------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 17 sequences from file HTH_DEOR_FAMILY PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 17 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename HTH_DEOR_FAMILY.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: ACCR_AGRTU 258 AGAR_ECOLI 269 DEOR_ECOLI 252 FUCR_ECOLI 243 FUCR_HAEIN 249 GATR_ECOLI 189 GLPR_ECOLI 252 GLPR_HAEIN 255 IOLR_BACSU 251 LACR_LACLA 255 LACR_STAAU 251 LACR_STRMU 251 SRLR_ECOLI 257 YGBI_HAEIN 210 YIHW_ECOLI 269 YJFQ_ECOLI 251 YJHJ_ECOLI 260 Pratt run started at Thu Feb 6 19:56:35 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 12.5102 18( 17) T-x-R-x-D 2: 11.5102 18( 17) I-A-x(1,3)-A 3: 11.5102 27( 17) D-x(3)-L-x(1,3)-G 4: 11.5102 22( 17) R-x-D-x(3,5)-L 5: 11.0102 32( 17) D-x(3,4)-L-x(1,3)-G 6: 11.0102 27( 17) R-x(2,3)-I-x(0,2)-L 7: 10.5102 42( 17) L-x(1,3)-E-x(2,4)-I 8: 10.5102 34( 17) A-x(0,2)-A-x(1,3)-L 9: 10.5102 25( 17) A-x(2,4)-A-x(0,2)-L 10: 10.5102 29( 17) K-x(1,3)-A-x(2,4)-A 11: 10.5102 38( 17) L-x(0,2)-L-x(0,2)-E 12: 8.3401 43( 17) I-x(3)-L 13: 8.3401 30( 17) I-A 14: 8.3401 30( 17) T-x-R 15: 8.3401 50( 17) L-x-E 16: 8.3401 45( 17) A-x(2)-L 17: 8.3401 29( 17) K-x(3)-A 18: 8.3401 34( 17) T-x(3)-D 19: 8.3401 33( 17) L-A 20: 8.3401 31( 17) G-G Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 17.8751 17( 17) T-[AIV]-R-x-D-[FIL] B 2: 12.7460 23( 17) K-x(1,3)-A-x(2,4)-A-x(3)-[ILPV] C 3: 11.5102 18( 17) I-A-x(1,3)-A D 4: 11.5102 27( 17) D-x(3)-L-x(1,3)-G E 5: 11.5102 22( 17) R-x-D-x(3,5)-L F 6: 11.0102 32( 17) D-x(3,4)-L-x(1,3)-G G 7: 11.0102 27( 17) R-x(2,3)-I-x(0,2)-L H 8: 10.9372 21( 17) I-A-x(2)-[ASV] I 9: 10.5794 22( 17) K-x(2)-[AIPV]-A J 10: 10.5102 42( 17) L-x(1,3)-E-x(2,4)-I K 11: 10.5102 34( 17) A-x(0,2)-A-x(1,3)-L L 12: 10.5102 25( 17) A-x(2,4)-A-x(0,2)-L M 13: 10.5102 38( 17) L-x(0,2)-L-x(0,2)-E N 14: 8.3401 43( 17) I-x(3)-L O 15: 8.3401 30( 17) T-x-R P 16: 8.3401 50( 17) L-x-E Q 17: 8.3401 45( 17) A-x(2)-L R 18: 8.3401 34( 17) T-x(3)-D S 19: 8.3401 33( 17) L-A T 20: 8.3401 31( 17) G-G Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 17.8751 17( 17) T-[AIV]-R-x-D-[FIL] Occurences: 17(17) ACCR_AGRTU : 38- 43: qisva TARrDL selhe AGAR_ECOLI : 47- 52: gvstv TIRnDL aflek DEOR_ECOLI : 37- 42: gvsem TIRrDL nnhsa FUCR_ECOLI : 34- 39: kvske TIRrDL nelqt FUCR_HAEIN : 33- 38: disve TIRrDL nklan GATR_ECOLI : 37- 42: aasea TIRaDL rfleq GLPR_ECOLI : 35- 40: svspq TIRrDL nelae GLPR_HAEIN : 35- 40: dvspq TIRrDL nilae IOLR_BACSU : 34- 39: nvskn TVRrDI nklte LACR_LACLA : 35- 40: disdm TARrDL dalea LACR_STAAU : 35- 40: nvsdm TVRrDL ielen LACR_STRMU : 35- 40: kvsdm TVRrDL teleg SRLR_ECOLI : 35- 40: dttgt TIRkDL vileh YGBI_HAEIN : 39- 44: gvshm TVRrDI qklee YIHW_ECOLI : 48- 53: dvstq TVRrDI rklse YJFQ_ECOLI : 35- 40: gispa TARrDI nklde YJHJ_ECOLI : 37- 42: gyaea TVRrDF qyivn B 2: 12.7460 23( 17) K-x(1,3)-A-x(2,4)-A-x(3)-[ILPV] Occurences: 23(17) ACCR_AGRTU : 82- 94: wnrae KaaiAgvv-AgmiV egdtv AGAR_ECOLI : 93- 104: lntam KrsvAka--AvelI qpghr DEOR_ECOLI : 79- 90: rlvee KrraAkl--AatlV epdqt DEOR_ECOLI : 79- 90: rlvee Krr-Aakl-AatlV epdqt DEOR_ECOLI : 193- 204: eelpv Khw-Amsm-AqkhV lvvdh FUCR_ECOLI : 2- 12: m Ka--Arqq-AivdL llnht FUCR_ECOLI : 80- 91: shyah KadiAre--AlawI eegmv FUCR_HAEIN : 77- 88: inata KrhiAqk--AldlL yenav FUCR_HAEIN : 192- 204: aslkr KmmeAser-AyllI dsskf GATR_ECOLI : 86- 97: lasap KnriAqa--AvkmI hegmt GLPR_ECOLI : 78- 90: tqtee KeriArkv-AeqiP ngstl GLPR_HAEIN : 78- 90: ffslq KnniAqev-AkliP ngasl IOLR_BACSU : 77- 88: qhqde KtkiAhy--AsrfI edhdl IOLR_BACSU : 79- 88: qdekt Ki--Ahy--AsrfI edhdl LACR_LACLA : 80- 91: lntke KidiAkk--AcslI kdgdt LACR_STAAU : 80- 91: rqiae KrfiAkk--AaslI edgdt LACR_STRMU : 80- 91: rqiee KhyiAqk--AaelV eegdt SRLR_ECOLI : 78- 89: inthk KeliAea--AvsfI hdgds YGBI_HAEIN : 83- 94: latte Kt--AiskkAvelI qehst YIHW_ECOLI : 91- 103: sqtee KkaiAeav-AdyiP dgsti YIHW_ECOLI : 92- 103: qteek Kai-Aeav-AdyiP dgsti YJFQ_ECOLI : 80- 91: qnhde KvriAka--AsqlV npges YJHJ_ECOLI : 83- 94: lqsva KreiAal--ArtmI kdgdc YJHJ_ECOLI : 214- 226: madhs Kfd-AvephAvatL scikt C 3: 11.5102 18( 17) I-A-x(1,3)-A Occurences: 18(17) ACCR_AGRTU : 85- 90: aekaa IAgvvA gmive AGAR_ECOLI : 60- 64: lekqg IAvr-A yggal DEOR_ECOLI : 168- 173: nfcpd IAfysA agvhv FUCR_ECOLI : 83- 87: ahkad IAre-A lawie FUCR_ECOLI : 97- 101: eegmv IAld-A sstcw FUCR_HAEIN : 80- 84: takrh IAqk-A ldlly GATR_ECOLI : 89- 92: apknr IAq--A avkmi GATR_ECOLI : 89- 93: apknr IAqa-A vkmih GLPR_ECOLI : 81- 86: eeker IArkvA eqipn GLPR_HAEIN : 81- 86: lqknn IAqevA klipn IOLR_BACSU : 80- 84: dektk IAhy-A srfie LACR_LACLA : 83- 87: kekid IAkk-A cslik LACR_STAAU : 83- 87: aekrf IAkk-A aslie LACR_STAAU : 83- 88: aekrf IAkkaA slied LACR_STRMU : 83- 87: eekhy IAqk-A aelve LACR_STRMU : 83- 88: eekhy IAqkaA elvee SRLR_ECOLI : 81- 84: hkkel IAe--A avsfi SRLR_ECOLI : 81- 85: hkkel IAea-A vsfih YGBI_HAEIN : 111- 116: tttle IAkqiA nrndl YIHW_ECOLI : 94- 97: eekka IAe--A vadyi YIHW_ECOLI : 94- 99: eekka IAeavA dyipd YJFQ_ECOLI : 83- 86: dekvr IAk--A asqlv YJFQ_ECOLI : 83- 87: dekvr IAka-A sqlvn YJHJ_ECOLI : 86- 90: vakre IAal-A rtmik D 4: 11.5102 27( 17) D-x(3)-L-x(1,3)-G Occurences: 27(17) ACCR_AGRTU : 19- 26: vellr DeqfLai-G rlteh ACCR_AGRTU : 42- 50: atarr DlseLheaG llrrt ACCR_AGRTU : 97- 104: miveg DtvlLda-G ttale AGAR_ECOLI : 36- 42: svqvn DlsaLy--G vstvt AGAR_ECOLI : 51- 59: vtirn DlafLekqG iavra AGAR_ECOLI : 188- 195: lflgv DaidLer-G vsthn DEOR_ECOLI : 26- 32: klhlk DaaaLl--G vsemt FUCR_ECOLI : 38- 46: etirr DlneLqtqG kilrn FUCR_HAEIN : 37- 45: etirr DlnkLankG llhrt GATR_ECOLI : 41- 49: atira DlrfLeqkG vvtrf GLPR_ECOLI : 166- 174: sqfrl DfgiLgisG idsdg GLPR_HAEIN : 223- 230: lgels DveyLft-G dvpeg IOLR_BACSU : 38- 46: ntvrr DinkLtekG aiekv LACR_LACLA : 39- 47: mtarr DldaLeadG lltrt LACR_LACLA : 140- 146: dseti DlllLg--G eyrei LACR_STAAU : 39- 47: mtvrr DlieLenkG iltki LACR_STAAU : 93- 100: aslie DgdtLff-G pgttv LACR_STRMU : 39- 45: mtvrr DlteLe--G lgvlt LACR_STRMU : 39- 47: mtvrr DlteLeglG vltri LACR_STRMU : 95- 102: lveeg DtifLgp-G ttvel SRLR_ECOLI : 39- 47: ttirk DlviLehaG tvirt SRLR_ECOLI : 93- 100: fihdg DsiiLda-G stvlq SRLR_ECOLI : 174- 181: lfmgt DgidLna-G vttfn YGBI_HAEIN : 43- 51: mtvrr DiqkLeedG kvisv YIHW_ECOLI : 52- 60: qtvrr DirkLseqG litrh YJFQ_ECOLI : 39- 47: atarr DinkLdesG klkkv YJHJ_ECOLI : 98- 105: mikdg DcffLds-G stcle YJHJ_ECOLI : 177- 184: afisc DalsLet-G itnat E 5: 11.5102 22( 17) R-x-D-x(3,5)-L Occurences: 22(17) ACCR_AGRTU : 40- 46: svata RrDlse--L heagl AGAR_ECOLI : 49- 55: stvti RnDlaf--L ekqgi DEOR_ECOLI : 18- 24: lqelk RsDklh--L kdaaa FUCR_ECOLI : 36- 42: sketi RrDlne--L qtqgk FUCR_HAEIN : 35- 41: sveti RrDlnk--L ankgl GATR_ECOLI : 39- 45: seati RaDlrf--L eqkgv GLPR_ECOLI : 37- 43: spqti RrDlne--L aeqnl GLPR_ECOLI : 164- 170: fisqf RlDfgi--L gisgi GLPR_HAEIN : 37- 43: spqti RrDlni--L aeldl GLPR_HAEIN : 163- 169: fisqf RlDfgi--L gisai IOLR_BACSU : 36- 42: skntv RrDink--L tekga LACR_LACLA : 37- 43: sdmta RrDlda--L eadgl LACR_STAAU : 6- 13: mnkhe RlDeiak-L vnkkg LACR_STAAU : 37- 43: sdmtv RrDlie--L enkgi LACR_STRMU : 37- 43: sdmtv RrDlte--L eglgv SRLR_ECOLI : 37- 43: tgtti RkDlvi--L ehagt YGBI_HAEIN : 41- 47: shmtv RrDiqk--L eedgk YIHW_ECOLI : 19- 26: ltgnp RhDqllm-L iaerg YIHW_ECOLI : 50- 56: stqtv RrDirk--L seqgl YJFQ_ECOLI : 37- 43: spata RrDink--L desgk YJFQ_ECOLI : 220- 227: gmlfs RaDqidm-L itgkn YJHJ_ECOLI : 5- 13: msqq RpDrikqmL hylwq F 6: 11.0102 32( 17) D-x(3,4)-L-x(1,3)-G Occurences: 32(17) ACCR_AGRTU : 19- 26: vellr Deqf-Lai-G rlteh ACCR_AGRTU : 42- 50: atarr Dlse-LheaG llrrt ACCR_AGRTU : 97- 104: miveg Dtvl-Lda-G ttale ACCR_AGRTU : 128- 136: isngl DiveeLtr-G egksi AGAR_ECOLI : 36- 42: svqvn Dlsa-Ly--G vstvt AGAR_ECOLI : 51- 59: vtirn Dlaf-LekqG iavra AGAR_ECOLI : 188- 195: lflgv Daid-Ler-G vsthn AGAR_ECOLI : 252- 261: egipa DslegLrkaG vevil DEOR_ECOLI : 26- 32: klhlk Daaa-Ll--G vsemt FUCR_ECOLI : 38- 46: etirr Dlne-LqtqG kilrn FUCR_HAEIN : 37- 45: etirr Dlnk-LankG llhrt GATR_ECOLI : 41- 49: atira Dlrf-LeqkG vvtrf GATR_ECOLI : 170- 179: erslq DinadLmfvG adgid GLPR_ECOLI : 134- 141: lmvke DfriiLa--G gelrs GLPR_ECOLI : 134- 142: lmvke DfriiLag-G elrsp GLPR_ECOLI : 166- 174: sqfrl Dfgi-LgisG idsdg GLPR_HAEIN : 223- 230: lgels Dvey-Lft-G dvpeg IOLR_BACSU : 38- 46: ntvrr Dink-LtekG aiekv LACR_LACLA : 39- 47: mtarr Dlda-LeadG lltrt LACR_LACLA : 140- 146: dseti Dlll-Lg--G eyrei LACR_STAAU : 39- 47: mtvrr Dlie-LenkG iltki LACR_STAAU : 93- 100: aslie Dgdt-Lff-G pgttv LACR_STRMU : 39- 45: mtvrr Dlte-Le--G lgvlt LACR_STRMU : 39- 47: mtvrr Dlte-LeglG vltri LACR_STRMU : 95- 102: lveeg Dtif-Lgp-G ttvel SRLR_ECOLI : 39- 47: ttirk Dlvi-LehaG tvirt SRLR_ECOLI : 93- 100: fihdg Dsii-Lda-G stvlq SRLR_ECOLI : 174- 181: lfmgt Dgid-Lna-G vttfn YGBI_HAEIN : 43- 51: mtvrr Diqk-LeedG kvisv YIHW_ECOLI : 52- 60: qtvrr Dirk-LseqG litrh YJFQ_ECOLI : 39- 47: atarr Dink-LdesG klkkv YJFQ_ECOLI : 222- 230: lfsra DqidmLit-G knanp YJHJ_ECOLI : 98- 105: mikdg Dcff-Lds-G stcle YJHJ_ECOLI : 177- 184: afisc Dals-Let-G itnat G 7: 11.0102 27( 17) R-x(2,3)-I-x(0,2)-L Occurences: 27(17) ACCR_AGRTU : 9- 16: nstqd RqakIveL lrdeq AGAR_ECOLI : 19- 26: gtser ReqiIqrL rqqgs DEOR_ECOLI : 5- 12: metr ReerIgqL lqelk FUCR_ECOLI : 5- 12: mkaa RqqaIvdL llnht FUCR_ECOLI : 133- 138: helgk Rer-Iq-L issgg FUCR_HAEIN : 4- 9: mny RdelI--L qwvnq GATR_ECOLI : 8- 15: mnsfe RrnkIiqL vneqg GATR_ECOLI : 9- 15: nsfer RnkiIq-L vneqg GATR_ECOLI : 9- 15: nsfer Rnk-IiqL vneqg GLPR_ECOLI : 6- 13: mkqtq RhngIieL vkqqg GLPR_HAEIN : 6- 13: mkqsl RhqkIikL veqsg GLPR_HAEIN : 38- 43: pqtir RdlnI--L aeldl GLPR_HAEIN : 212- 218: hskft Rqa-IvrL gelsd IOLR_BACSU : 36- 42: skntv Rrd-InkL tekga LACR_LACLA : 