------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 48 sequences from file NIFH_FRXC_1 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 48 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename NIFH_FRXC_1.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: BCHL_RHOCA 304 BCHX_RHOCA 333 BCHX_RHOSH 333 CHLL_CHLRE 293 CHLL_MARPO 289 CHLL_PINCO 291 CHLL_PINTH 291 CHLL_PLEBO 286 CHLL_POLAC 160 CHLL_SYNY3 288 NIF1_AZOCH 291 NIF1_AZOVI 289 NIF1_CLOPA 273 NIF1_METTL 284 NIF1_RHISO 296 NIF1_RHOCA 295 NIF2_AZOCH 290 NIF2_AZOVI 290 NIF2_CLOPA 272 NIF2_METIV 263 NIF2_METTL 292 NIF2_RHISO 296 NIF2_RHOCA 275 NIF3_AZOVI 275 NIF3_CLOPA 275 NIF4_CLOPA 273 NIF5_CLOPA 273 NIF6_CLOPA 272 NIFH_ANASL 294 NIFH_ANASP 299 NIFH_AZOBR 293 NIFH_BRAJA 294 NIFH_BRASP 294 NIFH_ENTAG 36 NIFH_FRAAL 287 NIFH_FRASP 287 NIFH_KLEPN 292 NIFH_METVO 278 NIFH_NOSCO 86 NIFH_PLEBO 296 NIFH_RHILE 30 NIFH_RHILT 297 NIFH_RHIME 297 NIFH_RHIPH 297 NIFH_RHISA 296 NIFH_RHORU 295 NIFH_THIFE 298 NIFH_TRITH 119 Pratt run started at Thu Feb 6 20:24:54 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 11.0102 57( 48) K-x(0,2)-T-x(0,1)-T 2: 8.3401 133( 48) I-x(2)-S 3: 8.3401 146( 48) G-I 4: 7.8401 173( 48) A-x(1,2)-L 5: 7.8401 249( 48) L-x(0,1)-A 6: 7.8401 191( 48) T-x(2,3)-L 7: 7.8401 90( 48) T-x(0,1)-T 8: 7.8401 121( 48) K-x(1,2)-T 9: 7.8401 225( 48) G-x(0,1)-K 10: 7.8401 122( 48) G-x(2,3)-T 11: 7.8401 170( 48) G-x(3,4)-T 12: 7.8401 268( 48) G-x(0,1)-I 13: 7.8401 177( 48) K-x(2,3)-I 14: 7.8401 263( 48) A-x(2,3)-G 15: 7.8401 195( 48) A-x(3,4)-G 16: 7.8401 217( 48) L-x(3,4)-A 17: 7.8401 140( 48) A-x(1,2)-R 18: 7.8401 178( 48) A-x(4,5)-I 19: 7.3401 186( 48) L-x(0,2)-V 20: 7.3401 262( 48) A-x(0,2)-L Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 15.5184 56( 48) G-I-[GIL]-x-[AGNST]-x-[ENT] B 2: 13.8363 111( 48) G-x(0,1)-K-[ACGST]-[AGTV]-x-[AEGST] C 3: 11.0102 57( 48) K-x(0,2)-T-x(0,1)-T D 4: 10.5710 102( 48) I-x(2)-S-x-[AENT] E 5: 10.4618 162( 48) G-x(0,1)-I-x(2)-[NSV] F 6: 10.0535 153( 48) A-x(2,3)-G-x(2)-[AEGT] G 7: 10.0435 76( 48) K-x(1,2)-T-[EQST] H 8: 8.9849 169( 48) A-x(0,2)-L-x-[AEGQST] I 9: 7.8401 173( 48) A-x(1,2)-L J 10: 7.8401 249( 48) L-x(0,1)-A K 11: 7.8401 191( 48) T-x(2,3)-L L 12: 7.8401 90( 48) T-x(0,1)-T M 13: 7.8401 122( 48) G-x(2,3)-T N 14: 7.8401 170( 48) G-x(3,4)-T O 15: 7.8401 177( 48) K-x(2,3)-I