------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 17 sequences from file ISOCITRATE_LYASE PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 17 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename ISOCITRATE_LYASE.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: ACE1_SOYBN 558 ACE2_SOYBN 557 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refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 15.8558 24( 17) T-x(0,1)-A-x(0,2)-A-x(3)-[AGIL]-x-[AST] B 2: 12.3888 21( 17) T-x(1,3)-T-x(0,2)-A-x(2)-[AGLPV] C 3: 11.5102 23( 17) V-x(2)-L-x(0,2)-A D 4: 11.0102 37( 17) R-x(0,2)-L-x(0,1)-A E 5: 11.0102 36( 17) A-x(2,4)-V-x(1,2)-E F 6: 11.0102 29( 17) T-x(2,3)-A-x(0,2)-A G 7: 10.5102 31( 17) R-x(1,3)-L-x(0,2)-A H 8: 10.5102 52( 17) A-x(0,2)-V-x(0,2)-E I 9: 10.4444 36( 17) R-x(0,1)-L-x-[AST] J 10: 9.7562 48( 17) A-x(0,1)-V-[DEHKR] K 11: 9.7532 47( 17) T-A-x(2)-[ADGNSTV] L 12: 8.3401 50( 17) V-x-E M 13: 8.3401 49( 17) D-x-V N 14: 8.3401 84( 17) Q-x(4)-A O 15: 8.3401 31( 17) Y-x(3)-I P 16: 7.8401 178( 17) L-x(0,1)-A Q 17: 7.8401 89( 17) E-x(1,2)-K R 18: 7.8401 62( 17) R-x(0,1)-E S 19: 7.8401 70( 17) R-x(1,2)-L T 20: 7.8401 44( 17) I-x(3,4)-E Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 15.8558 24( 17) T-x(0,1)-A-x(0,2)-A-x(3)-[AGIL]-x-[AST] Occurences: 24(17) ACE1_SOYBN : 233- 243: vlvar TdAe-AanlIqS nidtr ACE1_SOYBN : 522- 530: ggvas T-A--AmgkGvT eeqfk ACE2_SOYBN : 233- 243: vlvar TdAe-AanlIqS nidtr ACE2_SOYBN : 521- 529: ggvas T-A--AmgkGvT eeqfk ACEA_ACICA : 5- 15: mtyq T-AidAvreLkA ACEA_ARATH : 248- 258: vlvar TdAv-AatlIqS nidar ACEA_BRANA : 251- 261: vlvar TdAv-AatlIqS nidsr ACEA_BRANA : 390- 398: fqgsv T-A--AvvrGwA faqia ACEA_BRANA : 539- 547: ggiss T-A--AmgkGvT eeqfk ACEA_CANTR : 531- 539: ggvts T-A--AmgaGvT edqfk ACEA_CORGL : 230- 240: vviar TdAe-AatlItS dvder ACEA_ECOLI : 233- 243: llvar TdAd-AadlItS dcdpy ACEA_EMENI : 522- 530: ggvss T-A--AmgkGvT edqfk ACEA_GOSHI : 251- 261: vlvar TdAv-AatlIqT nvdtr ACEA_GOSHI : 539- 547: ggiss T-A--AmgkGvT eeqfk ACEA_HELAN : 48- 56: ggmts T-A--AmgkGvT ee ACEA_MYCLE : 249- 259: iivar TdAe-AanlIdS rader ACEA_NEUCR : 253- 263: lciar TdAe-AatlItT tidpr ACEA_NEUCR : 534- 542: ggvss T-A--AmgkGvT edqfh ACEA_RHOFA : 229- 239: viiar TdAe-AatlItS dvder ACEA_RICCO : 251- 261: llvar TdAe-AanlIqS nvdtr ACEA_RICCO : 539- 547: ggiss T-A--AmgkGvT eeqfk ACEA_YARLI : 539- 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