------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 22 sequences from file HMG_COA_REDUCTASE_2 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 22 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename HMG_COA_REDUCTASE_2.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: DHOM_METGL 435 DHON_METGL 412 HMD1_ARATH 592 HMD1_DICDI 552 HMD1_HEVBR 575 HMD1_YEAST 1054 HMD2_ARATH 562 HMD2_DICDI 481 HMD2_HEVBR 210 HMD2_YEAST 1045 HMD3_HEVBR 586 HMDH_CATRO 601 HMDH_CRIGR 887 HMDH_DROME 916 HMDH_HUMAN 888 HMDH_MESAU 887 HMDH_MOUSE 224 HMDH_NICSY 604 HMDH_SCHMA 948 HMDH_STRPU 932 HMDH_XENLA 883 MVAA_PSEMV 428 Pratt run started at Thu Feb 6 19:55:22 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 19.3503 32( 22) V-G-x(0,2)-G-G-x(0,1)-T 2: 16.6802 22( 22) G-x-V-G-G 3: 16.6802 22( 22) G-x(2)-G-G-x-T 4: 15.1802 45( 22) G-x(0,2)-G-G-x(0,1)-T 5: 15.1802 22( 22) T-x(0,1)-G-G-x(3,5)-L 6: 15.1802 23( 22) T-x(0,2)-G-G-x(3,4)-L 7: 15.1802 37( 22) V-x(0,1)-G-x(0,2)-G-G 8: 15.1802 34( 22) V-x(1,3)-G-G-x(0,1)-T 9: 15.1802 33( 22) A-x(2,4)-N-x(3,4)-A-x(5)-G 10: 14.6802 47( 22) V-x(0,2)-A-x(2)-L-x(1,3)-L 11: 14.6802 23( 22) T-x-G-x(1,3)-G-x(2,4)-L 12: 14.6802 30( 22) G-x(0,2)-T-V-x(1,3)-T 13: 14.6802 35( 22) A-x(3,5)-A-x(1,3)-G-x(3)-A 14: 14.6802 33( 22) A-x(0,2)-A-x(2,4)-I-x-G 15: 12.5102 34( 22) A-x(2)-A-G 16: 12.5102 28( 22) G-G-G 17: 12.5102 30( 22) G-G-x-T 18: 12.5102 22( 22) V-G-G 19: 12.5102 22( 22) A-x(5)-A-Q 20: 12.5102 31( 22) A-x-A-G Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 25.8312 22( 22) A-x-A-G-[ACGNS]-x-[GP]-x(3)-[AC]-x-[AGS]-x(3)-[DGNV] B 2: 23.0752 22( 22) G-x-[IV]-G-G-[AG]-T C 3: 22.4457 22( 22) A-x(3,5)-A-x(1,3)-G-x(3)-A-x(4)-[ADGPS]-[SV]-x-[CGP] D 4: 22.3716 28( 22) V-G-x(0,2)-G-G-[ACGT]-x(4)-[PQST]-x-[AGNS] E 5: 19.8745 22( 22) G-x-V-G-G-x-[NT] F 6: 19.3503 32( 22) V-G-x(0,2)-G-G-x(0,1)-T G 7: 19.2753 29( 22) A-x(2,4)-N-x(3,4)-A-x(5)-G-x(3)-[AGTV]-x(3)-[ADEGT] H 8: 16.5913 30( 22) A-x(0,2)-A-x(2,4)-I-[AEGNS]-G I 9: 15.7045 22( 22) V-G-G-x-[NT] J 10: 15.6803 28( 22) G-G-[AG]-T K 11: 15.1950 28( 22) G-G-G-[ACT] L 12: 15.1802 45( 22) G-x(0,2)-G-G-x(0,1)-T M 13: 15.1802 22( 22) T-x(0,1)-G-G-x(3,5)-L N 14: 15.1802 23( 22) T-x(0,2)-G-G-x(3,4)-L O 15: 15.1802 34( 22) V-x(1,3)-G-G-x(0,1)-T P 16: 15.1091 