------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 32 sequences from file COLD_SHOCK PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 32 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename COLD_SHOCK.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: CAPB_PSEFR 69 CBFX_HUMAN 324 CBFX_MOUSE 322 CBFX_RAT 322 CSP7_STRCL 66 CSPA_ECOLI 69 CSPA_SALTY 69 CSPB_BACCL 66 CSPB_BACGL 57 CSPB_BACGO 57 CSPB_BACST 66 CSPB_BACSU 67 CSPB_ECOLI 71 CSPC_BACSU 66 CSPC_ECOLI 68 CSPD_ECOLI 74 CSPD_HAEIN 72 CSPE_ECOLI 69 CSPF_ECOLI 70 CSPG_SALTY 40 DBPA_HUMAN 342 GRP2_NICSY 214 UNR_CAVPO 114 UNR_RAT 798 YB1_CHICK 321 YB1_HUMAN 317 YB1_MOUSE 322 YB1_XENLA 303 YB3_XENLA 305 YB54_XENLA 324 YB56_XENLA 336 YBFH_APLCA 253 Pratt run started at Thu Feb 6 19:08:40 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 11.5102 51( 32) G-x(2,3)-V-x(0,1)-F 2: 10.5102 81( 32) G-x(1,3)-V-x(1,3)-F 3: 8.3401 53( 32) V-x-F 4: 8.3401 46( 32) G-x-I 5: 8.3401 162( 32) G-x-G 6: 8.3401 47( 32) K-x-F 7: 7.8401 79( 32) V-x(0,1)-F 8: 7.8401 69( 32) K-x(1,2)-F 9: 7.8401 123( 32) G-x(1,2)-K 10: 7.8401 103( 32) F-x(4,5)-G 11: 7.8401 84( 32) V-x(1,2)-F 12: 7.3401 89( 32) F-x(0,2)-I 13: 7.3401 106( 32) K-x(3,5)-K 14: 7.3401 194( 32) E-x(1,3)-G 15: 7.3401 149( 32) E-x(2,4)-G 16: 7.3401 97( 32) K-x(2,4)-G Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 19.3707 32( 32) K-x(1,2)-F-x(4)-[AGPV]-x-[DG]-x-I-x(3)-[ADGNS] B 2: 17.0010 51( 32) G-x(1,3)-V-x(1,3)-F-[DNS]-[ADGNSV]-x(2)-[GNST] C 3: 15.3574 33( 32) G-x(1,2)-K-x-[FLV]-[ADEN]-x(3)-[AGP] D 4: 14.8051 47( 32) G-x(2,3)-V-x(0,1)-F-x(4)-[ADEGNS]-x(2)-[ADGNST] E 5: 14.3309 54( 32) V-x(1,2)-F-[DNS]-[ADGNSV]-x(2)-[GNST] F 6: 13.5113 35( 32) G-[FL]-I-x(3)-[DGNSV] G 7: 12.5927 52( 32) K-x(3,5)-K-x(4)-[AGILV]-x(3)-[ADEGNQS]-x-[DGNSV] H 8: 11.9691 43( 32) V-x(0,1)-F-x(4)-[AGNS]-x(2)-[AGNST] I 9: 10.9931 43( 32) V-x-F-x(4)-[GNS] J 10: 10.4713 54( 32) F-x(4,5)-G-x-[DGS] K 11: 8.3401 162( 32) G-x-G L 12: 8.3401 47( 32) K-x-F M 13: 7.3401 89( 32) F-x(0,2)-I N 14: 7.3401 194( 32) E-x(1,3)-G O 15: 7.3401 149( 32) E-x(2,4)-G P 16: 