------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 22 sequences from file EPSP_SYNTHASE_2 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 22 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename EPSP_SYNTHASE_2.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: ARO1_EMENI 1603 ARO1_TOBAC 518 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A-x(4)-A-x(0,1)-L-x(2,3)-G M 13: 15.1802 49( 22) A-x(1,3)-L-x(0,1)-A-x(2)-A N 14: 15.1802 35( 22) A-x(1,2)-A-x(4)-A-x(1,3)-A O 15: 15.1802 33( 22) L-x(0,1)-A-x-G-x(0,2)-T P 16: 15.1802 55( 22) D-x(2,4)-M-x(2)-A-x(3,4)-L Q 17: 15.1802 45( 22) L-x(3)-A-x(1,3)-G-x(1,2)-T R 18: 14.6802 60( 22) A-x(1,3)-L-A-x(0,2)-A S 19: 14.6802 36( 22) D-x(4)-M-x(0,2)-A-x(2,4)-L T 20: 14.6802 48( 22) S-x(2,4)-S-x(2)-L-x(0,2)-A Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 21.4521 30( 22) G-x(2,4)-S-x(0,2)-A-x(3)-[ALV]-A-[AGIL]-x(4)-[CGNST] Occurences: 30(22) ARO1_EMENI : 413- 432: icapp GsksiSnrAlvlAALgsgtC riknl ARO1_TOBAC : 325- 341: kayve Gdas-S--AsyfLAGaavtG gtvtv ARO1_TOBAC : 325- 341: kayve Gda--Ss-AsyfLAGaavtG gtvtv ARO1_YEAST : 423- 442: vvipp GsksiSnrAlilAALgegqC kiknl ARO2_TOBAC : 145- 161: kayve Gdas-S--AsyfLAGaavtG gtvtv ARO2_TOBAC : 145- 161: kayve Gda--Ss-AsyfLAGaavtG gtvtv AROA_AERSA : 19- 38: evnlp GsksvSnrAlllAALargtT rltnl AROA_AERSA : 242- 258: dflve 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