------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 43 sequences from file IDH_IMDH PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 43 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename IDH_IMDH.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: IDH1_VIBA1 414 IDH2_YEAST 369 IDH3_BOVIN 366 IDHC_RAT 414 IDHC_SOYBN 441 IDHC_YEAST 412 IDHP_BOVIN 452 IDHP_PIG 421 IDHP_YEAST 428 IDH_BACSU 423 IDH_ECOLI 416 IDH_PIG 13 IDH_SYNY3 20 IDH_THETH 495 LEU3_AGRTU 370 LEU3_BACCA 366 LEU3_BACCO 366 LEU3_BACME 367 LEU3_BACSU 365 LEU3_BRANA 406 LEU3_CANBO 365 LEU3_CANMA 373 LEU3_CLOPA 357 LEU3_ECOLI 363 LEU3_HAEIN 358 LEU3_HANPO 362 LEU3_KLULA 362 LEU3_KLUMA 359 LEU3_LACLA 345 LEU3_LEPIN 358 LEU3_NEUCR 368 LEU3_PICJA 363 LEU3_SALTY 363 LEU3_SCHPO 371 LEU3_SOLTU 357 LEU3_SPIPL 355 LEU3_THEAQ 344 LEU3_THETH 339 LEU3_YAMOH 368 LEU3_YARLI 405 LEU3_YEAST 364 YCSA_BACSU 178 YIJ4_YEAST 371 Pratt run started at Thu Feb 6 20:04:34 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 7.8401 137( 43) S-x(0,1)-V 2: 7.8401 166( 43) G-x(0,1)-S 3: 7.8401 238( 43) G-x(1,2)-I 4: 7.8401 214( 43) A-x(0,1)-G 5: 7.3401 294( 43) L-x(2,4)-V Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 9.4698 122( 43) G-x(1,2)-I-x(4)-[AGNSTV] B 2: 7.8401 137( 43) S-x(0,1)-V C 3: 7.8401 166( 43) G-x(0,1)-S D 4: 7.8401 214( 43) A-x(0,1)-G E 5: 7.3401 294( 43) L-x(2,4)-V Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 9.4698 122( 43) G-x(1,2)-I-x(4)-[AGNSTV] Occurences: 122(43) IDH1_VIBA1 : 10- 18: iiptt GdkItfidG klsvp IDH1_VIBA1 : 33- 41: ipyie GdgIgvdvT ppmlk IDH1_VIBA1 : 271- 279: knpnt GkeIiikdV iadam IDH1_VIBA1 : 317- 324: laaqv Gg-IgiapG anlgd IDH1_VIBA1 : 318- 326: aaqvg GigIapgaN lgdev IDH1_VIBA1 : 380- 387: lkgms Ga-IqaktV tydfe IDH2_YEAST : 44- 52: vsfie GdgIgpeiS ksvkk IDH2_YEAST : 262- 269: cpnly Gd-IlsdlN sglsa IDH2_YEAST : 286- 294: psani GhkIsifeA vhgsa IDH3_BOVIN : 39- 47: vtlip GdgIgpeiS aavmk IDH3_BOVIN : 265- 272: sdlca Gl-IgglgV tpsgn IDH3_BOVIN : 276- 283: gvtps Gn-IgangV aifes IDHC_RAT : 97- 104: wkspn Gt-IrnilG gtvfr IDHC_RAT : 263- 271: amkse GgfIwackN ydgdv IDHC_RAT : 264- 271: mkseg Gf-IwackN ydgdv IDHC_SOYBN : 128- 135: wkspn Gt-IrnilN gtvfr IDHC_SOYBN : 331- 339: lvcpd GktIeaeaA hgtvt IDHC_YEAST : 97- 104: wkspn Gt-IrnilG gtvfr IDHC_YEAST : 263- 271: mlksk GgyImamkN ydgdv IDHC_YEAST : 264- 271: lkskg Gy-ImamkN ydgdv IDHC_YEAST : 356- 363: dvvkf Gq-IlesaT vntvq IDHP_BOVIN : 137- 144: wkspn Gt-IrnilG gtvfr IDHP_BOVIN : 339- 347: lvcpd GktIeaeaA hgtvt IDHP_BOVIN : 417- 424: tkdla Gc-IhglsN vklne IDHP_PIG : 106- 113: wkspn Gt-IrnilG