------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 26 sequences from file ODR_DC_2_2 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 26 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename ODR_DC_2_2.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: DCDA_BACMT 432 DCDA_BACSU 439 DCDA_BRELA 49 DCDA_CORGL 445 DCDA_ECOLI 420 DCDA_HAEIN 415 DCDA_MYCTU 446 DCDA_PSEAE 415 DCO1_DROME 394 DCO2_DROME 393 DCOR_BOVIN 461 DCOR_CAEEL 422 DCOR_CHICK 450 DCOR_CRIGR 458 DCOR_HUMAN 461 DCOR_LEIDO 707 DCOR_MOUSE 461 DCOR_MUSPA 461 DCOR_NEUCR 484 DCOR_RAT 461 DCOR_TRYBB 445 DCOR_XENLA 460 DCOR_YEAST 466 SPE1_AVESA 607 SPEA_ECOLI 658 TABA_PSESZ 420 Pratt run started at Thu Feb 6 20:25:39 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 12.0102 31( 26) G-x(4)-A-x(3,4)-L 2: 11.5102 41( 26) V-x(3,4)-L-x(3,4)-G 3: 11.0102 61( 26) L-x(1,3)-L-x(0,1)-A 4: 11.0102 54( 26) L-x(3,4)-A-x(1,3)-G 5: 11.0102 60( 26) L-x(2,4)-A-x(2,3)-G 6: 11.0102 50( 26) V-x(1,2)-G-x(0,2)-V 7: 11.0102 66( 26) V-x(1,3)-G-x(0,1)-V 8: 11.0102 55( 26) G-x(3,4)-V-x(1,3)-G 9: 11.0102 51( 26) G-x(2,3)-V-x(0,2)-A 10: 11.0102 54( 26) G-x(2,4)-V-x(0,1)-A 11: 11.0102 46( 26) G-x(1,3)-V-x(0,1)-A 12: 11.0102 35( 26) E-x(2,4)-V-x(2,3)-G 13: 10.5102 43( 26) G-x(2,4)-L-x(1,3)-D 14: 10.5102 66( 26) L-x(0,2)-A-x(0,2)-E 15: 10.5102 51( 26) V-x(0,2)-L-x(1,3)-L 16: 10.5102 49( 26) V-x(1,3)-D-x(3,5)-E 17: 10.5102 55( 26) A-x(0,2)-V-x(3,5)-D 18: 10.5102 86( 26) A-x(1,3)-L-x(3,5)-A 19: 10.5102 57( 26) G-x(1,3)-V-x(0,2)-A 20: 10.5102 62( 26) D-x(1,3)-V-x(3,5)-A Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 13.2655 37( 26) L-x(1,3)-L-x(0,1)-A-x(3)-[ACGV] B 2: 12.9312 41( 26) G-x(3,4)-V-x(1,3)-G-[ACGTV] C 3: 12.0102 31( 26) G-x(4)-A-x(3,4)-L D 4: 11.5102 41( 26) V-x(3,4)-L-x(3,4)-G E 5: 11.0102 54( 26) L-x(3,4)-A-x(1,3)-G F 6: 11.0102 60( 26) L-x(2,4)-A-x(2,3)-G G 7: 11.0102 50( 26) V-x(1,2)-G-x(0,2)-V H 8: 11.0102 66( 26) V-x(1,3)-G-x(0,1)-V I 9: 11.0102 51( 26) G-x(2,3)-V-x(0,2)-A J 10: 11.0102 54( 26) G-x(2,4)-V-x(0,1)-A K 11: 11.0102 46( 26) G-x(1,3)-V-x(0,1)-A L 12: 11.0102 35( 26) E-x(2,4)-V-x(2,3)-G M 13: 10.5102 43( 26) G-x(2,4)-L-x(1,3)-D N 14: 10.5102 66( 26) L-x(0,2)-A-x(0,2)-E O 15: 10.5102 51( 26) V-x(0,2)-L-x(1,3)-L P 16: 10.5102 49( 26) V-x(1,3)-D-x(3,5)-E Q 17: 10.5102 55( 26) A-x(0,2)-V-x(3,5)-D R 18: 10.5102 86( 26) A-x(1,3)-L-x(3,5)-A S 19: 10.5102 57( 26) G-x(1,3)-V-x(0,2)-A T 20: 10.5102 62( 