------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 46 sequences from file POU_2 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 46 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 45 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename POU_2.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: BRN1_HUMAN 125 BRN1_MOUSE 495 BRN3_MOUSE 116 BRN3_RAT 128 BRN4_RAT 361 CF1A_DROME 549 HM06_CAEEL 159 HM16_XENLA 111 HM18_CAEEL 542 HM19_XENLA 105 HM20_XENLA 105 HMP1_BOVIN 291 HMP1_HUMAN 291 HMP1_MELGA 327 HMP1_MOUSE 291 HMP1_ONCMY 358 HMP1_PIG 129 HMP1_RAT 317 HMPR_HUMAN 331 IPOU_DROME 367 OC11_MOUSE 403 OC3A_HUMAN 360 OC3B_HUMAN 265 OC3N_HUMAN 443 OC3N_MOUSE 445 OCT1_CHICK 739 OCT1_HUMAN 743 OCT1_MOUSE 770 OCT1_RAT 120 OCT1_XENLA 760 OCT2_HUMAN 478 OCT3_MOUSE 352 OCT6_HUMAN 398 OCT6_MOUSE 449 OCT6_RAT 451 PDM1_DROME 601 PDM2_DROME 498 POU1_BRARE 425 POU1_DUGJA 559 POU1_XENLA 356 POU2_XENLA 218 POU3_XENLA 382 POUC_BRARE 610 SK1A_RAT 430 SK1I_RAT 348 UN86_CAEEL 467 Pratt run started at Thu Feb 6 20:49:56 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 31.8604 46( 46) G-x(3,4)-S-Q-x(2)-I-x-R-F-E-x(1,3)-L 2: 27.1904 50( 46) S-x(0,2)-Q-x(2)-I-x-R-F-E-x(1,3)-L 3: 24.0203 46( 46) Q-x(2)-I-x-R-F-E-x(1,3)-L 4: 19.8503 46( 46) I-x-R-F-E-x(1,3)-L 5: 19.8503 46( 46) Q-x-T-I-x(0,1)-R-x(1,2)-E 6: 19.8503 50( 46) S-x(0,2)-Q-x-T-I-x(3)-E 7: 19.3503 50( 46) S-x(0,2)-Q-x-T-I-x(0,1)-R 8: 19.3503 50( 46) S-x(0,2)-Q-x(0,1)-T-I-x(3)-E 9: 15.6802 46( 46) R-F-E-x(1,3)-L 10: 15.6802 46( 46) T-I-x(0,1)-R-x(1,2)-E 11: 15.6802 46( 46) Q-x(0,1)-T-x(0,1)-I-x(3)-E 12: 12.5102 46( 46) L-x(3)-L-x(2)-W 13: 12.5102 51( 46) F-x(4)-L-S 14: 12.0102 83( 46) I-x(3,4)-A-x(2)-L 15: 12.0102 56( 46) L-x(3,4)-F-x(5)-P 16: 12.0102 52( 46) L-x(2,3)-F-x(5)-P 17: 12.0102 62( 46) K-R-x(0,1)-T 18: 12.0102 76( 46) K-x(0,1)-R-T 19: 12.0102 57( 46) G-x(3,4)-S-x(3)-I 20: 12.0102 73( 46) S-x(4)-C-x(4,5)-L Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 48.7388 46( 46) G-x(3,4)-S-Q-[ST]-[AT]-I-[CS]-R-F-E-x(1,3)-L-[DNQST]-[FIL]-x(3)-[CNS] B 2: 46.9770 46( 46) G-x(3,4)-S-Q-[ST]-[AT]-I-[CS]-R-F-E-x(2)-[DNQT]-[IL]-[ST] C 3: 45.5634 46( 46) G-x(3,4)-S-Q-x-[AT]-I-[CS]-R-F-E-x(1,3)-L-[DNQST]-[FIL]-x(3)-[CNS] D 