gtvfr IDHP_PIG : 308- 316: lvcpd GktIeaeaA hgtvt IDHP_PIG : 386- 393: tkdla Gc-IhglsN vklne IDHP_YEAST : 113- 120: wkspn Gt-IrnilG gtvfr IDHP_YEAST : 280- 288: miksk GgfImalkN ydgdv IDHP_YEAST : 281- 288: ikskg Gf-ImalkN ydgdv IDH_BACSU : 4- 12: maq GekItvsnG vlnvp IDH_BACSU : 31- 39: egdgt GpdIwnaaS kvlea IDH_BACSU : 99- 107: lttpv GggIrslnV alrqe IDH_BACSU : 100- 107: ttpvg Gg-IrslnV alrqe IDH_BACSU : 277- 284: eaeaa Gk-IiikdS iadif IDH_BACSU : 310- 318: tmnln GdyIsdalA aqvgg IDH_BACSU : 322- 329: laaqv Gg-IgiapG aniny IDH_BACSU : 323- 331: aaqvg GigIapgaN inyet IDH_BACSU : 329- 337: igiap GanInyetG haife IDH_ECOLI : 11- 19: vvpaq GkkItlqnG klnvp IDH_ECOLI : 34- 42: ipyie GdgIgvdvT pamlk IDH_ECOLI : 108- 116: lttpv GggIrslnV alrqe IDH_ECOLI : 109- 116: ttpvg Gg-IrslnV alrqe IDH_ECOLI : 272- 280: knpnt GkeIvikdV iadaf IDH_ECOLI : 306- 314: cmnln GdyIsdalA aqvgg IDH_ECOLI : 318- 325: laaqv Gg-IgiapG anigd IDH_ECOLI : 319- 327: aaqvg GigIapgaN igdec IDH_ECOLI : 325- 333: igiap GanIgdecA lfeat IDH_ECOLI : 382- 389: vkgme Ga-InaktV tydfe IDH_PIG : 4- 11: dla Ge-IhglsN vk IDH_SYNY3 : 11- 19: qppsv GskItfvaG k IDH_THETH : 27- 35: itvip GdgIgpecV eatlk IDH_THETH : 128- 136: ptpya GrgIdlvvV renve IDH_THETH : 246- 253: ttnmn Gd-IlsdlT sglig LEU3_AGRTU : 297- 305: apdia GksIanpiA miasf LEU3_BACCA : 11- 19: iavlp GdgIgkevT sgave LEU3_BACCA : 46- 54: yglig GaaIdeagT plpee LEU3_BACCA : 245- 252: tenmf Gd-IlsdeA smlsg LEU3_BACCO : 45- 53: nalig GaaIdeagT plpee LEU3_BACCO : 245- 252: tenmf Gd-IlsdeA svitg LEU3_BACME : 43- 51: yglig GaaIdeagS sssrs LEU3_BACME : 243- 250: tenmf Gd-IlsdeA smltg LEU3_BACSU : 45- 53: yglig GaaIdehhN plpee LEU3_BACSU : 247- 254: tenmf Gd-IlsdeA smltg LEU3_BRANA : 288- 295: tnnif Gd-IlsdeA smitg LEU3_BRANA : 300- 307: asmit Gs-IgmlpS aslsd LEU3_BRANA : 375- 382: kgfrt Gd-IysagT klvgc LEU3_CANBO : 49- 57: nhlig GaaIdatgV plpde LEU3_CANBO : 250- 257: tnnmf Gd-IisdeA svipg LEU3_CANBO : 250- 258: tnnmf GdiIsdeaS vipgs LEU3_CANMA : 51- 59: hhlig GaaIdatgV plpdd LEU3_CANMA : 255- 262: tsnmf Gd-IisdeA svipg LEU3_CANMA : 255- 263: tsnmf GdiIsdeaS vipgs LEU3_CANMA : 358- 366: sttev GdaIveavT kilke LEU3_CLOPA : 11- 19: iavip GdgIgpdiV reavk LEU3_CLOPA : 15- 23: pgdgi GpdIvreaV kimtk LEU3_CLOPA : 247- 254: tnnif Gd-IlsdeA smitg LEU3_CLOPA : 259- 266: asmit Gs-IgmlaS ssire LEU3_CLOPA : 289- 297: apdia GldIanplA qilsa LEU3_ECOLI : 292- 300: apdia GknIanpiA qilsl LEU3_ECOLI : 352- 359: stdem Gd-IiaryV aegv LEU3_ECOLI : 352- 360: stdem GdiIaryvA egv LEU3_HAEIN : 249- 256: csnif Gd-IisdeA amitg LEU3_HAEIN : 249- 257: csnif GdiIsdeaA mitgs