------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 23 sequences from file EPSP_SYNTHASE_1 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 23 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename EPSP_SYNTHASE_1.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: ARO1_EMENI 1603 ARO1_TOBAC 518 ARO1_YEAST 1588 ARO2_TOBAC 338 AROA_AERSA 426 AROA_ARATH 520 AROA_BACSU 428 AROA_BORPE 442 AROA_BRANA 516 AROA_ECOLI 427 AROA_HAEIN 432 AROA_KLEPN 427 AROA_LACLA 430 AROA_LYCES 520 AROA_MYCTU 450 AROA_PASMU 441 AROA_PETHY 516 AROA_PSEPM 409 AROA_SALGL 427 AROA_SALTI 427 AROA_SALTY 427 AROA_STAAU 430 AROA_YEREN 427 Pratt run started at Thu Feb 6 19:26:23 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 15.1802 50( 23) A-x(1,3)-L-x(0,1)-A-x(2)-A 2: 15.1802 36( 23) A-x(1,2)-A-x(4)-A-x(1,3)-A 3: 15.1802 34( 23) L-x(0,1)-A-x-G-x(0,2)-T 4: 15.1802 50( 23) A-x(1,3)-L-A-x(2,3)-A 5: 15.1802 57( 23) D-x(2,4)-M-x(2)-A-x(3,4)-L 6: 15.1802 48( 23) L-x(3)-A-x(1,3)-G-x(1,2)-T 7: 15.1802 54( 23) A-x(1,3)-L-A-x(1,2)-A 8: 15.1802 35( 23) A-L-x(0,1)-L-x(1,3)-A 9: 15.1802 43( 23) G-x(1,3)-S-x(5)-L-x(0,1)-L 10: 14.6802 61( 23) A-x(1,3)-L-A-x(0,2)-A 11: 14.6802 38( 23) D-x(4)-M-x(0,2)-A-x(2,4)-L 12: 14.6802 52( 23) S-x(2,4)-S-x(2)-L-x(0,2)-A 13: 14.6802 35( 23) G-x(2,4)-S-x(0,2)-A-x(4)-A 14: 14.6802 56( 23) S-x(2,4)-L-x-A-x(0,2)-L 15: 12.5102 66( 23) L-x-A-x(4)-G 16: 12.5102 45( 23) L-A-x(2)-A 17: 12.5102 41( 23) V-x-G-x(3)-S 18: 12.5102 28( 23) P-G-x-K 19: 12.5102 24( 23) G-x-K-x(4)-R 20: 12.5102 36( 23) D-x-L-x(3)-G Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 49.7286 24( 23) G-[DST]-K-[CST]-x-[PST]-x-R-x-[ILV]-x(2)-[AGS]-[AGS]-[IL]-[AGPS]-x-[AG]-x-[CGSTV]-x-[GILV]-x(3)-[IL]-x-[GS]-[ADEQ] B 2: 41.1339 23( 23) P-G-[DGS]-K-[STV]-x(4)-[ASV]-[ILV]-x(2)-[AGQS]-x-[IL]-[AGPT]-x-[AGL]-x(3)-[AGILV]-x(3)-[IL]-x-[DGS] C 3: 21.4521 31( 23) G-x(2,4)-S-x(0,2)-A-x(3)-[ALV]-A-[AGIL]-x(4)-[CGNST] D 4: 20.0573 41( 23) G-x(1,3)-S-x(5)-L-x(0,1)-L-x(2)-[AIL]-[AGLP] E 5: 17.8699 29( 23) D-[DH]-x(3)-M-x(0,2)-A-x(2,4)-L F 6: 17.8503 38( 23) A-x(1,3)-L-A-x(0,2)-A-x-[AG] G 7: 17.0596 46( 