------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 12 sequences from file HTH_MARR_FAMILY PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 12 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename HTH_MARR_FAMILY.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: EMRR_ECOLI 176 HPCR_ECOLI 148 HPR_BACSU 203 MARR_ECOLI 125 PAPX_ECOLI 164 PECS_ERWCH 166 PETP_RHOCA 166 PRSX_ECOLI 166 SLYA_SALTY 146 YWAE_BACSU 171 YXAD_BACSU 143 YYBA_BACSU 150 Pratt run started at Thu Feb 6 19:56:44 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 10.5102 21( 12) L-x(3,5)-G-x(2,4)-R 2: 10.5102 21( 12) L-x(3,5)-L-x(1,3)-R 3: 8.3401 24( 12) L-L 4: 8.3401 29( 12) L-E 5: 8.3401 31( 12) L-T 6: 8.3401 29( 12) L-x(3)-E 7: 8.3401 27( 12) E-x(4)-L 8: 8.3401 18( 12) R-x(5)-L 9: 8.3401 24( 12) L-x(3)-G 10: 8.3401 21( 12) R-x(4)-L 11: 8.3401 14( 12) L-x(4)-R 12: 7.8401 25( 12) V-x(0,1)-L 13: 7.8401 29( 12) K-x(2,3)-L 14: 7.8401 43( 12) E-x(2,3)-L 15: 7.8401 25( 12) T-x(1,2)-E 16: 7.8401 26( 12) T-x(0,1)-E 17: 7.8401 27( 12) T-x(2,3)-L 18: 7.8401 34( 12) T-x(4,5)-L 19: 7.8401 27( 12) A-x(1,2)-L 20: 7.8401 29( 12) A-x(0,1)-L Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 10.5793 16( 12) L-x(3)-G-x-[AILV] B 2: 10.5102 21( 12) L-x(3,5)-G-x(2,4)-R C 3: 10.5102 21( 12) L-x(3,5)-L-x(1,3)-R D 4: 10.0598 17( 12) A-x(0,1)-L-[DEGS] E 5: 10.0400 18( 12) A-x(1,2)-L-[DERS] F 6: 10.0279 17( 12) T-x(2,3)-L-[DEST] G 7: 8.3401 24( 12) L-L H 8: 8.3401 29( 12) L-E I 9: 8.3401 31( 12) L-T J 10: 8.3401 29( 12) L-x(3)-E K 11: 8.3401 27( 12) E-x(4)-L L 12: 8.3401 18( 12) R-x(5)-L M 13: 8.3401 21( 12) R-x(4)-L N 14: 8.3401 14( 12) L-x(4)-R O 15: 7.8401 25( 12) V-x(0,1)-L P 16: 7.8401 29( 12) K-x(2,3)-L Q 17: 7.8401 43( 12) E-x(2,3)-L R 18: 7.8401 25( 12) T-x(1,2)-E S 19: 7.8401 26( 12) T-x(0,1)-E T 20: 7.8401 34( 12) T-x(4,5)-L Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 10.5793 16( 12) L-x(3)-G-x-[AILV] Occurences: 16(12) EMRR_ECOLI : 95- 101: riade LekrGwI erres HPCR_ECOLI : 91- 97: klyis LtkeGqA lynra HPR_BACSU : 84- 90: nfskk LeerGyL rfskr MARR_ECOLI : 59- 65: rmldr LvckGwV erlpn MARR_ECOLI : 81- 87: gvlvk LttgGaA iceqc PAPX_ECOLI : 94- 100: ritdf LekaGyI krtds PECS_ERWCH : 95- 101: srldr LeqaGwL rrmpi PECS_ERWCH : 117- 123: svniq LtdeGfA linrv PETP_RHOCA : 87- 93: rvlrt LiddGlV esrvg PETP_RHOCA : 109- 115: erhlh LtekGaV lerel PRSX_ECOLI : 94- 100: ritdf LektGyV krtds SLYA_SALTY : 