LEU3_HAEIN : 291- 299: apdia GkgIanpiA qilsa LEU3_HANPO : 45- 53: khlig GasIdaygV plsde LEU3_HANPO : 246- 253: tnnmf Gd-IisdeA svipg LEU3_HANPO : 246- 254: tnnmf GdiIsdeaS vipgs LEU3_KLULA : 46- 54: hhlig GaaIdatgT plpde LEU3_KLULA : 247- 254: tnnmf Gd-IisdeA svipg LEU3_KLULA : 247- 255: tnnmf GdiIsdeaS vipgs LEU3_KLUMA : 46- 54: hhlig GaaIdatgV plpde LEU3_KLUMA : 244- 251: tnnmf Gd-IisdeA svipg LEU3_KLUMA : 244- 252: tnnmf GdiIsdeaS vipgs LEU3_LACLA : 238- 245: tenlf Gd-IlsdeA sslag LEU3_LACLA : 280- 288: apdia GkgIanpvS milsi LEU3_LEPIN : 43- 50: kegfv Gg-IaidkT ghplp LEU3_LEPIN : 248- 255: cenmf Gd-IlsdeA siitg LEU3_LEPIN : 260- 267: asiit Gs-IgmlpS aslse LEU3_NEUCR : 250- 257: tsnlf Gd-IisdeA svipg LEU3_NEUCR : 250- 258: tsnlf GdiIsdeaS vipgs LEU3_NEUCR : 262- 269: asvip Gs-IgllpS aswgg LEU3_NEUCR : 273- 280: psasw Gg-IpdgkV kcngi LEU3_PICJA : 47- 55: hhlig GaaIdatgV plpdd LEU3_PICJA : 248- 255: tsnmf Gd-IisdeA svipg LEU3_PICJA : 248- 256: tsnmf GdiIsdeaS vipgs LEU3_SALTY : 292- 300: apdia GknIanpiA qilsl LEU3_SALTY : 352- 359: stdem Gd-IiaryV aegv LEU3_SALTY : 352- 360: stdem GdiIaryvA egv LEU3_SCHPO : 11- 19: ivvlp GdhIgpeiV asale LEU3_SCHPO : 47- 55: ehkig GasIdaygT pltde LEU3_SCHPO : 248- 255: tdnlf Gd-IisdeA svipg LEU3_SCHPO : 248- 256: tdnlf GdiIsdeaS vipgs LEU3_SCHPO : 297- 305: apdia GkgIvnpvG tilsa LEU3_SOLTU : 44- 52: atlfp GdgIgpeiA esvrq LEU3_SOLTU : 261- 269: mpnly GdiIsdlcA gligg LEU3_SOLTU : 286- 293: cnige Gg-IalaeA vhgsa LEU3_SPIPL : 16- 24: sgdgi GpeImavaV dvlka LEU3_SPIPL : 249- 256: tgnlf Gd-IlsdaA amltg LEU3_SPIPL : 261- 268: aamlt Gs-IgmlpS aslga LEU3_THEAQ : 8- 16: vavlp GdgIgpevT eaalr LEU3_THEAQ : 240- 247: tgnif Gd-IlsdlA svlpg LEU3_THEAQ : 281- 289: apdia GkgIanptA ailsa LEU3_THETH : 8- 16: vavlp GdgIgpevT eaalk LEU3_YAMOH : 46- 54: hhlig GaaIdatgV plpde LEU3_YAMOH : 250- 257: tsnmf Gd-IisdeA svipg LEU3_YAMOH : 250- 258: tsnmf GdiIsdeaS vipgs LEU3_YARLI : 261- 268: ttnmf Gd-IisdeA svipg LEU3_YARLI : 261- 269: ttnmf GdiIsdeaS vipgs LEU3_YEAST : 48- 56: nhlig GaaIdatgV plpde LEU3_YEAST : 249- 256: tsnmf Gd-IisdeA svipg LEU3_YEAST : 249- 257: tsnmf GdiIsdeaS vipgs YCSA_BACSU : 121- 128: asklf Gd-IltdiS sslme YIJ4_YEAST : 134- 142: vegek GkpIdmviV rente YIJ4_YEAST : 266- 273: apnly Gd-IlsdgA aalvg YIJ4_YEAST : 307- 315: apdia GkgIanpiA tirst B 2: 7.8401 137( 43) S-x(0,1)-V Occurences: 137(43) IDH1_VIBA1 : 21- 22: idgkl S-V pnnpi IDH1_VIBA1 : 138- 140: ftgvp SpV krpse IDH1_VIBA1 : 144- 146: pvkrp SeV dmvif IDH1_VIBA1 : 173- 174: sdkak S-V ikfli IDH1_VIBA1 : 223- 224: dnnkd S-V tlvhk IDH1_VIBA1 : 296- 297: rpaey