7.3401 97( 32) K-x(2,4)-G Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 19.3707 32( 32) K-x(1,2)-F-x(4)-[AGPV]-x-[DG]-x-I-x(3)-[ADGNS] Occurences: 32(32) CAPB_PSEFR : 10- 25: qtgtv Kw-FndekGfGfItpqS gddlf CBFX_HUMAN : 64- 79: vlgtv Kw-FnvrnGyGfInrnD tkedv CBFX_MOUSE : 62- 77: vlgtv Kw-FnvrnGyGfInrnD tkedv CBFX_RAT : 62- 77: vlgtv Kw-FnvrnGyGfInrnD tkedv CSP7_STRCL : 7- 22: atgtv Kw-FnaekGfGfIaqdG ggpdv CSPA_ECOLI : 9- 24: mtgiv Kw-FnadkGfGfItpdD gskdv CSPA_SALTY : 9- 24: mtgiv Kw-FnadkGfGfItpdD gskdv CSPB_BACCL : 7- 22: qrgkv Kw-FnnekGyGfIeveG gsdvf CSPB_BACGL : 2- 17: v Kw-FnsekGfGlIeveG qddvf CSPB_BACGO : 2- 17: i Kw-FnsekGfGfIeveG qddvf CSPB_BACST : 7- 22: qrgkv Kw-FnnekGyGfIeveG gsdvf CSPB_BACSU : 7- 22: legkv Kw-FnsekGfGfIeveG qddvf CSPB_ECOLI : 10- 25: mtglv Kw-FnadkGfGfIspvD gskdv CSPC_BACSU : 7- 22: eqgtv Kw-FnaekGfGfIereN gddvf CSPC_ECOLI : 8- 23: ikgqv Kw-FneskGfGfItpaD gskdv CSPD_ECOLI : 7- 22: ekgtv Kw-FnnakGfGfIcpeG ggedi CSPD_HAEIN : 7- 22: eigiv Kw-FnnakGfGfIsaeG vdadi CSPE_ECOLI : 9- 24: ikgnv Kw-FneskGfGfItpeD gskdv CSPF_ECOLI : 10- 25: mtgiv Kt-FdgksGkGlItpsD gridv CSPG_SALTY : 10- 25: itglv Kw-FnpekGfGfItpkD gskdv DBPA_HUMAN : 96- 111: vlgtv Kw-FnvrnGyGfInrnD tkedv GRP2_NICSY : 14- 29: akgtv Kw-FsdqkGfGfItpdD ggedl UNR_CAVPO : 13- 29: vgdsk KlfFhvkeVqDgIelqA gdeve UNR_RAT : 697- 713: vgdsk KlfFhvkeVqDgIelqA gdeve YB1_CHICK : 61- 76: vlgtv Kw-FnvrnGyGfInrnD tkedv YB1_HUMAN : 64- 79: vlgtv Kw-FnvrnGyGfInrnD tkedv YB1_MOUSE : 62- 77: vlgtv Kw-FnvrnGyGfInrnD tkedv YB1_XENLA : 42- 57: vlgtv Kw-FnvrnGyGfInrnD tkedv YB3_XENLA : 42- 57: vlgtv Kw-FnvrnGyGfInrnD tkedv YB54_XENLA : 47- 62: vqgtv Kw-FnvrnGyGfInrnD skedv YB56_XENLA : 47- 62: vqgtv Kw-FnvrnGyGfInrnD tkedv YBFH_APLCA : 38- 53: vsgtv Kw-FnvksGyGfInrdD tkedv B 2: 17.0010 51( 32) G-x(1,3)-V-x(1,3)-F-[DNS]-[ADGNSV]-x(2)-[GNST] Occurences: 51(32) CAPB_PSEFR : 7- 17: rndqt Gt--Vkw-FNDekG fgfit CBFX_HUMAN : 61- 71: atkvl Gt--Vkw-FNVrnG ygfin CBFX_HUMAN : 106- 116: rsvgd Get-Ve--FDVveG ekgae CBFX_MOUSE : 59- 69: atkvl Gt--Vkw-FNVrnG ygfin CBFX_MOUSE : 104- 114: rsvgd