------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 22 sequences from file HTH_CRP_FAMILY PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 22 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename HTH_CRP_FAMILY.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: AADR_RHOPA 239 ANR_PSEAE 244 BTR_BORPE 241 CLP_XANCP 230 CRP_ECOLI 210 CRP_HAEIN 224 CRP_SALTY 210 CYSR_SYNP7 206 ETRA_SHEPU 250 FIXK_AZOCA 248 FIXK_BRAJA 237 FIXK_RHIME 211 FLP_LACCA 219 FNR_BACSU 238 FNR_ECOLI 250 FNR_HAEIN 257 FNR_SALTY 250 FX24_RHILV 240 HLYX_ACTPL 240 NTCA_ANASP 223 NTCA_SYNP7 222 NTCA_SYNY3 225 Pratt run started at Thu Feb 6 19:56:33 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 11.5102 25( 22) G-x(4,5)-T-x(2,3)-R 2: 11.5102 36( 22) E-x(5)-L-x(0,2)-L 3: 11.5102 40( 22) E-x(4,5)-L-x(2,3)-L 4: 11.5102 27( 22) I-x(3)-L-x(1,3)-L 5: 11.0102 45( 22) L-x(3,5)-A-x(3,4)-A 6: 11.0102 34( 22) L-x(3,4)-E-x(2,4)-S 7: 11.0102 35( 22) L-x(1,2)-L-x(0,2)-T 8: 11.0102 37( 22) I-x(1,3)-L-x(1,2)-L 9: 11.0102 60( 22) E-x(4,5)-L-x(0,2)-L 10: 10.5102 62( 22) L-x(0,2)-L-x(3,5)-R 11: 10.5102 26( 22) G-x(1,3)-T-x(0,2)-T 12: 10.5102 30( 22) Q-x(0,2)-A-x(0,2)-L 13: 10.5102 48( 22) L-x(1,3)-L-x(0,2)-G 14: 10.5102 42( 22) L-x(0,2)-L-x(0,2)-T 15: 10.5102 51( 22) E-x(0,2)-L-x(0,2)-L 16: 10.5102 48( 22) L-x(1,3)-L-x(1,3)-T 17: 10.5102 41( 22) L-x(1,3)-L-x(0,2)-T 18: 10.5102 41( 22) L-x(0,2)-E-x(1,3)-S 19: 10.5102 44( 22) L-x(0,2)-L-x(2,4)-E 20: 10.5102 39( 22) L-x(3,5)-D-x(3,5)-L Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 12.9305 38( 22) E-x(4,5)-L-x(0,2)-L-x(3)-[GNQST] B 2: 12.6875 27( 22) L-x(1,3)-L-x(0,2)-T-x-[ENQR] C 3: 12.3977 36( 22) L-x(1,3)-L-x(1,3)-T-x-[ENQRS] D 4: 11.5102 25( 22) G-x(4,5)-T-x(2,3)-R E 5: 11.5102 36( 22) E-x(5)-L-x(0,2)-L F 6: 11.5102 40( 22) E-x(4,5)-L-x(2,3)-L G 7: 11.5102 27( 22) I-x(3)-L-x(1,3)-L H 8: 11.0102 45( 22) L-x(3,5)-A-x(3,4)-A I 9: 11.0102 34( 22) L-x(3,4)-E-x(2,4)-S J 10: 11.0102 35( 22) L-x(1,2)-L-x(0,2)-T K 11: 11.0102 37( 22) I-x(1,3)-L-x(1,2)-L L 12: 10.5102 62( 22) L-x(0,2)-L-x(3,5)-R M 13: 10.5102 26( 22) G-x(1,3)-T-x(0,2)-T N 14: 10.5102 30( 22) Q-x(0,2)-A-x(0,2)-L O 15: 10.5102 48( 22) L-x(1,3)-L-x(0,2)-G P 16: 10.5102 42( 22) L-x(0,2)-L-x(0,2)-T Q 17: 10.5102 51( 22) E-x(0,2)-L-x(0,2)-L R 18: 10.5102 41( 22) L-x(0,2)-E-x(1,3)-S S 19: 10.5102 44( 22) L-x(0,2)-L-x(2,4)-E T 20: 10.5102 39( 22) L-x(3,5)-D-x(3,5)-L Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 12.9305 38( 