------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 16 sequences from file DNA_POLYMERASE_A PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 16 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename DNA_POLYMERASE_A.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: DPO1_BACCA 877 DPO1_ECOLI 928 DPO1_HAEIN 930 DPO1_MYCLE 911 DPO1_MYCTU 904 DPO1_STRPN 877 DPO1_THEAQ 832 DPO1_THECA 21 DPO1_THEFL 831 DPOG_YEAST 1254 DPOL_BPML5 595 DPOL_BPSP1 924 DPOL_BPSP2 648 DPOL_BPT3 704 DPOL_BPT5 829 DPOL_BPT7 704 Pratt run started at Thu Feb 6 19:22:23 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 11.5102 44( 16) L-x(0,1)-L-x(0,1)-D 2: 11.5102 28( 16) V-x(0,1)-L-x(1,2)-V 3: 11.5102 49( 16) R-x-L-x(0,2)-L 4: 11.5102 37( 16) G-x(0,1)-R-x(0,1)-L 5: 11.5102 42( 16) E-x(1,3)-R-x-L 6: 11.5102 39( 16) L-x-E-x(1,3)-K 7: 11.5102 41( 16) L-x-E-x(0,2)-K 8: 11.5102 37( 16) L-x-E-x(2,4)-G 9: 11.5102 49( 16) L-x(1,2)-E-x(1,2)-K 10: 11.5102 44( 16) L-x(1,2)-E-x(0,1)-K 11: 11.5102 41( 16) L-x(1,2)-E-x(4,5)-V 12: 11.5102 50( 16) L-x(0,1)-E-x(2,3)-G 13: 11.5102 50( 16) L-x(3,4)-G-x(2,3)-L 14: 11.5102 59( 16) L-x(1,2)-L-x(1,2)-E 15: 11.5102 53( 16) L-x(1,2)-L-x(0,1)-E 16: 11.5102 38( 16) L-x(1,2)-L-x(2,3)-K 17: 11.5102 36( 16) L-x(3,4)-E-x(1,2)-K 18: 11.5102 37( 16) L-x(2,3)-E-x(1,2)-K 19: 11.5102 37( 16) E-x(0,1)-A-x(1,2)-L 20: 11.5102 33( 16) E-x(0,1)-A-x(2,3)-L Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 11.5102 44( 16) L-x(0,1)-L-x(0,1)-D B 2: 11.5102 28( 16) V-x(0,1)-L-x(1,2)-V C 3: 11.5102 49( 16) R-x-L-x(0,2)-L D 4: 11.5102 37( 16) G-x(0,1)-R-x(0,1)-L E 5: 11.5102 42( 16) E-x(1,3)-R-x-L F 6: 11.5102 39( 16) L-x-E-x(1,3)-K G 7: 11.5102 41( 16) L-x-E-x(0,2)-K H 8: 11.5102 37( 16) L-x-E-x(2,4)-G I 9: 11.5102 49( 16) L-x(1,2)-E-x(1,2)-K J 10: 11.5102 44( 16) L-x(1,2)-E-x(0,1)-K K 11: 11.5102 41( 16) L-x(1,2)-E-x(4,5)-V L 12: 11.5102 50( 16) L-x(0,1)-E-x(2,3)-G M 13: 11.5102 50( 16) L-x(3,4)-G-x(2,3)-L N 14: 11.5102 59( 16) L-x(1,2)-L-x(1,2)-E O 15: 11.5102 53( 16) L-x(1,2)-L-x(0,1)-E P 16: 11.5102 38( 16) L-x(1,2)-L-x(2,3)-K Q 17: 11.5102 36( 16) L-x(3,4)-E-x(1,2)-K R 18: 11.5102 37( 16) L-x(2,3)-E-x(1,2)-K S 19: 11.5102 37( 16) E-x(0,1)-A-x(1,2)-L T 20: 11.5102 33( 16) E-x(0,1)-A-x(2,3)-L Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 11.5102 44( 16) L-x(0,1)-L-x(0,1)-D Occurences: 44(16) DPO1_BACCA : 5- 9: mkkk LvLiD gssva DPO1_BACCA : 254- 257: dapve LsL-D diayq DPO1_BACCA : 254- 258: dapve LsLdD iayqg DPO1_BACCA : 400- 402: llaay L-L-D paqgv DPO1_ECOLI : 9- 13: ipqnp LiLvD gssyl DPO1_ECOLI : 408- 411: ellkp L-LeD ekalk DPO1_ECOLI : 617- 620: evlee LaL-D yplpk DPO1_ECOLI : 823- 827: ldgrr LyLpD ikssn DPO1_HAEIN : 9- 13: iatnp LvLvD gssyl DPO1_HAEIN : 159- 161: tmnns L-L-D rkgvi DPO1_HAEIN : 389- 392: aaylp LqL-D yldap DPO1_HAEIN : 826- 830: lfgrr LyLpD inssn DPO1_MYCLE : 18- 22: htkpm LmLlD gnsla DPO1_MYCLE : 20- 22: kpmlm L-L-D gnsla DPO1_MYCLE : 463- 465: qeqfs L-L-D nvdev DPO1_MYCLE : 496- 500: aldae LdLiD stsll DPO1_MYCTU : 17- 21: rakpt LmLlD gnsla DPO1_MYCTU : 19- 21: kptlm L-L-D gnsla DPO1_MYCTU : 59- 62: amlin L-LrD eapth DPO1_MYCTU : 458- 462: pqqqq LsLlD dddtd DPO1_MYCTU : 460- 462: qqqls L-L-D dddtd DPO1_MYCTU : 460- 463: qqqls L-LdD ddtda DPO1_STRPN : 6- 10: mdkkk LlLiD gssva DPO1_STRPN : 7- 10: dkkkl L-LiD gssva DPO1_STRPN : 99- 101: pfire L-L-D hmgir DPO1_STRPN : 353- 356: tdkle L-LqD pifkd DPO1_STRPN : 472- 475: ngqle L-LyD meqpl DPO1_THEAQ : 15- 18: pkgrv L-LvD ghhla DPO1_THEAQ : 148- 151: kdlyq L-LsD rihvl DPO1_THEAQ : 379- 381: mllay L-L-D psntt DPO1_THECA : 15- 18: pkgrv L-LvD ghh DPO1_THEFL : 14- 17: pkgrv L-LvD ghhla DPO1_THEFL : 378- 380: mllay L-L-D psntt DPOG_YEAST : 421- 424: ikdiv L-LkD kpdfy DPOG_YEAST : 974- 976: ldinq L-L-D kpnsk DPOG_YEAST : 1059- 1061: taeys L-L-D yikdv DPOL_BPML5 : 237- 239: drqgf L-L-D veysr DPOL_BPML5 : 302- 304: qvnaa L-L-D klved DPOL_BPSP1 : 414- 416: pgyyt L-L-D iemdg DPOL_BPSP2 : 538- 541: yakpk LeL-D erfgk DPOL_BPT3 : 185- 188: allek L-LsD khyfp DPOL_BPT3 : 689- 691: wnfrc L-L-D tegkm DPOL_BPT5 : 387- 390: kqlrv L-LfD yvglt DPOL_BPT5 : 785- 787: yvkgv L-L-D aefey DPOL_BPT7 : 185- 188: allek L-LsD khyfp DPOL_BPT7 : 689- 691: wnfrc L-L-D tegkm B 2: 11.5102 28( 16) V-x(0,1)-L-x(1,2)-V Occurences: 28(16) DPO1_BACCA : 857- 861: vmeqa VtLr-V plkvd DPO1_BACCA : 861- 865: avtlr VpLk-V dyhyg DPO1_ECOLI : 912- 916: ctrld VpLl-V evgsg DPO1_HAEIN : 256- 260: tiktd VeLn-V ttdql DPO1_HAEIN : 747- 752: aeifg VsLdeV tseqr DPO1_HAEIN : 914- 918: aaelv VpLi-V evgvg DPO1_MYCLE : 143- 146: negyr V-Lv-V tgdrd DPO1_MYCLE : 894- 898: aypld VpLe-V svgfg DPO1_MYCTU : 142- 145: negyr V-Lv-V tgdrd DPO1_MYCTU : 887- 891: aypld VpLe-V svgyg DPO1_STRPN : 834- 837: vhdei V-Le-V pksel DPO1_THEAQ : 14- 17: epkgr V-Ll-V dghhl DPO1_THEAQ : 449- 453: meatg VrLd-V aylra DPO1_THEAQ : 815- 819: vypla VpLe-V evgig DPO1_THECA : 14- 17: epkgr V-Ll-V dghh DPO1_THEFL : 13- 16: epkgr V-Ll-V dghhl DPO1_THEFL : 108- 112: dllgl VrLe-V pgfea DPO1_THEFL : 448- 452: meatg VrLd-V aylqa DPO1_THEFL : 604- 607: aeegw V-Lv-V ldysq DPO1_THEFL : 814- 818: vwplq VpLe-V evglg DPOG_YEAST : 550- 554: lqctg V-LfkV phpng