------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 44 sequences from file CYSTATIN PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 44 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename CYSTATIN.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: CPI_PIG 103 CYT1_MAIZE 135 CYT1_MOUSE 103 CYT1_ORYSA 102 CYT2_MOUSE 103 CYT2_ORYSA 107 CYT3_MOUSE 97 CYT3_WISFL 46 CYTA_BOVIN 98 CYTA_HUMAN 98 CYTA_RAT 103 CYTA_SARPE 122 CYTB_BOVIN 98 CYTB_HUMAN 98 CYTB_RAT 98 CYTC_BOVIN 101 CYTC_HUMAN 146 CYTC_MOUSE 140 CYTC_RAT 127 CYTD_HUMAN 142 CYTI_VIGUN 97 CYTL_DROME 126 CYTM_SOLTU 756 CYTN_HUMAN 141 CYTO_BOVIN 112 CYTS_HUMAN 141 CYTS_RAT 132 CYTT_HUMAN 141 CYTX_ONCVO 162 CYT_BITAR 111 CYT_CHICK 139 CYT_CYPCA 129 CYT_SOLTU 66 CYT_SOYBN 48 KNH1_BOVIN 621 KNH2_BOVIN 619 KNH_HUMAN 644 KNH_RAT 639 KNL1_BOVIN 436 KNL2_BOVIN 434 KNL_HUMAN 427 KNL_RAT 433 KNT1_RAT 430 KNT2_RAT 430 Pratt run started at Thu Feb 6 19:14:31 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 7.8401 163( 44) V-x(1,2)-G 2: 7.3401 173( 44) V-x(0,2)-V 3: 7.3401 135( 44) E-x(0,2)-N Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 7.8401 163( 44) V-x(1,2)-G B 2: 7.3401 173( 44) V-x(0,2)-V C 3: 7.3401 135( 44) E-x(0,2)-N Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 7.8401 163( 44) V-x(1,2)-G Occurences: 163(44) CPI_PIG : 52- 55: iyrsq VvaG tnyyi CPI_PIG : 53- 55: yrsqv Va-G tnyyi CPI_PIG : 62- 65: nyyik VhvG gnnyv CPI_PIG : 64- 66: yikvh Vg-G nnyvh CYT1_MAIZE : 87- 90: kaktq VvaG tmyyl CYT1_MAIZE : 88- 90: aktqv Va-G tmyyl CYT1_MAIZE : 99- 102: yltie VkdG evkkl CYT1_MAIZE : 129- 132: qefkp VeeG asa CYT1_MOUSE : 53- 56: eyksq VvaG qnlfi CYT1_MOUSE : 54- 56: yksqv Va-G qnlfi CYT1_MOUSE : 65- 68: fikid VgnG cflhm CYT1_MOUSE : 75- 78: flhmk VfrG lsged CYT1_ORYSA : 8- 10: sdggp Vl-G gvepv CYT1_ORYSA : 8- 11: sdggp VlgG vepvg CYT1_ORYSA : 54- 57: svkqq VvaG tlyyf CYT1_ORYSA : 55- 57: vkqqv Va-G tlyyf CYT1_ORYSA : 66- 69: yftie VkeG dakkl CYT2_MOUSE : 53- 56: eykvq VvqG lnyfi CYT2_MOUSE : 54- 56: ykvqv Vq-G lnyfi CYT2_MOUSE : 65- 68: fikmn VgrG cylhi CYT2_MOUSE : 75- 78: ylhin VlsG issen CYT2_ORYSA : 59- 61: kvrqq Vv-G gfmhy CYT2_ORYSA : 59- 62: kvrqq VvgG fmhyl CYT2_ORYSA : 60- 62: vrqqv Vg-G fmhyl CYT3_MOUSE : 47- 50: eyktq VvaG enifi CYT3_MOUSE : 48- 50: yktqv Va-G enifi CYT3_MOUSE : 59- 62: fikmd VghG cfihi CYT3_MOUSE : 69- 72: fihik VfnG ptgkd CYT3_WISFL : 35- 38: nkksg VvaG vnyrf CYT3_WISFL : 36- 38: kksgv Va-G vnyrf CYTA_BOVIN : 47- 50: eyksq VvaG inyyi CYTA_BOVIN : 48- 50: yksqv Va-G inyyi CYTA_HUMAN : 47- 50: qyktq VvaG tnyyi CYTA_HUMAN : 48- 50: yktqv Va-G tnyyi CYTA_HUMAN : 57- 60: nyyik VraG dnkym CYTA_HUMAN : 81- 84: qnedl VltG yqvdk CYTA_RAT : 9- 