------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 29 sequences from file HEMOPEXIN PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 29 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename HEMOPEXIN.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: COG1_BOVIN 469 COG1_HUMAN 469 COG1_PIG 469 COG1_RABIT 468 COG2_HUMAN 660 COG2_MOUSE 662 COG2_RAT 662 COG3_HUMAN 477 COG3_MOUSE 477 COG3_RABIT 478 COG3_RAT 475 COG8_HUMAN 467 COG9_HUMAN 707 COG9_MOUSE 730 COG9_RABIT 707 COGM_HUMAN 470 COGM_MOUSE 462 COGX_HUMAN 476 COGX_RAT 476 COGY_HUMAN 488 COGY_MOUSE 492 COGZ_HUMAN 471 COGZ_MOUSE 472 COGZ_RAT 466 HEMO_HUMAN 441 HEMO_RAT 460 VTNC_HUMAN 478 VTNC_MOUSE 476 VTNC_RABIT 475 Pratt run started at Thu Feb 6 19:53:26 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 12.5102 50( 29) F-x(5)-W-R 2: 12.5102 61( 29) G-x(4)-F-x-G 3: 12.5102 40( 29) F-K-x(4)-W 4: 12.0102 44( 29) L-x(2)-A-x(2,3)-P 5: 12.0102 56( 29) D-A-x(0,1)-A 6: 12.0102 37( 29) Q-x(4)-L-x(2,3)-G 7: 12.0102 50( 29) P-x(2)-P-x(4,5)-A 8: 12.0102 51( 29) P-x(2)-P-x(3,4)-A 9: 12.0102 56( 29) F-F-x(0,1)-G 10: 12.0102 67( 29) G-x(3,4)-F-x-G 11: 12.0102 42( 29) F-x-G-x(4,5)-L 12: 12.0102 72( 29) F-x(0,1)-F-x(5)-W 13: 12.0102 67( 29) F-x(0,1)-K-x(4)-W 14: 12.0102 47( 29) D-x(3,4)-D-x(5)-L 15: 12.0102 42( 29) A-x(3,4)-P-x(5)-G 16: 11.5102 40( 29) Q-x(4)-L-x(1,3)-G 17: 11.5102 48( 29) A-x(1,2)-A-x(1,2)-P 18: 11.5102 53( 29) G-x(2)-L-x(3,5)-H 19: 11.5102 68( 29) L-x(0,1)-G-x(0,1)-P 20: 11.5102 47( 29) E-x(2,4)-L-G Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 15.2498 54( 29) F-x(0,1)-F-x-[DG]-x(3)-W B 2: 15.2463 30( 29) F-x-G-x(4,5)-L-[AD] C 3: 15.1900 33( 29) G-x(4)-F-[DHK]-G D 4: 15.1483 40( 29) F-K-[ADG]-x(3)-W E 5: 14.6900 33( 29) G-x(3,4)-F-[DHK]-G F 6: 14.6483 67( 29) F-x(0,1)-K-[ADG]-x(3)-W G 7: 14.2494 32( 29) D-x(3,4)-D-x(2)-[DGNS]-x(2)-L H 8: 13.4069 47( 29) G-x-[AGNSV]-L-x(3,5)-H I 9: 13.3739 45( 29) L-x(0,1)-G-x(0,1)-P-x-[DEPST] J 10: 12.5102 50( 29) F-x(5)-W-R K 11: 12.0102 44( 29) L-x(2)-A-x(2,3)-P L 12: 12.0102 56( 29) D-A-x(0,1)-A M 13: 12.0102 37( 29) Q-x(4)-L-x(2,3)-G N 14: 12.0102 50( 29) P-x(2)-P-x(4,5)-A O 15: 12.0102 51( 29) P-x(2)-P-x(3,4)-A P 16: 12.0102 56( 29) F-F-x(0,1)-G Q 17: 12.0102 42( 29) A-x(3,4)-P-x(5)-G R 18: 11.5102 40( 29) 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