22) E-x(4,5)-L-x(0,2)-L-x(3)-[GNQST] Occurences: 38(22) AADR_RHOPA : 69- 81: vysli Egiar-LykLlpdG rrqii ANR_PSEAE : 194- 205: amsrn Eigny-Lg-LaveT vsrvf BTR_BORPE : 191- 203: vrmsr EeignyLg-LtleT vsrlf BTR_BORPE : 192- 203: rmsre Eigny-Lg-LtleT vsrlf CLP_XANCP : 69- 81: siiae EdddreLv-LgyfG sgefv CLP_XANCP : 112- 125: qcela EisyerLqqLfqtS lspda CRP_ECOLI : 130- 142: lqvts Ekvgn-LafLdvtG riaqt CRP_ECOLI : 182- 195: vgcsr EtvgriLkmLedqN lisah CRP_HAEIN : 70- 83: sskdd EgkemiLtyLgagQ ffgea CRP_SALTY : 130- 142: lqvts Ekvgn-LafLdvtG riaqt CRP_SALTY : 182- 195: vgcsr EtvgriLkmLedqN lisah CYSR_SYNP7 : 4- 14: mvr Epast-L--LpptS patpa CYSR_SYNP7 : 54- 66: stwge EgdmisLg-LwgpG dligr CYSR_SYNP7 : 123- 134: rlrra EaklasL--LgwiG erfgq ETRA_SHEPU : 209- 219: lgltv Etisr-L--LgrfQ ksgli FIXK_AZOCA : 170- 183: rktaq ErvgsfLldLarrS gttna FIXK_AZOCA : 212- 225: lglti EtvsrtLtyLeeqG tislp FIXK_BRAJA : 67- 79: fynvl Egvmr-LykLlpdG rrqiv FIXK_BRAJA : 126- 136: fgrfi Eerpq-L--LrriN elair FIXK_RHIME : 108- 120: rrnmq ErsrelLa-LaltG maraq FIXK_RHIME : 108- 120: rrnmq Ersre-LlaLaltG maraq FIXK_RHIME : 138- 151: rqcav EriaafLvdLcerQ gggrq FLP_LACCA : 78- 88: gvgdy Egeag-L--LniaN pnvyt FNR_BACSU : 190- 203: caaar EsvnrmLgdLrkkG visid FNR_ECOLI : 209- 219: lgltv Etisr-L--LgrfQ ksgml FNR_ECOLI : 234- 246: kyiti Ennda-LaqLaghT rnva FNR_HAEIN : 212- 222: lgltv Etisr-L--LgrfQ klgvi FNR_SALTY : 209- 219: lgltv Etisr-L--LgrfQ ksgml FNR_SALTY : 234- 246: kyiti Ensda-LaaLaghT rnva FX24_RHILV : 193- 204: plsra Eiadf-Lg-LtieT vsrqm HLYX_ACTPL : 208- 218: lglti Etisr-L--LgrfQ ksgmi NTCA_ANASP : 62- 73: vyeag EeitvaL--LrenS vfgvl NTCA_ANASP : 63- 73: yeage Eitva-L--LrenS vfgvl NTCA_SYNP7 : 14- 26: ltmfr ElgsgkLp-LqieQ fergk NTCA_SYNP7 : 61- 72: vyesg EeitvaL--LrenS vfgvl NTCA_SYNP7 : 62- 72: yesge Eitva-L--LrenS vfgvl NTCA_SYNY3 : 64- 75: vyeag EeitvaL--LrenS vfgvl NTCA_SYNY3 : 65- 75: yeage Eitva-L--LrenS vfgvl NTCA_SYNY3 : 116- 127: eqalk EhpdlsL--LmlqG lssri NTCA_SYNY3 : 116- 129: eqalk EhpdlsLlmLqglS srilq B 2: 12.6875 27( 22) L-x(1,3)-L-x(0,2)-T-x-[ENQR] Occurences: 27(22) AADR_RHOPA : 198- 203: diadf Lg--L--TiE tvsrt ANR_PSEAE : 23- 32: cslap LclpLslTvE dmdsl ANR_PSEAE : 25- 32: laplc LplsL--TvE dmdsl ANR_PSEAE : 25- 32: laplc Lp--LslTvE dmdsl ANR_PSEAE : 27- 32: plclp Ls--L--TvE dmdsl BTR_BORPE : 197- 202: eigny Lg--L--TlE tvsrl CLP_XANCP : 141- 150: aigvq LskrLldTtR kasrl CLP_XANCP : 155- 163: rkasr Laf-LdvTdR ivrtl CRP_ECOLI : 135- 143: ekvgn Laf-LdvTgR