72- 78: rtldq LedkGlI srqtc YWAE_BACSU : 72- 78: silyd LwvwGaL etrki YXAD_BACSU : 45- 51: lllrq LdefGpA rvkel YYBA_BACSU : 5- 11: mndi LreiGmI arald YYBA_BACSU : 68- 74: raikk LemqGfI qklpd B 2: 10.5102 21( 12) L-x(3,5)-G-x(2,4)-R Occurences: 21(12) EMRR_ECOLI : 77- 85: iqpse Lscal-Gss--R tnatr EMRR_ECOLI : 95- 103: riade Lekr--Gwie-R resdn EMRR_ECOLI : 95- 104: riade Lekr--GwierR esdnd EMRR_ECOLI : 115- 126: rrclh LqltekGheflR evlpp EMRR_ECOLI : 117- 126: clhlq Ltek--GheflR evlpp HPCR_ECOLI : 58- 68: yraci LrpsltGilt-R merdg HPR_BACSU : 84- 91: nfskk Leer--Gyl--R fskrl MARR_ECOLI : 45- 54: elkkv Lsvdl-Galt-R mldrl MARR_ECOLI : 59- 67: rmldr Lvck--Gwve-R lpnpn PAPX_ECOLI : 94- 102: ritdf Leka--Gyik-R tdsre PECS_ERWCH : 95- 102: srldr Leqa--Gwl--R rmpie PECS_ERWCH : 95- 103: srldr Leqa--Gwlr-R mpieg PETP_RHOCA : 42- 53: dpdri LdqhdyGrahhR aihfi PETP_RHOCA : 87- 96: rvlrt Lidd--GlvesR vgrrd PETP_RHOCA : 92- 103: liddg LvesrvGrrdkR erhlh PETP_RHOCA : 107- 118: krerh LhltekGavleR elsea PETP_RHOCA : 109- 118: erhlh Ltek--GavleR elsea PRSX_ECOLI : 94- 102: ritdf Lekt--Gyvk-R tdsre SLYA_SALTY : 3- 13: mk Lespl-GsdlaR lvriw SLYA_SALTY : 72- 80: rtldq Ledk--Glis-R qtcas YWAE_BACSU : 72- 81: silyd Lwvw--GaletR kiael YXAD_BACSU : 45- 52: lllrq Ldef--Gpa--R vkela YYBA_BACSU : 5- 13: mndi Lrei--Gmia-R aldsi C 3: 10.5102 21( 12) L-x(3,5)-L-x(1,3)-R Occurences: 21(12) EMRR_ECOLI : 77- 85: iqpse Lsca--LgssR tnatr HPCR_ECOLI : 5- 13: mhds Ltial-Lqa-R eaams HPCR_ECOLI : 5- 13: mhds Ltia--LlqaR eaams HPCR_ECOLI : 62- 68: ilrps Ltgi--Lt--R merdg HPCR_ECOLI : 129- 139: qlthl LeefiaLgnsR qedip HPR_BACSU : 90- 100: eergy LrfskrLndkR ntyvq MARR_ECOLI : 52- 58: vdlga Ltrm--Ld--R lvckg PAPX_ECOLI : 27- 34: pfreh Llmq--Lci-R vnkki PECS_ERWCH : 27- 34: dvepm Lvigt-Ls--R vslli PECS_ERWCH : 32- 41: lvigt LsrvslLid-R aldkv PECS_ERWCH : 32- 41: lvigt Lsrvs-LlidR aldkv PECS_ERWCH : 88- 94: innst Ltsr--Ld--R leqag PECS_ERWCH : 95- 103: srldr LeqagwLr--R mpieg PECS_ERWCH : 151- 157: eekth Lral--Lg--R vekhl PETP_RHOCA : 87- 96: rvlrt Liddg-LvesR vgrrd PRSX_ECOLI : 27- 34: pfqeh Llmq--Lci-R ankrm SLYA_SALTY : 7- 13: klesp Lgsd--La--R lvriw SLYA_SALTY : 72- 80: rtldq Ledkg-Lis-R qtcas YWAE_BACSU : 72- 81: silyd LwvwgaLet-R kiael YXAD_BACSU : 34- 43: krtgn LerssyLll-R qldef YXAD_BACSU : 62- 69: aesfk Ldist-Ls--R qaaal YXAD_BACSU : 74- 82: rqaaa Leake-Liy-R fsdps YYBA_BACSU : 28- 38: fkdld LtrgqyLylvR iyenp