------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 9 sequences from file EF_TS_2 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 9 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename EF_TS_2.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: EFTS_ANTSP 87 EFTS_BOVIN 338 EFTS_ECOLI 282 EFTS_GALSU 199 EFTS_HAEIN 282 EFTS_HUMAN 294 EFTS_SPICI 297 EFTS_SPIPL 247 EFTS_THETH 196 Pratt run started at Thu Feb 6 19:25:44 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 15.6802 9( 9) E-x(1,2)-N-x(3)-D-x(0,1)-F 2: 15.6802 10( 9) G-x(3)-K-x(2,3)-E-x(2,3)-L 3: 15.6802 11( 9) K-x(3,5)-G-R-x(2)-K 4: 15.1802 10( 9) K-x(3)-E-x(3,4)-G-x(2,4)-K 5: 12.5102 13( 9) R-x(3)-G-x-G 6: 12.5102 9( 9) K-E-L 7: 12.5102 9( 9) G-R-x(2)-K 8: 12.5102 9( 9) E-x(5)-R-x(2)-K 9: 12.0102 11( 9) N-x(3)-D-x(0,1)-F 10: 12.0102 11( 9) N-x(3,4)-D-F 11: 12.0102 10( 9) E-x(4,5)-R-R 12: 12.0102 11( 9) E-x(2,3)-L-x(2)-Q 13: 12.0102 10( 9) L-x(3,4)-L-x(3)-T 14: 12.0102 16( 9) K-x-L-x(0,1)-E 15: 12.0102 15( 9) K-x(0,1)-L-x-E 16: 12.0102 10( 9) K-x(3)-E-x(3,4)-D 17: 12.0102 12( 9) K-x(0,1)-K-x-L 18: 12.0102 12( 9) E-x(2)-E-x(0,1)-K 19: 12.0102 11( 9) P-x(4)-E-x(0,1)-K 20: 11.5102 12( 9) E-x(2,3)-I-x(2,3)-A Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 33.1037 9( 9) E-x(1,2)-N-x-[EQR]-[ST]-D-x(0,1)-F-[AV]-[ANS]-[EKR]-x(3)-[FI] B 2: 30.5097 9( 9) E-x(1,2)-N-x(2)-[ST]-D-x(0,1)-F-[AV]-[ANS]-[EKR]-x(3)-[FI] C 3: 29.4337 9( 9) N-x-[EQR]-[ST]-D-x(0,1)-F-[AV]-[ANS]-[EKR]-x(3)-[FI] D 4: 27.3343 9( 9) E-x(1,2)-N-x(3)-D-x(0,1)-F-[AV]-[ANS]-[EKR]-x(3)-[FI] E 5: 27.1264 11( 9) K-x(3,5)-G-R-x(2)-K-x(4)-[GILV]-x-[FL]-x-[DEG]-[GQ] F 6: 23.9564 9( 9) G-R-x(2)-K-x(4)-[GILV]-x-[FL]-x-[DEG]-[GQ] G 7: 23.6643 9( 9) N-x(3,4)-D-F-[AV]-[ANS]-[EKR]-x(3)-[FI] H 8: 21.0662 10( 9) K-[EK]-[AIL]-x-E-x(3,4)-G-x(2,4)-K I 9: 17.8457 9( 9) K-x-[AL]-x-E-x(3,4)-D-x(3)-[AIV] J 10: 17.4089 12( 9) K-x-L-x(0,1)-E-x-[CNST]-[GL] K 11: 15.6802 10( 9) G-x(3)-K-x(2,3)-E-x(2,3)-L L 12: 14.6406 9( 9) K-x(0,1)-K-x-L-x-[EGT] M 13: 14.5998 9( 9) L-x(3,4)-L-x-[DER]-x-T N 14: 14.2726 10( 9) P-x-[EGNQ]-x(2)-E-x(0,1)-K O 15: 12.5102 13( 9) R-x(3)-G-x-G P 16: 12.5102 9( 9) K-E-L Q 17: 12.5102 9( 9) E-x(5)-R-x(2)-K R 18: 12.0102 10( 9) E-x(4,5)-R-R