------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 8 sequences from file HEME_OXYGENASE PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 8 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename HEME_OXYGENASE.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: HO1_HUMAN 288 HO1_MOUSE 289 HO1_PIG 288 HO1_RAT 289 HO2_HUMAN 316 HO2_RABIT 312 HO2_RAT 315 HO_CHICK 296 Pratt run started at Thu Feb 6 19:52:45 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 143.9518 8( 8) G-x(3)-P-E-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 2: 141.2817 11( 8) A-x(2,3)-Y-V-x-R-x(4)-G-x(3)-P-E-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(2)-L-P-S 3: 139.7817 8( 8) P-E-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 4: 137.6117 8( 8) E-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(2)-L-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 5: 137.6117 8( 8) A-x(3)-Y-V-x-R-x(4)-G-x(3)-P-E-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(2)-L-P 6: 137.1117 8( 8) A-x(3)-Y-x(1,2)-R-x(4)-G-x(3)-P-E-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(2)-L-P-S 7: 136.6117 13( 8) E-x(0,2)-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(2)-L-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 8: 135.6117 8( 8) E-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 9: 133.4416 8( 8) L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(2)-L-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 10: 132.4416 13( 8) E-x(1,2)-L-x(0,1)-V-A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(2)-L-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 11: 131.4416 8( 8) L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 12: 127.2716 8( 8) L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 13: 125.1015 8( 8) V-A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(2)-L-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 14: 123.1015 8( 8) V-A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 15: 118.9315 8( 8) A-H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 16: 116.7614 8( 8) H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(2)-L-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 17: 114.7614 8( 8) H-A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 18: 110.5914 8( 8) A-Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F 19: 107.4213 8( 8) F-K-L-x(2,3)-A-x(0,1)-L-Y-x(2)-Y-x-A-L-E-E-E-x(3)-N-K-x(2)-P-x(3)-P-x-Y-F-P-x-E-L-H-R-x(2)-A-L-x(2)-D 20: 106.4213 8( 8) Y-T-R-Y-x-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-x-A-Q-x-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-x-G-E-G-x(2)-F-x(2)-F Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 172.5219 8( 8) E-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-[LM]-x-L-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS]-[NS] B 2: 171.5730 8( 8) L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-[LM]-x-L-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS]-[NS]-[AP] C 3: 168.3006 13( 8) E-x(0,2)-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-[LM]-x-L-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS] D 4: 167.9037 8( 8) P-E-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS] E 5: 167.3519 13( 8) E-x(1,2)-L-x(0,1)-V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-[LM]-x-L-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS]-[NS] F 6: 166.9550 8( 8) E-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS]-[NS] G 7: 166.8308 8( 8) G-x(2)-[EH]-P-E-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F H 8: 166.8200 11( 8) A-x(2,3)-Y-V-[DEKR]-R-[IL]-x(2)-[IV]-G-x(2)-[EH]-P-E-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-[LM]-x-L-P-S