------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 25 sequences from file PDEASE_I PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 25 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename PDEASE_I.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: CNA1_DROME 362 CNA1_RAT 359 CNA2_HUMAN 686 CNA2_RAT 610 CNA2_YEAST 526 CNA3_RAT 584 CNA4_HUMAN 736 CNA4_RAT 562 CNAG_BOVIN 921 CNAG_RAT 117 CNA_MOUSE 116 CNCM_BOVIN 529 CNCM_HUMAN 116 CNCM_MOUSE 116 CNCM_RAT 535 CNCN_BOVIN 534 CNRA_BOVIN 858 CNRA_HUMAN 858 CNRA_MOUSE 858 CNRB_BOVIN 853 CNRB_CANFA 856 CNRB_HUMAN 854 CNRB_MOUSE 856 CNRC_BOVIN 855 YNE6_CAEEL 918 Pratt run started at Thu Feb 6 20:30:50 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 20.8503 25( 25) H-D-x(2)-H-x-G-x(2)-N 2: 16.6802 25( 25) D-x(2)-H-x-G-x(2)-N 3: 16.6802 25( 25) H-N-x(2)-H-x(3)-V 4: 12.5102 27( 25) S-x(2)-E-x(2)-H 5: 12.5102 26( 25) H-x-G-x(2)-N 6: 12.5102 26( 25) N-x(2)-H-x(3)-V 7: 12.0102 40( 25) L-x(0,1)-T-D 8: 12.0102 30( 25) L-x(1,2)-D-M 9: 12.0102 34( 25) N-x(1,2)-H-x(3)-V 10: 12.0102 41( 25) L-x(5)-S-x(0,1)-V 11: 12.0102 29( 25) S-x(2)-E-x(1,2)-H 12: 11.5102 34( 25) L-A-x(0,2)-D 13: 11.5102 59( 25) L-x(0,1)-A-x(0,1)-D 14: 11.5102 41( 25) E-x(3,4)-A-x(3,4)-A 15: 11.5102 39( 25) I-x(2,4)-L-x-T 16: 11.5102 76( 25) E-L-x(1,3)-L 17: 11.5102 50( 25) L-x(0,1)-T-x(0,1)-D 18: 11.5102 46( 25) S-V-x(0,2)-L 19: 11.5102 44( 25) L-E-x(0,2)-N 20: 11.5102 63( 25) S-x(0,1)-V-x(0,1)-L Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 36.3750 25( 25) S-[IV]-[LM]-E-[NR]-[FH]-H-x-[AES]-x(4)-[ILM]-[LM]-x-[DEGNQT] B 2: 26.1200 25( 25) H-D-x-[DEG]-H-x-G-x-[NST]-N C 3: 23.4694 25( 25) H-D-x(2)-H-x-G-x-[NST]-N D 4: 22.0868 25( 25) H-N-x(2)-H-[AG]-x-[ADNS]-V E 5: 21.9499 25( 25) D-x-[DEG]-H-x-G-x-[NST]-N F 6: 18.8019 25( 25) S-[IV]-[LM]-E-x(1,2)-H G 7: 17.9167 25( 25) N-x(2)-H-[AG]-x-[ADNS]-V H 8: 17.4167 26( 25) N-x(1,2)-H-[AG]-x-[ADNS]-V I 9: 17.0266 27( 25) L-x(0,1)-T-D-[ILMV]-[AES] J 10: 15.1293 25( 25) H-x-G-x-[NST]-N K 11: 13.9135 29( 25) L-x(1,2)-D-M-[AEQST] L 12: 13.7508 35( 25) S-V-x(0,2)-L-[ADEN] M 13: 13.7405 27( 25) I-x(2,4)-L-[ANPS]-T N 14: 13.4112 51( 25) S-x(0,1)-V-x(0,1)-L-x-[ADNSV] O 15: 12.0102 41( 25) L-x(5)-S-x(0,1)-V P 16: 11.5102 34( 25) L-A-x(0,2)-D Q 17: 11.5102 59( 25) L-x(0,1)-A-x(0,1)-D R 18: 11.5102 41( 25) E-x(3,4)-A-x(3,4)-A S 19: 11.5102 76( 25) E-L-x(1,3)-L T 20: 11.5102 50( 25) L-x(0,1)-T-x(0,1)-D Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 36.3750 25( 25) S-[IV]-[LM]-E-[NR]-[FH]-H-x-[AES]-x(4)-[ILM]-[LM]-x-[DEGNQT] Occurences: 25(25) CNA1_DROME : 92- 108: mynde SVLENHHlAvafkLLqN qgcdi CNA1_RAT : 169- 185: mynds SVLENHHlAvgfkLLqG encdi CNA2_HUMAN : 300- 316: mynde SVLENHHlAvgfkLLqE yncdi CNA2_RAT : 252- 268: mynde SVLENHHlAvgfkLLqE encdi CNA2_YEAST : 329- 345: nfknv SILENFHrElfqqLLsE hwplk CNA3_RAT : 305- 321: mynds SVLENHHlAvgfkLLqE encdi CNA4_HUMAN : 473- 489: mynde SVLENHHlAvgfkLLqE ehcdi CNA4_RAT : 299- 315: mynde SVLENHHlAvgfkLLqE ehcdi CNAG_BOVIN : 704- 720: ysseg SVMERHHfAqaiaILnT hgcni CNAG_RAT : 70- 86: ysseg SVMERHHfAqaiaILnT hgcni CNA_MOUSE : 69- 85: mynds SVLENHHlAvgfkLLqE encdi CNCM_BOVIN : 285- 301: lyndr SVLENHHvSaayrLMqE eemnv CNCM_HUMAN : 69- 85: vyndr SVLENHHiSsvfrLMqD demni CNCM_MOUSE : 69- 85: lyndr SVLENHHiSsvfrMMqD demni CNCM_RAT : 289- 305: lyndr SVLENHHiSsvfrMMqD demni CNCN_BOVIN : 288- 304: lyndr SVLENHHiSsvfrMMqD demni CNRA_BOVIN : 624- 640: klhgs SILERHHlEfgktLLrD eslni CNRA_HUMAN : 624- 640: klhgs SILERHHlEfgktLLrD eslni CNRA_MOUSE : 624- 640: klhgs SILERHHlEfgktLLrD eslni CNRB_BOVIN : 623- 639: klhgs SILERHHlEfgkfLLsE etlni CNRB_CANFA : 623- 639: klhgs SILERHHlEfgkfLLsE etlni CNRB_HUMAN : 623- 639: klhgs SILERHHlEfgkfLLsE etlni CNRB_MOUSE : 623- 639: klhgs SILERHHlEfgkfLLaE eslni CNRC_BOVIN : 623- 639: rlhgs SILERHHlEysktLLqD eslni YNE6_CAEEL : 551- 567: ysteg SVLERHHfAqtikLLqQ eecsi B 2: 26.1200 25( 25) H-D-x-[DEG]-H-x-G-x-[NST]-N Occurences: 25(25) CNA1_DROME : 65- 74: faaci HDvDHpGlTN qflvn CNA1_RAT : 142- 151: facai HDvDHpGvSN qflin CNA2_HUMAN : 273- 282: faaai HDvDHpGvSN qflin CNA2_RAT : 225- 234: faaai HDvDHpGvSN qflin CNA2_YEAST : 302- 311: maaig HDvGHpGtNN qllcn CNA3_RAT : 278- 287: fasai HDvDHpGvSN qflin CNA4_HUMAN : 446- 455: faaai HDvDHpGvSN qflin CNA4_RAT : 272- 281: faaai HDvDHpGvSN qflin CNAG_BOVIN : 676- 685: iscmc HDlDHrGtNN sfqva CNAG_RAT : 42- 51: iscmc HDlDHrGtNN sfqva CNA_MOUSE : 42- 51: fasai HDvDHpGvSN qflin CNCM_BOVIN : 258- 267: faaai HDyEHtGtTN nfhiq CNCM_HUMAN : 42- 51: faaai HDyEHtGtTN sfhiq CNCM_MOUSE : 42- 51: faaai HDyEHtGtTN sfhiq CNCM_RAT : 262- 271: faaai HDyEHtGtTN sfhiq CNCN_BOVIN : 261- 270: faaai HDyEHtGtTN sfhiq CNRA_BOVIN : 598- 607: taafc HDiDHrGtNN lyqmk CNRA_HUMAN : 598- 607: taafc HDiDHrGtNN lyqmk CNRA_MOUSE : 598- 607: taafc HDiDHrGtNN lyqmk CNRB_BOVIN : 597- 606: taglc HDiDHrGtNN lyqmk CNRB_CANFA : 597- 606: taglc HDiDHrGtNN lyqmk CNRB_HUMAN : 597- 606: taglc HDiDHrGtNN lyqmk CNRB_MOUSE : 597- 606: taglc HDiDHrGtNN lyqmk CNRC_BOVIN : 597- 606: aaafc HDiDHrGtNN lyqmk YNE6_CAEEL : 521- 530: iaclc HDiDHrGtTN sfqmq C 3: 23.4694 25( 25) H-D-x(2)-H-x-G-x-[NST]-N Occurences: 25(25) CNA1_DROME : 65- 74: faaci HDvdHpGlTN qflvn CNA1_RAT : 142- 151: facai HDvdHpGvSN qflin CNA2_HUMAN : 273- 282: faaai HDvdHpGvSN qflin CNA2_RAT : 225- 234: faaai 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