------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 28 sequences from file EUK_CO2_ANHYDRASE PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 28 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename EUK_CO2_ANHYDRASE.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: CAH1_CHLRE 377 CAH1_HORSE 260 CAH1_HUMAN 260 CAH1_MACMU 260 CAH1_MACNE 260 CAH1_MOUSE 260 CAH1_RABIT 235 CAH2_BOVIN 259 CAH2_CHICK 259 CAH2_CHLRE 380 CAH2_HUMAN 259 CAH2_MOUSE 259 CAH2_RABIT 259 CAH2_RAT 259 CAH2_SHEEP 259 CAH3_HORSE 259 CAH3_HUMAN 259 CAH3_MOUSE 259 CAH3_RAT 259 CAH4_HUMAN 312 CAH5_HUMAN 305 CAH5_MOUSE 299 CAH5_RAT 304 CAH6_HUMAN 308 CAH6_SHEEP 307 CAH7_HUMAN 264 CAHP_HUMAN 290 CAHP_MOUSE 303 Pratt run started at Thu Feb 6 19:27:32 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 29.1904 28( 28) Y-x-G-S-x-T-x-P-x(3)-E-x(3)-W 2: 25.0203 28( 28) G-S-x-T-x-P-x(3)-E-x(3)-W 3: 23.5203 30( 28) Y-x(2,3)-S-x(1,3)-T-x-P-x(3)-E-x(3)-W 4: 23.0203 28( 28) Y-x(0,2)-S-x(1,3)-T-x-P-x(3)-E-x(3)-W 5: 20.8503 28( 28) S-x-T-x-P-x(3)-E-x(3)-W 6: 19.8503 32( 28) S-x(1,3)-T-x-P-x(3)-E-x(3)-W 7: 16.6802 28( 28) T-x-P-x(3)-E-x(3)-W 8: 16.1802 32( 28) N-x(1,2)-R-x(2)-Q-x(4)-R 9: 15.6802 37( 28) N-x(0,2)-R-x(2)-Q-x(4)-R 10: 15.6802 32( 28) Y-x(0,1)-G-S-x(1,2)-T 11: 15.6802 28( 28) Q-S-P-x(0,2)-I 12: 12.5102 28( 28) R-x(2)-Q-x(4)-R 13: 12.5102 28( 28) P-x(3)-E-x(3)-W 14: 12.5102 28( 28) E-x-H-x(2)-H 15: 12.5102 28( 28) S-E-H 16: 12.5102 46( 28) G-S-x(2)-T 17: 12.0102 55( 28) P-x(2,3)-E-x(3)-W 18: 12.0102 50( 28) E-x(0,1)-H-x-V 19: 12.0102 33( 28) G-x(1,2)-T-x(5)-E 20: 12.0102 36( 28) N-x(1,2)-R-x(2)-Q Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 41.6868 28( 28) S-E-H-x-[LV]-[ADN]-x(3)-[FHY]-x(2)-E-[ILM]-H-[ILV]-[AIV]-H B 2: 40.9559 28( 28) Y-x-G-S-[FL]-T-x-P-[PT]-x(2)-E-x-[ILV]-x-W-x-[ILV] C 3: 36.7858 28( 28) G-S-[FL]-T-x-P-[PT]-x(2)-E-x-[ILV]-x-W-x-[ILV] D 4: 34.0140 28( 28) Y-x(0,1)-G-S-x-T-x-P-x(3)-E-x-[ILV]-x-W-x-[ILV] E 5: 33.5178 28( 28) G-S-x-T-x-P-[PT]-x(2)-E-x-[ILV]-x-W-x-[ILV] F 6: 32.6158 28( 28) S-[FL]-T-x-P-[PT]-x(2)-E-x-[ILV]-x-W-x-[ILV] G 7: 32.0178 30( 28) Y-x(2,3)-S-x(1,3)-T-x-P-[PT]-x(2)-E-x-[ILV]-x-W-x-[ILV] H 8: 31.5178 28( 28) Y-x(0,2)-S-x(1,3)-T-x-P-[PT]-x(2)-E-x-[ILV]-x-W-x-[ILV] I 9: 28.8477 28( 28) G-x(1,2)-T-x-P-[PT]-x(2)-E-x-[ILV]-x-W-x-[ILV] J 10: 28.3477 32( 28) S-x(1,3)-T-x-P-[PT]-x(2)-E-x-[ILV]-x-W-x-[ILV] K 11: 25.1777 28( 28) T-x-P-[PT]-x(2)-E-x-[ILV]-x-W-x-[ILV] L 12: 21.0812 32( 28) N-x(1,2)-R-x(2)-Q-x-[AILV]-x(2)-R-x-[ILV] M 13: 21.0076 28( 28) P-[PT]-x(2)-E-x-[ILV]-x-W-x-[ILV] N 14: 20.7263 28( 28) E-[ILM]-H-[ILV]-[AIV]-H O 15: 20.5812 37( 28) N-x(0,2)-R-x(2)-Q-x-[AILV]-x(2)-R-x-[ILV] P 16: 