11: gttgi Vg-G vseak CYTA_RAT : 53- 56: eyksq VvaG qilfm CYTA_RAT : 54- 56: yksqv Va-G qilfm CYTA_RAT : 63- 66: ilfmk VdvG ngrfl CYTA_RAT : 65- 68: fmkvd VgnG rflhm CYTA_RAT : 75- 78: flhmk VlrG lsgdd CYTA_SARPE : 29- 31: gcpse Vk-G dklkq CYTA_SARPE : 68- 71: sattq VvsG skdvi CYTA_SARPE : 69- 71: attqv Vs-G skdvi CYTB_BOVIN : 48- 50: fksql Va-G knyfi CYTB_HUMAN : 47- 50: sfksq VvaG tnyfi CYTB_HUMAN : 48- 50: fksqv Va-G tnyfi CYTB_HUMAN : 57- 60: nyfik VhvG dedfv CYTB_RAT : 47- 50: sfrrq VvaG tnffi CYTB_RAT : 48- 50: frrqv Va-G tnffi CYTB_RAT : 57- 60: nffik VdvG eekcv CYTC_BOVIN : 50- 53: kfrsq VvaG mnyli CYTC_BOVIN : 51- 53: frsqv Va-G mnyli CYTC_HUMAN : 36- 38: kpprl Vg-G pmdas CYTC_HUMAN : 83- 85: arkqi Va-G vnyfl CYTC_HUMAN : 92- 95: nyfld VelG rttct CYTC_MOUSE : 14- 16: lflla Vl-G vawaa CYTC_MOUSE : 77- 79: arkql Va-G vnyff CYTC_MOUSE : 86- 89: nyffd VemG rttct CYTC_RAT : 64- 66: arkql Va-G inyyl CYTC_RAT : 73- 76: nyyld VemG rttct CYTD_HUMAN : 19- 21: almva Va-G sasaq CYTD_HUMAN : 79- 81: ayqqi Vg-G vnyyf CYTD_HUMAN : 88- 91: nyyfn VkfG rttct CYTI_VIGUN : 10- 12: ggnrd Va-G nqnsl CYTI_VIGUN : 50- 53: saqqq VvsG tlyti CYTI_VIGUN : 51- 53: aqqqv Vs-G tlyti CYTL_DROME : 27- 29: aadeq Vv-G gvsql CYTL_DROME : 27- 30: aadeq VvgG vsqle CYTL_DROME : 28- 30: adeqv Vg-G vsqle CYTL_DROME : 69- 71: invts Vt-G qvvag CYTL_DROME : 73- 76: svtgq VvaG slnty CYTL_DROME : 74- 76: vtgqv Va-G slnty CYTM_SOLTU : 4- 6: mai Vg-G lvdvp CYTM_SOLTU : 50- 52: vkqqi Va-G imyyi CYTM_SOLTU : 85- 87: edlkk Vv-G fklvg CYTM_SOLTU : 143- 146: nvkeq VvaG imyyi CYTM_SOLTU : 144- 146: vkeqv 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Vs-G ikyil CYT_CHICK : 87- 90: kyilq VeiG rttcp CYT_CYPCA : 68- 71: kvqqq VaaG mkyif CYT_SOLTU : 19- 22: nvkeq VvaG mmyyi CYT_SOLTU : 20- 22: vkeqv Va-G mmyyi CYT_SOYBN : 45- 48: sakkq VvsG CYT_SOYBN : 46- 48: akkqv Vs-G KNH1_BOVIN : 188- 191: raqrq VvsG wnyev KNH1_BOVIN : 189- 191: aqrqv Vs-G wnyev KNH1_BOVIN : 310- 313: katvq VvaG lkysi KNH1_BOVIN : 311- 313: atvqv Va-G lkysi KNH1_BOVIN : 599- 601: rpwkp Vn-G vnptv KNH2_BOVIN : 188- 191: raqkq VvsG wnyev KNH2_BOVIN : 189- 191: aqkqv Vs-G wnyev KNH2_BOVIN : 260- 263: flppm VcvG cpkpi KNH2_BOVIN : 308- 310: katvq Vv-G glkys KNH2_BOVIN : 308- 311: katvq VvgG lkysi KNH2_BOVIN : 309- 311: atvqv Vg-G lkysi KNH2_BOVIN : 597- 599: rpwkp Vn-G vnptv KNH_HUMAN : 85- 88: egdcp VqsG ktwqd KNH_HUMAN : 189- 192: raqrq VvaG lnfri KNH_HUMAN : 190- 192: aqrqv Va-G lnfri KNH_HUMAN : 311- 314: karvq VvaG kkyfi KNH_HUMAN : 312- 314: arvqv Va-G kkyfi KNH_RAT : 59- 62: fvlyq VteG tkkdg KNH_RAT : 85- 88: egncs VqsG fawqd KNH_RAT : 189- 192: sadrq VvaG mnyqi 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