------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 38 sequences from file MIP PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 38 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename MIP.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: AQP1_HUMAN 269 AQP1_MOUSE 269 AQP1_RAT 269 AQP2_HUMAN 271 AQP2_RAT 271 AQUA_ATRCA 282 BIB_DROME 700 DIP_ANTMA 250 FPS1_YEAST 669 GLPF_BACSU 274 GLPF_ECOLI 281 GLPF_HAEIN 264 GLPF_SHIFL 281 GYLA_STRCO 80 MCP_MEDSA 147 MIP_BOVIN 263 MIP_CHICK 112 MIP_HUMAN 263 MIP_RANPI 263 MIP_RAT 261 NO26_SOYBN 271 PDUF_SALTY 264 TIP1_TOBAC 250 TIP2_TOBAC 250 TIPA_ARATH 268 TIPA_PHAVU 256 TIPG_ARATH 251 TIPR_ARATH 253 TIPW_LYCES 286 TIPW_PEA 289 WC1A_ARATH 286 WC1B_ARATH 286 WC1C_ARATH 286 WC2A_ARATH 287 WC2B_ARATH 285 WC2C_ARATH 285 YDP1_LACLC 289 YFF4_YEAST 646 Pratt run started at Thu Feb 6 20:17:25 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 12.5102 70( 38) G-x(3)-N-P 2: 12.0102 64( 38) A-x(3)-G-x(2,3)-A 3: 11.5102 83( 38) A-x(0,1)-V-x(1,2)-G 4: 11.5102 91( 38) A-x(3)-G-x(1,3)-A 5: 11.5102 106( 38) A-x(3,4)-G-x(0,1)-A 6: 11.5102 73( 38) N-P-x(0,2)-A 7: 11.5102 95( 38) A-x(3,4)-A-x(3,4)-G 8: 11.5102 93( 38) G-x(0,1)-L-x(2,3)-A 9: 11.5102 92( 38) G-x(3)-G-x(2,4)-L 10: 11.5102 97( 38) A-x(2,3)-G-x(4,5)-A 11: 11.5102 116( 38) A-x(2,3)-G-x(3,4)-A 12: 11.5102 83( 38) A-x(2,3)-A-x(0,1)-A 13: 11.5102 86( 38) G-x(0,2)-L-A 14: 11.5102 89( 38) G-x(1,2)-A-x(1,2)-A 15: 11.5102 100( 38) A-x(3,5)-A-x(3)-G 16: 11.5102 104( 38) A-x(2,3)-A-x(1,2)-L 17: 11.5102 83( 38) A-x(2,4)-A-x(2)-L 18: 11.5102 88( 38) A-x(1,2)-L-x(4,5)-A 19: 11.5102 87( 38) G-x(4,5)-A-x(3,4)-L 20: 11.5102 57( 38) L-x(1,2)-G-x(1,2)-A Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 22.6094 61( 38) G-[ACGPT]-x-[ILMV]-N-P-[AS]-x(3)-[AGS] B 2: 13.7385 71( 38) A-x(3,5)-A-x(3)-G-x(3)-[AGNS] C 3: 13.1594 63( 38) G-[AGILPV]-x(2)-G-x(2,4)-L D 4: 12.0102 64( 38) A-x(3)-G-x(2,3)-A E 5: 11.5102 83( 38) A-x(0,1)-V-x(1,2)-G F 6: 11.5102 91( 38) A-x(3)-G-x(1,3)-A G 7: 11.5102 106( 38) A-x(3,4)-G-x(0,1)-A H 8: 11.5102 73( 38) N-P-x(0,2)-A I 9: 11.5102 95( 38) A-x(3,4)-A-x(3,4)-G J 10: 11.5102 93( 38) G-x(0,1)-L-x(2,3)-A K 11: 11.5102 97( 38) A-x(2,3)-G-x(4,5)-A L 12: 11.5102 116( 38) A-x(2,3)-G-x(3,4)-A M 13: 11.5102 83( 38) A-x(2,3)-A-x(0,1)-A N 14: 11.5102 86( 38) G-x(0,2)-L-A O 15: 11.5102 89( 38) G-x(1,2)-A-x(1,2)-A P 16: 11.5102 104( 38) A-x(2,3)-A-x(1,2)-L Q 17: 11.5102 83( 38) A-x(2,4)-A-x(2)-L R 18: 11.5102 88( 38) A-x(1,2)-L-x(4,5)-A S 19: 11.5102 87( 38) G-x(4,5)-A-x(3,4)-L T 20: 11.5102 57( 