------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 26 sequences from file MUTT PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 26 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename MUTT.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: 24KD_XENLA 217 8ODP_HUMAN 156 D250_ASFB7 250 INVA_BARBA 170 MUTT_ECOLI 129 MUTT_HAEIN 136 MUTT_PROVU 112 MUTT_STRAM 154 MUTX_STRPN 154 NTPA_ECOLI 150 NTPA_HAEIN 158 VD09_FOWP1 78 VD09_SFVKA 218 VD09_VACCC 213 VD09_VACCV 213 VD09_VARV 213 VD10_FOWP1 225 VD10_SFVKA 260 VD10_VACCC 248 VD10_VACCV 248 VD10_VARV 248 YJAD_ECOLI 257 YJAD_HAEIN 264 YRFE_ECOLI 186 YSA1_YEAST 231 YZGD_BACSU 413 Pratt run started at Thu Feb 6 20:21:19 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 12.0102 27( 26) R-E-x(3,4)-E 2: 8.3401 52( 26) E-x(3)-I 3: 8.3401 40( 26) R-x(3)-E 4: 8.3401 52( 26) E-x(3)-E 5: 8.3401 51( 26) R-E 6: 7.8401 64( 26) E-x(0,1)-T 7: 7.8401 80( 26) E-x(3,4)-L 8: 7.3401 69( 26) V-x(3,5)-R 9: 7.3401 77( 26) L-x(1,3)-I 10: 7.3401 97( 26) I-x(0,2)-L 11: 7.3401 95( 26) L-x(0,2)-D 12: 7.3401 101( 26) I-x(3,5)-L 13: 7.3401 131( 26) E-x(1,3)-I 14: 7.3401 87( 26) V-x(1,3)-E 15: 7.3401 75( 26) E-x(1,3)-D 16: 7.3401 114( 26) L-x(0,2)-E Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 12.0102 27( 26) R-E-x(3,4)-E B 2: 11.5167 32( 26) E-x(2)-[ER]-E C 3: 10.2276 38( 26) R-E-x(2)-[ENQRS] D 4: 10.0065 33( 26) R-x(3)-E-[AEGNQT] E 5: 8.3401 52( 26) E-x(3)-I F 6: 7.8401 64( 26) E-x(0,1)-T G 7: 7.8401 80( 26) E-x(3,4)-L H 8: 7.3401 69( 26) V-x(3,5)-R I 9: 7.3401 77( 26) L-x(1,3)-I J 10: 7.3401 97( 26) I-x(0,2)-L K 11: 7.3401 95( 26) L-x(0,2)-D L 12: 7.3401 101( 26) I-x(3,5)-L M 13: 7.3401 131( 26) E-x(1,3)-I N 14: 7.3401 87( 26) V-x(1,3)-E O 15: 7.3401 75( 26) E-x(1,3)-D P 16: 7.3401 114( 26) L-x(0,2)-E Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 12.0102 27( 26) R-E-x(3,4)-E Occurences: 27(26) 24KD_XENLA : 91- 96: gatav REvle-E tgihs 8ODP_HUMAN : 51- 56: edgar RElqe-E sgltv D250_ASFB7 : 146- 151: ltcai REfee-E tgitr INVA_BARBA : 66- 71: ldaar RElye-E tgmrs MUTT_ECOLI : 52- 57: eqavv RElqe-E vgitp MUTT_HAEIN : 54- 59: eqalk RElee-E igiva MUTT_PROVU : 55- 60: eqall RElqe-E igidv MUTT_STRAM : 62- 67: etgva REvwe-E tgirv MUTX_STRPN : 52- 57: qecav REile-E tglka NTPA_ECOLI : 55- 60: pqaam REvke-E vtidv NTPA_HAEIN : 62- 67: kktai RElwe-E vrldi VD09_FOWP1 : 26- 32: tfetn REritiE ntnik VD09_SFVKA : 20- 26: tfetp REtvfiE svdsi VD09_SFVKA : 130- 135: ddcir REike-E tdskl VD09_VACCC : 125- 130: kdclr RElke-E sderi VD09_VACCV : 125- 130: kdclr RElke-E sderi VD09_VARV : 125- 130: kdclr RElke-E