S-V iatln IDH1_VIBA1 : 354- 355: kvnpg S-V ilsae IDH2_YEAST : 54- 55: peisk S-V kkifs IDH2_YEAST : 239- 240: elidn S-V lkvvt IDH2_YEAST : 255- 256: ytdav S-V cpnly IDH2_YEAST : 316- 318: talll SsV mmlnh IDH2_YEAST : 317- 318: allls S-V mmlnh IDH3_BOVIN : 8- 10: gpawi SkV srllg IDH3_BOVIN : 193- 195: rnnhr SnV tavhk IDH3_BOVIN : 288- 289: vaife S-V hgtap IDH3_BOVIN : 310- 312: talll SaV mmlrh IDHC_RAT : 9- 10: kihgg S-V vemqg IDHC_RAT : 9- 11: kihgg SvV emqgd IDHC_RAT : 280- 281: dvqsd S-V aqgyg IDHC_RAT : 293- 294: lgmmt S-V licpd IDHC_SOYBN : 324- 325: lglmt S-V lvcpd IDHC_YEAST : 45- 46: kyydl S-V eyrdq IDHC_YEAST : 293- 294: lglmt S-V litpd IDHP_BOVIN : 108- 109: atqky S-V avkca IDHP_BOVIN : 332- 333: lglmt S-V lvcpd IDHP_BOVIN : 423- 425: cihgl SnV klneh IDHP_PIG : 77- 78: atqky S-V avkca IDHP_PIG : 301- 302: lglmt S-V lvcpd IDHP_PIG : 392- 394: cihgl SnV klneh IDHP_YEAST : 61- 62: kyydl S-V esrda IDHP_YEAST : 193- 195: ydykg SgV amamy IDH_BACSU : 39- 41: iwnaa SkV leaav IDH_BACSU : 130- 132: ftgvp SpV krped IDH_BACSU : 215- 216: ehgrk S-V tlvhk IDH_BACSU : 360- 362: dkvnp SsV ilsgv IDH_BACSU : 361- 362: kvnps S-V ilsgv IDH_BACSU : 365- 367: ssvil SgV llleh IDH_BACSU : 392- 394: ektia SkV vtydf IDH_ECOLI : 3- 5: me SkV vvpaq IDH_ECOLI : 139- 141: yqgtp SpV khpel IDH_ECOLI : 224- 225: andrd S-V tlvhk IDH_PIG : 10- 12: eihgl SnV k IDH_SYNY3 : 9- 10: klqpp S-V gskit IDH_THETH : 59- 60: reaga S-V frrgi IDH_THETH : 67- 69: rrgia SgV pqeti IDH_THETH : 154- 155: hmqtp S-V aqtlk IDH_THETH : 299- 301: tavll SaV mmlry IDH_THETH : 465- 467: ildlv SrV asrfr LEU3_AGRTU : 5- 6: mtvr S-V fllpg LEU3_AGRTU : 175- 176: ieria S-V afela LEU3_AGRTU : 199- 201: rnvmk SgV lwnqv LEU3_AGRTU : 253- 255: fgdml SdV aamlt LEU3_BACCA : 114- 116: vvcyd SlV srspl LEU3_BACCA : 147- 149: yfgqp SaV venge LEU3_BACCA : 188- 189: rkkvt S-V dkanv LEU3_BACCO : 187- 188: rkkla S-V dkanv LEU3_BACCO : 253- 254: lsdea S-V itgsl LEU3_BACME : 71- 72: avllg S-V ggpkw LEU3_BACME : 185- 186: rkkvt S-V dkanv LEU3_BACME : 195- 197: nvles SrV wreva LEU3_BACME : 322- 323: eqave S-V lhagh LEU3_BACSU : 27- 28: tdvlk S-V aerfn LEU3_BACSU : 189- 190: kgkvt S-V dkanv LEU3_BACSU : 363- 365: senti SnV LEU3_BRANA : 230- 231: rgklc S-V dkanv LEU3_BRANA : 397- 398: eevlk S-V dshvq LEU3_BRANA : 400- 402: lksvd ShV qasv LEU3_BRANA : 405- 406: shvqa S-V LEU3_CANBO : 32- 34: ilksi SeV kpeiq LEU3_CANBO : 164- 165: dsesy S-V pever LEU3_CANBO : 258- 259: isdea S-V ipgsl LEU3_CANMA : 2- 3: m S-V ktkti LEU3_CANMA : 224- 225: efptl S-V qhqli LEU3_CANMA : 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