------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 30 sequences from file FKBP_PPIASE_1 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 30 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename FKBP_PPIASE_1.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: FKB2_BOVIN 224 FKB2_HUMAN 224 FKB2_YEAST 135 FKB3_HUMAN 141 FKB3_MOUSE 140 FKB3_YEAST 411 FKBA_ECOLI 270 FKBP_BOVIN 107 FKBP_CANAL 124 FKBP_CORGL 118 FKBP_HUMAN 107 FKBP_MOUSE 107 FKBP_NEIME 109 FKBP_NEUCR 120 FKBP_STRCH 124 FKBP_YEAST 114 FKBX_ECOLI 149 FKBX_PSEFL 150 FKBY_ECOLI 205 FKBY_HAEIN 241 FKBZ_PSEAE 227 HBI_HUMAN 459 HBI_MOUSE 458 HBI_RABIT 458 MIP_CHLTR 243 MIP_LEGMI 243 MIP_LEGPN 233 MIP_TRYCR 196 SLYD_ECOLI 196 SLYD_HAEIN 190 Pratt run started at Thu Feb 6 19:29:40 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 11.0102 46( 30) A-x(1,2)-G-x(2,4)-G 2: 10.5102 39( 30) G-x(2,4)-F-x(0,2)-D 3: 8.3401 84( 30) L-x(2)-G 4: 8.3401 73( 30) G-x(4)-G 5: 7.8401 107( 30) E-x(0,1)-L 6: 7.8401 79( 30) V-x(4,5)-L 7: 7.8401 65( 30) F-x(2,3)-E 8: 7.8401 62( 30) L-x(1,2)-F 9: 7.8401 64( 30) L-x(0,1)-F 10: 7.8401 118( 30) G-x(2,3)-G 11: 7.8401 83( 30) P-x(4,5)-G 12: 7.8401 88( 30) G-x(2,3)-A 13: 7.8401 83( 30) G-x(4,5)-L 14: 7.8401 97( 30) G-x(3,4)-L 15: 7.8401 94( 30) A-x(3,4)-G 16: 7.8401 104( 30) G-x(0,1)-V 17: 7.8401 67( 30) G-x(4,5)-S 18: 7.8401 69( 30) G-x(3,4)-S 19: 7.8401 91( 30) G-x(2,3)-E 20: 7.8401 123( 30) G-x(3,4)-G Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 12.4143 43( 30) G-x(3,4)-L-x-[GIL]-x(4)-[ADEGS] B 2: 12.1512 36( 30) L-x(0,1)-F-x-[ILV]-x(2)-[AGILPV] C 3: 11.0102 46( 30) A-x(1,2)-G-x(2,4)-G D 4: 10.5443 46( 30) G-x-[GLPV]-x(2)-G E 5: 10.5164 48( 30) G-x(4,5)-L-x-[GIL] F 6: 10.5102 39( 30) G-x(2,4)-F-x(0,2)-D G 7: 10.0793 48( 30) L-x(1,2)-F-x-[AILV] H 8: 9.5151 48( 30) G-x(4,5)-S-x(4)-[ADEGNQ] I 9: 9.4966 50( 30) P-x(4,5)-G-x-[ADEGQT] J 10: 9.2597 53( 30) V-x(4,5)-L-x(2)-[ADGNPST] K 11: 8.3401 84( 30) L-x(2)-G L 12: 7.8401 107( 30) E-x(0,1)-L M 13: 7.8401 65( 30) F-x(2,3)-E N 14: 7.8401 118( 30) G-x(2,3)-G O 15: 7.8401 88( 30) G-x(2,3)-A P 16: 7.8401 94( 30) A-x(3,4)-G Q 17: 7.8401 104( 30) G-x(0,1)-V R 18: 7.8401 69( 30) G-x(3,4)-S S 19: 7.8401 91( 30) G-x(2,3)-E T 20: 7.8401 123( 30) G-x(3,4)-G Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 12.4143 43( 30) G-x(3,4)-L-x-[GIL]-x(4)-[ADEGS] Occurences: 43(30) FKB2_BOVIN : 185- 197: ltmsk GekarLeIepewA ygkkg FKB2_HUMAN : 185- 197: ltmsk GekarLeIepewA ygkkg FKB2_YEAST : 94- 106: agmcv GekrkLqIpsslA ygerg FKB3_HUMAN : 87- 99: gqvik GwdqgLlGmyegE krklv FKB3_HUMAN : 98- 110: lgmye