------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 20 sequences from file HTH_MERR_FAMILY PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 20 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename HTH_MERR_FAMILY.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: BLTR_BACSU 273 BMRR_BACSU 245 GLNR_BACCE 129 GLNR_BACSU 135 MERR_BACSR 132 MERR_PSEAE 144 MERR_SERMA 144 MERR_SHIFL 144 MERR_STAAU 135 MERR_THIFE 122 NOLA_BRAJA 237 SOXR_ECOLI 154 TIPA_STRLI 253 Y186_HAEIN 135 Y293_HAEIN 128 YDNJ_STRCO 68 YEHV_ECOLI 243 YHDM_ECOLI 141 YHDM_HAEIN 135 YYAN_BACSU 138 Pratt run started at Thu Feb 6 19:56:44 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 8.3401 44( 20) I-x(2)-L 2: 8.3401 33( 20) R-x(2)-E 3: 8.3401 33( 20) R-x-Y 4: 8.3401 32( 20) Y-x(4)-L 5: 8.3401 49( 20) L-x(2)-L 6: 8.3401 30( 20) I-x(5)-L 7: 7.8401 62( 20) L-x(0,1)-R 8: 7.8401 62( 20) L-x(0,1)-L 9: 7.8401 56( 20) I-x(1,2)-L 10: 7.8401 42( 20) R-x(0,1)-Y 11: 7.8401 42( 20) G-x(1,2)-R 12: 7.8401 38( 20) R-x(2,3)-G 13: 7.8401 57( 20) L-x(3,4)-R 14: 7.8401 67( 20) L-x(1,2)-L 15: 7.8401 51( 20) R-x(1,2)-L 16: 7.8401 40( 20) Q-x(0,1)-L 17: 7.8401 53( 20) L-x(4,5)-L 18: 7.8401 74( 20) L-x(0,1)-E 19: 7.8401 38( 20) R-x(1,2)-Y 20: 7.8401 54( 20) R-x(2,3)-E Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 11.0246 23( 20) G-x(1,2)-R-x-[FY] B 2: 10.2014 23( 20) Y-[DEPQT]-x(3)-L C 3: 8.3401 44( 20) I-x(2)-L D 4: 8.3401 33( 20) R-x(2)-E E 5: 8.3401 33( 20) R-x-Y F 6: 8.3401 49( 20) L-x(2)-L G 7: 8.3401 30( 20) I-x(5)-L H 8: 7.8401 62( 20) L-x(0,1)-R I 9: 7.8401 62( 20) L-x(0,1)-L J 10: 7.8401 56( 20) I-x(1,2)-L K 11: 7.8401 42( 20) R-x(0,1)-Y L 12: 7.8401 38( 20) R-x(2,3)-G M 13: 7.8401 57( 20) L-x(3,4)-R N 14: 7.8401 67( 20) L-x(1,2)-L O 15: 7.8401 51( 20) R-x(1,2)-L P 16: 7.8401 40( 20) Q-x(0,1)-L Q 17: 7.8401 53( 20) L-x(4,5)-L R 18: 7.8401 74( 20) L-x(0,1)-E S 19: 7.8401 38( 20) R-x(1,2)-Y T 20: 7.8401 54( 20) R-x(2,3)-E Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 11.0246 23( 20) G-x(1,2)-R-x-[FY] Occurences: 23(20) BLTR_BACSU : 43- 47: ikken Gy-RyY syhqf BMRR_BACSU : 93- 98: geanq GeiRlF ispga GLNR_BACCE : 43- 48: ptrtk GnrRlF sfndv GLNR_BACSU : 44- 49: parse GnrRlF sfhdv MERR_BACSR : 37- 41: ertek Gy-RmY sqqtv MERR_PSEAE : 41- 46: pdkpy