6- 11: mnkkr RlekI--L dmlki LACR_STAAU : 6- 13: mnkhe RldeIakL vnkkg LACR_STAAU : 37- 43: sdmtv RrdlIe-L enkgi LACR_STAAU : 38- 43: dmtvr Rdl-Ie-L enkgi LACR_STRMU : 6- 13: mkkee RleeItkL inkrg SRLR_ECOLI : 6- 11: mkprq RqaaI--L eylqk SRLR_ECOLI : 200- 204: mcnaa Rev-I--L madss YGBI_HAEIN : 41- 47: shmtv Rrd-IqkL eedgk YIHW_ECOLI : 50- 56: stqtv Rrd-IrkL seqgl YIHW_ECOLI : 137- 142: itnsl RvahI--L yhnpr YJFQ_ECOLI : 6- 10: mteaq Rhq-I--L lemla YJFQ_ECOLI : 6- 11: mteaq Rhq-Il-L emlaq YJFQ_ECOLI : 37- 43: spata Rrd-InkL desgk YJFQ_ECOLI : 220- 227: gmlfs RadqIdmL itgkn YJHJ_ECOLI : 204- 208: iiqrs Rev-I--L madhs H 8: 10.9372 21( 17) I-A-x(2)-[ASV] Occurences: 21(17) ACCR_AGRTU : 85- 89: aekaa IAgvV agmiv AGAR_ECOLI : 60- 64: lekqg IAvrA yggal DEOR_ECOLI : 168- 172: nfcpd IAfyS aagvh FUCR_ECOLI : 83- 87: ahkad IAreA lawie FUCR_ECOLI : 97- 101: eegmv IAldA sstcw FUCR_HAEIN : 80- 84: takrh IAqkA ldlly GATR_ECOLI : 89- 93: apknr IAqaA vkmih GATR_ECOLI : 163- 167: smhgs IAerS lqdin GLPR_ECOLI : 81- 85: eeker IArkV aeqip GLPR_HAEIN : 81- 85: lqknn IAqeV aklip IOLR_BACSU : 80- 84: dektk IAhyA srfie LACR_LACLA : 83- 87: kekid IAkkA cslik LACR_LACLA : 184- 188: vthns IAtyS dkegv LACR_STAAU : 10- 14: erlde IAklV nkkgt LACR_STAAU : 83- 87: aekrf IAkkA aslie LACR_STRMU : 83- 87: eekhy IAqkA aelve SRLR_ECOLI : 81- 85: hkkel IAeaA vsfih YGBI_HAEIN : 172- 176: qisvd IAfiS tsswn YIHW_ECOLI : 94- 98: eekka IAeaV adyip YJFQ_ECOLI : 83- 87: dekvr IAkaA sqlvn YJHJ_ECOLI : 86- 90: vakre IAalA rtmik I 9: 10.5794 22( 17) K-x(2)-[AIPV]-A Occurences: 22(17) ACCR_AGRTU : 69- 73: qvtqd KpnAA ravwn ACCR_AGRTU : 82- 86: wnrae KaaIA gvvag ACCR_AGRTU : 253- 257: eklrk KfvVA n AGAR_ECOLI : 57- 61: lafle KqgIA vrayg AGAR_ECOLI : 93- 97: lntam KrsVA kaave DEOR_ECOLI : 25- 29: dklhl KdaAA llgvs DEOR_ECOLI : 79- 83: rlvee KrrAA klaat DEOR_ECOLI : 214- 218: hskfg KvrPA rmgdl FUCR_ECOLI : 80- 84: shyah KadIA reala FUCR_HAEIN : 77- 81: inata KrhIA qkald GATR_ECOLI : 86- 90: lasap KnrIA qaavk GLPR_ECOLI : 78- 82: tqtee KerIA rkvae GLPR_HAEIN : 78- 82: ffslq KnnIA qevak IOLR_BACSU : 77- 81: qhqde KtkIA hyasr LACR_LACLA : 80- 84: lntke KidIA kkacs LACR_STAAU : 80- 84: rqiae KrfIA kkaas LACR_STRMU : 80- 84: rqiee KhyIA qkaae SRLR_ECOLI : 78- 82: inthk KelIA eaavs YGBI_HAEIN : 4- 8: mek KmiPA erqkt YIHW_ECOLI : 91- 95: sqtee KkaIA eavad YJFQ_ECOLI : 80- 84: qnhde KvrIA kaasq YJHJ_ECOLI : 83- 87: lqsva