------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 28 sequences from file IGF_BINDING PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 28 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename IGF_BINDING.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: CE10_CHICK 375 CTGF_HUMAN 349 CTGF_MOUSE 348 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7.3401 150( 28) L-x(0,2)-A H 8: 7.3401 137( 28) P-x(1,3)-E I 9: 7.3401 154( 28) A-x(3,5)-P Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 10.5102 76( 28) P-x(2,4)-E-x(0,2)-L Occurences: 76(28) CE10_CHICK : 132- 138: avgci PlcpqE--L slpnl CE10_CHICK : 132- 140: avgci PlcpqElsL pnlgc CTGF_HUMAN : 265- 270: pkisk Pikf-E--L sgcts CTGF_MOUSE : 264- 269: pkiak Pvkf-E--L sgcts CYR6_MOUSE : 132- 138: avgci PlcpqE--L slpnl CYR6_MOUSE : 132- 140: avgci PlcpqElsL pnlgc IBP1_BOVIN : 47- 53: lcppv PascpE--L trsag IBP1_BOVIN : 179- 184: kkwke Pcqr-E--L ykvld IBP1_HUMAN : 32- 38: pwqca Pcsa-Ek-L alcpp IBP1_HUMAN : 175- 180: kkwke Pcri-E--L yrvve IBP1_RAT : 34- 40: pwhca Pcta-Er-L elcpp IBP1_RAT : 140- 147: elaes PemteEq-L ldsfh IBP1_RAT : 140- 147: elaes Pemt-EeqL ldsfh IBP1_RAT : 140- 148: elaes PemteEqlL dsfhl IBP1_RAT : 188- 193: kkwke Pcqr-E--L ykvle IBP2_BOVIN : 7- 14: vlfrx PpxtpEc-L aackp IBP2_BOVIN : 8- 14: lfrxp Pxtp-Ec-L aackp IBP2_HUMAN : 46- 53: vlfrc PpctpEr-L aacgp 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