P 16: 7.8401 195( 48) A-x(3,4)-G Q 17: 7.8401 217( 48) L-x(3,4)-A R 18: 7.8401 140( 48) A-x(1,2)-R S 19: 7.8401 178( 48) A-x(4,5)-I T 20: 7.3401 186( 48) L-x(0,2)-V Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 15.5184 56( 48) G-I-[GIL]-x-[AGNST]-x-[ENT] Occurences: 56(48) BCHL_RHOCA : 46- 52: vygkg GIGkStT ssnls BCHX_RHOCA : 134- 140: gcggr GIIhGfE llekl BCHX_RHOSH : 45- 51: iygkg GIGkSfT lanls BCHX_RHOSH : 134- 140: gcggr GIIhGfE llekl CHLL_CHLRE : 10- 16: vygkg GIGkStT scnis CHLL_MARPO : 10- 16: vygkg GIGkStT scnis CHLL_PINCO : 10- 16: vygkg GIGkStT scnis CHLL_PINTH : 10- 16: vygkg GIGkStT scnis CHLL_PLEBO : 10- 16: vygkg GIGkStT scnis CHLL_POLAC : 15- 21: vygkg GIGkStT scnts CHLL_SYNY3 : 12- 18: vygkg GIGkStT scnis NIF1_AZOCH : 13- 19: iygkg GIGkStT tqnlv NIF1_AZOVI : 12- 18: iygkg GIGkStT tqnlv NIF1_CLOPA : 11- 17: iygkg GIGkStT tqnlt NIF1_CLOPA : 98- 104: gcagr GIItSiN mleql NIF1_METTL : 20- 26: iygkg GIGkStT tqnta NIF1_RHISO : 14- 20: fygkg GIGkStT sqntl NIF1_RHOCA : 14- 20: fygkg GIGkStT sqntl NIF2_AZOCH : 13- 19: iygkg GIGkStT tqnlv NIF2_AZOVI : 13- 19: iygkg GIGkStT tqnlv NIF2_CLOPA : 98- 104: gcagr GIItSiN mleql NIF2_METIV : 200- 206: gskvi GIIpGsE mvqks NIF2_METTL : 11- 17: fygkg GIGkStT vcnia NIF2_RHISO : 14- 20: fygkg GIGkStT sqntl NIF2_RHOCA : 12- 18: iygkg GIGkStT tqnta NIF3_AZOVI : 12- 18: iygkg GIGkStT tqnta NIF3_CLOPA : 12- 18: iygkg GIGkStT qqnta NIF4_CLOPA : 11- 17: iygkg GIGkStT tqnlt NIF4_CLOPA : 98- 104: gcagr GIItSiN mleql NIF5_CLOPA : 11- 17: iygkg GIGkStT tqnlt NIF5_CLOPA : 98- 104: gcagr GIItSiN mleql NIF6_CLOPA : 11- 17: iygkg GIGkStT tqnlt NIF6_CLOPA : 98- 104: gcagr GIItSiN mleql NIFH_ANASL : 16- 22: fygkg GIGkStT sqntl NIFH_ANASL : 105- 111: gcagr GIItAiN fleen NIFH_ANASP : 16- 22: fygkg GIGkStT sqntl NIFH_ANASP : 105- 111: gcagr GIItAiN fleen NIFH_AZOBR : 13- 19: fygkg GIGkStT sqntl NIFH_BRAJA : 14- 20: fygkg GIGkStT sqntl NIFH_BRASP : 14- 20: fygkg GIGkStT sqntl NIFH_ENTAG : 13- 19: iygkg GIGkStT tqnlv NIFH_FRAAL : 11- 17: fygkg GIGkStT qqntm NIFH_FRASP : 11- 17: fygkg GIGkStT qqntm NIFH_KLEPN : 12- 18: iygkg GIGkStT tqnlv NIFH_METVO : 11- 17: iygkg GIGkStN vgnma NIFH_NOSCO : 66- 72: llief GILeSdE wtaml NIFH_PLEBO : 16- 22: fygkg GIGkStT sqnti NIFH_PLEBO : 105- 111: gcagr GIItAiN fleen NIFH_RHILE : 14- 20: fygkg GIGkStT sqntl NIFH_RHILT : 14- 