------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 27 sequences from file MYB_1 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 27 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename MYB_1.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: BAS1_YEAST 811 CDC5_SCHPO 757 GL1_ARATH 228 MYB1_HORVU 267 MYB1_MAIZE 340 MYB1_PHYPA 449 MYB2_PHYPA 421 MYB3_HORVU 302 MYB3_MAIZE 255 MYBA_HUMAN 752 MYBB_CHICK 686 MYBB_HUMAN 700 MYBC_MAIZE 273 MYBD_MAIZE 252 MYBE_AVILE 669 MYBH_DICDI 451 MYBP_MAIZE 399 MYBQ_MAIZE 151 MYB_AVIMB 382 MYB_BOVIN 640 MYB_CHICK 641 MYB_DROME 657 MYB_HUMAN 640 MYB_MOUSE 636 MYB_XENLA 624 REB1_KLULA 595 REB1_YEAST 810 Pratt run started at Thu Feb 6 20:21:20 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 11.5102 33( 27) R-x(1,2)-N-x(2,3)-K 2: 11.5102 71( 27) E-x(0,1)-E-x(1,2)-L 3: 11.0102 49( 27) I-x(3,5)-L-x(2,3)-T 4: 11.0102 55( 27) E-x(0,2)-I-x(0,1)-K 5: 11.0102 38( 27) R-x(3,5)-K-x(2,3)-N 6: 11.0102 45( 27) L-x(0,1)-P-x(3,5)-G 7: 11.0102 43( 27) G-x(0,2)-T-x(1,2)-E 8: 11.0102 45( 27) G-x(0,2)-T-x(2,3)-E 9: 10.5102 64( 27) L-x(3,5)-L-x(0,2)-G 10: 10.5102 63( 27) E-x(0,2)-I-x(0,2)-K 11: 10.5102 87( 27) E-x(0,2)-E-x(3,5)-I 12: 10.5102 59( 27) L-x(0,2)-R-x(2,4)-K 13: 10.5102 56( 27) K-x(2,4)-L-x(3,5)-N 14: 10.5102 53( 27) L-x(0,2)-R-x(1,3)-G 15: 10.5102 67( 27) L-x(2,4)-K-x(0,2)-S 16: 10.5102 55( 27) S-x(0,2)-L-x(3,5)-A 17: 10.5102 60( 27) L-x(1,3)-G-x(0,2)-T 18: 10.5102 57( 27) K-x(0,2)-L-x(1,3)-G 19: 8.3401 75( 27) R-W 20: 8.3401 72( 27) P-x-R Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 11.5102 33( 27) R-x(1,2)-N-x(2,3)-K B 2: 11.5102 71( 27) E-x(0,1)-E-x(1,2)-L C 3: 11.0102 49( 27) I-x(3,5)-L-x(2,3)-T D 4: 11.0102 55( 27) E-x(0,2)-I-x(0,1)-K E 5: 11.0102 38( 27) R-x(3,5)-K-x(2,3)-N F 6: 11.0102 45( 27) L-x(0,1)-P-x(3,5)-G G 7: 11.0102 43( 27) G-x(0,2)-T-x(1,2)-E H 8: 11.0102 45( 27) G-x(0,2)-T-x(2,3)-E I 9: 10.5102 64( 27) L-x(3,5)-L-x(0,2)-G J 10: 10.5102 63( 27) E-x(0,2)-I-x(0,2)-K K 11: 10.5102 87( 27) E-x(0,2)-E-x(3,5)-I L 12: 10.5102 59( 27) L-x(0,2)-R-x(2,4)-K M 13: 10.5102 56( 27) K-x(2,4)-L-x(3,5)-N N 14: 10.5102 53( 27) L-x(0,2)-R-x(1,3)-G O 15: 10.5102 67( 27) L-x(2,4)-K-x(0,2)-S P 16: 10.5102 55( 27) S-x(0,2)-L-x(3,5)-A Q 17: 10.5102 60( 27) L-x(1,3)-G-x(0,2)-T R 18: 10.5102 57( 27) K-x(0,2)-L-x(1,3)-G S 19: 8.3401 75( 27) R-W T 20: 8.3401 72( 27) P-x-R Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 11.5102 33( 27) R-x(1,2)-N-x(2,3)-K Occurences: 33(27) BAS1_YEAST : 661- 666: spnsv Rs-Ngs-K tkkke CDC5_SCHPO : 169- 176: seara RlaNtqgK kakrk CDC5_SCHPO : 243- 249: tseed Rq-NfreK readq GL1_ARATH : 101- 107: krvpg RtdNqv-K nywnt MYB1_HORVU : 99- 105: grlpg RtdNei-K nywnt MYB1_MAIZE : 101- 107: aclpg RtdNei-K nvwnt MYB1_PHYPA : 13- 19: iaipr RtdNei-K nywnt MYB2_PHYPA : 99- 