GsiRrY geadv MERR_SERMA : 41- 46: pdkpy GsiRrY geadv MERR_SHIFL : 41- 46: pdkpy GsiRrY geadv MERR_STAAU : 37- 41: prnes Gy-RiY seeta MERR_THIFE : 40- 44: srtaa Gy-RlY ndeav NOLA_BRAJA : 44- 49: terte GghRmY dresg NOLA_BRAJA : 45- 49: erteg Gh-RmY dresg SOXR_ECOLI : 44- 49: sirns GnqRrY krdvl TIPA_STRLI : 37- 41: ersha Gh-RrY sdadl Y186_HAEIN : 37- 41: grdey Gn-RrF tdkdl Y293_HAEIN : 35- 39: vrsls Gy-RnY gesdl YDNJ_STRCO : 50- 55: pdrta GrgRrY sardi YEHV_ECOLI : 37- 42: pqrtd GghRlF ndadi YEHV_ECOLI : 38- 42: qrtdg Gh-RlF ndadi YHDM_ECOLI : 35- 40: evrte GgfRlY tesdl YHDM_ECOLI : 36- 40: vrteg Gf-RlY tesdl YHDM_HAEIN : 34- 39: pkrts GnfRqY neehl YYAN_BACSU : 38- 42: krkns Gr-RfY tetdi B 2: 10.2014 23( 20) Y-[DEPQT]-x(3)-L Occurences: 23(20) BLTR_BACSU : 28- 33: qtlfh YDeigL fspei BLTR_BACSU : 246- 251: igena YEeymL demvv BMRR_BACSU : 25- 30: kalry YDkidL fkpay BMRR_BACSU : 45- 50: tsyry YTdsqL ihldl GLNR_BACCE : 30- 35: rqiry YEehnL vsptr GLNR_BACSU : 31- 36: rqiry YEengL ifpar MERR_BACSR : 22- 27: etiry YErlgL ipepe MERR_BACSR : 83- 88: kcrdm YDftiL kiedi MERR_PSEAE : 27- 32: etirf YQrkgL llepd MERR_SERMA : 27- 32: etirf YQrkgL lpepd MERR_SHIFL : 27- 32: etirf YQrkgL lrepd MERR_STAAU : 22- 27: etvry YErkgL iagpp MERR_THIFE : 25- 30: dtlry YEkehL iepas NOLA_BRAJA : 30- 35: rtlhh YEhtgL laate SOXR_ECOLI : 31- 36: salhf YEskgL itsir TIPA_STRLI : 22- 27: rtlhh YDdigL lvpse Y186_HAEIN : 22- 27: ytlrf YDkegL lpnvg Y293_HAEIN : 20- 25: kqird YEkmgL ikpav YDNJ_STRCO : 37- 42: qtlrq YDrlgL vspdr YEHV_ECOLI : 111- 116: ergqd YPaqtL tthlf YHDM_ECOLI : 40- 45: ggfrl YTesdL qrlkf YHDM_HAEIN : 20- 25: etiry YEqqgL ipppk YYAN_BACSU : 23- 28: ytlry YEkigL lpppk C 3: 8.3401 44( 20) I-x(2)-L Occurences: 44(20) BLTR_BACSU : 71- 74: vplke IkcL ikgkt BLTR_BACSU : 98- 101: eidkk IneL kqlqt BLTR_BACSU : 154- 157: kyvaa IseL ihevq BMRR_BACSU : 19- 22: lanvs IkaL ryydk BMRR_BACSU : 56- 59: ihldl IksL kyigt BMRR_BACSU : 224- 227: rvsri IfrL niifs GLNR_BACCE : 59- 62: dklle IkdL ldqgl GLNR_BACSU : 60- 63: dklle IkhL ieqgv MERR_BACSR : 5- 8: mkfr IgeL adkcg MERR_BACSR : 65- 68: ftlne IdkL lgvvd MERR_BACSR : 97- 100: diqrk IedL krier MERR_BACSR : 126- 129: yecpi IetL mkk MERR_PSEAE : 70- 73: fslde IaeL lrled MERR_PSEAE : 129- 132: vscpl IasL qggas MERR_SERMA : 