20: fygkg GIGkStT sqntl NIFH_RHIME : 14- 20: fygkg GIGkStT sqntl NIFH_RHIPH : 14- 20: fygkg GIGkStT sqntl NIFH_RHISA : 14- 20: fygkg GIGkStT sqntl NIFH_RHORU : 14- 20: fygkg GIGkStT sqntl NIFH_THIFE : 17- 23: fygkg GIGkStT sqkhl NIFH_TRITH : 64- 70: gcagr GIItAiN fleee B 2: 13.8363 111( 48) G-x(0,1)-K-[ACGST]-[AGTV]-x-[AEGST] Occurences: 111(48) BCHL_RHOCA : 43- 48: vfsvy G-KGGiG kstts BCHL_RHOCA : 48- 53: gkggi G-KSTtS snlsa BCHX_RHOCA : 42- 47: iiaiy G-KGGsG ksftl BCHX_RHOSH : 42- 47: viaiy G-KGGiG ksftl CHLL_CHLRE : 7- 12: klavy G-KGGiG kstts CHLL_CHLRE : 12- 17: gkggi G-KSTtS cnisi CHLL_MARPO : 7- 12: kiavy G-KGGiG kstts CHLL_MARPO : 12- 17: gkggi G-KSTtS cnisi CHLL_PINCO : 7- 12: kiavy G-KGGiG kstts CHLL_PINCO : 12- 17: gkggi G-KSTtS cnisv CHLL_PINTH : 7- 12: kiavy G-KGGiG kstts CHLL_PINTH : 12- 17: gkggi G-KSTtS cnisv CHLL_PLEBO : 7- 12: klavy G-KGGiG kstts CHLL_PLEBO : 12- 17: gkggi G-KSTtS cnisv CHLL_POLAC : 12- 17: kvavy G-KGGiG kstts CHLL_POLAC : 17- 22: gkggi G-KSTtS cntsi CHLL_SYNY3 : 9- 14: tlavy G-KGGiG kstts CHLL_SYNY3 : 14- 19: gkggi G-KSTtS cnist NIF1_AZOCH : 10- 15: qcaiy G-KGGiG ksttt NIF1_AZOCH : 15- 20: gkggi G-KSTtT qnlva NIF1_AZOCH : 83- 89: kvgyg GvKCVeS ggpep NIF1_AZOCH : 284- 289: desiv G-KAAaA ee NIF1_AZOVI : 9- 14: qcaiy G-KGGiG ksttt NIF1_AZOVI : 14- 19: gkggi G-KSTtT qnlva NIF1_AZOVI : 82- 88: kagyg GvKCVeS ggpep NIF1_AZOVI : 283- 288: desiv G-KTAeE v NIF1_CLOPA : 8- 13: qvaiy G-KGGiG ksttt NIF1_CLOPA : 13- 18: gkggi G-KSTtT qnlts NIF1_METTL : 17- 22: kvaiy G-KGGiG ksttt NIF1_METTL : 22- 27: gkggi G-KSTtT qntaa NIF1_RHISO : 11- 16: qiafy G-KGGiG kstts NIF1_RHISO : 16- 21: gkggi G-KSTtS qntla NIF1_RHISO : 285- 290: detqv G-KTAaE laals NIF1_RHOCA : 11- 16: qiafy G-KGGiG kstts NIF1_RHOCA : 16- 21: gkggi G-KSTtS qntla NIF1_RHOCA : 84- 90: kigyk GiKCTeA ggpep NIF2_AZOCH : 10- 15: qcaiy G-KGGiG ksttt NIF2_AZOCH : 15- 20: gkggi G-KSTtT qnlva NIF2_AZOCH : 83- 89: qigyg GvKCVeS ggpep NIF2_AZOCH : 284- 289: desiv G-KAGaE g NIF2_AZOVI : 10- 15: qcaiy G-KGGiG ksttt NIF2_AZOVI : 15- 20: gkggi G-KSTtT qnlva NIF2_AZOVI : 83- 89: qigfg GvKCVeS ggpep NIF2_AZOVI : 284- 289: desvv G-KAAaE g NIF2_CLOPA : 8- 13: qlaiy G-KGGiA ksttt NIF2_METIV : 9- 14: riaiy G-KGGiG kstiv NIF2_METTL : 8- 13: qiafy G-KGGiG ksttv NIF2_METTL : 234- 239: eaeie G-KTViE ydpnd NIF2_RHISO : 11- 16: qiafy