------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 12 sequences from file OLEOSINS PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 12 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename OLEOSINS.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: OLE1_MAIZE 147 OLE1_SOYBN 152 OLE2_BRANA 175 OLE2_MAIZE 187 OLE2_SOYBN 223 OLE3_BRANA 195 OLE5_BRANA 183 OLE6_GOSHI 168 OLE7_GOSHI 154 OLEC_BRANA 183 OLEO_ARATH 173 OLEO_HELAN 181 Pratt run started at Thu Feb 6 20:26:03 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 35.5305 12( 12) L-x(3)-T-P-x(0,2)-L-x(1,3)-F-S-P-x(3)-P-A 2: 31.3604 12( 12) T-P-x(0,2)-L-x(1,3)-F-S-P-x(3)-P-A 3: 27.1904 12( 12) P-x(4)-F-S-P-x(0,2)-V-x(0,2)-P-A 4: 23.0203 12( 12) F-S-P-x(0,2)-V-x(0,2)-P-A 5: 18.8503 12( 12) P-x(3)-P-A-x(1,3)-I-x(0,2)-A 6: 18.8503 12( 12) S-P-x(0,2)-V-x(0,2)-P-A 7: 18.8503 12( 12) S-x(4)-P-A-x(1,3)-I-x(0,2)-A 8: 18.8503 16( 12) L-x(1,3)-F-S-P-x(0,2)-V 9: 15.1802 19( 12) G-x(0,2)-T-x(3)-L-x(4,5)-L 10: 15.1802 13( 12) L-x-V-x(0,1)-T-x(1,3)-L 11: 15.1802 13( 12) L-x-G-x(3,4)-L-x(3,5)-T 12: 15.1802 13( 12) L-x(1,2)-G-T-x(3,5)-L 13: 15.1802 12( 12) L-x(4)-L-x(3,4)-T-x(3,5)-L 14: 15.1802 12( 12) G-x(0,1)-L-x(2)-G-x(1,3)-G 15: 14.6802 12( 12) P-A-x(1,3)-I-x(0,2)-A 16: 14.6802 17( 12) V-x(0,2)-P-A-x(1,3)-I 17: 14.6802 12( 12) P-x(0,2)-V-x(0,2)-P-A 18: 14.6802 12( 12) A-T-x(1,3)-L-x(2,4)-S 19: 14.6802 14( 12) A-x(2,4)-L-x(2,4)-S-P 20: 14.6802 16( 12) L-x(3)-G-x(3,5)-A-x(0,2)-L Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 71.7766 12( 12) A-T-x(1,3)-L-x(2,4)-S-[GP]-[ILV]-[ILM]-[AIV]-[GP]-[AT]-x-[ILV]-x-[ILV]-x(3)-[AGIV]-x-[GI]-[FM]-[GLV]-x-[SV]-x-[AGTV]-x-G-[GILV]-[AGTV]-[AGS]-[IL]-x(3)-[PST] B 2: 56.3478 16( 12) L-x(1,3)-F-S-P-x(0,2)-V-[LP]-[AIV]-x-[AIL]-[AT]-x(2)-[ILM]-[AGL]-x(2)-[AGV]-x(4)-[GT]-[AGST]-x-[AGV]-[FIL]-[AGT]-[AGLV]-x-[AGST] C 3: 53.9450 12( 12) L-x-[LMV]-[AS]-T-P-x(0,2)-L-x(1,3)-F-S-P-[IV]-[IL]-[IV]-P-A-x-[ILV] D 4: 50.4806 14( 12) A-x(2,4)-L-x(2,4)-S-P-[ILV]-x(2)-[IP]-[AI]-x(3)-[ILV]-x(3)-[AILV]-x-G-x-[GLV]-[AGST]-[GS]-[GS]-x-[FL]-[AG] E 5: 43.7586 12( 12) T-P-x(0,2)-L-x(1,3)-F-S-P-[IV]-[IL]-[IV]-P-A-x-[ILV] F 6: 43.1760 17( 12) V-x(0,2)-P-A-x(1,3)-I-[AGT]-x(2)-[LMV]-x-[AGIV]-x-[GL]-x(2)-[AGST]-[AGSTV]-x-[AGT]-[FL]-[GT]-[AGILV]-x-[AGS] G 7: 42.2336 12( 12) L-x(2)-[APS]-[AGSV]-L-x(3,4)-T-x(3,5)-L-x(2)-[AGIP]-[AGT]-x-[GILV]-x(2)-[GIL]-x(2)-[GPST]-[AILV]-x(2)-[LPV]-[AS]-x(2)-[AQST] H 8: 41.8547 12( 12) P-[LV]-[FL]-[ILV]-[ILM]-F-S-P-x(0,2)-V-x(0,2)-P-A-x-[ILV] I 9: 37.3091 13( 12) L-x(1,2)-G-T-x(3,5)-L-x(2)-[AGILP]-[AGST]-x-[GILV]-[FLM]-x(2)-[FLV]-[RS]-[PQST]-x(4)-[ASV]-x(2)-[AQST] J 10: 35.0228 12( 12) P-[LV]-[FL]-[ILV]-[ILM]-F-S-P-x(0,2)-V-x(0,2)-P K 11: 34.9375 12( 12) S-P-[IV]-[IL]-[IV]-P-A-x(1,3)-I-x(0,2)-A-x(4)-[AGLV] L 12: 34.9257 12( 12) L-x-G-x(3,4)-L-x(3,5)-T-[ALP]-x(2)-[ILV]-x-[FL]-[AS]-[PTV]-[AIPV]-x(2)-[PV] M 13: 30.7675 12( 