D 4: 10.0598 17( 12) A-x(0,1)-L-[DEGS] Occurences: 17(12) EMRR_ECOLI : 80- 82: selsc A-LG ssrtn EMRR_ECOLI : 142- 144: hqlws A-LS ttekd HPCR_ECOLI : 134- 136: leefi A-LG nsrqe HPR_BACSU : 21- 24: ftqkm AqLS kalwk MARR_ECOLI : 114- 117: tadev AtLE yllkk PAPX_ECOLI : 61- 64: vymvl AiLS meeqh PECS_ERWCH : 42- 44: llidr A-LD kvfsk PECS_ERWCH : 153- 156: kthlr AlLG rvekh PETP_RHOCA : 114- 117: ltekg AvLE relse PRSX_ECOLI : 159- 162: nkkll AhLD dvss SLYA_SALTY : 133- 136: likli AkLE hnime YWAE_BACSU : 77- 79: lwvwg A-LE trkia YWAE_BACSU : 84- 87: etrki AeLS gista YXAD_BACSU : 72- 75: lsrqa AaLE akeli YXAD_BACSU : 73- 75: srqaa A-LE akeli YYBA_BACSU : 14- 16: gmiar A-LD sisni YYBA_BACSU : 112- 114: hstev A-LS gftse E 5: 10.0400 18( 12) A-x(1,2)-L-[DERS] Occurences: 18(12) EMRR_ECOLI : 92- 96: natri AdeLE krgwi HPCR_ECOLI : 55- 59: dlayr AciLR psltg HPR_BACSU : 21- 24: ftqkm Aq-LS kalwk HPR_BACSU : 195- 199: aadep AeeLE pvns MARR_ECOLI : 114- 117: tadev At-LE yllkk PAPX_ECOLI : 61- 64: vymvl Ai-LS meeqh PECS_ERWCH : 2- 6: m AryLE vsdiv PECS_ERWCH : 61- 64: efdil At-LR rrgap PECS_ERWCH : 98- 102: drleq AgwLR rmpie PETP_RHOCA : 114- 117: ltekg Av-LE relse PRSX_ECOLI : 159- 162: nkkll Ah-LD dvss SLYA_SALTY : 133- 136: likli Ak-LE hnime YWAE_BACSU : 44- 48: nlyrs AqrLR vkmet YWAE_BACSU : 84- 87: etrki Ae-LS gista YXAD_BACSU : 21- 25: tfirr AvyLD qsekr YXAD_BACSU : 71- 75: tlsrq AaaLE akeli YXAD_BACSU : 72- 75: lsrqa Aa-LE akeli YYBA_BACSU : 12- 16: eigmi AraLD sisni F 6: 10.0279 17( 12) T-x(2,3)-L-[DEST] Occurences: 17(12) EMRR_ECOLI : 155- 160: qleqi TrklLS rldqm HPCR_ECOLI : 63- 67: lrpsl Tgi-LT rmerd HPCR_ECOLI : 126- 130: kmqql Thl-LE efial HPR_BACSU : 102- 107: ndkrn TyvqLT eegte MARR_ECOLI : 53- 57: dlgal Trm-LD rlvck MARR_ECOLI : 105- 109: lhqel Tkn-LT adeva PAPX_ECOLI : 4- 8: mnn Tdl-LE kiirh PAPX_ECOLI : 91- 95: nitri Tdf-LE kagyi PECS_ERWCH : 89- 93: nnstl Tsr-LD rleqa PETP_RHOCA : 11- 16: apgge TllfLT deqlr PRSX_ECOLI : 4- 8: mnn Tdt-LE kiirh PRSX_ECOLI : 91- 95: nitri Tdf-LE ktgyv SLYA_SALTY : 68- 73: pslvr TldqLE dkgli YWAE_BACSU : 53- 57: rvkme Tev-LS tynls YWAE_BACSU : 58- 62: tevls Tyn-LS wtafs YXAD_BACSU : 31- 35: qsekr Tgn-LE rssyl YYBA_BACSU : 109- 114: egehs TevaLS gftse G 7: 8.3401 24( 12) L-L Occurences: 24(12) EMRR_ECOLI : 28- 29: pyqei LL trlcm EMRR_ECOLI : 40- 41: hmqsk LL enrnk EMRR_ECOLI : 158- 159: qitrk LL srldq HPCR_ECOLI : 9- 10: sltia LL qarea