iaqtl CRP_HAEIN : 128- 134: anpei Lmf-L--TaQ larrl CRP_HAEIN : 135- 144: fltaq LarrLqnTsR qvtnl CRP_SALTY : 135- 143: ekvgn Laf-LdvTgR iaqtl CYSR_SYNP7 : 103- 112: eshes LvrsLryTeR llsit ETRA_SHEPU : 204- 209: digny Lg--L--TvE tisrl FIXK_AZOCA : 207- 212: diadf Lg--L--TiE tvsrt FIXK_BRAJA : 196- 201: diady Lg--L--TiE tvsrt FIXK_RHIME : 170- 175: diady Lg--L--TiE tvsrv FLP_LACCA : 121- 127: qpqis Lql-L--TeN arkmq FLP_LACCA : 121- 127: qpqis Lq--Ll-TeN arkmq FLP_LACCA : 175- 184: mawtq LadyLgtTpE tvsrt FNR_BACSU : 81- 87: divge Lt--Lf-TeE pryml FNR_ECOLI : 204- 209: digny Lg--L--TvE tisrl FNR_HAEIN : 207- 212: digny Lg--L--TvE tisrl FNR_SALTY : 204- 209: digny Lg--L--TvE tisrl FX24_RHILV : 198- 203: eiadf Lg--L--TiE tvsrq HLYX_ACTPL : 203- 208: digny Lg--L--TiE tisrl NTCA_ANASP : 78- 84: svfgv Lsl-L--TgN ksdrf NTCA_ANASP : 78- 84: svfgv Ls--Ll-TgN ksdrf NTCA_SYNP7 : 77- 83: svfgv Lsl-L--TgQ rsdrf NTCA_SYNP7 : 77- 83: svfgv Ls--Ll-TgQ rsdrf NTCA_SYNY3 : 80- 86: svfgv Ls--Lv-TgQ rsdrf C 3: 12.3977 36( 22) L-x(1,3)-L-x(1,3)-T-x-[ENQRS] Occurences: 36(22) AADR_RHOPA : 198- 206: diadf Lg--LtieTvS rtftk ANR_PSEAE : 23- 32: cslap LclpLsl-TvE dmdsl ANR_PSEAE : 25- 32: laplc Lp--Lsl-TvE dmdsl ANR_PSEAE : 199- 207: eigny Lg--LaveTvS rvftr BTR_BORPE : 167- 176: rlaaf Lln-LsqaTrR sairr BTR_BORPE : 168- 176: laafl Ln--LsqaTrR sairr BTR_BORPE : 197- 205: eigny LgltLe--TvS rlfsr BTR_BORPE : 197- 205: eigny Lg--LtleTvS rlfsr BTR_BORPE : 199- 205: gnylg Lt--Le--TvS rlfsr CLP_XANCP : 20- 28: natps Lt--LdagTiE rflah CLP_XANCP : 141- 150: aigvq LskrLld-TtR kasrl CLP_XANCP : 155- 163: rkasr Laf-Ldv-TdR ivrtl CRP_ECOLI : 135- 143: ekvgn Laf-Ldv-TgR iaqtl CRP_HAEIN : 135- 144: fltaq LarrLqn-TsR qvtnl CRP_SALTY : 135- 143: ekvgn Laf-Ldv-TgR iaqtl CYSR_SYNP7 : 103- 112: eshes LvrsLry-TeR llsit ETRA_SHEPU : 204- 212: digny Lg--LtveTiS rllgr FIXK_AZOCA : 160- 169: raqeh Lll-LgrkTaQ ervgs FIXK_AZOCA : 161- 169: aqehl Ll--LgrkTaQ ervgs FIXK_AZOCA : 207- 215: diadf Lg--LtieTvS rtlty FIXK_BRAJA : 196- 204: diady Lg--LtieTvS rtftk FIXK_RHIME : 170- 178: diady Lg--LtieTvS rvvtk FLP_LACCA : 121- 127: qpqis Lq--Ll--TeN arkmq FLP_LACCA : 175- 184: mawtq LadyLgt-TpE tvsrt FNR_BACSU : 81- 87: divge Lt--Lf--TeE pryml FNR_ECOLI : 204- 212: digny Lg--LtveTiS rllgr FNR_ECOLI : 239- 248: ennda Laq-LaghTrN va FNR_HAEIN : 207- 215: digny Lg--LtveTiS rllgr FNR_SALTY : 204- 212: digny Lg--LtveTiS rllgr FNR_SALTY : 239- 248: ensda Laa-LaghTrN va FX24_RHILV : 