DPOL_BPML5 : 72- 77: awvvp VeLgdV fiedv DPOL_BPSP1 : 431- 434: rewle V-Lr-V syeke DPOL_BPSP1 : 828- 831: cpkde V-Le-V akkvk DPOL_BPSP2 : 606- 609: vhdea V-Ld-V prgkn DPOL_BPT3 : 368- 372: vvdde V-LegV rvddp DPOL_BPT5 : 324- 329: lmpgc VfLqrV edrgv DPOL_BPT7 : 368- 372: vvdde V-LegV rvddp C 3: 11.5102 49( 16) R-x-L-x(0,2)-L Occurences: 49(16) DPO1_BACCA : 92- 95: qfpll ReL--L rayri DPO1_BACCA : 135- 140: visgd RdLtqL asphv DPO1_BACCA : 472- 477: rneqd RlLveL eqpls DPO1_BACCA : 579- 584: ilqhy RqLgkL qstyi DPO1_BACCA : 824- 827: erlqa RlL--L qvhde DPO1_ECOLI : 400- 404: qisre RaLe-L lkpll DPO1_ECOLI : 400- 405: qisre RaLelL kplle DPO1_ECOLI : 631- 636: viley RgLakL kstyt DPO1_ECOLI : 821- 825: etldg RrLy-L pdiks DPO1_HAEIN : 634- 639: ilvkh RgLskL kstyt DPO1_HAEIN : 824- 828: etlfg RrLy-L pdins DPO1_MYCLE : 255- 260: svvrn ReLteL vkdvp DPO1_MYCLE : 529- 534: iaadl RlLteL qsqfg DPO1_MYCLE : 805- 810: vlgrr RyLpeL dssnr DPO1_MYCLE : 857- 860: aklas RmL--L qvhde DPO1_MYCTU : 254- 259: svvrn ReLtdL vrdvp DPO1_MYCTU : 798- 803: vlgrr RyLpeL dssnr DPO1_MYCTU : 850- 853: aqlas RmL--L qvhde DPO1_STRPN : 97- 100: qfpfi ReL--L dhmgi DPO1_THEAQ : 13- 16: fepkg RvL--L vdghh DPO1_THEAQ : 94- 98: pedfp RqLa-L ikelv DPO1_THEAQ : 205- 208: gekta RkL--L eewgs DPO1_THEAQ : 349- 352: dlkea RgL--L akdls DPO1_THEAQ : 425- 429: legee RlLw-L yreve DPO1_THEAQ : 457- 461: dvayl RaLs-L evaee DPO1_THEAQ : 536- 541: kilqy ReLtkL kstyi DPO1_THEAQ : 617- 622: sqiel RvLahL sgden DPO1_THEAQ : 778- 781: eemga RmL--L qvhde DPO1_THECA : 13- 16: fepkg RvL--L vdghh DPO1_THEFL : 12- 15: fepkg RvL--L vdghh DPO1_THEFL : 93- 97: pedfp RqLa-L ikelv DPO1_THEFL : 142- 147: iltad RdLyqL lseri DPO1_THEFL : 339- 344: aqdpl RgLrdL kgvrg DPO1_THEFL : 404- 407: edage RaL--L aerlf DPO1_THEFL : 424- 428: lkgee RlLw-L yeeve DPO1_THEFL : 535- 540: rilqy ReLtkL kntyi DPO1_THEFL : 616- 621: sqiel RvLahL sgden DPO1_THEFL : 777- 780: qelga RmL--L qvhde DPOG_YEAST : 1239- 1244: ssttn RnLveL erdit DPOL_BPML5 : 398- 403: qaqel RvLaaL sgdrn DPOL_BPML5 : 525- 530: rdvtc RaLirL heagy DPOL_BPSP1 : 199- 203: ideik RyLe-L pagsr DPOL_BPSP1 : 280- 283: ivkfl RkL--L eredl DPOL_BPSP2 : 278- 282: detvh RvLr-L rqema DPOL_BPSP2 : 308- 311: pdnrv RgL--L qfyga DPOL_BPSP2 : 344- 347: dldta RnL--L kgghy DPOL_BPT3 : 687- 690: ehwnf RcL--L dtegk DPOL_BPT5 : 385- 388: svkql RvL--L fdyvg DPOL_BPT5 : 430- 435: tllei RkLtkL istyv DPOL_BPT7 : 687- 690: dhwnf RcL--L dtegk D 4: 11.5102 37( 16) G-x(0,1)-R-x(0,1)-L Occurences: 37(16) DPO1_BACCA : 133- 137: vkvis GdRdL tqlas DPO1_BACCA : 615- 617: altqt G-R-L sstep DPO1_ECOLI : 667- 669: avtat G-R-L sstdp DPO1_ECOLI : 820- 823: vetld GrR-L ylpdi DPO1_ECOLI : 820- 823: vetld G-RrL ylpdi DPO1_HAEIN : 670- 672: avtat G-R-L sssdp DPO1_HAEIN : 823- 826: vetlf GrR-L ylpdi DPO1_HAEIN : 823- 826: vetlf G-RrL ylpdi DPO1_MYCLE : 140- 144: qaene GyRvL vvtgd DPO1_MYCLE : 330- 333: esgtv G-RwL akhad DPO1_MYCLE : 645- 647: tiatt G-R-L sstep DPO1_MYCTU : 139- 143: qaene GyRvL vvtgd DPO1_MYCTU : 641- 643: tiaat G-R-L sstep DPO1_STRPN : 614- 616: dltqt G-R-L ssvdp DPO1_STRPN : 633- 635: arleq G-R-L irkaf DPO1_THEAQ : 12- 15: lfepk G-RvL lvdgh DPO1_THEAQ : 418- 420: fanlw G-R-L egeer DPO1_THEAQ : 448- 451: hmeat GvR-L dvayl DPO1_THEAQ : 558- 560: ihprt G-R-L htrfn DPO1_THEAQ : 572- 574: tatat G-R-L sssdp DPO1_THEAQ : 776- 780: rleem GaRmL lqvhd DPO1_THECA : 12- 15: lfepk G-RvL lvdgh DPO1_THEFL : 11- 14: lfepk G-RvL lvdgh DPO1_THEFL : 329- 331: agawe G-R-L hraqd DPO1_THEFL : 340- 344: qdplr GlRdL kgvrg DPO1_THEFL : 402- 406: wteda GeRaL laerl DPO1_THEFL : 447- 450: rmeat GvR-L dvayl DPO1_THEFL : 557- 559: vhpkt G-R-L htrfn DPO1_THEFL : 571- 573: tatat G-R-L sssdp DPO1_THEFL : 775- 779: rlqel GaRmL lqvhd DPOG_YEAST : 106- 109: lpplq G-RsL dehfq DPOL_BPML5 : 497- 500: ivnam GrR-L pvdss DPOL_BPML5 : 497- 500: ivnam G-RrL pvdss DPOL_BPSP1 : 589- 591: hgtvt G-R-L ssnep DPOL_BPSP2 : 324- 326: tgrwa G-R-L vqvqn DPOL_BPSP2 : 528- 531: vqlps GrR-L ayakp DPOL_BPSP2 : 528- 531: vqlps G-RrL ayakp DPOL_BPSP2 : 561- 563: esgkw G-R-L ntygg DPOL_BPT3 : 129- 132: aleaw GyR-L gemkg DPOL_BPT5 : 465- 467: hmtts G-R-L sssgk DPOL_BPT7 : 129- 132: aleaw GyR-L gemkg E 5: 11.5102 42( 16) E-x(1,3)-R-x-L Occurences: 42(16) DPO1_BACCA : 469- 474: elrrn Eqd-RlL veleq DPO1_BACCA : 659- 663: dysqi El--RvL ahiae DPO1_BACCA : 674- 680: ddnlm EafrRdL dihtk DPO1_ECOLI : 629- 633: pkvil Ey--RgL aklks DPO1_HAEIN : 283- 288: yfary Efk-RwL nevmn DPO1_MYCLE : 139- 144: tqaen Egy-RvL vvtgd DPO1_MYCLE : 291- 295: lfdnl Ef--RvL rdrlf DPO1_MYCTU : 138- 143: tqaen Egy-RvL vvtgd DPO1_MYCTU : 290- 294: lfddl Ef--RvL rdrlf DPO1_STRPN : 658- 662: dysqi El--RvL ahisk DPO1_THEAQ : 9- 15: mlplf EpkgRvL lvdgh DPO1_THEAQ : 90- 96: raptp EdfpRqL alike DPO1_THEAQ : 135- 139: ekegy Ev--RiL tadkd DPO1_THEAQ : 201- 207: vkgig EktaRkL leewg DPO1_THEAQ : 347- 351: lrdlk Ea--RgL lakdl DPO1_THEAQ : 421- 427: lwgrl EgeeRlL wlyre DPO1_THEAQ : 423- 427: grleg Ee--RlL wlyre DPO1_THEAQ : 432- 437: lwlyr Eve-RpL savla DPO1_THEAQ : 615- 619: dysqi El--RvL ahlsg DPO1_THEAQ : 774- 780: fprle EmgaRmL lqvhd DPO1_THECA : 9- 15: mlplf EpkgRvL lvdgh DPO1_THEFL : 8- 14: