------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 24 sequences from file HMA PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 24 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename HMA.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: AT7A_HUMAN 1500 AT7B_HUMAN 1411 ATCS_SYNP7 747 ATKA_ENTFA 727 ATSY_SYNP6 293 ATSY_SYNP7 790 ATU1_YEAST 1004 ATX1_YEAST 73 CADA_BACFI 723 CADA_STAAU 727 CADD_STAAU 804 CTPA_MYCLE 780 CTPB_MYCLE 750 FIXI_RHIME 757 MERA_BACSR 631 MERA_PSEAE 561 MERA_SERMA 460 MERA_SHIFL 564 MERA_STAAU 547 MERA_THIFE 545 MERP_PSEAE 91 MERP_SERMA 91 MERP_SHIFL 91 YHHO_ECOLI 732 Pratt run started at Thu Feb 6 19:54:40 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 11.5102 53( 24) G-x(1,2)-S-x(2,3)-V 2: 11.5102 39( 24) T-x(2,3)-G-x(3,4)-V 3: 11.5102 74( 24) V-x(4,5)-G-x(3,4)-A 4: 11.5102 51( 24) V-x(5)-G-x(3,5)-A 5: 11.0102 49( 24) T-x(2,3)-V-x(0,2)-G 6: 11.0102 49( 24) E-x(1,3)-V-x(1,2)-V 7: 11.0102 37( 24) E-x(0,2)-V-x(2,3)-D 8: 11.0102 97( 24) A-x(3,4)-V-x(0,2)-L 9: 11.0102 94( 24) A-x(3,5)-V-x(0,1)-L 10: 11.0102 90( 24) A-x(1,3)-V-x(0,1)-L 11: 10.5102 90( 24) L-x(3,5)-L-x(2,4)-V 12: 10.5102 92( 24) L-x(1,3)-L-x(2,4)-V 13: 10.5102 64( 24) V-x(1,3)-L-x(1,3)-V 14: 10.5102 97( 24) A-x(0,2)-V-x(2,4)-V 15: 10.5102 107( 24) G-x(1,3)-V-x(0,2)-V 16: 10.5102 107( 24) G-x(0,2)-V-x(0,2)-V 17: 10.5102 84( 24) S-x(0,2)-V-x(2,4)-L 18: 8.3401 123( 24) S-x(3)-L 19: 8.3401 62( 24) V-x(4)-Q 20: 8.3401 56( 24) E-x(2)-S Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 13.4064 33( 24) V-x(4)-[ADGPS]-G-x(3,5)-A B 2: 11.5102 53( 24) G-x(1,2)-S-x(2,3)-V C 3: 11.5102 39( 24) T-x(2,3)-G-x(3,4)-V D 4: 11.5102 74( 24) V-x(4,5)-G-x(3,4)-A E 5: 11.0102 49( 24) T-x(2,3)-V-x(0,2)-G F 6: 11.0102 49( 24) E-x(1,3)-V-x(1,2)-V G 7: 11.0102 37( 24) E-x(0,2)-V-x(2,3)-D H 8: 11.0102 97( 24) A-x(3,4)-V-x(0,2)-L I 9: 11.0102 94( 24) A-x(3,5)-V-x(0,1)-L J 10: 11.0102 90( 24) A-x(1,3)-V-x(0,1)-L K 11: 10.5102 90( 24) L-x(3,5)-L-x(2,4)-V L 12: 10.5102 92( 24) L-x(1,3)-L-x(2,4)-V M 13: 10.5102 64( 24) V-x(1,3)-L-x(1,3)-V N 14: 10.5102 97( 24) A-x(0,2)-V-x(2,4)-V O 15: 10.5102 107( 24) G-x(1,3)-V-x(0,2)-V P 16: 10.5102 107( 24) G-x(0,2)-V-x(0,2)-V Q 17: 10.5102 84( 24) S-x(0,2)-V-x(2,4)-L R 18: 10.2228 49( 24) S-[AGPTV]-x(2)-L S 19: 8.3401 62( 24) V-x(4)-Q T 20: 8.3401 56( 24) E-x(2)-S Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 13.4064 33( 24) V-x(4)-[ADGPS]-G-x(3,5)-A Occurences: 33(24) AT7A_HUMAN : 1296- 1308: eegkr VamvgDGindspA laman AT7B_HUMAN : 1231- 1243: nkgkk VamvgDGvndspA laqad ATCS_SYNP7 : 547- 557: agktv VgvaaDGhlq--A ilsia ATCS_SYNP7 : 629- 639: srgqv VamvgDGind--A palaq ATCS_SYNP7 : 629- 641: srgqv VamvgDGindapA