GekrkLvIpselG ygerg FKB3_MOUSE : 86- 98: gqvik GwdqgLlGmcegE krklv FKB3_MOUSE : 97- 109: lgmce GekrkLvIpselG ygerg FKB3_YEAST : 387- 398: apyay Gkqa-LpGipanS eltfd FKBA_ECOLI : 212- 224: knikk GgkikLvIppelA ygkag FKBA_ECOLI : 213- 224: nikkg Gkik-LvIppelA ygkag FKBP_BOVIN : 69- 81: aqmsv GqrakLtIspdyA ygatg FKBP_CANAL : 84- 96: pkisk GtkaiLtIgpnlA ygprg FKBP_CORGL : 82- 94: pgmkv GgrrqLtIppeaA ygpeg FKBP_CORGL : 83- 94: gmkvg Grrq-LtIppeaA ygpeg FKBP_HUMAN : 69- 81: aqmsv GqrakLtIspdyA ygatg FKBP_MOUSE : 69- 81: aqmsv GqrakLiIssdyA ygatg FKBP_NEIME : 70- 82: ggmke GgkrkLtIpsemG ygahg FKBP_NEIME : 71- 82: gmkeg Gkrk-LtIpsemG ygahg FKBP_NEUCR : 65- 77: gqvik GwdegLlGmkigE krklt FKBP_NEUCR : 76- 88: lgmki GekrkLtIaphlA ygnra FKBP_STRCH : 86- 98: qgmkv GgrreLiIpahlA ygdrg FKBP_STRCH : 87- 98: gmkvg Grre-LiIpahlA ygdrg FKBP_YEAST : 76- 88: pklsv GekarLtIpgpyA ygprg FKBX_ECOLI : 47- 59: aslse GleqhLlGlkvgD kttfs FKBX_PSEFL : 52- 64: gnllp GfeaaLfGfkagD krtlq FKBX_PSEFL : 63- 75: fgfka GdkrtLqIlpenA fgqpn FKBY_ECOLI : 156- 168: ngvip GwieaLtLmpvgS kwelt FKBY_ECOLI : 167- 179: tlmpv GskweLtIpqelA ygerg FKBY_HAEIN : 187- 199: dqvik GwtegLqLvkkgG kiqfv FKBZ_PSEAE : 26- 37: rrlfi Glfl-LpLplfaA ppkde FKBZ_PSEAE : 120- 131: ekarf Gvre-LtGgvlvS elrrg HBI_HUMAN : 193- 205: lrfei GegenLdLpyglE raiqr HBI_MOUSE : 193- 205: lcfev GegesLdLpcglE eaiqr HBI_RABIT : 193- 205: lrfev GegesLdLpcglE kaiqr HBI_RABIT : 214- 226: qrmek GehsiLyLkpsyA fgnag MIP_CHLTR : 200- 212: qgmke GevrvLyIhpdlA ygtag MIP_LEGMI : 190- 202: sqvip GwteaLqLmpagS twevy MIP_LEGPN : 181- 193: sqvip GwteaLqLmpagS tweiy MIP_TRYCR : 122- 134: nevik GwteaLqLmregD rwrlf MIP_TRYCR : 133- 145: qlmre GdrwrLfIpydlA ygvtg SLYD_ECOLI : 44- 56: gslis GletaLeGhevgD kfdva SLYD_HAEIN : 37- 48: leylq Ghnn-LvIglekA legke SLYD_HAEIN : 44- 56: nnlvi GlekaLeGkevgD kfevr B 2: 12.1512 36( 30) L-x(0,1)-F-x-[ILV]-x(2)-[AGILPV] Occurences: 36(30) FKB2_BOVIN : 162- 169: knakp LsFkVgiG kvirg FKB2_BOVIN : 214- 221: ppnak LiFeVelV did FKB2_HUMAN : 162- 169: knakp LsFkVgvG kvirg FKB2_HUMAN : 214- 221: ppnak LtFeVelV did FKB2_YEAST : 122- 129: ppsad LvFdVelV dvksa FKB3_HUMAN : 126- 133: pggat LvFeVelL kierr FKB3_MOUSE : 125- 132: pggat LvFeVelL kierr FKB3_YEAST : 400- 407: panse LtFdVklV smkn FKBA_ECOLI : 4- 10: mks L-FkVtlL attma FKBA_ECOLI : 191- 198: trgep LsFrLdgV ipgwt FKBA_ECOLI : 239- 246: ppnst LvFdVelL dvkpa FKBP_BOVIN : 97- 104: ppnat LiFdVelL kle FKBP_CANAL : 112- 119: gpnet LvFeVelL gvngq FKBP_CORGL : 109- 116: lsgrt LvFiIdlI sa FKBP_HUMAN : 97- 104: pphat LvFdVelL kle FKBP_MOUSE : 97- 104: pphat LvFdVelL