12) P-[IV]-[IL]-[IV]-P-A-x(1,3)-I-x(0,2)-A-x(4)-[AGLV] N 14: 25.6821 12( 12) F-S-P-x(0,2)-V-x(0,2)-P-A-x-[ILV] O 15: 23.4293 12( 12) G-x(0,1)-L-x(2)-G-x(1,3)-G-[ILM]-x-[AG]-x-[AGST] P 16: 21.5121 12( 12) S-P-x(0,2)-V-x(0,2)-P-A-x-[ILV] Q 17: 18.8503 12( 12) F-S-P-x(0,2)-V-x(0,2)-P R 18: 18.3503 16( 12) G-x(0,2)-T-x(2)-[AG]-L-x(4,5)-L S 19: 17.3548 15( 12) L-x(3)-G-x(3,5)-A-x(0,2)-L-x(2)-[AIL] T 20: 17.3420 12( 12) P-x(0,2)-V-x(0,2)-P-A-x-[ILV] Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 71.7766 12( 12) A-T-x(1,3)-L-x(2,4)-S-[GP]-[ILV]-[ILM]-[AIV]-[GP]-[AT]-x-[ILV]-x-[ILV]-x(3)-[AGIV]-x-[GI]-[FM]-[GLV]-x-[SV]-x-[AGTV]-x-G-[GILV]-[AGTV]-[AGS]-[IL]-x(3)-[PST] Occurences: 12(12) OLE1_MAIZE : 62- 102: ialtv ATpv-Lvif-SPVLVPAaIaLalmAaGFVtSgGlGVAALsvfS wmyky OLE1_SOYBN : 13- 53: tglav ATp--LfvlfSPVLVPAtVaIglaVaGFLtSgAfGLTALssfS wilny OLE2_BRANA : 76- 116: ialtv ATpl-Lvif-SPILVPAlItVallItGFLsSgGfGIAAItvfS wiyky OLE2_BRANA : 76- 116: ialtv ATp--LlvifSPILVPAlItVallItGFLsSgGfGIAAItvfS wiyky OLE2_MAIZE : 80- 120: vglav ATpvfLif--SPVLVPAaLlIgtaVmGFLtSgAlGLGGLsslT clant OLE2_SOYBN : 86- 126: tglvv ATp--LfiifSPVLIPAtVaIglaVaGFLtSgVfGLTALssfS wilny OLE3_BRANA : 88- 128: ialtv ATpl-Lvif-SPILVPAlItVamlItGFLsSgGfGIAAItvfS wiyky OLE3_BRANA : 88- 128: ialtv ATp--LlvifSPILVPAlItVamlItGFLsSgGfGIAAItvfS wiyky OLE5_BRANA : 76- 116: ialiv ATpl-Lvif-SPILVPAlItVallItGFLsSgAfGIAAItvfS wiyky OLE5_BRANA : 76- 116: ialiv ATp--LlvifSPILVPAlItVallItGFLsSgAfGIAAItvfS wiyky OLE6_GOSHI : 74- 114: iglml ATp--LfiifSPVLVPAaIaIamaVtGFLsSgAfGLTGLsslS yvlnr OLE7_GOSHI : 62- 102: iglcm ATp--LfvifSPVLVPAaIaVfmaVaGFLsSgAfGLTGLsslS yvfnr OLEC_BRANA : 69- 107: vpati ATt--Lla--SGLMAGTtLgLtgiGlIMGlVrTaGGVSLlqsP lrkii OLEO_ARATH : 74- 114: ialtv ATpl-Lvif-SPILVPAlItVallItGFLsSgGfGIAAItvfS wiyky OLEO_ARATH : 74- 114: ialtv ATp--LlvifSPILVPAlItVallItGFLsSgGfGIAAItvfS wiyky OLEO_HELAN : 67- 107: iglal ATp--LfvifSPIIVPAvLtIglaVtGFLaSgTfGLTGLsslS ylfnm B 2: 56.3478 16( 12) L-x(1,3)-F-S-P-x(0,2)-V-[LP]-[AIV]-x-[AIL]-[AT]-x(2)-[ILM]-[AGL]-x(2)-[AGV]-x(4)-[GT]-[AGST]-x-[AGV]-[FIL]-[AGT]-[AGLV]-x-[AGST] Occurences: 16(12) OLE1_MAIZE : 66- 97: vatpv Lvi-FSP--VLVpAAiaLAlmAagfvTSgGLGVaA lsvfs OLE1_SOYBN : 16- 48: avatp LfvlFSP--VLVpATvaIGlaVagflTSgAFGLtA lssfs OLE2_BRANA : 79- 113: tvatp LlviFSPilVPAlITvaLLitGflssGGfGIAAiT vfswi OLE2_BRANA : 80- 113: vatpl Lvi-FSPilVPAlITvaLLitGflssGGfGIAAiT vfswi OLE2_MAIZE : 85- 115: atpvf Li--FSP--VLVpAAllIGtaVmgflTSgALGLgG lsslt OLE2_SOYBN : 89- 121: vvatp LfiiFSP--VLIpATvaIGlaVagflTSgVFGLtA lssfs OLE3_BRANA : 91- 125: tvatp LlviFSPilVPAlITvaMLitGflssGGfGIAAiT vfswi OLE3_BRANA : 92- 125: vatpl Lvi-FSPilVPAlITvaMLitGflssGGfGIAAiT vfswi OLE5_BRANA : 79- 113: ivatp LlviFSPilVPAlITvaLLitGflssGAfGIAAiT vfswi OLE5_BRANA : 80- 113: vatpl Lvi-FSPilVPAlITvaLLitGflssGAfGIAAiT vfswi OLE6_GOSHI : 77- 111: mlatp LfiiFSPvlVPAaIAiaMAvtGflssGAfGLTGlS slsyv OLE7_GOSHI : 65- 99: cmatp LfviFSPvlVPAaIAvfMAvaGflssGAfGLTGlS