HPCR_ECOLI : 128- 129: qqlth LL eefia HPR_BACSU : 117- 118: evfws LL eefdp MARR_ECOLI : 9- 10: qkkdr LL neyls MARR_ECOLI : 119- 120: atley LL kkvlp PAPX_ECOLI : 6- 7: mnntd LL ekiir PAPX_ECOLI : 27- 28: pfreh LL mqlci PAPX_ECOLI : 157- 158: viskk LL ahfsd PECS_ERWCH : 37- 38: lsrvs LL idral PECS_ERWCH : 154- 155: thlra LL grvek PETP_RHOCA : 12- 13: pgget LL fltde PRSX_ECOLI : 27- 28: pfqeh LL mqlci PRSX_ECOLI : 157- 158: vinkk LL ahldd SLYA_SALTY : 127- 128: seeie LL iklia YWAE_BACSU : 160- 161: kiltg LL rkvad YXAD_BACSU : 40- 41: erssy LL lrqld YXAD_BACSU : 41- 42: rssyl LL rqlde YXAD_BACSU : 103- 104: klgkq LL kadqq YXAD_BACSU : 133- 134: emfge LL qrmnk YYBA_BACSU : 100- 101: kkvyp LL rrege YYBA_BACSU : 127- 128: etisa LL hrvrk H 8: 8.3401 29( 12) L-E Occurences: 29(12) EMRR_ECOLI : 41- 42: mqskl LE nrnkm EMRR_ECOLI : 64- 65: malit LE sqenh EMRR_ECOLI : 95- 96: riade LE krgwi EMRR_ECOLI : 151- 152: tekdq LE qitrk EMRR_ECOLI : 172- 173: qdgvv LE ams HPCR_ECOLI : 129- 130: qlthl LE efial HPR_BACSU : 84- 85: nfskk LE ergyl HPR_BACSU : 118- 119: vfwsl LE efdpt HPR_BACSU : 198- 199: epaee LE pvns MARR_ECOLI : 116- 117: devat LE yllkk PAPX_ECOLI : 7- 8: nntdl LE kiirh PAPX_ECOLI : 94- 95: ritdf LE kagyi PECS_ERWCH : 5- 6: mary LE vsdiv PECS_ERWCH : 95- 96: srldr LE qagwl PETP_RHOCA : 116- 117: ekgav LE relse PETP_RHOCA : 147- 148: gfrqv LE ammdp PRSX_ECOLI : 7- 8: nntdt LE kiirh PRSX_ECOLI : 94- 95: ritdf LE ktgyv SLYA_SALTY : 3- 4: mk LE splgs SLYA_SALTY : 29- 30: hrlkp LE ltqth SLYA_SALTY : 72- 73: rtldq LE dkgli SLYA_SALTY : 135- 136: kliak LE hnime YWAE_BACSU : 31- 32: vesln LE aisia YWAE_BACSU : 78- 79: wvwga LE trkia YWAE_BACSU : 101- 102: nvikt LE kksfc YXAD_BACSU : 34- 35: krtgn LE rssyl YXAD_BACSU : 74- 75: rqaaa LE akeli YXAD_BACSU : 112- 113: dqqkr LE ryeqm YYBA_BACSU : 68- 69: raikk LE mqgfi I 9: 8.3401 31( 12) L-T Occurences: 31(12) EMRR_ECOLI : 29- 30: yqeil LT rlcmh EMRR_ECOLI : 117- 118: clhlq LT ekghe HPCR_ECOLI : 5- 6: mhds LT iallq HPCR_ECOLI : 29- 30: vkrhn LT eqqwr HPCR_ECOLI : 62- 63: ilrps LT giltr HPCR_ECOLI : 66- 67: sltgi LT rmerd HPCR_ECOLI : 91- 92: klyis LT kegqa HPCR_ECOLI : 125- 126: ekmqq LT hllee HPR_BACSU : 106- 107: ntyvq LT eegte HPR_BACSU : 168- 169: ifets LT nidnd MARR_ECOLI : 52- 53: vdlga LT rmldr MARR_ECOLI : 81- 82: gvlvk LT tggaa MARR_ECOLI : 104- 105: dlhqe LT knlta MARR_ECOLI : 108- 109: eltkn LT adeva PAPX_ECOLI : 116- 117: tkkis