------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 68 sequences from file COPPER_BLUE PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 68 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename COPPER_BLUE.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: AMCY_METEX 119 AMCY_PARDE 131 AMCY_THIVE 106 AUB1_CHLAU 154 AZU1_METJ 128 AZU2_METJ 129 AZUP_ACHCY 124 AZUP_ALCFA 146 AZUP_METEX 123 AZUP_THIPA 123 AZUR_ALCDE 149 AZUR_ALCFA 128 AZUR_ALCSP 129 AZUR_BORBR 129 AZUR_PSEAE 148 AZUR_PSEDE 128 AZUR_PSEFB 128 AZUR_PSEFC 128 AZUR_PSEFD 128 AZUR_PSEPU 128 BABL_CUCSA 96 BCB_ARATH 196 CPC_CUCSA 137 D112_ARATH 167 H81_NEIGO 183 H8_NEIME 183 HCY_NATPH 163 MPA3_AMBEL 101 N315_SOYBN 187 PLAS_ANASP 139 PLAS_ANASQ 139 PLAS_ANAVA 105 PLAS_ARATH 171 PLAS_CAPBU 99 PLAS_CHLFU 98 PLAS_CHLRE 145 PLAS_CUCPE 99 PLAS_CUCSA 99 PLAS_DAUCA 97 PLAS_ENTPR 98 PLAS_HORVU 155 PLAS_LACSA 99 PLAS_LYCES 170 PLAS_MERPE 99 PLAS_MICAE 15 PLAS_ORYSA 97 PLAS_PEA 168 PLAS_PETCR 97 PLAS_PHAVU 99 PLAS_POPNI 99 PLAS_RUMOB 99 PLAS_SAMNI 99 PLAS_SCEOB 97 PLAS_SILPR 165 PLAS_SOLCR 99 PLAS_SOLTU 99 PLAS_SPIOL 168 PLAS_SYNY3 126 PLAS_TOBAC 99 PLAS_ULVAR 98 PLAS_VICFA 99 PLAT_POPNI 99 PLAT_TOBAC 99 RUS1_THIFE 154 RUS2_THIFE 155 RUS3_THIFE 155 STEL_RHUVE 107 UMEC_ARMLA 115 Pratt run started at Thu Feb 6 19:09:19 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 7.3401 178( 68) G-x(0,2)-D 2: 7.3401 191( 68) V-x(1,3)-G 3: 7.3401 211( 68) V-x(0,2)-G Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 7.3401 178( 68) G-x(0,2)-D B 2: 7.3401 191( 68) V-x(1,3)-G C 3: 7.3401 211( 68) V-x(0,2)-G Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 7.3401 178( 68) G-x(0,2)-D Occurences: 178(68) AMCY_METEX : 100- 103: kfnap GtyD yictp AMCY_PARDE : 66- 67: lhvkv G--D tvtwi AMCY_PARDE : 112- 115: tftea GtyD yhctp AMCY_THIVE : 64- 66: kkgiv Ge-D afrge AMCY_THIVE : 87- 90: tfnea GsyD yfctp AUB1_CHLAU : 79- 81: wvlvn Gg-D dvaaa AUB1_CHLAU : 79- 82: wvlvn GgdD vaaav AUB1_CHLAU : 80- 81: vlvng G--D dvaaa AUB1_CHLAU : 80- 82: vlvng Gd-D vaaav AUB1_CHLAU : 103- 104: lfvpp G--D tanal AZU1_METJ : 76- 77: nfvka G--D arvva AZU1_METJ : 90- 93: klvgg GekD svkvd AZU2_METJ : 10- 11: ttvts G--D tmtys AZU2_METJ : 57- 58: ksadv G--D vakeg AZU2_METJ : 67- 69: egaha Ga-D nnfvt AZU2_METJ : 76- 77: 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aklaa Gd-D ytffc AZUR_PSEAE : 29- 31: svdiq Gn-D qmqfn AZUR_PSEAE : 87- 89: dgmas Gl-D kdylk AZUR_PSEAE : 110- 113: kligs GekD svtfd AZUR_PSEDE : 9- 11: svdiq Gn-D qmqfs AZUR_PSEDE : 67- 69: dgmaa Gl-D knyvk AZUR_PSEDE : 76- 77: nyvkd G--D trvia AZUR_PSEDE : 90- 93: kiigs GekD svtfd AZUR_PSEDE : 105- 106: sklka G--D ayaff AZUR_PSEFB : 67- 69: dglsa Gi-D knylk AZUR_PSEFB : 76- 77: nylke G--D trvia AZUR_PSEFB : 90- 93: kviga GekD sltid AZUR_PSEFC : 67- 69: dgmaa Gi-D knylk AZUR_PSEFC : 76- 77: nylke G--D triia AZUR_PSEFC : 90- 93: kiiga GetD svtfd AZUR_PSEFD : 67- 69: dgmaa Gi-D kdylk AZUR_PSEFD : 76- 77: dylkp G--D srvia AZUR_PSEFD : 90- 93: kiigs GekD svtfd AZUR_PSEPU : 67- 69: dglsa Gi-D kqylk AZUR_PSEPU : 76- 77: qylkd G--D arvia AZUR_PSEPU : 90- 93: kviga GekD svtfd BABL_CUCSA : 27- 28: krfra G--D illfn BABL_CUCSA : 64- 66: kvyts Gr-D qiklp BCB_ARATH : 28- 29: edydv G--D dtewt BCB_ARATH : 28- 30: edydv Gd-D tewtr BCB_ARATH : 54- 55: ktfrv G--D elefd BCB_ARATH : 64- 67: fdfaa GrhD 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GsdD gglaf PLAS_TOBAC : 49- 51: deipa Gv-D vskis PLAS_ULVAR : 7- 9: qivkl Gg-D dgala PLAS_ULVAR : 7- 10: qivkl GgdD galaf PLAS_ULVAR : 8- 9: ivklg G--D dgala PLAS_ULVAR : 8- 10: ivklg Gd-D galaf PLAS_ULVAR : 50- 52: davpa Gv-D adais PLAS_VICFA : 6- 9: vevll GasD gglaf PLAS_VICFA : 24- 25: fevsa G--D tivfk PLAS_VICFA : 49- 51: deips Gv-D aakis PLAT_POPNI : 6- 8: vdvll Ga-D dgsla PLAT_POPNI : 6- 9: vdvll GadD gslaf PLAT_POPNI : 49- 51: davps Gv-D vskis PLAT_TOBAC : 6- 8: ievll Gs-D dggla PLAT_TOBAC : 6- 9: ievll GsdD gglaf PLAT_TOBAC : 49- 51: deipa Gv-D askis RUS1_THIFE : 1- 4: GalD sswke RUS1_THIFE : 28- 29: tgkas G--D tvtys RUS2_THIFE : 1- 4: GtlD ttwke RUS2_THIFE : 28- 29: tgkvs G--D tvtys RUS2_THIFE : 121- 124: kdgkf GytD ftwhp RUS3_THIFE : 1- 4: GalD gswke RUS3_THIFE : 28- 29: tgkas G--D tvtys STEL_RHUVE : 6- 7: tvytv G--D sagwk STEL_RHUVE : 17- 18: kvpff G--D vdydw STEL_RHUVE : 17- 20: kvpff GdvD ydwkw STEL_RHUVE : 34- 35: ktfhi G--D vlvfk UMEC_ARMLA : 6- 8: edydv Gg-D mewkr 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