S 19: 12.0102 11( 9) E-x(2,3)-L-x(2)-Q T 20: 12.0102 15( 9) K-x(0,1)-L-x-E Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 33.1037 9( 9) E-x(1,2)-N-x-[EQR]-[ST]-D-x(0,1)-F-[AV]-[ANS]-[EKR]-x(3)-[FI] Occurences: 9(9) EFTS_ANTSP : 67- 83: rfvlg EglNkRSDdFANEvaqI inan EFTS_BOVIN : 133- 147: ttvlv Ev-NcETD-FVSRnlkF qqlvq EFTS_ECOLI : 74- 88: ygiil Ev-NcQTD-FVAKdagF qafad EFTS_GALSU : 77- 91: igvlv Ev-NcETD-FVARrneF kdfak EFTS_HAEIN : 74- 88: fgvlv Em-NcETD-FVAKdagF lglan EFTS_HUMAN : 89- 103: ttvlv Ev-NcETD-FVSRnlkF qllvq EFTS_SPICI : 75- 89: kqiif Ev-NsETD-FVAKnkqF kdlma EFTS_SPIPL : 77- 91: taimv Ei-NsETD-FVARddnF lgfan EFTS_THETH : 75- 89: vgvlv El-NcETD-FVARnelF qnlak B 2: 30.5097 9( 9) E-x(1,2)-N-x(2)-[ST]-D-x(0,1)-F-[AV]-[ANS]-[EKR]-x(3)-[FI] Occurences: 9(9) EFTS_ANTSP : 67- 83: rfvlg EglNkrSDdFANEvaqI inan EFTS_BOVIN : 133- 147: ttvlv Ev-NceTD-FVSRnlkF qqlvq EFTS_ECOLI : 74- 88: ygiil Ev-NcqTD-FVAKdagF qafad EFTS_GALSU : 77- 91: igvlv Ev-NceTD-FVARrneF kdfak EFTS_HAEIN : 74- 88: fgvlv Em-NceTD-FVAKdagF lglan EFTS_HUMAN : 89- 103: ttvlv Ev-NceTD-FVSRnlkF qllvq EFTS_SPICI : 75- 89: kqiif Ev-NseTD-FVAKnkqF kdlma EFTS_SPIPL : 77- 91: taimv Ei-NseTD-FVARddnF lgfan EFTS_THETH : 75- 89: vgvlv El-NceTD-FVARnelF qnlak C 3: 29.4337 9( 9) N-x-[EQR]-[ST]-D-x(0,1)-F-[AV]-[ANS]-[EKR]-x(3)-[FI] Occurences: 9(9) EFTS_ANTSP : 70- 83: lgegl NkRSDdFANEvaqI inan EFTS_BOVIN : 135- 147: vlvev NcETD-FVSRnlkF qqlvq EFTS_ECOLI : 76- 88: iilev NcQTD-FVAKdagF qafad EFTS_GALSU : 79- 91: vlvev NcETD-FVARrneF kdfak EFTS_HAEIN : 76- 88: vlvem NcETD-FVAKdagF lglan EFTS_HUMAN : 91- 103: vlvev NcETD-FVSRnlkF qllvq EFTS_SPICI : 77- 89: iifev NsETD-FVAKnkqF kdlma EFTS_SPIPL : 79- 91: imvei NsETD-FVARddnF lgfan EFTS_THETH : 77- 89: vlvel NcETD-FVARnelF qnlak D 4: 27.3343 9( 9) E-x(1,2)-N-x(3)-D-x(0,1)-F-[AV]-[ANS]-[EKR]-x(3)-[FI] Occurences: 9(9) EFTS_ANTSP : 67- 83: rfvlg EglNkrsDdFANEvaqI inan EFTS_BOVIN : 133- 147: ttvlv Ev-NcetD-FVSRnlkF qqlvq EFTS_ECOLI : 74- 88: ygiil Ev-NcqtD-FVAKdagF qafad EFTS_GALSU : 77- 91: igvlv Ev-NcetD-FVARrneF kdfak EFTS_HAEIN : 74- 88: fgvlv Em-NcetD-FVAKdagF lglan EFTS_HUMAN : 89- 103: ttvlv Ev-NcetD-FVSRnlkF qllvq EFTS_SPICI : 75- 89: kqiif Ev-NsetD-FVAKnkqF