slsyv OLEC_BRANA : 55- 89: ivstp LfimFSPilVPAtIAttLLasGlmagTTlGLTGiG limgl OLEO_ARATH : 77- 111: tvatp LlviFSPilVPAlITvaLLitGflssGGfGIAAiT vfswi OLEO_ARATH : 78- 111: vatpl Lvi-FSPilVPAlITvaLLitGflssGGfGIAAiT vfswi OLEO_HELAN : 70- 104: alatp LfviFSPiiVPAvLTigLAvtGflasGTfGLTGlS slsyl C 3: 53.9450 12( 12) L-x-[LMV]-[AS]-T-P-x(0,2)-L-x(1,3)-F-S-P-[IV]-[IL]-[IV]-P-A-x-[ILV] Occurences: 12(12) OLE1_MAIZE : 59- 78: gtvia LtVATPv-Lvi-FSPVLVPAaI alalm OLE1_SOYBN : 10- 29: gtltg LaVATP--LfvlFSPVLVPAtV aigla OLE2_BRANA : 73- 92: gtvia LtVATPl-Lvi-FSPILVPAlI tvall OLE2_BRANA : 73- 92: gtvia LtVATP--LlviFSPILVPAlI tvall OLE2_MAIZE : 77- 96: asvvg LaVATPvfLi--FSPVLVPAaL ligta OLE2_SOYBN : 83- 102: gtltg LvVATP--LfiiFSPVLIPAtV aigla OLE3_BRANA : 85- 104: gtvia LtVATPl-Lvi-FSPILVPAlI tvaml OLE3_BRANA : 85- 104: gtvia LtVATP--LlviFSPILVPAlI tvaml OLE5_BRANA : 73- 92: gtvia LiVATPl-Lvi-FSPILVPAlI tvall OLE5_BRANA : 73- 92: gtvia LiVATP--LlviFSPILVPAlI tvall OLE6_GOSHI : 71- 90: gtvig LmLATP--LfiiFSPVLVPAaI aiama OLE7_GOSHI : 59- 78: gtvig LcMATP--LfviFSPVLVPAaI avfma OLEC_BRANA : 49- 68: gsava LiVSTP--LfimFSPILVPAtI attll OLEO_ARATH : 71- 90: gtvia LtVATPl-Lvi-FSPILVPAlI tvall OLEO_ARATH : 71- 90: gtvia LtVATP--LlviFSPILVPAlI tvall OLEO_HELAN : 64- 83: gtlig LaLATP--LfviFSPIIVPAvL tigla D 4: 50.4806 14( 12) A-x(2,4)-L-x(2,4)-S-P-[ILV]-x(2)-[IP]-[AI]-x(3)-[ILV]-x(3)-[AILV]-x-G-x-[GLV]-[AGST]-[GS]-[GS]-x-[FL]-[AG] Occurences: 14(12) OLE1_MAIZE : 62- 94: ialtv Atpv-Lvif-SPVlvPAaiaLalmAaGfVTSGgLG vaals OLE1_SOYBN : 11- 45: tltgl AvatpLfvlfSPVlvPAtvaIglaVaGfLTSGaFG ltals OLE1_SOYBN : 13- 45: tglav Atp--LfvlfSPVlvPAtvaIglaVaGfLTSGaFG ltals OLE2_BRANA : 76- 108: ialtv Atpl-Lvif-SPIlvPAlitVallItGfLSSGgFG iaait OLE2_BRANA : 76- 108: ialtv Atp--LlvifSPIlvPAlitVallItGfLSSGgFG iaait OLE2_MAIZE : 80- 112: vglav AtpvfLif--SPVlvPAallIgtaVmGfLTSGaLG lggls OLE2_SOYBN : 86- 118: tglvv Atp--LfiifSPVliPAtvaIglaVaGfLTSGvFG ltals OLE3_BRANA : 88- 120: ialtv Atpl-Lvif-SPIlvPAlitVamlItGfLSSGgFG iaait OLE3_BRANA : 88- 120: ialtv Atp--LlvifSPIlvPAlitVamlItGfLSSGgFG iaait OLE5_BRANA : 76- 108: ialiv Atpl-Lvif-SPIlvPAlitVallItGfLSSGaFG iaait OLE5_BRANA : 76- 108: ialiv Atp--LlvifSPIlvPAlitVallItGfLSSGaFG iaait OLE6_GOSHI : 74- 106: iglml Atp--LfiifSPVlvPAaiaIamaVtGfLSSGaFG ltgls OLE7_GOSHI : 62- 94: iglcm Atp--LfvifSPVlvPAaiaVfmaVaGfLSSGaFG ltgls OLEC_BRANA : 98- 130: glvrt AggvsLlq--SPLrkIIvnrIkarLgGgGGGSrLA rlkki OLEO_ARATH : 74- 106: ialtv Atpl-Lvif-SPIlvPAlitVallItGfLSSGgFG iaait OLEO_ARATH : 74- 106: ialtv Atp--LlvifSPIlvPAlitVallItGfLSSGgFG iaait OLEO_HELAN : 65- 99: tligl AlatpLfvifSPIivPAvltIglaVtGfLASGtFG ltgls OLEO_HELAN : 67- 99: iglal Atp--LfvifSPIivPAvltIglaVtGfLASGtFG ltgls E 5: 43.7586 12( 12) T-P-x(0,2)-L-x(1,3)-F-S-P-[IV]-[IL]-[IV]-P-A-x-[ILV] Occurences: 12(12) OLE1_MAIZE : 63- 78: altva TPv-Lvi-FSPVLVPAaI alalm OLE1_SOYBN : 14- 29: glava TP--LfvlFSPVLVPAtV