153- 161: arewm Lt--LgrrTaE ekvas FX24_RHILV : 198- 206: eiadf Lg--LtieTvS rqmtr HLYX_ACTPL : 27- 34: csisq Lc--Lpf-TlS ehelt HLYX_ACTPL : 203- 211: digny Lg--LtieTiS rllgr NTCA_ANASP : 78- 84: svfgv Ls--Ll--TgN ksdrf NTCA_SYNP7 : 77- 83: svfgv Ls--Ll--TgQ rsdrf NTCA_SYNY3 : 80- 86: svfgv Ls--Lv--TgQ rsdrf D 4: 11.5102 25( 22) G-x(4,5)-T-x(2,3)-R Occurences: 25(22) AADR_RHOPA : 199- 207: iadfl Gltie-Tvs-R tftkl ANR_PSEAE : 200- 208: ignyl Glave-Tvs-R vftrf BTR_BORPE : 198- 206: ignyl Gltle-Tvs-R lfsrf CLP_XANCP : 4- 14: msl GnttvvTttvR natps CRP_ECOLI : 178- 186: igqiv Gcsre-Tvg-R ilkml CRP_HAEIN : 192- 200: igqmv Gcsre-Tvg-R iikml CRP_SALTY : 178- 186: igqiv Gcsre-Tvg-R ilkml CYSR_SYNP7 : 164- 172: iaels Gstrv-Ttt-R llgef ETRA_SHEPU : 205- 213: ignyl Gltve-Tis-R llgrf FIXK_AZOCA : 208- 216: iadfl Gltie-Tvs-R tltyl FIXK_BRAJA : 197- 205: iadyl Gltie-Tvs-R tftkl FIXK_RHIME : 171- 179: iadyl Gltie-Tvs-R vvtkl FLP_LACCA : 180- 188: ladyl Gttpe-Tvs-R tlkrl FNR_BACSU : 79- 89: khdiv GeltlfTeepR ymlsa FNR_BACSU : 149- 157: lhgkk Galys-Tli-R lsnsy FNR_ECOLI : 205- 213: ignyl Gltve-Tis-R llgrf FNR_HAEIN : 208- 216: ignyl Gltve-Tis-R llgrf FNR_SALTY : 205- 213: ignyl Gltve-Tis-R llgrf FX24_RHILV : 199- 207: iadfl Gltie-Tvs-R qmtrl HLYX_ACTPL : 204- 212: ignyl Gltie-Tis-R llgrf NTCA_ANASP : 184- 192: iaeai Gstrv-Tvt-R llgdl NTCA_SYNP7 : 75- 84: ensvf GvlsllTgq-R sdrfy NTCA_SYNP7 : 183- 191: iaeai Gstrv-Tvt-R llgdl NTCA_SYNY3 : 78- 87: ensvf GvlslvTgq-R sdrfy NTCA_SYNY3 : 186- 194: iaeai Gstrv-Tvt-R llgdl E 5: 11.5102 36( 22) E-x(5)-L-x(0,2)-L Occurences: 36(22) AADR_RHOPA : 128- 135: flrfi EnrpqmL--L rmndf ANR_PSEAE : 118- 127: ttsvc EipferLdeL seqlp ANR_PSEAE : 163- 172: kktad EriatfLvnL sarfr BTR_BORPE : 191- 199: vrmsr EeignyLg-L tletv BTR_BORPE : 223- 232: rinqa EvrlidLpgL kqlig CLP_XANCP : 69- 77: siiae EdddreLv-L gyfgs CLP_XANCP : 112- 121: qcela EisyerLqqL fqtsl CRP_ECOLI : 56- 65: likde EgkemiLsyL nqgdf CRP_ECOLI : 182- 191: vgcsr EtvgriLkmL edqnl CRP_HAEIN : 70- 79: sskdd EgkemiLtyL gagqf CRP_SALTY : 56- 65: likde EgkemiLsyL nqgdf CRP_SALTY : 182- 191: vgcsr EtvgriLkmL edqnl CYSR_SYNP7 : 54- 62: stwge EgdmisLg-L wgpgd CYSR_SYNP7 : 123- 130: rlrra EaklasL--L gwige ETRA_SHEPU : 123- 132: tsmvc EipfniLdeL sgtmp FIXK_AZOCA : 170- 177: rktaq ErvgsfL--L dlarr FIXK_AZOCA : 170- 179: rktaq ErvgsfLldL arrsg FIXK_AZOCA : 212- 221: lglti EtvsrtLtyL eeqgt FIXK_BRAJA : 160- 167: rrsad EkvaafL--L gwrer FIXK_RHIME : 108- 116: rrnmq