Get-Ve--FDVveG ekgae CBFX_RAT : 59- 69: atkvl Gt--Vkw-FNVrnG ygfin CBFX_RAT : 104- 114: rsvgd Get-Ve--FDVveG ekgae CSP7_STRCL : 4- 14: mat Gt--Vkw-FNAekG fgfia CSPA_ECOLI : 6- 16: sgkmt Gi--Vkw-FNAdkG fgfit CSPA_ECOLI : 25- 38: itpdd GskdVfvhFSAiqN dgyks CSPA_SALTY : 6- 16: sgkmt Gi--Vkw-FNAdkG fgfit CSPA_SALTY : 25- 38: itpdd GskdVfvhFSAiqN dgyks CSPB_BACCL : 4- 14: mqr Gk--Vkw-FNNekG ygfie CSPB_BACGL : 17- 30: lieve GqddVfvhFSAiqG egfkt CSPB_BACGO : 17- 30: fieve GqddVfvhFSAiqG egfkc CSPB_BACST : 4- 14: mqr Gk--Vkw-FNNekG ygfie CSPB_BACSU : 4- 14: mle Gk--Vkw-FNSekG fgfie CSPB_BACSU : 22- 35: fieve GqddVfvhFSAiqG egfkt CSPB_ECOLI : 7- 17: snkmt Gl--Vkw-FNAdkG fgfis CSPB_ECOLI : 26- 39: ispvd GskdVfvhFSAiqN dnyrt CSPC_BACSU : 4- 14: meq Gt--Vkw-FNAekG fgfie CSPC_BACSU : 23- 35: ieren Gdd-VfvhFSAiqS dgfks CSPC_BACSU : 44- 54: kslde Gqk-Vs--FDVeqG argaq CSPC_ECOLI : 24- 37: itpad GskdVfvhFSAiqG ngfkt CSPD_ECOLI : 4- 14: mek Gt--Vkw-FNNakG fgfic CSPD_ECOLI : 45- 55: rtlka Gqs-Vq--FDVhqG pkgnh CSPD_HAEIN : 4- 14: mei Gi--Vkw-FNNakG fgfis CSPE_ECOLI : 25- 38: itped GskdVfvhFSAiqT ngfkt CSPF_ECOLI : 7- 17: srkmt Gi--Vkt-FDGksG kglit CSPG_SALTY : 26- 39: itpkd GskdVfvhFSAiqS n DBPA_HUMAN : 93- 103: atkvl Gt--Vkw-FNVrnG ygfin DBPA_HUMAN : 138- 148: rsvgd Get-Ve--FDVveG ekgae GRP2_NICSY : 11- 21: gqrak Gt--Vkw-FSDqkG fgfit UNR_CAVPO : 30- 40: ielqa Gde-Ve--FSVilN qrtgk UNR_RAT : 714- 724: ielqa Gde-Ve--FSVilN qrtgk YB1_CHICK : 58- 68: atkvl Gt--Vkw-FNVrnG ygfin YB1_CHICK : 103- 113: rsvgd Get-Ve--FDVveG ekgae YB1_HUMAN : 61- 71: atkvl Gt--Vkw-FNVrnG ygfin YB1_HUMAN : 106- 116: rsvgd Get-Ve--FDVveG ekgee YB1_MOUSE : 59- 69: atkvl Gt--Vkw-FNVrnG ygfin YB1_MOUSE : 104- 114: rsvgd Get-Ve--FDVveG ekgae YB1_XENLA : 39- 49: atkvl Gt--Vkw-FNVrnG ygfin YB1_XENLA : 84- 94: rsvgd Get-Ve--FDVveG ekgae YB3_XENLA : 39- 49: atkvl Gt--Vkw-FNVrnG ygfin YB3_XENLA : 84- 94: rsvgd Get-Ve--FDVveG ekgae YB54_XENLA : 44- 54: atqvq Gt--Vkw-FNVrnG ygfin YB54_XENLA : 89- 99: rsvgd Get-Ve--FDVveG ekgae YB56_XENLA : 44- 54: atqvq Gt--Vkw-FNVrnG ygfin YB56_XENLA : 89- 99: rsvgd