kdlma EFTS_SPIPL : 77- 91: taimv Ei-NsetD-FVARddnF lgfan EFTS_THETH : 75- 89: vgvlv El-NcetD-FVARnelF qnlak E 5: 27.1264 11( 9) K-x(3,5)-G-R-x(2)-K-x(4)-[GILV]-x-[FL]-x-[DEG]-[GQ] Occurences: 11(9) EFTS_ANTSP : 10- 30: kpkei KekiliGRveKrlkeLsLmDQ tfikd EFTS_ANTSP : 12- 30: keike Kili--GRveKrlkeLsLmDQ tfikd EFTS_BOVIN : 106- 126: kegws KaarlhGRktKegliGlLqEG dttvl EFTS_ECOLI : 213- 231: keiae Kmve--GRmkKftgeVsLtGQ pfvme EFTS_GALSU : 142- 162: kpedi KqkiieGRirKnlelLvLyDQ aymrd EFTS_GALSU : 144- 162: edikq Kiie--GRirKnlelLvLyDQ aymrd EFTS_HAEIN : 212- 230: keiae Kmve--GRmkKftgeVsLtGQ afvmd EFTS_HUMAN : 62- 82: kegws KaaklqGRktKegliGlLqEG nttvl EFTS_SPICI : 229- 247: dnile Kmve--GRlnKqlaeIsFlDQ vfvvn EFTS_SPIPL : 224- 242: aeive Kmlg--GRiqKflkeIsLvEQ pfvkd EFTS_THETH : 141- 159: qqiae Kiae--GRlkKyleeVvLlEQ pfvkd F 6: 23.9564 9( 9) G-R-x(2)-K-x(4)-[GILV]-x-[FL]-x-[DEG]-[GQ] Occurences: 9(9) EFTS_ANTSP : 16- 30: ekili GRveKrlkeLsLmDQ tfikd EFTS_BOVIN : 112- 126: aarlh GRktKegliGlLqEG dttvl EFTS_ECOLI : 217- 231: ekmve GRmkKftgeVsLtGQ pfvme EFTS_GALSU : 148- 162: qkiie GRirKnlelLvLyDQ aymrd EFTS_HAEIN : 216- 230: ekmve GRmkKftgeVsLtGQ afvmd EFTS_HUMAN : 68- 82: aaklq GRktKegliGlLqEG nttvl EFTS_SPICI : 233- 247: ekmve GRlnKqlaeIsFlDQ vfvvn EFTS_SPIPL : 228- 242: ekmlg GRiqKflkeIsLvEQ pfvkd EFTS_THETH : 145- 159: ekiae GRlkKyleeVvLlEQ pfvkd G 7: 23.6643 9( 9) N-x(3,4)-D-F-[AV]-[ANS]-[EKR]-x(3)-[FI] Occurences: 9(9) EFTS_ANTSP : 70- 83: lgegl NkrsdDFANEvaqI inan EFTS_BOVIN : 135- 147: vlvev Ncet-DFVSRnlkF qqlvq EFTS_ECOLI : 76- 88: iilev Ncqt-DFVAKdagF qafad EFTS_GALSU : 79- 91: vlvev Ncet-DFVARrneF kdfak EFTS_HAEIN : 76- 88: vlvem Ncet-DFVAKdagF lglan EFTS_HUMAN : 91- 103: vlvev Ncet-DFVSRnlkF qllvq EFTS_SPICI : 77- 89: iifev Nset-DFVAKnkqF kdlma EFTS_SPIPL : 79- 91: imvei Nset-DFVARddnF lgfan EFTS_THETH : 77- 89: vlvel Ncet-DFVARnelF qnlak H 8: 21.0662 10( 9) K-[EK]-[AIL]-x-E-x(3,4)-G-x(2,4)-K Occurences: 10(9) EFTS_ANTSP : 7- 20: llnkp KEIkEkiliGrve-K rlkel EFTS_BOVIN : 78- 89: sfinc KKAlEtcg-Gdl--K qaesw EFTS_ECOLI : 9- 23: taslv KELrErtgaGmmdcK kalte EFTS_ECOLI : 208- 220: qsgkp KEIaEkmveGrm--K kftge EFTS_ECOLI : 208- 221: qsgkp KEIaEkmveGrmk-K ftgev EFTS_GALSU : 10- 24: saqlv