23) A-x(1,3)-L-A-x(1,2)-A-x(3)-[DGSTV] H 8: 16.9155 33( 23) S-x(2,4)-S-[AGQS]-x-L-x(0,2)-A I 9: 16.0661 34( 23) V-x-G-x-[AGILPV]-x-S-[ADQST] J 10: 15.3873 24( 23) D-x-L-x(2)-[FLM]-G K 11: 15.1802 50( 23) A-x(1,3)-L-x(0,1)-A-x(2)-A L 12: 15.1802 36( 23) A-x(1,2)-A-x(4)-A-x(1,3)-A M 13: 15.1802 34( 23) L-x(0,1)-A-x-G-x(0,2)-T N 14: 15.1802 50( 23) A-x(1,3)-L-A-x(2,3)-A O 15: 15.1802 57( 23) D-x(2,4)-M-x(2)-A-x(3,4)-L P 16: 15.1802 48( 23) L-x(3)-A-x(1,3)-G-x(1,2)-T Q 17: 15.1802 35( 23) A-L-x(0,1)-L-x(1,3)-A R 18: 14.6802 56( 23) S-x(2,4)-L-x-A-x(0,2)-L S 19: 12.5102 66( 23) L-x-A-x(4)-G T 20: 12.5102 45( 23) L-A-x(2)-A Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 49.7286 24( 23) G-[DST]-K-[CST]-x-[PST]-x-R-x-[ILV]-x(2)-[AGS]-[AGS]-[IL]-[AGPS]-x-[AG]-x-[CGSTV]-x-[GILV]-x(3)-[IL]-x-[GS]-[ADEQ] Occurences: 24(23) ARO1_EMENI : 413- 441: icapp GSKSiSnRaLvlAALGsGtCrIknlLhSD dtevm ARO1_TOBAC : 95- 123: tvklp GSKSlSnRiLllAALSkGrTvVdnlLsSD dihym ARO1_YEAST : 423- 451: vvipp GSKSiSnRaLilAALGeGqCkIknlLhSD dtkhm ARO2_TOBAC : 46- 74: vdcfl GTKCpPvRiVskGGLPgGkVkLsgsIsSQ yltal AROA_AERSA : 19- 47: evnlp GSKSvSnRaLllAALArGtTrLtnlLdSD dirhm AROA_ARATH : 97- 125: liklp GSKSlSnRiLllAALSeGtTvVdnlLnSD dinym AROA_BACSU : 17- 45: eihip GDKSiShRsVmfGALAaGtTtVknfLpGA dclst AROA_BORPE : 23- 51: evalp GSKSiSnRvLllAALAeGsTeItglLdSD dtrvm AROA_BRANA : 93- 121: liklp GSKSlSnRiLllAALSeGtTvVdnlLnSD dinym AROA_ECOLI : 20- 48: tinlp GSKTvSnRaLllAALAhGkTvLtnlLdSD dvrhm AROA_HAEIN : 20- 48: tinlp GSKSlSnRaLllAALAkGtTkVtnlLdSD dirhm AROA_KLEPN : 20- 48: tvnlp GSKSvSnRaLllAALArGtTvLtnlLdSD dvrhm AROA_LACLA : 18- 46: rlkvp GDKSiShRsImfGSIAkGkTiIhdiLrGE dvlst AROA_LYCES : 97- 125: tvklp GSKSlSnRiLllAALSeGrTvVdnlLsSD dihym AROA_MYCTU : 21- 49: tvtvp GSKSqTnRaLvlAALAaAqGrGastIsGA lrsrd AROA_PASMU : 24- 52: evrlp GSKSlSnRaLllSALAkGkTtLtnlLdSD dvrhm AROA_PETHY : 93- 121: tvklp GSKSlSnRiLllAALSeGtTvVdnlLsSD dihym AROA_PETHY : 224- 252: vdcfl GTKCpPvRiVskGGLPgGkVkLsgsIsSQ yltal AROA_PSEPM : 24- 52: hlrlp GDKSiSnRsLllGALAeGvTeVtglLdSD daram AROA_SALGL : 20- 48: ainlp GSKSvSnRaLllAALAcGkTvLtnlLdSD dvrhm AROA_SALTI : 20- 48: ainlp