G-KGGiG kstts NIF2_RHISO : 16- 21: gkggi G-KSTtS qntla NIF2_RHISO : 285- 290: desqv G-KTAaE laals NIF2_RHOCA : 9- 14: kiaiy G-KGGiG ksttt NIF2_RHOCA : 14- 19: gkggi G-KSTtT qntaa NIF3_AZOVI : 9- 14: kvaiy G-KGGiG ksttt NIF3_AZOVI : 14- 19: gkggi G-KSTtT qntaa NIF3_CLOPA : 9- 14: kiaiy G-KGGiG ksttq NIF4_CLOPA : 8- 13: qvaiy G-KGGiG ksttt NIF4_CLOPA : 13- 18: gkggi G-KSTtT qnlta NIF5_CLOPA : 8- 13: qvaiy G-KGGiG ksttt NIF5_CLOPA : 13- 18: gkggi G-KSTtT qnlts NIF6_CLOPA : 8- 13: qlaiy G-KGGiG ksttt NIF6_CLOPA : 13- 18: gkggi G-KSTtT qnlta NIFH_ANASL : 13- 18: qiafy G-KGGiG kstts NIFH_ANASL : 18- 23: gkggi G-KSTtS qntla NIFH_ANASL : 86- 92: ltgfr GvKCVeS ggpep NIFH_ANASP : 13- 18: qiafy G-KGGiG kstts NIFH_ANASP : 18- 23: gkggi G-KSTtS qntla NIFH_ANASP : 86- 92: ltgfr GvKCVeS ggpep NIFH_AZOBR : 10- 15: qiafy G-KGGiG kstts NIFH_AZOBR : 15- 20: gkggi G-KSTtS qntla NIFH_AZOBR : 83- 89: kigyk GiKCVeS ggpep NIFH_BRAJA : 11- 16: qiafy G-KGGiG kstts NIFH_BRAJA : 16- 21: gkggi G-KSTtS qntla NIFH_BRAJA : 285- 290: desii G-KTAaE laas NIFH_BRASP : 11- 16: qiafy G-KGGiG kstts NIFH_BRASP : 16- 21: gkggi G-KSTtS qntla NIFH_BRASP : 285- 290: desiv G-KTAaE laas NIFH_ENTAG : 10- 15: qcaiy G-KGGiG ksttt NIFH_ENTAG : 15- 20: gkggi G-KSTtT qnlva NIFH_FRAAL : 8- 13: qiafy G-KGGiG ksttq NIFH_FRAAL : 81- 87: vegqw GiKCVeS ggpep NIFH_FRASP : 8- 13: qiafy G-KGGiG ksttq NIFH_FRASP : 81- 87: vegqw GiKCVeS ggpep NIFH_KLEPN : 9- 14: qcaiy G-KGGiG ksttt NIFH_KLEPN : 14- 19: gkggi G-KSTtT qnlva NIFH_KLEPN : 283- 288: dtsii G-KTAaE enaa NIFH_METVO : 8- 13: kfciy G-KGGiG kstnv NIFH_NOSCO : 79- 84: tamlv G-KTAtE ap NIFH_PLEBO : 13- 18: qiafy G-KGGiG kstts NIFH_PLEBO : 18- 23: gkggi G-KSTtS qntia NIFH_RHILE : 11- 16: qiafy G-KGGiG kstts NIFH_RHILE : 16- 21: gkggi G-KSTtS qntla NIFH_RHILT : 11- 16: qiafy G-KGGiG kstts NIFH_RHILT : 16- 21: gkggi G-KSTtS qntla NIFH_RHILT : 84- 90: ktgyg GiKCVeS ggpep NIFH_RHIME : 11- 16: qiafy G-KGGiG kstts NIFH_RHIME : 16- 21: gkggi G-KSTtS qntla NIFH_RHIME : 84- 90: kvgyr GiKCVeS ggpep NIFH_RHIPH : 11- 16: qiafy G-KGGiG kstts NIFH_RHIPH : 16- 21: gkggi G-KSTtS qntla NIFH_RHIPH : 84- 90: kagyk GiKCVeS ggpep NIFH_RHISA : 11- 16: qiafy G-KGGiG kstts NIFH_RHISA : 16- 21: gkggi G-KSTtS qntla NIFH_RHISA : 84- 90: kvgyk GiKCVeS ggpep NIFH_RHORU : 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