38) L-x(1,2)-G-x(1,2)-A Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 22.6094 61( 38) G-[ACGPT]-x-[ILMV]-N-P-[AS]-x(3)-[AGS] Occurences: 61(38) AQP1_HUMAN : 72- 82: vghis GAhLNPAvtlG lllsc AQP1_HUMAN : 188- 198: aidyt GCgINPArsfG savit AQP1_MOUSE : 72- 82: vghis GAhLNPAvtlG lllsc AQP1_MOUSE : 188- 198: aidyt GCgINPArsfG savlt AQP1_RAT : 188- 198: aidyt GCgINPArsfG savlt AQP2_HUMAN : 64- 74: lghis GAhINPAvtvA clvgc AQP2_HUMAN : 180- 190: gihyt GCsMNPArslA pavvt AQP2_RAT : 64- 74: lghvs GAhINPAvtvA clvgc AQP2_RAT : 180- 190: giyft GCsMNPArslA pavvt AQUA_ATRCA : 98- 108: tagis GGhINPAvtfG lflar AQUA_ATRCA : 219- 229: tipit GTgINPArsfG aaviy BIB_DROME : 122- 132: flhis GAhINPAvtlA lcvvr DIP_ANTMA : 79- 89: aanvs GGhLNPAvtlG lavgg DIP_ANTMA : 193- 203: agpfs GGsMNPArsfG pavas FPS1_YEAST : 348- 358: gsais GAhLNPSitlA nlvyr GLPF_BACSU : 60- 70: vggis GAhLNPAltiA lafvg GLPF_ECOLI : 64- 74: tagvs GAhLNPAvtiA lwlfa GLPF_HAEIN : 62- 72: tagls GAhLNPAvtiA lwkfa GLPF_SHIFL : 64- 74: tagvs GAhLNPAvtiA lwlfa GYLA_STRCO : 63- 73: sgpls GAhLNPAvtvG iaikd MCP_MEDSA : 81- 91: ganis GGhVNPAvfgA fvggn MIP_BOVIN : 64- 74: vghis GAhVNPAvtfA flvgs MIP_BOVIN : 180- 190: gmyyt GAgMNPArsfA pailt MIP_CHICK : 30- 40: gipft GAgMNPArsfA pavit MIP_HUMAN : 64- 74: vghis GAhVNPAvtfA flvgs MIP_HUMAN : 180- 190: gmyyt GAgMNPArsfA pailt MIP_RANPI : 64- 74: ighvs GAhINPAvtfA fligs MIP_RANPI : 180- 190: glyyt GAsMNPArsfA pavlt MIP_RAT : 62- 72: vghis GAhVNPAvtfA flvgs MIP_RAT : 178- 188: gmyyt GAgMNPArsfA pailt NO26_SOYBN : 205- 215: ggpvt GAsMNPArslG pafvh PDUF_SALTY : 62- 72: tagis GGhLNPAvtiA lwlfa TIP1_TOBAC : 79- 89: aanis GGhLNPAvtlG lavgg TIP1_TOBAC : 193- 203: agpfs GGsMNPArsfG pavva TIP2_TOBAC : 79- 89: aanis GGhLNPAvtlG lavgg TIP2_TOBAC : 193- 203: agpfs GGsMNPArsfG pavva TIPA_ARATH : 89- 99: ainvs GGhVNPAvtfG alvgg TIPA_ARATH : 203- 213: ggpfs GAsMNPArafG palvg TIPA_PHAVU : 81- 91: smhvs GGhVNPAvsfG aligg TIPA_PHAVU : 195- 205: ggpfd GAcMNPAlafG pslvg TIPG_ARATH : 81- 91: ganis GGhVNPAvtfG afigg TIPG_ARATH : 195- 205: ggafs GAsMNPAvafG pavvs TIPR_ARATH : 81- 91: ganis GGhVNPAvtfG afigg TIPR_ARATH : 195- 205: ggafs GAsMNPAvafG pavvs TIPW_LYCES : 111- 121: tagis GGhINPAvtfG lflar TIPW_LYCES : 232- 242: tipit GTgINPArslG aaiiy TIPW_PEA : 113- 123: tagis GGhINPAvtfG lflar TIPW_PEA : 235- 245: tipit GTgINPArslG aaivf WC1A_ARATH : 110- 120: tagis GGhINPAvtfG lflar WC1B_ARATH : 110- 120: tagis GGhINPAvtfG lflar WC1B_ARATH : 231- 241: tipit GTgINPArslG aaiif WC1C_ARATH : 110- 120: tagis GGhINPAvtfG lflar WC1C_ARATH : 231- 241: tipit GTgINPArslG aaiiy WC2A_ARATH : 103- 