Get-Ve--FDVveG ekgae YBFH_APLCA : 35- 45: asqvs Gt--Vkw-FNVksG ygfin YBFH_APLCA : 80- 90: rsvgd Gek-Ve--FDVveG ekgne C 3: 15.3574 33( 32) G-x(1,2)-K-x-[FLV]-[ADEN]-x(3)-[AGP] Occurences: 33(32) CAPB_PSEFR : 7- 17: rndqt GtvKwFNdekG fgfit CBFX_HUMAN : 61- 71: atkvl GtvKwFNvrnG ygfin CBFX_MOUSE : 59- 69: atkvl GtvKwFNvrnG ygfin CBFX_RAT : 59- 69: atkvl GtvKwFNvrnG ygfin CSP7_STRCL : 4- 14: mat GtvKwFNaekG fgfia CSPA_ECOLI : 6- 16: sgkmt GivKwFNadkG fgfit CSPA_SALTY : 6- 16: sgkmt GivKwFNadkG fgfit CSPB_BACCL : 4- 14: mqr GkvKwFNnekG ygfie CSPB_BACGL : 32- 41: aiqge Gf-KtLEesqA vsfei CSPB_BACGO : 32- 41: aiqge Gf-KcLEegqA vsfei CSPB_BACST : 4- 14: mqr GkvKwFNnekG ygfie CSPB_BACSU : 4- 14: mle GkvKwFNsekG fgfie CSPB_BACSU : 37- 46: aiqge Gf-KtLEegqA vsfei CSPB_ECOLI : 7- 17: snkmt GlvKwFNadkG fgfis CSPC_BACSU : 4- 14: meq GtvKwFNaekG fgfie CSPC_ECOLI : 5- 15: akik GqvKwFNeskG fgfit CSPD_ECOLI : 4- 14: mek GtvKwFNnakG fgfic CSPD_HAEIN : 4- 14: mei GivKwFNnakG fgfis CSPE_ECOLI : 6- 16: mskik GnvKwFNeskG fgfit CSPF_ECOLI : 7- 17: srkmt GivKtFDgksG kglit CSPG_SALTY : 7- 17: ttkit GlvKwFNpekG fgfit DBPA_HUMAN : 93- 103: atkvl GtvKwFNvrnG ygfin GRP2_NICSY : 65- 75: esggd GrtKaVDvtgP dgaav UNR_CAVPO : 57- 66: wrvce Gp-KaVAaprP drlvn UNR_RAT : 741- 750: wrvce Gp-KaVAaprP drlvn YB1_CHICK : 58- 68: atkvl GtvKwFNvrnG ygfin YB1_HUMAN : 61- 71: atkvl GtvKwFNvrnG ygfin YB1_MOUSE : 59- 69: atkvl GtvKwFNvrnG ygfin YB1_XENLA : 39- 49: atkvl GtvKwFNvrnG ygfin YB3_XENLA : 39- 49: atkvl GtvKwFNvrnG ygfin YB54_XENLA : 44- 54: atqvq GtvKwFNvrnG ygfin YB56_XENLA : 44- 54: atqvq GtvKwFNvrnG ygfin YBFH_APLCA : 35- 45: asqvs GtvKwFNvksG ygfin D 4: 14.8051 47( 32) G-x(2,3)-V-x(0,1)-F-x(4)-[ADEGNS]-x(2)-[ADGNST] Occurences: 47(32) CAPB_PSEFR : 47- 60: kslke Gqq-VsFiatrGqkG mqaee CBFX_HUMAN : 106- 119: rsvgd Get-VeFdvveGekG aeaan CBFX_MOUSE : 104- 117: rsvgd Get-VeFdvveGekG aeaan CBFX_RAT : 104- 117: rsvgd Get-VeFdvveGekG aeaan CSP7_STRCL : 23- 36: iaqdg GgpdV-FvhysAinA tgfrs CSP7_STRCL : 24- 36: aqdgg Gpd-V-FvhysAinA tgfrs 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