mlplf EpkgRvL lvdgh DPO1_THEFL : 89- 95: raptp EdfpRqL alike DPO1_THEFL : 134- 138: ekegy Ev--RiL tadrd DPO1_THEFL : 422- 426: erlkg Ee--RlL wlyee DPO1_THEFL : 463- 469: lslev EaevRqL eeevf DPO1_THEFL : 465- 469: levea Ev--RqL eeevf DPO1_THEFL : 614- 618: dysqi El--RvL ahlsg DPO1_THEFL : 773- 779: fprlq ElgaRmL lqvhd DPOG_YEAST : 464- 469: lpgfp Ewy-RqL fpskd DPOG_YEAST : 893- 897: isihd Ei--RfL vsekd DPOL_BPML5 : 241- 246: flldv Eys-RsL aekwl DPOL_BPML5 : 396- 400: dyqaq El--RvL aalsg DPOL_BPSP1 : 196- 201: edaid Eik-RyL elpag DPOL_BPSP1 : 640- 644: dysql El--RiL vcyys DPOL_BPSP1 : 698- 703: givyq Esa-RgL sedlr DPOL_BPSP2 : 274- 280: entnd EtvhRvL rlrqe DPOL_BPT3 : 252- 257: aarrs Ell-RnL tetfg DPOL_BPT3 : 480- 484: dasgl El--RcL ahfma DPOL_BPT5 : 428- 432: aktll Ei--RkL tklis DPOL_BPT7 : 252- 257: aarrs Ell-RkL tetfg DPOL_BPT7 : 480- 484: dasgl El--RcL ahfma F 6: 11.5102 39( 16) L-x-E-x(1,3)-K Occurences: 39(16) DPO1_BACCA : 631- 636: nipir LeEgr-K irqaf DPO1_ECOLI : 73- 78: tfrde LfEhy-K shrpp DPO1_ECOLI : 334- 340: nyvti LdEetlK awiak DPO1_ECOLI : 408- 413: ellkp LlEde-K alkvg DPO1_ECOLI : 461- 467: hdmds LaErwlK hktit DPO1_ECOLI : 563- 568: eltlr LaEle-K kahei DPO1_ECOLI : 563- 569: eltlr LaElekK aheia DPO1_HAEIN : 267- 272: tdqll LgEsq-K dqlie DPO1_HAEIN : 525- 530: qeept LvEly-K tmelp DPO1_MYCLE : 257- 262: vrnre LtElv-K dvplv DPO1_MYCLE : 399- 403: dnpka LhEa--K lamhd DPO1_MYCTU : 396- 400: akpka LhEa--K aavhd DPO1_STRPN : 842- 846: vpkse LvEm--K klvkq DPO1_STRPN : 842- 847: vpkse LvEmk-K lvkqt DPO1_THEAQ : 7- 11: rgmlp LfEp--K grvll DPO1_THEAQ : 287- 292: lhefg LlEsp-K aleea DPO1_THECA : 7- 11: eamlp LfEp--K grvll DPO1_THEFL : 6- 10: mamlp LfEp--K grvll DPO1_THEFL : 286- 291: lhefg LlEgp-K aaeea DPO1_THEFL : 415- 420: rlfqt LkErl-K geerl DPO1_THEFL : 428- 434: erllw LyEeveK plsrv DPOG_YEAST : 73- 78: eqsdk LmEls-K kslkd DPOG_YEAST : 73- 79: eqsdk LmElskK slkdh DPOG_YEAST : 109- 115: lqgrs LdEhfqK igrfn DPOG_YEAST : 787- 792: kiank LyEnt-K gktkr DPOG_YEAST : 1040- 1046: ledey LrEctsK eyard DPOG_YEAST : 1120- 1126: ipekq LlEnrrK kenri DPOL_BPML5 : 143- 149: gfghs LeEliaK fised DPOL_BPML5 : 280- 286: dlaeg LeEmgvK itgrt DPOL_BPSP1 : 8- 14: saldt LkEfnpK pmkgq DPOL_BPSP1 : 168- 172: eilas LlEg--K tpknv DPOL_BPSP1 : 550- 555: dfvkv LmEfr-K anhly DPOL_BPSP2 : 471- 476: laege LpElv-K awrta DPOL_BPSP2 : 540- 546: kpkle LdErfgK ealty DPOL_BPT3 : 11- 17: ieann LlEkvtK fhcgv DPOL_BPT3 : 132- 136: awgyr LgEm--K geykd DPOL_BPT3 : 633- 639: kteem LvEkglK hgwdg DPOL_BPT5 : 426- 431: piakt LlEir-K ltkli DPOL_BPT5 : 589- 595: svnea LlEqaaK tgepf DPOL_BPT7 : 11- 17: ieana LlEsvtK fhcgv DPOL_BPT7 : 132- 136: awgyr LgEm--K geykd DPOL_BPT7 : 633- 639: kteem LvEkglK hgwdg G 7: 11.5102 41( 16) L-x-E-x(0,2)-K Occurences: 41(16) DPO1_BACCA : 538- 541: qlgvi LfE--K lqlpv DPO1_BACCA : 631- 636: nipir LeEgrK irqaf DPO1_ECOLI : 73- 78: tfrde LfEhyK shrpp DPO1_ECOLI : 408- 413: ellkp LlEdeK alkvg DPO1_ECOLI : 563- 568: eltlr LaEleK kahei DPO1_ECOLI : 590- 593: qlqti LfE--K qgikp DPO1_HAEIN : 232- 235: rgakk LgE--K llaek DPO1_HAEIN : 237- 240: lgekl LaE--K nnadl DPO1_HAEIN : 267- 272: tdqll LgEsqK dqlie DPO1_HAEIN : 525- 530: qeept LvElyK tmelp DPO1_MYCLE : 257- 262: vrnre LtElvK dvplv DPO1_MYCLE : 399- 403: dnpka LhEa-K lamhd DPO1_MYCTU : 396- 400: akpka LhEa-K aavhd DPO1_STRPN : 460- 463: etepi LlE--K lseng DPO1_STRPN : 537- 540: qlgvl LfE--K lglpl DPO1_STRPN : 842- 846: vpkse LvEm-K klvkq DPO1_STRPN : 842- 847: vpkse LvEmkK lvkqt DPO1_THEAQ : 7- 11: rgmlp LfEp-K grvll DPO1_THEAQ : 168- 171: itpaw LwE--K yglrp DPO1_THEAQ : 287- 292: lhefg LlEspK aleea DPO1_THECA : 7- 11: eamlp LfEp-K grvll DPO1_THEFL : 6- 10: mamlp LfEp-K grvll DPO1_THEFL : 167- 170: itpaw LyE--K yglrp DPO1_THEFL : 227- 230: qvkps LrE--K lqagm DPO1_THEFL : 286- 291: lhefg LlEgpK aaeea DPO1_THEFL : 415- 420: rlfqt LkErlK geerl DPOG_YEAST : 73- 78: eqsdk LmElsK kslkd DPOG_YEAST : 787- 792: kiank LyEntK gktkr DPOL_BPML5 : 246- 249: eysrs LaE--K wladq DPOL_BPSP1 : 168- 172: eilas LlEg-K tpknv DPOL_BPSP1 : 385- 388: dvtfr LsE--K yiplv DPOL_BPSP1 : 550- 555: dfvkv LmEfrK anhly DPOL_BPSP2 : 249- 252: qlkkw LeE--K gltis DPOL_BPSP2 : 471- 476: laege LpElvK awrta DPOL_BPT3 : 11- 14: ieann LlE--K vtkfh DPOL_BPT3 : 132- 136: awgyr LgEm-K geykd DPOL_BPT3 : 181- 184: vvtka LlE--K llsdk DPOL_BPT3 : 633- 636: kteem LvE--K glkhg DPOL_BPT5 : 426- 431: piakt LlEirK ltkli DPOL_BPT7 : 132- 136: awgyr LgEm-K geykd DPOL_BPT7 : 181- 184: vvtka LlE--K llsdk DPOL_BPT7 : 633- 636: kteem LvE--K glkhg H 8: 11.5102 37( 16) L-x-E-x(2,4)-G Occurences: 37(16) DPO1_BACCA : 485- 492: plssi LaEmefaG vkvdt DPO1_ECOLI : 590- 595: qlqti LfEkq--G ikplk DPO1_ECOLI : 915- 921: ldvpl LvEvgs-G enwdq DPO1_HAEIN : 288- 294: efkrw LnEvmn-G adsit DPO1_MYCLE : 323- 330: dvrgg LlEsgtvG rwlak DPO1_MYCLE : 569- 574: qlqvv LfEel--G mpktk DPO1_MYCLE : 705- 712: srdeg LiEafhtG edlhs DPO1_MYCLE : 867- 873: vhdel LfEvai-G ereqi DPO1_MYCTU : 330- 335: tvrqw LaEha--G dgrra DPO1_MYCTU : 330- 337: tvrqw LaEhagdG rragl DPO1_MYCTU : 698- 705: sgdeg LiEafntG edlhs DPO1_MYCTU : 860- 866: vhdel LfEiap-G ererv DPO1_STRPN : 125- 130: gtldk LaEqd--G fditi