KELrEitgaGmmdcK kalre EFTS_HAEIN : 207- 219: nsgkp KEIaEkmveGrm--K kftge EFTS_HAEIN : 207- 220: nsgkp KEIaEkmveGrmk-K ftgev EFTS_HUMAN : 34- 45: sfvnc KKAlEtcg-Gdl--K qaeiw EFTS_SPICI : 23- 35: gmldc KKAlEdslaGil--K kqlhg EFTS_SPICI : 23- 36: gmldc KKAlEdslaGilk-K qlhgy EFTS_SPIPL : 10- 24: taalv KELrErtglGmmecK kalve EFTS_THETH : 8- 22: qmeli KKLrEatgaGmmdvK raled I 9: 17.8457 9( 9) K-x-[AL]-x-E-x(3,4)-D-x(3)-[AIV] Occurences: 9(9) EFTS_ANTSP : 20- 33: igrve KrLkElslmDqtfI kdsnl EFTS_BOVIN : 78- 91: sfinc KkAlEtcggDlkqA eswlh EFTS_ECOLI : 24- 36: mmdck KaLtEang-DielA ienmr EFTS_GALSU : 25- 37: mmdck KaLrEsng-DkvmA ietlr EFTS_HAEIN : 24- 36: mmeck KaLvEang-DielA idnmr EFTS_HUMAN : 34- 47: sfvnc KkAlEtcggDlkqA eiwlh EFTS_SPICI : 237- 250: egrln KqLaEisflDqvfV vnpdq EFTS_SPIPL : 25- 37: mmeck KaLvEaeg-DierA iddlr EFTS_THETH : 22- 35: gmmdv KrAlEdagwDeekA vqllr J 10: 17.4089 12( 9) K-x-L-x(0,1)-E-x-[CNST]-[GL] Occurences: 12(9) EFTS_ANTSP : 20- 27: igrve KrLkElSL mdqtf EFTS_BOVIN : 79- 85: finck KaL-EtCG gdlkq EFTS_ECOLI : 9- 16: taslv KeLrErTG agmmd EFTS_ECOLI : 24- 31: mmdck KaLtEaNG diela EFTS_GALSU : 10- 17: saqlv KeLrEiTG agmmd EFTS_GALSU : 25- 32: mmdck KaLrEsNG dkvma EFTS_HAEIN : 24- 31: mmeck KaLvEaNG diela EFTS_HUMAN : 35- 41: fvnck KaL-EtCG gdlkq EFTS_SPICI : 24- 30: mldck KaL-EdSL agilk EFTS_SPIPL : 10- 17: taalv KeLrErTG lgmme EFTS_SPIPL : 232- 239: ggriq KfLkEiSL veqpf EFTS_THETH : 8- 15: qmeli KkLrEaTG agmmd K 11: 15.6802 10( 9) G-x(3)-K-x(2,3)-E-x(2,3)-L Occurences: 10(9) EFTS_ANTSP : 16- 27: ekili GrveKrlkEls-L mdqtf EFTS_BOVIN : 85- 95: aletc GgdlKqa-Esw-L hkqaq EFTS_ECOLI : 217- 228: ekmve GrmkKftgEvs-L tgqpf EFTS_GALSU : 148- 159: qkiie GrirKnl-EllvL ydqay EFTS_HAEIN : 216- 227: ekmve GrmkKftgEvs-L tgqaf EFTS_HUMAN : 41- 51: aletc GgdlKqa-Eiw-L hkeaq EFTS_SPICI : 233- 245: ekmve GrlnKqlaEisfL dqvfv EFTS_SPIPL : 93- 103: ddnfl GfanKva-Eaa-L aaakt EFTS_SPIPL : 228- 239: ekmlg GriqKflkEis-L veqpf EFTS_THETH : 145- 156: ekiae GrlkKyleEvv-L leqpf EFTS_THETH : 145- 156: ekiae GrlkKyl-EevvL leqpf EFTS_THETH : 145- 157: ekiae GrlkKyleEvvlL eqpfv L 12: 14.6406 9( 9) K-x(0,1)-K-x-L-x-[EGT] Occurences: 9(9) EFTS_ANTSP : 10- 16: kpkei KeKiLiG rvekr EFTS_BOVIN : 78- 83: sfinc