105: aqlpg RtdNei-K nywnt MYB3_HORVU : 101- 107: shlpg RtdNei-K nfwns MYB3_MAIZE : 99- 105: arlpg RtdNei-K nywnt MYBA_HUMAN : 171- 177: kllpg RtdNsi-K nhwns MYBB_CHICK : 167- 173: kllpg RtdNav-K nhwns MYBB_HUMAN : 167- 173: kmlpg RtdNav-K nhwns MYBC_MAIZE : 99- 105: grlpg RtdNei-K nywns MYBD_MAIZE : 99- 105: grlpg RteNei-K nywns MYBE_AVILE : 603- 608: rrwgk Rk-Nkp-K mdyek MYBH_DICDI : 285- 291: kflpg RtdNai-K nhwns MYBP_MAIZE : 67- 72: radvk Rg-Nis-K eeedi MYBP_MAIZE : 99- 105: shlpg 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EnEq-L glisg CDC5_SCHPO : 138- 143: rlrfg EaEpnL etlpa CDC5_SCHPO : 159- 163: dmded EkEm-L seara CDC5_SCHPO : 518- 522: qeria EkEr-L akarr CDC5_SCHPO : 620- 624: dyiqf EkEf-L etysa GL1_ARATH : 74- 79: kgnft EqEedL iirlh GL1_ARATH : 76- 79: nfteq E-Ed-L iirlh MYB1_HORVU : 73- 77: gnfsh E-EdeL iiklh MYB1_MAIZE : 277- 282: wlenl EkElgL wgyae MYB1_MAIZE : 326- 330: gpaaa EpEl-L vvvep MYB1_PHYPA : 77- 82: dsara EaEarL srqss MYB1_PHYPA : 159- 164: qkflq EwEssL kapqp MYB2_PHYPA : 72- 77: rgifs EaEenL ildlh MYB2_PHYPA : 74- 77: ifsea E-En-L ildlh MYB3_HORVU : 23- 27: lwspe EdEk-L ynhii MYB3_MAIZE : 21- 25: awtke EdEr-L vayir MYB3_MAIZE : 183- 188: cqqqe EeEvdL kpsaa MYB3_MAIZE : 184- 188: qqqee E-EvdL kpsaa MYBA_HUMAN : 189- 194: mrrkv EqEgyL qdgik MYBA_HUMAN : 270- 274: ekkik ElEm-L lmsae MYBA_HUMAN : 270- 275: ekkik ElEmlL msaen MYBB_CHICK : 38- 42: kwtqe EdEq-L kmlvr MYBB_CHICK : 525- 528: qtphl E-Ed-L kevlr MYBB_HUMAN : 38- 42: kwthe EdEq-L ralvr MYBB_HUMAN : 242- 245: eeens E-Ee-L aaatt MYBB_HUMAN : 542- 545: qtphl E-Ed-L kevlr MYBC_MAIZE : 74- 77: nisyd E-Ed-L iirlh MYBD_MAIZE : 74- 77: nisyd E-Ed-L iirlh MYBE_AVILE : 9- 14: mrrkv EqEgyL qessk MYBE_AVILE : 112- 116: ekrik ElEl-L lmste MYBE_AVILE : 112- 117: ekrik ElEllL msten MYBE_AVILE : 419- 422: hpiss E-El-L slkye MYBH_DICDI : 382- 387: krnas EiEqtL sqphi MYBP_MAIZE : 20- 24: grwta E-EdqL lanyi MYBQ_MAIZE : 20- 24: grwta E-EdqL lanyi MYB_AVIMB : 226- 230: ekrik ElEl-L lmste MYB_AVIMB : 226- 231: ekrik ElEllL msten MYB_BOVIN : 47- 51: rwtre EdEk-L kklve MYB_BOVIN : 194- 199: mrrkv EqEgyL qessk MYB_BOVIN : 297- 301: ekrik ElEl-L lmste MYB_BOVIN : 297- 302: ekrik ElEllL msten MYB_CHICK : 47- 51: rwtre EdEk-L kklve MYB_CHICK : 194- 199: mrrkv EqEgyL qessk MYB_CHICK : 297- 301: ekrik ElEl-L lmste MYB_CHICK : 297- 302: ekrik ElEllL msten MYB_CHICK : 548- 552: csnhw EgEn-L ntqlf MYB_DROME : 483- 486: aeiih E-Eh-L snslt MYB_HUMAN : 47- 51: rwtre EdEk-L kklve MYB_HUMAN : 194- 199: mrrkv EqEgyL qessk MYB_HUMAN : 297- 301: ekrik ElEl-L lmste MYB_HUMAN : 297- 302: ekrik ElEllL msten MYB_MOUSE : 47- 51: rwtre EdEk-L kklve MYB_MOUSE : 194- 199: mrrkv EqEgyL qepsk MYB_MOUSE : 297- 301: ekrik ElEl-L lmste MYB_MOUSE : 297- 302: ekrik ElEllL msten MYB_XENLA : 44- 48: rwtre EdEk-L