DPO1_STRPN : 170- 175: ftpdy LmEem--G ltpaq DPO1_STRPN : 537- 542: qlgvl LfEkl--G lpley DPO1_THEAQ : 7- 12: rgmlp LfEpk--G rvllv DPO1_THEAQ : 168- 173: itpaw LwEky--G lrpdq DPO1_THEAQ : 207- 212: ktark LlEew--G sleal DPO1_THEAQ : 345- 350: kalrd LkEar--G llakd DPO1_THEAQ : 361- 366: lsvla LrEgl--G lppgd DPO1_THEAQ : 711- 718: wiekt LeEgrrrG yvetl DPO1_THECA : 7- 12: eamlp LfEpk--G rvllv DPO1_THEFL : 6- 11: mamlp LfEpk--G rvllv DPO1_THEFL : 167- 172: itpaw LyEky--G lrpeq DPO1_THEFL : 227- 234: qvkps LrEklqaG meala DPO1_THEFL : 415- 421: rlfqt LkErlk-G eerll DPO1_THEFL : 710- 717: wiegt LeEgrrrG yvetl DPOG_YEAST : 787- 793: kiank LyEntk-G ktkrs DPOL_BPML5 : 450- 455: ggaka LaEav--G isipv DPOL_BPSP1 : 131- 136: kvrgk LyEie--G rkffp DPOL_BPSP1 : 513- 518: qlgel LfErm--G letvi DPOL_BPSP1 : 858- 864: gdvpi LsEmei-G rnygd DPOL_BPSP2 : 540- 545: kpkle LdErf--G kealt DPOL_BPT3 : 132- 137: awgyr LgEmk--G eykdd DPOL_BPT3 : 257- 262: ellrn LtEtf--G swyqp DPOL_BPT5 : 229- 234: lqhyv LdErr--G thglk DPOL_BPT7 : 132- 137: awgyr LgEmk--G eykdd DPOL_BPT7 : 257- 262: ellrk LtEtf--G swyqp I 9: 11.5102 49( 16) L-x(1,2)-E-x(1,2)-K Occurences: 49(16) DPO1_BACCA : 361- 366: qfvaw LgdEt-K kksmf DPO1_BACCA : 361- 367: qfvaw LgdEtkK ksmfd DPO1_BACCA : 631- 636: nipir Le-EgrK irqaf DPO1_BACCA : 833- 839: qvhde LilEapK eemer DPO1_ECOLI : 73- 78: tfrde Lf-EhyK shrpp DPO1_ECOLI : 121- 127: dvigt LarEaeK agrpv DPO1_ECOLI : 214- 220: ggldt LyaEpeK iagls DPO1_ECOLI : 334- 340: nyvti LdeEtlK awiak DPO1_ECOLI : 408- 413: ellkp Ll-EdeK alkvg DPO1_ECOLI : 563- 568: eltlr La-EleK kahei DPO1_ECOLI : 884- 890: qvhde LvfEvhK ddvda DPO1_HAEIN : 266- 272: ttdql LlgEsqK dqlie DPO1_HAEIN : 267- 272: tdqll Lg-EsqK dqlie DPO1_HAEIN : 525- 530: qeept Lv-ElyK tmelp DPO1_MYCLE : 34- 40: rafya LptEnfK trggl DPO1_MYCLE : 257- 262: vrnre Lt-ElvK dvplv DPO1_MYCLE : 399- 403: dnpka Lh-Ea-K lamhd DPO1_MYCTU : 33- 39: rafya LpaEnfK trggl DPO1_MYCTU : 396- 400: akpka Lh-Ea-K aavhd DPO1_STRPN : 543- 549: feklg LplEytK ktktg DPO1_STRPN : 842- 846: vpkse Lv-Em-K klvkq DPO1_STRPN : 842- 847: vpkse Lv-EmkK lvkqt DPO1_THEAQ : 7- 11: rgmlp Lf-Ep-K grvll DPO1_THEAQ : 287- 292: lhefg Ll-EspK aleea DPO1_THEAQ : 787- 793: qvhde LvlEapK eraea DPO1_THECA : 7- 11: eamlp Lf-Ep-K grvll DPO1_THEFL : 6- 10: mamlp Lf-Ep-K grvll DPO1_THEFL : 286- 291: lhefg Ll-EgpK aaeea DPO1_THEFL : 415- 420: rlfqt Lk-ErlK geerl DPO1_THEFL : 428- 434: erllw LyeEveK plsrv DPO1_THEFL : 786- 792: qvhde LvlEapK draer DPOG_YEAST : 73- 78: eqsdk Lm-ElsK kslkd DPOG_YEAST : 775- 781: rfnps LtdEetK kiank DPOG_YEAST : 787- 792: kiank Ly-EntK gktkr DPOG_YEAST : 897- 903: deirf LvsEkdK yraam DPOL_BPML5 : 166- 171: klmak LaaEh-K ttkak DPOL_BPSP1 : 168- 172: eilas Ll-Eg-K tpknv DPOL_BPSP1 : 350- 356: gydda LdgEkpK gedeg DPOL_BPSP1 : 550- 555: dfvkv Lm-EfrK anhly DPOL_BPSP2 : 187- 192: skfep LesEh-K lwald DPOL_BPSP2 : 226- 231: qyqag LiaEa-K kltgl DPOL_BPSP2 : 226- 232: qyqag LiaEakK ltglp DPOL_BPSP2 : 282- 288: hrvlr LrqEmaK tsvkk DPOL_BPSP2 : 471- 476: laege Lp-ElvK awrta DPOL_BPSP2 : 549- 554: fgkea LtyEg-K lesgk DPOL_BPT3 : 46- 51: aylda LeaEv-K rggli DPOL_BPT3 : 132- 136: awgyr Lg-Em-K geykd DPOL_BPT3 : 690- 695: nfrcl LdtEg-K mganw DPOL_BPT5 : 426- 431: piakt Ll-EirK ltkli DPOL_BPT5 : 696- 701: iislg LeqEm-K ivmlv DPOL_BPT7 : 132- 136: awgyr Lg-Em-K geykd DPOL_BPT7 : 690- 695: nfrcl LdtEg-K mgpnw J 10: 11.5102 44( 16) L-x(1,2)-E-x(0,1)-K Occurences: 44(16) DPO1_BACCA : 361- 366: qfvaw LgdEtK kksmf DPO1_BACCA : 538- 541: qlgvi Lf-E-K lqlpv DPO1_ECOLI : 409- 413: llkpl LedE-K alkvg DPO1_ECOLI : 590- 593: qlqti Lf-E-K qgikp DPO1_HAEIN : 232- 235: rgakk Lg-E-K llaek DPO1_HAEIN : 236- 240: klgek LlaE-K nnadl DPO1_HAEIN : 237- 240: lgekl La-E-K nnadl DPO1_MYCLE : 399- 403: dnpka Lh-EaK lamhd DPO1_MYCTU : 396- 400: akpka Lh-EaK aavhd DPO1_STRPN : 460- 463: etepi Ll-E-K lseng DPO1_STRPN : 508- 512: qaene LviE-K ltqei DPO1_STRPN : 536- 540: kqlgv LlfE-K lglpl DPO1_STRPN : 537- 540: qlgvl Lf-E-K lglpl DPO1_STRPN : 842- 846: vpkse Lv-EmK klvkq DPO1_THEAQ : 7- 11: rgmlp Lf-EpK grvll DPO1_THEAQ : 168- 171: itpaw Lw-E-K yglrp DPO1_THECA : 7- 11: eamlp Lf-EpK grvll DPO1_THEFL : 6- 10: mamlp Lf-EpK grvll DPO1_THEFL : 167- 170: itpaw Ly-E-K yglrp DPO1_THEFL : 227- 230: qvkps Lr-E-K lqagm DPOG_YEAST : 632- 636: sakss LnnE-K tndla DPOG_YEAST : 897- 901: deirf LvsE-K dkyra DPOG_YEAST : 1177- 1181: pldyt LetE-K qffni DPOL_BPML5 : 166- 171: klmak LaaEhK ttkak DPOL_BPML5 : 246- 249: eysrs La-E-K wladq DPOL_BPSP1 : 168- 172: eilas Ll-EgK tpknv DPOL_BPSP1 : 350- 354: gydda LdgE-K pkged DPOL_BPSP1 : 385- 388: dvtfr Ls-E-K yiplv DPOL_BPSP2 : 187- 192: skfep LesEhK lwald DPOL_BPSP2 : 226- 231: qyqag LiaEaK kltgl DPOL_BPSP2 : 249- 252: qlkkw Le-E-K gltis DPOL_BPSP2 : 295- 299: svkky LamE-K alcpd DPOL_BPSP2 : 549- 554: fgkea LtyEgK lesgk DPOL_BPT3 : 11- 14: ieann Ll-E-K vtkfh DPOL_BPT3 : 46- 51: aylda LeaEvK rggli DPOL_BPT3 : 132- 136: awgyr Lg-EmK geykd DPOL_BPT3 : 181- 184: vvtka Ll-E-K llsdk DPOL_BPT3 : 633- 636: kteem Lv-E-K glkhg DPOL_BPT3 : 690- 695: nfrcl LdtEgK mganw DPOL_BPT5 : 696- 701: iislg LeqEmK ivmlv DPOL_BPT7 : 132- 136: awgyr Lg-EmK geykd DPOL_BPT7 : 181- 184: vvtka Ll-E-K llsdk DPOL_BPT7 : 633- 636: kteem Lv-E-K glkhg DPOL_BPT7 : 690- 695: nfrcl LdtEgK mgpnw K 11: 11.5102 41( 16) L-x(1,2)-E-x(4,5)-V Occurences: 41(16) DPO1_BACCA : 485- 493: plssi La-EmefagV kvdtk DPO1_BACCA : 507- 514: qmgee La-Eqlrt-V eqriy DPO1_BACCA : 538- 546: qlgvi Lf-EklqlpV lkksk DPO1_BACCA : 848- 857: erlcr LvpEvmeqaV tlrvp DPO1_ECOLI : 409- 417: llkpl LedEkalk-V gqnlk DPO1_ECOLI : 790- 798: qkymd LyfErypg-V leyme DPO1_ECOLI : 884- 893: qvhde LvfEvhkddV davak DPO1_HAEIN : 519- 526: alwlk Lq-Eeptl-V elykt DPO1_HAEIN : 886- 895: qvhde LvfEvrsekV affre DPO1_MYCLE : 257- 264: vrnre Lt-Elvkd-V plvqt DPO1_MYCLE : 504- 512: idsts LlgEmelp-V qqvla DPO1_MYCLE : 505- 512: dstsl Lg-Emelp-V qqvla DPO1_MYCTU : 396- 403: akpka Lh-Eakaa-V hdlag DPO1_MYCTU : 500- 508: idsta LlgEmelp-V qrvla DPO1_MYCTU : 501- 508: dstal Lg-Emelp-V qrvla DPO1_STRPN : 842- 849: vpkse Lv-Emkkl-V kqtme DPO1_THEAQ : 7- 14: rgmlp Lf-Epkgr-V llvdg DPO1_THEAQ : 55- 62: sllka Lk-Edgda-V ivvfd DPO1_THEAQ : 522- 529: avlea Lr-Eahpi-V ekilq DPO1_THEAQ : 802- 810: eavar LakEvmeg-V yplav DPO1_THECA : 7- 14: eamlp Lf-Epkgr-V llvdg DPO1_THEFL : 6- 13: mamlp Lf-Epkgr-V llvdg DPO1_THEFL : 54- 61: sllka Lk-Edgdv-V vvvfd DPO1_THEFL : 54- 62: sllka Lk-EdgdvvV vvfda DPO1_THEFL : 458- 466: aylqa LslEveae-V rqlee DPO1_THEFL : 521- 528: avlea Lr-Eahpi-V drilq DPO1_THEFL : 801- 809: ervaa LakEvmeg-V wplqv DPOG_YEAST : 49- 57: vgiqy Lg-EslqrqV fgscg DPOL_BPML5 : 4- 13: mie LrhEvqgdlV tvnvv DPOL_BPML5 : 566- 574: ahigh LmqEqmgp-V lvgtd DPOL_BPSP1 : 385- 393: dvtfr Ls-EkyiplV eenee DPOL_BPSP1 : 415- 424: gyytl LdiEmdgihV drewl DPOL_BPSP2 : 196- 205: hklwa LdqEindrgV ridvd DPOL_BPSP2 : 282- 291: hrvlr LrqEmaktsV kkyla DPOL_BPSP2 : 398- 407: rviaw LagEewrleV fnthg DPOL_BPSP2 : 515- 523: hgltf Ly-EsgilfV qlpsg DPOL_BPT3 : 147- 155: dfkrm Le-EqgeeyV dgmew DPOL_BPT3 : 573- 580: siqqt Lv-Essqw-V ageqq DPOL_BPT5 : 183- 191: ylqki LdsEnhti-V fhnlk DPOL_BPT5 : 694- 703: neiis LglEqemkiV mlvhd DPOL_BPT7 : 147- 155: dfkrm Le-EqgeeyV dgmew DPOL_BPT7 : 573- 580: siqqt Lv-Essqw-V ageqq L 12: 11.5102 50( 16) L-x(0,1)-E-x(2,3)-G Occurences: 50(16) DPO1_BACCA : 500- 504: vdtkr L-Eqm-G eelae DPO1_ECOLI : 491- 495: fnqia L-Eea-G ryaae DPO1_ECOLI : 590- 595: qlqti LfEkq-G ikplk DPO1_ECOLI : 628- 632: lpkvi L-Eyr-G laklk DPO1_ECOLI : 915- 921: ldvpl LvEvgsG enwdq DPO1_HAEIN : 288- 294: efkrw LnEvmnG adsit DPO1_MYCLE : 569- 574: qlqvv LfEel-G mpktk DPO1_MYCLE : 867- 873: vhdel LfEvaiG ereqi DPO1_MYCLE : 896- 901: pldvp L-EvsvG fgrsw DPO1_MYCTU : 330- 335: tvrqw LaEha-G dgrra DPO1_MYCTU : 860- 866: vhdel LfEiapG ererv DPO1_MYCTU : 889- 894: pldvp L-EvsvG ygrsw DPO1_STRPN : 125- 130: gtldk LaEqd-G fditi DPO1_STRPN : 170- 175: ftpdy LmEem-G ltpaq DPO1_STRPN : 537- 542: qlgvl LfEkl-G lpley DPO1_THEAQ : 7- 12: rgmlp LfEpk-G rvllv DPO1_THEAQ : 111- 115: lglar L-Evp-G yeadd DPO1_THEAQ : 168- 173: itpaw LwEky-G lrpdq DPO1_THEAQ : 207- 212: ktark LlEew-G sleal DPO1_THEAQ : 208- 212: tarkl L-Eew-G sleal DPO1_THEAQ : 345- 350: kalrd LkEar-G llakd DPO1_THEAQ : 361- 366: lsvla LrEgl-G lppgd DPO1_THEAQ : 772- 776: klfpr L-Eem-G armll DPO1_THEAQ : 817- 822: plavp L-EvevG igedw DPO1_THECA : 7- 12: eamlp LfEpk-G rvllv DPO1_THEFL : 6- 11: mamlp LfEpk-G rvllv DPO1_THEFL : 110- 114: lglvr L-Evp-G feadd DPO1_THEFL : 167- 172: itpaw LyEky-G lrpeq DPO1_THEFL : 253- 258: htdlp L-EvdfG rrrtp DPO1_THEFL : 415- 421: rlfqt LkErlkG eerll DPO1_THEFL : 816- 821: plqvp L-EvevG lgedw DPOG_YEAST : 787- 793: kiank LyEntkG ktkrs DPOL_BPML5 : 280- 284: dlaeg L-Eem-G vkitg DPOL_BPML5 : 450- 455: ggaka LaEav-G isipv DPOL_BPSP1 : 131- 136: kvrgk LyEie-G rkffp DPOL_BPSP1 : 201- 206: eikry L-ElpaG srvvi DPOL_BPSP1 : 339- 344: krlaw L-EtdmG gydda DPOL_BPSP1 : 513- 518: qlgel LfErm-G letvi DPOL_BPSP1 : 858- 864: gdvpi LsEmeiG rnygd DPOL_BPSP2 : 249- 253: qlkkw L-Eek-G ltiss DPOL_BPSP2 : 540- 545: kpkle LdErf-G kealt DPOL_BPT3 : 125- 129: fgsha L-Eaw-G yrlge DPOL_BPT3 : 132- 137: awgyr LgEmk-G eykdd DPOL_BPT3 : 147- 151: dfkrm L-Eeq-G eeyvd DPOL_BPT3 : 257- 262: ellrn LtEtf-G swyqp DPOL_BPT5 : 229- 234: lqhyv LdErr-G thglk DPOL_BPT7 : 125- 129: fgsha L-Eaw-G yrlge DPOL_BPT7 : 132- 137: awgyr LgEmk-G eykdd DPOL_BPT7 : 147- 151: dfkrm L-Eeq-G eeyvd DPOL_BPT7 : 257- 262: ellrk LtEtf-G swyqp M 13: 11.5102 50( 16) L-x(3,4)-G-x(2,3)-L Occurences: 50(16) DPO1_BACCA : 380- 387: raava Lkwk-Gie-L cgvsf DPO1_BACCA : 500- 507: vdtkr Leqm-Gee-L aeqlr DPO1_ECOLI : 9- 18: ipqnp LilvdGssyL yrayh DPO1_ECOLI : 205- 214: taqal LqglgGldtL yaepe DPO1_ECOLI : 428- 435: ydrgi Lany-Gie-L rgiaf DPO1_ECOLI : 590- 599: qlqti LfekqGikpL kktpg DPO1_ECOLI : 628- 636: lpkvi Leyr-GlakL kstyt DPO1_HAEIN : 9- 18: iatnp LvlvdGssyL yrafh DPO1_HAEIN : 224- 232: ekvae Lpir-GakkL gekll DPO1_HAEIN : 479- 487: iafes Lagk-GksqL tfnqi DPO1_HAEIN : 630- 639: elpki LvkhrGlskL kstyt DPO1_MYCLE : 18- 26: htkpm LmlldGns-L afraf DPO1_MYCLE : 163- 172: ndvtv LyprkGvseL trftp DPO1_MYCLE : 345- 352: grrsg Laiv-Gth-L phggd DPO1_MYCLE : 409- 416: lamhd Lagr-Gwt-L ggits DPO1_MYCTU : 17- 25: rakpt LmlldGns-L afraf DPO1_MYCTU : 109- 117: itkev Lgal-GitvL sepgf DPO1_MYCTU : 162- 171: ddvtv LyprkGvseL trftp DPO1_MYCTU : 342- 349: grrag Ltvv-Gth-L phggd DPO1_MYCTU : 406- 413: aavhd Lagr-Gwt-L egvts DPO1_MYCTU : 591- 600: dalqs LfdktGhpfL qhlla DPO1_STRPN : 379- 387: kkvkv LlqrfGvd-L qapaf DPO1_STRPN : 380- 387: kvkvl Lqrf-Gvd-L qapaf DPO1_STRPN : 464- 472: illek Lsen-GqleL lydme DPO1_STRPN : 537- 545: qlgvl LfeklGlp-L eytkk DPO1_THEAQ : 7- 15: rgmlp LfepkGrv-L lvdgh DPO1_THEAQ : 7- 16: rgmlp LfepkGrvlL vdghh DPO1_THEAQ : 15- 22: pkgrv Llvd-Ghh-L ayrtf DPO1_THEAQ : 102- 111: alike LvdllGlarL evpgy DPO1_THEAQ : 359- 367: kdlsv LalreGlg-L ppgdd DPO1_THEAQ : 619- 628: ielrv LahlsGdenL irvfq DPO1_THEAQ : 772- 780: klfpr Leem-GarmL lqvhd DPO1_THECA : 7- 15: eamlp LfepkGrv-L lvdgh DPO1_THECA : 7- 16: eamlp LfepkGrvlL vdghh DPO1_THEFL : 6- 14: mamlp LfepkGrv-L lvdgh DPO1_THEFL : 6- 15: mamlp LfepkGrvlL vdghh DPO1_THEFL : 14- 21: pkgrv Llvd-Ghh-L ayrtf DPO1_THEFL : 101- 110: alike LvdllGlvrL evpgf DPO1_THEFL : 358- 366: kdlav LalreGld-L fpedd DPO1_THEFL : 618- 627: ielrv LahlsGdenL irvfq DPO1_THEFL : 771- 779: rlfpr Lqel-GarmL lqvhd DPOG_YEAST : 101- 109: pisfp LpplqGrs-L dehfq DPOL_BPML5 : 306- 313: alldk Lved-Gne-L aaiaq DPOL_BPSP1 : 656- 663: pytid Lyrs-Gad-L hkava DPOL_BPSP2 : 447- 456: vaela LgyqgGkgaL iqmga DPOL_BPSP2 : 540- 549: kpkle LderfGkeaL tyegk DPOL_BPSP2 : 563- 570: gkwgr Lnty-Ggk-L veniv DPOL_BPSP2 : 607- 616: hdeav LdvprGkneL dkvea DPOL_BPT3 : 125- 132: fgsha Leaw-Gyr-L gemkg DPOL_BPT5 : 144- 152: setsa LycrdGyl-L gvsis DPOL_BPT5 : 229- 238: lqhyv LderrGthgL kslam DPOL_BPT5 : 467- 475: ttsgr Lsss-GklnL qqlpr DPOL_BPT7 : 125- 132: fgsha Leaw-Gyr-L gemkg N 14: 11.5102 59( 16) L-x(1,2)-L-x(1,2)-E Occurences: 59(16) DPO1_BACCA : 845- 851: eemer LcrLvpE vmeqa DPO1_ECOLI : 211- 217: qglgg LdtLyaE pekia DPO1_ECOLI : 258- 263: ktdve Le-LtcE qlevq DPO1_ECOLI : 405- 410: ralel LkpLl-E dekal DPO1_ECOLI : 561- 565: seelt Lr-La-E lekka DPO1_HAEIN : 265- 269: vttdq Ll-Lg-E sqkdq DPO1_HAEIN : 517- 521: qqalw Lk-Lq-E eptlv DPO1_HAEIN : 517- 522: qqalw Lk-LqeE ptlve DPO1_MYCLE : 57- 63: gftam LinLlrE eapth DPO1_MYCLE : 444- 450: lddls LryLrrE lraet DPO1_MYCLE : 528- 533: giaad LrlLt-E lqsqf DPO1_MYCLE : 528- 533: giaad Lr-LltE lqsqf DPO1_MYCTU : 441- 447: lddls LryLrrE lraet DPO1_MYCTU : 524- 529: giavd LpmLt-E lqsqf DPO1_STRPN : 47- 52: gfqlm LshLl-E rveps DPO1_STRPN : 122- 127: diigt LdkLa-E qdgfd DPO1_STRPN : 142- 148: sgdkd LiqLtdE htvve DPO1_STRPN : 450- 455: hlack LavLv-E tepil DPO1_STRPN : 461- 466: tepil LekLs-E ngqle DPO1_STRPN : 533- 539: nspkq LgvLlfE klglp DPO1_STRPN : 541- 546: llfek Lg-LplE ytkkt DPO1_THEAQ : 5- 9: mrgm Lp-Lf-E pkgrv DPO1_THEAQ : 52- 57: faksl LkaLk-E dgdav DPO1_THEAQ : 96- 101: dfprq La-LikE lvdll DPO1_THEAQ : 342- 347: epyka LrdLk-E argll DPO1_THEAQ : 359- 363: kdlsv La-Lr-E glglp DPO1_THEAQ : 426- 432: egeer LlwLyrE verpl DPO1_THEAQ : 427- 432: geerl Lw-LyrE verpl DPO1_THEAQ : 456- 462: ldvay LraLslE vaeei DPO1_THEAQ : 519- 524: tsaav LeaLr-E ahpiv DPO1_THECA : 5- 9: meam Lp-Lf-E pkgrv DPO1_THEFL : 4- 8: mam Lp-Lf-E pkgrv DPO1_THEFL : 51- 56: faksl LkaLk-E dgdvv DPO1_THEFL : 95- 100: dfprq La-LikE lvdll DPO1_THEFL : 144- 150: tadrd LyqLlsE riail DPO1_THEFL : 358- 362: kdlav La-Lr-E gldlf DPO1_THEFL : 364- 369: alreg Ld-LfpE ddpml DPO1_THEFL : 425- 430: kgeer LlwLy-E evekp DPO1_THEFL : 425- 431: kgeer LlwLyeE vekpl DPO1_THEFL : 426- 430: geerl Lw-Ly-E evekp DPO1_THEFL : 426- 431: geerl Lw-LyeE vekpl DPO1_THEFL : 455- 461: ldvay LqaLslE veaev DPO1_THEFL : 458- 463: aylqa Ls-LevE aevrq DPO1_THEFL : 518- 523: tsaav LeaLr-E ahpiv DPOG_YEAST : 213- 219: aalip LntLnkE qvvig DPOG_YEAST : 490- 496: riipi LfkLswE nspvi DPOL_BPML5 : 303- 308: vnaal LdkLv-E dgnel DPOL_BPML5 : 527- 532: vtcra LirLh-E agytp DPOL_BPSP1 : 5- 10: mgsa LdtLk-E fnpkp DPOL_BPSP1 : 165- 170: kdlei LasLl-E gktpk DPOL_BPSP1 : 279- 284: tivkf LrkLl-E redle DPOL_BPSP1 : 509- 515: gstkq LgeLlfE rmgle DPOL_BPSP2 : 193- 199: esehk LwaLdqE indrg DPOL_BPSP2 : 280- 285: tvhrv Lr-LrqE makts DPOL_BPSP2 : 512- 517: klqhg LtfLy-E sgilf DPOL_BPSP2 : 538- 542: yakpk Le-Ld-E rfgke DPOL_BPT3 : 43- 49: dfgay LdaLeaE vkrgg DPOL_BPT3 : 75- 80: tklak Lq-LnrE fhlpr DPOL_BPT3 : 254- 259: rrsel LrnLt-E tfgsw DPOL_BPT5 : 694- 699: neiis Lg-LeqE mkivm DPOL_BPT7 : 43- 49: dfgay LdaLeaE vargg DPOL_BPT7 : 75- 80: tklak Lq-LnrE fhlpr DPOL_BPT7 : 254- 259: rrsel LrkLt-E tfgsw O 15: 11.5102 53( 16) L-x(1,2)-L-x(0,1)-E Occurences: 53(16) DPO1_BACCA : 474- 478: eqdrl LveL-E qplss DPO1_BACCA : 833- 836: qvhde Li-L-E apkee DPO1_ECOLI : 405- 410: ralel LkpLlE dekal DPO1_ECOLI : 561- 565: seelt Lr-LaE lekka DPO1_ECOLI : 563- 567: eltlr LaeL-E kkahe DPO1_ECOLI : 744- 747: aevfg Lp-L-E tvtse DPO1_HAEIN : 265- 269: vttdq Ll-LgE sqkdq DPO1_HAEIN : 517- 521: qqalw Lk-LqE eptlv DPO1_HAEIN : 566- 570: eiasr LtaL-E kqaya DPO1_MYCLE : 528- 533: giaad LrlLtE lqsqf DPO1_MYCTU : 524- 529: giavd LpmLtE lqsqf DPO1_STRPN : 47- 52: gfqlm LshLlE rveps DPO1_STRPN : 122- 127: diigt LdkLaE qdgfd DPO1_STRPN : 209- 212: ktgik Ll-L-E hgsle DPO1_STRPN : 450- 455: hlack LavLvE tepil DPO1_STRPN : 461- 466: tepil LekLsE ngqle DPO1_STRPN : 543- 546: feklg Lp-L-E ytkkt DPO1_THEAQ : 5- 9: mrgm