LT segmf PAPX_ECOLI : 127- 128: ffiqr LT laqnt PAPX_ECOLI : 142- 143: elwsn LT cdece PECS_ERWCH : 88- 89: innst LT srldr PECS_ERWCH : 117- 118: svniq LT degfa PETP_RHOCA : 15- 16: etllf LT deqlr PETP_RHOCA : 64- 65: nrepg LT vttli PETP_RHOCA : 109- 110: erhlh LT ekgav PRSX_ECOLI : 60- 61: svymv LT tlfta PRSX_ECOLI : 116- 117: akkis LT segmf PRSX_ECOLI : 127- 128: ffiqr LT laqsm PRSX_ECOLI : 142- 143: eiwgy LT hdeqe SLYA_SALTY : 31- 32: lkple LT qthwv SLYA_SALTY : 94- 95: akrik LT ekaep YWAE_BACSU : 157- 158: deqki LT gllrk YXAD_BACSU : 14- 15: lieye LT tfirr YYBA_BACSU : 28- 29: fkdld LT rgqyl J 10: 8.3401 29( 12) L-x(3)-E Occurences: 29(12) EMRR_ECOLI : 61- 65: tlfma LitlE sqenh EMRR_ECOLI : 64- 68: malit LesqE nhsiq EMRR_ECOLI : 115- 119: rrclh LqltE kghef EMRR_ECOLI : 143- 147: qlwsa LsttE kdqle EMRR_ECOLI : 162- 166: kllsr LdqmE qdgvv HPCR_ECOLI : 10- 14: ltial LqarE aamsy HPCR_ECOLI : 66- 70: sltgi LtrmE rdglv HPR_BACSU : 44- 48: lkpyd LninE hhilw MARR_ECOLI : 108- 112: eltkn LtadE vatle PAPX_ECOLI : 63- 67: mvlai LsmeE qhcls PAPX_ECOLI : 71- 75: eeqhc LspsE isqkl PAPX_ECOLI : 142- 146: elwsn LtcdE cemfe PECS_ERWCH : 52- 56: fskyk LsarE fdila PECS_ERWCH : 92- 96: tltsr LdrlE qagwl PECS_ERWCH : 155- 159: hlral LgrvE khlvn PETP_RHOCA : 107- 111: krerh LhltE kgavl PETP_RHOCA : 162- 166: rhyqm LkdaE PRSX_ECOLI : 63- 67: mvltt LftaE shcls PRSX_ECOLI : 71- 75: aeshc LspsE isqkl PRSX_ECOLI : 142- 146: eiwgy LthdE qelfe SLYA_SALTY : 26- 30: lidhr LkplE ltqth SLYA_SALTY : 69- 73: slvrt LdqlE dkgli YWAE_BACSU : 10- 14: hqhqq LrkeE hdtls YXAD_BACSU : 9- 13: qnpve LieyE lttfi YXAD_BACSU : 24- 28: rravy LdqsE krtgn YXAD_BACSU : 74- 78: rqaaa LeakE liyrf YXAD_BACSU : 112- 116: dqqkr LeryE qmlke YYBA_BACSU : 88- 92: kkikk LfptE kgkkv YYBA_BACSU : 100- 104: kkvyp LlrrE gehst K 11: 8.3401 27( 12) E-x(4)-L Occurences: 27(12) EMRR_ECOLI : 76- 81: siqps ElscaL gssrt HPCR_ECOLI : 120- 125: aqfta EkmqqL thlle HPCR_ECOLI : 130- 135: lthll EefiaL gnsrq HPR_BACSU : 85- 90: fskkl EergyL rfskr HPR_BACSU : 112- 117: teegt EvfwsL leefd HPR_BACSU : 193- 198: dsaad EpaeeL epvns MARR_ECOLI : 12- 17: drlln EylspL ditaa MARR_ECOLI : 40- 45: citpv ElkkvL svdlg MARR_ECOLI : 90- 95: gaaic EqchqL vgqdl MARR_ECOLI : 103- 108: qdlhq EltknL tadev PAPX_ECOLI : 66- 71: ailsm EeqhcL spsei PAPX_ECOLI : 75- 80: clsps EisqkL qftrt PAPX_ECOLI : 137- 142: ntylk ElwsnL tcdec PECS_ERWCH : 96- 101: rldrl EqagwL rrmpi