------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 20 sequences from file ENOYL_COA_HYDRATASE PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 20 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename ENOYL_COA_HYDRATASE.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: CAID_ECOLI 297 D3D2_HUMAN 302 D3D2_MOUSE 289 D3D2_RAT 289 ECHA_HUMAN 763 ECHH_RHOCA 257 ECHM_CAEEL 288 ECHM_HUMAN 290 ECHM_RAT 290 ECHP_HUMAN 722 ECHP_RAT 721 ECH_CLODI 155 FADB_ECOLI 729 FAOB_PSEFR 715 MENB_BACSU 261 MENB_ECOLI 285 MENB_HAEIN 285 PKSH_BACSU 259 PKSI_BACSU 249 YKRS_YEAST 265 Pratt run started at Thu Feb 6 19:26:07 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 11.5102 39( 20) L-x(2,3)-L-x(2,3)-A 2: 11.5102 48( 20) G-x(3,4)-G-x(0,1)-G 3: 11.5102 43( 20) G-x(3,5)-G-G 4: 11.0102 53( 20) A-x(2,3)-L-x(0,2)-G 5: 11.0102 35( 20) L-x(0,2)-R-x(4,5)-A 6: 11.0102 49( 20) A-x(3,4)-L-x(0,2)-A 7: 11.0102 64( 20) A-x(3,4)-G-x(0,2)-L 8: 11.0102 45( 20) L-x(3,5)-A-x(3,4)-L 9: 11.0102 57( 20) A-x(0,2)-G-x(4,5)-A 10: 11.0102 36( 20) V-x(1,3)-A-x(1,2)-V 11: 11.0102 49( 20) V-x(3,4)-V-x(1,3)-A 12: 10.5102 55( 20) L-x(3,5)-V-x(2,4)-A 13: 10.5102 53( 20) G-x(2,4)-G-x(1,3)-L 14: 10.5102 48( 20) A-x(1,3)-D-x(3,5)-A 15: 10.5102 68( 20) A-x(0,2)-L-x(0,2)-G 16: 10.5102 47( 20) A-x(0,2)-G-x(0,2)-G 17: 10.5102 87( 20) A-x(2,4)-G-x(0,2)-L 18: 8.3401 80( 20) G-L 19: 8.3401 92( 20) L-x(2)-L 20: 8.3401 33( 20) I-x(2)-E Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 13.6910 26( 20) G-x(3,5)-G-G-x(3)-[AGLV] B 2: 11.5102 39( 20) L-x(2,3)-L-x(2,3)-A C 3: 11.5102 48( 20) G-x(3,4)-G-x(0,1)-G D 4: 11.0102 53( 20) A-x(2,3)-L-x(0,2)-G E 5: 11.0102 35( 20) L-x(0,2)-R-x(4,5)-A F 6: 11.0102 49( 20) A-x(3,4)-L-x(0,2)-A G 7: 11.0102 64( 20) A-x(3,4)-G-x(0,2)-L H 8: 11.0102 45( 20) L-x(3,5)-A-x(3,4)-L I 9: 11.0102 57( 20) A-x(0,2)-G-x(4,5)-A J 10: 11.0102 36( 20) V-x(1,3)-A-x(1,2)-V K 11: 11.0102 49( 20) V-x(3,4)-V-x(1,3)-A L 12: 10.5235 36( 20) L-x-[AGSV]-L M 13: 10.5102 55( 20) L-x(3,5)-V-x(2,4)-A N 14: 10.5102 53( 20) G-x(2,4)-G-x(1,3)-L O 15: 10.5102 48( 20) A-x(1,3)-D-x(3,5)-A P 16: 10.5102 68( 20) A-x(0,2)-L-x(0,2)-G Q 17: 10.5102 47( 20) A-x(0,2)-G-x(0,2)-G R 18: 10.5102 87( 20) A-x(2,4)-G-x(0,2)-L S 19: 8.3401 80( 20) G-L T 20: 8.3401 92( 20) L-x(2)-L Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 13.6910 26( 20) G-x(3,5)-G-G-x(3)-[AGLV] Occurences: 26(20) CAID_ECOLI : 139- 148: iaavn Gyaf--GGafeL alaad CAID_ECOLI : 171- 182: peakl GivpdsGGvlrL pkilp D3D2_HUMAN : 148- 158: vsain Gacpa-GGclvA ltcdy D3D2_MOUSE : 135- 145: vsain Gaspa-GGcllA lccdy D3D2_RAT : 135- 145: isain Gaspa-GGclmA ltcdy ECHA_HUMAN : 143- 152: vaain Gscv--GGgleV aiscq ECHA_HUMAN : 143- 153: vaain Gscvg-GGlevA iscqy ECHA_HUMAN : 177- 188: pevll GalpgaGGtqrL pkmvg ECHA_HUMAN : 608- 618: lgkvf Gerfg-GGnpeL ltqmv ECHH_RHOCA : 135- 146: aftri GlmpdaGGtwwL prqvg ECHM_CAEEL : 134- 143: iaavn Gfal--GGgneL ammcd ECHM_CAEEL : 134- 144: iaavn Gfalg-GGnelA mmcdi ECHM_HUMAN : 136- 145: iaavn Gypf--GGgceL ammcd ECHM_HUMAN : 136- 146: iaavn Gypfg-GGcelA mmcdi ECHM_HUMAN : 168- 179: peili GtipgaGGtqrL travg ECHM_RAT : 136- 145: iaavn Gyal--GGgceL ammcd ECHM_RAT : 136- 146: iaavn Gyalg-GGcelA