22( 22) A-x-[AGV]-x(3)-A-Q Q 17: 14.6802 47( 22) V-x(0,2)-A-x(2)-L-x(1,3)-L R 18: 14.6802 23( 22) T-x-G-x(1,3)-G-x(2,4)-L S 19: 14.6802 30( 22) G-x(0,2)-T-V-x(1,3)-T T 20: 14.6802 35( 22) A-x(3,5)-A-x(1,3)-G-x(3)-A Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 25.8312 22( 22) A-x-A-G-[ACGNS]-x-[GP]-x(3)-[AC]-x-[AGS]-x(3)-[DGNV] Occurences: 22(22) DHOM_METGL : 131- 147: vafea AvAGGiPiikAvAagaG rqpss DHON_METGL : 280- 296: tlyyg AgAGAePtasAvAdlvD gtdrg HMD1_ARATH : 447- 463: nlags AvAGSlGgfnAhAsniV savfi HMD1_DICDI : 419- 435: nligs AmAGSiGgfnAhAsniV taifl HMD1_HEVBR : 436- 452: nlags AvAGAlGgfnAhAgniV saifi HMD1_YEAST : 898- 914: nlvgs AmAGSvGgfnAhAanlV tavfl HMD2_ARATH : 422- 438: nlvgs AmAGSlGgfnAhSsniV savfi HMD2_DICDI : 330- 346: nligs AmAGSiGgfnAhAsniV talyi HMD2_HEVBR : 71- 87: nlags AvAGAlGgfnAhAgniV saifi HMD2_YEAST : 894- 910: nlvgs AmAGSvGgfnAhAanlV talfl HMD3_HEVBR : 447- 463: nltgs AvAGSlGgfnAhAsnmV tavyi HMDH_CATRO : 455- 471: nlags AiAGAlGgfnAhAsniV saifi HMDH_CRIGR : 740- 756: nlvgs AmAGSiGgynAhAaniV taiyi HMDH_DROME : 763- 779: nmggs AmAGSiGgnnAhAanmV tavfl HMDH_HUMAN : 741- 757: nlvgs AmAGSiGgynAhAaniV taiyi HMDH_MESAU : 740- 756: nlvgs AmAGSiGgynAhAaniV taiyi HMDH_MOUSE : 77- 93: nlvgs AmAGSiGgynAhAaniV taiyi HMDH_NICSY : 465- 481: nltgs AmAGAlGgfnAhAsniV savyi HMDH_SCHMA : 749- 765: nwigs AmAGCpGmmgCnAhaaN iiagm HMDH_STRPU : 757- 773: nlvgs AmAGSiGgfnAhAaniV taiyi HMDH_XENLA : 736- 752: nfigs AmAGSiGgynAhAaniV taiyi MVAA_PSEMV : 37- 53: dvsll AnAGAlPmdiAnGmieN vigtf B 2: 23.0752 22( 22) G-x-[IV]-G-G-[AG]-T Occurences: 22(22) DHOM_METGL : 12- 18: gllgi GtVGGGT ytvlt DHON_METGL : 12- 18: gllgi GtVGGGT ytvlt HMD1_ARATH : 508- 514: psiev GtVGGGT qlasq HMD1_DICDI : 480- 486: psiev GtVGGGT slpaq HMD1_HEVBR : 497- 503: psiev GtVGGGT qlasq HMD1_YEAST : 957- 963: psiev GtIGGGT vlepq HMD2_ARATH : 481- 487: pciev GtVGGGT qlasq HMD2_DICDI : 391- 397: psiev GtVGGGT hlpaq HMD2_HEVBR : 132- 138: psiev GtVGGGT qlasq HMD2_YEAST : 953- 959: psiev GtIGGGT vlepq HMD3_HEVBR : 508- 514: psiel GtVGGGT qlasq HMDH_CATRO : 516- 522: psiev GtVGGGT qlasq HMDH_CRIGR : 802- 808: psiei GtVGGGT nllpq HMDH_DROME : 825- 831: pslev GtVGGGT glpgq HMDH_HUMAN : 803- 809: psiei GtVGGGT nllpq HMDH_MESAU : 802- 808: psiei GtVGGGT nllpq HMDH_MOUSE : 139- 145: psiei GtVGGGT nllpq HMDH_NICSY : 526- 532: psiev GtVGGGT qlasq HMDH_SCHMA : 812- 818: pclev GtVGGGT rlsgq HMDH_STRPU : 819- 825: psiel GtVGGGT vlppq HMDH_XENLA : 798- 804: psiei GtVGGGT nlapq MVAA_PSEMV : 326- 332: mpmpv GlVGGAT kthpl C 3: 22.4457 22( 22) A-x(3,5)-A-x(1,3)-G-x(3)-A-x(4)-[ADGPS]-[SV]-x-[CGP] Occurences: 22(22) DHOM_METGL : 232- 254: iskld AldiryAeelGyrqAawhaPSaP argve DHON_METGL : 177- 199: kglaf AdvlkeAqrlGyaeAdptfDVeG idaah HMD1_ARATH : 465- 483: snivs Avfi--At--GqdpAqnveSSqC itmme HMD1_DICDI : 437- 455: snivt Aifl--At--GqdcAqnveSSnC itqme HMD1_HEVBR : 454- 472: gnivs Aifi--At--GqdpAqnveSShC itmme HMD1_YEAST : 916- 934: anlvt Avfl--Al--GqdpAqnveSSnC itlmk HMD2_ARATH : 440- 458: snivs Avfi--At--GqdpAqnveSShC mtmil HMD2_DICDI : 348- 366: snivt Alyi--At--GqdpAqnveSSnC itlme HMD2_HEVBR : 89- 107: gnivs Aifi--At--GqdpAqnveSShC itmme HMD2_YEAST : 912- 930: anlvt Alfl--Al--GqdpAqnveSSnC itlmk HMD3_HEVBR : 465- 483: snmvt Avyi--At--GqdpAqnveSShC itmme HMDH_CATRO : 473- 491: snivs Aifi--At--GqdpAqnveSSqC itmme HMDH_CRIGR : 758- 776: anivt Aiyi--Ac--GqdaAqnvgSSnC itlme HMDH_DROME : 781- 799: anmvt Avfl--At--GqdpAqnvtSSnC stame HMDH_HUMAN : 759- 777: anivt Aiyi--Ac--GqdaAqnvgSSnC itlme HMDH_MESAU : 758- 776: anivt Aiyi--Ac--GqdaAqnvgSSnC itlme HMDH_MOUSE : 95- 113: anivt Aiyi--Ac--GqdaAqnvgSSnC itlme HMDH_NICSY : 483- 501: snivs Avyi--At--GqdpAqnieSShC itmme HMDH_SCHMA : 768- 787: aanii Agmfa-At--GqdlAqvvdSSsC ltqle HMDH_SCHMA : 768- 787: aanii Agmf--Aat-GqdlAqvvdSSsC ltqle HMDH_STRPU : 775- 793: anivt Aiyi--At--GqdaAqniaSSnC mtlme HMDH_XENLA : 754- 772: anivt Aiyi--Ac--GqdaAqnvgSSnC itime MVAA_PSEMV : 237- 259: qqlet AefsgeAvieGildAyafaAVdP yraat D 4: 22.3716 28( 22) V-G-x(0,2)-G-G-[ACGT]-x(4)-[PQST]-x-[AGNS] Occurences: 28(22) DHOM_METGL : 14- 25: lgigt VG--GGTytvlTrN qegnr DHON_METGL : 14- 25: lgigt VG--GGTytvlTrN qeeia HMD1_ARATH : 507- 520: mpsie VGtvGGGtqlaSqS aclnl HMD1_ARATH : 510- 521: ievgt VG--GGTqlasQsA clnll HMD1_DICDI : 482- 493: ievgt VG--GGTslpaQsA cldii HMD1_HEVBR : 496- 509: mpsie VGtvGGGtqlaSqS aclnl HMD1_HEVBR : 499- 510: ievgt VG--GGTqlasQsA clnll HMD1_YEAST : 956- 969: mpsie VGtiGGGtvlePqG amldl HMD2_ARATH : 480- 493: mpcie VGtvGGGtqlaSqA aclnl HMD2_ARATH : 483- 494: ievgt VG--GGTqlasQaA