ErsrelLa-L altgm FIXK_RHIME : 138- 147: rqcav EriaafLvdL cerqg FLP_LACCA : 184- 193: lgttp EtvsrtLkrL aeekl FNR_BACSU : 190- 199: caaar EsvnrmLgdL rkkgv FNR_ECOLI : 123- 132: tsmvc EipfetLddL sgkmp FNR_HAEIN : 126- 135: tamvc EipfdiLddL agkmp FNR_SALTY : 123- 132: tsmvc EipfetLddL sgkmp FX24_RHILV : 161- 168: grrta EekvasL--L hliat FX24_RHILV : 161- 170: grrta EekvasLlhL iatha FX24_RHILV : 162- 170: rrtae EkvaslLh-L iatha HLYX_ACTPL : 122- 131: tsmic EipfdiLddL agkmp HLYX_ACTPL : 167- 176: kmsae EklaafLhnL sqrya NTCA_ANASP : 62- 69: vyeag EeitvaL--L rensv NTCA_ANASP : 117- 126: lkenp ElsmlmLrgL ssril NTCA_SYNP7 : 14- 22: ltmfr ElgsgkLp-L qieqf NTCA_SYNP7 : 61- 68: vyesg EeitvaL--L rensv NTCA_SYNP7 : 116- 125: lierp ElanvmLqgL ssril NTCA_SYNY3 : 64- 71: vyeag EeitvaL--L rensv NTCA_SYNY3 : 116- 123: eqalk EhpdlsL--L mlqgl NTCA_SYNY3 : 116- 125: eqalk EhpdlsLlmL qglss F 6: 11.5102 40( 22) E-x(4,5)-L-x(2,3)-L Occurences: 40(22) AADR_RHOPA : 69- 77: vysli Egiar-Lyk-L lpdgr AADR_RHOPA : 69- 78: vysli Egiar-LyklL pdgrr ANR_PSEAE : 118- 127: ttsvc EipferLde-L seqlp ANR_PSEAE : 122- 131: ceipf Erlde-LseqL pqlrr ANR_PSEAE : 126- 134: ferld Elseq-Lpq-L rrqlm ANR_PSEAE : 129- 138: ldels Eqlpq-LrrqL mrlms ANR_PSEAE : 163- 172: kktad EriatfLvn-L sarfr BTR_BORPE : 191- 201: vrmsr EeignyLgltL etvsr BTR_BORPE : 192- 201: rmsre Eigny-LgltL etvsr BTR_BORPE : 223- 232: rinqa EvrlidLpg-L kqlig CLP_XANCP : 112- 121: qcela EisyerLqq-L fqtsl CRP_ECOLI : 56- 65: likde EgkemiLsy-L nqgdf CRP_ECOLI : 130- 138: lqvts Ekvgn-Laf-L dvtgr CRP_ECOLI : 182- 191: vgcsr EtvgriLkm-L edqnl CRP_HAEIN : 70- 79: sskdd EgkemiLty-L gagqf CRP_HAEIN : 126- 135: iqanp Eilmf-LtaqL arrlq CRP_SALTY : 56- 65: likde EgkemiLsy-L nqgdf CRP_SALTY : 130- 138: lqvts Ekvgn-Laf-L dvtgr CRP_SALTY : 182- 191: vgcsr EtvgriLkm-L edqnl CYSR_SYNP7 : 98- 107: sdpal Eshes-LvrsL ryter ETRA_SHEPU : 123- 132: tsmvc EipfniLde-L sgtmp FIXK_AZOCA : 140- 148: agsdp Elaca-Lwa-L sfael FIXK_AZOCA : 170- 179: rktaq ErvgsfLld-L arrsg FIXK_AZOCA : 212- 221: lglti EtvsrtLty-L eeqgt FIXK_BRAJA : 67- 75: fynvl Egvmr-Lyk-L lpdgr FIXK_BRAJA : 67- 76: fynvl Egvmr-LyklL pdgrr FIXK_RHIME : 108- 116: rrnmq Ersre-Lla-L altgm FIXK_RHIME : 108- 118: rrnmq ErsrelLalaL tgmar FIXK_RHIME : 138- 147: rqcav EriaafLvd-L cerqg FLP_LACCA : 184- 193: lgttp EtvsrtLkr-L aeekl FNR_BACSU : 190- 199: caaar EsvnrmLgd-L rkkgv FNR_ECOLI : 123- 132: tsmvc EipfetLdd-L sgkmp 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