------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 18 sequences from file FIBRONECTIN_2 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 18 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 39 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename FIBRONECTIN_2.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: COG2_HUMAN 660 COG2_MOUSE 662 COG2_RAT 662 COG9_HUMAN 707 COG9_MOUSE 730 COG9_RABIT 707 FA12_HUMAN 615 FINC_BOVIN 2265 FINC_CHICK 930 FINC_HUMAN 2386 FINC_MOUSE 103 FINC_RAT 2477 HGFA_HUMAN 655 MANR_HUMAN 1456 MPRI_BOVIN 2499 MPRI_HUMAN 2491 SFP1_BOVIN 134 SFP3_BOVIN 115 Pratt run started at Thu Feb 6 19:29:19 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 12.0102 67( 18) C-T-x(2,3)-G 2: 12.0102 69( 18) C-x(0,1)-T-x(2)-G 3: 11.5102 35( 18) A-x(3,4)-P-x(4,5)-G 4: 11.5102 79( 18) C-x(0,2)-T-x(2)-G 5: 11.5102 78( 18) G-x(4,5)-C-x(3,4)-G 6: 11.5102 31( 18) D-x(1,2)-T-x(2,3)-G 7: 11.0102 25( 18) L-x(1,3)-A-x(0,1)-D 8: 11.0102 57( 18) G-x(2,3)-Y-x(3,5)-T 9: 11.0102 36( 18) D-x(1,2)-T-x(1,3)-G 10: 11.0102 38( 18) G-x(1,2)-E-x(1,3)-D 11: 11.0102 41( 18) G-x(0,2)-E-x(2,3)-D 12: 11.0102 45( 18) D-x(1,3)-T-x(2,3)-G 13: 10.5102 43( 18) P-x(2,4)-D-x(3,5)-G 14: 10.5102 57( 18) E-x(1,3)-S-x(1,3)-T 15: 10.5102 59( 18) A-x(2,4)-P-x(3,5)-G 16: 10.5102 41( 18) G-x(0,2)-A-x(0,2)-E 17: 10.5102 36( 18) D-x(0,2)-D-x(2,4)-Y 18: 10.5102 39( 18) D-x(0,2)-P-x(0,2)-A 19: 8.3401 110( 18) D-x-D 20: 8.3401 87( 18) D-x(3)-S Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 12.6954 25( 18) A-x(2,4)-P-x(3,5)-G-x(3)-[DEHR] B 2: 12.0102 67( 18) C-T-x(2,3)-G C 3: 12.0102 69( 18) C-x(0,1)-T-x(2)-G D 4: 11.5102 35( 18) A-x(3,4)-P-x(4,5)-G E 5: 11.5102 79( 18) C-x(0,2)-T-x(2)-G F 6: 11.5102 78( 18) G-x(4,5)-C-x(3,4)-G G 7: 11.5102 31( 18) D-x(1,2)-T-x(2,3)-G H 8: 11.0102 25( 18) L-x(1,3)-A-x(0,1)-D I 9: 11.0102 57( 18) G-x(2,3)-Y-x(3,5)-T J 10: 11.0102 36( 18) D-x(1,2)-T-x(1,3)-G K 11: 11.0102 38( 18) G-x(1,2)-E-x(1,3)-D L 12: 11.0102 41( 18) G-x(0,2)-E-x(2,3)-D M 13: 11.0102 45( 18) D-x(1,3)-T-x(2,3)-G N 14: 10.5102 43( 18) P-x(2,4)-D-x(3,5)-G O 15: 10.5102 57( 18) E-x(1,3)-S-x(1,3)-T P 16: 10.5102 41( 18) G-x(0,2)-A-x(0,2)-E Q 17: 10.5102 36( 18) D-x(0,2)-D-x(2,4)-Y R 18: 10.5102 39( 18) D-x(0,2)-P-x(0,2)-A S 19: 8.3401 110( 18) D-x-D T 20: 8.3401 87( 18) D-x(3)-S Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 12.6954 25( 18) A-x(2,4)-P-x(3,5)-G-x(3)-[DEHR] Occurences: 25(18) COG2_HUMAN : 192- 206: kdgll AhafaPgtgv-GgdsH fddde COG2_HUMAN : 194- 206: gllah Afa--Pgtgv-GgdsH fddde COG2_HUMAN : 347- 361: gnseg ApcvfPftfl-GnkyE sctsa COG2_MOUSE : 192- 206: kdgll AhafaPgtgv-GgdsH fddde COG2_MOUSE : 194- 206: gllah Afa--Pgtgv-GgdsH fddde COG2_MOUSE : 347- 361: gnseg ApcvfPftfl-GnkyE sctsa COG2_RAT : 192- 206: kdgll AhafaPgtgv-GgdsH fddde