70- 73: fslde IaeL lrldd MERR_SERMA : 129- 132: vscpl IasL qgeke MERR_SHIFL : 70- 73: fslde IaeL lrldd MERR_SHIFL : 129- 132: vscpl IasL qgeag MERR_STAAU : 5- 8: mgmk IseL akacd MERR_STAAU : 65- 68: fslke IhlL fgvvd MERR_STAAU : 103- 106: qgllr IqrL leelk MERR_STAAU : 126- 129: ytcpi IetL mggpd MERR_THIFE : 68- 71: fslsd IqeL ltlkr NOLA_BRAJA : 13- 16: rrrwr IgeL aeatg NOLA_BRAJA : 60- 63: qrvhq IraL relgf SOXR_ECOLI : 8- 11: kklpr IkaL ltpge SOXR_ECOLI : 106- 109: eldrr IhtL valrd TIPA_STRLI : 25- 28: hhydd IglL vpser TIPA_STRLI : 91- 94: llsar IgkL qkmaa Y186_HAEIN : 97- 100: nvkcq IaeL kryld Y293_HAEIN : 63- 66: fslhq IaqL lalqd Y293_HAEIN : 88- 91: ltaqh IatL nqqie Y293_HAEIN : 95- 98: tlnqq IeqL qkmvq YDNJ_STRCO : 60- 63: ysard IelL rqvqq YEHV_ECOLI : 192- 195: qqgwr IdvL ahsln YEHV_ECOLI : 238- 241: eqghd IfpL gi YHDM_ECOLI : 4- 7: myr IgeL akmae YHDM_ECOLI : 64- 67: fsles IreL lsiri YHDM_ECOLI : 97- 100: evear IaeL qsmqr YHDM_HAEIN : 3- 6: mk IgaL akalg YHDM_HAEIN : 63- 66: islse IksL lnlen YHDM_HAEIN : 95- 98: evatr IheL ahlrm YYAN_BACSU : 26- 29: ryyek IglL pppkr YYAN_BACSU : 96- 99: sinkr IeiL tkhle D 4: 8.3401 33( 20) R-x(2)-E Occurences: 33(20) BLTR_BACSU : 229- 232: eeayr RiiE fiern BMRR_BACSU : 86- 89: vcfly RagE anqge BMRR_BACSU : 121- 124: dgisr RlgE vfvld GLNR_BACCE : 28- 31: sarqi RyyE ehnlv GLNR_BACSU : 29- 32: sarqi RyyE engli MERR_BACSR : 4- 7: mkf RigE ladkc MERR_BACSR : 20- 23: nketi RyyE rlgli MERR_BACSR : 54- 57: lhfik RmqE lgftl MERR_BACSR : 95- 98: iediq RkiE dlkri MERR_BACSR : 113- 116: mdlke RcpE nkdiy MERR_PSEAE : 45- 48: ygsir RygE advtr MERR_SERMA : 45- 48: ygsir RygE advtr MERR_SHIFL : 45- 48: ygsir RygE advvr MERR_STAAU : 20- 23: nketv RyyE rkgli MERR_STAAU : 54- 57: vrfik RmkE ldfsl MERR_STAAU : 105- 108: llriq RllE elkek MERR_THIFE : 23- 26: stdtl RyyE kehli NOLA_BRAJA : 12- 15: rrrrw RigE laeat SOXR_ECOLI : 138- 141: rnpgd RlgE egtga SOXR_ECOLI : 147- 150: egtga RllE deqn TIPA_STRLI : 82- 85: rahlr RqhE llsar Y186_HAEIN : 67- 70: lkdik RfaE ctiig Y293_HAEIN : 18- 21: stkqi RdyE kmgli YDNJ_STRCO : 58- 61: rrysa RdiE llrqv YEHV_ECOLI : 49- 52: dadid RirE ikrwi YHDM_ECOLI : 3- 6: my RigE lakma YHDM_ECOLI : 19- 22: tpdti RyyE kqqmm YHDM_ECOLI : 89- 92: givqe RlqE veari YHDM_ECOLI : 96- 99: qevea