aigla OLE2_BRANA : 77- 92: altva TPl-Lvi-FSPILVPAlI tvall OLE2_BRANA : 77- 92: altva TP--LlviFSPILVPAlI tvall OLE2_MAIZE : 81- 96: glava TPvfLi--FSPVLVPAaL ligta OLE2_SOYBN : 87- 102: glvva TP--LfiiFSPVLIPAtV aigla OLE3_BRANA : 89- 104: altva TPl-Lvi-FSPILVPAlI tvaml OLE3_BRANA : 89- 104: altva TP--LlviFSPILVPAlI tvaml OLE5_BRANA : 77- 92: aliva TPl-Lvi-FSPILVPAlI tvall OLE5_BRANA : 77- 92: aliva TP--LlviFSPILVPAlI tvall OLE6_GOSHI : 75- 90: glmla TP--LfiiFSPVLVPAaI aiama OLE7_GOSHI : 63- 78: glcma TP--LfviFSPVLVPAaI avfma OLEC_BRANA : 53- 68: alivs TP--LfimFSPILVPAtI attll OLEO_ARATH : 75- 90: altva TPl-Lvi-FSPILVPAlI tvall OLEO_ARATH : 75- 90: altva TP--LlviFSPILVPAlI tvall OLEO_HELAN : 68- 83: glala TP--LfviFSPIIVPAvL tigla F 6: 43.1760 17( 12) V-x(0,2)-P-A-x(1,3)-I-[AGT]-x(2)-[LMV]-x-[AGIV]-x-[GL]-x(2)-[AGST]-[AGSTV]-x-[AGT]-[FL]-[GT]-[AGILV]-x-[AGS] Occurences: 17(12) OLE1_MAIZE : 72- 97: vifsp VlvPAa--IAlaLmAaGfvTSgGLGVaA lsvfs OLE1_MAIZE : 74- 97: fspvl V--PAa--IAlaLmAaGfvTSgGLGVaA lsvfs OLE1_SOYBN : 23- 50: vlfsp VlvPAtvaIGlaVaGfLtsGAfGLTAlS sfswi OLE1_SOYBN : 25- 50: fspvl V--PAtvaIGlaVaGfLtsGAfGLTAlS sfswi OLE2_BRANA : 88- 111: fspil V--PAl--ITvaLlItGflSSgGFGIaA itvfs OLE2_MAIZE : 90- 117: lifsp VlvPAallIGtaVmGfLtsGAlGLGGlS sltcl OLE2_MAIZE : 92- 117: fspvl V--PAallIGtaVmGfLtsGAlGLGGlS sltcl OLE2_SOYBN : 96- 123: iifsp VliPAtvaIGlaVaGfLtsGVfGLTAlS sfswi OLE3_BRANA : 100- 123: fspil V--PAl--ITvaMlItGflSSgGFGIaA itvfs OLE5_BRANA : 88- 111: fspil V--PAl--ITvaLlItGflSSgAFGIaA itvfs OLE6_GOSHI : 84- 109: iifsp VlvPAa--IAiaMaVtGflSSgAFGLtG lssls OLE6_GOSHI : 84- 111: iifsp VlvPAaiaIAmaVtGfLssGAfGLTGlS slsyv OLE6_GOSHI : 86- 109: fspvl V--PAa--IAiaMaVtGflSSgAFGLtG lssls OLE6_GOSHI : 86- 111: fspvl V--PAaiaIAmaVtGfLssGAfGLTGlS slsyv OLE7_GOSHI : 72- 97: vifsp VlvPAa--IAvfMaVaGflSSgAFGLtG lssls OLE7_GOSHI : 74- 97: fspvl V--PAa--IAvfMaVaGflSSgAFGLtG lssls OLEC_BRANA : 64- 87: fspil V--PAt--IAttLlAsGlmAGtTLGLtG iglim OLEO_ARATH : 86- 109: fspil V--PAl--ITvaLlItGflSSgGFGIaA itvfs OLEO_HELAN : 79- 104: fspii V--PAvltIGlaVtGfLasGTfGLTGlS slsyl G 7: 42.2336 12( 12) L-x(2)-[APS]-[AGSV]-L-x(3,4)-T-x(3,5)-L-x(2)-[AGIP]-[AGT]-x-[GILV]-x(2)-[GIL]-x(2)-[GPST]-[AILV]-x(2)-[LPV]-[AS]-x(2)-[AQST] Occurences: 12(12) OLE1_MAIZE : 45- 79: fggsm LvlSGLilagTvia--LtvATpVlvIfsPVlvPAaiA lalma OLE1_SOYBN : 19- 53: tplfv LfsPVLvpa-Tvaig-LavAGfLtsGafGLtaLSsfS wilny OLE2_BRANA : 59- 93: aggsl LvlSSLtlvgTvia--LtvATpLlvIfsPIlvPAliT valli OLE2_MAIZE : 91- 126: ifspv LvpAALlig-TavmgfLtsGAlGlgGlsSLtcLAntA rqafq OLE2_SOYBN : 69- 103: vggil LllAGLtlagTltg--LvvATpLfiIfsPVliPAtvA iglav OLE3_BRANA : 71- 105: aggsl LvlSSLtlvgTvia--LtvATpLlvIfsPIlvPAliT vamli OLE5_BRANA : 59- 93: agdsl LvlSSLtlvgTvia--LivATpLlvIfsPIlvPAliT valli OLE6_GOSHI : 57- 91: iggtl LalAGLtlagTvig--LmlATpLfiIfsPVlvPAaiA iamav OLE7_GOSHI : 45- 79: iggtl LalAGLtltgTvig--LcmATpLfvIfsPVlvPAaiA vfmav OLEC_BRANA : 