kle FKBP_NEIME : 98- 105: pphat LiFeVelL kvye FKBP_NEUCR : 53- 60: drgep LnFtVgqG qvikg FKBP_STRCH : 63- 70: nrgtp LqFqLgaG qvisg FKBP_YEAST : 104- 111: ppnst LvFdVelL kvn FKBX_ECOLI : 36- 42: ngkpa L-FrLgdA slseg FKBX_PSEFL : 138- 145: lagkt LtFdVeiI dvkal FKBY_ECOLI : 195- 202: ppfst LvFeVelL eil FKBY_HAEIN : 226- 233: ppnst LiFdVevL dvnpk FKBZ_PSEAE : 27- 33: rlfig L-FlLplP lfaap FKBZ_PSEAE : 217- 224: ppdap LvFeIdlL gfr HBI_HUMAN : 188- 195: fdqre LrFeIgeG enldl HBI_MOUSE : 188- 195: fdqre LcFeVgeG esldl HBI_RABIT : 188- 195: fdqre LrFeVgeG esldl MIP_CHLTR : 9- 16: ilswm LmFaValP ivgcd MIP_CHLTR : 225- 232: ppnsl LiFeVklI eandd MIP_LEGMI : 229- 236: gpnet LiFkIhlI svkks MIP_LEGPN : 220- 227: gpnet LiFkIhlI svkks MIP_TRYCR : 161- 168: ppysp LeFdVelI sikdg SLYD_ECOLI : 130- 137: lagqn LkFnVevV airea SLYD_HAEIN : 130- 137: lagqe LhFtVevV aarea C 3: 11.0102 46( 30) A-x(1,2)-G-x(2,4)-G Occurences: 46(30) FKB2_BOVIN : 197- 202: iepew Ay-Gkk--G qpdak FKB2_HUMAN : 197- 202: iepew Ay-Gkk--G qpdak FKB2_YEAST : 106- 111: ipssl Ay-Ger--G vpgvi FKB3_HUMAN : 20- 26: clsav AstGte--G krklq FKB3_MOUSE : 19- 25: lsala AatGae--G krklq FKB3_MOUSE : 20- 25: salaa At-Gae--G krklq FKB3_YEAST : 321- 328: gdgpq AkrGarv-G mryig FKB3_YEAST : 325- 333: qakrg ArvGmryiG klkng FKBA_ECOLI : 51- 57: qksay Al-Gasl-G rymen FKBA_ECOLI : 224- 229: ippel Ay-Gka--G vpgip FKBP_BOVIN : 81- 86: ispdy Ay-Gat--G hpgii FKBP_BOVIN : 84- 89: dyayg At-Ghp--G iippn FKBP_CANAL : 96- 101: igpnl Ay-Gpr--G ippii FKBP_CORGL : 93- 99: tippe AayGpe--G sghpl FKBP_CORGL : 93- 101: tippe AayGpegsG hplsg FKBP_CORGL : 94- 99: ippea Ay-Gpe--G sghpl FKBP_CORGL : 94- 101: ippea Ay-GpegsG hplsg FKBP_HUMAN : 81- 86: ispdy Ay-Gat--G hpgii FKBP_HUMAN : 84- 89: dyayg At-Ghp--G iipph FKBP_MOUSE : 81- 86: issdy Ay-Gat--G hpgii FKBP_MOUSE : 84- 89: dyayg At-Ghp--G iipph FKBP_NEIME : 85- 90: emgyg Ah-Gag--G vipph FKBP_NEUCR : 88- 95: iaphl Ay-GnravG giipa FKBP_STRCH : 98- 103: ipahl Ay-Gdr--G agggk FKBP_STRCH : 98- 105: ipahl Ay-GdrgaG ggkia FKBP_STRCH : 104- 112: ygdrg AggGkiapG etlif FKBP_YEAST : 88- 93: ipgpy Ay-Gpr--G fpgli FKBX_ECOLI : 103- 111: imlft AmdGsempG virei FKBX_PSEFL : 56- 63: pgfea AlfGfka-G dkrtl FKBY_ECOLI : 179- 184: ipqel Ay-Ger--G agasi FKBY_ECOLI : 179- 186: ipqel Ay-GergaG asipp FKBY_HAEIN : 37- 43: kaasy Av-Gtlm-G sqmkd FKBZ_PSEAE : 46- 52: delay Av-Garl-G trlqq FKBZ_PSEAE : 201- 206: ipsaq Ay-Ghe--G agdli FKBZ_PSEAE : 201- 208: ipsaq Ay-GhegaG dlipp HBI_HUMAN : 112- 117: ckpey Ay-Gsa--G sppki HBI_HUMAN : 226- 231: lkpsy Af-Gsv--G kekfq HBI_MOUSE : 112- 117: ckpey Ay-Gaa--G