KreIA alart J 10: 10.5102 42( 17) L-x(1,3)-E-x(2,4)-I Occurences: 42(17) ACCR_AGRTU : 16- 25: akive LlrdEqflaI grlte ACCR_AGRTU : 17- 25: kivel Lrd-EqflaI grlte ACCR_AGRTU : 28- 34: laigr Lt--Ehfq-I svata ACCR_AGRTU : 133- 141: divee LtrgEgks-I ysvgg 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selhe AGAR_ECOLI : 97- 103: mkrsv AkaAve-L iqpgh AGAR_ECOLI : 97- 103: mkrsv Ak-AaveL iqpgh AGAR_ECOLI : 99- 103: rsvak A--Ave-L iqpgh AGAR_ECOLI : 141- 145: ngmnv An-Al--L eaegv DEOR_ECOLI : 27- 30: lhlkd A--Aa--L lgvse DEOR_ECOLI : 27- 31: lhlkd Aa-Al--L gvsem DEOR_ECOLI : 27- 31: lhlkd A--Aal-L gvsem DEOR_ECOLI : 28- 31: hlkda A--Al--L gvsem DEOR_ECOLI : 82- 85: eekrr A--Ak--L aatlv DEOR_ECOLI : 83- 89: ekrra AklAat-L vepdq DEOR_ECOLI : 86- 89: raakl A--At--L vepdq FUCR_ECOLI : 81- 88: hyahk AdiAreaL awiee FUCR_ECOLI : 200- 204: mllkr A--Aqs-L llidk FUCR_ECOLI : 200- 205: mllkr A--AqslL lidks FUCR_HAEIN : 81- 87: akrhi AqkAld-L lyena FUCR_HAEIN : 81- 88: akrhi AqkAldlL yenav GATR_ECOLI : 133- 137: tnslp A--Afa-L senkd GLPR_ECOLI : 105- 110: gttpe Av-Aha-L lnhsn GLPR_ECOLI : 105- 111: gttpe Av-AhalL nhsnl GLPR_ECOLI : 107- 111: tpeav Ah-Al--L nhsnl GLPR_HAEIN : 105- 110: gttpe Av-Ana-L lghek GLPR_HAEIN : 105- 111: gttpe Av-AnalL ghekl GLPR_HAEIN : 107- 111: tpeav An-Al--L ghekl 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dsdgs L--L--E fdyhe GLPR_HAEIN : 40- 45: tirrd LniLa-E ldlir GLPR_HAEIN : 110- 114: avana L--LghE klriv IOLR_BACSU : 185- 187: ltnsd L--L--E yeikk IOLR_BACSU : 185- 189: ltnsd L--LeyE ikkri LACR_LACLA : 40- 44: tarrd LdaL--E adgll LACR_LACLA : 105- 111: gpgtt LvqLalE lkgrk LACR_LACLA : 108- 111: ttlvq La-L--E lkgrk LACR_LACLA : 141- 147: setid LllLggE yreit LACR_LACLA : 142- 147: etidl Ll-LggE yreit LACR_LACLA : 143- 147: tidll L--LggE yreit LACR_STAAU : 40- 44: tvrrd LieL--E nkgil LACR_STAAU : 107- 110: gttve L--La-E evnhh LACR_STAAU : 107- 111: gttve L--LaeE vnhht LACR_STAAU : 130- 132: pvyki L--L--E kqtah LACR_STRMU : 40- 44: tvrrd LteL--E glgvl LACR_STRMU : 107- 110: gttve L--La-E einkt LACR_STRMU : 107- 111: gttve L--LaeE inktt LACR_STRMU : 142- 146: tfrvh L--LggE mrsit SRLR_ECOLI : 40- 44: tirkd LviL--E hagtv SRLR_ECOLI : 129- 135: hivna LseLdnE qtilm YGBI_HAEIN : 62- 64: sggvq L--L--E rlsse YGBI_HAEIN : 63- 69: ggvql LerLssE pthdd YIHW_ECOLI : 23- 29: prhdq LlmLiaE rgymn 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