clnll HMD2_DICDI : 393- 404: ievgt VG--GGThlpaQsA cldll HMD2_HEVBR : 131- 144: lpsie VGtvGGGtqlaSqS aclnl HMD2_HEVBR : 134- 145: ievgt VG--GGTqlasQsA clnll HMD2_YEAST : 952- 965: mpsie VGtiGGGtvlePqG amldl HMD3_HEVBR : 510- 521: ielgt VG--GGTqlasQsA clnll HMDH_CATRO : 515- 528: mpsie VGtvGGGtqlaSqS aclnl HMDH_CATRO : 518- 529: ievgt VG--GGTqlasQsA clnll HMDH_CRIGR : 804- 815: ieigt VG--GGTnllpQqA clqml HMDH_DROME : 827- 838: levgt VG--GGTglpgQsA cleml HMDH_HUMAN : 805- 816: ieigt VG--GGTnllpQqA clqml HMDH_MESAU : 804- 815: ieigt VG--GGTnllpQqA clqml HMDH_MOUSE : 141- 152: ieigt VG--GGTnllpQqA clqml HMDH_NICSY : 525- 538: mpsie VGtvGGGtqlaSqS aclnl HMDH_NICSY : 528- 539: ievgt VG--GGTqlasQsA clnll HMDH_SCHMA : 814- 825: levgt VG--GGTrlsgQrA cldll HMDH_STRPU : 821- 832: ielgt VG--GGTvlppQsA clqmm HMDH_XENLA : 800- 811: ieigt VG--GGTnlapQqA clqml MVAA_PSEMV : 325- 338: empmp VGlvGGAtkthPlA qlslr E 5: 19.8745 22( 22) G-x-V-G-G-x-[NT] Occurences: 22(22) DHOM_METGL : 12- 18: gllgi GtVGGgT ytvlt DHON_METGL : 12- 18: gllgi GtVGGgT ytvlt HMD1_ARATH : 508- 514: psiev GtVGGgT qlasq HMD1_DICDI : 480- 486: psiev GtVGGgT slpaq HMD1_HEVBR : 497- 503: psiev GtVGGgT qlasq HMD1_YEAST : 901- 907: gsama GsVGGfN ahaan HMD2_ARATH : 481- 487: pciev GtVGGgT qlasq HMD2_DICDI : 391- 397: psiev GtVGGgT hlpaq HMD2_HEVBR : 132- 138: psiev GtVGGgT qlasq HMD2_YEAST : 897- 903: gsama GsVGGfN ahaan HMD3_HEVBR : 508- 514: psiel GtVGGgT qlasq HMDH_CATRO : 516- 522: psiev GtVGGgT qlasq HMDH_CRIGR : 802- 808: psiei GtVGGgT nllpq HMDH_DROME : 825- 831: pslev GtVGGgT glpgq HMDH_HUMAN : 803- 809: psiei GtVGGgT nllpq HMDH_MESAU : 802- 808: psiei GtVGGgT nllpq HMDH_MOUSE : 139- 145: psiei GtVGGgT nllpq HMDH_NICSY : 526- 532: psiev GtVGGgT qlasq HMDH_SCHMA : 812- 818: pclev GtVGGgT rlsgq HMDH_STRPU : 819- 825: psiel GtVGGgT vlppq HMDH_XENLA : 798- 804: psiei GtVGGgT nlapq MVAA_PSEMV : 326- 332: mpmpv GlVGGaT kthpl F 6: 19.3503 32( 22) V-G-x(0,2)-G-G-x(0,1)-T Occurences: 32(22) DHOM_METGL : 14- 18: lgigt VG--GG-T ytvlt DHON_METGL : 14- 18: lgigt VG--GG-T ytvlt HMD1_ARATH : 507- 514: mpsie VGtvGGgT qlasq HMD1_ARATH : 510- 514: ievgt VG--GG-T qlasq HMD1_DICDI : 479- 486: mpsie VGtvGGgT slpaq HMD1_DICDI : 482- 486: ievgt VG--GG-T slpaq HMD1_HEVBR : 496- 503: mpsie