17.8738 42( 28) G-S-x(2)-T-[PV]-[DNPT] Q 17: 17.4112 28( 28) R-x(2)-Q-x-[AILV]-x(2)-R-x-[ILV] R 18: 17.3338 55( 28) P-x(2,3)-E-x-[ILV]-x-W-x-[ILV] S 19: 15.6802 28( 28) Q-S-P-x(0,2)-I T 20: 12.5102 28( 28) S-E-H Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 41.6868 28( 28) S-E-H-x-[LV]-[ADN]-x(3)-[FHY]-x(2)-E-[ILM]-H-[ILV]-[AIV]-H Occurences: 28(28) CAH1_CHLRE : 168- 185: hfhst SEHlLAgkiYplELHIVH qvtek CAH1_HORSE : 105- 122: tddyg SEHtVDgvkYsaELHLVH wnssk CAH1_HUMAN : 105- 122: tnehg SEHtVDgvkYsaELHVAH wnsak CAH1_MACMU : 105- 122: sneyg SEHtVDgvkYssELHIVH wnsak CAH1_MACNE : 105- 122: sneyg SEHtVDgvkYssELHIVH wnsak CAH1_MOUSE : 105- 122: sndhg SEHtVDgtrYsgELHLVH wnsak CAH1_RABIT : 80- 97: tddyg SEHtVDgakFsaELHLVH wnsgk CAH2_BOVIN : 104- 121: sbbqg SEHtVDrkkYaaELHLVH wntky CAH2_CHICK : 104- 121: cegqg SEHtVDgvkYdaELHIVH wnvky CAH2_CHLRE : 168- 185: hfhst SEHlLAgkiFplELHIVH kvtdk CAH2_HUMAN : 104- 121: ldgqg SEHtVDkkkYaaELHLVH wntky CAH2_MOUSE : 104- 121: sdgqg SEHtVNkkkYaaELHLVH wntky CAH2_RABIT : 104- 121: sdgqg SEHtVNkkkYaaELHLVH wntky CAH2_RAT : 104- 121: sdgqg SEHtVNkkkYaaELHLVH wntky CAH2_SHEEP : 104- 121: sddqg SEHtVDrkkYaaELHLVH wntky CAH3_HORSE : 104- 121: sddhg SEHtVDgvkYaaELHLVH wnpky CAH3_HUMAN : 104- 121: sddhg SEHtVDgvkYaaELHLVH wnpky CAH3_MOUSE : 104- 121: sddhg SEHtVDgvkYaaELHLVH wnpry CAH3_RAT : 104- 121: sddhg SEHtVDgvkYaaELHLVH wnpky CAH4_HUMAN : 126- 143: lpykg SEHsLDgehFamEMHIVH ekekg CAH5_HUMAN : 141- 158: vnegg SEHtVDghaYpaELHLVH wnsvk CAH5_MOUSE : 135- 152: tdewg SEHaVDghtYpaELHLVH wnstk CAH5_RAT : 140- 157: tdewg 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272: yvtye GSLTtPPcsEgLlWhV mtqpq CAH1_HORSE : 196- 211: ywtys GSLThPPlyEsVtWiV ckeni CAH1_HUMAN : 196- 211: fwtyp GSLThPPlyEsVtWiI ckesi CAH1_MACMU : 196- 211: fwtys GSLThPPlyEsVtWiI ckesi CAH1_MACNE : 196- 211: fwtys GSLThPPlyEsVtWiI ckesi CAH1_MOUSE : 196- 211: ywtyf GSLThPPlhEsVtWvI ckdsi CAH1_RABIT : 171- 186: ywtys GSLThPPlhEsVtWlI ckdsi CAH2_BOVIN : 194- 209: ywtyp GSLTtPPllEsVtWiV lkepi CAH2_CHICK : 194- 209: ywtyp GSLTtPPlhEcViWhV lkepi CAH2_CHLRE : 257- 272: yvtye GSLTtPPcsEgLlWhV mtqpq CAH2_HUMAN : 194- 209: ywtyp GSLTtPPllEcVtWiV lkepi CAH2_MOUSE : 194- 209: ywtyp GSLTtPPllEcVtWiV lrepi CAH2_RABIT : 194- 209: ywtyp GSLTtPPllEcVtWiV lkepi CAH2_RAT : 194- 209: ywtyp GSLTtPPllEcVtWiV lkepi CAH2_SHEEP : 194- 209: ywtyp GSLTnPPllEsVtWvV lkept CAH3_HORSE : 194- 209: ywtyr GSFTtPPceEcIvWlL lkepi CAH3_HUMAN : 194- 209: ywtyq GSFTtPPceEcIvWlL lkepm CAH3_MOUSE : 194- 209: ywtyh GSFTtPPceEcIvWlL lkepm CAH3_RAT : 194- 209: ywtyh GSFTtPPceEcIvWlL lkepm CAH4_HUMAN : 222- 237: yfryl 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