PECS_ERWCH : 146- 151: spfse EekthL rallg PETP_RHOCA : 10- 15: gapgg EtllfL tdeql PETP_RHOCA : 104- 109: rrdkr ErhlhL tekga PETP_RHOCA : 111- 116: hlhlt EkgavL erels PRSX_ECOLI : 75- 80: clsps EisqkL qftrt PRSX_ECOLI : 137- 142: smylk EiwgyL thdeq SLYA_SALTY : 96- 101: riklt EkaepL iaeme SLYA_SALTY : 123- 128: agiss EeielL iklia SLYA_SALTY : 126- 131: sseei EllikL iakle YWAE_BACSU : 13- 18: qqlrk EehdtL sklkq YXAD_BACSU : 35- 40: rtgnl ErssyL llrql YXAD_BACSU : 128- 133: stqek EmfgeL lqrmn YYBA_BACSU : 122- 127: tseek EtisaL lhrvr L 12: 8.3401 18( 12) R-x(5)-L Occurences: 18(12) EMRR_ECOLI : 111- 117: sdndr RclhlqL tekgh EMRR_ECOLI : 156- 162: leqit RkllsrL dqmeq HPCR_ECOLI : 68- 74: tgilt RmerdgL vlrlk HPCR_ECOLI : 85- 91: pindq RklyisL tkegq HPR_BACSU : 100- 106: rlndk RntyvqL teegt MARR_ECOLI : 8- 14: nqkkd RllneyL spldi MARR_ECOLI : 75- 81: npndk RgvlvkL ttgga PAPX_ECOLI : 110- 116: sredr RtkkisL tsegm PECS_ERWCH : 15- 21: ivqqw RnerpdL dvepm PECS_ERWCH : 111- 117: iegdr RsvniqL tdegf PETP_RHOCA : 103- 109: grrdk RerhlhL tekga PETP_RHOCA : 156- 162: mdpam RrhyqmL kdae PRSX_ECOLI : 110- 116: sredr RakkisL tsegm SLYA_SALTY : 25- 31: alidh RlkpleL tqthw SLYA_SALTY : 88- 94: casdr RakrikL tekae YWAE_BACSU : 162- 168: ltgll RkvadnL htt YXAD_BACSU : 36- 42: tgnle RssyllL rqlde YYBA_BACSU : 30- 36: dldlt RgqylyL vriye M 13: 8.3401 21( 12) R-x(4)-L Occurences: 21(12) EMRR_ECOLI : 90- 95: rtnat RiadeL ekrgw EMRR_ECOLI : 110- 115: esdnd RrclhL qltek HPCR_ECOLI : 35- 40: teqqw RivriL aesps HPCR_ECOLI : 71- 76: ltrme RdglvL rlkpi HPR_BACSU : 91- 96: ergyl RfskrL ndkrn MARR_ECOLI : 54- 59: lgalt RmldrL vckgw PAPX_ECOLI : 89- 94: rtnit RitdfL ekagy PECS_ERWCH : 55- 60: yklsa RefdiL atlrr PECS_ERWCH : 157- 162: rallg RvekhL vnnr PETP_RHOCA : 82- 87: kqsln RvlrtL iddgl PETP_RHOCA : 157- 162: dpamr RhyqmL kdae PRSX_ECOLI : 89- 94: rtnit RitdfL ektgy SLYA_SALTY : 16- 21: larlv RiwraL idhrl SLYA_SALTY : 67- 72: qpslv RtldqL edkgl YWAE_BACSU : 42- 47: atnly RsaqrL rvkme YWAE_BACSU : 81- 86: galet RkiaeL sgist YXAD_BACSU : 19- 24: lttfi RravyL dqsek YXAD_BACSU : 36- 41: tgnle RssylL lrqld YXAD_BACSU : 69- 74: istls RqaaaL eakel YXAD_BACSU : 114- 119: qkrle RyeqmL kewst YYBA_BACSU : 63- 68: rttaa RaikkL emqgf N 14: 8.3401 14( 12) L-x(4)-R Occurences: 14(12) EMRR_ECOLI : 151- 156: tekdq LeqitR kllsr HPCR_ECOLI : 66- 71: sltgi LtrmeR dglvl HPR_BACSU : 90- 95: eergy LrfskR lndkr MARR_ECOLI : 49- 54: vlsvd LgaltR mldrl PAPX_ECOLI : 7- 12: nntdl LekiiR hqqnk PECS_ERWCH : 60- 65: refdi LatlrR rgapy PETP_RHOCA : 80- 85: vtkqs LnrvlR tlidd PETP_RHOCA : 120- 125: vlere LseaqR vrmpa PRSX_ECOLI : 7- 12: nntdt LekiiR hqknk SLYA_SALTY : 11- 16: plgsd LarlvR iwral SLYA_SALTY : 14- 19: sdlar LvriwR alidh YWAE_BACSU : 157- 162: deqki LtgllR kvadn YXAD_BACSU : 14- 19: lieye LttfiR ravyl YYBA_BACSU : 127- 132: etisa LlhrvR knier O 15: 7.8401 25( 12) V-x(0,1)-L Occurences: 25(12) EMRR_ECOLI : 128- 129: eflre V-L ppqhn EMRR_ECOLI : 170- 172: meqdg VvL eams EMRR_ECOLI : 171- 172: eqdgv V-L eams HPCR_ECOLI : 75- 76: erdgl V-L rlkpi HPR_BACSU : 104- 106: krnty VqL teegt MARR_ECOLI : 26- 27: aaqfk V-L csirc MARR_ECOLI : 39- 41: acitp VeL kkvls MARR_ECOLI : 44- 45: velkk V-L svdlg MARR_ECOLI : 47- 49: kkvls VdL galtr MARR_ECOLI : 77- 78: ndkrg V-L vkltt MARR_ECOLI : 79- 81: krgvl VkL ttgga MARR_ECOLI : 123- 124: yllkk V-L p PAPX_ECOLI : 59- 60: hsvym V-L ailsm PECS_ERWCH : 35- 37: gtlsr VsL lidra PETP_RHOCA : 72- 73: ttlis V-L gvtkq PETP_RHOCA : 83- 84: qslnr V-L rtlid PETP_RHOCA : 115- 116: tekga V-L erels PETP_RHOCA : 146- 147: agfrq V-L eammd PRSX_ECOLI : 59- 60: hsvym V-L ttlft SLYA_SALTY : 37- 39: tqthw VtL hnihq YWAE_BACSU : 55- 56: kmete V-L stynl YXAD_BACSU : 7- 9: qnqnp VeL ieyel YXAD_BACSU : 22- 24: firra VyL dqsek YXAD_BACSU : 91- 93: psdgr VsL ftitk YYBA_BACSU : 111- 113: ehste VaL sgfts P 16: 7.8401 29( 12) K-x(2,3)-L Occurences: 29(12) EMRR_ECOLI : 148- 151: lstte Kdq-L eqitr HPCR_ECOLI : 25- 29: frpiv KrhnL teqqw HPCR_ECOLI : 121- 125: qftae KmqqL thlle HPR_BACSU : 11- 14: ppydv Kea-L vftqk HPR_BACSU : 19- 23: lvftq KmaqL skalw HPR_BACSU : 40- 44: wqqwl KpydL nineh MARR_ECOLI : 5- 9: mvnq KkdrL lneyl MARR_ECOLI : 6- 9: mvnqk Kdr-L lneyl MARR_ECOLI : 6- 10: mvnqk KdrlL neyls MARR_ECOLI : 42- 45: tpvel Kkv-L svdlg MARR_ECOLI : 74- 78: pnpnd KrgvL vkltt MARR_ECOLI : 121- 124: leyll Kkv-L p PAPX_ECOLI : 112- 116: edrrt KkisL tsegm PAPX_ECOLI : 113- 116: drrtk Kis-L tsegm PAPX_ECOLI : 155- 158: fevis Kkl-L ahfsd PECS_ERWCH : 49- 52: dkvfs Kyk-L saref PECS_ERWCH : 148- 151: fseee Kth-L rallg PETP_RHOCA : 77- 80: vlgvt Kqs-L nrvlr PETP_RHOCA : 112- 116: lhlte KgavL erels PRSX_ECOLI : 112- 116: edrra KkisL tsegm PRSX_ECOLI : 113- 116: drrak Kis-L tsegm PRSX_ECOLI : 155- 158: fevin Kkl-L ahldd SLYA_SALTY : 27- 31: idhrl KpleL tqthw SLYA_SALTY : 90- 94: sdrra KrikL