26) D-x(1,3)-V-x(3,5)-A Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 13.2655 37( 26) L-x(1,3)-L-x(0,1)-A-x(3)-[ACGV] Occurences: 37(26) DCDA_BACMT : 92- 102: vsgge LytaLvAgfpV hkihf DCDA_BACSU : 23- 30: ggvda Ly--L-AekyG tplyv DCDA_BRELA : 34- 42: vagvp Lpd-L-AeeyG tplfv DCDA_CORGL : 34- 42: vagvp Lpd-L-AeeyG tplfv DCDA_CORGL : 101- 111: asine LgiaLaAgfpA srita DCDA_CORGL : 396- 403: tsgdf La--L-AatgA ycyam DCDA_ECOLI : 17- 26: ltaen Llr-LpAefgC pvwvy DCDA_ECOLI : 18- 26: taenl Lr--LpAefgC pvwvy DCDA_HAEIN : 86- 96: vsqge LervLaAggdA skvvf DCDA_MYCTU : 31- 39: iagip Ltq-L-AqeyG tplfv DCDA_PSEAE : 68- 76: snlgv Lnv-L-ArlgA gfdiv DCO1_DROME : 72- 82: pmvvr LlaqLgAgfdC askne DCO1_DROME : 73- 82: mvvrl Laq-LgAgfdC askne DCO2_DROME : 174- 182: adaaa Lml-L-AkalG lkvtg DCO2_DROME : 174- 182: adaaa Lm--LlAkalG lkvtg DCOR_BOVIN : 53- 62: ilkkh Lrw-LkAlprV tpfya DCOR_CAEEL : 78- 87: ntdlv LiriL-AslgC gfdca DCOR_CHICK : 70- 79: avvkt Lav-LgAgfdC askte DCOR_CHICK : 177- 184: erake Ld--L-AivgV sfhvg DCOR_CRIGR : 74- 83: ndsra LvntL-AaitV dcask DCOR_HUMAN : 53- 62: ilkkh Lrw-LkAlprV tpfya DCOR_LEIDO : 296- 305: pqpav Lev-LsAlgaG fdcas DCOR_LEIDO : 299- 308: avlev Lsa-LgAgfdC askee DCOR_MOUSE : 53- 62: ilkkh Lrw-LkAlprV tpfya DCOR_MUSPA : 53- 62: ilkkh Lrw-LkAlprV tpfya DCOR_NEUCR : 121- 131: hpder LlqlLaAlgtG fdcas DCOR_NEUCR : 122- 131: pderl Lql-LaAlgtG fdcas DCOR_NEUCR : 225- 233: dstdg Llg-L-ArqlG lnvvg DCOR_NEUCR : 226- 233: stdgl Lg--L-ArqlG lnvvg DCOR_RAT : 53- 62: vlkkh Lrw-LkAlprV tpfya DCOR_TRYBB : 97- 106: ddwrv Lgt-LaAlgtG fdcas DCOR_XENLA : 80- 89: aivkt Lsi-LgAgfdC askte DCOR_YEAST : 124- 132: pdtkv Lsl-L-AelgV nfdca DCOR_YEAST : 124- 132: pdtkv Ls--LlAelgV nfdca SPE1_AVESA : 163- 171: sayva La--LaAramG lnvii SPEA_ECOLI : 145- 153: hsgep Lg--LeAgskA elmav TABA_PSESZ : 83- 90: sspve Lm--L-AerlG argdd TABA_PSESZ : 193- 201: mcane Ls--LeAavqA gvqvi TABA_PSESZ : 240- 248: iddqa Ld--LtAyadA lkral B 2: 12.9312 41( 26) G-x(3,4)-V-x(1,3)-G-[ACGTV] Occurences: 41(26) DCDA_BACMT : 81- 90: laeee GlsldVvs-GG elyta DCDA_BACMT : 292- 301: iwiep Grsl-VgdaGT tlyqi DCDA_BACSU : 81- 90: laeee GlsldVvs-GG elyta DCDA_BACSU : 292- 301: iwiep Grsl-VgdaGT tlytv DCDA_BACSU : 307- 315: tlytv GsqkeVp--GV rqyva DCDA_BACSU : 314- 324: qkevp GvrqyVavdGG mndni DCDA_BACSU : 379- 389: pevke GdllaVfctGA ygysm DCDA_BRELA : 25- 32: vrqed Gvvt-Va--GV plpdl DCDA_CORGL : 25- 32: vrqed Gvvt-Va--GV plpdl DCDA_ECOLI : 270- 279: leiep Grfl-VaqsGV litqv DCDA_HAEIN : 84- 94: divsq