72- 105: tiatt LlaSGLmag-Ttlg--LtgIGlImgLvrTAggVSllQ splrk OLEO_ARATH : 57- 91: aggsl LvlSSLtlvgTvia--LtvATpLlvIfsPIlvPAliT valli OLEO_HELAN : 50- 84: vggil LglAALtfigTlig--LalATpLfvIfsPIivPAvlT iglav H 8: 41.8547 12( 12) P-[LV]-[FL]-[ILV]-[ILM]-F-S-P-x(0,2)-V-x(0,2)-P-A-x-[ILV] Occurences: 12(12) OLE1_MAIZE : 64- 78: ltvat PVLVIFSPvlV--PAaI alalm OLE1_MAIZE : 64- 78: ltvat PVLVIFSP--VlvPAaI alalm OLE1_SOYBN : 15- 29: lavat PLFVLFSPvlV--PAtV aigla OLE1_SOYBN : 15- 29: lavat PLFVLFSP--VlvPAtV aigla OLE2_BRANA : 78- 92: ltvat PLLVIFSPilV--PAlI tvall OLE2_MAIZE : 82- 96: lavat PVFLIFSPvlV--PAaL ligta OLE2_MAIZE : 82- 96: lavat PVFLIFSP--VlvPAaL ligta OLE2_SOYBN : 88- 102: lvvat PLFIIFSP--VliPAtV aigla OLE3_BRANA : 90- 104: ltvat PLLVIFSPilV--PAlI tvaml OLE5_BRANA : 78- 92: livat PLLVIFSPilV--PAlI tvall OLE6_GOSHI : 76- 90: lmlat PLFIIFSPvlV--PAaI aiama OLE6_GOSHI : 76- 90: lmlat PLFIIFSP--VlvPAaI aiama OLE7_GOSHI : 64- 78: lcmat PLFVIFSPvlV--PAaI avfma OLE7_GOSHI : 64- 78: lcmat PLFVIFSP--VlvPAaI avfma OLEC_BRANA : 54- 68: livst PLFIMFSPilV--PAtI attll OLEO_ARATH : 76- 90: ltvat PLLVIFSPilV--PAlI tvall OLEO_HELAN : 69- 83: lalat PLFVIFSPiiV--PAvL tigla I 9: 37.3091 13( 12) L-x(1,2)-G-T-x(3,5)-L-x(2)-[AGILP]-[AGST]-x-[GILV]-[FLM]-x(2)-[FLV]-[RS]-[PQST]-x(4)-[ASV]-x(2)-[AQST] Occurences: 13(12) OLE1_MAIZE : 52- 79: lsgli La-GTvia--LtvATpVLviFSPvlvpAaiA lalma OLE1_SOYBN : 3- 30: ns La-GTltg--LavATpLFvlFSPvlvpAtvA iglav OLE2_BRANA : 66- 93: lsslt Lv-GTvia--LtvATpLLviFSPilvpAliT valli OLE2_MAIZE : 96- 126: lvpaa LliGTavmgfLtsGAlGLggLSSltclAntA rqafq OLE2_MAIZE : 97- 126: vpaal Li-GTavmgfLtsGAlGLggLSSltclAntA rqafq OLE2_SOYBN : 76- 103: laglt La-GTltg--LvvATpLFiiFSPvlipAtvA iglav OLE3_BRANA : 78- 105: lsslt Lv-GTvia--LtvATpLLviFSPilvpAliT vamli OLE5_BRANA : 66- 93: lsslt Lv-GTvia--LivATpLLviFSPilvpAliT valli OLE6_GOSHI : 64- 91: laglt La-GTvig--LmlATpLFiiFSPvlvpAaiA iamav OLE7_GOSHI : 52- 79: laglt Lt-GTvig--LcmATpLFviFSPvlvpAaiA vfmav OLEC_BRANA : 77- 105: llasg LmaGTtlg--LtgIGlIMglVRTaggvSllQ splrk OLEO_ARATH : 64- 91: lsslt Lv-GTvia--LtvATpLLviFSPilvpAliT valli OLEO_HELAN : 93- 123: avtgf LasGTfgltgLssLSyLFnmVRQtagsVpeS ldyvk J 10: 35.0228 12( 12) P-[LV]-[FL]-[ILV]-[ILM]-F-S-P-x(0,2)-V-x(0,2)-P Occurences: 12(12) OLE1_MAIZE : 64- 75: ltvat PVLVIFSPvlV--P aaial OLE1_MAIZE : 64- 75: ltvat PVLVIFSP--VlvP aaial OLE1_SOYBN : 15- 26: lavat PLFVLFSPvlV--P atvai OLE1_SOYBN : 15- 26: lavat PLFVLFSP--VlvP atvai OLE2_BRANA : 78- 89: ltvat PLLVIFSPilV--P alitv OLE2_MAIZE : 82- 93: lavat PVFLIFSPvlV--P aalli OLE2_MAIZE : 82- 93: lavat PVFLIFSP--VlvP aalli OLE2_SOYBN : 88- 99: lvvat PLFIIFSP--VliP atvai OLE3_BRANA : 90- 101: ltvat PLLVIFSPilV--P alitv OLE5_BRANA : 78- 89: livat PLLVIFSPilV--P alitv OLE6_GOSHI : 76- 87: lmlat PLFIIFSPvlV--P aaiai OLE6_GOSHI : 76- 87: lmlat PLFIIFSP--VlvP aaiai OLE7_GOSHI : 64- 75: lcmat PLFVIFSPvlV--P aaiav OLE7_GOSHI : 64- 75: lcmat