COG2_RAT : 194- 206: gllah Afa--Pgtgv-GgdsH fddde COG2_RAT : 347- 361: gnseg ApcvfPftfl-GnkyE sctsa COG9_HUMAN : 189- 201: kdgll Ahaf-Ppgp--GiqgD ahfdd COG9_MOUSE : 189- 201: kdgll Ahaf-Ppga--GvqgD ahfdd COG9_RABIT : 189- 201: kdgll Ahaf-Ppgp--GiqgD ahfdd FA12_HUMAN : 177- 191: rlasq AcrtnPclhg-GrclE veghr FINC_BOVIN : 1619- 1634: ptslt AqwtaPnvqltGyrvR vtpke FINC_CHICK : 565- 580: tnsll AswqpPrakitGyiiR ydkpg FINC_HUMAN : 1740- 1755: ptsls AqwtpPnvqltGyrvR vtpke FINC_MOUSE : 54- 65: crrpg Aae--Pspd--GttgH nynqy FINC_RAT : 1830- 1845: pttlt AqwtaPsvkltGyrvR vtpke FINC_RAT : 2428- 2439: crrpg Aae--Pspd--GttgH tynqy HGFA_HUMAN : 244- 257: gtrht AclssPcln--GgtcH livat MANR_HUMAN : 1220- 1232: sdeip Atep-Pqlp--GrcpE sdhta MANR_HUMAN : 1220- 1232: sdeip Ate--Ppqlp-GrcpE sdhta MPRI_BOVIN : 2285- 2296: swhts Avc--Plga--GfdeE iagdd MPRI_HUMAN : 2276- 2287: swyts Avc--Plgv--GfdsE npgdd SFP1_BOVIN : 92- 106: aqrdy AkcvfPfiyg-GkkyE tctki SFP3_BOVIN : 72- 86: tkndy AkcvfPfiye-GksyD tciki B 2: 12.0102 67( 18) C-T-x(2,3)-G Occurences: 67(18) COG2_HUMAN : 247- 251: keyns CTdt-G rsdgf COG2_HUMAN : 305- 309: tsyds CTte-G rtdgy COG2_HUMAN : 363- 367: nkyes CTsa-G rsdgk COG2_MOUSE : 247- 251: reyss CTdt-G rsdgf COG2_MOUSE : 305- 309: tsyns CTte-G rtdgy COG2_MOUSE : 363- 367: nkyes CTsa-G rndgk COG2_RAT : 247- 251: reyss CTdt-G rsdgf COG2_RAT : 305- 309: tsyns CTte-G rtdgy COG2_RAT : 363- 367: nkyes CTsa-G rndgk COG9_HUMAN : 244- 248: rsysa CTtd-G rsdgl COG9_HUMAN : 302- 306: qsysa CTtd-G rsdgy COG9_HUMAN : 361- 365: keyst CTse-G rgdgr COG9_MOUSE : 244- 248: rsysa CTtd-G rndgt COG9_MOUSE : 302- 306: rsysa CTtk-G rsdgy COG9_MOUSE : 361- 365: kqyss CTsd-G rrdgr COG9_RABIT : 244- 248: rsyta CTtd-G rsdgm COG9_RABIT : 302- 306: rtysa CTtd-G rsdgh COG9_RABIT : 361- 365: keyss CTse-G rrdgr FA12_HUMAN : 61- 65: qlyhk CThk-G rpgpq FINC_BOVIN : 45- 49: gsalv CTcy-G gsrgf FINC_BOVIN : 45- 50: gsalv CTcygG srgfn FINC_BOVIN : 92- 96: smiwd CTci-G agrgr FINC_BOVIN : 182- 186: wmmvd CTcl-G egsgr FINC_BOVIN : 229- 233: llqci CTgn-G rgewk FINC_BOVIN : 302- 306: nkqml CTcl-G ngvsc FINC_BOVIN : 343- 347: ktfys CTte-G rqdgh FINC_BOVIN : 403- 407: hnytd CTse-G rrdnm FINC_BOVIN : 439- 444: aheei CTtneG vmyri FINC_BOVIN : 465- 469: ghmmr CTcv-G ngrge FINC_BOVIN : 512- 516: ghmln CTcf-G qgrgr FINC_BOVIN : 2155- 2159: gqmms CTcl-G ngkge FINC_BOVIN : 2198- 2202: gaics CTcf-G gqrgw FINC_BOVIN : 2198- 2203: gaics CTcfgG qrgwr FINC_CHICK : 920- 924: gqmid CTcl-G ngkge FINC_HUMAN : 76- 80: gnvlv CTcy-G gsrgf FINC_HUMAN : 76- 81: gnvlv CTcygG srgfn FINC_HUMAN : 123- 127: smiwd CTci-G agrgr FINC_HUMAN : 213- 217: wmmvd CTcl-G egsgr FINC_HUMAN : 260- 264: llqci CTgn-G rgewk FINC_HUMAN : 333- 337: nkqml CTcl-G ngvsc FINC_HUMAN : 374- 378: rtfys CTte-G rqdgh FINC_HUMAN : 434- 438: hnytd CTse-G