUSE : 10- 14: ayids Lmad-G tcqda PRO1_MOUSE : 63- 67: ffvng Ltlg-G qkcsv PRO1_MOUSE : 77- 81: virds Llqd-G eftmd PRO1_MOUSE : 109- 114: mtakt LvllmG kegvh PRO1_MOUSE : 112- 117: ktlvl LmgkeG vhggl PRO1_PHYPO : 10- 14: yvddq Lvgt-G hviga PRO1_PHYPO : 34- 39: waskn LslkaG egaki PRO1_PHYPO : 36- 41: sknls LkageG akivn PRO1_PHYPO : 87- 91: aggvv Lvkt-G qsvli PRO1_PHYPO : 119- 123: klady Lren-G y PRO1_STRPU : 93- 98: dsklv LgkkkG egslt PRO1_STRPU : 125- 130: gqqgn LnkavG viaey PRO2_ACACA : 10- 14: yvdtn Lvgt-G avtqa PRO2_ACACA : 120- 124: klady Ligq-G f PRO2_BOVIN : 49- 53: virds Lyvd-G dctmd PRO2_BOVIN : 81- 86: ragrv LvfvmG kegvh PRO2_BOVIN : 106- 110: smaky Lrds-G f PRO2_DICDI : 11- 15: yvdnn Llga-G fasaa PRO2_DICDI : 22- 27: asaal LgaadG svwah PRO2_DICDI : 47- 52: kaita LfqkdG aafat PRO2_DICDI : 80- 84: saygk Lgag-G vvcvk PRO2_HUMAN : 10- 14: syvdn Lmcd-G ccqea PRO2_HUMAN : 77- 81: virds Lyvd-G dctmd PRO2_HUMAN : 109- 114: ragra LvivmG kegvh PRO2_MAIZE : 60- 64: depgh Lapt-G lflgp PRO2_MAIZE : 126- 130: rlgdy Lleq-G m PRO2_PHYPO : 10- 14: yvdeq Lvgt-G qldga PRO2_PHYPO : 34- 39: waskn LtlkaG egqai PRO2_PHYPO : 36- 41: sknlt LkageG qaiaa PRO2_PHYPO : 119- 123: klady Lien-G y PRO3_MAIZE : 60- 64: depgf Lapi-G lflgp PRO3_MAIZE : 126- 130: rlgdy Lveq-G l PROF_ANTCR : 45- 49: ghana Lkle-G qegpn PROF_ANTCR : 47- 52: analk LegqeG pniar PROF_ANTCR : 82- 87: tkyqf LreedG klvla PROF_ANTCR : 91- 96: dgklv LakkkG qgalt PROF_ANTCR : 134- 138: viaey Lesl-G m PROF_BETVE : 62- 66: eepgh Lapt-G lhlgg PROF_BETVE : 67- 71: laptg Lhlg-G ikymv PROF_BETVE : 128- 132: rlgdy Lidq-G l PROF_CLYJA : 45- 49: ghana Lklq-G tegan PROF_CLYJA : 47- 52: analk LqgteG aniak PROF_CLYJA : 91- 96: daklv LakkkG egait PROF_CLYJA : 134- 138: viaey Lesl-G m PROF_DROME : 56- 60: dqqdg Ltsn-G vtlag PROF_DROME : 82- 86: vvrak Lgrs-G vhcmk PROF_DROME : 121- 125: klgdy Litc-G y PROF_PHLPR : 26- 30: asaai Lghd-G tvwaq PROF_PHLPR : 60- 64: depgh Lapt-G mfvag PROF_PHLPR : 126- 130: rlgdy Lveq-G m PROF_SCHPO : 11- 15: yvdts Llgt-G kidra PROF_SCHPO : 83- 87: siygk Lqke-G iicva PROF_SCHPO : 122- 126: alady Lvgv-G y PROF_TETPY : 23- 28: eygli LgktdG tiwas PROF_TETPY : 99- 104: sqvwy LkkdhG gacia PROF_TETPY : 148- 152: slaat Lkqa-G y PROF_TOBAC : 29- 33: aaaai Lghd-G svwaq PROF_TOBAC : 63- 67: depgh Lapt-G lflgg PROF_TOBAC : 68- 72: laptg Lflg-G akymv PROF_TOBAC : 129- 133: kirdy Lvdq-G y PROF_VACCV : 58- 63: tnrni LkpliG qkyci PROF_VACCV : 103- 108: rthta LiflmG kptts PROF_VARV : 58- 63: tnhni LkpliG qkfci PROF_VARV : 103- 108: rthta LiflmG kptts PROF_YEAST : 10- 14: aytdn 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