mmcdi ECHM_RAT : 168- 179: peill GtipgaGGtqrL travg ECHP_HUMAN : 95- 104: vaaiq Gmaf--GGgleL algch ECHP_HUMAN : 95- 105: vaaiq Gmafg-GGlelA lgchy ECHP_RAT : 94- 103: laaiq Gval--GGgleL algch ECHP_RAT : 94- 104: laaiq Gvalg-GGlelA lgchy ECH_CLODI : 12- 21: iaavn Gfal--GGcelA macdi ECH_CLODI : 43- 54: pevtl GitpgyGGtqrL trlvg FADB_ECOLI : 111- 121: iaavn Gyalg-GGcecV latdy FAOB_PSEFR : 144- 155: pevkl GiypgfGGtvrL prlig MENB_BACSU : 104- 113: vamvs Gyai--GGghvL hivcd MENB_ECOLI : 128- 137: vamva Gysi--GGghvL hmmcd MENB_HAEIN : 128- 137: vamva Gyai--GGghvL hmlcd PKSH_BACSU : 109- 119: ishvr Gkvna-GGlgfV satdi PKSI_BACSU : 103- 113: iaamq Ghgig-GGfvmG lfadi YKRS_YEAST : 144- 153: vtfmd Gitm--GGgvgL sihtp B 2: 11.5102 39( 20) L-x(2,3)-L-x(2,3)-A Occurences: 39(20) CAID_ECOLI : 182- 189: ggvlr LpkiLpp-A ivnem CAID_ECOLI : 228- 236: dnare LaqqLvnsA plaia D3D2_HUMAN : 208- 215: eralq Lgl-LfppA ealqv D3D2_MOUSE : 195- 202: dgalq Lgt-LfspA ealkv D3D2_RAT : 195- 202: eralq Lgt-LfppA ealkv ECHA_HUMAN : 175- 182: gtpev LlgaLpg-A ggtqr ECHA_HUMAN : 176- 182: tpevl Lga-Lpg-A 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613: lgkvf Gerf-G-G gnpel ECHA_HUMAN : 608- 614: lgkvf GerfgG-G npell ECHA_HUMAN : 608- 614: lgkvf Gerf-GgG npell ECHA_HUMAN : 629- 635: skgfl Grks-GkG fyiyq ECHA_HUMAN : 703- 709: aegdi Gavf-GlG fppcl ECHH_RHOCA : 62- 68: rafcs Gqdl-GdG aaegl ECHH_RHOCA : 103- 109: laavn Gaaa-GaG anlal ECHM_CAEEL : 134- 139: iaavn Gfal-G-G gnela ECHM_CAEEL : 134- 140: iaavn GfalgG-G nelam ECHM_CAEEL : 134- 140: iaavn Gfal-GgG nelam ECHM_CAEEL : 166- 172: peini Gtip-GaG gtqrw ECHM_HUMAN : 84- 90: dpavg GivltG-G dkafa ECHM_HUMAN : 136- 141: iaavn Gypf-G-G gcela ECHM_HUMAN : 136- 142: iaavn GypfgG-G celam ECHM_HUMAN : 136- 142: iaavn Gypf-GgG celam ECHM_HUMAN : 168- 174: peili Gtip-GaG gtqrl ECHM_RAT : 136- 141: iaavn Gyal-G-G gcela ECHM_RAT : 136- 142: iaavn GyalgG-G celam ECHM_RAT : 136- 142: iaavn Gyal-GgG celam ECHM_RAT : 168- 174: peill Gtip-GaG gtqrl ECHP_HUMAN : 95- 100: vaaiq Gmaf-G-G glela ECHP_HUMAN : 95- 101: vaaiq GmafgG-G lelal ECHP_HUMAN : 95- 101: vaaiq Gmaf-GgG lelal ECHP_HUMAN : 303- 310: svgvv GlgtmGrG ivisf ECHP_HUMAN : 571- 577: elgrf Gqkt-GkG wyqyd ECHP_RAT : 94- 99: laaiq Gval-G-G glela ECHP_RAT : 94- 100: laaiq GvalgG-G lelal ECHP_RAT : 94- 100: laaiq Gval-GgG lelal ECHP_RAT : 302- 309: svgvl GlgtmGrG iaisf ECHP_RAT : 570- 576: eagrf Gqkt-GkG wyqyd ECH_CLODI : 12- 17: iaavn Gfal-G-G celam ECH_CLODI : 43- 49: pevtl Gitp-GyG gtqrl FADB_ECOLI : 111- 116: iaavn Gyal-G-G gcecv FADB_ECOLI : 111- 117: iaavn GyalgG-G cecvl FADB_ECOLI : 111- 117: iaavn Gyal-GgG cecvl FADB_ECOLI : 143- 149: petkl Gimp-GfG gsvrm FADB_ECOLI : 320- 326: qaavl GagimG-G giayq FADB_ECOLI : 320- 327: qaavl GagimGgG iayqs FADB_ECOLI : 322- 327: avlga Gimg-G-G iayqs FADB_ECOLI : 582- 588: danrf Gqkn-GlG fwryk FAOB_PSEFR : 112- 117: vaain Gial-G-G glemc FAOB_PSEFR : 112- 118: vaain GialgG-G lemcl FAOB_PSEFR : 112- 118: vaain Gial-GgG lemcl FAOB_PSEFR : 144- 150: pevkl Giyp-GfG gtvrl FAOB_PSEFR : 321- 327: qaavl GagimG-G giayq FAOB_PSEFR : 321- 328: qaavl GagimGgG iayqs FAOB_PSEFR : 323- 328: 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