rrdnm FINC_HUMAN : 470- 475: aheei CTtneG vmyri FINC_HUMAN : 496- 500: ghmmr CTcv-G ngrge FINC_HUMAN : 543- 547: ghmln CTcf-G qgrgr FINC_HUMAN : 2276- 2280: gqmms CTcl-G ngkge FINC_HUMAN : 2319- 2323: gaics CTcf-G gqrgw FINC_HUMAN : 2319- 2324: gaics CTcfgG qrgwr FINC_MOUSE : 35- 39: gaics CTcf-G gqrgw FINC_MOUSE : 35- 40: gaics CTcfgG qrgwr FINC_RAT : 24- 28: gtsvr CTet-G kskrq FINC_RAT : 77- 81: gnalv CTcy-G gsrgf FINC_RAT : 77- 82: gnalv CTcygG srgfn FINC_RAT : 124- 128: smiwd CTci-G agrgr FINC_RAT : 214- 218: wmmvd CTcl-G egngr FINC_RAT : 261- 265: llqcv CTgn-G rgewk FINC_RAT : 333- 337: dkqml CTcl-G ngvsc FINC_RAT : 374- 378: rtfys CTte-G rqdgh FINC_RAT : 434- 438: rnysd CTse-G rrdnm FINC_RAT : 470- 475: aheei CTtneG vmyri FINC_RAT : 496- 500: ghmmr CTcv-G ngrgq FINC_RAT : 543- 547: ghmln CTcf-G qgrgr FINC_RAT : 2366- 2370: gqrms CTcl-G ngkge FINC_RAT : 2409- 2413: gaics CTcf-G gqrgw FINC_RAT : 2409- 2414: gaics CTcfgG qrgwr HGFA_HUMAN : 122- 126: rmlha CTse-G sahrk MANR_HUMAN : 182- 186: kwyad CTsa-G rsdgw MPRI_BOVIN : 1848- 1853: ysvgv CTaaaG ldegg MPRI_HUMAN : 875- 880: vngsa CTtsdG rqtty MPRI_HUMAN : 1839- 1844: ysvgv CTfavG peqgg MPRI_HUMAN : 2096- 2101: vielt CTktvG rpafk SFP1_BOVIN : 63- 67: rkhfd CTvh-G slfpw SFP1_BOVIN : 108- 112: kkyet CTki-G smwms SFP3_BOVIN : 43- 47: kkyfd CTlh-G slflw C 3: 12.0102 69( 18) C-x(0,1)-T-x(2)-G Occurences: 69(18) COG2_HUMAN : 247- 251: keyns C-TdtG rsdgf COG2_HUMAN : 305- 309: tsyds C-TteG rtdgy COG2_HUMAN : 363- 367: nkyes C-TsaG rsdgk COG2_MOUSE : 247- 251: reyss C-TdtG rsdgf COG2_MOUSE : 305- 309: tsyns C-TteG rtdgy COG2_MOUSE : 363- 367: nkyes C-TsaG rndgk COG2_RAT : 247- 251: reyss C-TdtG rsdgf COG2_RAT : 305- 309: tsyns C-TteG rtdgy COG2_RAT : 363- 367: nkyes C-TsaG rndgk COG9_HUMAN : 244- 248: rsysa C-TtdG rsdgl COG9_HUMAN : 302- 306: qsysa C-TtdG rsdgy COG9_HUMAN : 361- 365: keyst C-TseG rgdgr COG9_MOUSE : 244- 248: rsysa C-TtdG rndgt COG9_MOUSE : 302- 306: rsysa C-TtkG rsdgy COG9_MOUSE : 361- 365: kqyss C-TsdG rrdgr COG9_RABIT : 244- 248: rsyta C-TtdG rsdgm COG9_RABIT : 302- 306: rtysa C-TtdG rsdgh COG9_RABIT : 361- 365: keyss C-TseG rrdgr FA12_HUMAN : 61- 65: qlyhk C-ThkG rpgpq FINC_BOVIN : 45- 49: gsalv C-TcyG gsrgf FINC_BOVIN : 92- 96: smiwd C-TciG agrgr FINC_BOVIN : 182- 186: wmmvd C-TclG egsgr FINC_BOVIN : 229- 233: llqci C-TgnG rgewk FINC_BOVIN : 277- 282: ppygh CvTdsG vvysv FINC_BOVIN : 302- 306: nkqml C-TclG ngvsc FINC_BOVIN : 343- 347: ktfys C-TteG rqdgh FINC_BOVIN : 403- 407: hnytd C-TseG rrdnm FINC_BOVIN : 439- 444: aheei CtTneG vmyri FINC_BOVIN : 465- 469: ghmmr C-TcvG ngrge FINC_BOVIN : 512- 516: ghmln C-TcfG qgrgr FINC_BOVIN : 2155- 2159: gqmms C-TclG ngkge FINC_BOVIN : 2198- 2202: gaics C-TcfG gqrgw FINC_CHICK : 920- 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