kklve MYB_XENLA : 191- 196: mrrke EqEgyL qnssk MYB_XENLA : 286- 290: ekrik ElEl-L lmste MYB_XENLA : 286- 291: ekrik ElEllL msten MYB_XENLA : 504- 507: dhcnt E-Ep-L lkrik MYB_XENLA : 504- 508: dhcnt E-EplL krikq MYB_XENLA : 532- 536: fssyw EgEs-L naqlf REB1_KLULA : 272- 276: sfdes EeEa-L eqfik REB1_KLULA : 272- 276: sfdes E-EeaL eqfik REB1_KLULA : 273- 276: fdese E-Ea-L eqfik REB1_KLULA : 396- 401: nkwsv EeEekL knvih REB1_KLULA : 397- 401: kwsve EeEk-L knvih REB1_KLULA : 397- 401: kwsve E-EekL knvih REB1_KLULA : 398- 401: wsvee E-Ek-L knvih REB1_YEAST : 16- 20: nqesv E-EavL kyvgv REB1_YEAST : 481- 486: gkwta EeEqeL aklca REB1_YEAST : 482- 486: kwtae E-EqeL aklca REB1_YEAST : 533- 537: nrwsv EeEe-L lkkvi REB1_YEAST : 533- 537: nrwsv E-EeeL lkkvi REB1_YEAST : 533- 538: nrwsv EeEelL kkvis REB1_YEAST : 534- 537: rwsve E-Ee-L lkkvi REB1_YEAST : 534- 538: rwsve EeEl-L kkvis REB1_YEAST : 534- 538: rwsve E-EelL kkvis REB1_YEAST : 535- 538: wsvee E-El-L kkvis REB1_YEAST : 562- 567: hpnll EeEqhL lqddq REB1_YEAST : 563- 567: pnlle E-EqhL lqddq C 3: 11.0102 49( 27) I-x(3,5)-L-x(2,3)-T Occurences: 49(27) BAS1_YEAST : 624- 633: vgpnr IahfnyLpp-T irphl CDC5_SCHPO : 32- 40: nqwar Issl--LvrkT pkqck GL1_ARATH : 26- 36: veedn IlmdyvLnhgT gqwnr MYB1_HORVU : 92- 100: nkwsl Iagr--LpgrT dneik MYB1_MAIZE : 94- 102: nkwsk Iaac--LpgrT dneik MYB1_PHYPA : 180- 190: sihds ItnipsLssgT aselv MYB2_PHYPA : 92- 100: nrwsr Iaaq--LpgrT dneik MYB3_HORVU : 94- 102: nrwsq Iash--LpgrT dneik MYB3_MAIZE : 92- 100: nkwsl Iaar--LpgrT dneik MYBA_HUMAN : 164- 172: nrwae Iakl--LpgrT dnsik MYBA_HUMAN : 513- 522: ftstp IcgqkaLit-T plhke MYBA_HUMAN : 520- 528: gqkal Ittp--LhkeT tpkdq MYBA_HUMAN : 544- 552: frtpt Irrsi-Lgt-T prtpt MYBA_HUMAN : 587- 595: fleed Irev--LkeeT gtdlf MYBB_CHICK : 160- 168: nrwae Iakl--LpgrT dnavk MYBB_HUMAN : 160- 168: nrwae Iakm--LpgrT dnavk MYBC_MAIZE : 92- 100: nrwsl Iagr--LpgrT dneik MYBD_MAIZE : 92- 100: nrwsl Iagr--LpgrT eneik MYBE_AVILE : 110- 120: ekekr IkelelLlmsT enelk MYBE_AVILE : 546- 555: kdkpv Ipaaa-LagyT gsgpi MYBH_DICDI : 278- 286: nkwae Iakf--LpgrT dnaik MYBP_MAIZE : 77- 84: keeed Iiik--Lha-T lgnrw MYBP_MAIZE : 92- 100: nrwsl Iash--LpgrT dneik MYBQ_MAIZE : 77- 84: keeed Iiik--Lha-T lgnrr MYB_AVIMB : 98- 106: nrwae Iakl--LpgrT dnavk MYB_AVIMB : 224- 234: ekekr IkelelLlmsT enelk MYB_BOVIN : 66- 74: ddwkv Iany--LpnrT dvqcq MYB_BOVIN : 169- 177: nrwae Iakl--LpgrT dnaik MYB_BOVIN : 295- 305: ekekr IkelelLlmsT enelk MYB_CHICK : 66- 74: edwkv Iasf--LpnrT dvqcq MYB_CHICK : 169- 177: nrwae Iakl--LpgrT dnaik MYB_CHICK : 295- 305: ekekr IkelelLlmsT enelk MYB_DROME : 213- 221: nqwak Iakr--LpgrT dnaik MYB_HUMAN : 66- 74: ddwkv Iany--LpnrT dvqcq MYB_HUMAN : 169- 177: nrwae Iakl--LpgrT dnaik MYB_HUMAN : 295- 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