------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 27 sequences from file GUANIDO_KINASE PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 27 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename GUANIDO_KINASE.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: KARG_HOMGA 355 KCRB_CANFA 381 KCRB_CHICK 381 KCRB_HUMAN 381 KCRB_MOUSE 381 KCRB_RABIT 381 KCRB_RAT 381 KCRB_SQUAC 52 KCRF_STRPU 1174 KCRM_CANFA 381 KCRM_CHICK 381 KCRM_HUMAN 381 KCRM_MOUSE 381 KCRM_RABIT 381 KCRM_RAT 381 KCRM_TORCA 381 KCRM_TORMA 381 KCRS_CHICK 400 KCRS_HUMAN 419 KCRS_RAT 419 KCRT_ONCMY 383 KCRU_HUMAN 417 KCRU_MOUSE 418 KCRU_RAT 418 KLOM_LUMTE 15 KTRC_AREMA 16 SMC7_SCHMA 675 Pratt run started at Thu Feb 6 19:43:18 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 24.0203 30( 27) C-P-x(1,2)-N-x-G-T-x(1,2)-R 2: 24.0203 30( 27) T-x(0,1)-C-P-x(1,2)-N-x-G-T 3: 24.0203 30( 27) G-x(3,4)-C-P-x(1,2)-N-x-G-T 4: 24.0203 29( 27) L-G-x(2,3)-T-x(3,4)-N-x-G-T 5: 24.0203 29( 27) L-x(4,5)-C-P-x(1,2)-N-x-G-T 6: 19.8503 30( 27) P-x(1,2)-N-x-G-T-x(1,2)-R 7: 19.8503 30( 27) G-x(2,3)-T-x(3,4)-N-x-G-T 8: 19.8503 29( 27) L-G-x(2,3)-T-x(0,1)-C-P 9: 16.1802 30( 27) N-x-G-T-x(1,2)-R 10: 15.6802 30( 27) G-x(2,3)-T-x(0,1)-C-P 11: 12.5102 32( 27) L-G-T 12: 12.0102 30( 27) G-T-x(1,2)-R 13: 11.5102 31( 27) G-x(1,2)-L-x(0,1)-T 14: 11.5102 33( 27) G-Y-x(2,4)-C 15: 8.3401 106( 27) L-R 16: 8.3401 152( 27) G-x(2)-L 17: 7.8401 142( 27) T-x(0,1)-L 18: 7.8401 43( 27) Y-x(3,4)-P 19: 7.3401 66( 27) Y-x(1,3)-T 20: 7.3401 48( 27) Y-x(2,4)-C Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 39.4022 29( 27) L-G-x(2,3)-T-x(0,1)-C-P-[GST]-[NS]-x-[GL]-[GT]-x-[LV]-R B 2: 35.2322 29( 27) G-x(2,3)-T-x(0,1)-C-P-[GST]-[NS]-x-[GL]-[GT]-x-[LV]-R C 3: 27.3069 30( 27) C-P-x(1,2)-N-[IL]-G-T-x(1,2)-R D 4: 27.3069 30( 27) T-x(0,1)-C-P-x(1,2)-N-[IL]-G-T E 5: 27.3069 30( 27) G-x(3,4)-C-P-x(1,2)-N-[IL]-G-T F 6: 27.3069 29( 27) L-G-x(2,3)-T-x(3,4)-N-[IL]-G-T G 7: 27.3069 29( 27) L-x(4,5)-C-P-x(1,2)-N-[IL]-G-T H 8: 23.1369 30( 27) P-x(1,2)-N-[IL]-G-T-x(1,2)-R I 9: 23.1369 30( 27) G-x(2,3)-T-x(3,4)-N-[IL]-G-T J 10: 19.4668 30( 27) N-[IL]-G-T-x(1,2)-R K 11: 18.6124 32( 