K-KaLeT cggdl EFTS_ECOLI : 23- 28: gmmdc K-KaLtE angdi EFTS_GALSU : 24- 29: gmmdc K-KaLrE sngdk EFTS_HAEIN : 23- 28: gmmec K-KaLvE angdi EFTS_HUMAN : 34- 39: sfvnc K-KaLeT cggdl EFTS_SPICI : 35- 40: lagil K-KqLhG yvqkg EFTS_SPIPL : 24- 29: gmmec K-KaLvE aegdi EFTS_THETH : 148- 153: aegrl K-KyLeE vvlle M 13: 14.5998 9( 9) L-x(3,4)-L-x-[DER]-x-T Occurences: 9(9) EFTS_ANTSP : 22- 31: rvekr LkelsLmDqT fikds EFTS_BOVIN : 62- 70: asske Llmk-LrRkT gysfi EFTS_ECOLI : 7- 15: eitas Lvke-LrErT gagmm EFTS_GALSU : 8- 16: eisaq Lvke-LrEiT gagmm EFTS_HAEIN : 7- 15: eitas Lvke-LrDrT gagmm EFTS_HUMAN : 18- 26: asske Llmk-LrRkT gysfv EFTS_SPICI : 7- 15: evtaq Lvke-LrDrT gagml EFTS_SPIPL : 8- 16: avtaa Lvke-LrErT glgmm EFTS_THETH : 6- 14: msqme Likk-LrEaT gagmm N 14: 14.2726 10( 9) P-x-[EGNQ]-x(2)-E-x(0,1)-K Occurences: 10(9) EFTS_ANTSP : 6- 12: dllnk PkEikE-K iligr EFTS_BOVIN : 288- 295: sldde PgGeaEtK mlsqp EFTS_ECOLI : 207- 213: mqsgk PkEiaE-K mvegr EFTS_GALSU : 117- 123: tfndi PaEiiE-K ekkie EFTS_HAEIN : 206- 212: insgk PkEiaE-K mvegr EFTS_HUMAN : 244- 251: sldde PgGeaEtK mlsqp EFTS_SPICI : 223- 229: knagk PdNilE-K mvegr EFTS_SPIPL : 218- 224: dmagk PaEivE-K mlggr EFTS_THETH : 114- 120: saeei PaEelE-K erqiy EFTS_THETH : 135- 141: lnegk PqQiaE-K iaegr O 15: 12.5102 13( 9) R-x(3)-G-x-G Occurences: 13(9) EFTS_ANTSP : 62- 68: irrfe RfvlGeG lnkrs EFTS_BOVIN : 325- 331: vvdfv RfecGeG edaad EFTS_ECOLI : 12- 18: lvkel RertGaG mmdck EFTS_ECOLI : 257- 263: vtgfi RfevGeG iekve EFTS_GALSU : 13- 19: lvkel ReitGaG mmdck EFTS_HAEIN : 12- 18: lvkel RdrtGaG mmeck EFTS_HAEIN : 64- 70: gvila RvenGfG vlvem EFTS_HAEIN : 256- 262: vsnfi RlevGeG iekke EFTS_HUMAN : 281- 287: vvdfv RfecGeG eeaae EFTS_SPICI : 12- 18: lvkel RdrtGaG mldck EFTS_SPICI : 273- 279: vvdmi RyevGeG iekee EFTS_SPIPL : 13- 19: lvkel RertGlG mmeck EFTS_THETH : 11- 17: likkl ReatGaG mmdvk P 16: 12.5102 9( 9) K-E-L Occurences: 9(9) EFTS_ANTSP : 23- 25: vekrl KEL slmdq EFTS_BOVIN : 60- 62: ssass KEL lmklr EFTS_ECOLI : 9- 11: taslv KEL rertg EFTS_GALSU : 10- 12: saqlv KEL reitg EFTS_HAEIN : 9- 11: taslv KEL rdrtg EFTS_HUMAN : 16- 18: asass KEL lmklr EFTS_SPICI : 9- 11: taqlv KEL rdrtg EFTS_SPIPL : 10- 12: taalv KEL rertg EFTS_THETH : 170- 172: dkvkv