Lp-LfE pkgrv DPO1_THEAQ : 52- 57: faksl LkaLkE dgdav DPO1_THEAQ : 108- 112: vdllg LarL-E vpgye DPO1_THEAQ : 252- 255: kvrtd Lp-L-E vdfak DPO1_THEAQ : 273- 277: rlraf LerL-E fgsll DPO1_THEAQ : 342- 347: epyka LrdLkE argll DPO1_THEAQ : 359- 363: kdlsv La-LrE glglp DPO1_THEAQ : 459- 462: aylra Ls-L-E vaeei DPO1_THEAQ : 519- 524: tsaav LeaLrE ahpiv DPO1_THEAQ : 787- 790: qvhde Lv-L-E apker DPO1_THECA : 5- 9: meam Lp-LfE pkgrv DPO1_THEFL : 4- 8: mam Lp-LfE pkgrv DPO1_THEFL : 51- 56: faksl LkaLkE dgdvv DPO1_THEFL : 107- 111: vdllg LvrL-E vpgfe DPO1_THEFL : 251- 254: qvhtd Lp-L-E vdfgr DPO1_THEFL : 272- 276: glraf LerL-E fgsll DPO1_THEFL : 358- 362: kdlav La-LrE gldlf DPO1_THEFL : 425- 430: kgeer LlwLyE evekp DPO1_THEFL : 426- 430: geerl Lw-LyE evekp DPO1_THEFL : 458- 461: aylqa Ls-L-E veaev DPO1_THEFL : 518- 523: tsaav LeaLrE ahpiv DPO1_THEFL : 786- 789: qvhde Lv-L-E apkdr DPOG_YEAST : 1241- 1245: ttnrn LveL-E rditi DPOL_BPML5 : 303- 308: vnaal LdkLvE dgnel DPOL_BPML5 : 527- 532: vtcra LirLhE agytp DPOL_BPSP1 : 5- 10: mgsa LdtLkE fnpkp DPOL_BPSP1 : 165- 170: kdlei LasLlE gktpk DPOL_BPSP1 : 279- 284: tivkf LrkLlE redle DPOL_BPSP1 : 336- 340: swskr LawL-E tdmgg DPOL_BPSP2 : 512- 517: klqhg LtfLyE sgilf DPOL_BPSP2 : 538- 542: yakpk Le-LdE rfgke DPOL_BPT3 : 43- 47: dfgay LdaL-E aevkr DPOL_BPT3 : 254- 259: rrsel LrnLtE tfgsw DPOL_BPT5 : 694- 697: neiis Lg-L-E qemki DPOL_BPT7 : 43- 47: dfgay LdaL-E aevar DPOL_BPT7 : 254- 259: rrsel LrkLtE tfgsw P 16: 11.5102 38( 16) L-x(1,2)-L-x(2,3)-K Occurences: 38(16) DPO1_BACCA : 21- 28: raffa LplLhndK gihtn DPO1_BACCA : 179- 186: eqivd LkgLmgdK sdnip DPO1_BACCA : 542- 548: ilfek Lq-LpvlK ksktg DPO1_BACCA : 544- 551: feklq LpvLkksK tgyst DPO1_BACCA : 833- 839: qvhde Li-LeapK eemer DPO1_ECOLI : 275- 281: paaee LlgLfk-K yefkr DPO1_ECOLI : 276- 281: aaeel Lg-Lfk-K yefkr DPO1_ECOLI : 506- 511: dadvt Lq-Lhl-K mwpdl DPO1_ECOLI : 563- 569: eltlr LaeLek-K aheia DPO1_ECOLI : 823- 829: ldgrr Ly-LpdiK ssnga DPO1_HAEIN : 391- 398: ylplq LdyLdapK tleks DPO1_MYCLE : 592- 598: tdada LqsLfc-K tehpf DPO1_MYCTU : 588- 594: tdada LqsLfd-K tghpf DPO1_STRPN : 184- 191: aqfid LkaLmgdK sdnip DPO1_STRPN : 443- 449: erekf LehLac-K lavlv DPO1_STRPN : 533- 540: nspkq LgvLlfeK lglpl DPO1_STRPN : 543- 549: feklg Lp-LeytK ktktg DPO1_THEAQ : 5- 11: mrgm Lp-LfepK grvll DPO1_THEAQ : 122- 128: eaddv LasLak-K aekeg DPO1_THEAQ : 218- 225: sleal LknLdrlK paire DPO1_THEAQ : 760- 767: gtaad LmkLamvK lfprl DPO1_THEAQ : 787- 793: qvhde Lv-LeapK eraea DPO1_THECA : 5- 11: meam Lp-LfepK grvll DPO1_THEFL : 4- 10: mam Lp-LfepK grvll DPO1_THEFL : 238- 243: agmea La-Lsr-K lsqvh DPO1_THEFL : 338- 345: raqdp LrgLrdlK gvrgi DPO1_THEFL : 548- 555: tyidp LpaLvhpK tgrlh DPO1_THEFL : 786- 792: qvhde Lv-LeapK draer DPOG_YEAST : 73- 79: eqsdk LmeLsk-K slkdh DPOG_YEAST : 445- 450: wttkp Lr-Ltk-K gvpak DPOL_BPML5 : 143- 149: gfghs LeeLia-K fised DPOL_BPSP1 : 165- 172: kdlei LasLlegK tpknv DPOL_BPSP2 : 60- 67: lphev LvaLtssK vikta DPOL_BPSP2 : 118- 124: gvaka Lk-LsaqK dkagk DPOL_BPT3 : 182- 189: vtkal LekLlsdK hyfpp DPOL_BPT5 : 206- 212: fykyh Lg-LtfdK ahker DPOL_BPT5 : 238- 244: rgthg LksLam-K ytdmg DPOL_BPT7 : 182- 189: vtkal LekLlsdK hyfpp Q 17: 11.5102 36( 16) L-x(3,4)-E-x(1,2)-K Occurences: 36(16) DPO1_BACCA : 215- 222: tvenv LasidEi-K geklk DPO1_ECOLI : 278- 285: eellg LfkkyEf-K rwtad DPO1_ECOLI : 405- 413: ralel LkpllEdeK alkvg DPO1_ECOLI : 561- 568: seelt Lrla-EleK kahei DPO1_ECOLI : 563- 569: eltlr Lael-Ek-K aheia DPO1_ECOLI : 724- 731: rdkgl LtafaEg-K dihra DPO1_HAEIN : 265- 272: vttdq Lllg-EsqK dqlie DPO1_HAEIN : 620- 628: evlee LsyshElpK ilvkh DPO1_MYCLE : 464- 472: eqfsl LdnvdEvdK qaiqt DPO1_MYCLE : 759- 767: glatq LkistEeaK lqmeq DPO1_MYCTU : 81- 88: rqtfr LqrypEy-K anrss DPO1_STRPN : 541- 549: llfek LglplEytK ktktg DPO1_THEAQ : 5- 11: mrgm Lplf-Ep-K grvll DPO1_THEAQ : 533- 540: iveki Lqyr-EltK lksty DPO1_THECA : 5- 11: meam Lplf-Ep-K grvll DPO1_THEFL : 4- 10: mam Lplf-Ep-K grvll DPO1_THEFL : 426- 434: geerl LwlyeEveK plsrv DPO1_THEFL : 532- 539: ivdri Lqyr-EltK lknty DPOG_YEAST : 775- 781: rfnps Ltde-Et-K kiank DPOG_YEAST : 775- 782: rfnps Ltde-EtkK iankl DPOG_YEAST : 1173- 1181: cankp LdytlEteK qffni DPOL_BPML5 : 217- 223: dvsrs Lvpy-Eh-K iseic DPOL_BPSP1 : 82- 89: tpenr LptpdEi-K esmdy DPOL_BPSP1 : 131- 138: kvrgk Lyei-EgrK ffpmi DPOL_BPSP1 : 165- 172: kdlei LasllEg-K tpknv DPOL_BPSP1 : 392- 399: ekyip LveenEe-K kwlwe DPOL_BPSP1 : 392- 400: ekyip LveenEekK wlwen DPOL_BPSP1 : 842- 850: himen LgeynEfyK flgdv DPOL_BPSP2 : 245- 252: nstaq LkkwlEe-K gltis DPOL_BPSP2 : 280- 288: tvhrv LrlrqEmaK tsvkk DPOL_BPT3 : 407- 415: gdkaw LryvaEdgK ihgsv DPOL_BPT3 : 689- 695: wnfrc Lldt-Eg-K mganw DPOL_BPT5 : 78- 85: ispaq LhfkpEm-K pvfda DPOL_BPT5 : 359- 366: karek LytypEv-K qleqd DPOL_BPT5 : 694- 701: neiis LgleqEm-K ivmlv DPOL_BPT5 : 786- 793: vkgvl LdaefEy-K klaam DPOL_BPT5 : 786- 794: vkgvl LdaefEykK laamd DPOL_BPT7 : 407- 415: gdkaw LryvaEdgK ihgsv DPOL_BPT7 : 689- 695: wnfrc Lldt-Eg-K mgpnw R 18: 11.5102 37( 16) L-x(2,3)-E-x(1,2)-K Occurences: 37(16) DPO1_BACCA : 361- 366: qfvaw Lgd-Et-K kksmf DPO1_BACCA : 361- 367: qfvaw Lgd-EtkK ksmfd DPO1_BACCA : 833- 839: qvhde Lil-EapK eemer DPO1_ECOLI : 121- 127: dvigt Lar-EaeK agrpv DPO1_ECOLI : 214- 220: ggldt Lya-EpeK iagls DPO1_ECOLI : 334- 340: nyvti Lde-EtlK awiak DPO1_ECOLI : 561- 568: seelt LrlaEleK kahei DPO1_ECOLI : 563- 569: eltlr LaelEk-K aheia DPO1_ECOLI : 884- 890: qvhde Lvf-EvhK ddvda DPO1_HAEIN : 265- 272: vttdq LllgEsqK dqlie DPO1_HAEIN : 266- 272: ttdql Llg-EsqK dqlie DPO1_MYCLE : 34- 40: rafya Lpt-EnfK trggl DPO1_MYCTU : 33- 39: rafya Lpa-EnfK trggl DPO1_STRPN : 543- 549: feklg Lpl-EytK ktktg DPO1_THEAQ : 5- 11: mrgm LplfEp-K grvll DPO1_THEAQ : 533- 540: iveki LqyrEltK lksty DPO1_THEAQ : 787- 793: qvhde Lvl-EapK eraea DPO1_THECA : 5- 11: meam LplfEp-K grvll DPO1_THEFL : 4- 10: mam LplfEp-K grvll DPO1_THEFL : 428- 434: erllw Lye-EveK plsrv DPO1_THEFL : 532- 539: ivdri LqyrEltK lknty DPO1_THEFL : 786- 792: qvhde Lvl-EapK draer DPOG_YEAST : 775- 781: rfnps LtdeEt-K kiank DPOG_YEAST : 775- 781: rfnps Ltd-EetK kiank DPOG_YEAST : 775- 782: rfnps LtdeEtkK iankl DPOG_YEAST : 897- 903: deirf Lvs-EkdK yraam DPOL_BPML5 : 166- 171: klmak Laa-Eh-K ttkak DPOL_BPML5 : 217- 223: dvsrs LvpyEh-K iseic DPOL_BPSP1 : 131- 138: kvrgk LyeiEgrK ffpmi DPOL_BPSP1 : 350- 356: gydda Ldg-EkpK gedeg DPOL_BPSP2 : 187- 192: skfep Les-Eh-K lwald DPOL_BPSP2 : 226- 231: qyqag Lia-Ea-K kltgl DPOL_BPSP2 : 226- 232: qyqag Lia-EakK ltglp DPOL_BPSP2 : 282- 288: hrvlr Lrq-EmaK tsvkk DPOL_BPSP2 : 549- 554: fgkea Lty-Eg-K lesgk DPOL_BPT3 : 46- 51: aylda Lea-Ev-K rggli DPOL_BPT3 : 689- 695: wnfrc LldtEg-K mganw DPOL_BPT3 : 690- 695: nfrcl Ldt-Eg-K mganw DPOL_BPT5 : 696- 701: iislg Leq-Em-K ivmlv DPOL_BPT7 : 689- 695: wnfrc LldtEg-K mgpnw DPOL_BPT7 : 690- 695: nfrcl Ldt-Eg-K mgpnw S 19: 11.5102 37( 16) E-x(0,1)-A-x(1,2)-L Occurences: 37(16) DPO1_BACCA : 235- 239: lrqhr EmAl-L skkla DPO1_BACCA : 506- 511: eqmge ElAeqL rtveq DPO1_BACCA : 854- 859: vpevm EqAvtL rvplk DPO1_ECOLI : 241- 245: leqnk EvAy-L syqla DPO1_ECOLI : 399- 404: dqisr ErAleL lkpll DPO1_HAEIN : 383- 387: aleng EaAy-L plqld DPO1_HAEIN : 383- 387: aleng E-AayL plqld DPO1_HAEIN : 561- 566: fmqsn EiAsrL talek DPO1_HAEIN : 907- 912: ikqhm EaAaeL vvpli DPO1_MYCLE : 124- 128: aeagf E-AddL iatla DPO1_MYCLE : 401- 404: pkalh E-Ak-L amhdl DPO1_MYCLE : 764- 768: lkist EeAk-L qmeqy DPO1_MYCLE : 765- 768: kiste E-Ak-L qmeqy DPO1_MYCLE : 822- 826: ireaa ErAa-L napiq DPO1_MYCTU : 123- 127: sepgf E-AddL iatla DPO1_MYCTU : 366- 370: aaadg EgAy-L dtatl DPO1_MYCTU : 815- 819: vreaa ErAa-L napiq DPO1_MYCTU : 844- 847: dkaln E-Aq-L asrml DPO1_STRPN : 240- 244: lindk EqAf-L sktla DPO1_STRPN : 854- 859: vkqtm EeAiqL svpli DPO1_STRPN : 855- 859: kqtme E-AiqL svpli DPO1_THEAQ : 215- 218: ewgsl E-Al-L knldr DPO1_THEAQ : 347- 351: lrdlk E-ArgL lakdl DPO1_THEAQ : 404- 408: teeag ErAa-L serlf DPO1_THEAQ : 466- 470: levae EiAr-L eaevf DPO1_THECA : 2- 5: m E-Am-L plfep DPO1_THEFL : 236- 240: lqagm E-AlaL srkls DPO1_THEFL : 302- 306: pwppp EgAf-L gfsfs DPO1_THEFL : 403- 407: tedag ErAl-L aerlf DPOG_YEAST : 883- 886: kkynl E-Ar-L cisih DPOL_BPML5 : 319- 323: aaiaq E-AkkL gkwrk DPOL_BPSP1 : 698- 703: givyq EsArgL sedlr DPOL_BPSP2 : 229- 233: aglia E-AkkL tglpn DPOL_BPSP2 : 353- 357: kgghy E-AieL lygqv DPOL_BPSP2 : 604- 607: mhvhd E-Av-L dvprg DPOL_BPT3 : 7- 11: lvsdi E-AnnL lekvt DPOL_BPT5 : 587- 590: ahsvn E-Al-L eqaak DPOL_BPT7 : 7- 11: ivsdi E-AnaL lesvt T 20: 11.5102 33( 16) E-x(0,1)-A-x(2,3)-L Occurences: 33(16) DPO1_BACCA : 506- 511: eqmge ElAeq-L rtveq DPO1_BACCA : 854- 859: vpevm EqAvt-L rvplk DPO1_ECOLI : 292- 297: wtadv E-AgkwL qakga DPO1_ECOLI : 399- 404: dqisr ErAle-L lkpll DPO1_ECOLI : 399- 405: dqisr ErAlelL kplle DPO1_ECOLI : 500- 506: gryaa EdAdvtL qlhlk DPO1_HAEIN : 383- 387: aleng E-Aay-L plqld DPO1_HAEIN : 383- 389: aleng EaAylpL qldyl DPO1_HAEIN : 561- 566: fmqsn EiAsr-L talek DPO1_HAEIN : 907- 912: ikqhm EaAae-L vvpli DPO1_HAEIN : 907- 912: ikqhm E-AaaeL vvpli DPO1_MYCLE : 124- 128: aeagf E-Add-L iatla DPO1_MYCTU : 123- 127: sepgf E-Add-L iatla DPO1_STRPN : 854- 859: vkqtm EeAiq-L svpli DPO1_STRPN : 855- 859: kqtme E-Aiq-L svpli DPO1_THEAQ : 117- 122: evpgy E-AddvL aslak DPO1_THEAQ : 347- 351: lrdlk E-Arg-L lakdl DPO1_THEAQ : 347- 352: lrdlk E-ArglL akdls DPO1_THEAQ : 652- 657: fgvpr E-AvdpL mrraa DPO1_THEAQ : 797- 802: pkera E-AvarL akevm DPO1_THECA : 2- 7: m E-AmlpL fepkg DPO1_THEFL : 116- 121: evpgf E-AddvL atlak DPO1_THEFL : 236- 240: lqagm E-Ala-L srkls DPOG_YEAST : 586- 592: lkses ElAhqaL qinss DPOG_YEAST : 1167- 1173: feafy EcAnkpL dytle DPOL_BPML5 : 319- 323: aaiaq E-Akk-L gkwrk DPOL_BPSP1 : 698- 703: givyq EsArg-L sedlr DPOL_BPSP2 : 229- 233: aglia E-Akk-L tglpn DPOL_BPSP2 : 353- 357: kgghy E-Aie-L lygqv DPOL_BPSP2 : 353- 358: kgghy E-AielL ygqvp DPOL_BPT3 : 7- 11: lvsdi E-Ann-L lekvt DPOL_BPT3 : 7- 12: lvsdi E-AnnlL ekvtk DPOL_BPT3 : 495- 501: rfdng EyAheiL ngdih DPOL_BPT5 : 173- 179: sdclt EvAvyyL qkild DPOL_BPT5 : 343- 348: idrlk E-AqyqL thnln DPOL_BPT5 : 411- 416: dstda E-AlneL atqhp DPOL_BPT7 : 7- 11: ivsdi E-Ana-L lesvt DPOL_BPT7 : 7- 12: ivsdi E-AnalL esvtk DPOL_BPT7 : 49- 55: dalea EvArggL ivfhn DPOL_BPT7 : 495- 501: rfdng EyAheiL ngdih Number of patterns evaluated by Pratt:584 Total running time: 3 seconds