113: tagis GGhINPAvtfG lflar WC2A_ARATH : 224- 234: tipit GTgINPArsfG aaviy WC2B_ARATH : 101- 111: tagis GGhINPAvtfG lflar WC2B_ARATH : 222- 232: tipit GTgINPArsfG asviy WC2C_ARATH : 101- 111: tagis GGhINPAvtfG lflar WC2C_ARATH : 222- 232: tipit GTgINPArsfG aavif YDP1_LACLC : 231- 241: lggpt GPgLNPArdfG prlvh YFF4_YEAST : 404- 414: aggis GGhINPAvtiS maifr B 2: 13.7385 71( 38) A-x(3,5)-A-x(3)-G-x(3)-[AGNS] Occurences: 71(38) AQP1_HUMAN : 73- 86: ghisg Ahlnp-AvtlGlllS cqisi AQP1_HUMAN : 94- 108: isifr AlmyiiAqcvGaivA tails AQP1_HUMAN : 105- 118: aqcvg Aivat-AilsGitsS ltgns AQP1_MOUSE : 73- 86: ghisg Ahlnp-AvtlGlllS cqisi AQP1_MOUSE : 94- 108: isilr AvmyiiAqcvGaivA tails AQP1_MOUSE : 105- 118: aqcvg Aivat-AilsGitsS lvdns AQP1_RAT : 73- 86: ghisg Ahsnp-AvtlGlllS cqisi AQP1_RAT : 94- 108: isilr AvmyiiAqcvGaivA sails AQP1_RAT : 105- 118: aqcvg Aivas-AilsGitsS llens AQP2_HUMAN : 70- 82: ahinp Avtv--AclvGchvS vlraa AQP2_HUMAN : 86- 100: vsvlr AafyvaAqllGavaG aallh AQP2_HUMAN : 87- 100: svlra Afyva-AqllGavaG aallh AQP2_RAT : 70- 82: ahinp Avtv--AclvGchvS flraa AQP2_RAT : 86- 100: vsflr AafyvaAqllGavaG aailh AQP2_RAT : 87- 100: sflra Afyva-AqllGavaG aailh AQUA_ATRCA : 120- 134: vsllr AlvymiAqcaGaicG vglvk BIB_DROME : 144- 158: ispir AamyitAqcgGgiaG aally BIB_DROME : 145- 158: spira Amyit-AqcgGgiaG aally DIP_ANTMA : 60- 74: glvav AvahafAlfvGvsmA anvsg DIP_ANTMA : 62- 74: vavav Ahaf--AlfvGvsmA anvsg FPS1_YEAST : 327- 341: tfddv AlgwaaAvvmGyfcA ggsai FPS1_YEAST : 478- 490: yqtgt Amnl--ArdlGprlA lyavg GLPF_BACSU : 183- 195: gttgy Ainp--ArdlGpriA haflp GLPF_ECOLI : 55- 68: lgvam Aiylt-AgvsGahlN pavti GLPF_ECOLI : 97- 110: sqvag Afcaa-AlvyGlyyN lffdf GLPF_HAEIN : 53- 66: mgval Avyat-AglsGahlN pavti GLPF_SHIFL : 55- 68: lgvam Aiylt-AgvsGahlN pavti GLPF_SHIFL : 97- 110: sqvag Afcaa-AlvyGlyyN lffdf GYLA_STRCO : 38- 50: skarn Agwl--AiafGwgfA vmtaa GYLA_STRCO : 50- 63: fgwgf Avmta-AyisGplsG ahlnp MCP_MEDSA : 66- 80: asiah AfalfvAvsvGaniS gghvn MCP_MEDSA : 68- 80: iahaf Alfv--AvsvGaniS gghvn MCP_MEDSA : 72- 85: falfv Avsvg-AnisGghvN pavfg MIP_BOVIN : 70- 82: ahvnp Avtf--AflvGsqmS llrai MIP_BOVIN : 86- 100: msllr AicymvAqllGavaG aavly MIP_CHICK : 81- 93: rarsm Aerl--AvlrGeppA aappp MIP_HUMAN : 70- 82: ahvnp Avtf--AflvGsqmS llraf MIP_HUMAN : 86- 100: msllr AfcymaAqllGavaG aavly MIP_HUMAN : 186- 200: agmnp ArsfapAiltGnftN hwvyw MIP_RANPI : 39- 53: waagp AnvlviAlafGlvlA tmvqs MIP_RANPI : 70- 82: ahinp Avtf--AfliGsqmS lfrai MIP_RANPI : 86- 100: mslfr AifyiaAqllGavaG aavly MIP_RANPI : 97- 110: aqllg Avaga-AvlyGvtpA airgn MIP_RAT : 68- 80: ahvnp