tekae SLYA_SALTY : 97- 101: iklte KaepL iaeme YWAE_BACSU : 82- 86: aletr KiaeL sgist YXAD_BACSU : 101- 104: itklg Kql-L kadqq YYBA_BACSU : 24- 28: snief KdldL trgqy YYBA_BACSU : 84- 88: deqnk KikkL fptek YYBA_BACSU : 96- 100: tekgk KvypL lrreg Q 17: 7.8401 43( 12) E-x(2,3)-L Occurences: 43(12) EMRR_ECOLI : 9- 12: sftpi Eqm-L kfras EMRR_ECOLI : 26- 29: dfpyq Eil-L trlcm EMRR_ECOLI : 147- 151: alstt EkdqL eqitr HPCR_ECOLI : 70- 74: iltrm ErdgL vlrlk HPCR_ECOLI : 94- 98: isltk EgqaL ynraq HPCR_ECOLI : 131- 135: thlle EfiaL gnsrq HPR_BACSU : 48- 52: dlnin EhhiL wiayq HPR_BACSU : 86- 90: skkle ErgyL rfskr HPR_BACSU : 165- 168: fmeif Ets-L tnidn MARR_ECOLI : 112- 116: nltad EvatL eyllk MARR_ECOLI : 117- 120: evatl Eyl-L kkvlp PAPX_ECOLI : 25- 28: aypfr Ehl-L mqlci PAPX_ECOLI : 67- 71: ilsme EqhcL spsei PECS_ERWCH : 17- 21: qqwrn ErpdL dvepm PECS_ERWCH : 24- 27: pdldv Epm-L vigtl PECS_ERWCH : 56- 60: klsar EfdiL atlrr PECS_ERWCH : 120- 124: iqltd EgfaL inrvv PECS_ERWCH : 136- 140: ehven ErdiL spfse PECS_ERWCH : 147- 151: pfsee EkthL rallg PECS_ERWCH : 159- 162: llgrv Ekh-L vnnr PETP_RHOCA : 10- 13: gapgg Etl-L fltde PETP_RHOCA : 61- 64: hfinr Epg-L tvttl PETP_RHOCA : 104- 107: rrdkr Erh-L hltek PETP_RHOCA : 117- 120: kgavl Ere-L seaqr PRSX_ECOLI : 25- 28: aypfq Ehl-L mqlci PRSX_ECOLI : 67- 71: tlfta EshcL spsei PRSX_ECOLI : 146- 149: ylthd Eqe-L fevin SLYA_SALTY : 4- 7: mkl Esp-L gsdla SLYA_SALTY : 61- 65: kaigi EqpsL vrtld SLYA_SALTY : 73- 77: tldql EdkgL isrqt SLYA_SALTY : 123- 127: agiss EeieL likli SLYA_SALTY : 124- 127: gisse Eie-L likli SLYA_SALTY : 124- 128: gisse EielL iklia YWAE_BACSU : 14- 18: qlrke EhdtL sklkq YWAE_BACSU : 27- 31: kqmpv EslnL eaisi YWAE_BACSU : 52- 56: lrvkm EtevL stynl YWAE_BACSU : 142- 145: efhkg Ete-L iagmt YWAE_BACSU : 153- 157: gmtkd EqkiL tgllr YXAD_BACSU : 11- 14: pveli Eye-L ttfir YXAD_BACSU : 58- 62: vkela EsfkL distl YXAD_BACSU : 75- 79: qaaal EakeL iyrfs YXAD_BACSU : 116- 119: rlery Eqm-L kewst YYBA_BACSU : 22- 26: sisni EfkdL dltrg YYBA_BACSU : 110- 113: gehst Eva-L sgfts R 18: 7.8401 25( 12) T-x(1,2)-E Occurences: 25(12) EMRR_ECOLI : 6- 9: mdssf TpiE qmlkf EMRR_ECOLI : 63- 65: fmali Tl-E sqenh EMRR_ECOLI : 145- 147: wsals Tt-E kdqle HPCR_ECOLI : 67- 70: ltgil TrmE rdglv HPCR_ECOLI : 92- 94: lyisl Tk-E gqaly HPCR_ECOLI : 104- 107: ynraq TqiE eayrq HPCR_ECOLI : 118- 120: ieaqf Ta-E kmqql 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