PLFVIFSP--VlvP aaiav OLEC_BRANA : 54- 65: livst PLFIMFSPilV--P atiat OLEO_ARATH : 76- 87: ltvat PLLVIFSPilV--P alitv OLEO_HELAN : 69- 80: lalat PLFVIFSPiiV--P avlti K 11: 34.9375 12( 12) S-P-[IV]-[IL]-[IV]-P-A-x(1,3)-I-x(0,2)-A-x(4)-[AGLV] Occurences: 12(12) OLE1_MAIZE : 70- 84: vlvif SPVLVPAa--I--AlalmA agfvt OLE1_MAIZE : 70- 86: vlvif SPVLVPAa--IalAlmaaG fvtsg OLE1_SOYBN : 21- 39: lfvlf SPVLVPAtvaIglAvagfL tsgaf OLE2_BRANA : 84- 100: llvif SPILVPAl--ItvAllitG flssg OLE2_MAIZE : 88- 106: vflif SPVLVPAallIgtAvmgfL tsgal OLE2_SOYBN : 94- 112: lfiif SPVLIPAtvaIglAvagfL tsgvf OLE3_BRANA : 96- 112: llvif SPILVPAl--ItvAmlitG flssg OLE5_BRANA : 84- 100: llvif SPILVPAl--ItvAllitG flssg OLE6_GOSHI : 82- 96: lfiif SPVLVPAa--I--AiamaV tgfls OLE6_GOSHI : 82- 98: lfiif SPVLVPAaiaI--AmavtG flssg OLE6_GOSHI : 82- 98: lfiif SPVLVPAa--IaiAmavtG flssg OLE6_GOSHI : 82- 100: lfiif SPVLVPAaiaIamAvtgfL ssgaf OLE7_GOSHI : 70- 84: lfvif SPVLVPAa--I--AvfmaV agfls OLEC_BRANA : 60- 74: lfimf SPILVPAt--I--AttllA sglma OLEO_ARATH : 82- 98: llvif SPILVPAl--ItvAllitG flssg OLEO_HELAN : 75- 93: lfvif SPIIVPAvltIglAvtgfL asgtf L 12: 34.9257 12( 12) L-x-G-x(3,4)-L-x(3,5)-T-[ALP]-x(2)-[ILV]-x-[FL]-[AS]-[PTV]-[AIPV]-x(2)-[PV] Occurences: 12(12) OLE1_MAIZE : 52- 75: lsgli LaGtviaLtva--TPvlViFSPVlvP aaial OLE1_SOYBN : 3- 26: ns LaGtltgLava--TPlfVlFSPVlvP atvai OLE2_BRANA : 66- 89: lsslt LvGtviaLtva--TPllViFSPIlvP alitv OLE2_MAIZE : 58- 83: atlfp LgGlllvLsglalTAsvVgLAVAtpV flifs OLE2_SOYBN : 76- 99: laglt LaGtltgLvva--TPlfIiFSPVliP atvai OLE3_BRANA : 78- 101: lsslt LvGtviaLtva--TPllViFSPIlvP alitv OLE5_BRANA : 66- 89: lsslt LvGtviaLiva--TPllViFSPIlvP alitv OLE6_GOSHI : 64- 87: laglt LaGtvigLmla--TPlfIiFSPVlvP aaiai OLE7_GOSHI : 52- 75: laglt LtGtvigLcma--TPlfViFSPVlvP aaiav OLEC_BRANA : 42- 65: fscva LgGsavaLivs--TPlfImFSPIlvP atiat OLEO_ARATH : 64- 87: lsslt LvGtviaLtva--TPllViFSPIlvP alitv OLEO_HELAN : 49- 72: pvggi LlGlaa-Ltfig-TLigLaLATPlfV ifspi M 13: 30.7675 12( 12) P-[IV]-[IL]-[IV]-P-A-x(1,3)-I-x(0,2)-A-x(4)-[AGLV] Occurences: 12(12) OLE1_MAIZE : 71- 84: lvifs PVLVPAa--I--AlalmA agfvt OLE1_MAIZE : 71- 86: lvifs PVLVPAa--IalAlmaaG fvtsg OLE1_SOYBN : 22- 39: fvlfs PVLVPAtvaIglAvagfL tsgaf OLE2_BRANA : 85- 100: lvifs PILVPAl--ItvAllitG flssg OLE2_MAIZE : 89- 106: flifs PVLVPAallIgtAvmgfL tsgal OLE2_SOYBN : 95- 112: fiifs PVLIPAtvaIglAvagfL tsgvf OLE3_BRANA : 97- 112: lvifs PILVPAl--ItvAmlitG flssg OLE5_BRANA : 85- 100: lvifs PILVPAl--ItvAllitG flssg OLE6_GOSHI : 83- 96: fiifs PVLVPAa--I--AiamaV tgfls OLE6_GOSHI : 83- 98: fiifs PVLVPAaiaI--AmavtG flssg OLE6_GOSHI : 83- 98: fiifs PVLVPAa--IaiAmavtG flssg OLE6_GOSHI : 83- 100: fiifs PVLVPAaiaIamAvtgfL ssgaf OLE7_GOSHI : 71- 84: fvifs PVLVPAa--I--AvfmaV agfls OLEC_BRANA : 61- 74: fimfs PILVPAt--I--AttllA sglma OLEO_ARATH : 83- 98: lvifs PILVPAl--ItvAllitG flssg OLEO_HELAN : 76- 93: fvifs PIIVPAvltIglAvtgfL asgtf N 14: 25.6821 12( 