------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 20 sequences from file POLYPRENYL_SYNTHET_2 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 20 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename POLYPRENYL_SYNTHET_2.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: COQ1_YEAST 473 CRTE_CYAPA 323 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Pattern A 1: 11.0102 33( 20) A-x(0,2)-V-x(4,5)-L B 2: 11.0102 43( 20) D-x(0,1)-L-x(1,3)-G C 3: 10.9782 34( 20) D-L-x(2)-[ADG] D 4: 10.5581 28( 20) G-x-P-[CSTV] E 5: 10.5102 70( 20) L-x(1,3)-L-x(0,2)-A F 6: 9.9893 32( 20) L-x(4)-E-x(4)-[AGILPV] G 7: 9.9849 54( 20) L-x-[AEGQST]-A H 8: 8.3401 45( 20) K-A I 9: 8.3401 47( 20) E-x(4)-A J 10: 8.3401 29( 20) F-Q K 11: 8.3401 47( 20) L-x(5)-E L 12: 8.3401 50( 20) L-I M 13: 8.3401 59( 20) L-D N 14: 8.3401 70( 20) L-x-L O 15: 7.8401 46( 20) P-x(2,3)-A P 16: 7.8401 74( 20) A-x(1,2)-V Q 17: 7.8401 80( 20) A-x(0,1)-V R 18: 7.8401 67( 20) A-x(4,5)-K S 19: 7.8401 43( 20) R-x(4,5)-V T 20: 7.8401 91( 20) E-x(2,3)-K Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 11.0102 33( 20) A-x(0,2)-V-x(4,5)-L Occurences: 33(20) COQ1_YEAST : 217- 224: ftnkm A--VlagdfL lgrat COQ1_YEAST : 228- 235: fllgr At-Vsisr-L hnpev CRTE_CYAPA : 9- 17: itnil Ap-VeneldL ltknl CRTE_CYAPA : 83- 91: eiiht AslVhddi-L desdv CRTE_CYAPA : 292- 299: lameh Aq-Vaiqc-L enlpp 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