sderi VD10_FOWP1 : 130- 135: tnclv REike-E lnids VD10_SFVKA : 142- 147: imcls REike-E inids VD10_VACCC : 140- 145: pecls REike-E vnidn VD10_VACCV : 140- 145: pecls REike-E vnidn VD10_VARV : 140- 145: pecls REike-E vnidn YJAD_ECOLI : 173- 178: eqava REvme-E sgikv YJAD_HAEIN : 177- 182: eqavq REvfe-E tgisi YRFE_ECOLI : 94- 99: yeaan RElke-E vgfga YSA1_YEAST : 130- 135: dtaal RElke-E tgysg YZGD_BACSU : 319- 324: eeaiv REire-E tglqv B 2: 11.5167 32( 26) E-x(2)-[ER]-E Occurences: 32(26) 24KD_XENLA : 92- 96: atavr EvlEE tgihs 8ODP_HUMAN : 52- 56: dgarr ElqEE sgltv D250_ASFB7 : 147- 151: tcair EfeEE tgitr INVA_BARBA : 67- 71: daarr ElyEE tgmrs MUTT_ECOLI : 53- 57: qavvr ElqEE vgitp MUTT_HAEIN : 55- 59: qalkr EleEE igiva MUTT_PROVU : 56- 60: qallr ElqEE igidv MUTT_STRAM : 63- 67: tgvar EvwEE tgirv MUTX_STRPN : 53- 57: ecavr EilEE tglka NTPA_ECOLI : 56- 60: qaamr EvkEE vtidv NTPA_HAEIN : 63- 67: ktair ElwEE vrldi VD09_FOWP1 : 23- 27: cvitf EtnRE ritie VD09_SFVKA : 17- 21: kmttf EtpRE tvfie VD09_SFVKA : 131- 135: dcirr EikEE tdskl VD09_SFVKA : 174- 178: lcyid ElmEE visfv VD09_VACCC : 12- 16: eevif EtpRE lisik VD09_VACCC : 126- 130: dclrr ElkEE sderi VD09_VACCV : 12- 16: eevif EtpRE lisik VD09_VACCV : 126- 130: dclrr ElkEE sderi VD09_VARV : 12- 16: eevif EtpRE lisik VD09_VARV : 126- 130: dclrr ElkEE sderi VD10_FOWP1 : 131- 135: nclvr EikEE lnids VD10_SFVKA : 143- 147: mclsr EikEE inids VD10_VACCC : 141- 145: eclsr EikEE vnidn VD10_VACCV : 141- 145: eclsr EikEE vnidn VD10_VARV : 141- 145: eclsr EikEE vnidn YJAD_ECOLI : 174- 178: qavar EvmEE sgikv YJAD_HAEIN : 178- 182: qavqr EvfEE tgisi YRFE_ECOLI : 95- 99: eaanr ElkEE vgfga YSA1_YEAST : 131- 135: taalr ElkEE tgysg YZGD_BACSU : 311- 315: hverg EsvEE aivre YZGD_BACSU : 320- 324: eaivr EirEE tglqv C 3: 10.2276 38( 26) R-E-x(2)-[ENQRS] Occurences: 38(26) 24KD_XENLA : 91- 95: gatav REvlE etgih 8ODP_HUMAN : 51- 55: edgar RElqE esglt D250_ASFB7 : 146- 150: ltcai REfeE etgit D250_ASFB7 : 156- 160: etgit REyyQ ilpef INVA_BARBA : 66- 70: ldaar RElyE etgmr MUTT_ECOLI : 52- 56: eqavv RElqE evgit MUTT_HAEIN : 54- 58: eqalk REleE eigiv MUTT_HAEIN : 99- 103: gepfg REgqE gfwve MUTT_PROVU : 55- 59: eqall RElqE eigid MUTT_STRAM : 27- 31: agvvv REdgR llair MUTT_STRAM : 62- 66: etgva REvwE etgir MUTX_STRPN : 52- 56: qecav REilE etglk NTPA_ECOLI : 55- 59: pqaam REvkE evtid NTPA_HAEIN : 62- 66: kktai RElwE evrld VD09_FOWP1 : 6- 10: mfdis REqqN mlekn VD09_SFVKA : 130- 134: ddcir REikE etdsk VD09_VACCC : 15- 19: ifetp REliS ikrik VD09_VACCC : 85- 89: yynel REifR rlrkg VD09_VACCC : 125- 129: kdclr RElkE esder VD09_VACCV : 15- 19: ifetp REliS ikrik VD09_VACCV : 85- 89: yynel REifR rlrkg VD09_VACCV : 125- 129: kdclr RElkE esder VD09_VARV : 15- 19: ifetp REliS ikrik VD09_VARV : 85- 89: yynel REifR rlrkg VD09_VARV : 125- 129: kdclr RElkE esder VD10_FOWP1 : 130- 134: tnclv REikE elnid VD10_SFVKA : 142- 146: imcls REikE einid VD10_SFVKA : 200- 204: nflan REikS lvfld VD10_VACCC : 140- 144: pecls REikE evnid VD10_VACCV : 140- 144: pecls REikE evnid VD10_VARV : 140- 144: pecls REikE evnid YJAD_ECOLI : 173- 177: eqava REvmE esgik YJAD_HAEIN : 64- 68: qesde REyvS lsnll YJAD_HAEIN : 177- 181: eqavq REvfE etgis YRFE_ECOLI : 94- 98: yeaan RElkE evgfg YSA1_YEAST : 62- 66: pngke REwdS avrtt YSA1_YEAST : 130- 134: dtaal RElkE etgys YZGD_BACSU : 319- 323: eeaiv REirE etglq D 4: 10.0065 33( 26) R-x(3)-E-[AEGNQT] Occurences: 33(26) 24KD_XENLA : 91- 96: gatav RevlEE tgihs 8ODP_HUMAN : 51- 56: edgar RelqEE sgltv D250_ASFB7 : 146- 151: ltcai RefeEE tgitr INVA_BARBA : 66- 71: ldaar RelyEE tgmrs MUTT_ECOLI : 52- 57: eqavv RelqEE vgitp MUTT_HAEIN : 54- 59: eqalk ReleEE igiva MUTT_HAEIN : 99- 104: gepfg RegqEG fwveq MUTT_HAEIN : 127- 132: aklih RllnET hnfi MUTT_PROVU : 55- 60: eqall RelqEE igidv MUTT_STRAM : 62- 67: etgva RevwEE tgirv MUTX_STRPN : 52- 57: qecav ReilEE tglka NTPA_ECOLI : 55- 60: pqaam RevkEE vtidv NTPA_ECOLI : 139- 144: kswsn RqaiEQ fvina NTPA_HAEIN : 62- 67: kktai RelwEE vrldi VD09_FOWP1 : 28- 33: etnre RitiEN tnikd VD09_SFVKA : 130- 135: ddcir ReikEE tdskl VD09_VACCC : 125- 130: kdclr RelkEE sderi VD09_VACCV : 125- 130: kdclr RelkEE sderi VD09_VARV : 125- 130: kdclr RelkEE sderi VD10_FOWP1 : 130- 135: tnclv ReikEE lnids VD10_SFVKA : 142- 147: imcls ReikEE inids VD10_VACCC : 140- 145: pecls ReikEE vnidn VD10_VACCV : 140- 145: pecls ReikEE vnidn VD10_VARV : 140- 145: pecls ReikEE vnidn YJAD_ECOLI : 173- 178: eqava RevmEE sgikv YJAD_HAEIN : 177- 182: eqavq RevfEE tgisi YRFE_ECOLI : 94- 99: yeaan RelkEE vgfga YSA1_YEAST : 36- 41: kiiea RhvkET sdckw YSA1_YEAST : 103- 108: lqkqf RppvEG vciem YSA1_YEAST : 130- 135: dtaal RelkEE tgysg YZGD_BACSU : 61- 66: aarln RlgiEA akdev YZGD_BACSU : 319- 324: eeaiv ReirEE tglqv YZGD_BACSU : 372- 377: ggalv RtgaET ldvny E 5: 8.3401 52( 26) E-x(3)-I Occurences: 52(26) 24KD_XENLA : 95- 99: vrevl EetgI hsefk 8ODP_HUMAN : 41- 45: ggkvq EgetI edgar D250_ASFB7 : 150- 154: irefe EetgI treyy D250_ASFB7 : 157- 161: tgitr EyyqI lpefk D250_ASFB7 : 177- 181: fdgkt EykhI yflam D250_ASFB7 : 208- 212: enria EiskI swqnm INVA_BARBA : 119- 123: fqfig EtseI vinsp INVA_BARBA : 165- 169: mkvvh EfrnI i MUTT_ECOLI : 14- 18: giirn EnneI fitrr MUTT_ECOLI : 56- 60: vrelq EevgI tpqhf MUTT_HAEIN : 16- 20: giirn EfgqI yltqr MUTT_HAEIN : 58- 62: krele EeigI valna MUTT_PROVU : 59- 63: lrelq EeigI dvtqc MUTT_STRAM : 66- 70: arevw EetgI rvevd MUTT_STRAM : 125- 129: serma EvyaI rllda MUTX_STRPN : 30- 34: pndvh EgkwI gvggk MUTX_STRPN : 92- 96: kvtef EgdlI dcneg NTPA_ECOLI : 59- 63: mrevk EevtI dvvae NTPA_ECOLI : 143- 147: nrqai EqfvI naa NTPA_HAEIN : 115- 119: flcev EkefI pvlse VD09_FOWP1 : 27- 31: fetnr EritI entni VD09_FOWP1 : 32- 36: eriti EntnI kdils VD09_SFVKA : 21- 25: fetpr EtvfI esvds VD09_SFVKA : 88- 92: ymynn EikeI krklq VD09_VACCC : 16- 20: fetpr ElisI krikd VD09_VACCC : 83- 87: fmyyn ElreI frrlr VD09_VACCC : 183- 187: siynv EirkI kslnd VD09_VACCV : 16- 20: fetpr ElisI krikd VD09_VACCV : 83- 87: fmyyn ElreI frrlr VD09_VACCV : 183- 187: siynv EirkI kslnd VD09_VARV : 16- 20: fetpr ElisI krikd VD09_VARV : 83- 87: fmyyn ElreI frrlr VD09_VARV : 183- 187: siynv EirkI kslnd VD10_FOWP1 : 134- 138: vreik EelnI dssyl VD10_FOWP1 : 189- 193: fipnr EikgI sfida VD10_SFVKA : 119- 123: ddpgt EhndI ifpgg VD10_SFVKA : 133- 137: glpkn EedpI mclsr VD10_SFVKA : 146- 150: sreik EeinI dskdi VD10_VACCC : 144- 148: sreik EevnI dnsfv VD10_VACCC : 166- 170: ihgii EdtiI nkffe VD10_VACCV : 144- 148: sreik EevnI dnsfv VD10_VACCV : 166- 170: ihgii EdtiI nkffe VD10_VARV : 144- 148: sreik EevnI dnsfv VD10_VARV : 166- 170: ihgii EdtiI nkffe YJAD_ECOLI : 177- 181: arevm EesgI kvknl YJAD_HAEIN : 181- 185: qrevf EetgI siknl YJAD_HAEIN : 213- 217: flady EsgeI tlqes YRFE_ECOLI : 48- 52: rptnr EavmI vpivd YSA1_YEAST : 28- 32: vkgkp EdakI iearh YSA1_YEAST : 107- 111: frppv EgvcI empag YZGD_BACSU : 256- 260: rslwd EelrI erwip YZGD_BACSU : 407- 411: dalae EslcI fr F 6: 7.8401 64( 26) E-x(0,1)-T Occurences: 64(26) 24KD_XENLA : 23- 25: haern EsT ltlwl 24KD_XENLA : 95- 97: vrevl EeT gihse 24KD_XENLA : 96- 97: revle E-T gihse 24KD_XENLA : 208- 209: hkelp E-T yegsa 8ODP_HUMAN : 43- 44: kvqeg E-T iedga D250_ASFB7 : 26- 27: qnnqi E-T ilvqk D250_ASFB7 : 85- 86: yhiwi E-T pvyel D250_ASFB7 : 150- 152: irefe EeT gitre D250_ASFB7 : 151- 152: refee E-T gitre INVA_BARBA : 70- 72: rrely EeT gmrsv INVA_BARBA : 71- 72: relye E-T gmrsv INVA_BARBA : 119- 120: fqfig E-T seivi MUTT_ECOLI : 44- 45: kiemg E-T peqav MUTT_HAEIN : 46- 47: kvdag E-T peqal MUTT_HAEIN : 131- 132: hrlln E-T hnfi MUTT_PROVU : 47- 48: kledn E-T peqal MUTT_PROVU : 96- 98: tewkn ElT ekkgs MUTT_STRAM : 10- 12: msqpq EaT spplh MUTT_STRAM : 54- 55: vleld E-T petgv MUTT_STRAM : 57- 58: ldetp E-T gvare MUTT_STRAM : 66- 68: 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