VGtvGGgT qlasq HMD1_HEVBR : 499- 503: ievgt VG--GG-T qlasq HMD1_YEAST : 956- 963: mpsie VGtiGGgT vlepq HMD2_ARATH : 480- 487: mpcie VGtvGGgT qlasq HMD2_ARATH : 483- 487: 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A-x(2,4)-N-x(3,4)-A-x(5)-G-x(3)-[AGTV]-x(3)-[ADEGT] Occurences: 29(22) DHOM_METGL : 41- 64: pnchh ArrdrNlel-ArkvtgGqidVtddA favvv DHON_METGL : 43- 64: aitrv Adr--Nlel-ArqvtgGkidVtddA faivs HMD1_ARATH : 270- 292: egclv Ast--NrgckAmfisgGatsTvlkD gmtra HMD1_ARATH : 457- 479: lggfn Ahas-Nivs-AvfiatGqdpAqnvE ssqci HMD1_DICDI : 429- 451: iggfn Ahas-Nivt-AiflatGqdcAqnvE ssnci HMD1_HEVBR : 259- 281: egclv Ast--NrgckAiylsgGatsVllkD gmtra HMD1_HEVBR : 446- 468: lggfn Ahag-Nivs-AifiatGqdpAqnvE sshci HMD1_YEAST : 908- 930: vggfn Ahaa-Nlvt-AvflalGqdpAqnvE ssnci HMD2_ARATH : 245- 267: egclv Ast--NrgfkAihlsgGafsVlvkD amtra HMD2_ARATH : 432- 454: lggfn Ahss-Nivs-AvfiatGqdpAqnvE sshcm HMD2_DICDI : 340- 362: iggfn Ahas-Nivt-AlyiatGqdpAqnvE ssnci HMD2_HEVBR : 81- 103: lggfn Ahag-Nivs-AifiatGqdpAqnvE sshci HMD2_YEAST : 904- 926: vggfn Ahaa-Nlvt-AlflalGqdpAqnvE ssnci HMD3_HEVBR : 270- 292: egclv Asa--NrgckAiyasgGatsVllrD gmtra HMD3_HEVBR : 457- 479: lggfn Ahas-Nmvt-AvyiatGqdpAqnvE sshci HMDH_CATRO : 278- 300: egclv Ast--NrgckAilasgGansVllrD gmtra HMDH_CATRO : 465- 487: lggfn Ahas-Nivs-AifiatGqdpAqnvE ssqci HMDH_CRIGR : 750- 772: iggyn Ahaa-Nivt-AiyiacGqdaAqnvG ssnci HMDH_DROME : 773- 795: iggnn Ahaa-Nmvt-AvflatGqdpAqnvT ssncs HMDH_HUMAN : 751- 773: iggyn Ahaa-Nivt-AiyiacGqdaAqnvG ssnci HMDH_MESAU : 750- 772: iggyn Ahaa-Nivt-AiyiacGqdaAqnvG ssnci HMDH_MOUSE : 87- 109: iggyn Ahaa-Nivt-AiyiacGqdaAqnvG ssnci HMDH_NICSY : 288- 310: egclv Ast--NrgckAiyasgGatsVllrD gmtra HMDH_NICSY : 475- 497: lggfn Ahas-Nivs-AvyiatGqdpAqniE sshci HMDH_SCHMA : 572- 594: egclv Ast--NrgcrAiflagGiksVvyrD qmtra HMDH_STRPU : 580- 602: egclv Ast--NrgcrAlrsagGihsVligD gmtrg HMDH_STRPU : 767- 789: iggfn Ahaa-Nivt-AiyiatGqdaAqniA ssncm HMDH_XENLA : 746- 768: iggyn Ahaa-Nivt-AiyiacGqdaAqnvG ssnci MVAA_PSEMV : 9- 31: dsrlp Afr--NlspaArldhiGqllGlshD dvsll H 8: 16.5913 30( 22) A-x(0,2)-A-x(2,4)-I-[AEGNS]-G Occurences: 30(22) DHOM_METGL : 414- 423: ddaiv AieAlpa-ISG svtrl DHON_METGL : 391- 400: ddaia AieAlpa-ISG kvtrl 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