RiaE lqsmq YHDM_HAEIN : 18- 21: tveti RyyE qqgli YHDM_HAEIN : 94- 97: kevat RihE lahlr YYAN_BACSU : 21- 24: ssytl RyyE kigll YYAN_BACSU : 111- 114: meikk RelE evist E 5: 8.3401 33( 20) R-x-Y Occurences: 33(20) BLTR_BACSU : 45- 47: kengy RyY syhqf BLTR_BACSU : 148- 150: lnlpe RkY vaais BMRR_BACSU : 23- 25: sikal RyY dkidl BMRR_BACSU : 43- 45: pdtsy RyY tdsql GLNR_BACCE : 28- 30: sarqi RyY eehnl GLNR_BACSU : 29- 31: sarqi RyY eengl MERR_BACSR : 20- 22: nketi RyY erlgl MERR_BACSR : 39- 41: tekgy RmY sqqtv MERR_PSEAE : 25- 27: nveti RfY qrkgl MERR_PSEAE : 44- 46: pygsi RrY geadv MERR_SERMA : 25- 27: nveti RfY qrkgl MERR_SERMA : 44- 46: pygsi RrY geadv MERR_SHIFL : 25- 27: nveti RfY qrkgl MERR_SHIFL : 44- 46: pygsi RrY geadv MERR_STAAU : 20- 22: nketv RyY erkgl MERR_STAAU : 39- 41: nesgy RiY seeta MERR_THIFE : 23- 25: stdtl RyY ekehl MERR_THIFE : 42- 44: taagy RlY ndeav NOLA_BRAJA : 47- 49: teggh RmY dresg SOXR_ECOLI : 47- 49: nsgnq RrY krdvl TIPA_STRLI : 39- 41: shagh RrY sdadl Y186_HAEIN : 20- 22: saytl RfY dkegl Y293_HAEIN : 18- 20: stkqi RdY ekmgl Y293_HAEIN : 37- 39: slsgy RnY gesdl YDNJ_STRCO : 35- 37: hpqtl RqY drlgl YDNJ_STRCO : 53- 55: tagrg RrY sardi YEHV_ECOLI : 25- 27: lrawq RrY gllkp YHDM_ECOLI : 19- 21: tpdti RyY ekqqm YHDM_ECOLI : 38- 40: teggf RlY tesdl YHDM_HAEIN : 18- 20: tveti RyY eqqgl YHDM_HAEIN : 37- 39: tsgnf RqY neehl YYAN_BACSU : 21- 23: ssytl RyY ekigl YYAN_BACSU : 40- 42: knsgr RfY tetdi F 6: 8.3401 49( 20) L-x(2)-L Occurences: 49(20) BLTR_BACSU : 84- 87: tpdki LhvL keksi BLTR_BACSU : 101- 104: kkine LkqL qtilq BMRR_BACSU : 50- 53: ytdsq LihL dliks GLNR_BACCE : 19- 22: givmd LtqL sarqi GLNR_BACSU : 20- 23: givmq LteL sarqi GLNR_BACSU : 105- 108: lsdde LrqL lknel MERR_BACSR : 107- 110: rierm LmdL kercp MERR_PSEAE : 5- 8: menn LenL tigvf MERR_PSEAE : 73- 76: deiae LlrL edgth MERR_PSEAE : 110- 113: rmeav LseL vcach MERR_SERMA : 5- 8: mekn LenL tigvf MERR_SERMA : 73- 76: deiae LlrL ddgth MERR_SERMA : 110- 113: rmetv LseL vfach MERR_SHIFL : 5- 8: menn LenL tigvf MERR_SHIFL : 73- 76: deiae LlrL ddgth MERR_SHIFL : 110- 113: rmetv LseL vcach MERR_STAAU : 107- 110: riqrl LeeL kekcp MERR_THIFE : 71- 74: sdiqe LltL krtds MERR_THIFE : 100- 103: riark LrvL qamsa MERR_THIFE : 110- 113: amsaa LndL iqsce NOLA_BRAJA : 63- 66: hqira LreL gfslv NOLA_BRAJA : 83- 86: egtts LtdL lrkhl NOLA_BRAJA : 202- 205: rvsmi LkvL arlsa NOLA_BRAJA : 205- 208: milkv LarL saprs NOLA_BRAJA : 229- 232: yldla LggL edqpy SOXR_ECOLI : 109- 112: rriht LvaL rdeld TIPA_STRLI : 46- 49: ysdad LdrL qqilf Y186_HAEIN : 46- 49: ftdkd LqwL sllqc Y186_HAEIN : 49- 52: kdlqw LslL qclkn Y186_HAEIN : 52- 55: qwlsl LqcL kntgm Y186_HAEIN : 104- 107: elkry LdlL eykla Y293_HAEIN : 9- 12: seaak LvgL stkqi Y293_HAEIN : 44- 47: ygesd LerL hfirh Y293_HAEIN : 66- 69: hqiaq LlaL qdnpk Y293_HAEIN : 123- 126: pecli LngL ng YDNJ_STRCO : 26- 29: svaaq LsgL hpqtl YEHV_ECOLI : 89- 92: qqetl LtyL qsgnl YEHV_ECOLI : 97- 100: lqsgn LhsL rtwik YEHV_ECOLI : 135- 138: cqqpt LqaL laild YEHV_ECOLI : 139- 142: tlqal LaiL dgvli YEHV_ECOLI : 199- 202: vlahs LnqL rpelf YHDM_ECOLI : 45- 48: ytesd LqrL kfirh YHDM_ECOLI : 107- 110: smqrs LqrL ndacc YHDM_ECOLI : 127- 130: vycsi LeaL eqgas YHDM_HAEIN : 44- 47: yneeh LqrL sficn YHDM_HAEIN : 66- 69: seiks LlnL enask YHDM_HAEIN : 98- 101: trihe LahL rmkli YHDM_HAEIN : 105- 108: hlrmk LieL rektv YYAN_BACSU : 53- 56: qfmlf LksL ketgm G 7: 8.3401 30( 20) I-x(5)-L Occurences: 30(20) BLTR_BACSU : 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IqdttrL wlegw YHDM_ECOLI : 51- 57: qrlkf IrharqL gfsle YHDM_HAEIN : 50- 56: qrlsf IcncrnL disls YHDM_HAEIN : 63- 69: islse IksllnL enask YHDM_HAEIN : 95- 101: evatr IhelahL rmkli YYAN_BACSU : 47- 53: ytetd IqfmlfL kslke H 8: 7.8401 62( 20) L-x(0,1)-R Occurences: 62(20) BLTR_BACSU : 17- 19: gefsk LcR vkkqt BLTR_BACSU : 138- 140: eetfm LsR ktlnl BMRR_BACSU : 22- 23: vsika L-R yydki BMRR_BACSU : 75- 76: kkaqg L-R dgrtv BMRR_BACSU : 84- 86: rtvcf LyR agean GLNR_BACCE : 100- 101: iskte L-R kilrd GLNR_BACCE : 104- 105: elrki L-R delqh GLNR_BACCE : 119- 120: fnrts L-R qgdis GLNR_BACSU : 105- 106: lsdde L-R qllkn MERR_BACSR : 100- 102: rkied LkR ierml MERR_PSEAE : 73- 75: deiae LlR ledgt MERR_PSEAE : 74- 75: eiael L-R ledgt MERR_PSEAE : 103- 105: ekmad LaR meavl MERR_SERMA : 73- 75: deiae LlR lddgt MERR_SERMA : 74- 75: eiael L-R lddgt MERR_SERMA : 103- 105: ekmtd LaR metvl MERR_SHIFL : 32- 34: yqrkg LlR epdkp MERR_SHIFL : 33- 34: qrkgl L-R epdkp MERR_SHIFL : 73- 75: deiae LlR lddgt MERR_SHIFL 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