12) F-S-P-x(0,2)-V-x(0,2)-P-A-x-[ILV] Occurences: 12(12) OLE1_MAIZE : 69- 78: pvlvi FSPvlV--PAaI alalm OLE1_MAIZE : 69- 78: pvlvi FSP--VlvPAaI alalm OLE1_SOYBN : 20- 29: plfvl FSPvlV--PAtV aigla OLE1_SOYBN : 20- 29: plfvl FSP--VlvPAtV aigla OLE2_BRANA : 83- 92: pllvi FSPilV--PAlI tvall OLE2_MAIZE : 87- 96: pvfli FSPvlV--PAaL ligta OLE2_MAIZE : 87- 96: pvfli FSP--VlvPAaL ligta OLE2_SOYBN : 93- 102: plfii FSP--VliPAtV aigla OLE3_BRANA : 95- 104: pllvi FSPilV--PAlI tvaml OLE5_BRANA : 83- 92: pllvi FSPilV--PAlI tvall OLE6_GOSHI : 81- 90: plfii FSPvlV--PAaI aiama OLE6_GOSHI : 81- 90: plfii FSP--VlvPAaI aiama OLE7_GOSHI : 69- 78: plfvi FSPvlV--PAaI avfma OLE7_GOSHI : 69- 78: plfvi FSP--VlvPAaI avfma OLEC_BRANA : 59- 68: plfim FSPilV--PAtI attll OLEO_ARATH : 81- 90: pllvi FSPilV--PAlI tvall OLEO_HELAN : 74- 83: plfvi FSPiiV--PAvL tigla O 15: 23.4293 12( 12) G-x(0,1)-L-x(2)-G-x(1,3)-G-[ILM]-x-[AG]-x-[AGST] Occurences: 12(12) OLE1_MAIZE : 7- 19: ggggy GdLqrGg--GMhGeA qqqqk OLE1_SOYBN : 37- 50: glava GfLtsGaf-GLtAlS sfswi OLE2_BRANA : 100- 113: allit GfLssGgf-GIaAiT vfswi OLE2_MAIZE : 104- 117: gtavm GfLtsGal-GLgGlS sltcl OLE2_SOYBN : 110- 123: glava GfLtsGvf-GLtAlS sfswi OLE3_BRANA : 112- 125: amlit GfLssGgf-GIaAiT vfswi OLE5_BRANA : 100- 113: allit GfLssGaf-GIaAiT vfswi OLE6_GOSHI : 98- 111: amavt GfLssGaf-GLtGlS slsyv OLE7_GOSHI : 86- 99: fmava GfLssGaf-GLtGlS slsyv OLEC_BRANA : 76- 89: tllas G-LmaGttlGLtGiG limgl OLEO_ARATH : 98- 111: allit GfLssGgf-GIaAiT vfswi OLEO_HELAN : 91- 104: glavt GfLasGtf-GLtGlS slsyl P 16: 21.5121 12( 12) S-P-x(0,2)-V-x(0,2)-P-A-x-[ILV] Occurences: 12(12) OLE1_MAIZE : 70- 78: vlvif SPvlV--PAaI alalm OLE1_MAIZE : 70- 78: vlvif SP--VlvPAaI alalm OLE1_SOYBN : 21- 29: lfvlf SPvlV--PAtV aigla OLE1_SOYBN : 21- 29: lfvlf SP--VlvPAtV aigla OLE2_BRANA : 84- 92: llvif SPilV--PAlI tvall OLE2_MAIZE : 88- 96: vflif SPvlV--PAaL ligta OLE2_MAIZE : 88- 96: vflif SP--VlvPAaL ligta OLE2_SOYBN : 94- 102: lfiif SP--VliPAtV aigla OLE3_BRANA : 96- 104: llvif SPilV--PAlI tvaml OLE5_BRANA : 84- 92: llvif SPilV--PAlI tvall OLE6_GOSHI : 82- 90: lfiif SPvlV--PAaI aiama OLE6_GOSHI : 82- 90: lfiif SP--VlvPAaI aiama OLE7_GOSHI : 70- 78: lfvif SPvlV--PAaI avfma OLE7_GOSHI : 70- 78: lfvif SP--VlvPAaI avfma OLEC_BRANA : 60- 68: lfimf SPilV--PAtI attll OLEO_ARATH : 82- 90: llvif SPilV--PAlI tvall OLEO_HELAN : 75- 83: lfvif SPiiV--PAvL tigla Q 17: 18.8503 12( 12) F-S-P-x(0,2)-V-x(0,2)-P Occurences: 12(12) OLE1_MAIZE : 69- 75: pvlvi FSPvlV--P aaial OLE1_MAIZE : 69- 75: pvlvi FSP--VlvP aaial OLE1_SOYBN : 20- 26: plfvl FSPvlV--P atvai OLE1_SOYBN : 20- 26: plfvl FSP--VlvP atvai OLE2_BRANA : 83- 89: pllvi FSPilV--P alitv OLE2_MAIZE : 87- 93: pvfli FSPvlV--P aalli OLE2_MAIZE : 87- 93: pvfli FSP--VlvP aalli OLE2_SOYBN : 93- 99: plfii FSP--VliP atvai OLE3_BRANA : 95- 101: pllvi FSPilV--P alitv OLE5_BRANA : 83- 89: pllvi FSPilV--P alitv OLE6_GOSHI : 81- 87: plfii FSPvlV--P