27) G-Y-x(2,4)-C-[ILP]-[GQST]-[ENST] L 12: 15.6802 30( 27) T-x(0,1)-C-P-x(1,2)-N M 13: 15.6802 30( 27) G-x(3,4)-C-P-x(1,2)-N N 14: 15.6802 29( 27) L-G-x(2,3)-T-x(3,4)-N O 15: 15.6802 29( 27) L-x(4,5)-C-P-x(1,2)-N P 16: 15.6802 29( 27) L-G-x(2,3)-T-x(0,1)-C Q 17: 14.9776 30( 27) Y-x(3,4)-P-[CDGSTV]-x(3)-[AGQT]-x(2)-[KR] R 18: 12.5102 32( 27) L-G-T S 19: 12.0102 30( 27) G-T-x(1,2)-R T 20: 11.5102 30( 27) G-x(2,3)-T-x(3,4)-N Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 39.4022 29( 27) L-G-x(2,3)-T-x(0,1)-C-P-[GST]-[NS]-x-[GL]-[GT]-x-[LV]-R Occurences: 29(27) KARG_HOMGA : 264- 279: shhdr LGfl-TfCPTNlGTtVR asvhi KCRB_CANFA : 277- 292: mwnph LGyilT-CPSNlGTgLR agvhi KCRB_CHICK : 277- 292: mwnph LGyilT-CPSNlGTgLR agvhi KCRB_HUMAN : 277- 292: mwnph LGyilT-CPSNlGTgLR agvhi KCRB_MOUSE : 277- 292: mwnph LGyilT-CPSNlGTgLR agvhi KCRB_RABIT : 277- 292: mwnph LGyilT-CPSNlGTgLR agvhi KCRB_RAT : 277- 292: mwnph LGyilT-CPSNlGTgLR agvhi KCRB_SQUAC : 32- 47: iqneh LGyvlT-CPSNlGTxLR axvhv KCRF_STRPU : 318- 333: swneh LGyvlT-CPSNlGTgVR agvhi KCRF_STRPU : 691- 706: mwnkh LGyvlT-CPSNlGTgLR agvhv KCRF_STRPU : 1065- 1080: mwneh LGyvlT-CPSNlGTgLR agvhv KCRM_CANFA : 277- 292: mwneh LGyvlT-CPSNlGTgLR ggvhv KCRM_CHICK : 277- 292: mwteh LGyilT-CPSNlGTgLR ggvhv KCRM_HUMAN : 277- 292: mwnqh LGyvlT-CPSNlGTgLR ggvhv KCRM_MOUSE : 277- 292: mwneh LGyvlT-CPSNlGTgLR ggvhv KCRM_RABIT : 277- 292: mwneh LGyvlT-CPSNlGTgLR ggvhv KCRM_RAT : 277- 292: mwneh LGyvlT-CPSNlGTgLR ggvhv KCRM_TORCA : 277- 292: mwneh LGyvlT-CPSNlGTgLR ggvhv KCRM_TORMA : 277- 292: mwneh LGyvlT-CPSNlGTgLR ggvhv KCRS_CHICK : 292- 307: mwner LGyvlT-CPSNlGTgLR agvhv KCRS_HUMAN : 311- 326: mwner LGyilT-CPSNlGTgLR agvhv KCRS_RAT : 311- 326: mwner LGyilT-CPSNlGTgLR agvhv KCRT_ONCMY : 279- 294: mwneh LGyvlT-CPSNlGTgLR agvhv KCRU_HUMAN : 310- 325: mwner LGyilT-CPSNlGTgLR agvhi KCRU_MOUSE : 311- 326: mwner LGyilT-CPSNlGTgLR agvhi KCRU_RAT : 311- 326: mwner LGyilT-CPSNlGTgLR agvhv KLOM_LUMTE : 1- 15: LGyi-T-CPGSnLGtLR KTRC_AREMA : 1- 16: LGylgT-CPTNiGTgLR SMC7_SCHMA : 262- 277: afndr LGfi-TfCPSNlGTtLR asvha B 2: 35.2322 29( 27) 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