4: 44.0687 50( 46) S-x(0,2)-Q-[ST]-[AT]-I-[CS]-R-F-E-x(1,3)-L-[DNQST]-[FIL]-x(3)-[CNS] E 5: 42.3653 46( 46) G-x(3,4)-S-Q-x(2)-I-[CS]-R-F-E-x(1,3)-L-[DNQST]-[FIL]-x(3)-[CNS] F 6: 40.8987 46( 46) Q-[ST]-[AT]-I-[CS]-R-F-E-x(1,3)-L-[DNQST]-[FIL]-x(3)-[CNS] G 7: 40.8933 50( 46) S-x(0,2)-Q-x-[AT]-I-[CS]-R-F-E-x(1,3)-L-[DNQST]-[FIL]-x(3)-[CNS] H 8: 37.6953 50( 46) S-x(0,2)-Q-x(2)-I-[CS]-R-F-E-x(1,3)-L-[DNQST]-[FIL]-x(3)-[CNS] I 9: 35.9652 50( 46) S-x(0,2)-Q-[EST]-T-I-x(0,1)-R-[FV]-x-[AENS]-x-[ENQT]-[LV]-[DS] J 10: 30.3552 46( 46) I-[CS]-R-F-E-x(1,3)-L-[DNQST]-[FIL]-x(3)-[CNS] K 11: 29.4608 46( 46) L-[KR]-[APS]-[ILV]-L-x(2)-W-[LV]-x-[DEK]-[ATV] L 12: 28.5129 50( 46) S-x(0,2)-Q-x-T-I-x(2)-[FL]-E-[ANSV]-x(3)-[ST] M 13: 28.0129 50( 46) S-x(0,2)-Q-x(0,1)-T-I-x(2)-[FL]-E-[ANSV]-x(3)-[ST] N 14: 27.8438 46( 46) Q-[EST]-T-I-x(0,1)-R-x(1,2)-E-[ANSV]-x(3)-[ST] O 15: 24.3429 46( 46) Q-x(0,1)-T-x(0,1)-I-x(2)-[FL]-E-[ANSV]-x(3)-[ST] P 16: 22.9246 46( 46) R-F-E-x(1,3)-L-[DNQST]-[FIL]-x(3)-[CNS] Q 17: 21.0748 46( 46) T-I-x(0,1)-R-x(1,2)-E-[ANSV]-x(3)-[ST] R 18: 19.2159 76( 46) K-x(0,1)-R-T-[NST]-[FIL]-[ADEST] S 19: 17.4979 73( 46) I-x(3,4)-A-x(2)-L-x(2)-[DEHK]-x(2)-[CV] T 20: 15.6284 58( 46) K-R-x(0,1)-T-[NPST]-x-[ADEGNST] Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 48.7388 46( 46) G-x(3,4)-S-Q-[ST]-[AT]-I-[CS]-R-F-E-x(1,3)-L-[DNQST]-[FIL]-x(3)-[CNS] Occurences: 46(46) BRN1_HUMAN : 21- 41: lgtly Gnvf-SQTTICRFEa--LQLsfkN mcklk BRN1_HUMAN : 21- 43: lgtly Gnvf-SQTTICRFEalqLSFknmC klkpl BRN1_MOUSE : 347- 367: lgtly Gnvf-SQTTICRFEa--LQLsfkN mcklk BRN1_MOUSE : 347- 369: lgtly Gnvf-SQTTICRFEalqLSFknmC klkpl BRN3_MOUSE : 17- 38: nlkip GvgslSQSTICRFEs--LTLshnN mialk BRN3_RAT : 23- 44: nlkip GvgslSQSTICRFEs--LTLshnN mialk BRN4_RAT : 224- 244: lgtly Gnvf-SQTTICRFEa--LQLsfkN mcklk BRN4_RAT : 224- 246: lgtly Gnvf-SQTTICRFEalqLSFknmC klkpl CF1A_DROME : 289- 309: lgtly Gnvf-SQTTICRFEa--LQLsfkN mcklk CF1A_DROME : 289- 311: lgtly Gnvf-SQTTICRFEalqLSFknmC klkpl HM06_CAEEL : 44- 64: lgtly Gnif-SQTTICRFEa--LQLsfkN mcklk HM06_CAEEL : 44- 66: lgtly Gnif-SQTTICRFEalqLSFknmC klkpl HM16_XENLA : 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