I 9: 166.4348 8( 8) V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-[LM]-x-L-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS]-[NS]-[AP]-[QT] J 10: 166.0061 8( 8) L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS]-[NS]-[AP] K 11: 165.0380 8( 8) L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS]-[NS]-[AP]-[QT] L 12: 163.1500 8( 8) A-x(3)-Y-V-[DEKR]-R-[IL]-x(2)-[IV]-G-x(2)-[EH]-P-E-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-[LM]-x-L-P M 13: 162.2648 8( 8) H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-[LM]-x-L-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS]-[NS]-[AP]-[QT]-x-F N 14: 160.8679 8( 8) V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS]-[NS]-[AP]-[QT] O 15: 160.8679 8( 8) A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS]-[NS]-[AP]-[QT]-x-F P 16: 160.8679 8( 8) H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS]-[NS]-[AP]-[QT]-x-F-K Q 17: 160.8679 8( 8) A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS]-[NS]-[AP]-[QT]-x-F-K-Q R 18: 160.4266 8( 8) A-x(3)-Y-x(1,2)-R-[IL]-x(2)-[IV]-G-x(2)-[EH]-P-E-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-[LM]-x-L-P-S S 19: 159.9659 8( 8) Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-x(0,2)-L-x(0,2)-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS]-[NS]-[AP]-[QT]-x-F-K-Q-[FL] T 20: 154.2320 8( 8) F-K-L-x(2,3)-A-x(0,1)-L-Y-[FH]-x-Y-[DSTV]-A-L-E-E-E-[IM]-[DE]-[HR]-N-K-[DEQ]-x-P-[AV]-[FY]-[AT]-P-[LV]-Y-F-P-x-E-L-H-R-[KR]-[AE]-A-L-x(2)-D-[LM]-[AE]-[FY] Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 172.5219 8( 8) 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rtepe LLVAHAYTRYLGDLSGGQVLKKIAQKALdLPSSGEGlAFFtFPnIASA tkfkq HO1_MOUSE : 128- 175: rthpe LLVAHAYTRYLGDLSGGQVLKKIAQKAMaLPSSGEGlAFFtFPnIDSP tkfkq HO1_PIG : 128- 175: rfepe LLVAHAYTRYMGDLSGGQVLKKIAQKALdLPSSGEGlAFFtFPnVANA tkfkq HO1_RAT : 128- 175: gthpe LLVAHAYTRYLGDLSGGQVLKKIAQKAMaLPSSGEGlAFFtFPsIDNP tkfkq HO2_HUMAN : 148- 195: qnepe LLVAHAYTRYMGDLSGGQVLKKVAQRALkLPSTGEGtQFYlFEnVDNA qqfkq HO2_RABIT : 144- 191: qnepe LLVAHAYTRYMGDLSGGQVLKKVAQRALkLPSTGEGtQFYlFEnVDNA qqfkq HO2_RAT : 147- 194: qnepe LLVAHAYTRYMGDLSGGQVLKKVAQRALkLPSTGEGtQFYlFEhVDNA qqfkq HO_CHICK : 131- 178: kkhpe LLVAHAYTRYLGDLSGGQVLKKIAQKALqLPSTGEGlAFFtFDgVSNA tkfkq C 3: 168.3006 13( 8) E-x(0,2)-L-L-V-A-H-A-Y-T-R-Y-[LM]-G-D-L-S-G-G-Q-V-L-K-K-[IV]-A-Q-[KR]-A-[LM]-x-L-P-S-[ST]-G-E-G-x-[AQ]-F-[FY]-x-F-[DEP]-x-[IV]-[ADS] Occurences: 13(8) HO1_HUMAN : 125- 173: evgrt EpeLLVAHAYTRYLGDLSGGQVLKKIAQKALdLPSSGEGlAFFtFPnIA satkf HO1_HUMAN : 127- 173: grtep E--LLVAHAYTRYLGDLSGGQVLKKIAQKALdLPSSGEGlAFFtFPnIA satkf HO1_MOUSE : 127- 173: grthp E--LLVAHAYTRYLGDLSGGQVLKKIAQKAMaLPSSGEGlAFFtFPnID sptkf HO1_PIG : 125- 173: qvgrf EpeLLVAHAYTRYMGDLSGGQVLKKIAQKALdLPSSGEGlAFFtFPnVA natkf HO1_PIG : 127- 173: grfep E--LLVAHAYTRYMGDLSGGQVLKKIAQKALdLPSSGEGlAFFtFPnVA natkf HO1_RAT : 127- 173: ggthp E--LLVAHAYTRYLGDLSGGQVLKKIAQKAMaLPSSGEGlAFFtFPsID nptkf HO2_HUMAN : 145- 193: yigqn EpeLLVAHAYTRYMGDLSGGQVLKKVAQRALkLPSTGEGtQFYlFEnVD naqqf HO2_HUMAN : 147- 193: gqnep E--LLVAHAYTRYMGDLSGGQVLKKVAQRALkLPSTGEGtQFYlFEnVD naqqf HO2_RABIT : 141- 189: yigqn EpeLLVAHAYTRYMGDLSGGQVLKKVAQRALkLPSTGEGtQFYlFEnVD naqqf HO2_RABIT : 143- 189: gqnep E--LLVAHAYTRYMGDLSGGQVLKKVAQRALkLPSTGEGtQFYlFEnVD naqqf HO2_RAT : 144- 192: yvgqn EpeLLVAHAYTRYMGDLSGGQVLKKVAQRALkLPSTGEGtQFYlFEhVD naqqf HO2_RAT : 146- 192: gqnep E--LLVAHAYTRYMGDLSGGQVLKKVAQRALkLPSTGEGtQFYlFEhVD naqqf HO_CHICK : 130- 176: gkkhp E--LLVAHAYTRYLGDLSGGQVLKKIAQKALqLPSTGEGlAFFtFDgVS natkf D 4: 167.9037 8( 8) 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