GSKSvSnRaLllAALAcGkTvLtnlLdSD dvrhm 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kvtnl AROA_HAEIN : 245- 261: kylve Gdas-S--AsyfLAAgaikG kvkvt AROA_HAEIN : 245- 261: kylve Gda--Ss-AsyfLAAgaikG kvkvt AROA_KLEPN : 20- 39: tvnlp GsksvSnrAlllAALargtT vltnl AROA_KLEPN : 241- 257: dylve Gdas-S--AsyfLAAgaikG gtvkv AROA_KLEPN : 241- 257: dylve Gda--Ss-AsyfLAAgaikG gtvkv AROA_LACLA : 231- 248: evtvp Gdis-Sa-AfwlVAGlvveN sglil AROA_LACLA : 231- 248: evtvp Gdi--SsaAfwlVAGlvveN sglil AROA_LYCES : 327- 343: kafve Gdas-S--AsyfLAGaavtG gtvtv AROA_LYCES : 327- 343: kafve Gda--Ss-AsyfLAGaavtG gtvtv AROA_MYCTU : 151- 167: pfrvr Gng--Sl-AggtVAIdasaS sqfvs AROA_PASMU : 252- 268: rflve Gdas-S--AsyfLAAaaikG kvkvt AROA_PASMU : 252- 268: rflve Gda--Ss-AsyfLAAaaikG kvkvt AROA_PETHY : 323- 339: kafve Gdas-S--AsyfLAGaavtG gtitv AROA_PETHY : 323- 339: kafve Gda--Ss-AsyfLAGaavtG gtitv AROA_PSEPM : 230- 246: vlrle Gdat-S--AsyfLAAagikG vpvtg AROA_SALGL : 20- 39: ainlp GsksvSnrAlllAALacgkT vltnl AROA_SALGL : 241- 257: rylve Gdas-S--AsyfLAAgaikG gtvkv AROA_SALGL : 241- 257: rylve Gda--Ss-AsyfLAAgaikG gtvkv AROA_SALTI : 20- 39: ainlp GsksvSnrAlllAALacgkT vltnl AROA_SALTI : 241- 257: rylve Gdas-S--AsyfLAAggikG gtvkv AROA_SALTI : 241- 257: rylve Gda--Ss-AsyfLAAggikG gtvkv AROA_SALTY : 20- 39: ainlp GsksvSnrAlllAALpcgkT altnl AROA_SALTY : 241- 257: rylve Gdas-S--AsyfLAAgaikG gtvkv AROA_SALTY : 241- 257: rylve Gda--Ss-AsyfLAAgaikG gtvkv AROA_STAAU : 233- 250: dfhvp Gdis-Sa-AffiVAAlitpG sdvti AROA_STAAU : 233- 250: dfhvp Gdi--SsaAffiVAAlitpG sdvti AROA_YEREN : 21- 40: tvnlp GsksvSnrAlllAALaegtT qlnnl AROA_YEREN : 241- 257: iylve Gdas-S--AsyfLAAaaikG gtvrv AROA_YEREN : 241- 257: iylve Gda--Ss-AsyfLAAaaikG gtvrv D 4: 20.0573 41( 23) G-x(1,3)-S-x(5)-L-x(0,1)-L-x(2)-[AIL]-[AGLP] Occurences: 41(23) ARO1_EMENI : 413- 428: icapp Gsk-SisnraLvLaaLG sgtcr ARO1_TOBAC : 95- 109: tvklp Gsk-SlsnriL-LlaAL skgrt ARO1_TOBAC : 160- 175: gqfpv Gkk-SeeeiqLfLgnAG tamrp ARO1_TOBAC : 249- 264: kvkls GsisSqyltaL-LmaAP lalgd ARO1_YEAST : 423- 438: vvipp Gsk-SisnraLiLaaLG egqck ARO1_YEAST : 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