Avtf--AflvGsqmS llraf MIP_RAT : 84- 98: msllr AfcyiaAqllGavaG aavly NO26_SOYBN : 117- 129: liqvp Ayvv--AqllGsilA sgtlr NO26_SOYBN : 211- 225: asmnp ArslgpAfvhGeyeG iwiyl PDUF_SALTY : 53- 66: lgisl Avylt-AgisGghlN pavti TIP1_TOBAC : 60- 74: glvav AvahafAlfvGvsiA anisg TIP1_TOBAC : 62- 74: vavav Ahaf--AlfvGvsiA anisg TIP2_TOBAC : 60- 74: glvav AvahafAlfvGvsiA anisg TIP2_TOBAC : 62- 74: vavav Ahaf--AlfvGvsiA anisg TIPA_ARATH : 95- 108: ghvnp Avtfg-AlvgGrvtA iraiy TIPA_ARATH : 111- 125: vtair AiyywiAqllGailA clllr TIPA_PHAVU : 103- 117: isvir AvyywiAqllGsivA alvlr TIPG_ARATH : 60- 72: psglv Aaav--AhafGlfvA vsvga TIPG_ARATH : 66- 80: aavah AfglfvAvsvGaniS gghvn TIPG_ARATH : 72- 85: fglfv Avsvg-AnisGghvN pavtf TIPR_ARATH : 60- 72: psglv Aaav--AhafGlfvA vsvga TIPR_ARATH : 66- 80: aavah AfglfvAvsvGaniS gghvn TIPR_ARATH : 72- 85: fglfv Avsvg-AnisGghvN pavtf TIPW_LYCES : 101- 115: ggmif AlvyctAgisGghiN pavtf TIPW_PEA : 103- 117: ggmif AlvyctAgisGghiN pavtf WC1A_ARATH : 100- 114: ggmif AlvyctAgisGghiN pavtf WC1B_ARATH : 100- 114: ggmif AlvyctAgisGghiN pavtf WC1C_ARATH : 100- 114: ggmif AlvyctAgisGghiN pavtf WC2A_ARATH : 125- 139: vslpr AllyiiAqclGaicG vgfvk WC2B_ARATH : 123- 137: vslir AvlymvAqclGaicG vgfrq WC2C_ARATH : 123- 137: vslir AvlymvAqclGaicG vgfvk YDP1_LACLC : 87- 100: pwahv Aqyii-AqvlGamfG qlliv YFF4_YEAST : 437- 450: aqiig Ayfgg-AmayGyfwS sitef C 3: 13.1594 63( 38) G-[AGILPV]-x(2)-G-x(2,4)-L Occurences: 63(38) AQP1_HUMAN : 132- 139: ndlad GVnsGqg--L gieii AQP1_HUMAN : 215- 222: wifwv GPfiGga--L avliy AQP1_MOUSE : 132- 139: ndlah GVnsGqg--L gieii AQP1_MOUSE : 215- 222: wifwv GPfiGga--L avliy AQP1_RAT : 132- 139: ndlar GVnsGqg--L gieii AQP1_RAT : 215- 222: wifwv GPfiGsa--L avliy AQP2_HUMAN : 96- 103: aaqll GAvaGaa--L lheit AQP2_HUMAN : 96- 104: aaqll GAvaGaal-L heitp AQP2_HUMAN : 207- 214: wvfwi GPlvGai--L gslly AQP2_HUMAN : 211- 218: igplv GAilGsl--L ynyvl AQP2_RAT : 96- 104: aaqll GAvaGaai-L heitp AQP2_RAT : 211- 218: igplv GAiiGsl--L ynyll AQUA_ATRCA : 130- 137: iaqca GAicGvg--L vkafm BIB_DROME : 35- 44: rkdsh GGghGvnnrL sstlq BIB_DROME : 154- 161: taqcg GGiaGaa--L lygvt BIB_DROME : 154- 162: taqcg GGiaGaal-L ygvtv DIP_ANTMA : 220- 227: wiywa GPliGga--L agfiy FPS1_YEAST : 380- 388: agqli GAftGali-L fiwyk GLPF_BACSU : 20- 27: iifga GVcaGvn--L kksls GLPF_BACSU : 56- 63: aayav GGisGah--L npalt GLPF_ECOLI : 172- 181: tddgn GVprGplapL ligll GLPF_HAEIN : 170- 179: tddgn GVprGplapL ligil GLPF_HAEIN : 241- 248: vapvl GAlaGaw--L ykkai GLPF_SHIFL : 172- 181: tddgn GVprGplapL ligll 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