GelerVlaaGG daskv DCDA_HAEIN : 94- 104: vlaag GdaskVvfsGV aksre DCDA_MYCTU : 87- 96: wisee GlcldVct-GG elava DCDA_PSEAE : 84- 94: divsr GelerVlaaGG dpakv DCDA_PSEAE : 94- 104: vlaag GdpakVvfsGV gktrd DCDA_PSEAE : 275- 284: lvfep Grsi-VanaGV lltrv DCDA_PSEAE : 359- 369: lalae GdllaVrsaGA ygfvm DCO1_DROME : 187- 196: elkvt GtsfhVgs-GC selqa DCO2_DROME : 187- 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Gglg-VdyeGT rsqsd TABA_PSESZ : 326- 333: dqrpe Gvfd-Vv--GA lcenf C 3: 12.0102 31( 26) G-x(4)-A-x(3,4)-L Occurences: 31(26) DCDA_BACMT : 184- 194: fdlqn GqaekAlqiaL nsnfv DCDA_BACSU : 184- 194: fdlhn GqterAieqvL qsehi DCDA_BRELA : 25- 34: vrqed GvvtvAgvp-L pdlae DCDA_CORGL : 25- 34: vrqed GvvtvAgvp-L pdlae DCDA_CORGL : 68- 78: afggp GnvhyAskafL tktia DCDA_CORGL : 226- 235: vfdae GfklaAerv-L glysq DCDA_CORGL : 259- 269: lgggy GiaytAaeepL nvaev DCDA_ECOLI : 270- 280: leiep GrflvAqsgvL itqvr DCDA_HAEIN : 276- 286: iilep GraisAnagiL vakvq DCDA_MYCTU : 22- 31: trdev GvvciAgip-L tqlaq DCDA_MYCTU : 423- 432: srcgs GargnArlv-L rretv DCDA_PSEAE : 253- 263: qppla GdyirAirerL hgrdl DCDA_PSEAE : 275- 285: lvfep GrsivAnagvL ltrve DCO1_DROME : 267- 277: iiaep GrffvAaactL vckih DCO2_DROME : 164- 174: lgdky GcdaeAdaaaL mllak DCOR_BOVIN : 276- 286: iiaep GryyvAsaftL avnii DCOR_CAEEL : 277- 287: lyrep GrffaAgpfsL vanii DCOR_CHICK : 266- 276: iiaep GryyvAsaftL avnii DCOR_CRIGR : 273- 283: viaep GryyvAsaftL avnii DCOR_HUMAN : 276- 286: iiaep GryyvAsaftL avnii DCOR_LEIDO : 500- 510: iisep GryftAashaL lmnvf DCOR_MOUSE : 276- 286: iiaep GryyvAsaftL avnii DCOR_MUSPA : 276- 286: iiaep GryyvAsaftL avnii DCOR_NEUCR : 224- 234: ldstd GllglArqlgL nvvgv DCOR_RAT : 276- 286: iiaep GryyvAsaftL avnii DCOR_TRYBB : 296- 306: ivaep GryyvAsaftL avnvi DCOR_XENLA : 276- 286: iiaep GryyvAssftL avnii DCOR_YEAST : 320- 330: iiaep GryfvAtaftL ashvi SPE1_AVESA : 154- 163: ylvcn GykdsAyva-L alaar SPEA_ECOLI : 362- 372: vites GravtAhhtvL vsnii TABA_PSESZ : 374- 383: gftyn GrlrpAelm-L tddgd D 4: 11.5102 41( 26) V-x(3,4)-L-x(3,4)-G Occurences: 41(26) DCDA_BACMT : 20- 30: leigg VdtieLaqkyG tplyv DCDA_BACMT : 71- 81: kafst VamiqLaeeeG lsldv DCDA_BACSU : 20- 30: leigg VdalyLaekyG tplyv DCDA_BACSU : 71- 81: kafss VamiqLaeeeG lsldv DCDA_BACSU : 239- 247: dsysf Vskv-Lnlg-G gfgir DCDA_BACSU : 239- 248: dsysf Vskv-LnlggG fgiry DCDA_BACSU : 427- 436: tyedi Vkld-LpfktG vkq DCDA_BRELA : 32- 42: vtvag VplpdLaeeyG 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