sppki HBI_MOUSE : 226- 231: lkpsy Af-Gsv--G kerfq HBI_RABIT : 112- 117: ckpey Ay-Gsa--G sppki HBI_RABIT : 226- 231: lkpsy Af-Gna--G kekfq MIP_CHLTR : 212- 217: ihpdl Ay-Gta--G qlppn MIP_LEGMI : 68- 74: spaam Ak-Glqd-G msggq MIP_LEGMI : 213- 220: ipsnl Ay-GprsvG gpigp MIP_LEGPN : 135- 142: ykvin AgnGvkp-G ksdtv MIP_LEGPN : 204- 211: vpsgl Ay-GprsvG gpigp MIP_TRYCR : 145- 150: ipydl Ay-Gvt--G gggmi MIP_TRYCR : 145- 151: ipydl Ay-Gvtg-G ggmip MIP_TRYCR : 145- 152: ipydl Ay-GvtggG gmipp SLYD_ECOLI : 48- 55: sglet AleGhev-G dkfdv SLYD_ECOLI : 148- 154: teeel Ah-Ghvh-G ahdhh SLYD_HAEIN : 48- 55: iglek AleGkev-G dkfev SLYD_HAEIN : 148- 154: tleei Ah-Ghvh-G ahshd D 4: 10.5443 46( 30) G-x-[GLPV]-x(2)-G Occurences: 46(30) FKB2_BOVIN : 137- 142: hcwyt GtLqdG tvfdt FKB2_BOVIN : 169- 174: fkvgi GkVirG wdeal FKB2_HUMAN : 137- 142: hcwyt GtLqdG tvfdt FKB2_HUMAN : 169- 174: fkvgv GkVirG wdeal FKB2_YEAST : 78- 83: felgv GrVikG wdqgv FKB3_HUMAN : 57- 62: hmhyt GkLedG tefds FKB3_HUMAN : 82- 87: fslgt GqVikG wdqgl FKB3_HUMAN : 110- 115: ipsel GyGerG appki FKB3_MOUSE : 56- 61: hmhyt GkLedG tefds FKB3_MOUSE : 81- 86: fslgt GqVikG wdqgl FKB3_MOUSE : 109- 114: ipsel GyGerG appki FKB3_YEAST : 333- 338: gmryi GkLknG kvfdk FKB3_YEAST : 357- 362: fklgr GeVikG wdigv FKBA_ECOLI : 173- 178: vvnyk GtLidG kefdn FKBP_BOVIN : 28- 33: vvhyt GmLedG kkfds FKBP_CANAL : 32- 37: tihyd GkLtnG kefds FKBP_CANAL : 57- 62: ctvgv GqVikG wdisl FKBP_CORGL : 101- 106: gpegs GhPlsG rtlvf FKBP_HUMAN : 28- 33: vvhyt GmLedG kkfds FKBP_MOUSE : 28- 33: vvhyt GmLedG kkfds FKBP_NEIME : 29- 34: tvhyt GwLedG tkfds FKBP_NEIME : 54- 59: itlgv GqVikG wdegf FKBP_NEIME : 82- 87: ipsem GyGahG aggvi FKBP_NEUCR : 35- 40: dvhyk GvLtsG kkfda FKBP_NEUCR : 60- 65: ftvgq GqVikG wdegl FKBP_STRCH : 70- 75: fqlga GqVisG wdqgv FKBP_YEAST : 35- 40: tihyt GtLenG qkfds FKBP_YEAST : 60- 65: cnigv GqVikG wdvgi FKBX_ECOLI : 91- 96: efmda GePeiG aimlf FKBX_PSEFL : 47- 52: fkvgd GnLlpG feaal FKBY_ECOLI : 128- 133: rvhyt GkLidG tvfds FKBY_HAEIN : 159- 164: kvhyt GkLpnG kvfds FKBY_HAEIN : 210- 215: iapel GyGeqG agasi FKBZ_PSEAE : 153- 158: hvryr GlLadG qvfdq HBI_HUMAN : 59- 64: fvhyt GwLldG tkfds HBI_MOUSE : 59- 64: fvhyt GwLldG tkfds HBI_RABIT : 59- 64: fvhyt GwLldG tkfds MIP_CHLTR : 146- 151: vkegt GrVlsG kptal MIP_LEGMI : 162- 167: tveyt GkLidG qvfds MIP_LEGPN : 153- 158: tveyt GrLidG tvfds MIP_TRYCR : 94- 99: evhyt GrLrdG tvfds SLYD_ECOLI : 39- 44: ylhgh GsLisG letal SLYD_ECOLI : 181- 186: ghehg GeGccG gkgng SLYD_ECOLI : 187- 192: egccg GkGngG cgch SLYD_ECOLI : 189- 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