aaiai OLE6_GOSHI : 81- 87: plfii FSP--VlvP aaiai OLE7_GOSHI : 69- 75: plfvi FSPvlV--P aaiav OLE7_GOSHI : 69- 75: plfvi FSP--VlvP aaiav OLEC_BRANA : 59- 65: plfim FSPilV--P atiat OLEO_ARATH : 81- 87: pllvi FSPilV--P alitv OLEO_HELAN : 74- 80: plfvi FSPiiV--P avlti R 18: 18.3503 16( 12) G-x(0,2)-T-x(2)-[AG]-L-x(4,5)-L Occurences: 16(12) OLE1_MAIZE : 86- 98: almaa GfvTsgGLgvaa-L svfsw OLE1_SOYBN : 5- 16: nsla G--TltGLavatpL fvlfs OLE2_BRANA : 68- 79: sltlv G--TviALtvatpL lvifs OLE2_MAIZE : 104- 116: gtavm GflTsgALglgg-L ssltc OLE2_SOYBN : 78- 89: gltla G--TltGLvvatpL fiifs OLE3_BRANA : 80- 91: sltlv G--TviALtvatpL lvifs OLE5_BRANA : 68- 79: sltlv G--TviALivatpL lvifs OLE6_GOSHI : 53- 64: tllpi Gg-TllALaglt-L agtvi OLE6_GOSHI : 54- 64: llpig G--TllALaglt-L agtvi OLE6_GOSHI : 66- 77: gltla G--TviGLmlatpL fiifs OLE7_GOSHI : 41- 52: tllpi Gg-TllALaglt-L tgtvi OLE7_GOSHI : 42- 52: llpig G--TllALaglt-L tgtvi OLE7_GOSHI : 54- 65: gltlt G--TviGLcmatpL fvifs OLEC_BRANA : 80- 90: sglma G--TtlGLtgig-L imglv OLEO_ARATH : 66- 77: sltlv G--TviALtvatpL lvifs OLEO_HELAN : 59- 70: altfi G--TliGLalatpL fvifs S 19: 17.3548 15( 12) L-x(3)-G-x(3,5)-A-x(0,2)-L-x(2)-[AIL] Occurences: 15(12) OLE1_MAIZE : 50- 62: lvlsg LilaGtvi--A--LtvA tpvlv OLE1_SOYBN : 33- 49: tvaig LavaGfltsgAfgLtaL ssfsw OLE2_BRANA : 64- 76: lvlss LtlvGtvi--A--LtvA tpllv OLE2_MAIZE : 39- 53: vkkgm LhdkGptasqA--LtvA tlfpl OLE2_SOYBN : 62- 77: avvag LpvgGillllAg-LtlA gtltg OLE2_SOYBN : 69- 83: vggil LllaGltl--AgtLtgL vvatp OLE3_BRANA : 76- 88: lvlss LtlvGtvi--A--LtvA tpllv OLE5_BRANA : 64- 76: lvlss LtlvGtvi--A--LivA tpllv OLE6_GOSHI : 49- 62: lavlt LlpiGgtll-A--LagL tlagt OLE6_GOSHI : 50- 62: avltl LpigGtll--A--LagL tlagt OLE6_GOSHI : 50- 65: avltl LpigGtllalAg-LtlA gtvig OLE7_GOSHI : 37- 50: ltvlt LlpiGgtll-A--LagL tltgt OLE7_GOSHI : 38- 50: tvltl LpigGtll--A--LagL tltgt OLEC_BRANA : 120- 135: rikar LgggGggsrlAr-LkkI lglln OLEO_ARATH : 62- 74: lvlss LtlvGtvi--A--LtvA tpllv OLEO_HELAN : 43- 58: aiial LpvgGillglAa-LtfI gtlig T 20: 17.3420 12( 12) P-x(0,2)-V-x(0,2)-P-A-x-[ILV] Occurences: 12(12) OLE1_MAIZE : 71- 78: lvifs PvlV--PAaI alalm OLE1_MAIZE : 71- 78: lvifs P--VlvPAaI alalm OLE1_SOYBN : 22- 29: fvlfs PvlV--PAtV aigla OLE1_SOYBN : 22- 29: fvlfs P--VlvPAtV aigla OLE2_BRANA : 85- 92: lvifs PilV--PAlI tvall OLE2_MAIZE : 89- 96: flifs PvlV--PAaL ligta OLE2_MAIZE : 89- 96: flifs P--VlvPAaL ligta OLE2_SOYBN : 95- 102: fiifs P--VliPAtV aigla OLE3_BRANA : 97- 104: lvifs PilV--PAlI tvaml OLE5_BRANA : 85- 92: lvifs PilV--PAlI tvall OLE6_GOSHI : 83- 90: fiifs PvlV--PAaI aiama OLE6_GOSHI : 83- 90: fiifs P--VlvPAaI aiama OLE7_GOSHI : 71- 78: fvifs PvlV--PAaI avfma OLE7_GOSHI : 71- 78: fvifs P--VlvPAaI avfma OLEC_BRANA : 61- 68: fimfs PilV--PAtI attll OLEO_ARATH : 83- 90: lvifs PilV--PAlI tvall OLEO_HELAN : 76- 83: fvifs PiiV--PAvL tigla Number of patterns evaluated by Pratt:1747 Total running time: 2 seconds