laqad ATKA_ENTFA : 616- 626: kagkk VgmvgDGind--A palrl ATKA_ENTFA : 616- 628: kagkk VgmvgDGindapA lrlad ATSY_SYNP6 : 167- 177: sqgda VamigDGind--A palat ATSY_SYNP6 : 167- 179: sqgda VamigDGindapA lataa ATSY_SYNP7 : 664- 674: sqgda VamigDGind--A palat ATSY_SYNP7 : 664- 676: sqgda VamigDGindapA lataa ATU1_YEAST : 833- 843: egnnk VavvgDGind--A palal ATU1_YEAST : 833- 845: egnnk VavvgDGindapA lalsd ATX1_YEAST : 11- 21: hyqfn VvmtcSGcsg--A vnkvl CADA_BACFI : 612- 622: seygn VamvgDGvnd--A palaa CADA_BACFI : 612- 624: seygn VamvgDGvndapA laast CADA_BACFI : 630- 642: laast VgiamGGagtdtA letad CADA_STAAU : 615- 625: seydn VamigDGvnd--A palaa CADA_STAAU : 615- 627: seydn VamigDGvndapA laast CADA_STAAU : 633- 645: laast VgiamGGagtdtA ietad CADD_STAAU : 692- 702: aehgn VamigDGvnd--A palaa CADD_STAAU : 692- 704: aehgn VamigDGvndapA laast CADD_STAAU : 710- 722: laast VgiamGGagtdtA ietad CTPA_MYCLE : 619- 631: drghv VamvgDGindgpA larad CTPB_MYCLE : 370- 382: vpmvf ViaglAGaswllA gaspd CTPB_MYCLE : 553- 564: tgetv VfvsvDGvacg-A vaiad CTPB_MYCLE : 635- 647: dqght VamvgDGindgpA lacad FIXI_RHIME : 271- 283: reyra VdeinPGdrlivA agerv MERA_BACSR : 482- 494: pqfvy VaayeGGlaarnA iggln MERA_BACSR : 573- 584: vlgah VvaenAGdviy-A atlav MERA_BACSR : 573- 585: vlgah VvaenAGdviyaA tlavk MERA_PSEAE : 101- 112: eppvq VavigSGgaam-A aalka MERA_PSEAE : 101- 113: eppvq VavigSGgaamaA alkav MERA_SERMA : 101- 112: erplq VavigSGgaam-A aalka MERA_SERMA : 101- 113: erplq VavigSGgaamaA alkav MERA_SERMA : 402- 414: ligvq VvapeAGeliqtA vlair MERA_SHIFL : 220- 231: nrnli VqlndGGervv-A fdrcl MERA_STAAU : 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aevlp ATSY_SYNP7 : 635- 641: laqql GleSet-V vaevl ATSY_SYNP7 : 635- 642: laqql GleSetvV aevlp ATU1_YEAST : 107- 113: vegie GveSvv-V slvte ATU1_YEAST : 465- 470: eslmt Ge-Sil-V pkktg ATU1_YEAST : 703- 710: yvlgk GivSkcqV ngnty ATU1_YEAST : 802- 808: varev Gi-SfenV ysdvs ATU1_YEAST : 996- 1003: iesqa GlmSneeV l ATX1_YEAST : 17- 22: vmtcs Gc-Sga-V nkvlt CADA_BACFI : 48- 54: akvnf Ga-SkiaV ygnat CADA_BACFI : 115- 121: llitf GylSsy-V ngeen CADA_BACFI : 140- 147: asmfi GglSlfkV glqnl CADA_BACFI : 141- 147: smfig Gl-SlfkV glqnl CADA_BACFI : 265- 270: qtait Ge-Svp-V ektvd CADA_STAAU : 48- 54: akvnf Ga-SkidV ygnas CADA_STAAU : 118- 124: lliaf GylShf-V ngedn CADA_STAAU : 143- 150: gsivi GgySlfkV gfqnl CADA_STAAU : 144- 150: sivig Gy-SlfkV gfqnl CADA_STAAU : 268- 273: qaait Ge-Svp-V skavd CADD_STAAU : 47- 53: akvnf Ga-SkidV fgsat CADD_STAAU : 125- 131: akvnf Ga-SkidV ygnas CADD_STAAU : 195- 201: lliaf GylShf-V ngedn CADD_STAAU : 220- 227: ssivi GgySlfkV gfqnl CADD_STAAU : 221- 227: sivig Gy-SlfkV 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