KEL iqqai Q 17: 12.5102 9( 9) E-x(5)-R-x(2)-K Occurences: 9(9) EFTS_ANTSP : 11- 20: pkeik EkiligRveK rlkel EFTS_BOVIN : 137- 146: vevnc EtdfvsRnlK fqqlv EFTS_ECOLI : 212- 221: pkeia EkmvegRmkK ftgev EFTS_GALSU : 185- 194: isyfn EnikirRftK yilgn EFTS_HAEIN : 211- 220: pkeia EkmvegRmkK ftgev EFTS_HUMAN : 93- 102: vevnc EtdfvsRnlK fqllv EFTS_SPICI : 228- 237: pdnil EkmvegRlnK qlaei EFTS_SPIPL : 223- 232: paeiv EkmlggRiqK flkei EFTS_THETH : 140- 149: pqqia EkiaegRlkK yleev R 18: 12.0102 10( 9) E-x(4,5)-R-R Occurences: 10(9) EFTS_ANTSP : 53- 59: isllg Eniki-RR ferfv EFTS_BOVIN : 61- 68: sassk EllmklRR ktgys EFTS_ECOLI : 127- 133: vakig Enini-RR vaale EFTS_GALSU : 81- 88: vevnc EtdfvaRR nefkd EFTS_GALSU : 185- 191: isyfn Eniki-RR ftkyi EFTS_HAEIN : 127- 133: vakig Enmni-RR vayld EFTS_HUMAN : 17- 24: sassk EllmklRR ktgys EFTS_SPICI : 134- 140: iatig Ekitl-RR fktvh EFTS_SPIPL : 137- 143: iqkig Eniqv-RR aails EFTS_THETH : 182- 188: iakig Enivv-RR fcrfe S 19: 12.0102 11( 9) E-x(2,3)-L-x(2)-Q Occurences: 11(9) EFTS_ANTSP : 24- 30: ekrlk Els-LmdQ tfikd EFTS_BOVIN : 92- 98: dlkqa Esw-LhkQ aqkeg EFTS_BOVIN : 192- 198: agper Egs-LkdQ lalai EFTS_ECOLI : 225- 231: kkftg Evs-LtgQ pfvme EFTS_GALSU : 155- 162: irknl EllvLydQ aymrd EFTS_HAEIN : 224- 230: kkftg Evs-LtgQ afvmd EFTS_HUMAN : 148- 154: agpdr Egs-LkdQ lalai EFTS_SPICI : 232- 238: lekmv Egr-LnkQ laeis EFTS_SPIPL : 236- 242: qkflk Eis-LveQ pfvkd EFTS_THETH : 152- 159: lkkyl EevvLleQ pfvkd EFTS_THETH : 153- 159: kkyle Evv-LleQ pfvkd T 20: 12.0102 15( 9) K-x(0,1)-L-x-E Occurences: 15(9) EFTS_ANTSP : 20- 24: igrve KrLkE lslmd EFTS_BOVIN : 205- 208: alaig K-LgE nmilk EFTS_ECOLI : 9- 13: taslv KeLrE rtgag EFTS_ECOLI : 24- 28: mmdck KaLtE angdi EFTS_GALSU : 10- 14: saqlv KeLrE itgag EFTS_GALSU : 25- 29: mmdck KaLrE sngdk EFTS_HAEIN : 24- 28: mmeck KaLvE angdi EFTS_HUMAN : 161- 164: alaig K-LgE nmilk EFTS_SPICI : 237- 241: egrln KqLaE isfld EFTS_SPIPL : 10- 14: taalv KeLrE rtglg EFTS_SPIPL : 25- 29: mmeck KaLvE aegdi EFTS_SPIPL : 232- 236: ggriq KfLkE islve EFTS_THETH : 8- 12: qmeli KkLrE atgag EFTS_THETH : 9- 12: melik K-LrE atgag EFTS_THETH : 149- 153: egrlk KyLeE vvlle Number of patterns evaluated by Pratt:1008 Total running time: 1 seconds